Nama : Cindy Puspitasari

NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

C. DIAGRAM ALIR
Elektroforesis DNA menggunakan gel agarosa
0.32% agarosa

Ditimbang

Dilarutkan di dalam erlenmeyer dengan 40 ml TAG 1x sampai larut sempurna/ bening

(ada sedikit gelembung)
4 l larutan Etidium Bromida

Agarosa dalam kondisi hangat

Dihomogenkan dengan menggoyangkan erlenmeyer

Dituangkan larutan agarosa hangat pada cetakan agarosa ke dalam set peralatan
elektroforesis yang telah dirangkai dan sudah dipasang sisir

Dibiarkan sampai padat 15-30 menit

Diangkat sisir dari gel agarosa padat dengan hati hati

TAE buffer 1x

Ditambahkan sampai gel agarose tercelup sempurna

4l sampel DNA 2 l 6x loading dye

Dilakukan pipeting di atas aluminium foil

Dimasukkan perlahan campuran sampel DNA dan loading dye ke sumuran gel
agarosa dengan menggunakan mikropipet
4l DNA marker
Dimasukkan perlahan ke dalam sumuran
menggunakan mik
Ditutup set peralatan elektroforesis

Dihubungkan dengan power supply 80 V

Dikeluarkan gel

Dideteksi keberadaan DNA menggunakan UV iluminator

Hasil
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

D. Hasil dan Pembahasan

(b)
(c)
(a)

Keterangan: a) gambar hasil percobaan yang telah dilakukan

b) gambar hasil pembanding atau milik asisten praktikum
c) DNA ladder atau DNA marker

Prinsip Elektroforesis
Elektroforesis merupakan teknik pemisahan DNA menggunakan muatan listrik didalam
matriks gel agarose berdasarkan molekul ukuran agarosenya. Prinsip kerja elektroforesis
adalah partikel DNA yang bermuatan negative akan bergerak menuju kutub positif menyusuri
pori-pori pada gel agarose. Semakin tinggi berat molekul DNA, maka semakin rendah
migrasinya, dimana hasil akhirnya dapat diamati dengan bantuan UV yang akan menghasilkan
pita-pita yang terbentuk pada gel.
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

Analisa Prosedur
Pada percobaan elektroforesis DNA diperlukan beberapa alat dan bahan. Alat dan
bahan yang akan digunakan, antara lain adalah set peralatan elektroforesis gel agarose, power
supply, mikropipet, mikrotip, UV illuminator, kompor listrik, erlenmeyer, dan timbang analitik.
Sedangkan, bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah agarose, sampel DNA,
larutan1x TAE (Tris, Acetic acid, EDTA) buffer, loading dye, DNA marker, larutan EtBr. Fungsi
alat yang akan digunakan dalam percobaan adalah set peralatan elektroforesis gel agarose
yang berfungsi untuk memisahkan segmen-segmen DNA. Power supply yang berfungsi
memberikan muatan pada elektroda. Mikropipet dan mikrotip adalah alat yang berfungsi untuk
mengambil larutan dalam skala kecil atau skala tertentu. UV illuminator berfungsi sebagai
sumber sinar ultra violet. Kompor listrik berfungsi sebagai alat pemanas. Erlenmeyer berfungsi
sebagai wadah larutan. Timbangan analitik berfungsi sebagai alat untuk menimbang sampel
atau larutan. Fungsi bahan yang akan digunakan ialah EDTA sebagai pengikat ion netral
sehingga akan menghambat kerja enzim nuclease, larutan Tri asetat sebagai penjaga pH saat
elektroforesis, larutan EtBr sebagai larutan yang akan berikatan dengan basa nitrogen DNA
sehingga dapat menyebabkan transkripsi sinar UV akan terlihat, agarose digunakan sebagai
laju migrasi DNA, loading dye berfungsi sebagai penanda dan pewarna.
Setelah menyiapkan alat dan bahan yang akan digunakan, selanjutnya adalah
menyiapkan kerangka set peralatan elektroforesis. Setelah itu, membuat agarose. 0,32 gram
agarose dilarutkan kedalam 1x TAE buffer sebanyak 40 ml. kemudian, dipanaskan pada
kompor listrik hingga terlarut sempurna. Pada saat kondisi hangat, masukkan 4 l EtBr kedalam
agarose. Setelah itu, tuangkan agarose tersebut kedalam cetakan agarose set peralatan
elektroforesis yang telah disiapkan secara perlahan atau sedikit demi sedikit, pastikan jangan
sampai bocor. Pasang sisir dengan jarak 1-1,5 cm dari dasar alat. Biarkan selama 15 hingga 30
menit sampai agar memadat sempurna. Angkat sisir yang telah dipasang tadi dengan perlahan
jangan sampai membuat agar rusak. Kemudian, tuangkan larutan TAE buffer 1x diatas gel
agarose dan samping kanan kiri bagian set peralatan elektroforesis. Larutan TAE yang telah
ditambahkan tidak akan tercampur dengan gel agarose karena terdapat loading dye sebagai
pembera. Lakukan pippetting terlebih dahulu sebelum memasukkan sampel dan DNA marker
kedalam sumuran gel agarose. Pipetting sampel yaitu 4 dengan 2 l 6x-loading dye, kemudian
masukkan kedalam sumuran. Pippeting juga 4l DNA marker dan kemudian masukkan
kedalam sumuran. Pada saat memasukkan sampel dan DNA marker perlu dilakukan dengan
teliti dan jeli, jangan sampai menusuk bagian pojok gel agarose karena dapat menyebabkan
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

sampel masuk ke dalam gel agarose dan nantinya dapat menyebabkan hasil tidak maksimal.
Selanjutnya, tutup set peralatan tersebut dengan hati-hati dan hubungkan power supply 80V.
hubungkan power supply sesuai dengan aliran listriknya, yaitu positif ke positif dan negative ke
negative. Apabila telah terlihat pita-pita yang berjalan menyusuri pori-pori agarose hingga tanda
batas atau running, matikan sambungan power supply dan keluarkan gel agarose dari cetakan.
Kemudian, deteksi keberadaan DNA dengan menggunakan bantuan UV illuminator. Apabila
keberadaan DNA dapat terlihat atau terdeteksi, maka akan terlihat garis-garis seperti pita pada
area gel agarose.
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

Analisa Hasil
Dari hasil percobaan elektroforesis gel agarose menggunakan sampel bakteri asam
laktat dengan primer forward tipe PLB16 dan primer reverse tipe MLB16 yang kemudian diuji
dengan menggunakan power supply pada proses elektroforesis menggunakan daya 80-100 V.
Selanjutnya gel agarose tersebut dideteksi keberadaan DNAnya menggunakan UV illuminator
dan dapat terlihat hasilnya bahwa gel agarose tersebut tidak terdeteksi pita-pita yang terbentuk.
Sehingga, dapat dinyatakan bahwa hasil percobaan elektroforesis gel agarose tersebut gagal.
Kegagalan tersebut dapat terjadi akibat beberapa faktor kemungkinan, diantaranya adalah sel
belum terlisis secara sempurna, DNA belum keluar dari sel, dan DNA mengalami degradasi
atau tekanan mekanik (Nugroho, 2016).
Pada gel agarose pembanding atau gel agarose milik asisten praktikum dengan sampel
bakteri asam laktat, primer forward PLB16 dan primer reverse MLB16 kemudian diberi
perlakuan yang sama dan dideteksi menggunakan UV iluminator, dapat dilihat bahwa pada gel
agarose tersebut terdapat 3 buah garis pita yang terlihat dengan jelas. Dimana, masing-masing
pita terletak pada marker yang berbeda pada saat dicocokan dengan ladder tipe termo scientific
sDNA ladder 1 kb. Dapat dilihat bahwa pita paling tebal terletak pada 1000 bp. Kemudian, pita
berikutnya terletak pada 750 bp dan pita paling bawah atau yang terakhir terletak pada 500 bp.
Dari letak pita tersebut, dapat diketahui bahwa sampel berada diantara 750 bp dengan 500 bp.
Apabila sampel tersebut diidentifikasi lebih lanjut dihubungkan dengan forward dan reversenya
dapat ketahui sampel DNA yang terbentuk. Menurut (Rodrigues, dkk, 2012) dalam jurnalnya
yang berjudul Characterization of Lactobacillus gasseri isolates from a breast-fed infant
menyatakan bahwa primer forward PLB16 dan primer reverse MLB16 merupakan primer yang
digunakan untuk mengidentifikasi bakteri asam laktat, dimana hasil sampel yang terlihat terletak
diantara marker 850 bp dengan 500 bp. Sehingga, dapat dilihat bahwa hasil primernya telah
sesuai, namun ukurannya berbeda. Perbedaan ukuran tersebut, mungkin disebabkan karena
beberapa faktor. Faktor kemungkinan yang mempengaruhi adalah konsentrasi gel yang
digunakan, pori-pori pada gel agarose, dan juga bentuk molekulnya (Lestari, 2008).
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

PERTANYAAN
1. Ada berapa pita yang terbentuk ? Jelaskan !
Pada hasil percobaan yang telah dilakukan, dapat dilihat bahwa tidak terdapat pita yang
terbentuk sama sekali pada gel agarose. Kegagalan tersebut disebabkan karena beberapa
faktor kemungkinan, diantaranya adalah sel belum terlisis secara sempurna, DNA belum
keluar dari sel, dan DNA mengalami degradasi atau tekanan mekanik (Nugroho, 2016).

2. Bagaimana cara mengidentiifikasi fragmen DNA berdasarkan pita yang terbentuk?

Cara mengidentifikasi fragmen DNA berdasarkan pita yang terbentuk adalah dengan
cara menganalisis fragmen restriksi untuk membandingkan dua molekul DNA yang
berbeda. Ukuran fragmen DNA akan dipilah dari hasil perlakuan molekul DNA yang panjang
dengan suatu enzim restriksi. Dimana, informasi didapatkan dengan cara melihat pola pita
yang berwarna pada gel. Ketika campuran fragmen restriksi dari molekul DNA tertentu telah
mengalami elektroforesis, campuran tersebut akan menghasilkan pola pita yang khas, yang
dapat menunjukkan molekul awal dan enzim restriksi yang digunakan. Pada molekul DNA
yang lebih besar seperti DNA suatu kromosom, akan menghasilkan begitu banyak fragmen
yang terlihat sebagai pita yang mencolok. Selain itu, dapat dilakukan dengan cara
mengkombinasikan elektroforesis gel dan hibridisasi asam nukleat. Dimana, hibridasi asam
nukleat digunakan memberi label pada pita yang memiliki ciri tersendiri yang diturunkan dari
gen yang diinginkan (Campbell, dkk, 2008).

3. Bagaimanakah hasil pita yang terbentuk (dari sampel yang saudara miliki) dan bagaimana
perbandingannya dengan pita DNA marker yang terbentuk? Jelaskan!
Pada hasil percobaan yang telah dilakukan, dapat dilihat bahwa tidak terdapat pita yang
terbentuk sama sekali pada gel agarose. Sedangkan apabila dibadingkan dengan gel
agarose pembanding atau milik asisten praktikum, terdapat 3 pita yang terbentuk. Pada
saat gel agarose tersebut di bandingkan dengan ladder yang ada dapat diidentifikasi bahwa
ketiga pita tersebut terletak pada marker yang berbeda. Dimana, pita paling tebal terletak
pada marker 1000 bp, dan kemudian disusul dengan pita sedang pada marker 750 bp dan
pita paling bawah terletak pada marker 500 bp. Sehingga, dapat dipastikan bahwa kedua
sampel tersebut berada diantara marker 750 bp dengan 500 bp.
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

4. Faktor apa sajakah yang menentukan keberhasilan elektroforesis gel agarosa? Jelaskan!
Pada proses elektroforesis gel agarosa terdapat beberapa faktor yang menentukan
keberhasilannya. Diantaranya adalah ukuran molekul DNA, bentuk molekul, konsentrasi gel,
densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutan buffer pada elektroforesis (Lestari,
2008).
a) Ukuran Molekul DNA
Molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati gel karena hambatan
yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan molekul berukuran besar (Lestari,
2008).
b) Konsentrasi gel
Semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuat sehingga sukar
untuk dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi agarosa yang lebih tinggi
memudahkan pemisahan DNA yang berukuran kecil, konsentasi agarosa yang lebih
rendah memudahkan pemisahan DNA dengan ukuran yang lebih besar (Lestari, 2008).
c) Bentuk molekul
Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat bergerak dibandingkan
dengan yang berbentuk bulat (Lestari, 2008).
d) Densitas muatan
Densitas muatan yaitu muatan per unit volume molekul. Molekul dengan densitas
muatan tinggi akan bergerak lebih cepat dibandingkan molekul dengan densitas muatan
yang rendah (Lestari, 2008).
e) Pori-pori gel
Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat pergerakan molekul DNA
(Lestari, 2008).
f) Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat pergerakan molekul DNA
(Lestari, 2008).
g) Larutan buffer elektroforesis
Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik sehingga
mempercepat migrasi DNA (Lestari, 2008).
 Nama : Cindy Puspitasari
NIM : 165100501111040
Kelas :Q
Kelompok : Q6

KESIMPULAN

Elektroforesis merupakan teknik pemisahan DNA menggunakan muatan listrik didalam

matriks gel agarose berdasarkan molekul ukuran agarosenya. Prinsip kerja elektroforesis adalah
partikel DNA yang bermuatan negative akan bergerak menuju kutub positif menyusuri pori-pori
pada gel agarose. Semakin tinggi berat molekul DNA, maka semakin rendah migrasinya,
dimana hasil akhirnya dapat diamati dengan bantuan UV yang akan menghasilkan pita-pita
yang terbentuk pada gel.

Tujuan dari percobaan elektroforesis DNA adalah mampu melakukan pengujian dengan
elektroforesis gel agarose dengan benar, mampu mengidentifikasi peralatan yang diperlukan
untuk analisis dengan elektroforesis gel agarose, mampu mengoperasikan peralatan yang
digunakan untuk analisis dengan elektroforesis gel agarose dengan benar, serta dapat
mengetahui prinsip dasar analisis dengan elektroforesis gel agarose.

Dari hasil percobaan elektroforesis gel agarose menggunakan sampel bakteri asam
laktat dengan primer forward tipe PLB16 dan primer reverse tipe MLB16 yang kemudian diuji
dengan menggunakan power supply pada proses elektroforesis menggunakan daya 80-100 V.
Selanjutnya gel agarose tersebut dideteksi keberadaan DNAnya menggunakan UV illuminator
dan dapat terlihat hasilnya bahwa gel agarose tersebut tidak terdeteksi pita-pita yang terbentuk.
Sehingga, dapat dinyatakan bahwa hasil percobaan elektroforesis gel agarose tersebut gagal.
Kegagalan tersebut dapat terjadi akibat beberapa faktor kemungkinan, diantaranya adalah sel
belum terlisis secara sempurna, DNA belum keluar dari sel, dan DNA mengalami degradasi atau
tekanan mekanik.

Pada gel agarose pembanding atau gel agarose milik asisten praktikum dengan sampel
bakteri asam laktat, primer forward PLB16 dan primer reverse MLB16 kemudian diberi
perlakuan yang sama dan dideteksi menggunakan UV iluminator, dapat dilihat bahwa pada gel
agarose tersebut terdapat 3 buah garis pita yang terlihat dengan jelas. Dimana, masing-masing
pita terletak pada marker yang berbeda pada saat dicocokan dengan ladder tipe termo scientific
sDNA ladder 1 kb. Dapat dilihat bahwa pita paling tebal terletak pada 1000 bp. Kemudian, pita
berikutnya terletak pada 750 bp dan pita paling bawah atau yang terakhir terletak pada 500 bp.
Dari letak pita tersebut, dapat diketahui bahwa sampel berada diantara 750 bp dengan 500 bp