Pada tahun 1806 Janssen terusir dari Tanjung Harapan karena daerah tersebut jatuh ke
tangan Inggris. Pada tahun 1810 Janssen diperintahkan pergi ke Jawa dan akhirnya
menggantikan Daendels pada tahun 1811. Janssen mencoba memperbaiki keadaan yang telah
ditinggalkan Daendels.
Namun harus diingat bahwa beberapa daerah di Hindia sudah jatuh ke tangan Inggris.
Sementara itu penguasa Inggris di India, Lord Minto telah memerintahkan Thomas Stamford
Raffles yang berkedudukan di Pulau Penang untuk segera menguasai Jawa.
Raffles segera mempersiapkan armadanya untuk menyeberangi Laut Jawa. Pengalaman pahit
Janssen saat terusir dari Tanjung Harapan pun terulang.
Pada Tanggal 4 Agustus 1811 sebanyak 60 kapal Inggris di bawah komando Raffles telah
muncul di perairan sekitar Batavia. Beberapa minggu berikutnya, tepatnya pada tanggal 26
Agustus 1811 Batavia jatuh ke tangan Inggris.