Aan Setya Nugroho

160351606468/Off B

TUGAS 3 BIOKIMIA
STRUKTUR 3D SUATU PROTEIN
1. Carilah struktur 3D suatu protein(protein globular,misal enzim) dari internet. Apa nama
lengkap dari nama protein?
2. Struktur yang diperoleh, termasuk struktur tersier/struktur kuartener?
3. Berapa jumlah asam amino dari protein tersebut(untuk setiap sub unit)?
4. Tentukan jenis dan posisi residu asam amino di ujung N dan ujung C!
5. Tentukan segmen-segmen struktur sekunder yang mempunyai struktur:
6. Tentukan gambar protein permukaan dari protein!
7. Protein yang ditemukan, termasuk protein sederhana/protein konjugasi?

JAWAB

1. Apa Nama Lengkap Struktur Protein Itu ?

Nama proteinnya yaitu Rat Pancreatic Lipase Related Protein 2
Lipase Trigliserida Pankreas (PL), lipoprotein lipase (LPL), dan lipase hati
memiliki asam amino yang mencolok (6, 7). Homologi ini menyebabkan proposal bahwa
tiga lipase membentuk keluarga gen. Konsep keluarga gen lipase didukung oleh analisis
struktural dari gen (5). Posisi ekson dan intron sangat terjaga di antara ketiga gen. Juga,
urutan Alu dilestarikan dalam intron homolog PL dan LPL (15). Temuan ini menunjukkan
bahwa ketiga gen berevolusi dari gen leluhur yang sama.
Anggota tambahan dari keluarga gen lipase diisolasi dari pustaka pankreas manusia
(2). Dari tiga klon terkait, satu identik dengan cDNA untuk PL manusia (hPL) (12). Dua
cDNA lainnya memiliki urutan protein yang diprediksi dengan 65 dan 68% identitas asam
amino ke PL. Protein ini diberi nama protein terkait lipase pankreas 1 dan 2 (PLRP-1 dan
PLRP-2). Meskipun kesamaan menunjukkan bahwa ketiga protein terkait, perbedaan
membuktikan bahwa protein dikodekan oleh gen yang berbeda dari keluarga gen lipase
yang sedang tumbuh.
Seperti manusia, tikus itu mungkin memiliki PLRPs. Sebuah cDNA yang
mengkodekan sebuah protein dengan homologi ke PL dikloning dari pustaka cDNA
pankreas tikus (18). Urutan asam amino yang diperkirakan dari cDNA adalah 85% identik
dengan hPLRP-1, hanya 68% identik dengan hPL, dan 63% identik dengan hPLRP-2,
menunjukkan bahwa klon yang dilaporkan mengkode tikus PLRP-1 (rPLRP-1 ).
Kehadiran PLRP di pankreas menimbulkan pertanyaan tentang fungsi biologis,
regulasi gen, dan pola ekspresi dari protein ini. Kami melaporkan isolasi dua klon cDNA
 yang homolog dari pustaka pankreas tikus yang mengkodekan rPL dan rPLRP-2. Infeksi
saluran sel serangga dengan baculovirus rekombinan yang mengandung cDNA untuk klon
ini dan klon rPLRP-1 menghasilkan protein yang disekresikan, memungkinkan kita untuk
menguji aktivitas setiap protein terhadap triolein. Selain itu, kami menentukan ekspresi,
selama pengembangan, dari gen yang mengkode rPL, dua rPLRP, dan kolipase. Hasilnya
menunjukkan bahwa protein memiliki fungsi yang berbeda dan bahwa gen memiliki
kontrol regulasi yang berbeda

2. Dari struktur yang diperoleh, apakah merupakan struktur tersier atau kuartener?

Rat pancreatic lipase merupakan structure tersier karena hanya terdapat satu rantai
saja. Struktur tersier protein terjadi karena adanya interaksi hidrofobik. Interaksi hidrofobik
ini disebabkan oleh hadirnya air dalam pembentukan polipeptida fungsional atau protein.
Ketika terbentuk struktur sekunder protein, air yang bersifat polar akan berikatan dengan
bagian hidrofilik protein dengan ikatan hidrogen. Kehadiran air yang bersifat polar
mengakibatkan asam-asam amino atau bagian protein yang bersifat nonpolar akan
mengelompokkan diri dan berdekatan dengan interaksi van der waals. Keseluruhan dari
ikatan hidrogen dan interaksi van de waals akan membentuk struktur tersier pada protein
sehingga membuat protein menjadi unik.
3. Berapa jumlah asam amino dari protein tersebut (untuk setiap sub unitnya)?

Jumlahnya yaitu 452

4. Tentukan jenis dan posisi residu asam amino diujung N dan diujung C!

Ujung C Ujung N
5. Tentukan segmen-segmen struktur sekunder yang mempunyai struktur

Alpha helix : (α-helix, “puntiran-alfa”), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk
seperti spiral

Unit : 87-96; 106-139; 156-167; 249-256; 267-275

Alpha helix

Beta-sheet: (β-sheet, “lempeng-beta”), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari

sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-
H)

Unit : 1-6; 8-13; 18-25; 37-43; 70-78; 100-108; 147-154; 172-178; 199-205; 225-231;
281-287; 306-309; 324-330; 339-350; 353-380; 382-392; 399-406; 417-437; 446-450
 Beta-sheet

Coil : 7; 14-17; 26-36; 44-69; 79-86; 97-99; 109-115; 140-146; 155; 168-171; 179-198;
206-224; 232-248; 257-266; 276-281; 288-305; 310-323; 331-328; 351-352; 381; 393-398;
407; 414-416; 438-445; 451-452

COIL
6. Tentukan gambar permukaan dari protein tersebut!

7. Dari protein tersebut, apakah merupakan protein sederhana atau konyugasi?

Protein tersebut merupakan protein konjugasi yang Merupakan protein sederhana

yang terikat dengan baha-bahan non-asam amino. Dimana jika dilihat dari struktur 3D nya,
terlihat berbentuk globular dan hampir sebagian permukaan berwarna ungu(asam amino)
dan terdapat warna biru sedikit yang menandakan adanya molekul lain pada susunan
tersebut.

Asam amino

Molekul lain