PROTEIN

• Protein merupakan senyawa makromolekul yang

mempunyai berbagai fungsi dalam kehidupan
mahluk/organisme

• Semua proses metabolisme yang terjadi di dalam

sel selalu dikatalisis oleh protein yang bertindak
sebagai enzim.

• Istilah protein berasal dari bahasa yunani :

PROTEIOS yang artinya paling utama

• Dalam semua protein mengandung unsur C,H,

O,N dan beberapa mengandung S dan P. Berapa
protein ada pula yang mengandung unsur logam
Fe, Cu, Zn
 KLASIFIKASI PROTEIN
• Berdasarkan Komposisinya ada dua :
* Protein sederhana (simple) : bila dihidrolisis
hanya menghasilkan asam amino
* Protein konjugat (cojugated) : bila dihidrolisis
tidak hanya menghasilkan asam amino saja,
tetapi juga komponen organik atau anorganik
lainnya
• Bagian non asam amino pada protein konjugat
disebut gugus prostetik
• Berdasarkan macam gugus prostetiknya, prot.
Konjugat ada dalam berbagai bentuk dan
mempunyai fungsi yang berbeda pula
 Macam-macam protein konjugat
Macam protein Gugus prostetik
1. Nukleo protein (ribosom, Tobacco RNA
mosaic virus)
2. Lipoprotein (plasma 1-lipoprotein) Phospholipid, kolesterol, lipid netral
3. Glikoprotein
#  Globulin Heksosamin, galaktosa, manosa
# Plasma orosomucoid Galaktosa, manosa, N-asetil-
galaktosamin,
4. Phosphoprotein (Kasein) Phosphate
5. Hemo protein (Hemoglobin, Fe-protoporphyrin
sitokrom C dan Katalase )
6. Flavoprotein (suksinat dehidro Flavin adenin dinukleotida (FAD)
genase, D-amino acid oxidase)
7. Metalloprotein
# Ferritin Fe(OH)2
# Sitokrom oksidase Fe dan Cu
# Alkohol dehidrogenase Zn
# Xanthine oxidase Mo dan Fe
Protein berdasarkan konformasinya (struktur 3
dimensi) dikelompokan menjadi 2 :
1. Protein Fiber (fibrous) : terdiri dari rantai poli-
peptida yg disusun secara paralel. Secara fisik
protein ini kuat, tidak larut dalam air, larut dalam
larutan garam.
contoh : colagen, -keratin
2. Protein globular : Rantai polipeptidanya dilipat-
lipat dgn kuat sehingga berbentuk seperti bulat
bundar.
Contoh : Enzim, myosin, fibrinogen
 Berdasarkan fungsi biologinya protein dapat
dibedakan menjadi beberapa macam :
1. Enzim (Alcohol dehydrogenase, lipase dll)
2. Protein simpan (storage)
- Ovalbumin (protein putih telur)
- Casein (protein susu)
- Zein (protein biji jagung)
3. Protein transport
- Hemoglobin (transport O2 dlm darah)
- Myoglobin (transport O2 dlm otot)
- Serum albumin (transport asam lemak di darah)
4. Protein gerak (kontraktil)
- Myosin dan actin( prot gerak pada otot)
- Dynein (prot gerak pada
5. Protein perlindungan (protective).
- antibodi
- fibrinogen
- thrombin)
6. Toksin
- Ricin dan Gossypin
7. Hormon atau pengatur
- insulin
- hormon tumbuh
- represor
8. Protein struktural
- coat protein virus
- Keratin
- Collagen
- Elastin
 UNIT PENYUSUN PROTEIN
Protein tersusun dari asam amino-asam amino yang disatukan oleh
ikatan peptida. Protein mempunyai banyak ikatan peptida sehingga
protein sering disebut molekul polipeptida

Ada 20 macam asam amino yang menyusun protein dan berdasar-

kan gugus R dikelompokan menjadi 4.

COOH Gugus karboksil

H2N C H

R Gugus R (samping)

Gugun amino
Struktur umum asam amino
Protein dan peptida merupakan polimer dari
asam amino yang berikatan dengan ikatan
peptida atau ikatan amida (amide bonds)
Ikatan peptida antar asam amino pada peptida atau protein (gugus
karbosil berikatan dengan gugus amina pada asam amino berikutnya).
Pada salah satu ujung asam amino yg mempunyai gugus amina bebas
disebut ujung N-terminal dan yg mempunyai gugus karboksil bebas
disebut ujung C-terminal)
Ikatan peptida antar asam amino penyusun protein

Ujung N Ujung C

Pelepasan air (H2O) Arah

pemanjangan
asam amino
Proses penyatuan asam amino-asam amino sehingga
membentuk protein terjadi di ribosom.

Proses penyatuan atau penyambungan asam amino-

asam amino hanya terjadi pada ujung C atau ke
arah ujung C
Konfigurasi D (dextro) dan
L (lefto) pada asam amino

Sifat zwitterion atau amfoter

dari asam amino karena
adanya ion hidrogen yg
berionisasi pada gugusnya
Senyawa asam
amino hampir
selalu dalam
kondisi
bermuatan,
sehingga
dikenal adanya
nilai pKa
Titik isoelektris (pI) asam amino merupakan nilai pH
dimana asam amino tersebut muatan elektriknya (net
charge) sama dengan 0.
pI merupakan nilai rata-rata pKa dari gugus yang
berionisasi
Asam amino penyusun protein dapat dibedakan
berdasarkan gugus R:
1. Gugus R non polar (hidrofobik)
2. Gugus R Polar

3. Gugus R bermuatan negatif

4. Gugus R bermuatan positif
 nonpolar A ala alanine
C cys cysteine
polar D asp aspartic acid
E glu glutamic acid
acidic (negative F phe phenylalanine
charge) G gly glycine
basic (positive charge) H his histidine
I ile isoleucine
K lys lysine
L leu leucine
M met methionine
N asn asparagine
P pro proline
Q gln glutamine
R arg arginine
S ser serine
T thr threonine
V val valine
W trp tryptophan
Y tyr tyrosine
Campuran asam amino dapat dipisahkan atas
dasar polaritasnya
Campuran asam amino dapat juga dipisahkan
atas dasar nilai pI nya dengan elektroforesis
Pewarnaan asam amino dengan ninhydrin bisa
dimanfaatkan untuk deteksi asam amino secara kwantitatif
menggunakan HPLC (high performance liquid
chromatography)

Ujung C-terminal pada protein dapat diidentifikasi dengan

perlakuan carboxypeptidase dan ujung N-terminal dengan
determinasi Edman Degradation
 STRUKTUR PROTEIN
Kebanyakan protein mempunyai struktur 3 D
(konfigurasi glubular)
Struktur Primer :
Asam amino
penyusun protein
berikatan satu
sama lain hanya
dengan ikatan
peptida sehingga
membentuk
struktur linier
memanjang
Struktur Skender : adanya ikatan/lipatan secara teratur
dari rantai polipeptida yang distabilisasikan oleh ikatan H
Struktur Tersier : struktur 3 demensi dimana selain ikatan
peptida terdapat pula ikatan lain diantara asam amino
seperti ikatan disulfida, ikatan hidrophopik, ikatan dengan
molekul air dll.
protein folding

• in addition to hydrogen
bonds and the force to
minimize the exposure of
hydrophobic amino acid
sidechains, there are
other mechanisms that
assist folding

• disulfide bonds occur

between two cysteines

• a positively charged
sidechain may form an
ionic bond with a
negatively charge
sidechain (lysine ->
aspartate)
 protein folding

• temperature (heat), pH and solvent conditions can be adjusted to unfold

a protein back into a more extended form.

• when the unfolding conditions are reverted, many proteins have enough
information stored in their sequence of amino acids to refold back to
exactly the same tertiary structure. Other proteins get stuck along the
way (curdled milk stays curdled after heat/cool treatment)

• much research is done to solve the protein folding problem, or given a

sequence, can one predict how the protein will fold up.
Struktur Quarterner :
Struktur yang
ditimbulkan adanya
penggabungan 2
atau lebih unit
polipetida yang
mempunyai struktur
skender atau tersier
RINGKASAN STRUKTUR PROTEIN
Pemisahan protein dengan gel elektroforesis
Marka protein untuk menentukan berat molekul protein
Analisis 2D eleltroforesis’ pemisahan
protein berdasarkan titik isoelektris
(IEF) dan berat molekulnya
 SINTESIS PROTEIN

Pada organisme prokariot maupun eukariot protein

disintesis diribosom.
Secara garis besar ada 3/4 tahapan dalam sintesis
protein
DNA
Transkripsi
Eukariotik
Prosesing mRNA mRNA
• Capping ‘5
Translasi
• Tailing ‘3
• Splicing Polipeptida/
Pre protein
Post Translasi
Protein