PROTEIN

Protein merupakan makromolekul yang paling berlimpah (50% b.k)

Struktur dan fungsinya sangat beragam
Protein merupakan instrumen pengekspesi informasi genetik
Protein dibangun oleh 20 asam amino berikatan kovalen dengan
urutan/sequence yang khas
Ikatan kovalen pada protein disebut ikatan peptida
Bahan alami yang termasuk protein : enzim, hormon, lensa mata, bulu
burung, jaring laba-laba, kulit kura-kura, protein susu, bisa ular,
antibiotika, enkefalin (protein otak untuk penenang alami), racun jamur

giyatmi/biokimia/protein 1
 Fungsi Protein

1. Enzim : Ribonuklease, Tripsin

* berfungsi sebagai katalisator
* lebih dari 2000 jenis enzim yang mengkatalisir reaksi yang berbeda
2. Transport : Hemoglobin, Albumin serum, Mioglobin, Lipoprotein
* mengikat dan membawa molekul/ion spesifik dari satu organ ke
organ lain
3. Pengatur : insulin, hormon, represor
* membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi
4. Pertahanan : Antibodi; bisa ular, fibrinogen, trombin, toksin botulin
* mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies
lain atau melindungi organisme tersebut dari luka
giyatmi/biokimia/protein 2
5. Struktural : kolagen, elastin, keratin, fibroin, proteoglikan
* berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran penyangga untuk
memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi
6. Kontraktil : aktin, miosin, tubulin
* memberikan kemampuan kepada sel dan organisme untuk
berkontraksi, mengubah bentuk atau bergerak
7. Nutrien & penyimpanan : albumin, casein, gliadin
* dibutuhkan untuk pertumbuhan

giyatmi/biokimia/protein 3
 ASAM AMINO

Asam amino pertama yang ditemukan 1806 adalah asparagin (dari

asparagus); kemudian tahun 1938 : treonin, glutamat, glisin

COOH

NH2- C H ---- karbon asimetris, pusat khiral sehingga asam

amino bersifat optis aktif, kecuali glisin
R

giyatmi/biokimia/protein 4
 Stereoisomer asam amino

COOH COOH

NH2- C H H- C - NH2

R R

L alanin D - alanin

* asam amino berkonfigurasi L merupakan penyusun protein sedang

asam amino D bukan penyusun protein. Karena alasan enzimatis
maka asam amino yang dapat dicerna adalah yang berkonfigurasi L.
* Enzim umumnya bersifat stereospesifik, apabila konformasinya
berubah maka aktivitasnya berubah/hilang
giyatmi/biokimia/protein 5
 Penggolongan Asam Amino

Penggolongan asam amino berdasarkan polaritas kandungan gugus R

(pada pH 7)
Gugus R non polar :
Alanin Isoleusin Leusin Metionin
Fenilalanin Prolin Triptofan Valin
Gugus R polar, tetapi tidak bermuatan
Asparagin Sistein Glutamin Glisin
Serin Treonin Tirosin
Gugus R bermuatan negatif
Asam aspartat Asam glutamat
Gugus R bermuatan positif
Arginin Histidin Lisin
giyatmi/biokimia/protein 6
 Rumus Molekul Asam Amino

Gugus R Non Polar

giyatmi/biokimia/protein 7
 Rumus Molekul Asam Amino

Gugus R Polar, tetapi tidak bermuatan

giyatmi/biokimia/protein 8
 Rumus Molekul Asam Amino

Gugus R bermuatan negatif

Gugus R bermuatan positif

giyatmi/biokimia/protein 9
 Asam Amino Non Protein

Hidroksi Prolin (kolagen)

Hidroksi lisin (kolagen)

Metil lisin (miosin)

Desmosin (elastin)

giyatmi/biokimia/protein 10
 Ionisasi Asam Amino

Dalam larutan, Asam Amino terionisasi dan bersifat sebagai

asam atau basa (senyawa amfoter)

Asam amino dengan gugus amino dan karboksil tunggal dapat

bersifat ion dipolar (zwitterion) yang bersifat netral

- pK gugus COOH + 2,3

- pK gugus NH2 + 9,4
- pK gugus R bervariasi

pI (titik isoelektrik) = (pK1 + pK2)/2

pH > pI muatan negatif, menuju ke anoda (elektroda +)
pH < pI muatan potsitif, menuju ke katoda (elektroda -)
giyatmi/biokimia/protein 11
 Harga pK bagi Gugus Mengion pada Beberapa Asam Amino

Asam amino pK1 (-COOH) pK2 (-NH3+) pK R (gugus R)

Glisin 2.34 9.6
Alanin 2.34 9.69
Leusin 2.36 9.60
Serin 2.21 9.15
Treonin 2.63 10.43
Glutamin 2.17 9.13
Asam aspartat 2.09 9.82 3.86
Asam glutamat 2.19 9.67 4.25
Histidin 1.82 9.17 6.0
Sistein 1.71 10.07 8.33
Tirosin 2.20 9.11 10.07
Lisin 2.18 8.95 10.53
Arginin 2.17 9.04 12.48

giyatmi/biokimia/protein 12
 Pemisahan Asam Amino

a. Dengan elektroforesis kertas (berdasarkan muatan)

- kertas dibasahi buffer pH tertentu
- pada akhir proses, kertas dikeringkan dan disemprot dengan ninhidrin
untuk visualisasi hidradantin (ungu)

giyatmi/biokimia/protein 13
 Pemisahan Asam Amino

b. Dengan kromatofrafi penukar ion

berfungsi untuk memisahkan, mengidentifikasi dan menghitung jumlah
tiap-tiap asam amino
- larutan asam (pH 3), campuran asam amino dituang ke dalam kolom.
Asam amino bermuatan positip akan menukar ion Na+ yang berikatan
dengan SO3-
- pada pH 3 asam amino yang bermuatan paling positip (lisin, arginin dan
histidin) akan terikat paling kuat pada resin. Asam glutamat & aspartat
akan bergerak ke bawah dengan kecepatan paling tinggi karena terikat
paling lemah pada resin
- hasil dikumpulkan menjadi beberapa fraksi dan setiap fraksi disuntikkan/
diinjeksikan ke dalam GC/HPLC -- kromatogram

giyatmi/biokimia/protein 14
 PEPTIDA

Dua molekul asam amino diikat secara kovalen yang disebut ikatan
peptida menghasilkan dipeptida

H O H O

H3 N+ -CC + H3N+ - C C
R1 O- R2 O-

O O
H3N+ - CH C - NH CH C
R1 Ikatan R2 O-
peptida

giyatmi/biokimia/protein 15
 STRUKTUR PROTEIN

Struktur primer dari protein terbentuk dengan ikatan peptida

(kovalen) selanjutnya struktur sekunder, tersier dan kuartenernya
dapat terbentuk karena adanya ikatan non kovalen seperti interaksi
hidrofobik, hidrofilik, disulfida, ikatan hidrogen, dan interaksi van
der waals
Penamaan struktur primer protein atau peptida yang lebih pendek
diawali dari ujung amino ke arah ujung karboksil
Sequence struktur primer protein terpolakan dari DNA

giyatmi/biokimia/protein 16
 Struktur sekunder protein bisa berupa -heliks (untuk protein
globular) dan -pleated sheet; yang terbentuk karena adanya
interaksi non kovalen.
-heliks
Struktur protein sekunder yang terbentuk karena ikatan H
membentuk suatu helix right handed dengan gugus R asam
aminonya mengarah ke luar helix
Interaksi H terjadi untuk setiap 4 asam amino berturutan

giyatmi/biokimia/protein 17
-pleated sheet
Terbentuk karena ikatan H antar rantai
Rantai peptida bisa paralel atau anti paralel
Gugus/rantai samping berada di bawah atau di atas sheet/lipatan

giyatmi/biokimia/protein 18
Struktur tersier
Pelipatan secara keseluruhan suatu rantai polipeptida
Daerah-daerah struktur dan dihubungkan oleh bagian lipatan
ireguler dari rantai polipeptida
Struktur Kuartener
Susunan polipeptida bersama-sama dlm kompleks rantai (multiple chain)
Ikatan yang memantapkan struktur protein :
1. Interaksi eletrostatik
2. Ikatan hidrogen
3. Interaksi hidrofobik
4. Ikatan disulfida giyatmi/biokimia/protein 19
 Reaksi Pada Peptida

Terdapat 2 reaksi peptida yang penting:

1. Peptida dapat dihidrolisis dengan asam/basa kuat + panas, enzim
proteolitik seperti tripsin (ikatan peptida pada gugus karboksil
residu lisin atau arginin) dan khimotripsin (ikatan peptida gugus
karboksil pada fenilalanin, triptofan dan tirosin)
2. Gugus -amino dari asam amino bebas + 1-fluoro-2,4-dinitrobenzen
----- 2,4 dinitrofenilamin (penentuan sequence)

giyatmi/biokimia/protein 20
 Denaturasi

Perubahan atau modifikasi terhadap struktur sekunder, tersier dan

kuartener terhadap molekul protein tanpa terjadinya pemecahan
ikatan-ikatan kovalen
Denaturasi dapat dilakukan dengan :
- panas
- pH ekstrem
- bahan kimia
- mekanik

giyatmi/biokimia/protein 21
 Pemisahan Protein

1. Proses Dialisis
Partikel besar protein tetap tertahan
dalam kantong dialisis sedang partikel
kecil/halus akan merembes keluar
melalui pori-pori halus (NaCl, glukosa)
2. Filtrasi Gel
setelah campuran protein dibebaskan dari molekul-molekul kecil, maka
dapat dipisahkan berdasarkan ukurannya oleh/dengan filtrasi gel
- selama pencucian mol. protein kecil
menembus butiran dekstran & ditahan
- protein yang lebih besar muncul pertama
dari kolom
giyatmi/biokimia/protein 22
 Protein juga dapat dipisahkan dengan elektroforesis, berdasarkan
tanda dan jumlah muatan listrik gugus R, terminal amino &
terminal karboksil yang bermuatan. Rantai polipeptida protein juga
merupakan titik isoelektrik yang khas. Pada pH tertentu campuran
protein mengandung gugus yang bermuatan total negatif, positif
atau netral
Metode lain yang juga baik untuk memisahkan protein adalah
kromatografi pertukaran ion -- HPLC

giyatmi/biokimia/protein 23
 PROTEIN

Protein digolongkan menjadi 2 jenis utama :

- Protein serat
- Protein globular

PROTEIN SERAT
Rantai polipeptida tersusun di dalam untaian/lembaran panjang
berperan dalam anatomi & fisiologi hewan
Jenis : - keratin, kolagen, elastin, aktin, miosin

giyatmi/biokimia/protein 24
 - keratin
Memberi perlindungan eksternal bagi vertebrata
Contoh : rambut, wol, sayap, kuku, cakar, duri, sisik, tanduk, kulit
penyu, dll
Rantai polipeptida mempunyai konformasi -heliks
----- kaya dengan asam amino hidrofobik (bersifat tidak larut air) :
fenilalanin, isoleusin, valin, metionin, alanin, dan sistin

giyatmi/biokimia/protein 25
Kolagen & Elastin
Protein utama pada jaringan pengikat yang terdiri dari struktur
ekstraseluler dan unsur penyangga tubuh
Contoh : urat, persendian, tulang rawan, matriks organik tulang
Menyelubungi pembuluh darah
Membentuk & mengikat sel bersama-sama menjadi jaringan
Membentuk senyawa dasar ekstraseluler diantara sel

giyatmi/biokimia/protein 26
 Kolagen jika dididihkan didalam air akan mengalami transformasi,
dari bentuk untai, tidak larut dan tidak tercerna menjadi gelatin,
yaitu campuran polipeptida yang larut
Kolagen mengandung : - 35 % glisin
- 11 % alanin
- prolin, 4-hidroksi prolin, 5-hidroksilisin
dalam jumlah tinggi
Elastin : - bersifat elastis
- merupakan jalinan rantai polipeptida yang dijembatani oleh
desmosin

giyatmi/biokimia/protein 27
Aktin & Miosin
Pada otot kerangka
Fungsi : struktural & kontraktil
Miosin :
- molekul serupa batang yang berukuran relatif panjang dengan ekor
yang merupakan 2 polipeptida -heliks yang melilit terhadap satu
sama lain dan mempunyai kepala dengan susunan yang kompleks
dan dilengkapi dengan aktivitas enzim
- Kepala miosin bersifat globular
- Enzim mengkatalisis hidrolisis ATP -- ADP + P
- Sejumlah miosin tersusun bersama-sama membentuk filamen tebal
giyatmi/biokimia/protein 28
 Aktin (Filamen tipis) :
- terdapat 2 bentuk : aktin globular (G-aktin) & aktin serat (F-aktin)
- aktin serat merupakan untaian panjang dari molekul G-aktin yang
membentuk suatu filamen
- Kontraksi otot kerangka disebabkan oleh meluncurnya filamen tipis
di sepanjang filamen tebal, yang dirangsang oleh adanya protein
otot lain & ion Ca2+ serta membutuhkan ATP

giyatmi/biokimia/protein 29
MIOSIN

Protein utama pada filamen tebal 45% dari protein miofibrilar jaringan
Protein memanjang, sampai ~160 nm, ~MW 480,000
Total mengandung 6 rantai polipeptida 2 rantai berat, 4 rantai ringan
2 rantai berat
ada bagian kepala (protein globular) & ekor (protein batang)
Bagian kepala berikatan dengan AKTIN, menggunakan hidrolisis
ATP untuk menghasilkan daya & bergerak kearah muatan +
Ada miosin yang bergerak ke muatan (-), yaitu miosin VI
4 rantai ringan
6 rantai peptida mmembentuk struktut kuartener menyerupai tongkat
yang memiliki 2 kepala
Bagian ekor terdiri atas 2 rantai berat -heliks yang saling melipat
membentuk struktur super sekunder -heliks
Struktur ini berujung pada bagian kepala
Setiap kepala dihubungkan dg rantai ringan 4 rantai ringan tiap miosin
AKTIN
Protein utama pada filamen tipis 20% dari
protein miofibrilar jaringan
Terikat ke struktur jaringan lebih kuat drpd
miosin
Bentuknya seperti 2 kacang yg tersusun
berdampingan
Monomer aktin globuler aktin atau G-aktin
374-375 AA, MW 42,000-48,000
Stabil dlm air
Mengikat kuat ATP ADP + PO4 organik
G-aktin membentuk struktur double-helical
disebut aktin fibrous F-aktin
F-aktin berinterakti dg bagian kepala
miosin
AKTOMIOSIN
Aktin dan misoin
membentuk struktur
kompleks yang disebut
aktomiosin
Kompleks terpisah
kembali jika ada ATP
Aktomiosin terjadi ketika
jaringan mengalami
Pada hewan Pada hewan mati postmortem karena ATP
hidup ATP terurai terurai
Protein filamen postmortem
menyebabkan
kontrkasi dan
relaksasi
Perlu energi
besar dari ATP

Myosin
PROTEIN GLOBULAR
Rantai polipeptida berlipat-lipat rapat menjadi bentuk bulat/globular
Penting bagi aktivitas biologi
Contoh : Mioglobin, hemoglobin
Mioglobin :
berfungsi dalam sel otot untuk menyimpan O2 yang diabsorbsi dari
darah dan melepaskannya bila diperlukan untuk oksidasi intraseluler
dalam mitokondria
mempunyai 2 komponen sebagai karier O2 :
1. Globin, suatu polipeptida
2. Heme, suatu senyawa cincin planar yang mempunyai besi
(Fe2+) pada pusatnya
giyatmi/biokimia/protein 33
 Peranan heme adalah mengikat O2 sel darah merah
- Heme bertindak sebagai gugus prostetik, yaitu bagian non
polipeptida protein yg berperanan secara langsung pd fungsi protein
Peranan globin adalah membuat pengikatan O2 bersifat reversibel
Pelipatan polipeptida globin menimbulkan 8 daerah heliks (dimulai
dari terminal N), ----- membentuk kantong yang mengikat gugus
hem
Atom besi pada pusat heme mempunyai 2 ikatan koordinasi lurus
pada bidang heme
- satu berikatan dengan gugus R residu histidin pada posisi 93
- satu berada pada sisi tempat pengikatan molekul O2

giyatmi/biokimia/protein 34
 Structure of hemoglobin. The
protein subunits are in red and
blue, and the iron-containing
heme groups in green
Karbon monooksida (CO) bersaing dengan oksigen untuk berikatan
dengan besi hem ----- CO bersifat toksik karena membatasi
transpor & penyimpananan O2 . Pengikatan hem terhadap CO 200 x
lebih kuat dibandingkan pengikatan O2
Hemoglobin
Mengandung 4 rantai polipeptida (tetramer) yang terdiri atas 2 tipe,
masing-masing 2 rantai -- ditandai dengan dan
Struktur tersier polipeptida dan sama dengan mioglobin
Masing-masing polipeptida hemoglobin mempunyai 8 daerah heliks
yang melipat membentuk kantung hem non polar

giyatmi/biokimia/protein 35