Asam Amino dan Protein

I.  ASAM AMINO
Asam amino esensial
Asam amino disebut esensial bagi suatu spesies apabila spesies tersebut tidak mampu memproduksi atau selalu
kekurangan asam amino yang bersangkutan. Spesies itu harus memasoknya dari luar (makanan). Bagi manusia,
ada sepuluh asam amino esensial yang harus dipenuhi dari diet sehari-hari.

Asam amino non esensial

Pengertian Asam Amino
Merupakan unit penyusun protein. Struktur: satu atom C sentral (C-α) yang mengikat secara kovalen yaitu
gugus amina, gugus karboksil, satu atom H dan rantai samping (gugus R)
   
(d.1) Gugus R  rantai samping yang berbeda-beda               pada setiap jenis asam amino
(d.2) Gugus R yang berbeda-beda tersebut menentukan:
                (i)            Struktur                                                 
                (ii)           Ukuran
                (iii)          Muatan elektrik
                (iv)           Sifat kelarutan di dalam air
Struktur Asam Amino (Isomerisme)(Optical activity The l and d Isomers of Amino Acids)
Cα  asimetris :  C khiral
NH3+ kiri  L= levo = left.
NH3+ kanan  D= dextro= right
Pembentukan Ikatan Peptida
Polimerisasi asam amino
1.         Dua asam amino
2.        Pembentukan ikatan kovalen & Pelepasan molekul air . . .
3.        Pembentukan ikatan Peptida  -CO—NH-
Asam amino standar
•          Asam amino yang menyusun protein organisme ada 20 macam disebut sebagai asam amino standar
•          Diketahui asam amino ke 21 disebut selenosistein (jarang ditemukan) terdapat dibeberapa enzim seperti
glutation perosidase
•          Selenenosistein dengan kode genetik:  UGA  merupakan stop kodon  tjd pd mRNA.
Klasifikasi Asam amino
•          Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai samping)
•          Biasanya sifat-sifat seperti: hidrofobik/hidrofilik, polar/non polar, ada/tidaknya gugus terionisasi
•  20 Asam-amino
•  Hidrofilik vs. Hidofobik
•  Bermuatan  vs. Polar
a.     Asam amino non polar
•          Memiliki gugus R alifatik
•          Glisin, alanin, valin, leusin, isoleusin dan prolin
•          Bersifat hidrofobik. Semakin hidrofobik suatu a.a spt Ile (I)  biasa terdapat di bagian dlm protein.
•          Prolin berbeda dgn a.a  siklis. Tapi mempunyai banyak kesamaan sifat dgn kelompok alifatis ini.
•          Umum terdapat pada protein yang berinteraksi dengan lipid
b. Asam amino polar
o  Memiliki gugus R yang tidak bermuatan
o  Serin , treonin, sistein, metionin, asparagin, glutamin
o  Bersifat hidrofilik  mudah larut dalam air
o  Cenderung terdapat di bagian luar protein
o  Sistein berbeda dgn yg lain, karena gugus R terionisasi pada pH tinggi (pH = 8.3) sehingga dapat mengalami
oksidasi dengan sistein membentuk ikatan disulfida
o  (-S-S-)  sistin (tidak termasuk kedalam a.a. standar karena selalu terjadi dari 2 buah molekul sistein dan tidak
dikode oleh DNA)
Asam amino dengan gugus R aromatik
•          Fenilalanin, tirosin dan triptofan
•          Bersifat relatif non polar  hidrofobik
•          Fenilalanin bersama dgn V, L & I  a.a paling hidrofobik
•          Tirosin  gugus hidroksil , triptofan  cincin indol
•          Sehingga mampu membentuk ikatan hidrogen  penting untuk menentukan struktur enzim
•          Asam amino aromatik mampu menyerap sinar UV λ 280 nm  sering digunakan untuk menentukan kadar
protein
Asam amino bermuatan

a.     Asam amino dengan gugus R bermuatan positif

•          Lisin, arginin, dan histidin
•          Mempunyai gugus yg bsifat basa pada rantai sampingnya
•          Bersifat polar  terletak di permukaan protein dapat mengikat air.
•          Histidin mempunyai muatan mendekati netral (pada gugus imidazol) dibanding
–        lisin  gugus amino
–        arginin  gugus guanidino
•          Karena histidin dpt terionisasi pada pH mendekati pH fisioligis  sering berperan dalam reaksi enzimatis
yg melibatkan pertukaran proton
b.     Asam amino dengan gugus R bermuatan negatif
•          Aspartat dan glutamat
•          Mempunyai gugus karboksil pada rantai sampingnya  bermuatan (-) / acid pada pH 7
Asam amino non standar
•          Merupakan asam amino diluar 20 mcm as. Amino standar
•          Terjadi karena modifikasi yang terjadi setelah suatu asam amino standar menjadi protein.
•          Kurang lebih 300 asam amino non standar dijumpai pada sel
 Modifikasi serin yang mengalami fosforilasi oleh protein kinase
 Modifikasi prolin  dlm proses  modifikasi posttranslasi, oleh prokolagen prolin hidroksilase.
Ditemukan pada kolagen untuk menstabilkan struktur
Dari modifikasi Glu oleh vit K.  karboksi glutamat mampu mengikat Ca  penting utk penjendalan darah.
Ditemukan pd protein protombin
•          Modifikasi lisin. Terdapat di kolagen dan miosin (protein kontraksi pd otot)  dan berperan untuk sisi terikatnya
polisakarida
•          Beberapa ditemukan asam amino nonstandar yang tidak menyusun protein  merupakan
senyawa antara metabolisme (biosintesis arginin dan urea)

Sifat Fisika dan Kimia

Ikatan-ikatan kimia yang lemah pada protein dapat dipecahkan atau dirusak dengan perlakuan tertentu, yang
mengakibatkan suatu polipeptida melakukan ‘unfold’. Bila hal ini terjadi, protein dikatakan
mengalamidenaturasi. Bila larutan protein dipanaskan, kalor dapat memecahkan beberapa ikatan lemah,
seperti ikatan hidrogen, gaya van der Waals, maupun antaraksi hidrofob. Perubahan pH juga dapat merubah
struktur protein sebab akan merubah muatan dari gugus rantai samping asam amino, yang pada akhirnya dapat
mempengaruhiikatan ionik maupun ikatan hidrogen. Pereaksi seperti larutan urea 8,0 M, dapat merusak baik
ikatan hidrogen maupun antaraksi hidrofob.
Titik Isoelektrik Asam Amino (Amino acid isoelectric point)
Kurva Titrasi Asam Amino
pKa gugus karboksil = 1,8 – 2,5
pKa gugus amino     = 8,7 – 10,7
Kurva titrasi Histidin (Dissociation curve of histidine)
Ion-ion  yang terbentuk dalam Asam-amino, tanpa memperhatikan ionisasi pada rantai samping ( -R). Bentuk
Kation terjadi pada pH rendah, titrasi pada spesi kation dengan basa menghasilkan Zwitzer-ion (netral)  dan
akhirnya bentuk Anion. (Irving Geis)
Tiga bentuk Gly +, Gly 0, and Gly -, we can write the first dissociation of Gly as
Konstanta disosiasi K1 adalah:
Harga K1 pada asam-amino umumnya = 0.4  - 1.0 x10-2 M,
Pada asam-amino tertentu pK1 = 2.0 to 2.4 (see Table).
Demikian juga pada reaksi disosiasi selanjutnya, ditulis sbg reaksi berikut:
Konstanta disosiasi K2 adalah:
Nilai pKa dalam range 9.0 - 9.8.
Pada pH fisiologis, gugus -karboksilat pada asam-amino simpel (tanpa ionisasi rantai samping)  terdisosiasi
sempurna, dimana gugus amino belum terdisosiasi.
Kurva titrasi seperti dalam gambar berikut.
Gambar titrasi Glisin, asam-amino simplel. Titik Isoelektrik = pI,  pH dimana molekul protein bermuatan 0,
didefinisikan (pK1+ pK2)/2.
Asam-amino yang jarang (Uncommon Amino Acids)
 Beberapa asam-amino jarang terdapat dalam protein, al.
  hidroksilisin dan hidroksiprolin: terdapat dalam collagen dan protein gelatin,
  tiroksin (3,3’,5,5’-tetraiodotironin) dan 3,3’,5-triiodotironin: asam amino teriodinasi terdapat hanya dalam
tiroglobulin, protein yang diproduksi kelenjar tiroid.
  Otot tertentu mengandung metil-asam-amino, mis. metil-histidin, ε-N-metil-lisin,  ε-N,N,N, trimetil-lisin,
  Asam γ-Karboksiglutamat, terdapat dalam beberapa protein koagulasi darah,  dan  asam piro-glutamat terdapat
dalam light-driven proton-pumping    protein, disebut bacteriorhodopsin.
  Protein yang terlebat pada pertumbuhan sel dan regulasi fosforolasi reversibel pada gugus –OH serin, treonin dan
residu tirosin.
  Asam amino adipat, protein isolasi dari jagung.
  N-methylarginine & N-acetyllysine, terdapat dalam histon terikat pada kromosom.
Struktur beberapa asam amino yang terdapat dalam protein tertentu.
Hydroxylysine and hydroxyproline : terdapat dalam proteksi koneksi jaringan.
Asam Piroglutamat : terdapat dalam bacteriorhodopsin (protein Halobacterium halobium).
Asam aminoadipat: protein isolasi dari jagung.
Asam Amino tidak terdapat dalam Protein.
Asam amino tertentu dan derivatnya, meski tidak terdapat dalam protein mempunyai peran penting secara
biokimia. Beberapa contoh asam amino:
  Asam amino-butirat / GABA:  diperoleh dari dekaboksilisasi asam glutamat dan potensi untuk neurotransmiter.
  Histamin: sintesa dari dekarboksilisasi histidin, dan serotonin, derivat  dari triptopan, berfungsi sebagai
neurotransmiter dan regulator.
  Alanin: terdapat dalam peptida carnosine & anserine  komponen dari asam-pantotenat (vitamin), bagian dari co-
enzym A.
  Epineprin (spt Adrenalin): derivat dari tirosin, sebagai hormon.
  Penisilamin: komponen dari antibiotik penicillin.
  Ornithine, betaine, homocysteine, dan  homoserine: penting sebagai metabolic intermediates.
  Citrulline: immediate precursor of arginine.

Ikatan Peptida
Fungsi biologi asam amino
1.         Penyusun protein.
2.        Kerangka dasar sejumlah senyawa penting               dalam metabolisme (vitamin dan asam nukleat).
3.        Pengikat ion metal penting yang diperlukan            dalam dalam reaksi enzimatik.

II. PROTEIN
1. Molekul yg sangat vital untuk organisme  terdapat di semua sel
2. Polimer  disusun oleh 20 macam asam amino standar
3. Rantai asam amino dihubungkan dengan ikatan kovalen yang spesifik
4. Struktur & fungsi ditentukan oleh kombinasi, jumlah dan urutan asam amino
5. Sifat fisik dan kimiawi  dipengaruhi oleh asam amino penyusunnya

Fungsi Protein :
1. Protein struktur dan pendukung mekanis (Kolagen).
2. Protein transport dan cadangan (hemoglobin, albumin)
3. Protein penggerak dan koordinasi gerak (aktin & miosin)
4. Enzim/katalis.
5. Pertahanan tubuh (antibodi)
6. Transmisi impuls syaraf (reseptor asetilkolin).
7. Pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi (insulin atau stimulasi hormon tiroid)
Struktur Protein
   Struktur Primer : Ikatan kovalen antar asam amino (ikatan peptida dan disulfida)
   Struktur Sekunder : Ikatan hidrogen intra rantai peptida (α helix) dan antar rantai peptida (pleated sheet).
   Struktur Tertier : Efek hidrofob; Ikatan H antar peptida & rantai samping ; ikatan elektrostatik (ionik); ikatan
Van der Walls.
   Struktur Kuartener: Beberapa rantai polipeptida struktur tertier (sub unit) membentuk multi unit struktur
kuartener, dengan ikatan non-kovalen (efek hidrofob; Ikatan H antar peptida; ikatan elektrostatik (ionik); ikatan
Van der Walls).
Motif ( struktur super-sekunder)
Kombinasi α-helix, β Sheet, loop.
 Macam-macam kombinasi :
•          helix – loop – helix : pada Ca-binding protein
•          Coiled coil : zipper leusine pada transkripsi protein.
•          Bundel helix.
•          β α β unit.
•          Hairpin : koneksi 2 β sheet antiparalel.
•          Greek key : β sheet   dg 4 β strand antiparalel
•          β meander : koneksi β strand multipel.
•          β sandwich : β strand saling bertumpukan.
Bentuk struktur & fungsi
  Protein globural – spheric: larut dalam air, interior hidrofob & exterior hidrofil, berperan dalam fungsi sel. Mis.
Enzim.
  Protein fibrous – spt benang/ pipa: tidak larut dalam air, pendukung mekanis & struktur.  Mis. Keratin dan
kolagen
Mioglobin & Hemoglobin
Keduanya berfungsi dalam sirkulasi oksigen, mioglobin didalam jaringan & hemogloblin dalam aliran darah
(eritrosit), terdapat heme  porphyrin + Fe 2+
Struktur mioglobin: lebih kompak, 75% α-helix ( 8 helix), 4 helix dg terminus prolin, rantai peptida utama
planar. Heme terletak pada celah struktur. Miogloblin kuda td 1 unit protein, 1 heme.
Struktur hemoglobin: tetramer α2 β2   sebagai protein globular, dengan 4 heme.