BAB

5
STRUKTUR DAN
FUNGSI PROTEIN

1. Pengantar
Protein merupakan polipeptida alami yang memiliki berat molekul lebih dari 5.000.
Makromolekul ini sangat berbeda-beda sifat fisiknya, mulai dari enzim yang
larut dalam air sampai keratin yang tak larut seperti rambut dan tanduk.
Protein memiliki berbagai fungsi biologis yang berbeda-beda pula, yaitu: 1.
Katalis enzim. Enzim merupakan protein katalis yang mampu
meningkatkan laju reaksi sampai 1012 kali laju
awalnya.
2. Transport dan penyimpanan. Banyak ion dan molekul kecil diangkut
dalam darah maupun di dalam sel dengan cara berikatan pada protein
pengangkut. Contohnya, hemoglobin merupakan protein pengangkut
oksigen. Zat besi disimpan dalam berbagai jaringan oleh protein ferritin.
3. Fungsi mekanik. Protein ini menjalankan peranan sebagai pembentuk
struktur. Misalnya, protein kolagen-menguatkan kulit, gigi, serta tulang.
 Membran yang mengelilingi sel dan organel juga mengandung
protein yang berfungsi sebagai pembentuk struktur sekaligus
menjalankan fungsi biokimia lainnya.
4. Pergerakan. Kontraksi otot terjadi karena adanya interaksi antara ua
tipe protein filamen, yaitu aktin dan miosin. Miosin juga memiliki aktivitas

Bab 5-Struktur dan Fungsi Protein

183

cs Dipindai dengan CamScanner

enzim yang dapat memudahkan perubahan energi kimia ATP menjadi
energi mekanik.
5. Pelindung. Antibodi merupakan protein yang terlibat dalam perusakan sel
asing.
6. Proses informasi. Rangsangan luar seperti sinyal hormon atau intensitas
cahaya dideteksi oleh protein tertentu yang meneruskan sinyal ke dalam sel.
Contoh protein seperti ini misalnya rodopsin yang terdapat dalam membran sel retina.

Fungsi-fungsi protein ini berkaitan dengan struktur protein yang masing-masing

dapat melakukan ikatan spesifik dengan molekul-molekul tertentu.
Misalnya, hemoglobin mengikat oksigen, antibodi mengikat molekul asing
tertentu, enzim mengikat molekul substrat tertentu.

2.
Pemurnian dan Karakterisasi Protein
Langkah pertama dalam pemurnian protein adalah memisahkan molekul
protein dari zat terlarut lain yang memiliki berat molekul rendah. Kemudian
dilakukan beberapa derajat pemisahan protein yang berbeda-beda, berdasarkan
sifat-sifat fisik protein seperti muatan listrik, ukuran molekul, serta kelarutan dalam
berbagai macam pelarut. Akhirnya, dilakukan proses kromatografi afinitas
yang merupakan proses pemurnian tingkat tinggi yang berdasarkan afinitas
 spesifik senyawa tertentu yang berikatan dengan suatu padatan.

Molekul protein yang memiliki berat molekul lebih dari 5.000 tidak akan dapat
melewati membran selofan. Permeabilitas selektif ini merupakan dasar dari proses
dialisis. Proses dialisis biasanya dilakukan dengan menaruh larutan protein ke
dalam kantung selofan lalu mencelupkan kantung tersebut dalam larutan
penyangga. Molekul-molekul kecil akan berdifusi melewati kantung menuju
larutan penyangga, sedangkan protein tetap berada dalam kantung.

Protein-protein tertentu dapat diendapkan dari campuran bermacam-macam

protein. Pengendapan dilakukan dengan menambahkan zat kimia tertentu,
yakni: garam netral seperti amonium sulfat (salting out); pelarut organik
seperti etanol atau aseton; atau zat pengendap seperti asam trikloroasetat. Protein
paling sedikit melarut dalam pelarut apapun bila nilai pH sama dengan
titik isoelektriknya (pH). Pada titik isoelektrik ini protein tidak bermuatan sehingga
tolakan elektrostatik antara molekul protein menjadi minimal. Meskipun
protein bisa saja memiliki muatan negatif sekaligus muatan positif pada
titik isoelektriknya, tetapi muatan totalnya nol.

Elektroforesis berarti pergerakan molekul protein bermuatan listrik dalam

suatu medan listrik. Prinsip elektroforesis ini dipakai untuk
memisahkan molekul-

184
Biokimia Dasar

cs Dipindai dengan CamScanner

molekul protein yang berbeda. Elektroforesis protein menggunakan kertas
atau gel poliakrilamida. Dalam elektroforesis sering digunakan
istilah anoda dan katoda yang membingungkan. Perlu diingat bahwa
negatif. Dalam elektroforesis,
anion adalah ion bermuatan
anion bergerak menuju anoda.
Kromatografi penukar ion bergantung pada interaksi elektrostatik antara
 protein bermuatan dengan partikel resin penukar ion yang muatannya
berlawanan. Kekuatan tarik menarik antara protein dan partikel
resin tergantung pada besarnya muatan protein (juga pH larutan)
dan pada konstanta dielektrik medium. Interaksi ini bisa dimodifikasi
dengan mengatur pH larutan atau mengatur konsentrasi garam.

Pemisahan protein berdasarkan ukuran bisa dilakukan menggunakan teknik

filtrasi gel. Teknik ini bergantung pada kemampuan molekul protein
untuk berdifusi ke dalam pori-pori matriks gel dalam suatu kolom.
Bahan gel yang biasa dipakai adalah dekstran (polimer dari glukosa)
yang berbentuk butiran kecil. Bahan ini dijual dengan nama komersial
Sephadex, yang terdapat dalam berbagai ukuran pori-pori.

Bila protein berukuran lebih besar daripada pori-pori matriks yang

terbesar, maka difusi tidak akan terjadi sehingga protein dielusi dengan
cepat. Molekul lebih kecil daripada pori-pori yang terkecil akan berdifusi
dengan bebas ke dalam semua partikel gel dan dielusi belakangan, yakni
setelah dialiri larutan penyangga yang volumenya lebih besar.
yang

Struktur dan sifat peptida maupun protein sangat tergantung pada urutan asam amino
dalam rantai peptida. Insulin adalah protein yang pertama kali diurutkan
susunan asam aminonya secara lengkap (51 residu asam amino), yakni oleh F.
Sanger di tahun 1953. Proses pengurutan protein kini dilakukan menggunakan
mesin pengurut protein otomatis (automated protein sequencers). Identifikasi
asam amino dilakukan secara step-by-step pada ujung N protein, dengan
menggunakan proses kimia yang dikenal sebagai degradasi Edman.
Asam amino pertama dalam urutan suatu peptida (residu ujung-N) bisa
ditentukan dengan cara mereaksikan peptida dengan fenilisotiosianat.
Pada pH netral, senyawa fenilisotiosianat bereaksi dengan gugus a-amino.
Setelah dilakukan hidrolisis asam lemah, hasil reaksi akan bersiklisasi
(melingkar), dengan melepaskan residu yang paling ujung sebagai
turunan feniltiohidantoin (PTH). Seluruh proses ini adalah proses
degradasi Edman (Gambar 5-1). Turunan PTH lalu dianalisis untuk
menentukan asam amino asalnya serta kuantitasnya.

Bab 5 Struktur dan Fungsi Protein

-

185

cs Dipindai dengan CamScanner

Fenilisotiosianat

་་་
་་་
་་་
ཝ་
ཡི། །
 H
S
HO H

C
H

NH-C

0411
C
N-C

R1
R2

O
·N
S=5

N-H

H
R1
H

+ H3Ñ·
C

R2
pH netral
 pH asam

Feniltiohidantoin

Gambar 5-1.
Degradasi Edman

Pereaksi lain yang juga bisa digunakan untuk mengidentifikasi ujung N antara
lain dansil klorida dan fluoro-2,4-dinitrobenzen. Senyawa-senyawa ini dapat
bereaksi dengan residu ujung amino.

186
|
H3C
CH3
N
NO2
O
A
SI
O
CI

Dansil klorida
NO2

Fluoro-2,4-dinitrobenzen

Biokimia Dasar
 cs Dipindai dengan CamScanner
Banyak protein yang mengandung ratusan residu asam amino, sehingga
kurang efektif bila dilakukan penentuan seluruh urutan asam aminonya
ini dikarenakan meningkatnya ketidakpastian
sekaligus. Hal
pada tiap tahap pengurutan. Akan lebih mudah bila
dilakukan pemotongan protein terlebih dahulu, agar didapat
potongan-potongan protein yang lebih kecil untuk diurutkan. Selain
itu, protein bisa saja mengandung jembatan disulfida yang
menghubungkan residu- residu sistein pada bagian-bagian
rantai yang berbeda atau berjauhan. Ikatan disulfida ini harus
diputuskan terlebih dahulu sebelum protein dapat
diurutkan.
Salah satu cara yang sering digunakan untuk memotong
polipeptida menjadi fragmen-fragmen yang lebih kecil adalah
dengan hidrolisis oleh enzim tripsin. Tripsin adalah enzim
pencernaan yang diproduksi oleh pankreas. Enzim ini
menghidrolisis ikatan peptida pada sisi karboksil residu lisin dan
arginin (bermuatan positif):

Tripsin

R1 Lys-Ala-R2
R1 Lys-COO + NH3+-Ala-R2

Enzim lain yang biasa digunakan untuk pemotongan protein secara selektif
adalah kimotripsin. Enzim kimotripsin menghidrolisis ikatan peptida pada sisi
karboksil residu aromatik (fenilalanin, tirosin, dan triptofan):

Kimotripsin

R1 Phe Ser -R2

R1-Phe-COO + NH3-Ser-R2
Metode kimia non enzimatik untuk pemotongan polipeptida secara spesifik yakni
menggunakan pereaksi sianogen bromida (CNBr). Pereaksi ini bereaksi dengan
residu metionin:

Bab 5 Struktur dan Fungsi Protein

-

187

cs Dipindai dengan CamScanner

R1C
H
H-
H

N-CH-C
-N-R2
R1 C
-N-
H

CH-C-N-R2

CH2
CH2O
CH2

CH2
H2O

S-CH3
 CH3 S-CN
+

Br-C=N
Br
H

R1
-N-
-CH-
+ H3N-R2

CH2

CH2

Bila protein telah dipotong dan masing-masing fragmen peptidanya telah

ditentukan urutannya, maka masalahnya sekarang adalah bagaimana menyusun
urutan fragmen-fragmen tersebut dalam susunan yang benar. Untuk itu,
setidaknya diperlukan dua set urutan fragmen peptida, yang masing-masing set
dipotong pada sisi yang berbeda.
Sebagian protein mengandung senyawa lain selain asam amino. Protein seperti
ini disebut sebagai protein konjugasi. Bagian selain asam amino pada protein
konjugasi disebut sebagai gugus prostetik, sedangkan bagian asam amino pada
protein tersebut dikenal sebagai apoprotein. Contoh protein konjugasi antara lain
glikoprotein dan proteoglikan yang mengandung karbohidrat dalam ikatan
kovalen, serta lipoprotein yang mengandung lipid sebagai gugus prostetiknya.
Tiap protein memiliki berat molekul yang unik. Ukuran atau berat molekul suatu
protein pada kondisi tertentu dapat membedakannya dari protein-protein lain.
Berat molekul (lebih tepat, berat molekul relatif), Mr, tidak mempunyai
dimensi. Mr menunjukkan massa molekul relatif terhadap 1/12 massa atom
12C. Massa molekul itu sendiri biasanya ditulis dalam satuan dalton (Da) atau
kilodalton (kDa), dengan 1 Da adalah 1/12 massa atom 12C (1,66 x 10-
24 g). Massa molar adalah massa satu mol yang ditulis dalam gram. Ketiga ukuran
yang disebutkan tadi memiliki nilai numerik yang sama, tetapi dengan satuan
yang berbeda. Sebagai contoh, serum albumin dapat ditulis memiliki berat
molekul 66.000, atau massa molekul 66 kDa, atau massa molar 66 kg mol11.
Berat molekul suatu protein ditentukan oleh urutan asam amino, modifikasi post-
translasi (misalnya glikosilasi), serta gugus nonpeptida (misalnya logam dan
kofaktor). Berat sebenarnya dari suatu rantai polipeptida dapat dihitung
dari urutan asam aminonya, tetapi ada perhitungan yang lebih mudah
untuk
 188
Biokimia Dasar

cs Dipindai dengan CamScanner

Jah
un

el

i
memperkirakan berat kasar polipeptida, yakni perhitungan rule-of-thumb
(aturan ibu jari). Perhitungan rule-of-thumb berdasarkan pada proporsi asam-
asam amino yang ditemukan dalam sebagian besar protein; sehingga
berat molekul didapat dengan mengalikan jumlah residu dengan 110.
Protein yang memiliki struktur kuaterner disusun oleh beberapa rantai
polipeptida terpisah yang ditahan oleh interaksi nonkovalen. Berat
molekul komponen rantai polipeptida dalam protein seperti ini dapat
ditentukan dalam kondisi disosiasi, yakni 8 M urea untuk
melemahkan ikatan hidrogen dan interaksi hidrofob, dan 1 mM
merkaptoetanol untuk memutuskan ikatan disulfida. Dari
perbandingan dengan berat molekul keseluruhan, dapat ditentukan
jumlah rantai polipeptida yang terlibat dalam struktur awalnya (struktur
kuarterner).

Berat molekul suatu protein dapat ditentukan menggunakan

 metode termodinamika, misalnya pengukuran tekanan osmosis, dan juga
analisis sedimentasi dalam ultrasentrifuga. Tekan osmosis sensitif
terhadap jumlah molekul dalam larutan, sehingga bila massa protein total
dalam larutan telah diketahui maka berat molar dapat dihitung. Sedimentasi
molekul protein dalam sentrifuga tergantung pada massa molekul.

Berat molekul suatu protein juga bisa diperkirakan dengan menggunakan

filtrasi gel, atau dari pengukuran kecepatan migrasi molekul melalui gel
elektroforesis; hasil pengukuran-pengukuran ini kemudian dibandingkan
dengan sejumlah berat molekul standar yang telah diketahui. Untuk menentukan
berat molekul protein secara akurat dapat digunakan teknik spektrometri
massa.
Massa molar (M) suatu zat terlarut bisa ditentukan dari pengukuran koefisien
sedimentasi (s) dan koefisien difusi (D) menurut persamaan Svedberg:
M=
RTS

D(1 - p)

dengan R adalah tetapan gas, T adalah suhu mutlak, v volume spesifik parsial
dari zat terlarut, dan p adalah kerapatan pelarut. Koefisien sedimentasi
tergantung pada ukuran, bentuk, dan berat molar zat terlarut. Koefisien
sedimentasi ini ditentukan dari kecepatan sedimentasi zat terlarut dalam medan
gravitasi suatu ultrasentrifuga. Koefisien difusi tergantung pada ukuran dan
bentuk zat terlarut, dan ditentukan dari kecepatan terbentuknya perbatasan
antara larutan dan pelarut murni.

Koefisian sedimentasi sering ditulis dalam satuan Svedberg (S), yang

namanya diambil dari Thé Svedberg, penemu sentrifuga: 1S=10-13
detik. Koefisien sedimentasi beberapa protein dapat dilihat pada daftar
berikut

189
Bab 5 Struktur dan Fungsi Protein
-
 cs Dipindai dengan CamScanner
Protein
Mr
S

Lisozim
14.000
1,9 S

Hemoglobin
64.500
4,5 S

Katalase
248.000
11,3 S

Urease
480.000
18,6 S

Volume yang dibutuhkan untuk mengelusi protein globular dari kolom filtrasi
gel merupakan fungsi penurunan dari berat molekul. Bila hasil elusi protein
sampel dibandingkan dengan serangkaian berat molekul standar yang telah
diketahui, maka perkiraan berat molekul protein sampel dapat diinterpolasi
(Gambar 5-2).

Vel

200

160
O

120
 80
4
5
LO
O

Gambar 5-2.
Log Mr

Gel filtrasi protein. Serangkaian protein yang Mr-nya berbeda dianalisis dalam
kolom Sephadex G-200 untuk mengetahui volume elusi Vel
masing-masing. Volume elusi ini diplotkan dalam grafik,
dengan dua titik data yang ditunjukkan oleh lingkaran putih
tidak dipakai untuk membentuk kurva kalibrasi.

190
Biokimia Dasar

cs Dipindai dengan CamScanner

Protein
M.
Vel (mL)

Dekstran biru*
106
85

Lisozim
14.000
200

Kimptripsinogen
25.000
190
Ovalbumin
*Dekstran biru merupakan
 45.000
170
Serum albumin
karbohidrat yang berat
65.000
150
Aldolase
molekulnya besar yang
150.000
125
mengandung molekul
Urease
500.000
90
Ferritin**
700.000
pewarna yang terikat secara kovalen.
92

Ovomukoid**
28.000
160
**Tidak digunakan dalam

Sampel enzim
kurva kalibrasi.
130

Dalam deterjen natrium dodesil sulfat (SDS), banyak protein yang

terpisahkan dan terbuka lipatannya. Sama seperti volume elusi,
mobilitas elektroforesis rantai-rantai polipeptida yang terdenaturasi oleh
SDS juga merupakan fungsi penurunan dari berat molekul. Dengan
demikian, berat molekul protein sampel dapat disimpulkan dari
mobilitas-mobilitas standar.

Dalam teknik filtrasi gel maupun teknik gel elektroforesis, sifat hidrodinamik
tergantung pada bentuk molekul. Karena itu harus dianggap bahwa
bentuk protein sampel adalah sama dengan bentuk protein-protein
standar (misalnya berbentuk bola, elips, dan sebagainya). Filtrasi gel
sangat tergantung pada ukuran efektif, bukan massa. Karena itu, jika
kerapatan protein sampel berbeda dengan standar, maka perkiraan berat
molekulnya akan tidak tepat.

Protein mengikat SDS, dan dianggap bahwa jumlah SDS yang terikat per
gram adalah sama untuk semua protein. Perbedaan jumlah ikatan per molekul
 akan menghasilkan perbedaan muatan total dan mobilitas elektroforesis,
sehingga akan didapat besar berat molekul yang salah.

Dahulu, penggunaan spektrometri massa untuk menentukan berat molekul

makromolekul biologis sangat terbatas. Hal ini dikarenakan penguapan sampel
dapat menyebabkan dekomposisi termal. Selama bertahun-tahun telah
dikembangkan berbagai teknik untuk mengatasi masalah tersebut, dan sekarang
spektrometri massa merupakan alat yang digunakan secara rutin dalam
sebagian besar laboratorium biokimia. Metode yang kini digunakan untuk
menganalisis sampel antara lain: matrix assisted laser desorption (MALDI),
yakni sampel dibungkus dalam matriks organik yang memiliki berat
molekul rendah kemudian disinari laser UV; electrospray, yakni protein sampel
dibuat larutan
asam encer kemudian disemprotkan dari jarum
bermuatan positif ke dalam kamar vakum (pelarut yang mengelilingi
protein menguap dengan cepat meninggalkan molekul protein yang
bermuatan positif); serta plasma desorption,
yakni menggunakan
partikel bermuatan yang berenergi tinggi untuk

Bab 5 - Struktur dan Fungsi

Protein
191

cs Dipindai dengan CamScanner

membebaskan sampel dari suatu pendukung logam. Spektrometri massa
memiliki ketepatan sampai sekitar 0,01% dengan hanya membutuhkan
beberapa pikomol sampel, dan dapat digunakan untuk menentukan
berat molekul dalam berbagai ukuran, mulai dari asam amino tunggal sampai
protein yang lebih besar dari 100 kDa.

3.
 Pelipatan Protein
Protein biasanya melipat membentuk struktur tiga dimensi yang teratur dan
kompak. Untuk memahami fungsi protein, perlu diketahui mengenai
konformasi atau pola lipatan tiga dimensi yang dimiliki rantai polipeptida.
Banyak poli asam amino buatan tidak memiliki konformasi yang baik
sehingga terlihat seperti random coils dalam larutan. Akan tetapi kebanyakan
protein biologis alami memiliki struktur lipat yang baik. Beberapa protein seperti
keratin rambut serta bulu memiliki bentuk serat dan tersusun dalam struktur linear atau
lembaran yang polanya berulang-ulang secara teratur. Protein yang lainnya seperti
enzim, terlipat dalam konformasi globular (bulat) seperti bola kompak.

Pelipatan protein menjadi struktur kompak berlangsung dengan diiringi

penurunan entropi konformasi protein. Konformasi lipat ini dipertahankan
oleh sejumlah interaksi nonkovalen lemah yang meredam penurunan entropi.
Interaksi-interaksi nonkovalen ini antara lain ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik,
interaksi hidrofob, dan interaksi van der Waals. Semua interaksi tersebut membuat
protein lipat lebih stabil daripada bentuk tak terlipat.

Partikel-partikel bermuatan saling berinteraksi satu sama lain menurut hukum

Coulomb:

ΔΕ =
Α

ZAZB&
2 DrAB
dengan AE adalah energi interaksi elektrostatik, ZA dan ZB adalah jumlah
muatan kedua partikel yang berinteraksi, rAB adalah jarak antara kedua
partikel, ε adalah muatan elektron, dan D adalah tetapan dielektrik medium. Bila
kedua muatan saling berlawanan, energi interaksi menurun saat keduanya saling
mendekati, sehingga interaksi terjadi dengan baik.

Separuh muatan negatif pada protein (seperti rantai samping karboksilat

dalam residu Asp dan Glu) seringkali berinteraksi dengan rantai samping
bermuatan positif pada residu Lys, Arg, atau His. Interaksi elektrostatik ini
membentuk jembatan garam, dengan beberapa derajat ikatan hidrogen
yang memperkuat tarikan elektrostatik (perhatikan Gambar 5-3 berikut ini).
 192
|
and Biokimia Dasar

cs Dipindai dengan CamScanner

Glutamat
HIZ
HN
Ikatan hidrogen
H

C
N H

Arginin
N H

Gambar 5-3.
Jembatan garam antara rantai-rantai samping residu Arg dan Glu.

Energi yang menyertai pasangan ion dalam suatu protein yakni 0,5 -
1,5 kJ mol untuk interaksi di permukaan, sampai 15 kJ mol untuk
interaksi elektrostatik antara residu-residu yang berada di bagian dalam
protein. Dalam hal ini tetapan dielektriknya lebih rendah daripada air
(tetapan dielektrik air sebesar 80).
Semua atom maupun molekul saling tarik menarik satu sama lain karena adanya
interaksi dipol-dipol. Suatu molekul tidak perlu memiliki muatan total
untuk dapat melakukan interaksi dipolar. Kerapatan elektron dapat menjadi
sangat tidak merata bila atom-atom yang berinteraksi mempunyai
keelektronegatifan yang berbeda.

Atom-atom yang paling elektronegatif mempunyai "kelebihan" muatan

negatif yang paling besar, yakni atom O (keelektronegatifan sebesar
3,44); N (3,04); C (2,55); dan H (2,20); seluruhnya dalam skala
keelektronegatifan 0,8-4.

Interaksi dipolar ini dikenal sebagai interaksi van der Waals. Interaksi ini bersifat
lemah dan berjarak dekat. Apabila atom-atom dalam interaksi van der Waals
berada terlalu dekat satu sama lain, akan terjadi tolakan yang kuat. Energi interaksi
van der Waals (Evdw) biasanya diberikan oleh persamaan berikut:
b
a

Evdw
=

d12 do

dengan d adalah jarak interatom, a dan b adalah tetapan

positif. Persamaan di atas seringkali disebut potensial 6,12
Lennard-Jones.

Bab 5 - Struktur dan Fungsi

Protein
193

cs Dipindai dengan CamScanner

Jarak optimal untuk interaksi van der

Waals adalah ketika atom-atom
Waals-nya (didefinisikan sebagai
jarak kontak minimum yang
teramati antara berinteraksi
terpisah 0,3 - 0,5 A lebih besar
daripada jumlah jari-jari van der
atom-atom dalam suatu kristal).
Energi interaksi van der Waals
biasanya kurang dari 1
kJ mol'.
yang

Ikatan hidrogen dihasilkan dari

suatu interaksi elektrostatik
antara atom hidrogen
yang terikat secara
kovalen pada atom
elektronegatif (seperti
 O, N,
tak berikatan:

atau S), dengan atom elektronegatif lain

yang mempunyai pasangan elektron
O-H
Donor
O C Akseptor

Meskipun atom hidrogen terikat pada gugus

donor, tetapi sebenarnya atom tersebut dipakai
bersama baik oleh donor maupun akseptor.
Sebagian besar ikatan hidrogen yang terdapat
dalam protein berada di antara tulang
punggung gugus C=O dan N-H, dengan jarak
H....O sebesar 1,9 - 2,0 A. Ikatan hidrogen jenis
ini diperkirakan menyumbang sekitar 5 kJ
mol1 pada stabilitas protein dalam larutan encer.
Ikatan hidrogen itu sendiri besarnya bervariasi antara
2 kl mol1 sampai 7,5 kJ mol"1.
Tabel 5-1. Jenis-jenis interaksi nonkovalen yang terlibat dalam
stabilitas struktur protein

Interaksi
Contoh

van der Waals

C-HH-C

Elektrostatik
Ikatan hidrogen
Hidrofob*
**

-COOH3N+-
-N-HO=C-
-CH2-
Energi ikatan (kJ mol1)*
0,4 - 2,0
0,5-15
2,0 7,5
~3
Interak
globuli
hidrofi
memi

Energ bany
ini / terde
(a)
(b)
(c)

*Energi ikatan adalah energi yang dibutuhkan untuk memutuskan interaksi.

**Nilai ini menggambarkan energi bebas yang dibutuhkan untuk
memindahkan gugus -CH2- dari rantai samping nonpolar di bagian dalam
protein menuju ke dalam air.
Adanya gugus nonpolar di dalam air akan menurunkan entropi larutan.
Karena itu, pemindahan gugus nonpolar dari air ke dalam suatu
lingkungan nonpolar akan disertai dengan peningkatan entropi
molekul air, yang prosesnya berlangsung secara spontan. Pelipatan
rantai protein membentuk konformasi globular yang kompak
dapat menghilangkan kontak antara gugus nonpolar
dengan air. Molekul air yang dibebaskan akan meningkatkan
entropi, sedangkan rantai polipeptida yang terlipat akan
mengalami penurunan entropi. Pembungkusan
gugus metilen (-CH2-) ke bagian interior
protein memiliki energi ~3 kJ mol1 yang sama kuatnya
seperti ikatan hidrogen.

194

1
Biokimia Dasar

cs Dipindai dengan CamScanner

Interaksi hidrofob merupakan suatu gaya yang
penting dalam pelipatan protein globular yang
larut dalam air, sehingga dapat
dirumuskan aturan umum: residu hidrofob
cenderung terbungkus di bagian interior
protein sehingga meminimalisasikan
kontaknya dengan air.
Energi stabilisasi kebanyakan protein sangatlah
kecil, sehingga pada suhu normal banyak protein
yang mengalami fluktuasi kecil yang cepat dalam
strukturnya.Hal ini menyebabkan molekul protein
cukup mudah dibuka lipatannya atau
terdenaturasi. Pendenaturasi protein yang umum
dipakai antara lain:
(a) Suhu tinggi
(b) pH ekstrim
(c) Konsentrasi tinggi senyawa-
senyawa seperti
hidroklorida:

NH2
C-NH2

Urea
urea atau guanidin

NH2
C-NH2

*NH,CI
Guanidin hidroklorida

(d) Larutan deterjen seperti natrium dodesil sulfat,

CH3(CH2)10CH2OSO3 ̄Na*
Beberapa protein dan enzim yang telah terdenaturasi sempurna oleh
urea dengan jembatan disulfida yang telah tereduksi, dapat melipat
kembali seperti keadaan awalnya bila urea dihilangkan. Hal ini menunjukkan
bahwa informasi untuk pola lipatan yang tepat terdapat dalam urutan asam
amino.

Ribonuklease (enzim yang menghidrolisis asam ribonukleat) memiliki empat ikatan

disulfida yang membantu stabilisasi konformasinya. Pada enzim ini
ditambahkan 6 M guanidin hidroklorida untuk melemahkan ikatan hidrogen dan
interaksi hidrofobnya, serta 1 mM merkaptoetanol untuk mereduksi ikatan
disulfida. Hasilnya, seluruh aktivitas enzim menghilang, dan tak ada
tanda- tanda residu struktur sekunder. Kemudian guanidin hidroklorida
dihilangkan dengan cara dialisis atau filtrasi gel. Hasilnya, aktivitas
enzim pulih kembali, konformasi aslinya terbentuk, serta
terbentuk pula ikatan disulfida yang tepat seperti asalnya.
Banyak protein besar yang membutuhkan bantuan
chaperonin untuk dapat melipat
dengan tepat. Chaperonin itu sendiri juga merupakan
Chaperonin diperkirakan bekerja dengan
protein.
cara menjerat intermediet-intermediet yang salah
melipat, lalu membuka lipatannya sehingga ada kesempatan
untuk melipat kembali dengan tepat.

195

Bab 5-Struktur dan

Fungsi Protein

cs Dipindai dengan CamScanner