ENZIM

Pengertian

Enzim merupakan unit fungsional dari metabolisme sel, bekerja

dengan urut-urutan yang teratur, enzim mengkatalisis ratusan
reaksi bertahap yang menguraikan molekul nutrien, reaksi yang
menyimpan dan mengubah energi kimiawi, dan yang membuat
makro molekul sel dari prekursor sederhana.

Enzim pengatur adalah sejumlah enzim yang berpartisipasi di

dalam metabolisme dalam kelompok khusus yang dapat
mengenali berbagai isyarat metabolik dan mengubah kecepatan
katalitiknya sesuai dengan isyarat yang diterima. Melalui
aktivitasnya, system enzim terkoordinasi dengan baik,
menghasilkan suatu hubungan yang harmonis di antara sejumlah
aktivitas metabolik yang berbeda, yang diperlukan untuk
menunjang kehidupan.
Sejarah enzim
Pada tahun 1850, Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi gula
menjadi alkohol oleh ragi yang dikatalisis “fermen”. Fermen ini disebut
enzim.

Pada tahun 1897 Eduard Buchner berhasil mengekstrak ke dalam larutan,

suatu bentuk aktif dari sel ragi, yaitu serangkaian enzim yang mengkatalisis
fermentasi gula menjadi alkohol. Penemuan tersebut membuktikan bahwa
enzim yang mengkatalisis lintas metabolik utama penghasil energi dapat
tetap berfungsi jika dipindahkan dari struktur sel hidup.

Pada tahun 1926, James Sumner berhasil menemukan Enzim yang dapat
diisolasi dalam bentuk kristal yang disebut “urease” yang diperoleh dari
ekstrak kacang. Kristal urease terdiri keseluruhannya dari protein. Sehingga
semua enzim adalah protein.

Pendapat Sumner ditetang oleh Richard Willstatter bahwa enzim adalah

senyawa berberat molekul rendah dan bahwa protein yang ditemukan pada
kristal urease hanyalah suatu pencemar.
Pada tahun 1930, John Northrop dan koleganya mengkristalkan pepsin dan
tripsin, dan menemukan keduanya adalah protein, sifat protein enzim
diterima secara luas.
Sifat-sifat protein dalam enzim
1. Semua enzim murni yang telah diamati adalah protein, dan aktivitas katalitiknya
bergantung pada integritas strukturnya sebagai protein.
2. Enzim mempunyai berat molekul yang berkisar dari kira-kira 12.000 sampai lebih
dari 1 juta.
3. Enzim berukuran amat besar dibandingkan dengan substrat atau gugus
fungsional targetnya.
4. Beberapa enzim hanya terdiri dari polipeptida dan tidak mengandung gugus
kimiawi selain residu asam amino, contoh: ribonuklease pankras,
5. enzim lain memerlukan tambahan komponen kimia bagi aktivitasnya disebut
kofaktor. Contoh; ion Fe2+, Mn2+, atau Zn2+ atau suatu molekul organik komplek
yang disebut koenzim.
6. Beberapa enzim membutuhkan koenzim atau ion logam bagi aktivitasnya.
7. Pada beberapa enzim, koenzim atau ion logam hanya terikat secara lemah atau
dalam waktu sementara pada protein, tetapi pada enzim lain, senyawa ini terikat
kuat atau terikat secara permanen disebut gugus prostetik.
8. Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis bersama-sama dengan
koenzim atau gugus logamnya disebut holoenzim.
9. Koenzim dan ion logam bersifat stabil sewaktu pemanasan, sedangkan bagian
protein enzim, disebut apoenzim.
 Molekul air

Molekul substrat

Sisi aktif

Molekul enzim

7,0 nm

Keterangan :
Besar relatif molekul enzim berukuran medium (BM 100.000: diameter 7 nm)
dan molekul substratnya (BM 250; panjang 0,8 nm). Sisi aktif menempati hanya
sebagian kecil dari daerah permukaan molekul enzim. Juga diperlihatkan
sebagai perbandingan, suatu molekul air
Beberapa enzim mengandung atau memerlukan unsur anorganik
esensial sebagai kofaktor

Fe2+ atau Fe3+ Oksida sitokhrom

Katalase
Peroksidase
Cu2+ Oksidase Sitokhrom
Zn2+ Polimerase DNA
Andidrase Karbonik
Dehidrogenase alkohol
Mg2+ Heksokinase
6-Fosfatase glukosa
Mn2+ Arginase
K+ Kinase piruvat
(juga memerlukan Mg2+)
Ni2+ Urease
Mo Reduktase nitrat
Se Peroksidase glutation
Koenzim berfungsi sebagai pembawa sementara atom spesifik atau
gugus fungsionil

Koenzim Senyawa yang dipindahkan

Tiamin pirofosfat Aldehida
Flavin adenin dinukleatida Atom hidrogen
Nikotinamida adenin dinukleotida Ion hidrida (H~)
Koenzim A Gugus asil
Piridoksal fosfat Gugus animo
5’-Deoksiadenosilkobalamin (koenzim B12) Atom H dan Gugus alkil
Biositin CO2
Tetrahidrofolat Gugus asatu karbon lainnya
Enzim digolongkan berdasarkan reaksi yang dikatalis

No Kelas Jenis reaksi yang dikatalisa

1 Oksidoreduktase Pemindahan elektron
2 Transferase Reaksi pemindahan gugus fungsionil
3 Hidrolase Reaksi hidrolisis (pemindahan gugus
fungsional ke air)
4 Liase Penambahan gugus ke ikatan ganda
atau sebaliknya
5 Isomerase Pemindahan gugus di dalam molekul,
menghasilkan bentuk isomer
6 Ligase Pembentukan ikatan C-C, C-S, C-O,
dan C-N oleh reaksi kondensasi yang
berkaitan dengan penguraian ATP.
 Pembatas energi aktivitas

Perubahan
keseluruhan energi
Energi
bebas
bebas Energi aktivasi
sistem dengan katalisator

Keadaan awal Energi

aktivasi
reaksi
tanpa
katalisator
Keadaan akhir pada kesetimbangan

Kemajuan reaksi

Keterangan
Katalisator menurunkan pembatas energi aktivasi reaksi kimia, tanpa
mengubah keseluruhan perubahan energi bebas reaksi atau letak
kesetimbangan akhir. Pada puncak pembatas energi aktivasi, terjadi
keadaam transisi.
Enzim meningkatkan kecepatan reaksi kimia
dengan menurunkan energi aktivitasnya

Enzim adalah katalisator sejati. Molekul ini meningkatkan

dengan nyata kecepatan reaksi kimia spesifik, yang tanpa
enzim akan berlangsung amat lambat. Enzim tidak dapat
mengubah titik kesetimbangan reaksi yang dikatalisnya.
Enzim tidak akan habis dipakai atau diubah secara permanen
oleh reaksi-reaksi tersebut.
Cara meningkatkan kecepatan reaksi kimia adalah ;

1. menigkatkan suhu, yang mempercepat gerak termal molekul,

dan karenanya meningkatkan bagian (fraksi) molekul yang
memiliki energi dalam, dengan jumlah yang cukup untuk
memasuki keadaan transisi. Biasanya, kecepatan reaksi
kimia meningkat sampai kira-kira dua kali dengan kenaikan
suhu 10oC.
2. dengan menambahkan katalisator. Katalisator ini
mempercepat reaksi kimia dengan menurunkan batas
penghalang energi. Energi ini ditunjukakan oleh C,
bergabung dengan pereaksi A secara sementara
menghasilkan senyawa atau komplek baru CA, yang
memiliki energi aktivasi yang lebih rendah dalam keadaan
transisi dibandingkan dengan keadaan transisi A pada rekasi
yang tidak dikatalisa.
Konsentrasi Substrat mempengaruhi dengan nyata kecepatan
reaksi yang dikatalisis oleh enzim

Pada konsentrasi substrat yang amat rendah, kecepatan reaksipun

amat rendah, tetapi kecepatan ini akan meningkat dengan
meningkatkanya konsentrasi substrat.
Leonor Michaelis dan Maud Menten mengemukakan kerja enzim
bahwa enzim E pertama-tama bergabung dengan substratnya S
dalam reaksi dapat balik, membentuk kompleks enzim substrat ES.
Reaksi tersebut berlangsung relatif cepat.

E=S ES

Kompleks ES lalu terurai dalam reaksi dapat balik kedua, yang lebih
lambat, menghasilkan produk reaksi P dan enzim bebas E

ES P+E
Hubungan kuantitatif di antara konsentrasi substrat dan
kecepatan reaksi enzimatik

Persamaan Michaelis-Menten

V max(S )
Vo 
Km  ( S )

Ket:

Vo = kecepatan awal pada konsentrasi substrat (S)

V max = kecepatan maksimum
Km = tetapan Michaelis-Menten enzim bagi substrat
tertentu
 KM Beberapa Enzim

Enzim Substrat KM, mM

Katalase H2O2 25
Heksokinase (otak) ATP 0,4
D-Glukosa 0,05
D-Fruktosa 1,5
Anhidrase karbonat HCO 9
Khimotripsin Glisiltirosinilglisin 108
N-benzoiltirosinamida 2,5
β-Galaktosidase D-Laktosa 4,0
Dehidratase treonin L-Treonin 5,0
Tahap-tahap dasar dalam penurunan persamaan Mechaelis-Menten

Penurunan rumus tersebut dimulai dengan memperhatikan

kecepatan pembentukan dan penguraian ES;
1. Kecepatan pembentukan ES. Kecepatan pembentukan ES
pada reaksi (a) adalah

Kecepatan pembentukan  k1 ( Et    ES  ) S 
2. Kecepatan penguraian ES

Kecepatan penguraian ES  k 1  ES   k 2  ES 
 3. Keadaan seimbang yaitu kecepatan pembentukan ES = kecepatan
penguraian ES

k1 ( Et    ES  ) S   k 1  ES   k 2  ES 

4. Pemisahan tetapan kecepatan

[ Et ][ S ]
 ES  
 S   (k 2  k 1 ) / k1
5. Definisi kecepatan awal Vo dengan melibatkan [ES]

V max[S ]
Vo 
[S ]  k m
Banyak Enzim mengkatalisa reaksi dengan dua substrat

Biasanya melibatkan pemindahan suatu atom atau gugus

fungsional dari satu substrat yang lain. Reaksi berlangsung dalam
dua jenis lintas yang berbeda

Pada golongan pertama disebut reaksi berganti –tunggal; kedua

substrat A dan B terikat pada enzim E dalam urutan yang khusus
atau secara acak untuk membentuk suatu kompleks EAB yang lalu
bereaksi membentuk produk C + D.

Pada golongan lain, reaksi bisubstrat disebut reaksi berganti ganda

atau reaksi ping-pong; hanya satu diantara dua substrat yang
terikat pada sisi katalistik pada setiap saat. Pengikatan substrat
pertama diikuti oleh pemindahan gugus fungsionalnya kepada
molekul enzim. Hanya setelah produk substrat pertama dilepaskan,
barulah substrat kedua berikatan dengan enzim dan menerima
gugus fungsional.
Enzim memiliki pH Optimum

Enzim memiliki pH optimum yang khas, yaitu pH yang menyebabkan aktivitas

maksimal.

Reaksi berganti-tunggal Reaksi berganti ganda (ping-pong)

A+B C+D AX+B A + BX

AX A
A A AX X

E E E E E
Sisi aktif
B BX
B A BA X BX

E E E E E

BA (b)
E E +C+D

(a)
Enzim dapat diuji secara kuantitatif

Jumlah enzim di dalam larutan atau ekstrak jaringan tertentu dapat diuji
secara kuantitatif dalam hal pengaruh katalitik yang dihasilkan.

Untuk tujuan tersebut perlu diketahui:

1. Persamaan keseluruhan reaksi yang dikatalisa

2. Suatu prosedur analitik untuk menentukan menghilangkan substrat
atau munculnya produk reaksi
3. Apakah enzim memerlukan kofaktor seperti ion logam atau koenzim
4. Ketergantungan aktivitas enzim kepada konsentrasi substrat, yaitu KM
bagi substrat
5. pH optimum
6. Daerah suhu yang membiarkan enzim dalam keadaan stabil dan
memiliki aktivitas tinggi.
Dengan persetujuan internasional, 1,0 unit aktivitas enzim
didefinisikan sebagai jumlah yang menyebabkan pengubahan 1,0
mikromol (umol = 10 -6 mol) sunstrat per menit pada 25oC pada
keadaan pengukuran optimal.

Aktivitas spesifik adalah jumlah unit enzim permilligram protein.

Aktivitas spesifik adalah suatu ukuran kemurnian enzim; nilainya
meningkat selama pemurnian suatu enzim dan menjadi
maksimum dan tetap (konstan) jika enzim sudah berada pada
keadaan murni.

Bilangan putaran suatu enzim adalah jumlah molekul substrat yang

terubah per satuan waktu oleh satu molekul enzim (atau oleh satu
sisi katalitik), jika konsentrasi enzim sendiri merupakan faktor
pembatas kecepatan reaksi.

Enzim anhidrase karbonat adalah enzim penting yang ditemukan

pada konsentrasi tinggi di dalam sel darah merah
Enzim anhidrase karbonat merupakan salah satu enzim yang paling
aktif, dengan bilangan putaran 36.000.000 per menit per molekul
enzim.

Anhidrase karbonat mengkatalisa hidrasi dapat balik karbon dioksida

terlarut, untuk membentuk asam karbonat yang tanpa adanya enzim
berjalan dengan kecepatan lambat

CO2 + H2O = H2CO3

Hidarasi CO2 di dalam sel darah merah merupakan tahap penting di

dalam transport CO2 dari jaringan tempat molekul ini terbentuk
menuju paru-paru, tempat pembebasan dan pengeluarannya.
Enzim memperlihatkan spesifisitas terhadap substrat

Beberapa enzim memiliki spesifisitas yang hampir obsolut bagi

substrat tertentu dan tidak akan bekerja bahkan terhadap molekul
yang amat serupa.

Penelitian mengenai spesifisitas substrat enzim telah

membawa kita kepada konsep hubungan Gembok dan
Kunci yang saling berpasangan, diantara molekul
substrat dan suatu daerah spesifik pada permukaan
molekul enzim yaitu pada sisi aktif atau sisi katalitiknya.
Ciri struktural molekul substrat terhadap spesifisitas enzim

1. Ikatan kimiawi spesifik yang dapat diserang oleh enzim

2. Biasanya beberapa gugus fungsional lainnya, yaitu
gugus pengikat yang berikatan dengan enzim dan
mengarahkan molekul substrat dengan tepat pada sisi
aktif sehingga ikatan yang rapuh tapi tepat terletak pada
posisi yang berhubungan dengan gugus katalitik enzim.

Reaksi aspartase dan spesifisitas substratnya. Aspartase

secara absolut bersifat spesifik bagi fumarat pada reaksi
yang mengarah ke muka dan bagi L-aspartat pada reaksi
kebalikannya. Enzim ini tidak bekerja terhadap maleat yaitu
bentuk isomer sisi dari fumarat atau D-aspartat
 Isomer berikut ini tidak bereaksi dengan aspartase

COO-
COO-
C H Fumarat
(ikatan ganda trans)
H C C H Maleat
(ikatan ganda sis
COO- C H
+
NH4+ COO-

aspartase COO-
COO-
H C NH3+
+
H2N C H
CH2 D-Aspartat
CH2 L-Aspartat
COO-
COO-
Gugus hidrofobik
+
NH3 R
pengarah ikatan asli yang rapuh

R CH2CHC NHCHCOO- Peptida

Molekul
CH C X substrat O
+
O NH3
R CH2CHC NH2 Amida

CH C X O
+
Sisi O NH3
pengarah Sisik katalistik
CH2CHC OCH3 Ester
Sisi aktif
O
Molekul khimotripsin

Keterangan:
Spesifisitas substrat khimotripsin. Meskipun khimotripsin secara biologi berfungsi
sebagai suatu peptidase, enzim ini juga dapat menghidrolisa amida dan ester, selain
beberapa senyawa sintetik non-biologi yang memiliki ikatan rapuh yang cocok
dengan enzim, dan suatu gugus hidrofobik pengarah
Enzim dapat dihambat oleh senyawa kimiawi spesifik

Hampir semua enzim dapat diracuni atau dihambat oleh senyawa kimiawi
tertentu. Senyawa penghambat enzim berguna dalam menjelaskan lintas
metabolik di dalam sel.

Terdapat dua jenis utama penghambat enzim, yaitu:

1. Bekerja secara tidak dapat balik (irreversible), adalah golongan yang

bereaksi dengan atau merusakkan suatu gugus fungsional pada
molekul enzim yang penting bagi aktivitas katalitiknya. Contoh
senyawa diisoprofilfluorofosfat (DFP) yang menghambat enzim
asektilkolinesterase, dan iodoasetamida yang dapat bereaksi
dengan gugus sulfhidril (-SH)
2. Bekerja dapat balik (reversible), yaitu jenis penghambat kompetitif
dan nonkompetitif.
Keterangan:
Penghambatan tak dapat balik terhadap asetilkolin esterase oleh
diisoprofilfluorofosfat. (a) reaksi dikatalisa oleh asetilkolinesterase. (b) reaksi
diisoprofilfluorofosfat dengan gugus hidroksil serin esensial
 ENZIM

gugus r dari
CH2
residu sistein Keterangan:
SH esensial Penghambatan tak dapat
+ balik suatu enzim yang
I mengandung –SH oleh
Iodoasetamida iodoastamida.
H C H

C = O

NH2
HI

ENZIM
Enzim yang
CH2
mengalami
S modifikasi
H C H
kimiawi (in-aktif)
C = O

NH2
Penghambat kompetitif

Suatu penghambat kompetitif berlomba dengan substrat untuk

berikatan dengan sisi aktif enzim tetapi sekali terikat tidak dapat
diubah oleh enzim tersebut.

Ciri penghambat kompetitif adalah penghambatan dapat

dibalikan atau diatasi hanya dengan meningkatkan konsentrasi
substrat

Penghambat kompetitif biasanya menyerupai substrat bormal pada

stuktur tiga dimensi. Penghambat kompetitif menipu enzim untuk
berikatan dengannya. Penghambat kompetitif dapat dianalisa oleh
teori Michaelis-Menten. Penghambat kompetitif I hanya berikatan
secara dapat balik dengan enzim membentuk suatu kompleks EI

E + I = EI
Keterangan:
Reaksi dehidrogenase suksinat dan
penghambatan kompetitifnya. Penghambat
kompetitif menyerupai suksinat dengan
memiliki dua gugus bermuatan negatif
yang berjarak tepat dan karenanya dapat
menempati sisi aktif.
Penghambat nonkompetitif

Penghambat nonkompetitif berikatan pada sisi enzim selain sisi tempat

substrat berikatan, mengubah konformasi melkul enzim, sehingga
mengakibatkan inaktifasi dapat balik sisi katalitik.

Penghambat nonokompetitif berikatan secara dapat balik pada kedua

molekul enzim bebas dan kompleks ES, membentuk kompleks EI dan
ESI yang tidak aktif.

E + I = EI

ES + I = ESI
Faktor yang mendukung efesiensi katalitik enzim
1. Letak dan orientasi substrat dalam hubungannya dengan
gugus katalitik
2. Tegangan dan terubahnya ikatan objek oleh dorongan
penempatan enzim
3. Katalisator umum asam-basa
4. Katalisator kovalen

S
S
S

E
E
E
orientasi tak Letak menguntungkan,
letak menguntungkan, orientasi
menguntungkan, letak orientasi tak
tak menguntungkan menguntungkan
menguntungkan
Dua informasi analisa sinar x telah membuka ciri-ciri struktural
yang penting dalam enzim

1. Analisa sinar x membuka struktur sekunder, tertier dan

kuartener berbagai molekul enzim, sehingga dapat
membandingkan struktur-struktur ini dengan struktur protein
globular nonkatalitik.

2. Sinar x memungkinkan identifikasi sisi katalitik atau sisi aktif

berbagai jenis enzim. Seringkali sisi aktif terdiri dari kantung
atau lekukan pada molekul enzim, tempat molekul substrat
menempatkan dirinya secara komplementer
Serangkaian struktur enzim diperlihatkan oleh analisis difraks sinar x

1. Kompleks lisozim-substrat
2. Sisi aktif khimotripsin, khimotripsinogen adalah enzim proteolitik
yang dihasilkan ke dalam usus kecil oleh pankreas dalam bentuk
prekursor inaktif atau zimogen.
3. Kemungkinan mekanisme hidrolisis peptida oleh khimotripsin
4. Penempatan yang sesuai molekul heksokinase terhadap D-glukosa,
salah satu substratnya

Gambar lisozim substrat

Sistem enzim memiliki enzim pengatur atau pemacu
Enzim yang aktivitasnya diatur melalui berbagai jenis isyarat
molekular disebut enzim pengatur (enzim regulatori)

Golongan enzim pengatur, yaitu:

1. Enzim pengatur bukan kovalen (Enzim alosterik )

2. Enzim pengatur kovalen

Dehidratase treonim merupakan anggota yang khas dari golongan

enzim elosterik, yaitu enzim-enzim pengatur yang berfungsi melalui
pengikatan nonkovalen dan dapat balik suatu molekul pengatur.

Istilah alosterik berasal dari bahasa Yunani “allo” yang berarti yang
lain dan “stereos” yang berarti ruang atau sisi.
Enzim
alosterik adalah enzim yang memiliki sisi lain
selain sisi katalitik.
Model skematik interaksi Subunit Subunit
subunit pada enzim alosterik. katalitik pengatur
Pada banyak enzim alosterik,
sisi pengikatan substrat dan
sisi pengikatan molekul S C R M
pengatur terletak pada subunit
Enzim
yang berbeda, subunit katalitik
-M +M inaktif
(c) dan subunit pengatur (R)
berturut-turut. Pengikatan
molekul pengatur (modulator) S C R
M
positif M oleh sisi spesifik pada
subunit pengatur Kompleks
dikomunikasikan kepada enzim-
subunit katalitik melalui suatu substrat aktif
perubahan konformasi
menjadikan subunit S dengan
afinitas tinggi. Pada
penguraian modulator M dari
subunit pengatur, enzim
kembali menjadi bentuk
nonaktif atau kurang aktif.
 Sifat-sifat enzim alosterik;

1. Enzim alosterik memiliki sisi katalitik yang berikatan dengan

substrat dan mengubahnya, tetapi enzim ini juga memiliki satu
atau lebih sisi pengatur untuk mengikat metabolit pengatur
disebut modulator atau efektor.
2. Molekul enzim alosterik umumnya lebih besar dan lebih kompleks
dibandingkan dengan molekul enzim biasa.

Enzim alosterik dapat dihambat atau dipercepat oleh modulator

Bersifat menghambat Bersifat mempercepat

A A

B enzim B enzim
alosterik alosterik
C C

D D
Banyak enzim terdapat dalam berbagai bentuk

Banyak enzim terdapat dalam lebih dari satu bentuk molekuler di

dalam spesies yang sama pada jaringan yang sama atau bahkan di
dalam sel yang sama. Bentuk enzim yang bervariasi disebut isoenzim
atau isozim.

Empat faktor distribusi berbagai bentuk isozim pada setiap enzim, yaitu;

1. Pola metabolik yang berbeda di dalam organ yang berbeda. Contoh

isozim LDH pada otot jantung dan otot kerangka mencerminkan
perbedaan metabolik pada organ-organ
2. Lokasi dan tempat peranan metabolik yang berbeda dari suatu
enzim di dalam satu jenis sel. Contoh enzim dehidrogenase malat.
3. Diferensiasi dan perkembangan jaringan dewasa dari bentuk
embrionik atau bayai. Contoh hati pada bayi.
4. Penyesuaian yang tepat terhadap kecepatan metabolik melalui
respon yang berbeda dari bentuk-bentuk isozim terhadap
modulator alosterik.
Beberapa penyakit genetik manusia yang berkaitan dengan
rusaknya enzim tertentu

Penyakit Enzim yang rusak

Albino 3-Monooksigenase tirosin
Alkaptonuria 1,2-dioksigenase homogentisat
Galaktosemia Uridilil transferase galaktosa 1-fosfat
Homosistinuria Β-Sintase sistationim
Fenilketonuria 4-Monooksigenase fenilalanin
Penyakit Tay-Sachs Heksosaminidase A