SOAL-SOAL LATIHAN

BIOKIMIA UMUM
BAB I: Mengenal Biokimia
1. Definisikan istilah-istilah berikut !
a. Biokimia
f. Sel prokariyota
b. Sel eukariyota
g. Membran plasma sel
c. Inti sel
h. Mitokondria
d. Organela sel
i. Ikatan hidrogen
2. Sebutkan 4 macam gas yang esensial untuk hidup !
3. Sebutkan 4 ion logam yang terdapat pada organisme !
4. Sebutkan 4 golongan biomolekul utama !
5. Perkirakan, di organela sel yang mana reaksi berikut berlangsung !
a. Dekomposisi hidrogen peroksida
b. Replikasi DNA
c. Biosintesis protein
d. Oksidasi NADH menjadi ATP
6. Cocokkan, manakah monomer dari polimer berikut !
a. Asam nukleat
glukosa
b. Polisakarida
asam amino
c. Protein
nukleotida
d. Selulosa
monosakarida
e. pati
7. Apa yang dimaksud dengan pernyataan: DNA, RNA, protein, dan sebagian karbohidrat
sebagai molekul kaya informasi ?
8. Pati, glikogen, dan selulosa adalah karbohidrat-karbohidrat penting yang terbentuk dari
monomer yang sama, yakni glukosa. Bisakah molekul-molekul ini disebut sebagai
molekul yang kaya informasi ?
9. Sebutkan jenis ikatan yang mengikat pasangan atom yang ditunjukkan oleh tanda panah
berikut !
a. K+Clb. H-O-H
c. Ikatan higrogen pada air
d. Kovalen dan hidrogen antara urea dan air
10. Benar atau salahkah pernyataan berikut ini. Bila salah, tunjukkan kesalahannya dan
koreksilah !
a. Ikatan nonkovalen lebih mudah putus dari pada ikatan kovalen
b. Kekuatan ikatan nonkovalen biasanya tidak kurang dari 300 kJ/mol
c. Ikatan nonkovalen terbentuk dan terputus secara reversibel pada suhu kamar
11. Sitokrom c diperlukan untuk mengubah energi dari bentuk reducing power menjadi
anhidrida fosfat dalam ATP. Menurut perkiraan saudara, di organela apakah sitokrom c
banyak ditemukan ?
12. Jelaskan perbedaan antara biologi molekuler dengan biokimia !
13. Sebutkan minimal satu fungsi biologi dari molekul berikut !
a. Asam amino
d. Lipid
b. Karbohidrat
e. Vitamin
c. Protein
f. Air

14. Jelaskan perbedaan utama antara sel prokariyota dan eukariyota !

15. Di antara spesi berikut, manakah yang termasuk biopolimer ?
a. Glukosa
f. Hemoglobin
b. Selulosa
g. Nukleotida
c. DNA
h. Protein
d. Urea
i. Air
e. Asam amino
j. Oksigen
16. Di antara organela sel berikut, manakah yang terdapat pada sel tumbuhan, sel hewan,
atau pada keduanya ?
a. Nukleus
e. Kloroplas
b. Ribosoma
f. Mitoondria
c. Lisosoma
g. Glioksisoma
d. Peroksisoma
17. Jelaskan kontribusi ahli kimia, biologi, dan fisika pada awal perkembangan biokimia !
18. Urutkanlah entitas biokimia berikut dari yang paling kecil ke yang paling besar !
a. Mitokondria
e. Glukosa
b. Sel darah merah
f. Oksigen
c. DNA
g. Sel bakteri
d. Hemoglobin
h. Etanol

BAB II: Struktur dan Fungsi Protein

1. Diantara pernyataan berikut, tentukan pernyataan mana yang benar sebagai sifat ke-20
asam amino penyusun protein:
a.

Padatan kristal putih pada suhu kamar.

b.

Larut dalam pelarut organik seperti aseton dan kloroform

c.

Larutannya dalam air menghantarkan arus listrik

d.

Tidak larut dalam air

e.

Semua asam amino adalah molekul simetris atau non kiral

f.

Semua asam amino mengandung C, H, N, O dan S.

2. Apa perbedaan antara asam amino tirosin dan fenilalanin?

3. Apa persamaan dan perbedaan alanin dan fenilalanin?
4. Mengapa asam amino tidak pernah memiliki gugus COOH dan NH2 secara
bersamaan pada semua pH?
5. Titik isoelektrik asam aspartat terjadi pada pH 2,8. Gambarkan struktur asam aspartat
yang dominan pada pH 1, 5, dan 11.
6. Berilah nama masing-masing asam amino yang memiliki struktur rantai samping di
bawah ini, dan sebutkanlah uraian sifat-sifat yang paling sesuai dari daftar yang
diberikan. Beberapa uraian dapat digunakan lebih dari satu kali.
Sifat gugus R.
a. Gugus R kecil, polar, mengandung suatu gugus hidroksil. Asam amino ini penting
dalam sisi aktif suatu enzim.
b. Memberikan sekecil mungkin hambatan sterik/ruang
c. Gugus R menunjukkan pK 10,5 membuatnya bermuatan positif pada pH sel
d. Gugus R mengandung sulfur, netral pada semua pH.
e. Gugus R aromatik, bersifat hidrofobik dan netral pada semua pH.
f.

Hidrokarbon jenuh, penting dalam interaksi hidrofobik

g. Satu-satunya asam amino yang mempunyai gugus R yang dapat mengion dengan
pK mendekati 7. Merupakan bagian penting pada sisi aktif beberapa enzim.
h. Satu-satunya asam amino yang mempunyai gugus -amino yang tersubsitusi.
Mempengaruhi melipatnya protein dengan memaksakan suatu lekukan di dalam
rantai protein.
i.

Gugus r menunjukkan pK mendekati 4 dan karenanya, bermuatan negatif pada pH

7.

j.

Gugus R bersifat aromatik, mampu membentuk ikatan hidrogen, menunjukkan pK

mendekati 10.

k. Membentuk rangkaian disulfida di antara rantai polipeptida, pK gugus fungsionalnya

kira-kira 8.
l.

Gugus R dengan pK 12, membuatnya bermuatan positif pada semua pH fisiologis.

Muatan positifnya penting pada beberapa protein utnuk mengikat gugus fosfat yang
bermuatan negatif.

m. Gugus R polar tidak bermuatan, jika terhidrolisa maka asam amino ini diubah
menjadi asam amino lain yang memiliki gugus R bermuatan negatif pada pH
mendekati 7

Struktur gugus R
1

CH2CO2H

CH3

10

CH2CH2CO2H

CH(CH3)2

11
CH2OH

CH2CH2 SCH3

12

HOC
HN

H
C CH2

CH2S H

13

C CH2
H2

HC
CH2

CH
N
H

CH2
14

NH

7
CH2

CH2CH2CH2NH

NH2

15
N

CH2CH2CH2CH2NH2

16

8
CH2

OH

CH2CONH2

7. Pada pasangan asam amino berikut, tentukan mana asam amino yang rantai
sampingnya lebih nonpolar
a. Gly: Ala
b. Ala: Ser
c. Val: Asp
d. Phe: Tyr
e. Pro: Lys

8. Tunjukkan kemungkinan lokasi asam amino berikut: aspartat, leusina, serina, valina,
glutamina dan lisina, apakah di dalam atau di permukaan sebelah luar pada protein
globular! Jelaskan alasannya!
9. Mengapa Ser, Thr, Asn dan Gln dijumpai dapat berada di bagian dalam struktur 3D
protein? Padahal mereka termasuk asam amino polar.
10. Jelaskan mengapa glisin dan alanin yang memiliki gugus R hidrokarbon dapat dijumpai
dibagian dalam maupun dibagian luar struktur 3D protein?
11. Dimana sistein dapat dijumpai pada struktur 3D protein? Jelaskan!
12. Gambarkan struktur dipeptida Lys-Glu pada pH 7,0. Beri tanda pada gambar tersebut:
(a) ikatan peptida, (b) N-terminal, (3) C-terminal, (4) gugus - amino dan -amino, (5)
gugus -karboksilat dan -karboksilat
13. Suatu polipeptida yang diisolasi dari otak mempunyai deret: Glu-His-Trp-Ser-Tyr-GlyLeu-Arg-Pro-Gly. Beri nama polipeptida tersebut dan tentukanlah muatan total molekul
ini pada pH 3,0 dan pH 11, jika diketahui nilai pK R Glu, His, Ser, Tyr dan Arg masingmasing adalah 4,3; 6,0; 13,6; 10,0 dan 12,48.
14. Perkirakan asam amino apa yang sesuai untuk mengganti leusin dalam suatu protein
agar karakter protein tersebut tidak banyak berubah! Jelaskan!
15. Prolin disebut sebagai perusak struktur -heliks, sehingga diperkirakan prolin selalu
terdapat di setiap lekukan atau di struktur koil yang acak yang terdapat setelah struktur
-heliks. Jelaskan alasan dari prediksi tersebut.
16. Gambarkan interaksi nonkovalen yang terjadi antar asam amino berikut:
a. Valina dan isoleusina
b. Asam glutamat dan lisina
c. Tirosina dan treonina
d. Alanina dan alanina
17. Jelaskan ikatan atau interaksi yang berperan pada struktur berikut, tentukan pula apakah
termasuk ikatan kovalen atau nonkovalen:
a. Primer
b. Sekunder
c. Tersier
d. Kuarterner

18. Identifikasi pada gambar di bawah mana yang merupakan termasuk sebagai struktur
primer, sekunder dan tersier protein.

19. Sebutkan apakah pernyataan di bawah ini sesuai dengan struktur primer atau sekunder
atau tersier atau kuarterner protein!
a. Rantai samping asam amino berinteraksi membentuk ikatan disulfida atau jembatan
garam.
b. Dua unit protein membentuk protein yang aktif
c. Ikatan peptida yang menghubungkan antar asam amino satu dengan lainnya pada
rantai polipeptida.
d. Ikatan hidrogen antara atom O karbonil dengan atom N amida menyebabkan peprida
membentuk koil (putaran).
e. Bagian rantai polipeptida yang memiliki rantai samping hidrofobik mencari lingkungan
yang nonpolar menuju ke bagian dalam lipatan polipeptida.
20. Jelaskan persamaan dan perbedaan ikatan hidrogen intermolekular yang terjadi pada
struktur sekunder dan struktur tersier protein.
21. Jika kedua residu sisten pada rantai B insulin diubah menjadi residu alanina. Perkirakan
bagaimana perubahan pada struktur kuarterner insulin?
22. Bandingkan tentang: (a) kelarutan, (b) komposisi asam amino, (c) tipe struktur sekunder
dan tersier serta (d) fungsi biologis dari protein serat dan protein globular.

23. Masing-masing perlakuan berikut dapat merusak ikatan kovalen dan atau ikatan
nonkovalen pada protein. Tentukan jenis ikatan yang rusak oleh perlakuan berikut dan
tentukan pula apakah protein menjadi terdenaturasi atau terhidrolisis sebagai akibatnya.
a. Pemanasan pada 60oC.
b. Penambahan HCl dan H2O dilanjutkan pemanasan pada 100oC.
c. Penambahan etanol
d. Penambahan urea
e. Penambahan NaOH dan H 2O dipanaskan 100oC
f. Penambahan sodium dodesil sulfat (SDS)
g. Penambahan aseton
h. Penambahan merkaptoetanol
i.

Pemberian peptidase dan H2O pada suhu 37oC.

24. Rantai samping pada asam amino apa yang paling berperan pada proses denaturasi
akibat reaksi reduksi?
25. Perak nitrat, AgNO 3, pada dosis tertentu digunakan sebagai obat tetes mata pada bayi
yang baru lahir sebagai disinfektant terhadap penyakit kelamin Gonorhea. Perlakuan ini
untuk mencegah kebutaan dan tertularnya bayi tersebut selama persalinan dari ibunya
yang menderita penyakit tersebut. Perak adalah salah satu logam berat. Jelaskan
bagaimana perlakuan ini dapat efektif melawan bakteri.
26. Mengapa para perawat dan dokter selalu mengoleskan alkohol 70% pada kulit yang
akan diinjeksi?
27. Jelaskan bagaimana HCl di dalam lambung mempengaruhi struktur protein yang kita
makan?
28. Dalam larutan urea 6 M, protein yang memiliki struktur sekunder lembar berlipat-
antiparalel berubah menjadi struktur koil yang tidak beraturan. Tentukan ikatan apa yang
dipengaruhi oleh adanya urea?
29. Tulislah produk dari hidrolisis sempurna peptida berikut:
(a)
H2 N

CH

CH2 OH
NH

CH

COOH

+
+ H2O H

COOH

+
+ H2O H

CH3

(b)
O
H2N CH2

CH3

HOCH O
NH

CH

CH2
NH

CH

30. Jelaskan perbedaan yang paling mendasar dari denaturasi dan hidrolisis protein !

BAB III: Enzim

AKTIVITAS ENZIM
1. Pasangkan istilah berikut dengan pernyataan yang ada di bawahnya.
(1) kompleks enzim-substrat, (2) enzim, (3) substrat, (4) pusat aktif, (5) teori kunci dan
gembok
a. memiliki struktur tersier yang dikenali substrat
b. kombinasi enzim dengan substrat
c. bagian enzim tempat terjadinya aktivitas katalitik
d. teori yang menyatakan tentang spesifisitas enzim sangat tinggi
e. memiliki struktur yang komplemen dengan struktur enzim
2. Tulislah persamaan reaksi enzimatis:
a. Jelaskan masing- masing simbol yang ada padapersamaan reaksi enzimatis tersebut!
b. Bagaimana struktur pusat aktif enzim secara umum yang membedakannya dari
struktur keseluruhan suatu enzim?
c. Setelah terbentuk produk, apa yang terjadi pada enzim?
3. Enzim -Galaktosidase mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
a. Sebutkan reaktan dan produk pada reaksi tersebut!
b. Gambarkan diagram energi dengan dan tanpa enzim. Tandai substrat, produk dan
energi yang dibutuhkan dengan dan tanpa enzim.
c. Mengapa enzim dapat mempercepat jalannya reaksi?
4. Rasa manis jagung segar yang baru dipetik disebabkan oleh tingkat gula yang tinggi di
dalam biji jagung. Setelah beberapa hari jagung tidak terasa manis lagi, karena sekitar
50% gula bebas dalam biji jagung diubah menjadi pati dalam waktu satu hari setelah
dipetik. Untuk mempertahankan rasa manis jagung segar, jagung dengan pelepahnya
dicelupkan dalam air panas beberapa menit, lalu didinginkan di dalam pendingin beku.
Perlakuan ini dapat mempertahankan rasa manisnya. Apa dasar biokimiawi dari
perlakuan tersebut?
5. Jelaskan perbedaan mekanisme terikatnya substrat pada enzim menurut teori Lock and
Key dengan teori Induced Fit!
NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM
1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan kofaktor dalam protein terkonjugasi beserta
contohnya!

2. Tentukan apakah peryataan berikut menunjukkan suatu protein sederhana atau protein
terkonjugasi?
a. enzim yang mengandung bagian gula
b. enzim yang memerlukan ion Zn2+ untuk dapat menjalankan aktivitasnya
c. enzim yang hanya terdiri dari protein
d. enzim yang memerlukan koenzim vitamin
e. enzim yang terdiri dari 155 asam amino
3. Apa perbedaan antara apoenzim dan koenzim?
4. Apa perbedaan antara laktosa dan laktase?
5. Apa perbedaan antara hidrolisis dan hidrolase?
6. Sebutkan nama substrat untuk masing- masing enzim berikut:
a. lipase

b. peptidase

c. maltase

d. esterase

7. Termasuk kelompok apakah enzim yang mengkatalisis reaksi berikut:

a. hidrolisis sukrosa
b. hidrolisis galaktosa
c. hidrolisis ikatan ester dalam trigiserida
d. penambahan oksigen
e. isomerisasi glukosa menjadi fruktosa
f.

penambahan air pada suatu ikatan rangkap (hidrasi)

g. transfer gugus amino ke asam -keto

h. penambahan satu molekul ke molekul lain untuk membentuk senyawa yang lebih
besar
i.

mengubah asam piruvat menjadi asam asetat

FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI AKTIVITAS ENZIM

1. Tripsina, suatu peptidase yang menghidrolisis polipeptida dan bekerja di dalam usus halus
pada pH optimum pH = 8,0. Bagaimana kecepatan reaksi katalitik tripsin jika:
a. Konsentrasi polipeptida diturunkan.
b. Konsentrasi tripsin dinaikkan
c. pH diturunkan menjadi pH = 5,0
d. Reaksi dilakukan pada pH 15o C
e. Reaksi dilakukan pada pH 50o C

2. Mengapa aktivitas enzim sangat tinggi pada pH optimumnya, tetapi menjadi tidak efektif
pada pH lainnya?

INHIBISI ENZIM
1. Tentukan apakah peryataan berikut sesuai dengan sifat inhibitor kompetitif atau
nonkompetitif:
a. Memiliki struktur yang mirip dengan substrat.
b. Pengaruhnya tidak dapat diatasi dengan penambahan substrat
c. Bersaing dengan substrat memperebutkan pusat aktif enzim
d. Dapat berikatan dengan enzim bersamaan dengan substrat
e. Tidak memiliki struktur yang mirip dengan substrat
f.

Penambahan substrat dapat mengurangi pengaruh inhibitor

2. Asam oksaloasetat merupakan inhibitor suksinat dehidrogenase

a. Gambarlah masing- masing struktur asam suksinat dan asam oksaloasetat!
b. Termasuk jenis inhibitor apakah asam oksaloasetat? Jelaskan.
c. Bagaimana inhibisi suksinat dehidrogenase oleh asam oksaloasetat?
3.

Tuliskan 2 perbedaan antara inhibisi kompetitif dan inhibisi nonkompetitif

4.

Metanol (alkohol kayu) adalah pelarut komersial yang pernah dipergunakan sebagai
antibeku otomotif. Produk metabolit metanol di dalam tubuh sangat beracun dan dapat
menyebabkan kematian. Karena di dalam tubuh metanol dengan cepat dioksidasi menjadi
formaldehida oleh kerja enzim dehidrogenase alkohol di dalam hati:
NAD+ + CH3 -OH

NADH + H+ + H2 CO

Penanggulangan keracunan metanol secara medis adalah dengan memberikan si pasien

etanol (etil alkohol), melalui mulut atau secara intravenuos. Jelaskan mengapa perlakuan
ini efektif?

KINETIKA ENZIM
1. Perkirakan nilai Vmaks dam K M menggunakan kurva Michaelis-Menten untuk reaksi
enzimatis dengan data di bawah ini :

2.

[S], M

V, mol/L.menit

2,5 x 10-6

28

4,0 x 10-6

40

1 x 10-5

70

2 x 10-5

95

4 x 10-5

112

1 x 10-4

128

2 x 10-3

139

1 x 10-2

140

Data percobaan berikut dikumpulkan selama penelitian aktivitas katalitik suatu peptidase
usus yang mampu menghidrolisis dipeptida glisilglisina:
Glisilglisina + H2 O 2 Glisin
[S], mM

1,5

2,0

3,0

4,0

8,0

produk yang terbentuk, mg/menit

0,21

0,24 0,28 0,33 0,40

16,0
0,45

Dari data diatas, tentukanlah harga K m dan Vmaks bagi preparat enzim tersebut melalui analisis
grafik Lineaweaver-Burk.