SINTESIS ASAM AMINO BLOK 8

OLEH

Yanti Rosita

FK UNSRI

Pertanyaan

Apakah ada penyakit karena kelebihan protein? Mengapa?

Pendahuluan

Asam amino merupakan unit terkecil molekul protein 75% as amino digunakan untuk membentuk protein As amino dapat berasal dari protein yang kita makanan atau dari penghancuran protein tubuh Proses penghancuran berlangsung secara terus menerus sebagaimana protein tubuh digantikan turnover rate protein

Pendahuluan

Turnover rate protein jaringan tubuh manusia: 1,2 gr/kg BB/24 jam Konsep keseimbangan nitrogen: Keseimbangan nitrogen positif pertumbuhan, kehamilan Keseimbangan nitrogen negatif malnutrisi, pembedahan

JENIS ASAM AMINO

Dikenal ada 20 macam as amino, yang digolongkan menjadi As amino non esensial: Alanine, Asparagine, Aspartate, Cysteine, Glutamate, Glutamine, Glycine, Proline, Serine and Tyrosine As amino esensial: Arginine, Histidine, Isoleucine, Leucine, Lysin, Methionine, Phenylalanine, Threonine, Tryptophan and Valine

STRUKTUR ASAM AMINO

Non-ionized form

H
Amino group

O
C
Carboxyl group

H2N

C R
Side chain

OH

POLYPEPTIDE CHAIN
N-terminus
H H H N C H O H H C N C CH3 O H C N H C O H H C N C CH2 C OH O OH O H C H O H H C N C O H H C N C CH2 O H H

C-terminus
O C OH

N C

C N C CH2 SH

CH2 OH

CH2

CH H3C CH3

20 Amino Acids
Note: Variable R Group

Asam amino dalam darah

Jumlah asam amino dalam darah tergantung jumlah yang diterima dan jumlah yang digunakan Proses absorbsi asam amino dalam dinding usus adalah proses transport aktif yang memerlukan energi .Konsentrasi asam amino dalam darah Berpuasa : 3.5-5 mg/ 100ml darah. Setelah makan menjadi 5-10mg/100ml darah. Dan turun kembali setelah 6 jam.

Sintesis as. Amino non esensial

Sintesis aa esensial - tidak terjadi pada mamalia - terjadi pada bakteri dan ragi Sintesis aa semi esensial - Arginin dari ornitin - Histidin dari 5 fosforibosil 1 pirofosfat

Katabolisme Rangka Karbon As Amino

As amino yang membentuk oksaloasetat Yaitu: aspartat dan asparagin As amino yang membentuk ketoglutarat Yaitu: Glutamin, glutamat, prolin, arginin dan histidin As amino yang membentuk piruvat Yaitu: treonin,glisin,alanin,sistein dan serin As amino yang membentuk asetil KoA Yaitu: fenilalanin, tirosin, lisin, triptofan As amino yang membentuk suksinil KoA Yaitu: metionin, isoleusin dan valin

PRODUK SPESIFIK ASAM AMINO:

Inborn Error of amino acid metabolism

Kelainan metabolisme berupa gangguan salah satu aktivitas enzim yang bersifat diturunkan Macam2 1. Phenylketonuria (PKU)
Gangguan metabolisme fenilalanin Gangguan aktivitas enzim fenilalanin hidroksilase Fenilalanin tidak bisa dirubah menjadi tirosin Fenilalanin ----------- fenilpiruvat -------- fenil laktat dan fenil asetat

2. Alkaptonuria
Gangguan

metabolisme tirosin Tidak adanya enzim homogentisat oksidase, shg urin mengandung homogentisat Urin bayi menjadi hitam bila terkena udara

3. Tirosinosis
Gangguan

metabolisme tirosis Tidak adanya enzim oksidase, shg urin banyak mengandung p-OH fenilpiruvat

Sintesis protein

Pertanyaan

Mengapa antibiotik dapat digunakan untuk mengobati penyakit infeksi?

Struktur protein

struktur primer (tingkat satu) Struktur sekunder (tingkat dua), Struktur tersier (tingkat tiga), dan Struktur kuartener (tingkat empat)

Struktur Primer

struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida).
Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein

Struktur Sekunder

struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder ialah : alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral; beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H); beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma").

struktur tersier

Merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener. contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin

PROTEIN STRUCTURE
TABLE 3.2 A Summary of Protein Structure
Level
Primary

Description
The sequence of amino acids Formation of -helices and -pleated sheets

Stabilized by:
Peptide bonds

Example: Hemoglobin
Gly Ser Asp Gls

Secondary

Hydrogen bonding between peptide groups along the peptide backbone

Tertiary

Overall threedimensional shape of a polypeptide

Bonds and other interactions between R-groups, or between R-groups and the peptide backbone

Quaternary

Shape produced by combinations of polypeptides

Bonds and other interactions between R-groups, and between peptide backbones of different polypeptides

Nucleus (Inti sel)

Setiap sel makhluk hidup mempunyai nucleus (inti sel) dimana didalamnya terdapat nucleoplasma Nucleus berperan dalam: 1. Menyimpan informasi genetik 2. Duplikasi DNA 3. Transkripsi dalam sintesis protein

Struktur Materi Hereditas

Percobaan pada tahun 1950an menunjukkan bahwa DNA membawa sifat hereditas Pada 1953 Watson dan Crick menemukan bahwa sturktur DNA adalah suatru rantai ganda

DNA

merupakan material genetic merupakan suatu polymer (polynucleotides) dimana 1 unit (monomer) adalah nucleotides. Urutan nukleotida di sepanjang DNA berperan sebagai sandi untuk menyampaikan semua informasi yang diperlukan untuk memerintahkan sel agar membuat segala sesuatu yang diperlukan Setiap nucleotide tdd: - Basa nitrogen - gula deoksiribosa - phosphate

Struktur DNA

Struktur DNA adalah double helix ( rantai ganda), Terdapat ikatan hidrogen diatara rantai yang saling berhadapan Basa Purine dan pyrimide yang terikat kepada gula deoxyribose, dapat berputar bebas. DNA membentuk pasangan basa yang spesifik A-T(2 H-bonds), G-C (3 H-bonds). Kedua rantai DNA saling berhadapan disebut antiparallel

Struktur DNA

Struktur DNA

RNA

Struktur rantai tunggal terdiri dari ribose, phosphatase, basa purin (A,G) dan pyrimidine (C, U) Jenis RNA - messenger RNA : membawa kode genetik dalam sequencing asam amino - transfer RNA : identifikasi dan transfer asam amino ke ribosom - ribosomal RNA :bagian dari ribosom yang berfungsi dalam pembentukan protein

SINTESIS PROTEIN

transcription

translation

DNA

RNA

Protein

Protein

Merupakan suatu rantai asam amino yang dibentuk oleh elemen C, H, N, O. Terdapat 20 jenis Asam amino

Rantai asam amino kemudian bergabung dan berlipat-lipat menjadi bentuk tiga dimensi

Bagaimana DNA mengontrol perkembangan suatu organisme?

DNA membedakan karakteristik suatu organisme karena perbedaan urutan asam amino dalam semua protein yang terdapat pada organisme tersebut

KODE GENETIK

Setiap asam amino (20 amino acids) diwakili oleh tiga basa yang disebut dengan kodon Setiap kodon mengkodekan satu jenis asam amino Urutan basa akan menentukan urutan asam amino dalam protein Pembentukan protein berlangsung dalam suatu tahapan proses yang disebut dengan sintesis protein

Fig. 13.7, p. 204

Jenis-jenis Asam Amino sebagai Penyusun Protein

Transkripsi

DNA dipisahkan dengan rantai pasangannya dan messenger RNA mengkopi kode genetik

Pemotongan RNA

RNA dipotong

Introns (Non- coding sequences) dibuang

Exons (Expressed sequences) tetap dibiarkan

unit of transcription in a DNA strand exon intron exon intron exon

transcription into pre-mRNA

cap 5
snipped out snipped out

poly-A tail

5 mature mRNA transcript

Fig. 13.5, p. 203

Messenger RNA menuju ke ribosom di sitoplasma

Transfer RNA mengambil asam amino tertentu dan menuju ribosom

Translasi

Di dalam ribosom, kode tersebut dibaca dan ditranslasikan ke dalam bentuk suatu urutan asam amino Rantai asam amino akan melipat-lipat dan bergabung menyatu membentuk protein akhir

TRANSCRIPTION

Unwinding of gene regions of a DNA molecule

Pre mRNA Transcript Processing

mRNA

rRNA

tRNA

Mature mRNA transcripts

protein ribosomal subunits subunits

mature tRNA

TRANSLATION

Convergence of RNAs Cytoplasmic pools of amino acids, tRNAs, and ribosomal subunits

Synthesis of a polypetide chain at binding sites for mRNA and tRNA on the surface of an intact ribosome

FINAL PROTEIN Destined for use in cell or for transport

Fig. 13.14, p. 210

Sintesis Protein

Instruksi pada DNA ditranskripsi (dituliskan kembali) dalam bentuk serupa kemudian ditranslasi (diubah) menjadi bahasa protein. Pertama2 pesan ditranskripsi menjadi jenis molekul lain yang dikenal sebagai RNA kurir (mRNA). Secara kimiawi mRNA sangat serupa dengan DNA, molekul ini juga dapat mengenali basa pada untaian DNA dan melalui proses pengenalan mRNA bekerja menyalin gen yang dibentuk.

Sintesis Protein
Proses mentranslasi instruksi pada mRNA menjadi btk protein kemudian dapat dimulai. Urutan basa pada molekul mRNA menentukan urutan asam amino pada protein. Kata-kata pada bahasa mRNA terdiri atas kelompok2 tiga basa berurutan, disebut kodon. Setiap kodon menyampaikan perintah kepada mesin selular yang mensintesis protein bahwa asam amino tertentu hrs digabungkan menjadi protein pada tempat tertentu

Sintesis Protein
Translasi mRNA melibatkan puluhan jenis molekul, diantaranya (rRNA dan tRNA). Keduanya tidak membawa kode genetik, tetapi membantu sel membaca informasi yang terkandung pada mRNA. Sekali mRNA dibuat, molekul ini meninggalkan inti sel dan masuk tubuh utama sel. Disini struktur globular yang dikenal dengan nama Ribosom melekat pada mRNA tersebut. Pada ribosom terdapat rRNA.Sekali Ribosom berikatan dengan mRNA, tRNA menjalankan tugasnya. Terdapat berbagai jenis tRNA dan masing2 mampu mengenali golongan tertentu dari ketiga basa (kodon) pada mRNA. Setiap jenis tRNA membawa hanya satu jenis asam amino tertentu

Sintesis Protein
Setelah sel selesai menyusun suatu rantai asam amino, rantai ini mulai melipat dirinya sendiri. Bentuk umum protein adalah rantai berputar dan melekuk membentuk struktur tiga dimensi yang kompleks. Pelipatan ini diatur oleh tenaga kimia. Bentuk akhir molekul protein ditentukan oleh urutan asam amino yang menyusun protein tersebut.

Antibiotics - Translation

Replikasi DNA
dan Sintesis Protein