BAB III

STRUKTUR DAN SIFAT

PROTEIN
Kapita Selekta
Biokimia I : Enzim
 A. PENDAHULUAN
Protein berasal dari bahasa Yunani Proteios
berarti Utama.
Protein merupakan makromolekul penyusun
lebih dari 50% berat kering seluruh organisme.
 E. coli mempunyai sekitar 5000 senyawa organik,
3000 berupa protein.
 Manusia diperkirakan mempunyai sekitar
5.000.000 protein
 Di alam diperkirakan ada 1010-1012 jenis protein
Protein mempunyai berbagai fungsi dari sifat
katalitik sampai tanggap toksik, Tabel 1.
Contoh struktur protein struktural dan fungsional
pada Gambar 1.
KSB I : Struktur Protein 2
 Tabel 1. Penggolongan protein berdasarkan fungsi biologinya

FUNGSI JENIS CONTOH

Katalitik Enzim Lipase, Protease, Isomerase, Papain
Struktural Protein struktural Kolagen (pengikat jaringan dan tulang);
-Keratin (rambut, kulit); Elastin, Fibroin (serat
sutra), Proteoglikan.
Penyimpanan Protein transport Kasein (susu); Ovalbumin (telor); Feritin
(zat makanan) (penyimpan besi); Gliadin (gandum), dll
Pengangkutan Protein transport Serum Albumin (asam lemak), Hemoglobin
(zat makanan) (oksigen), Lipoprotein (lipid)
Motil (mekanik) Protein Kontraktil Aktin, Miosin (otot), Tubulin, Kinesin
Pengatur/ Protein Hormon Insulin; Hormon tumbuh; Represor (mengatur
regulator biosintesis enzim); Hormon Paratiroid
(metabolisme) (mengatur transport Ca2+)
Perlindungan Antibodi Imunoglobulin, vaksin
(kekebalan, Protein Fibrinogen, Trombin
darah) Penggumpal
Tanggap toksik Protein Toksin Bisa ular, toksin bakteri (bortulisme, difteri);
Risin (tumbuhan beracun)
KSB I : Struktur Protein 3
Gambar 1. (a) Protein struktural umumnya berupa serat dan tidak larut dalam
air, contoh kolagen yang tersusun dari 3 rantai polipeptida. (b) Protein dengan
fungsi metabolik, strukturnya kompak benrbentuk globular, contoh Myoglobulin.
Bentuk foding menyebabkan rantai samping hidrofilik terletak di luar sehingga
mudah larut dalam air.
KSB I : Struktur Protein 4
 B. STRUKTUR PROTEIN
Protein tersusun oleh 20 asam amino, membentuk
ikatan peptida. Bila terdapat beberapa peptida
disebut Oligopeptida, bila banyak disebut
Polipeptida atau Protein. Gambar 2.
Protein bisa merupakan satu rantai polipeptida
maupun beberapa rantai polipeptida yang satu
dengan lainnya membentuk ikatan atau interaksi
tertentu.
Perbedaan komposisi dan urutan asam amino
penyusunnya membuat perbedaan sifat protein satu
dengan lainnya. Tabel 2.
Residu asam amino sekitar 100 sampai 1800 lebih,
dengan kisaran Mr antara 12.000 sampai lebih dari
106, Tabel 3. KSB I : Struktur Protein 5
Gambar 2.
(a). Reaksi pembentukkan ikatan
peptida.
(b) Rantai polipeptida dengan rantai (a)
utama berbentuk planar, lainnya
berupa rantai samping asam amino (R).

(b)

KSB I : Struktur Protein 6

 Tabel 2.
Komposisi asam
amino beberapa
protein (%)

Catatan :
RNase : Ribonuklease A
sapi, 124 aa, tanpa
triptopan.
ADH : Alkohol
Dehidrogenase hati
kuda, 374 aa.
Mb : Myoglobulin,
sperma ikan paus, 153
aa, tanpa sistein
Histon H3 : DNA binding
protein di kromosom,
135 aa. Banyak Arg &
Lys, tanpa trp.
Kolagen : protein
struktural ekstraseluler,
ada aa tidak umum,
banyak Gly & Pro,
tanpa Cys & Trp, KSB I : Struktur Protein 7
kurang aa aromatik.
 Tabel 3. Data molekuler beberapa protein
Jenis Protein Mr Jumlah Jumlah
Residu Rantai
Insulin (sapi) 5.733 51 2
Sitokrom C (manusia) 13.000 104 1
Ribonuklease A (pankreas sapi) 13.700 124 1
Lisozim (putih telur) 13.930 129 1
Mioglobulin (jantung kuda) 16.890 153 1
Kemotripsin (pankreas sapi) 22.600 241 3
Hemoglobin (manusia) 64.500 574 4
Serum Albumin (manusia) 68.500 550 1
Heksokinase (ragi) 102.000 800 2
-Globulin (kuda) 149.900 1250 4
RNA polimerase (E.coli) 450.000 4.158 5
Glutamin sintase (E. coli) 619.000 5.628 12
Glutamat dehidrogenase (hati sapi) 1.000.000 8.300 40
KSB I : Struktur Protein 8
B.1. STRUKTUR PRIMER
Struktur primer protein merupakan polipeptida
menggambarkan
urutan asam amino penyusunnya
Serta jembatan disulfida (bila ada)
Penulisan dapat berupa urutan struktur kimianya
atau singkatan nama asam aminonya, contoh
penulisan pada Gambar 3.
Asam amino dengan -amino bebas disebut
sebagai N-ujung atau N-terminal atau amino
ujung
Asam amino dengan karboksilat bebas disebut
sebagai C-ujung atau C-terminal atau
karboksilat ujung
KSB I : Struktur Protein 9
(a)

Ala-Phe-Cys-Leu-Glu-Gly-Val

(b)

Gambar 3. Struktur
primer protein
(a) Urutan asam amino,
(b) urutan asam amino
dengan 4 ikatan
disulfida dari RNA sapi
KSB I : Struktur Protein 10
B.2. STRUKTUR SEKUNDER
Struktur sekunder (Gambar 4) merupakan
 struktur primer ditambah dengan
 Ikatan hidrogen antar residu asam amino
berdekatan
Ikatan H membentuk folding untuk meminimumkan
driving force gugus hidrofobik dengan pelarut.
Struktur -Heliks, ikatan H pada satu rantai
polipeptida. Merupakan penyusun utama protein
serat seperti -Keratin dalam rambut, wol dan kuku.
Struktur lembaran -berlipat ikatan H terjadi antar
rantai polipeptida, contoh struktur ini terdapat pada
sutera.
Protein serat (Fibrous) merupakan pengulangan
struktur sekunder, biasanya tidak larut dalam air. 11
KSB I : Struktur Protein
 Gambar 4.
Struktur sekunder protein
berupa -Heliks dan
lembaran -berlipat (-
pleted sheet)

-Heliks -Sheet

KSB I : Struktur Protein 12

B.3. STRUKTUR TERSIER
Struktur tersier terjadi karena beberapa interaksi
rantai samping, menyebabkan struktur
polipeptida yang lebih stabil, Gambar 5,
 Interaksi yang terjadi :
 Ikatan disulfida,
 Ikatan Hidrogen
 Interaksi Hidrofobik dan
 Interaksi Ionik
Struktur tersier tersusun oleh satu rantai
polipeptida
Struktur tersier terdapat pada Protein Globular,
dengan konformasi yang fleksibel untuk
menjalankan fungsi biologinya.
KSB I : Struktur Protein 13
 (a) (b)

Gambar 5. Struktur Tersier Protein. (a) Interaksi antar gugus rantai

samping residu asam amino. (b) Contoh struktur tersier protein

KSB I : Struktur Protein 14

B.4. STRUKTUR KUARTERNER
Struktur kuarterner merupakan interaksi antara beberapa
polipeptida tersier, membentuk Protein Globular.
Protein tersier bisa tersusun dari beberapa sub-unit
polipeptida yang sama disebut sebagai protomer
sedangkan oleh sub-unit berbeda disebut oligomer.
Contoh Hemoglobin tersusun dari 4 polipeptida dengan
2 sub-unit berbeda  dan , Gambar 6. Struktur globular
Hb yang fleksibel memungkinkan pengikatan oksigen.
Struktur tiga dimensi Ribonuklease (a), hasil analisis
diffraksi sinar-X (b) dan penggambaran abstraksi rantai
polipeptida bentuk -strand (panah datar) dan -heliks
(pita spiral), Gambar 7.
Hubungan antara struktur primer, sekunder, tertier dan
kuartener ditampilkan pada Gambar 8, ilustrasi lengkap
pada Gambar 9. KSB I : Struktur Protein 15
Gambar 6. Struktur kuartener Hemoglobin yang tersusun dari 4
polipeptida dengan
KSB I :2Struktur
sub-unit berbeda  dan ,
Protein 16
(a) (b)

(c)
Gambar 7.
Struktur tiga dimensi
Ribonuklease (a), hasil analisis
diffraksi sinar-X (b) dan
penggambaran abstraksi rantai
polipeptida bentuk -strand
(panah datar) dan -heliks (pita
spiral)(c). KSB I : Struktur Protein 17
Gambar 8. Hubungan antara struktur primer, sekunder, tertier
dan kuartener

KSB I : Struktur Protein 18

Gambar 9.
Ilustrasi bentuk struktur
primer, sekunder, tersier
dan kuartener KSB I : Struktur Protein 19
 C. PROTEIN KONJUGASI
Protein Konjugasi adalah protein yang mempunyai atau
terikat secara permanen dengan senyawa bukan asam
amino.
Gugus Prostetik adalah senyawa non asam aminonya.
Pengelompokkan dilakukan berdasarkan sifat gugus
prostetiknya, Tabel 4.
Lipoprotein adalah protein yang berkonjugasi dengan
lipid, merupakan komponen plasma darah yang berfungsi
sebagai transport lipid ke bagian tenpat sintesis
membran.
Glikoprotein adalah protein yang mempunyai bagian
karbohidrat, biasanya merupakan ekstraseluler protein,
seperti Fibronektin dan Proteoglikan merpakan kulit sel
serta membran sel. Imunoglobulin G merupakan antibodi
glikoprotein yang terdapat di darah.
KSB I : Struktur Protein 20
Tabel 4

KSB I : Struktur Protein 21

Nukleoprotein mempunyai gugus prostetik RNA atau
DNA, berperan dalam penyimpanan dan transmisi
informasi genetik. Ribosom merupakan tempat sintesis
protein. Paritkel Virus dan kromosom protein dengan
asam nukleat.
Fosfoprotein adalah protein yang mempunyai gugus
fosfat yang teresterifikasi pada gugus OH dari serin,
treonin atau tirosin. Kasein merupakan protein yang
banyak mengandung fosfat, berfungsi untuk
pertumbuhan anak.
Metaloprotein bisa sebagai penyimpan metal (contoh
feritin), maupun sebagai kofaktor enzim yang berperan
pada aktivitas katalitik.
Hemoprotein, merupakan subklas dari metaloprotein,
karena heme merupakan senyawa Fe-protoforpirin.
Flavoprotein mengandung gugus flavin yang penting
dalam oksidoreduktase.
KSB I : Struktur Protein 22
D. SIFAT ASAM BASA PROTEIN

Sifat keasaman residu asam amino sangat

mempengaruhi sifat protein yang dibentuk,
dapat dilihat pada harga pI-nya, Tabel 5.
Harga pI < 7,0 peptida bersifat asam sedangkan
pI > 7,0 bersifat basa.
Harga pI tidak dipengaruhi oleh Mr atau jumlah
residu asam amino maupun jumlah polipeptida
penyusun proteinnya, Tabel 6.

KSB I : Struktur Protein 23

Tabel 5. Pengaruh komposisi asam amino terhadap harga pI
Peptida pK1 pK2 pKR pI
(-COOH) (-NH4+) (gugus R)
Glisin (Gly) 2,34 9,60 - 5,97
Alanin (Ala) 2,34 9,69 - 6,02
Lisin (Lis) 2,18 8,95 10,53 9,74
Asam Aspartat (Asp) 2,09 9,82 3,86 3,01
Gly-Gly 3,06 8,13 - 5,59
Gly-Gly-Gly 3,26 7,91 - 5,58
Gly-Ala 3,17 8,23 - 5,70
Ala-Gly 3,16 8,24 - 5,70
Ala-Ala-Ala-Ala 3,42 7,94 - 5,68
Ala-Ala-Lis-Ala 3,58 8,01 10,58 9,3
Gly-Asp 2,81 8,60 4,45 3,6
KSB I : Struktur Protein 24
 Tabel 6. Konstanta fisik dan pI beberapa protein
Konstanta Konstanta
Protein Mr Difusi Sedimen pI
(Dx107) tasi (S)

Sitokrom C (hati sapi) 13.370 11,40 1,17 10,6

Mioglobin (hati kuda) 16.900 11,30 2,04 7,0
Kimotripsinogen (pankreas sapi) 23.240 9,50 2,54 9,5
-Laktalbumin (susu kambing) 37.100 7,50 2,90 5,2
Hemoglogin (manusia) 64.500 6,90 4,50 6,9
Serum Albumin (manusia) 68.500 6,10 4,60 4,9
Katalase (liver kuda) 247.500 4,10 6,40 5,6
Fibrinogen (manusia) 339.700 3,40 7,60 5,1
Urease (buah nangka) 482.700 1,98 11,30 5,5
Miosin (cod) 524.800 1,10 18,60 -
Virus mozaik tembakau 40.590.000 0,46 198,00 -
KSB I : Struktur Protein 25
Tabel 8.

KSB I : Struktur Protein 26