Plot Ramachandran (juga dikenal sebagai peta Ramachandran atau diagram Ramachandran)

dikembangkan oleh Gopalasamudram Narayana Ramachandran. Program yang dapat menghasilkan

plot Ramachandran antara lain PROCHECK, STING, PyMOL (ekstensi DynoPlot), VMD, Sirius, dan
Swiss PDB Viewer.

Plot Ramachandran digunakan untuk memvisualisasikan koordinat tiga dimensi protein yang telah
ditentukan melalui eksperimen ke dalam koordinat internal. Koordinat internal terdiri dari sudut dihedral
Φ (phi) sebagai sumbu x dan sudut ψ (psi) sebagai sumbu y residu asam amino dari struktur protein.
Plot ini memperlihatkan konformasi yang mungkin dari sudut Φ dan ψ untuk polipeptida. Secara
matematis, plot Ramachandran adalah visualisasi dari sebuah fungsi. Daerah dari fungsi ini adalah
torus. Sudut Φ merupakan sudut dihedral sepanjang ikatan N-Cα, sedangkan sudut ψ merupakan sudut
dihedral sepanjang ikatan Cα-C. Setiap residu asam amino mempunyai satu sudut Φ dan sudut ψ. Oleh
karena itu setiap residu dapat digambarkan sebagai satu plot. Plot-plot yang menggambarkan residu
asam amino pada struktur protein disebut plot Ramachandran.Plot Ramachandran terdiri dari empat
kuadran dan empat daerah. Keempat daerah itu antara lain most favoured regions, additional allowed
regions, generously allowed regions, dandisallowed regions. Pada plot Ramachandran, klaster yang
terbentuk dari beberapa residu menunjukkan struktur sekunder yang terbentuk.

Melalui plot Ramachandran dapat diketahui suatu struktur protein mempunyai kualitas yang baik atau
tidak. Caranya dengan melihat plot residu non glisin yang terletak pada wilayah sudut dihedral yang
dilarang (disallowed regions). Glisin tidak mempunyai rantai samping sehingga sudut Φ dan ψ nya
dapat berada pada empat kuadran dari plot Ramachandran. Suatu struktur protein dinyatakan baik jika
jumlah plot residu yang terdapat pada most favoured regions lebih dari 90% dan R-factor tidak lebih
dari 20%.

Sebuah plot Ramachandran, juga dikenal sebagai diagram Ramachandran atau [φ, ψ] plot, awalnya
dikembangkan oleh Gopalasamudram Ramachandran, seorang fisikawan India, pada tahun 1963.
Ramachandran Plot adalah cara untuk memvisualisasikan sudut dihedral ψ terhadap φ dari residu
asam amino di struktur protein. Ramachandran diakui bahwa banyak kombinasi dari sudut dalam
rantai polipeptida dilarang karena tumbukan sterik antara atom-atom. plot dua dimensi
menunjukkan nilai yang diperbolehkan dan tidak disukai dari ψ dan φ: tiga perempat dari kombinasi
yang mungkin dikecualikan hanya dengan bentrokan sterik lokal. pengecualian sterik adalah
kenyataan bahwa dua atom tidak bisa di tempat yang sama pada waktu yang sama adalah prinsip
pengorganisasian yang kuat yang mendorong penggunaan plot Ramachandran depan.