PERC. VI Isolasi DNA nIIaaa

PERCOBAAN VI
ISOLASI DNA
I. Tujuan
Tujuan dilakukannya percobaan ini adalah untuk mempelajari teknik mengisolasi
DNA dari berbagai jenis buah-buhan
II. Waktu Pelaksanaan
Hari/Tanggal : Kamis, 18 Desember 2014
Waktu : 13.30 WITA - Selesai
Tempat : Laboratorium Kimia Lanjut FKIP UNTAD
III. Dasar Teori
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat
membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas
(Astridsafiraidham, 2014)
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung. Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan senyawa
kimia yang paling penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya.
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen
dan intergen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya
membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan
protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa “lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Buqhoriis, 2013)
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid
protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat
membentuk suatu ikatan kimia (Deall, 2013)
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak
sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi
juga akan sedikit (Astridsafiraidham, 2014)
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran
plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara
mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan
pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran
sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen (Deall, 2013)
IV. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan pada percobaan ini antara lain sebagai berikut:
A. Alat
1. Tabung reaksi
2. Rak tabung reaksi
3. Corong
4. Wadah sampel
5. Grelas kimia
6. Pipet tetes
7. Lumpang dan alu
8. Sendok makan dan garpu
9. Pisau stainles
10. Talenan
11. Wadah es batu
12. Stopwatch
13. Kertas label
14. Kertas saring
B. Bahan
1. Buah semangka
2. Buah pisang
3. Buah mangga
4. Buah pepaya
5. Buah nanas
6. Buah alpukat
7. Buah nangka
8. Etanol anbsolut
9. Sunlight
10. Garam beriodium
11. Garam batu
12. Aquades
V. Prosedur Kerja
Prosedur kerja yang dilakukan pada percobaan ini adalah sebagai berikut :
1. Memotong-motong buah semangka dan melumatkannya
2. Buah yang telah halus kemudian ditambahkan dengan garam batu, masing-masing
dengan perbandingan sampel dan garam batu 1:1
3. Mengaduk campuran dan menambahkannya dengan sunlight dengan perbandingan
hasil perlakuan b dan sunlight 1:1 lalu menghomogenkannya
4. Mendiamkan campuran yang telah homogen selama 8 menit lalu menyaringnya
5. Menambahkan etanol absolut kedalam filtrat yang diperoleh lalu mendiamkannya
6. Mengamati hasil yang diperoleh
7. Mengulangi perlakuan 1-6 dengan mengganti buah semangka dengan buah pisang,
buah mangga, buah pepaya, buah nanas, buah alpukat dan buah nangka
VI. Hasil Pengamatan
Hasil pengamatan yang diperoleh pada percobaan ini adalah sebagai berikut:
No. Perlakuan Hasil Pengamatan
1. Buah semangka
a. Buah semangka dipotong-potong Halus dan berwarna merah
lalu dilumatkan
b. Perlakuan a + baram batu, masing- Garam larut sebagian
masing dengan perbandingan
sampel dan garam batu 1:1
c. Perlakuan b diaduk sampai Campuran homogen berwarna hijau
bercampur + sunlight masing- kemerahan
masing 1:1 antara sunlight dan hasil
perlakuan b
d. Perlakuan c didiamkan selama 8 Residu dan filtrat berwarna hijau
menit + disaring bening
e. Filtrat yang dihasilakan + etanol Terbentuk 3 lapisan, lapisan atas
dingin + didiamkan adalah sampel, lapisan
tengah adalah untaian
DNA dan lapisan atas
adalah etanol absolut
2. Buah pisang
a. Buah pisang dipotong-potong lalu Halus dan berwarna putih
dilumatkan kekuningan
c. Perlakuan b diaduk sampai Campuran homogen berwarna biru
bercampur + sunlight masing- kehijauan
perlakuan b
d. Perlakuan c didiamkan selama 8 Residu dan filtrat berwarna
menit + disaring kehijauan
3. Buah mangga
a. Buah mangga dipotong-potong lalu Halus dan berwarna kuning
dilumatkan
c. Perlakuan b diaduk sampai Campuran homogen berwarna
bercampur + sunlight masing- kuning kehijauan
perlakuan b
menit + disaring bening
4. Buah pepaya
a. Buah pepaya dipotong-potong lalu Halus dan berwarna orange
dilumatkan
perlakuan b
d. Perlakuan c didiamkan selama 8 Residu dan filtrat berwarna
menit + disaring kehijauan
5. Buah nanas
a. Buah nanas dipotong-potong lalu Halus dan berwarna kuning cerah
dilumatkan
perlakuan b
menit + disaring keruh
dingin + didiamkan
adalah sampel, lapisan
6. Buah alpukat
a. Buah alpukat dipotong-potong lalu Halus dan berwarna hijau
dilumatkan
c. Perlakuan b diaduk sampai Campuran homogen berwarna hijau
bercampur + sunlight masing-
perlakuan b
d. Perlakuan c didiamkan selama 8 Residu dan filtrat berwarna horange
menit + disaring pudar
7. Buah nangka
a. Buah nangka dipotong-potong lalu Halus dan berwarna kuning cerah
dilumatkan
c. Perlakuan b diaduk sampai Campuran homogen berwarna putih
bercampur + sunlight masing- kekuningan
perlakuan b
d. Perlakuan c didiamkan selama 8 Residu dan filtrat berwarna putih
menit + disaring keruh
VII. Pembahasan
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam
sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk
mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membran sel dan
juga membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut
sangat beraneka ragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan
mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula
dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia. Perusakan dinding sel dan
membran sel pada praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan cara penggerusan.
DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa benang-
benang halus (Astridsafiraidham, 2014)
Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding
sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi.
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni,
yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel
secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan
mortal dan pastle. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian
detergen, penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran
inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA (Buqhoriis, 2013)
Tujuan dilakukannya percobaan ini adalah untuk mempelajari teknik mengisolasi
DNA dari berbagai jenis buah-buhan (Tim Penyusun, 2014)
Pada percobaan ini metode isolasi DNA yang dilakukan adalah penghancuran
(lisis), ekstraksi dan presipitasi. Dengan prinsip percobaan yaitu sel dipecah untuk
mendapatkan DNA, kemudian DNA diikatkan dalam suatu fasa padat, yaitu garam.
Setelah itu dilakukan penghilangan pengotor dengan pencucian menggunakan buffer,
kemudian dielusi. Lisis membran sel yaitu proses untuk meluruhkan membran sel pada
nukleus. Teknik ini umumnya dilakukan menggunakan larutan deterjen kationik yaitu
CTAB. Hal ini dikarenakan waktu isolasi yang relatif cepat serta tahapan metode yang
relatif lebih mudah. Sedangkan prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama,
menurunkan kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang
polar mengelilingi molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air
berinteraksi dengan muatan negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini
meningkatkan kelarutan DNA dalam air.
Pada percobaan ini digunakan tujuh jenis buah yang berbeda, buah-buah tersebut
antara lain buah semangka, buah pisang, buah mangga, buah pepaya, buah nanas, buah
alpukat dan buah nangka. Buah-buah ini digunakan karena memiliki daging buah yang
tebal dan kandungn air yang sedikit, sehingga DNA-nya mudah untuk diamati. Prosedur
kerja yang dilakukan pada ketujuh buah dalam percobaan ini sama yaitu, pertama-tama
memotong-motong buah dan melumatkannya. Hasilnya untuk semuah buah yaitu buah
menjadi halus dengan warna yang berbeda-beda. Perbedaan warna yang diperoleh ini
karena perbedaan pigmen dan susunan DNA yang terkandung didalam masing-masing
buah. Proses penghancuran dilakukan untuk merusak membran sel, dinding sel dan
membran inti sehingga DNA bisa keluar dari sel dan masuk ke larutan (Buqhoriis,
2013). Selanjutnya buah yang telah halus kemudian ditambahkan dengan garam batu,
masing-masing dengan perbandingan sampel dan garam batu 1:1, hasilnya garam larut
sebagian. Garam hanya larut sebagian karena kandungan air dalam buah-buah yang
digunakan tidak banyak sehingga tidak mampu melarutkan garam secara sempurna.
Menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat
terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan
kutub negatif fosfat DNA. Kutub negatif fosfat DNA yaitu kutub yang bisa
menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain, sehinggga pada
saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul
(Deall, 2013). Selain itu, garam atau NaCl yang diberikan berfungsi sebagai bahan
penetral pada gula fosfat DNA, yang menyebabkan protein dan karbohidrat
terpresipitasi ke dalam larutan, serta berperan sebagai “lysing buffer”, yakni menjaga
pH larutan agar tetap konstan, sehingga diharapkan tidak terjadi denaturasi DNA
(Buqhoriis, 2013).
Kemudian mengaduk campuran dan menambahkannya dengan sunlight dengan
perbandingan hasil yang diperoleh pada perlakuan sebelumnya dan sunlight 1:1 lalu
menghomogenkannya, hasilnya campuran homogen. Proses pemberian deterjen cair ini
disebut dengan proses lisis yaitu proses untuk meluruhkan membran sel pada nukleus.
Tujuan diberikannya deterjen cair yaitu untuk mengurangi kontaminan dan mengurangi
browning (Buqhoriis, 2013). Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami
kerusakan yang disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Dalam proses
isolasi DNA, deterjen berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang) sel, secara kimia
sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel
antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan
kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk menghilangkan
ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta
menghambat enzim-enzim seluler ynag dapat merusak DNA (ion Mg2+ merupakan
kofaktor penting bagi DNAse yang biasa "memakan" DNA). Detergen bisa
menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta
menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung
disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil
sulfat (Unibdu, 2013).. Sedangkann menghomogenkan campuran dilakukan dengan
mengaduk secara perlahan, pengadukan harus pelan-pelan karena deterjen mudah
sekali berbusa. Busa yang ditimbulkan oleh deterjen akan mengganggu pengamatan,
karena DNA yang berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat dipastikan lapisan DNA
tersebut akan tertutupi jika terdapat banyak buih (Buqhoriis, 2013). Selanjutnya
mendiamkan campuran yang telah homogen selama 8 menit yng berfungsi memberikan
waktu bagi deterjen untuk melisiskan barier (penghalang) sel dan menghilangkan ion
Mg2+, lalu menyaringnya, hasilnya terbentuk 3 lapisan, lapisan atas adalah sampel,
lapisan tengah adalah untaian DNA dan lapisan atas adalah etanol absolut. Proses
penyaringan dilakukan agar komponen sel selain DNA tidak mengkontaminasi DNA
yang hendak diisolasi. Lalu dituang ke tabung reaksi dan diberikan larutan etanol dingin
dengan tujuan untuk memperitifikasi DNA (Buqhoriis, 2013). Selanjutnya
menambahkan etanol absolut yang telah didinginkan kedalam filtrat yang diperoleh, lalu
mendiamkannya. penambahan ini bertujuan untuk mempermudah terjadinya
presipitasi pada benang-benang DNA. Ethanol yang dingin akan mempercepat proses
presipitasi tersebut, dimana ekstraksi dengan menggunakan fenol menyebabkan protein
kehilangan kelarutannya dan mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan
dari DNA melalui sentrifugasi. Setelah sentrifugasi akan terbentuk 2 fase yang terpisah
yakni fase organik pada lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada lapisan atas
sedangkan DNA dan RNA akan berada pada fase aquoeus setelah sentrifugasi
sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada pada interfase dan lipid akan berada
pada fase organik. Ekstrak DNA yang didapat seringkali juga terkontaminasi oleh RNA
sehingga RNA dapat dipisahkan dari DNA dengan cara pemberian etanol pada larutan
DNA yang telah terkumpul pada saat penambahan garam batu, sehingga terjadi
pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena pemekatan oleh garam maka DNA
dapat memisah dari larutan (Deall, 2013). Etanol tersebut mampu membawa asam
nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan, untuk kemudian
diendapkan. Karena kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air maka
alkohol akan berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand DNA yang
terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang putih yang terapung di atas
filtrat (dibagian tengah larutan) (Unibdu, 2013).
Dari percobaan isolasi DNA diperoleh hasil yaitu, perbedaan warna pada masing-
masing tabung reaksi yang berisi campuran buah, detergen, garam, dan ethanol.
Perubahan warna yang terjadi diakibatkan oleh perbedaan susunan DNA yang terdapat
pada setiap buah dan sskandungan air dari masing-masing buah tidak sama. Dari
percobaan tidak diperoleh DNA murni melainkan hanya DNA kasar atau benang –
benang halus (supernatant) dalam jumlah yang sedikit. Dari ketujuh buah yang
digunakan, DNA kasar yang paling terlihat ada pada buah pisang, hal itu terjadi akibat
kandungan air pisang lebih sedikit dari buah-buah yang lainnya sehingga ekstrak dan
DNA kasar yang dihasilkan oleh pisang lebih banyak (Astridsafiraidham, 2014)
VIII. Kesimpulan
Kesimpulan yang diperoleh pada percobaan ini adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengisolasi DNA dapat dilakukan melalui tahap-tahap sebagai berikut
a. Isolasi jaringan
b. Pelisisan
c. Pengekstraksian dalam larutan
d. Purifikasi
e. Presipitasi
2. Pada percobaan ini diperoleh DNA berupa untaian benang-benang halus dan
berwarna putih dari setiap sampel buah-buahan
DAFTAR PUSTAKA
Astridsafiraidham. (2014). Laporan Praktikum Isolasi DNA

https://astridsafiraidham.wordpress.com/2014/05/29/laporan-praktikum-isolasi-dna/
(Diakses : Sabtu, 27 Desember 2014)
Buqhoriis, I. (2013). Laporan Isolasi DNA Buah

http://buqhoriis.blogspot.com/2013/11/laporan-isolasi-dna-buah.html (Diakses : Sabtu,
27 Desember 2014)
Deall, I. (2013). Laporan Pengamatan Isolasi DNA

http://deallia.blogspot.com/2013/09/laporan-pengamatan-isolasi-dna.html (Diakses :
Sabtu, 27 Desember 2014)
Irwan, H. (2014). Analis DNA

http://hery-irawan-fpk11.web.unair.ac.id/artikel_detail-107839-Umum-
Analis%20DNA.html (Diakses : Sabtu, 27 Desember 2014)
Tim Penyusun. (2014). Penuntun Praktikum Biokimia Dasar. FKIP-UNTAD. Palu
Unibdu, I. (2013). Praktikum Isolasi DNA

http://imanur17.blogspot.com/2013/03/praktikum-isolasi-dna.html (Diakses : Minggu,
28 Desember 2014)
LAMPIRAN

PERC. VI Isolasi DNA nIIaaa

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

PERC. VI Isolasi DNA nIIaaa

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

PERCOBAAN VI

Astridsafiraidham. (2014). Laporan Praktikum Isolasi DNA

Buqhoriis, I. (2013). Laporan Isolasi DNA Buah

Deall, I. (2013). Laporan Pengamatan Isolasi DNA

Irwan, H. (2014). Analis DNA

Tim Penyusun. (2014). Penuntun Praktikum Biokimia Dasar. FKIP-UNTAD. Palu

Unibdu, I. (2013). Praktikum Isolasi DNA

Anda mungkin juga menyukai