PERCOBAAN VI

ASAM NUKLEAT (ISOLASI DNA TUMBUHAN)

I. Tujuan Percobaan

Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mempelajari teknik reaksi dari berbagai jenis
buah-buahan.

II. Dasar Teori

DNA merupakan asam nukleat yang berada di dalam dan/atau di luar inti sel (nukleus).
Substansi ini dimiliki oleh semua organisme hidup (virus pengecualian). Peran DNA secara
umum di dalam sel adalah sebagai materi genetik, dengan kata lain DNA
menyimpan blueprint bagi setiap aktivitas sel. Materi genetik tersebut adalah suatu faktor
pembawa sifat organisme yaitu gen. Gen dapat diidentifikasi dan direkayasa apabila telah
diambil dari sumbernya yaitu DNA. Gen pun dapat ditransfer dari individu satu ke individu
yang lain. Proses ini adalah manifestasi dari proses yang dinamakan isolasi DNA (Lehninger,
1982).
Pemurnian (purifikasi) DNA bertujuan untuk menghilangkan beberapa kontaminan
seperti senyawa sekunder (fenol), polisakarida, RNA dan juga protein. Pemurnian dari
kontaminan protein dan RNA dilakukan menggunakan senyawa kloroform isoamilalkohol,
asam asetat, dan enzim RNAse. Senyawa kloroform isoamilalkohol dan asam asetat berfungsi
mendenaturasi protein sedangkan enzim RNAse berfungsi melisiskan RNA dari ekstrak DNA
tersebut. Presipitasi (pemekatan) DNA dilakukan menggunakan isopropanol dingin yang
bertujuan agar DNA tersebut mengendap/mengumpul sekaligus memisahkannya dari garam-
garam mineral sisa CTAB. Pelet hasil presipitasi oleh isopropanol ini dibersihkan
menggunakan alkohol 70 %. Pemurnian ini merupakan tahapan paling penting dalam Isolasi
DNA. Karena bila ada kontaminan selain DNA maka hasil isolasi DNA yang dilakukan
diangap gagal. Kontaminasi ini dapat menurunkan kualitas DNA hasil isolasi dan
mengakibatkan data yang didapat tidak valid (Poedjaji, 2006).
Isolasi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari molekul-molekul lain di inti
sel. Prosedur ini memiliki beberapa tujuan analisis yaitu visualisasi DNA, peninjauan pola
fragmentasi DNA, pembuatan pustaka genomik, rekayasa gen, dan amplifikasi DNA.
Terdapat tiga tahapan dasar dan dua tahapan tambahan dalam prosedur isolasi DNA ini,
yaitupreparasi ekstrak DNA (perusakan dinding sel dan lisis membran sel), purifikasi DNA,
dan presipitasi DNA, serta pemisahan terhadap protein (dengan protease) dan RNA (dengan
RNAse). Setiap maksud penggunaan DNA yang beragam membutuhkan persyarakan kualitas
DNA yang berbeda. Kualitas DNA tersebut ditentukan oleh hal-hal berikut yaitu kemurnian
DNA, panjang DNA, kemampuan dipotong oleh sembarang enzim, tidak mengalami
modifikasi selama proses isolasi berlangsung. Oleh sebab itu, terdapat sejumlah teknik isolasi
DNA, yang disesuaikan untuk berbagai maksud penggunaan dan kualitas minimum yang
ingin dicapai (Anonim, 2012).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip isolasi DNA
yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung. Isolasi DNA merupakan kegunaan DNA untuk dianalisa atau dimanipulasi yang
harus diisolasi terlebih dahulu dan murni kandungannya . Isolasi DNA adalah salah satu
teknik dasar yang harus dikuasai dalam mempelajari teknik biologi sel. Teknik ini diawali
dengan perusakan dinding sel (tumbuhan) dan lisis membran sel yang merupakan upaya
pemecahan sel, serta presipitasi DNA yang akan dipisahkan (purifikasi DNA). Perusakan
dinding sel biasanya menggunakan nitrogen cair yang memiliki suhu -169˚C. Penggunakan
nitrogen cair ini dimaksudkan untuk membekukan sel, setelah sel beku lalu sel dirusak
(digerus) sampai benar benar halus dengan mortar agar dinding sel rusak. Lisis membran sel
yaitu proses untuk meluruhkan membran sel pada nukleus. Teknik ini umumnya dilakukan
menggunakan larutan deterjen kationik yaitu CTAB. Hal ini dikarenakan waktu isolasi yang
relatif cepat serta tahapan metode yang relatif lebih mudah. Bufer CTAB merupakan detergen
kationik yang dapat melisis membran sel dan mampu mengendapkan polisakarida serta
senyawa-senyawa fenolik. Penggunakan CTAB berfungsi untuk mengurangi kontaminan,
mengurangi browning dan untuk menjaga DNA agar tidak rusak. Komponen-komponen yang
terkandung dalam bufer CTAB adalah Tris-Cl, EDTA, NaCl, CTAB, PVP, dan
merkaptoetanol. Tris-Cl berfungsi untuk mendenaturasi protein. NaCl berfungsi sebagai
bahan penetral pada gula fosfat DNA. EDTA berfungsi sebagai penghancur sel dengan cara
mengikat ion magnesium yang diperlukan oleh sel untuk menjaga keutuhan selubung sel
secara keseluruhan. Larutan CTAB, PVP, dan merkaptoetanol berfungsi untuk mendegradasi
senyawa-senyawa metabolit sekunder sekaligus mengurangi browning akibat oksidasi
(Racmat, 2012).
III. Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan dalam percobaan ini adalah sebagai berikut :

a. Alat b. bahan
1. Tabung reaksi 1. Etanol absolut
2. Erlenmeyer 2. Buah apel
3. Gelas ukur 3. Buah alpukat
4. Spatula 4. Buah nanas
5. Batang pengaduk 5. Buah Semangka Kuning`
6. Lumpang dan alu 6. Buah Pepaya
7. Pipet tetes 7. Buah Naga
8. Corong 8. Buah Mangga
9. Neraca digital 9. Buah Pear
10. Rak tabung reaksi 10. Aquades
11. Botol semprot 11. Kertas Saring
12. Garpu 12. Aluminium Foil
13. Stopwatch (Hp) 13. Sabun
14. Pisau
15. Wadah sampel
IV. PROSEDUR KERJA
V. HASIL PENGAMATAN
Hasil Pengamatan yang Diperoleh

no Perlakuan Hasil Pengamatan

1. Buah Nanas
a.Buah nanas dilunakkan
b.Perlakuan 1 + 8 gram garam
beriodium
c.Perlakuan 2 + 20 ml air sabun sambil c.Berwarna kuning dan berbusa
diaduk selama 15 menit
d.Disaring
e.Fitrat + etanol absolut dingin
2. Buah Apel
a.Buah apel dilunakkan
b.Perlakuan a + 8 gram garam
beriodium
c.Perlakuan + 20 ml air sabun sambil
diaduk selama 15 menit
d.Disaring
e.Filtra + etanol absolut dingin
3. Buah Alpukat
a.Sampel + dilunakkan dengan
lumpang dan alu
b.Perlakuan a + 8 gram garam
beriodium
c.Perlakuan b + 20 ml larutan
detergen (1:1) + diaduk selama 15
menit
d.Perlakuan c + disaring
a.Buah nanas halus dan berwarna
kuning
b.Buah nanas halus dan berwarna
kuning
d.-Filtra berwarna kuning
-Residu berwana kuning
e.Tidak terbentuk untaian DNA
a.Buah apel halus dan berwarn coklat
b.Buah apel halus dan berwarna coklat
c.Berwarna coklat
d.-Filtra berwarna coklat
-Residu berwarna coklat
e.-Lapisan atas etanol absolut dingin
-Lapisan tengahuntaian DNA
-Lpisan bawah filtrat buah
a.Buah menjadi halus dan berwarna
kuning
b.Buah menjadi halus dan berwarna
hijau
c.Campuran menjadi kental dan
berwarna hijau
d.-Filtrat keruh
-Residu kekuningan
 e.Filtrat + etanol absolut dingin
4. Bauh semangka kuning
a.Sampel + dilumatkan dengan
lumpang dan aluh
b.Perlakuan a + 8 gran garam
beriodium
c.Perlakuan b + 20 ml larutan detergen
(1:1) + diaduk selama 12 menit
d.Perlakuan c + disaring
e.Filtrat + etanol absolut dingin
5. Buah mangga
a.Sampel + dilumatkan dengan
lumpang dan alu
b.Perlakuan a + 8 gram garam
beriodium
c.Perlakuan b + campuran sunlight dan c.Campuran menjadi kental dan
akuades (1:1)
d.Perlakuan c + disaring
e.Filtrat + 2 ml etanol absolut dingin
6. Buah Naga
a.Sampel + dilumatkan dengan
lumpang dan alu
b.Perlakuan a + 8 gram garam
beriodium
e.Terbentuk 3 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan tengah untaian DNA
-Lapisan bawah filtrat yang keruh
a.Buah menjadi halus dan berwarna
kuning
b.Garam larut dan campuran berwarna
kuning
c.Campuran menjadi kental dan
berwarna kuning
d.Filtrat dan residu
e.Terbentuk 2 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan bawah filtrat
-Tidak terbentuk untaian DNA
a.Buah menjadi halus dan berwarna
kuning
b.Garam larut dan campuran berwarna
kuning
berwarna kuning
d.Filtrat dan residu
e.Terbentuk 3 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan bawah filtrat
-Lapisan tengah untaian DNA
a.Buah menjadi halus dan berwarna
ungu
b.Garam larut dan campuran berwarna
 c.Perlakuan b + campuran sunlight dan ungu
akuades (1:1) c.Campuran menjadi kental dan
d.Perlakuan c + disaring berwarna ungu
e.Filtrat + 2 ml etanol absolut dingin d.Filtrat dan residu
e.Terbentuk 2 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan bawah filtrat
-tidak terbentuk untaian DNA
7. Buah Pepaya
a.Sampel + dilumatkan dengan a.Buah menjadi halus dan berwarna
lumpang dan alu orange
b.Perlakuan a + 8 gram garam b.Garam larut dan campuran berwarna
beriodium orange
c.Perlakuan b + campuran sunlight dan c.Campuran menjadi kental dan
akuades (1:1) berwarna orange
d.Perlakuan c + disaring d.Filtrat dan residu
e.Filtrat + 2 ml etanol absolut dingin e.Terbentuk 3 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan bawah filtrat
-Lapisan tengah untaian DNA
8. Buah Pear
a.Sampel + dilumatkan dengan a.Buah menjadi halus dan berwarna
lumpang dan alu putih
b.Perlakuan a + 8 gram garam b.Garam larut dan campuran berwarna
beriodium putih
c.Perlakuan b + campuran sunlight dan c.Campuran menjadi kental dan
akuades (1:1) berwarna hijau
d.Perlakuan c + disaring d.Filtrat dan residu
e.Filtrat + 2 ml etanol absolut dingin e.Terbentuk 2 lapisan
-Lapisan atas etanol absolut
-Lapisan bawah filtrat
-Lapisan tengah untaian DNA
VI. PEMBAHASAN
VII. KESIMPULAN
Kesimpulan yang diperoleh pada percobaan ini adalah sebagai berikut :
1. Tehnik isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahap-tahap berikut
a. Isolasi jaringan
b. Pelilitan membran dan dinding sel
c. Pengekstrasian dalam larutan
d. Purifikasi
e. Presipitasi

Dari tahap-tahap tersebut diperoleh untaian DNA yang berbentuk benang-benang

halus yang berwarna putih.

2. Dari hasil percobaan diperoleh bebrapa buah yang hasilnya diperoleh benang-
benang DNA yaitu buah apel, buah mangga, buah alpukat, dan buah pepaya.