Klasifikasi baru protista dari Internasional

Masyarakat Protistologis nasional (Adl et al., 2005) dapat

tidak menerapkan Kode Botani Internasional

Nomenklatur dan Kode Internasional Zoologi-

Nomenklatur karena keduanya tidak kompatibel. Itu

klasifikasi ditunjuk satu nama untuk setiap clade mana

beberapa nama dari kode yang berbeda sebelumnya

isted, dilacak otoritas, dan memberikan klasifikasi

berdasarkan peringkat tanpa nama. Di sini kami mengulas penting

masalah yang masih harus diselesaikan. Peraturan saat ini pemerintah

Dalam hal validasi spesies baru, dari berbagai kode nomenklatur, telah menjadi hambatan untuk
penamaan

protista baru. Persyaratan standar untuk spesies protista

deskripsi dan jenis spesimen harus modern-

untuk mengakomodasi penemuan cepat spesies baru

dimungkinkan oleh mikroskopis dan molekul modern

teknik. Meskipun kami setuju dengan kritik

kode botani dan zoologi yang dibuat oleh pendukung

Phylocode, kami tidak semua setuju bahwa saat ini

sewa Phylocode adalah solusinya, juga tidak saat ini

jenis pakaian typih'cation. Dengan demikian, pedoman baru

diperlukan untuk mengatur standar dalam spesies protista skrip dan klasifikasi.

Selama 25 tahun terakhir, studi filogenetik molekuler

ies telah menyebabkan modifikasi ekstensif pada kelas tradisional.

skema sifikasi untuk eukariota. Yang paling dramatis

perubahan telah terjadi di dalam protista, dari mana beberapa

organisme tiseluler berevolusi. Nama-nama banyak protista

kelompok dan genus yang mereka sertakan telah diubah

berkali-kali skema klasifikasi tidak jelas,

dan sulit untuk menentukan nama mana yang berlaku. Dua

ulasan terbaru telah memberikan filogenetik modern

perspektif tentang organisasi keseluruhan eukaryote

clades (Keeling et al., 2005; Simpson dan Roger, 2004).

Perluasan yang perlu dari penelitian filogenetik ini adalah

untuk menetapkan klasifikasi baru yang mencerminkan konsensus umum tentang nama taksonomi dan
otoritasnya (Adi et al., 2005). Skema klasifikasi ini untuk

Protista pecah dengan tradisi dengan tidak menggunakan salah satu dari

Kode Internasional Nomenklatur Botani (ICBN)

(Greuter et al., 2000) atau International Code of Zoo- logical Nomenclature (ICZN; Komisi Internasional)

pada Zoological Nomenclature, 1999) mengenai peringkat, karena tidak satu pun dari kode ini yang saat
ini memadai

protista. Keputusan untuk melakukannya terutama praktis. Jika memungkinkan, nama-nama terkenal
yang merujuk pada kelompok monofiletik yang diakui tetap dipertahankan. Walaupun itu

tidak mencoba mengikuti Phylocode, kelompok bernama garis keturunan didefinisikan oleh apomorphies
(karakter turunan) sebanyak mungkin, tetapi berbasis simpul dan berbasis batang

definisi digunakan seperlunya, meskipun mereka

tidak diidentifikasi dalam presentasi akhir. Di

klasifikasi ini, akhiran nama yang menyampaikan informasi hierarkis dalam kode tradisional (mis., -idae,
-inae, -ales, -aceae) dipertahankan untuk menghindari nama yang tidak perlu

perubahan tetapi tidak dimaksudkan untuk menyampaikan informasi hierarkis. Kami percaya skema ini
lebih bermanfaat

karena mengenali satu nama untuk setiap clade di mana banyak

nama untuk clade yang sama telah digunakan sebelumnya. Selanjutnya, klasifikasi ini dimaksudkan untuk
memfasilitasi masa depan
modifikasi dalam terang informasi filogenetik yang ditingkatkan, tanpa memerlukan kaskade perubahan
nama. Perubahan lebih lanjut pada klasifikasi tidak diragukan lagi perlu diberikan pengetahuan kita
tentang beberapa kelompok dan

sampling geografis kami masih jauh dari lengkap. Beberapa masalah kritis masih harus diselesaikan dan
kita harus terus bekerja menuju konsensus praktis.

KERAGAMAN PROTIS

Adi et al. (2005) mendefinisikan protista sebagai eukariotik

organisme dengan uniseluler, kolonial, berserabut, dari

organisasi parenchyniatous yang tidak memiliki jaringan vegetatif

menuntut diferensiasi, kecuali untuk reproduksi. Metazoa

Haeckel 1874, Plantae Haeckel 1866, dan beberapa Phaeo-

phyceae Hansgirg 1886 diakui sebagai benar-benar

multiseluler. Jumlah protista yang dijelaskan saat ini

spesies, termasuk jamur, secara luas diakui

sebagian kecil dari total keanekaragaman di alam (Tabel 1; Mei,

1988; Corliss, 2002). Banyak wilayah geografis belum disampel di semua dan sebagian besar wilayah dan
habitat tidak

cukup sampel. Tingkat penemuan spesies baru

dari sampel lingkungan tetap tinggi. Memang sebagian besar

sampel tanah, air tawar, atau laut yang dikumpulkan mengandung a

banyak spesies yang tidak dijelaskan (Foissner, 1999, 2006;

Slapeta et al., 2005) yang ditemukan melalui mikroskop atau

sampel DNA lingkungan. Karena tidak mencukupi

pengambilan sampel dan reisolasi vironmental, secara geografis

distribusi sebagian besar spesies masih belum diketahui. Meta

Analisis data statistik kekayaan spesies menunjukkan bahwa organisme uniseluler menunjukkan spesies
lokal relatif tinggi
kekayaan, yang konsisten dengan sebagian besar spesies

Cally jarang (Hillebrand et al., 2001). Komposisi spesies

untuk protista secara statistik kurang mirip antara sam-

ples dengan jarak geografis, menyarankan secara regional distribusi terbatas untuk beberapa atau
banyak spesies,

kemungkinan karena keterbatasan dispersi protista terlalu lama

jarak. Interpretasi hasil ini rumit,

Namun, karena identifikasi spesies biasanya didasarkan pada morfologi, yang sering mungkin tidak
membedakan antara

tween spesies dengan morfologi yang mirip atau identik

(Hillebrand et al., 2001; Adi dan Gupta, 2006; Foissner,

2006).

YANG KLASIFIKASI?

Untuk alasan historis, protista secara tradisional jatuh

der yurisdiksi ICBN jika mereka "ganggang"

atau "jamur" dan di bawah yurisdiksi ICZN jika

mereka adalah "protozoa." Sistem ini telah terurai-

selama beberapa dekade, karena sejumlah kelompok

ditulis secara paralel oleh ahli zoologi (ICZN) dan oleh ahli botani

(ICBN) masing-masing dengan nama berbeda (Corliss, 1995). Memberi

hanya satu contoh, Diatomea Dumortier 1821 dan Bacil-

lariophyta Haeckel 1878 keduanya menggambarkan clade yang sama:

diatom. Peringkat dalam grup ini menerima a

serangkaian nama paralel secara independen oleh ahli zoologi

dan ahli botani untuk mengakomodasi akhiran peringkat yang sesuai

untuk setiap kode (yang disebut klasifikasi ambireginal).

Duplikasi yang tidak perlu ini memperkenalkan bahasa ganda

berlaku di seluruh skema klasifikasi protista yang

sulted dalam kebingungan.

Situasi ini diperburuk sejak 1960-an dan seterusnya,

karena banyak genera yang direklasifikasi untuk mengakomodasi yang baru penelitian dan penemuan
taksa baru. Tradisional

klasifikasi protozoa dan ganggang runtuh selama

1970-an dan 1980-an karena banyak kelompok yang kemudian

melarikan diri. Banyak peringkat berisi genera yang dideskripsikan

di bawah satu kode dan genera lain di bawah kode lainnya.

Lebih dramatis, itu menjadi jelas melalui molekuler

filogeni bahwa jamur (diatur oleh ICBN) adalah sis-

garis keturunan hewan (diatur oleh ICZN), dan novel

Protista ditemukan di dasar kedua clade ini

dijelaskan mengikuti aturan ICZN (Mendoza et al.,

2002; James et al., 2006).

Terakhir, pengakuan berdasarkan kelompok monofiletik

pada konsep filogenetik modern memaksa kita untuk melakukan sesuatu

yang canggung dengan kode tradisional. Untuk ujian-

hai, kita akan dipaksa untuk menempatkan kelas dalam kelas,

dan kerajaan dalam kerajaan, atau menciptakan banyak yang baru

jajaran. Masalah-masalah ini dielaborasi sepenuhnya di tempat lain dan

tidak akan diulang di sini (Cantino, 2004; Pleijel dan

Rouse, 2003). Upaya-upaya sebelumnya dalam sintesis sebuah klasifikasi

fikasi untuk eukariota, berdasarkan identifikasi berturut-turut

langkah evolusi dan memberikan nama Linnaean untuk

setiap peringkat dalam hierarki, membutuhkan banyak peringkat novel

nama (Cavalier-Smith, 1993) dan tidak pernah menjadi luas

digunakan oleh protistologis. Sebagian, upaya gagah berani ini adalah

prematur karena sebagian besar filogenetik molekuler

informasi yang diperlukan tersedia kemudian.

Beberapa klasifikasi alternatif diusulkan dalam hal ini

cahaya baru, dengan nama yang bersaing baru untuk hal yang sama

kelompok organisme (Cavalier-Smith, 1998; Patterson,

1999, 2002), dengan perubahan yang terjadi pada peringkat dan

otoritas seperti yang dipersyaratkan oleh ICBN atau ICZN. Sebagai

sult, penulis memilih salah satu dari beberapa kemungkinan

nama untuk setiap kelompok atau, lebih umum, digunakan informal

nama tanpa menentukan otoritas atau definisi.

Ini semakin menambah kebingungan. Tanpa ingatan

dari sejarah perubahan yang terkait dengan nama takson,

peringkat, dan clade, mengidentifikasi suatu kelompok dan komposisinya

menjadi sangat sulit bagi para profesional, dan hampir tidak mungkin bagi mereka yang memasuki
bidang protistologi. Sana

sama sekali bukan alasan umum untuk memutuskan mana

nama dan klasifikasi mana yang digunakan.

BAGAIMANA KITA MENDAPATKAN KE PESAN INI?

Tujuan klasifikasi adalah untuk mengatur

versity sedemikian rupa untuk memfasilitasi komunikasi dan

pengambilan informasi yang akurat. Sistem ini harus beroperasi

dalam konteks filogenetik dan harus mampu

modifikasi komoditas sambil mempertahankan stabilitas nama.

Ini adalah tugas yang sangat berat karena ada jutaan

entitas filogenetik pada tingkat hirarki yang berbeda,

dengan ribuan lainnya ditemukan setiap tahun (Mei

dan Nee, 1995). Kekacauan yang muncul dalam klasifikasi

Protista membuktikan kegagalan ICBN dan ICZN

untuk tiba di akomodasi yang saling memuaskan, di mengakomodasi perubahan dalam klasifikasi, dan

memberikan stabilitas nama yang tidak ambigu dalam evolusi modern

konteks pendahuluan.

ICBN dan ICZN dibuat berdasarkan preevo-

prinsip-prinsip lutionary yang ditetapkan oleh Aristoteles dan Linnaeus,

menggunakan nomenklatur binomial spesies dari julukan Genus.

Nomenklatur binomial bertanggung jawab atas sebagian besar

ketidakstabilan dalam klasifikasi, karena setiap kali takson

dipindahkan, nama generiknya diubah (Cantino, 1998). Ini

tidak bermasalah untuk sejumlah kecil taksa, tetapi

tingkat perubahan yang diperlukan untuk klasifikasi tidak diramalkan. Pembagian f undanoenfal hidup
menjadi tumbuhan ver-

hewan-hewan sus tampak berbeda dan cukup stabil di

waktu, tetapi protista mengaburkan perbedaan itu. Fleksibilitas

yang nantinya diperlukan dari skema tradisional,

dengan perluasan taksa protista yang cepat dan pemulihan luas

klasifikasi, tidak bisa ditampung sementara

mempertahankan stabilitas nama. Masalah lain dengan pertanda berbasis peringkat Linnaean

Clature telah menjadi subjek dari banyak makalah selama

15 tahun terakhir (de Queiroz dan Gauthier 1992, 1994;

Cantino et al., 1997; de Queiroz, 1997; Kron, 1997; Hibbett

dan Donoghue, 1998; Pleijel and Rouse, 2003; Cantino,

2004). Beberapa masalah yang lebih bermasalah yang diangkat adalah itu

(1) peringkat menentukan prioritas dan sinonim di bawah terpisah

kode, bukan clades; (2) perubahan peringkat menyebabkan kaskade

perubahan nama mengikuti bahkan perubahan kecil di phylo-

hipotesis genetik (bergeser ke peringkat baru akan mengubah keduanya

nama, dan otoritas suatu kelompok, meskipun dan holotipe di bawah kedua kode tidak praktis untuk
daftar dan perlu dimodernisasi, seperti dibahas di bawah ini. Sayangnya, Phylocode tidak banyak
membantu dalam hal ini. Meskipun telah mencoba untuk memperkenalkan "pemikiran pohon" dari
filogeni molekuler ke dalam aturan penamaannya, ia hanya berurusan dengan aturan yang mengatur
clades dan tidak

dengan spesies penamaan.