 Stabilitas asam nukleat, Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pasangan basa.

Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air

dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi
kuat.
 Pengaruh asam. Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu
lebih dari 100oC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya
ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.
 Pengaruh alkali, Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Selanjutnya, perubahan ini akan
menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai
ganda DNA mengalami denaturasi.
 Denaturasi kimia. Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
 Viskositas, DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi
karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa
sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu,
DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyaiviskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kitahendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
 Kerapatan apung. Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam
pekat dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA
mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3.

 Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat meliputi kemampuan

absorpsi sinar UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat,
penentuan kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat.
Masing-masing akan dibicarakan sekilas berikut ini.
 Absorpsi UV. Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya
basa nitrogen yang bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi
dalam absorpsi UV. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA
maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan λmaks = 260 nm. Nilai ini jelas sangat
berbeda dengan nilai untuk protein yang mempunyai λmaks = 280 nm.
 Denaturasi termal dan renaturasi. Pada DNA denaturasi terjadi sangat cepat
dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah
kaya AT akan mendestabilisasi daerah- daerah di sekitarnya. Suhu ketika molekul
asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh atau melting
temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampel DNA, dan
berkisar dari 80 oC hingga 100 oC untuk molekul-molekul DNA yang panjang. DNA
yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi) dengan cara
didinginkan.
 Superkoiling DNA. Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler
tertutup atau closedcircular (CC), misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta
DNA berbagai virus. Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain
dihubungkan sesuai dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam molekul DNA
tersebut
Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. maka deformasi yang terbentuk akan
terkunci ke dalam sistem pilinan tersebut. Deformasi inilah yang disebut sebagai
superkoiling.

H031171515_NUR ALFIAH MUFIDHA JAMALUDDIN

7. Uraikan secara ringkas pembahasan paper yang telah diberikan pada tugas kelompok. Dengan
menguraikan nama gen dan asal gen diperoleh, nama protein atau enzim yang digunakan, penerapan
kloning gen, teknik isolasi DNA, vektor yang digunakan, enzim restriksi yang digunakan, ukuran DNA
dan ukuran protein, teknik pemurnian protein

=Analisis filogenik dari tiga biosurfaktan yaitu Gen sfp  (1210bp), sfp0 (642 bp), srfA  (707 bp) berhasil
dikloning dan diurutkan menggunakan Sequencer Biosystems DNA Terapan. sekuans DNA digunakan
untuk menyimpulkanhubungan fungsional dan evolusi antara sekuens dalam database dan untuk
mengidentifikasi anggota keluarga gen menggunakan fasilitas NCBI BLAST. Hasilnya penelitian
menunjukan urutan homologi gen sfp, sfp0 dan srfAdengan Gen Bacillus subtilis surfactin
synthetase, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus licheniformis , Bacillus megaterium, Bacillus
subtilis srfAA, beberapa lipase dari ragi dan beberapa jamur. Kloning gen biosurfaktan DNA kromosom
dari Bacillus subtilis SK320 diisolasi menggunakan metode Rose dan diamplifikasi menggunakan primer
spesifik gen. Nukleo- urutan pasang surut gen yaitu. sfp, sfp0 dan srfA ditentukan oleh metode
terminasi dideoksi-rantai menggunakan sequencer DNA Applied Biosystem. Penentuan ekspresi gen
biosurfaktan untuk menguji ekspresi gen biosurfaktan, Bacillus subtilis SK320 dan transforman positif
(Rekombinan) yaitu. BioS a, BioS b dan BioS c adalah ditanam pada media basal yang mengandung
0,5% (v / v) minyak zaitun pada 37 ° C, masing-masing. Ampisilin ditambahkan dalam media yang
digunakan untuk menumbuhkan transformasi positif mants. Pertumbuhan, aktivitas biosurfaktan dan
esterase diperkirakan pada interval 24 jam selama 5 hari,Karakterisasi biosurfaktan Protein ekstraseluler
dalam supernatan dan protein konten dalam biosurfaktan yang dimurnikan diukur pada 310 nm
menggunakan metode biuret menggunakan bovine albumin serum sebagai standar. Total volume
protein sampel dibuat hingga 2 ml dengan air Milli-Q dan 1 ml reagen biuret. Setelah 10 menit inkubasi
di suhu kamar, absorbansi diukur pada 310 nm terhadap reagen kosong dalam spektrofotometer. Hasil
penelitian mengungkapkan urutan homologi gen sfp, sfp0 dan srfA dengan gen Bacillus subtilis surfactin
synthetase, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium,Bacillus subtilis srfAA,
beberapa lipase dari ragi dan jamur berfilamen. Berdasarkan urutan pencocokan yang ditemukan
dengan BLAST, diperkirakan kesamaan keseluruhan terbesar (99,0%) adalah dengan gen biosurfaktan
dan esterase dari Bacillus subtilis. Penyelarasan berganda dari sekuens asam amino yang disimpulkan
dari sfp, sfp0 dan srfA dilakukan dengan dua sekuens gen esterase yaitu Bacillus sp. Gen esterase NK13
dan gen esterase KSM-K16 Bacillus clausii.