Flora Normal Tubuh Manusia 

1. Pengertian Flora Normal Tubuh Manusia (Mikrobiota)

Manusia secara konstan berhubungan dengan beribu-ribu mikroorganisme. Mikrobe tidak
hanya terdapat dilingkungan, tetapi juga menghuni tubuh manusia. Mikrobe yang secara alamiah
menghuni tubuh manusia disebut flora normal, atau mikrobiota.
Selain itu juga disebutkan bahwa, flora normal adalah kumpulan mikroorganisme yang
secara alami terdapat pada tubuh manusia normal dan sehat. Kebanyakan flora normal yang
terdapat pada tubuh manusia adalah dari jenis bakteri. Namunbeberapa virus, jamur, dan
protozoa jugadapatditemukanpada orang sehat.

2. Asal Mula Mikrobiota Manusia

     Pada keadaan alamiah, janin manusia mula-mula memperoleh mikroorganisme ketika
lewat sepanjang saluran lahir. Jasad-jasad renik itu diperolehnya melalui kontak permukaan,
penelanan atau penghisapan. Mikrobe-mikrobe ini segera disertai oleh mikrobe-mikrobe lain dari
banyak sumber yang langsung berada di sekeliling bayi yang baru lahir tersebut.
Mikroorganisme yang menemukan lingkungan yang sesuai, pada permukaan luar atau dalam
tubuh, dengan cepat berbiak dan menetap.
Jadi di dalam waktu beberapa jam setelah lahir, bayi memperoleh flora mikrobe yang
akan menjadi mikrobiota yang asli. Setiap bagian tubuh manusia, dengan kondisi lingkungan
yang khusus, dihuni berbagai macam mikroorganisme tertentu. Sebagai contoh, di rongga mulut
berkembang populasi mikrobe alamiah yang berbeda dengan yang ada di usus. Dalam waktu
singkat, bergantung kepada faktor-faktor seperti berapa seringnya dibersihkan, nutrisinya,
penerapan prinsip-prinsip kesehatan, serta kondisi hidup, maka anak tersebut akan mempunyai
mikrobiota normal yang macamnya sama seperti yang ada pada orang dewasa.

3. Penggolongan Flora Normal Tubuh Manusia

Flora normal tubuh manusia berdasarkan bentuk dan sifat kehadirannya dapat digolongkan
menjadi 2 jenis, yaitu :
1.    Mikroorganisme tetap/normal (resident flora/indigenous)
yaitu mikroorganisme jenis tertentu yang biasanya ditemukan pada bagian tubuh tertentu
dan pada usia tertentu. Keberadaan mikroorganismenya akan selalu tetap, baik jenis ataupun
jumlahnya, jika ada perubahan akan kembali seperti semula. Flora normal yang lainnya bersifat
mutualisme. Flora normal ini akan mendapatkan makanan dari sekresi dan produk-produk
buangan tubuh manusia, dan tubuh memperoleh vitamin atau zat hasil sintesis dari flora normal.
Mikroorganisme ini umumnya dapat lebih bertahan pada kondisi burukdarilingkungannya.
Contohnya : Streptococcus viridans, S. faecalis, Pityrosporum ovale, Candida albicans.

2.    Mikroorganisme sementara (transient flora)

yaitu mikroorganisme nonpatogen atau potensial patogen yang berada di kulit dan selaput
lendir/mukosa selama kurun waktu beberapa jam, hari, atau minggu. Keberadaan
mikroorganisme ini ada secara tiba-tiba (tidak tetap) dapat disebabkan oleh pengaruh
lingkungan, tidak menimbulkan penyakit dan tidak menetap. Flora sementara biasanya sedikit
asalkan flora tetap masih utuh, jika flora tetap berubah, maka flora normal akan melakukan
kolonisasi, berbiak dan menimbulkan penyakit.
Contohnya : Escherichia coli, Salmonella sp, Shigella sp, Clostridium perfringens, Giardia
lamblia, virus Norwalk dan virus hepatitis A.
 Faktor-faktor yang mempengaruhi kehadiran flora normal pada tubuh manusia
adalah
1.      Nutrisi
2.      kebersihan seseorang (berapa seringnya dibersihkan)
3.      kondisi hidup
4.      penerapan prinsip-prinsip kesehatan

Flora normal biasanya ditemukan di bagian-bagian tubuh manusia yang kontak

langsung dengan lingkungan misalnya kulit, hidung, mulut, usus, saluran urogenital, mata,
dan telinga.

1. Kulit
Add caption
Kulit secara konstan berhubungan dengan bakteri dari udara atau dari benda-benda,
tetapi kebanyakan bakteri ini tidak tumbuh pada kulit karena kulit tidak sesuai untuk
pertumbuhannya (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-
DasarMikrobiologi,2008:548). Kulit manusia terlihat lebih mudah pecah atau rusak bila
dibandingkan dengan kulit hewan, seperti badak, gajah, dan kura -kura. Namun kulit
manusia memiliki sifat sebagai pertahanan (barier) yang sangat efektif terhadap infeksi.
Dalam kenyataanya, tidak ada bakteri yang dapat menembus kulit utuh yang ³telanjang´
tanpa pelindung. (universitasmuhammadiyahyogyakarta.ac.id). Kulit bersifat sedikit asam
dengan pH 5 % dan memiliki temperatur kurang dari 37°C. Lapisan sel-sel yang mati akan
membuat permukaan kulit secara konstan berganti sehingga bakteri yang berada dibawah
permukaan kulit tersebut akan juga dengan konstan terbuang dengan sel mati. Lubang
-lubang alami yang terdapat di kulit, seperti pori-pori, folikel rambut, atau kelenjar keringat
memberikan suatu lingkungan yang mendukung pertumbuhan bakteri. Namun lubang
-lubang tersebut secara alami dilindungi oleh lisozim (enzim yang dapat merusak
peptidoglikan bakteri yang merupakan unsur utama pembentuk dinding sel bakteri gram
positif) dan lipida toksik.
Pelindung lain terhadap kolonialisasi kulit oleh bakteri patogen adalah mikroflora
normal kulit. Mikroflora tersebut merupakan suatu kumpulan dari bakteri nonpatogen yang
normal berkolonisasi pada setiap area kulit yang mampu mendukung pertumbuhan bakteri.
Bakteri patogen yang akan menginfeksi kulit harus mampu bersaing dengan mikroflora
normal yang ada untuk mendapatkan tempat kolonisasi serta nutrien untuk tumbuh dan
berkembang. Mikroflora normal kulit terutama terdiri dari bakteri gram positif. Tetapi
bakteri gram negatif sepertiEscherichia coli yang habitatnya ada di dalam usus manusia,
juga bisa terdapat pada kulit manusia karena adanya kontaminasi kotoran manusia.
Walaupun ada pertahanan tersebut di atas, beberapa bakteri patogen dapat
berkolonisasi sementara pada kulit dan dapat mengambil manfaat dari luka yang ada pada
permukaan kulit untuk memperoleh jalan masuk ke jaringan yang ada di bawah kulit. Di
bawah kulit, mereka akan menghadapi sejumlah sel yang telah terspesifikasi yang disebut
dengan skin -associated lymphoid tissue (SALT). Fungsi SALT adalah mencegah bakteri
patogen tidak sampai ke area yang lebih jauh di bawah kulit dan mencegah mereka tidak
sampai ke aliran darah. Relatif sedikit yang diketahui tentang sel -sel yang menyusun
SALT. Salah satu tipe selnya adalah sel yang memaparkan antigen yang terspesialisasi
yang membantu tipe sel yang lain, specialized skin- seeking lymphocyte, untuk
memproduksi antibodi. Sel -sel limfosit tersebut juga memproduksi sitokin, protein yang
merangsang sel -sel dari sistem imun dan memiliki sejumlah efek lain. Komponen SALT
yang lain adalah keratinosit yang banyak terdapat pada lapisan epidemis dan bertanggung
jawab untuk memelihara lingkungan mikrokulit yang bersifat asam. Keratinosit
memproduksi sitokin dan juga mampu untuk ingesti dan membunuh bakteri.
Pentingnya pertahanan kulit ini diilustrasikan paling baik dengan pengaruh luka
bakar yang parah, yang akan mengeliminasi semua bentuk pertahanan kulit termasuk
SALT. Seseorang yang mengalami luka bakar tingkat dua dan tiga yang ekstensif dan
orang yang bertahan hidup dari trauma inisial yang berhubungan dengan luka bakar masih
belum terbebas dari bahaya. Banyak korban luka bakar mati karena infeksi bakterial yang
terjadi sebelum kulit terbakar mengalami penyembuhan. Hilangnya pertahanan kulit dan
tereksposnya lapisan jaringan di bawah kulit yang basah dan kaya nutrien merupakan hal
yang ideal untuk kolonisasi bakteri pada area yang terbakar. Penyebab yang paling umum
pada infeksi kulit yang terbakar adalah Pseudomonas aeruginosa danStaphylococcus aureus,
dua spesies bakteri yang terdapat di mana-mana pada lingkungan rumah sakit. Kedua
spesies juga dikenal resisten terhadap antibiotik. Antibiotik paling efektif bila aksi
antibakterial mereka didukung dengan aktivitas pembunuhan oleh sistem imun. Efek
kombinasi dari kerusakan SALT dan resistensi alami bakteri telah membuat infeksi luka
bakar sulit untuk ditangani dengan efektif. Infeksi tersebut merupakan suatu penyebab
utama kematian di antara penderita luka bakar. Bahkan, bila tidak bersifat fatal, infeksi
bakterial pada jaringan yang terbakar meningkatkan jumlah kerusakan jaringan dan
mencegah penyembuhan area kulit yang terbakar.
Pada umumnya beberapa bakteri yang ada pada kulit tidak mampu bertahan hidup
lama karena kulit mengeluarkan substansi bakterisida. Sebagai contoh, kelenjar keringat
mengekskresikan lisozim, suatu enzim yang dapat menghancurkan dinding sel bakteri.
Kelenjar lemak mengekskresikan lipid yang kompleks, yang mungkin diuraikan sebagian
oleh beberapa bakteri; asam-asam lemak yang dihasilkannya sangat beracun bagi bakteri-
bakteri lain.
Kebanyakan bakteri kulit di jumpai pada epitelium yang seakan-akan bersisik
(lapisan luar epidermis), membentuk koloni pada permukaan sel -sel mati. Kebanyakan
bakteri ini adalah spesiesStaphylococcusdan sianobakteri aerobik, atau difteroid. Jauh di
dalam kelenjar lemak dijumpai bakteri-bakteri anaerobik lipofilik, sepertiPropionibacterium
acnes, penyebab jerawat. Jumlahnya tidak dipengaruhi oleh pencucian. Timbulnya
organisme ini diperlihatkan pada Tabel 1 ; Gambar 6 Melukiskan morfologi dan sifat-sifat
mikroorganisme yang predominan di dalam mikrobiota. Staphylococcus epidermidis yang
bersifat nonpatogen pada kulit namun dapatmenimbulkan penyakit saat mencapai tempat
-tempat tertentu seperti katup jantung buatan dan sendi prostetik (sendi buatan). Bakteri ini
lebih sering ditemui pada kulit dibandingkan dengan kerabatnya yang bersifat patogen
yaituStaphylococcus  aureus. Secara keseluruhan ada sekitar 103-104mikroorganisme/cm2
yang kebanyakan terletak pada stratum (lapisan) korneum.
Faktor-faktor yang berperan menghilangkan flora sementara pada kulit adalah pH
rendah, asam lemak pada sekresi sebasea dan adanya lisozim. Berkeringat yang berlebihan
atau pencucian dan mandi tidak menghilangkan atau mengubah secara signifikan flora
 tetap. Jumlah mikroorganisme permukaan mungkin berkurang dengan menggosok secara
kuat setiap hari dengan sabun yang mengandung heksakloforen atau desinfektan lain,
namun flora secara cepat muncul kembali dari kelenjar sebasea dan keringat, meskipun
tidak ada hubungan secara total terhadap kulit bagian lain maupun lingkungan. Penggunaan
tutup rapat pada kulit cenderung menyebabkan populasi mikrobiota secara keseluruhan
sangat menin gkat dan dapat menimbulkan perubahan kualitatif flora kulit.
Bakteri anaerob dan aerob sering bersama-sama menyebabkan infeksi sinergistik (gangrene,
fasciitis nekrotik =necrotizing fasciitis), selulitis dari kulit dan jaringan lunak. Bakteri-
bakteri tersebut merupakan bagian dari flora normal. Sering sulit menentukan suatu
organisme yang spesifik bertanggungjawab terhadap lesi progresif, karena terdapat banyak
organisme yang berperan.
   2. Hidung dan Nasofaring (nasopharynx)
Add caption
Flora utama hidung terdiri dari korinebakteria, stafilokokus dan streptokokus
(Jawetz, Melnick, dan Adelbergs, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005:
280). Dalam hulu kerongkongan hidung, dapat juga dijumpai bakteri
Branhamellacatarrhalis (suatu kokus gram negatif) dan Haemophilus influenzae(suatu
batanggram negatif).

Pemusnahan flora normal faring dengan penisilin dosis tinggi dapat menyebabkan
over growth: bakteria negatif Gram seperti Escherichia coli, Klebsiella, Proteus,
Pseudomonas atau jamur.

3. Mulut
Add caption
Kelembapan yang paling tinggi, adanya makanan terlarut secara konstan dan juga
partikel-partikel kecil makanan membuat mulut merupakan lingkungan ideal bagi
pertumbuhan bakteri. Mikrobiota mulut atau rongga mulut sangat beragam; banyak
bergantung pada kesehatan pribadi masing -masing individu. (Michael J. Pelczar, Jr. dan
E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 549).
Diperolehnya mikrobiota mulut. Pada waktu lahir, rongga mulut pada hakikatnya
merupakan suatu inkubator yang steril, hangat, dan lembap yang mengandung sebagai
substansi nutrisi. Air liur terdiri dari air, asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan
senyawa-senyawa anorganik. Jadi, air liur merupakan medium yang kaya serta kompleks
yang dapat dipergunakan sebagai sumber nutrien bagi mikrobe pada berbagai situs di
dalam mulut. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008:
549-550).
Beberapa jam sesudah lahir, terdapat peningkatan jumlah mikroorganisme
sedemikian sehingga di dalam waktu beberapa hari spesies bakteri yang khas bagi rongga
mulut menjadi mantap. Jasad-jasad renik ini tergolong ke dalam genus Streptococcus,
Neisseria, Veillonella, Actinomyces,da n Lactobacillus. (Michael J.Pelczar, Jr. dan E.C.S
Chan,Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 551).
Jumlah dan macam spesies ada hubungannya dengan nutrisi bayi serta hubungan
antara bayi tersebut dengan bayinya, pengasuhnya, dan benda-benda seperti handuk serta
botol-botol susunya. Spesies satu-satunya yang selalu diperoleh dari rongga mulut, bahkan
sedini hari kedua setelah air, ialah Streptococcus.
 Sampai munculnya gigi, kebanyakan mikroorganisme di dalam mulut adalah aerob
atau anaerob fakultatif. Ketika gigi pertama muncul, anaerob obligat seperti Bacteroides dan
bakteri fusiform (Fusiobacterium sp.), menjadi lebih jelas karena jaringan di sekitar gigi
menyediakan lingkungan anae robik. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar
Mirobiologi, 2008: 552)
Gigi itu sendiri merupakan tempat bagi menempelnya mikrobe. Ada dua spesies
bakteri yang dijumpai berasosiasi dengan permukaan gigi: Streptococcus sanguis dan S.
mutans (penyebab) utama kerusakan gigi, atau pembusuk gigi. Tertahannya kedua spesies
ini pada permukaan gigi merupakan akibat sifat adhesif baik dari glikoprotein liur maupun
polisakaride bakteri. Sifa t menempel ini sangat penting bagi kolonialisasi bakteri di dalam
mulut. Glikoprotein liur mampu menyatukan bakteri -bakteri tertentu dan mengikat
mereka pada permukaan gigi.
Plak adalah sebuah film/lapisan sel bakteri, yang berlabuh di sebuah matriks
polisakarida disekresi oleh mikroorganisme. Apabila gigi tidak dibersihkan secara teratur,
plak dapat terbentuk dengan cepat dan aktivitas bakteri tertentu, terutama Streptococcus
mutans, dapat menyebabkan kerusakan gigi (rongga). Prevalensikaries berhubungan
dengan diet.(pemburumikroba.blogspot.com/2010/09/flora- normal)
Karies merupakan suatu kerusakan gigi yang dimulai dari permukaan dan
berkembang ke arah dalam. Terjadinya karies juga tergantung pada faktor-faktor genetik,
hormonal, gizi, dan faktor lainnya. Pengendali karies gigi meliputi pembuangan plak,
pembatasan ma kanan yang mengandung sukrosa, gizi yang baik mengandung cukup
protein dan pengurangan pembentukan asam dalam mulut dengan cara membatasi
keberadaan karbohidrat dan pembersihan mulut yang sering. Pemakaian flourida pada gigi
atau peningkatan jumlah fluor p ada air mengakibatkan peningkatan resistensi email
terhadap asam. Pengendalian penyakit periodontal memerlukan pembuangan karang gigi
dan kebersihan mulut.

4. Orofaring (oropharinx)
Orofaring (bagian belakang mulut juga dihuni sejumlah besar bakteri
Staphylococcus aureus dan S. epidermidis dan juga difteroid. Tetapi kelompok bakteri
terpenting yang merupakan penghuni asli orofaring ialah streptokokus hemolitik, yang juga
dinamakan Streptokokus viridans. Biakan yang ditumbuhkan dari orofaring juga akan
memperlihatkan adanya Branchamella catarrhalis, spesies Haemophilus, serta gular-galur
pneumokokus avirulen (Streptococcus pneumonia)
Bagian terdalam saluran pernapasan (ranting tenggorok atau bronkiole yang lebih
halus serta alveoli atau gelembung paru -paru) tidak mengandung mikroorganisme. Hal ini
disebabkan karena saluran pernapasan berlapiskan silia, yaitu embel-embel seperti rambut,
yang menyapu mikroorganisme dan bahan -bahan lain dari bagian sebelah dalam saluran
ke bagian sebelah atas untuk dibuang. Rambut bersama dengan lendir di dalam lubang
hidung itulah yang pertama-tama membantu melindungi saluran pernapasan dengan cara
menyaring bakteri dari udara yang dihirup.

5. Perut
Isi perut yang sehat pada praktisnya steril karena adanya asam hidroklorat di dalam
sekresi lambung. Setelah ditelannya makanan, jumlah bakteri bertambah tetapi segera
menurun kembali dengan disekresikannya getah lambung dan pH zat alir perut pun
menurun.

6. Usus Kecil
Usus kecil bagian atas (atau usus dua belas jari) mengandung beberapa bakteri. Di
antara yang ada, sebagian besar adalah kokus dan basilus gram positif. Di dalam jejunum
atau usus halus kosong (bagian kedua usus kecil, di antara usus dua belas jari dan ileum
atau usus halus gelung) kadang kala dijumpai spesies-spesies enterokokus, laktobasilus,
dan difteroid. Khamir Candida albicans dapat juga dijumpai pada bagian usus kecil ini.
Pada bagian usus kecil yang jatuh (ileum), mikrobiota mulai menyerupai yang dijumpai
pada usus besar. Bakteri anaerobik dan enterobakteri mulai nampak dalam jumlah besar.

 7. Usus Besar

Add caption
Di dalam tubuh manusia, kolon atau usus besar, mengandung populasi mikrobe
yang terbanyak. Telah diperkirakan bahwa jumlah mikroorganisme di dalam spesimen
tinja adalah kurang lebih 1012 organisme per gram. Basilus gram negatif anaerobik yang
ada meliputi spesies Bacteroides (B. fragilis, B. melaninogenicus, B. oralis) dan
Fusobacterium. Basilus gram positif diwakili oleh spesies-spesies Clostridium (termasukCl.
P e rfri ng en s yang mempunyai kaitan dengank elemayuh, suatu infeksi jaringan disertai
gelembung gas dan keluar nanah). serta spesies-spesies Lactobacillus.
Flora saluran pencernaan berperan dalam sintesis vitamin K, konversi pigmen
empedu dan asam empedu, absorpsi zat makanan serta antagonis mikroba patogen.

8. Saluran Kemih
Pada orang sehat, ginjal, ureter (saluran dari ginjal ke kandung kemih), dan kandung
kemih bebas dari mikroorganisme, namun bakteri pada umunya dijumpai pada uretra
(saluran dari kandung kemih ke luar) bagian bawah baik pada pria maupun wanita. Tetapi
jumlahnya berkurang di dekat kandung kemih, agaknya disebabkan efek antibakterial yang
dilancarkan oleh selaput lendir uretra dan seringnya epitelium terbilas oleh air seni. Ciri
populasi ini berubah menurut variasi daur haid. Penghuni utama vagina dewasa adalah
laktobasilus yang toleran terhadap asam. Bakteri ini mengubah glikogen yang dihasilkan
epi telium vagina, da n di dalam proses tesebut menghasilkan asam. Penumpukan glikogen
pada dinding vagina disebakan oleh kegiatan indung telur; hal ini tidak dijumpai sebelum
masa akil balig ataupun setelah menopause (mati haid). Sebagai akibat perombakan
glikogen, maka pH di dalam vagina terpelihara pada sekitar 4.4 sampai 4,6.
Mikrooganisme yang mampu berkembang baik pada pH rendah ini dijumpai di
dalam vagina dan mencakup enterokokus, Candida albicans , dan sejumlah besar bakteri
anaerobik. Sistem urinari dan genital secara anatomis terletak berdekatan, suatu penyakit
yang menginfeksi satu sistem akan mempengaruhi siste m yang lain khususnya pada laki-
laki. Saluran urin bagian atas dan kantong urine steril dalam keadaan normal. Saluran uretra
mengandung mikroorganisme seperti Streptococcus, Bacteriodes, Mycobacterium,
Neisseria dan enterik. Sebagian besar mikroorganisme yang ditemukan pada urin
merupakan kontaminasi dari flora normal yang terdapat pada kulit. Keberadaan bakteri
dalam urine belum dapat disimpulkan sebagai penyakit saluran urine kecuali jumlah
 mikroorganisme di dalam urine melebihi 105 sel/ml
(universitasmuhammadiyahyogyakarta.ac.id).

9. Mata (Konjungtiva) dan Telinga

Add caption
Mikroorganisme konjungtiva terutama adalah difteroid (Coynebacterium xerosis),
S.epidermidis dan streptokukus non hemolitik. Neiseria dan basil gram negatif yang
menyerupai spesies Haemophilus (Moraxella) seringkali juga ada. Flora konjungtiva
dalam keadaan normal dikendalikan oleh aliran air mata, yang mengandung lisozim.

Add caption
Flora liang telinga luar biasanya merupakan gambaran flora kulit. Dapat dijumpai
Streptococcus pneumonia, batang gram negatif termasuk Pseudomonasaeruginosa,
Staphylococcus aureusdan kadang-kadang Mycobacterias aprofit. Telinga bagian tengah dan
dalam biasanya steril.

10. Bakteri di Darah dan jaringan

Pada keadaan normal darah dan jaringan adalah steril. Kadangkadang karena
manipulasi sederhana seperti mengunyah, menyikat gigi, ekstraksi gigi, flora komensal
dari mulut dapat masuk ke jaringan atau darah. Dalam keadaan normal mikroorganisme
tersebut segera dimusnahkan oleh sistem kekebalan tubuh. Hal seperti itu dapat terjadi pula
dengan flora faring, saluran cerna dan saluran kemih. Pada keadaan abnormal seperti
adanya katup jantung abnormal, atau protesa lain, bakteremia di atas dapat mengarah pada
pembentukan koloni dan infeksi. 

3. Peran Flora Normal Tubuh Manusia

Mikroorganisme yang secara tetap terdapat pada permukaan tubuh bersifat komensal.
Pertumbuhan pada bagian tubuh tertentu bergantung pada faktor-faktor biologis seperti suhu,
kelembapan dan tidak adanya nutrisi tertentu serta zat-zat penghambat. Keberadaan flora tersebut
tidak mutlak dibutuhkan untuk kehidupan karena hewan yang dibebaskan (steril) dari flora
tersebut, tetap bisa hidup.
Flora yang hidup di bagian tubuh tertentu pada manusia mempunyai peran penting dalam
mempertahankan kesehatan dan hidup secara normal. Beberapa anggota flora tetap di saluran
pencernaan mensintesis vitamin K dan penyerapan berbagai zat makanan. Flora yang menetap
diselaput lendir (mukosa) dan kulit dapat mencegah kolonialisasi oleh bakteri patogen dan
mencegah penyakit akibat gangguan bakteri. Mekanisme gangguan ini tidak jelas. Mungkin
melalui kompetisi pada reseptor atau tempat pengikatan pada sel penjamu, kompetisi untuk zat
makanan, penghambatan oleh produk metabolik atau racun, penghambatan oleh zat antibiotik
 atau bakteriosin (bacteriocins). Selain itu, diperkirakan bahwa stimulasi antigenik dilepaskan
oleh flora adalah penting untuk perkembangan sistem kekebalan tubuh normal.
Sebaliknya, flora normal juga dapat menimbulkan penyakit pada kondisi tertentu.
Berbagai organisme ini tidak bisa tembus (non-invasive) karena hambatan-hambatan yang
diperankan oleh lingkungan. Jika hambatan dari lingkungan dihilangkan dan masuk le dalam
aliran darah atau jaringan, organisme ini mungkin menjadi patogen.  
Spesies Bacteroides merupakan flora tetap yang paling sering dijumpai di usus besar dan
tidak membahayakan pada tempat tersebut. Tetapi jika masuk ke rongga peritoneum atau
jaringan panggul bersama dengan bakteri lain akibat trauma, mereka menyebabkan supurasi dan
bakterimia. Terdapat banyak contoh tetapi yang penting adalah flora normal tidak berbahaya dan
dapat bermanfaat bagi tubuh inang pada tempat yang seharusnya atau tidak ada kelainan yang
menyertainya. Mereka dapat menimbulkan penyakit jika berada pada lokasi yang asing dalam
jumlah banyak dan jika  terdapat faktor-faktor predisposisi.
Streptococcus viridians, bakteri yang tersering ditemukan di saluran nafas atas, bila
masuk ke aliran darah setelah ekstraksi gigi atau tonsilektomi dapat sampai ke katup jantung
yang abnormal dan mengakibat kan subacute bacterial endocarditis. Bacteroides yang normal
terdapat di kolon dapat menyebabkan peritonitis mengikuti suatu trauma Spesies Bacteroides
merupakan flora tetap yang paling sering dijumpai di usus besar dan tidak membahayakan pada
tempat tersebut. Tetapi jika masuk ke rongga peritoneum atau jaringan panggul bersama dengan
bakteri lain akibat trauma, mereka menyebabkan supurasi dan bakterimia. Terdapat banyak
contoh tetapi yang penting  adalah flora normal tidak berbahaya dan dapat bermanfaat bagi tubuh
inang pada tempat yang seharusnya atau tidak ada kelainan yang menyertainya. Mereka dapat
menimbulkan penyakit jika berada pada lokasi yang asing dalam jumlah banyak dan jika terdapat
faktor-faktor predisposisi.

4. Jalan Masuk Mikroorganisme Ke Tubuh Inang

Mikroorganisme patogen dapat memasuki tubuh inang melalui berbagai macam jalan,
misalnya melalui membran mukosa, kulit, ataupun rute parental. Banyak bakteri dan virus
memiliki akses memasuki tubuh inang melalui membran mukosa saluran pernafasan,
gastrointestinal, saluran genitourinari, konjungtiva, serta membran penting yang menutupi bola
mata dan kelopak mata.
a)      Saluran pernafasan
Saluran pernafasan merupakan jalan termudah bagi mikroorganisme infeksius. Mikroorganisme
terhirup melalui hidung atau mulut dalam bentuk partikel debu. Penyakit yang muncul umumnya
adalah pneumonia, campak, tuberkulosis, dan cacar air.
b)      Saluran pencernaan
Mikroorganisme dapat memasuki saluran pencernaan melalui bahan makanan atau minuman dan
melalui jari tangan yang terkontaminasi mikroorganisme patogen. Mayoritas mikroorganisme
tersebut akan dihancurkan oleh asam klorida (HCL) dan enzim-enzim di lambung, atau oleh
empedu dan enzim di usus halus. Mikatroorganisme yang berahan dapat menimbulkan penyakit.
Misalnya demam tifoid, disentri amoeba, hepatitis A, dan kolera. Patogen ini selanjutnya
dikeluarkan melalui feses dan dapat ditransmisikan ke inang lainnya melalui air, makanan, atau
jari-jari tangan yang terkontaminasi.

c)      Kulit
Kulit sangat penting sebagai pertahanan terhadap penyakit. Kulit yang tidak mengalami
perlukaan tidak dapat dipenetrasi oleh mayoritas mikroorganisme. Beberapa mikroorganisme
memasuki tubuh melalui daerah terbuka pada kulit, folikel rambut, maupun kantung kelenjar
keringat. Mikroorganisme lain memasuki tubuh inang pada saat berada di jaringan bawah kulit
atau melalui penetrasi atau perlukaan membran mukosa. Rute ini disebut rute perenteral.
Suntikan, gigitan, potongan, luka, atau pembedahan dapat membuka rute infeksi parenteral.

d)     Rongga mulut

Pada permukaan rongga mulut terdapat banyak koloni mikroorganisme. Salah satu
penyakit yang umum pada rongga mulut akibat kolonisasi mikroorganisme adalah karies gigi.
Karies gigi diawali akibat pertumbuhan Streptococcus mutans dan spesies Streptococcus lainnya
pada permukaan gigi. Hasil fermentasi metabolism menghidrolisis sukrosa menjadi komponen
monosakarida, fruktosa, dan glukosa. Enzim glukosiltransferasi selanjutnya merakit glukosa
menjadi dekstran. Residu fruktosa adalah gula utama yang difermentasi menjadi asam laktat.
Akumulasi bateri dan dekstran menempel pada permukaan gigi dam membentuk plak gigi.
Populasi bakteri plak didominasi oleh Streptococcus dan anggota Actinomyces. Karena
plak sangat tidak permeabelm terhadap saliva, maka asam laktat yang diproduksi oleh bakteri
tidak dilarutkan atau dinetralisasi dan secara perlahan akanmelunakkan enamel gigitepat plak
tersebut melekat.

5. Interaksi Antara Flora Normal dengan Inangnya

 Pada kenyataannya, tidak banyak yang diketahui tentang sifat hubungan antara manusia
dan flora normal mereka, tetapi mereka dianggap sebagai interaksi dinamis daripada saling
asosiasi ketidak pedulian. Baik host dan bakteri berpikir untuk memperoleh manfaat dari satu
sama lain, dan asosiasi, untuk sebagian besar, mutualistik. Flora normal berasal dari host mereka
pasokan nutrisi, lingkungan yang stabil, perlindungan dan transportasi. Host memperoleh dari
flora normal tertentu manfaat nutrisi dan pencernaan, stimulasi dari kegiatan pembangunan dan
sistem imun, dan perlindungan melawan kolonisasi dan infeksi oleh mikroba patogen.
Sementara sebagian besar kegiatan manfaat flora normal tuan rumah mereka, sebagian
dari flora normal adalah parasit (hidup di atas biaya tuan rumah mereka), dan beberapa bersifat
patogen (mampu menghasilkan penyakit). Penyakit yang dihasilkan oleh flora normal di tuan
rumah mereka dapat disebut penyakit endogen. Kebanyakan endogen bakteri penyakit infeksi
oportunistik, yang berarti bahwa organisme harus diberi kesempatan khusus kelemahan atau
membiarkan-down dalam pertahanan host untuk menginfeksi . Contoh dari infeksi oportunistik
bronkitis kronis pada perokok dimana bakteri flora normal dapat menyerang paru-paru melemah.
Kadang-kadang hubungan antara anggota flora normal yang inangnya tidak dapat
diuraikan. Seperti hubungan dimana tidak ada manfaat jelas atau membahayakan organisme baik
selama hubungan mereka disebut sebagai hubungan teman semakan. Banyak flora normal yang
tidak dominan dalam habitat mereka, walaupun selalu hadir dalam jumlah yang rendah, dianggap
sebagai teman semakan bakteri. Namun, jika dugaan hubungan teman semakan mempelajari
secara mendetail, parasit atau karakteristik mutualistic sering muncul
Jaringan kekhususan Sebagian besar anggota flora bakteri normal lebih memilih untuk
menjajah jaringan tertentu dan bukan yang lain. Ini “kekhususan jaringan” biasanya disebabkan
oleh sifat-sifat baik dari tuan rumah dan bakteri. Biasanya, bakteri spesifik menjajah jaringan
tertentu oleh satu atau lain mekanisme ini.

1. Tissue tropism
Tissue tropism adalah bakteri preferensi atau kesukaan untuk jaringan tertentu untuk
pertumbuhan. Salah satu penjelasan untuk jaringan tropism adalah bahwa tuan rumah
menyediakan nutrisi penting dan faktor pertumbuhan bakteri, selain cocok oksigen, pH, dan suhu
untuk pertumbuhan. Lactobacillus acidophilus, informal dikenal sebagai “Doderlein’s bacillus”
colonizes vagina karena dihasilkan glikogen yang menyediakan bakteri dengan sumber gula
yang mereka memfermentasi untuk asam laktat.

2. Spesifik kepatuhan
Kebanyakan bakteri dapat menjajah suatu jaringan atau situs tertentu karena mereka
dapat mematuhi bahwa situs dalam jaringan atau cara tertentu yang melibatkan interaksi kimia
yang saling melengkapi antara dua permukaan. Khusus biokimia kepatuhan melibatkan interaksi
antara komponen permukaan bakteri (ligan atau adhesins) dan molekul reseptor sel inang.
Komponen bakteri yang menyediakan molekul adhesins adalah bagian dari kapsul mereka,
fimbriae, atau dinding sel. Reseptor pada sel manusia atau jaringan molekul glikoprotein
biasanya terletak pada host permukaan sel atau jaringan.
Khusus kepatuhan melibatkan interaksi kimia yang saling
melengkapi antara sel inang atau jaringan permukaan dan permukaan
bakteri. Dalam bahasa medis mikrobiologi, bakteri “adhesin” melekat kovalen
ke host “reseptor” sehingga bakteri “dermaga” itu sendiri pada host
permukaan. Adhesins dari sel-sel bakteri adalah komponen kimia kapsul,
dinding sel, pilus atau fimbriae. Host reseptor glikoprotein biasanya terletak
pada membran sel atau jaringan permukaan. Beberapa contoh situs adhesins dan lampiran khusus
digunakan untuk  ketaatan pada jaringan manusia dijelaskan dalam tabel di bawah ini.
3. Biofilm pembentukan.
Beberapa bakteri asli mampu membangun biofilm pada permukaan jaringan, atau mereka
mampu menjajah sebuah biofilm dibangun oleh spesies bakteri lain. Banyak biofilm adalah
campuran mikroba, walaupun salah satu anggota bertanggung jawab untuk menjaga dan biofilm
dapat mendominasi. Biofilm biasanya terjadi ketika salah satu spesies bakteri atase khusus atau
non spesifik ke permukaan, dan kemudian mengeluarkan lendir karbohidrat (exopolymer) yang
imbeds menarik bakteri dan mikroba lain ke biofilm untuk perlindungan atau keuntungan nutrisi.
Biofilm klasik yang melibatkan komponen flora normal rongga mulut adalah
pembentukan plak gigi pada gigi. Plak adalah biofilm dibangun secara alami, di mana
konsorsium bakteri dapat mencapai ketebalan 300-500 sel pada permukaan gigi. Ini subjek
akumulasi gigi dan jaringan gingiva konsentrasi tinggi metabolit bakteri, yang mengakibatkan
penyakit gigi .
Permukaan kulit itu sendiri terdiri dari beberapa lingkungan yang berbeda. Bidang seperti
aksila (ketiak), perineum (pangkal paha) dan ujung jaring biasanya menyediakan daerah lembab
untuk pertumbuhan bakteri. Ini “hutan tropis” sering lingkungan pelabuhan terbesar di antara
keanekaragaman flora kulit. Khas organisme meliputi Staphylococcus aureus,  Corynebacterium
dan beberapa bakteri Gram-negatif. Sebagian besar permukaan kulit manusia, bagaimanapun,
adalah jauh lebih kering dan ini sebagian besar dihuni oleh Staphylococcus epidermidis dan
Propionobacterium.
Streptococcus mendominasi dalam rongga mulut dan nasofaringeal daerah tetapi juga
dapat menemukan Anaerob lain dan spesiesNeisseria. Banyak potensi patogen juga dapat
ditemukan di nasofaring individu yang sehat, menyediakan reservoir untuk infeksi lain. Patogen
ini termasuk Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis dan Haemophilus influenzae.
Saluran pencernaan adalah lingkungan yang agak memusuhi bagi mikroorganisme namun
sebagian besar flora normal kita mendiami wilayah ini dari tubuh. Bahkan, usus mungkin
mengandung 109 untuk 1011 bakteri per gram bahan. Sebagian besar (95 – 99,9%) diantaranya
Anaerob, diwakili oleh Bacteroides, Bifidobacterium, streptokokus anaerob dan Clostridium.
Organisme ini menghambat pertumbuhan patogen lain, tetapi beberapa dapat oportunistik
(misalnya C. difficile dapat menghasilkan pseudomembranosa kolitis). Urogenital. Saluran
urogenital biasanya steril dengan pengecualian vagina dan distal 1 cm dari uretra. Berbagai
anggota dari genusLactobaci ll us menonjol dalam vagina. Organisme ini umumnya lebih rendah
pH sekitar 4-5, yang optimal untuk lactobacilli tetapi penghambatan untuk pertumbuhan bakteri
lainnya. Hilangnya efek perlindungan ini oleh terapi antibiotik dapat menyebabkan infeksi
olehCandida ( “ragi infeksi”). Uretra sebagian besar kulit dapat mengandung mikroorganisme
termasuk Staphylococci, Streptokokus dan Diphtheroid.
Mikroorganisme tidak saja terdapat dan hidup di lingkungan, akan tetapi juga di tubuh
manusia. Tubuh manusia tidaklah steril atau bebas dari mikroorganisme, begitu manusia
dilahirkan ia langsung berhubungan dengan mikroorganisme. Mikroorganisme yang secara
alamiah terdapat di tubuh manusia disebut flora normal atau mikrobiota.
- See more at: http://ilhammaulana24.blogspot.co.id/2013/04/mikroflora-normal-pada-
manusia_3.html#sthash.tboudn8R.dpuf