Pelaksanaan program PMT-P tak terlepas dari beberapa kendala. Adiyasa dkk (2010),
menemukan banyaknya kendala dalam pelaksanaan program PMT-P, diantaranya :
1. masalah pendataan riil balita pada keluarga miskin, sehingga seringkali pendistribusian
tidak sesuai sasaran (salah target), Anak yang ditargetkan tidak menerima, anak yang
tidak ditargetkan menerima.. Salah target lebih besar bila dibagikan langsung ke
keluarga, dibandingkan dengan pembagian di pusat pemulihan
2. membutuhkan biaya yang cukup besar sehingga pengalokasian bahan dari pusat
terbatas dan seringkali tidak mencukupi,
3. sulitnya pemantauan petugas dalam ketepatan konsumsi yang belum sesuai standar
pada sasaran,
4. adanya penolakan PMT-P,
5. adanya keterlambatan formulir pencatatan dan pelaporan, dan pelaksanaan program
yang selalu di akhir tahun.
6. Sumber daya yang kurang
7. Sarana dan prasarana yang minim
8. Tidak sepenuhnya berfungsi sebagai Tambahan, sehingga total asupan gizi tidak
bertambah secara maksimal dan tidak diberikan secara total hingga status gizi menjadi
normal
9. Tidak diberikan edukasi untuk menyiapkan bahan pangan bergizi, sehingga bisa
dipraktikan setelah pulih.