MAKALAH BIOKIMIA II

MEKANISME REAKSI KONDENSASI ASETIL KoA MENGGUNAKAN

ENZIM SITRAT SINTASE

Oleh:
Kelompok 6:
1. Rido Ilham Dachi 1805195450
2. Rika Mayang Sari 1805123985
3. Rini Atika Dewi 1805124266
4. Rizka Indah Primawati 1805113034

Dosen Pengampu:
Dr. Susilawati M.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS RIAU

2021
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena dengan
rahmat, taufik dan hidayah-Nya, kami dapat menyelesaikan makalah tentang
“Mekanisme Reaksi Kondensasi Asetil KoA Menggunakan Enzim Sitrat
Sintase” dengan baik, meskipun banyak kekurangan didalamnya.
Kami juga berterimakasih kepada Ibu Dr. Susilawati, M.Si selaku dosen
pengampu matakuliah Biokimia II yang telah memberikan tugas ini kepada kami.
Kami sangat berharap makalah ini dapat berguna dalam rangka menambah wawasan
serta pengetahuan kita mengenai Metabolisme Pada Jalur Pusat/Siklus Krebs.
Kami menyadari sepenuhnya bahwa masih terdapat banyak kekurangan dalam
makalah ini dan jauh dari kesempurnaan. Oleh karena itu, kami berharap adanya
kritik, saran dan usulan dari pembaca demi kesempurnaan makalah ini.

Pekanbaru, 22 Maret 2021

Penulis
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Makhluk hidup pasti melakukan metabolisme dalam hidupnya. Siklus
metabolisme ini terdiri atas pembentukan ataupun penguraian. Pembentukan senyawa
yang sederhana menjadi senyawa yang lebih kompleks dengan menggunakan energi
disebut Anabolisme, sedangkan metabolisme yang merombak zat simpan
(karbohidrat) dan menghasilkan energi untuk melakukan aktifitas disebut dengan
Katabolisme.
Siklus asam sitrat atau yang dikenal juga dengan sebagai Siklus Krebs atau
Siklus Asam Trikarboksilat merupakan lintasan akhir bersama oksidasi karbohidrat,
lipid dan protein. Siklus Krebs terkait dengan segi metabolisme biokimia yang
sebenarnya; bahan yang masuk berasal dari karbohidrat dapat keluar membentuk
lemak, sedangkan bahan yang masuk berasal dari asam amino dapat keluar
membentuk karbohidrat. Namun, teramat jarang ialah dari lemak menuju karbohidrat.
Glukosa, asam lemak dan banyak asam amino akan dimetabolisasi menjadi Asetil
koA atau intermediet yang ada pada siklus asam sitrat. Asetil koA selanjutnya
dioksidasi yang akan menghasilkan hidrogen atau elektron sebagai ekuivalen
pereduksi. Hidrogen tersebut kemudian memasuki rantai respirasi tempat sejumlah
besar ATP dihasilkan dalam prses fosforilasi oksidatif. Enzim enzim yang berperanan
pada siklus asam sitrat terdapat didalam mitokondria.

Gambar 1 : Lokasi Terjadinya Siklus Krebs

1.2 Rumusan Masalah
Adapun yang menjadi rumusan masalah adalah bagimana mekanisme reaksi
kondesasi asetil KoA menggunakan enzim sintase dalam siklus krebs?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari makalah ini adalah untuk mengetahui bagaiman
mekanisme reaksi kondensasi asetil KoA menggunakan enzim sintase dalam siklus
krebs.
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1. Siklus Krebs

Menurut Montgomery R. (1993), siklus asam trikarboksilat atau siklus krebs
atau siklus asam sitrat pertama-tama ditemukan sebagai lintas oksidasi piruvat
didalam jaringan hewan pada tahun 1937 oleh Hans Krebs. Siklus asam trikarboksilat
atau siklus krebs melayani 5 fungsi utama. Siklus ini menghasilkan sebagian nyata
kumpulan enzim-enzim tereduksi yang mendorong rantai respirasi untuk
menghasilkan ATP.
Nama lain dari siklus krebs yaitu siklus asam sitrat. Siklus asam sitrat
merupakan rangkaian reaksi yang menyebabkan katabolisme asetil KoA, dengan
membebaskan sejumlah ekuivalen hidrogen yang pada oksidasi menyebabkan
pelepasan dan penangkapan sebagaian besar energi yang tersedia dari bahan baker
jaringan, dalam bentuk ATP.
Siklus krebs dapat didefinisikan sebagai suatu daur ulang lalu lintas biokimia
yan sesungguhnya, dimana bahan yang datang pada siklus yang berasal dari
karbohidrat, dapat meninggalkannya untuk membentuk lemak, sedangkan bahan yang
datang kepadanya dari asam amino, dapat meninggalkannya untuk membentuk
karbohidrat

.
Gambar 1 : Siklus Krebs (sumber: https://id.wikipedia.org/wiki/Siklus_asam_sitrat)
 Dalam siklus krebs terdapat delapan tahap yang reaksinya terjadi terus
menerus dari awal hingga akhir dan terjadi secara berulang. Secara lengkap proses
siklus ini terjadi sebagai berikut:
1. Pembentukan sitrat adalah proses awal yang terjadi dalam siklus krebss. Dimana
terjadi proses kondensasi asetil-KoA dengan oksaloasetat yang akan membentuk
sitrat dengan enzim sitrat sintase.
2. Sitrat yang dihasilkan dari proses sebelumnya akan diubah menjadi isositrat
dengan bantuan enzim akonitase.
3. Enzim dehidrogenasi isositrat mampu mengubah isositrat menjadi α-ketoglutarat
dengan bantuan NADH. Dalam proses reaksi ini juga terjadi pelepasan satu
molekul karbon dioksida.
4. Alfa-ketoglutarat mengalami proses oksidasi sehingga akan menghasilkan
suksinil-KoA . Selama oksidasi ini, NAD+ menerima elektron (reduksi) menjadi
NADH + H+ . Enzim yang mengkatalisis reaksi ini adalah alpha-ketoglutarat
dehidrogenase.
5. Suksinil-KoA diubah menjadi suksinat. Energi yang dilepaskan digunakan untuk
mengubah guanosin difosfat (GDP) dan fosforilasi (Pi) menjadi guanosin trifosfat
(GTP). GTP ini kemudian dapat digunakan untuk membuat ATP.
6. Suksinat yang dihasilkan dari proses sebelumnya akan dioksidasi menjadi
fumarat. Ketika oksidasi inilah, FAD akan menerima elektron (reduksi) dan
menjadi FADH2. Enzim suksinat dehidrogenase mengkatalisis pemindahan dua
hidrogen dari suksinat.
7. Selanjutnya adalah proses hidrasi, proses ini menyebabkan terjadinya
penambahan atom hidrogen pada ikatan karbon (C=C) sehingga akan
menghasilkan produk berupa malat.
8. Malat kemudian dioksidasi untuk menghasilkan oksaloasetat dengan bantuan
enzim malat dehidrogenase. Oksaloasetat inilah yang akan menangkap asetil-KoA
sehingga siklus krebs dapat terus menerus terjadi. Hasil akhir dari tahap ini juga
berupa NADH.
 Pada awal siklus krebs asetil Co-A yang mengandung 2 atom karbon
mengikat satu senyawa 4-karbon, yaitu asam oksaloasetat untuk membentuk senyawa
6-karbon asam sitrat dan Co-A kemudian dibebaskan. Fungsi dari siklus krebs ini
adalah untuk mengubah senyawa 6-karbon asam sitrat menjadi senyawa 4-karbon
oksaloasetat melalui serentetan reaksi. Dalam proses ini dilepas 2 atom karbon dalam
bentuk 2 molekul Co2. Siklus krebs dimulai dan diakhiri dengan senyawa yang sama,
yaitu oksaloasetat. Perubahan sitrat menjadi isositrat dalam siklus krebs merupakan
tahap pertama (Almatsier, 2005).

2.2 Enzim Sitrat Sintase

Pada reaksi siklus asam sitrat, asetil ko-A dan oksaloasetat pertama kali
dibentuk menjadi sitrat, yang dikatalisis oleh enzim sitrat sintase. Enzim sitrat sintase
mengkatalisis pembentukan ikatan karbon-karbon antara karbon gugus metil dari
asetil ko-A dengan karbon gugus karbonil dari senyawa oksaloasetat (Firani, 2017).
Perubahan energi bebas standar (ΔG°) untuk reaksi sitrat adalah -31.5kJ / mol.
Nilai energi bebas negatif ini berarti bahwa sintase sitrat kemungkinan besar
berfungsi jauh dari kesetimbangan dalam kondisi fisiologis, dan dengan demikian
merupakan enzim penentu laju dalam siklus asam sitrat.
Sintase ATP adalah enzim dari keluarga permease berupa kumpulan beberapa
protein membran yang ditemukan didalam krista mitokondria (dan membran plasma
bakteri), yang berfungsi dalam kemiosmosis dengan rantai transport elektron terdekat
menggunakan energi dari gradient konsentrasi ion hidrogen untuk membuat
adenosina trifosfat. ATP adalah nukleosida trifosfat yang mengandung adenosina
yang mengeluarkan energi bebas ketika ikatan fosfatnya dihidrolisis.
Enzim sintase adalah kelompok enzim Liase dimana berfungsi mengkatalisis
pemecahan karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbon-nitrogen (Susanti, dkk, 2017)

2.3 Koenzim Tiamin Pirofosfat

Koenzim adalah senyawa organik yang berperan membantu aktifitas enzim.
Koenzim pada umumnya berupa senyawa kelompok vitamin yang larut dalam air.
Sebagian besar koenzim berasal dari vitamin B kompleks. Vitamin B yang
dibutuhkan dalam reaksi siklus krebs adalah riboflavin, niasin, thiamin, dan asam
pantotenat. Tiamin pirofosfat berfungsi sebagai koenzim pada beberapa reaksi
penting dalam metabolis karbohidrat, yang melibatkan pengangkatan atau transfer,
gugus aldehida dari molekul donor menjadi molekul penerima. Pada reaksi tersebut
TPP berfungsi sebagai senyawa perantara yang membawa gugus aldehida yang
terikat secara kovalen pada cincin tiazol. Contohnya adalah reaksi yang dekatalisis
oleh enzim perivat dekarboksilase yang merupakan langkah penting dalam
permentasi glukosa oleh klamer untuk menghasilkan alkohol pada reaksi
dekarboksilasi piruvat, gugus korboksil dari piruvat dikeluarkan sebagai CO 2 dan sisa
molekul piruvat yang kadang-kadang disebut sebagai asetaldehida aktif, secara
bersamaan dipindahkan ke posisi C-2 dari cincin taizol (tempat reaktif TPP) yang
terikat kuat dengan TPP untuk menghasilkan turunan hidroksietil. Senyawa antara ini
hanya sementara terdapat, karena gugus hidroksielil dilepaskan dengan cepat dari
koenzim untuk menghasilkan asetaldehida bebas (Astawa, 2015).

2.4 Pembentukan asetil Ko A

Acetyl KoA merupakan sebuah molekul penting dalam metabolisme dan
berguna dalam banyak reaksi biokimia. Asetil KoA juga senyawa yang berenergi
tinggi dan dapat berfungsi sebagai zat pemberi gugus asetil atau dapat ikut dalam
reaksi kondensasi. Fungsi utama dari molekul ini adalah menyediakan sejumlah atom
karbon yang berada dalam gugus asetil ke dalam siklus asam sitrat untuk dioksidasi
guna memperoleh energi, dan sintesis sebuah neurotransmiter bernama asetilkolina
yang diperoleh dengan reaksi kimia dengan bantuan enzim kolina asetiltransferase
dan produk samping berupa koenzim A.
Koenzim A adalah sebuah kofaktor yang dikenal karena berperan dalam
sintesis dan oksidasi asam lemak, serta oksidasi asam piruvat dalam siklus asam
sitrat. Semua lintasan biologis yang melibatkan enzim, ternyata juga memerlukan
koenzim A sebagai substrat. Sebagai contoh: substrat tioester seperti asetil-KoA pada
sintesis sisteamina, asam pantotenat, dan adenosin trifosfat (ATP)
Umumnya, metabolisme asam lemak akan menghasilkan asetil-KoA bagi
siklus asam sitrat. Asetil KoA dibentuk pada reaksi antara asam piruvat dengan
koenzim A. Reaksi pembentukan asetil Ko-A menggunakan kompleks piruvat
dehidrogenase sebagai katalis yang terdiri atas beberapa enzim. Struktur kimia KoA-
asetil merupakan ester antara KoA dan asam asetat dengan reaksi antara gugus tiol
dan gugus asil. KoA-asetil bisa didapat dari oksidasi asam piruvat dengan reaksi
dehidrogenasi dengan katalis kompleks piruvat dehidrogenase. Sedangkan reaksi
dengan enzim liase format piruvat pada asam piruvat akan menghasilkan asetil-KoA
dan asam format.

Gambar 3: Struktur asetil KoA

Jalur glikolisis menghasilkan molekul piruvat yang dapat memasuki jalur

beragam tergantung terhadap kelimpahan oksigennya. langkah pertama untuk
membebaskan kandungan sebagaian besar energy yang masih tersimpan adalah reaksi
dekarboksilasi oksidatif piruvat yang menghasilakan asetil koA yakni senyawa utama
yang dapat diterima oleh siklus asam sitrat.
 Reaksi perubahan piruvat menjadi asetil ko-A disebut dekarboksilasi
oksidatif. Reaksi ini menggunakan enzim piruvat dehidrogenase dan akan
menghasilkan asetil koA yang akan memasuki siklus asam sitrat, sehingga senyawa
dan reaksi ini merupakan penghubung antara glikolisis dan daur asam sitrat. Pada
reaksi dekarboksilasi oksidatif ini diperlukan koenzim seperti NAD, TPP, dan asam
lipoat (Sismindari, et al. 2017)
Asetil ko-A dibentuk pada reaksi antara asam piruvat dengan koenzim Aa.
Disamping itu asam lemak juga dapat menghasilkan asetil ko-A pada proses oksidasi.
Reaksi pembentukan asetil koA menggunakan kompleks piruvat dehidrogenase
sebagai katalis yang terdiri atas beberapa jenis enzim. Koenzim yang ikut dalam
reaksi ini ialah tiamin pirofosfat (TPP), NAD+ , asam lipoat dan ion Mg2+ sebagai
activator. reaksi ini bersifat tidak reversible dan asetil koA yang terjadi merupakan
penghubung antara proses glikolisis dengan siklus asam sitrat (Poedjaji dan Titin
2006).
Ada empat tahap dalam reaksi perubahan piruvat menjadi asetil koA. Yang
pertama piruvat mengalami dekarboksilasi setelah bergabung dengan tiamin
pirofosfat (TPP). Kedua, gugus hidroasetil yang terikat pada TTP mengalami oksidasi
untuk membentuk gugus asetil dan bersamaan dengan itu ditransfer ke lipoamida
untuk membentuk asetil koA. Sebagian oksidan dalam reaksi ini adalah gugus
disulfida dari lipoamida dan mengalami perubahan gugus menjadi sulfhidril. Reaksi
ini juga memerlukan bantuan enzim piruvat dehidrogenase dan sebagai hasil akhir
adalah asetil lipoamida. Pada tahap ketiga, gugus asetil dari asetil lipoamida
ditransfer ke KoA untuk membentuk asetil koA dan dihidrolipoamida. Reaksi ini
dikatalisis oleh dihidrolipoil tranasetilase. Pada tahap keempat, lipoamida akan
dibentuk kembali melalui oksidasi dihidrolipoamida dengan bantuan enzim
dihidrolipoil dehydrogenase dengan adanya koenzim NAD+ (Sismindari, et al. 2017).

Mekanisme katalitik kompleks piruvat dehydrogenase dalam mengkatalisis

reaksi dekarboksilasi oksidatif piruvat menjadi asetil KoA meliputi tahapan sebagai
berikut
 1. Piruvat mengalami reaksi dekarboksilasi dengan kofaktor tiamin pirofosfat
(TPP) yang terikat dengan komponen piruvat dehydrogenase.
2. Gugus hidroksietil yang terikat pada kofaktor tiamin pirofosfat (TPP)
mengalami reaksi pemindahaan atom H dan gugus asetil ke bentuk teroksidasi
kofaktor lipoamida yakni lipoilisil pada pusat komponen dihidrolipoil
transasetilase yang menghasilkan 6-asetil tioeseter pada gugus lipoil tereduksi.
Pada tahap 2 ini masih dikatalisis oleh komponen piruvat dehidrogenase
3. Melibatkan transfer gugus asetil dari asetil lipoamida ke koensim A (KoA) dan
lipomida dalam bentuktereduksi yang dikatalisis oleh komponen dihidrolipoil
transasetilase. Ikatan tioeseter berenergi tinggi tersimpan saat gugus asetil
dipindahkan ke Koenzim A
4. Bentuk tereduksi dari kofaktor lipoamida yang terikat komponen dihidrolipoil
transasetilase mengalami pepindahkan atom hydrogen ke kofaktor Flavin
Adenin dinukleotida(FAD) yang terikat komponen dihidrolipoil dehydrogenase
yakni sebagai katalis reaksi tersebut.

2.5 Reaksi Kondensasi Asetil-KoA

Asetil KoA yang dihasilkan dari reaksi dekarbosilasi oksidatif piruvat
bereaksi dengan oksaloasetat mengahsilkan senyawa antara berupa sitril-KoA dengan
oksaloasetat menghasilkan senyawa antara berupa sitril-KoA yang dengan segera
terhidrolisis menjadi strat dan koenzim-A. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim sitrat
sintase. Sitrat sintase merupakan suatu dimer dengan subunit berbobot 49 KD yang
identik. Setiap sisi aktif terletak dalam suatu celah antara domain besar dan domain
kecil dalam satu subunit yang berdekatan dengan interfase antar subunit. Reaksi
dimulai dengan pengikatan oksaloasetat pada sitrat sintase yang mengakibatkan
bentuk terbuka sitrat sintase berubah menjadi bentuk tertutup. Perubahan bentuk
tersebut diakibatkan perputaran domain kecil sebesar 19 derajat terhadap domain
besar. Selain itu, perputaran ini menyebabkan pergeseran sebesar 15A disekitar
pengikatan oksaloasetat yang menginduksi penataan ulang structural sehingga
terbukanya sisi pengikatan uuntuk asetil KoA (Mulyanti dan M. Nurkhozin, 2017).
 Mekanisme katalitik enzim sintase melibatkan residu histidin-274 yang
memberikan protonnya ke atom oksigen gugus karbonil pada asetil-KoA untuk
memudahkan pelepasan proton gugus metal dalam asetil KoA ke residu asama
aspartat -375. Sementara residu histidin-320 berperan dalam memindahkan proton ke
atom karbon gugus karbonil dalam oksaloasestat sehingga oksaloasetat menjadi aktif.
Serangan berikutnya dan bentuk enol asetil-KoA terhadap atom karbon kabonil
oksaloasetat menghasilkan pembentukan ikatan C-C dalam sitritl-KoA yang
menginduksi perubahan konformasi enzim yang mengakibatkan sisi aktif tertutup
sempurna. Selanjutnya , residu histidin-274 berperan kembali sebagai donor proton
untuk menghidrolisis ikatan tioester. Akibatnya koenzim A dan sitrat meninggalkan
sitrat sintase yang mengizinkannya kembali ke konformasi terbuka (Mulyanti dan M.
Nurkhozin, 2017).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Asetil KoA yang dihasilkan dari reaksi dekarbosilasi oksidatif piruvat
bereaksi dengan oksaloasetat mengahsilkan senyawa antara berupa sitril-KoA dengan
oksaloasetat menghasilkan senyawa antara berupa sitril-KoA yang dengan segera
terhidrolisis menjadi strat dan koenzim-A. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim sitrat
sintase.
Mekanisme katalitik enzim sintase melibatkan residu histidin-274 yang
memberikan protonnya ke atom oksigen gugus karbonil pada asetil-KoA. Residu
histidin-274 berperan sebagai donor proton untuk menghidrolisis ikatan tioester.
Akibatnya koenzim A dan sitrat meninggalkan sitrat sintase yang mengizinkannya
kembali ke konformasi terbuka.
 DAFTAR PUSTAKA

Astawa, I Putu Ari. 2015. Struktur Vitamin dan Koenzim yang Larut Dalam Air.
Fakultas Peternakan Universitas Udayana.

Firani, Novi Khila. 2017. Metabolisme Karbohidrat: Tinjauan Biokimia dan

Patologis. Malang: Universitas Brawijaya Press.

Guyton AC, Hall JE, 1996, Buku Ajar Fisiologi Kedokteran, Edisi IX, Penerjemah:
Setiawan I, Tengadi LMAKA, Santoso A, Jakarta: EGC.

Mulyanti, Sri., dan M. Nurkhozin. 2017. Biokimia: Enzim dan Metabolisme

Karbohidrat. Yogyakarta: ANDI.

Poedjiadi, Anna., dan F.M. Titin Supriyanti. 2015. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta:
UI- Press.

Sismindari, Riris Istighfari Jenie, Rumiyati, dan Edy Meiyanto. 2017. Biokimia
Farmasi. Gadjah Mada University Press

Supardan, 1989, Metabolisme Karbohidrat, Malang: Lab. Biokimia Universitas

Brawijaya.

Wikipedia, 2019, Asam Sitrat, https://id.wikipedia.org/wiki/Asam_sitrat. diakses

pada 22 Maret 2020.

Winarno, F. G., 1989, Enzim Pangan dan Gizi, P.T. Gramedia Pustaka Utama,
Jakarta.