Jafar La Kilo

HANDOUT CHEMDRAW
MENGGAMBAR DAN OPTIMASI GEOMETRI
STRUKTUR KIMIA MENGGUNAKAN CHEMDRAW

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN IPA
UNIVERSITAS NEGERI GORONTALO
Mengenal Interface ChemDraw

Gambar Interface ChemDraw

Gambar Toolbar Utama ChemDraw

1. Menggambar Struktur
Sebelum menggambar struktur, pas kan toolbar utama (Main Toolbar) telah ak f. Jika belum,
silahkan ak an melalui menu bar dengan memilih View > Show Main Toolbar.

Dalam tutorial ini, akan dijelaskan langkah-langkah menggambar struktur 2-propanon.

Jika kita menginginkan sudut dan panjang ikatan yang tetap (fixed) pada struktur yang digambar,
dalam menu bar pilih Object>Fixed Lenght dan Fixed Angles.

Iku langkah-langkah berikut ini.

Membuat Ikatan
1. Pada toolbar utama pilih solid bond
2. Klik pada jendela dokumen, akan tampak ikatan
3. Tambahkan ikatan kedua dengan cara klik pada ujung kanan ikatan pertama
4. Untuk menambah ikatan ke ga, gunakan cara yang sama seper pada langkah 3
5. Buat ikatan rangkap dua (double bond) dengan cara klik pada ikatan yang telah dibuat
pada langkah 4.

Menambahkan Label Atom

1. Klik text tool pada toolbar utama
2. Klik pada ujung ikatan rangkap dua, akan tampak kotak untuk menulis teks (text box)
3. Ke k huruf O pada text box
4. Non-ak an text box dengan menekan tombol Esc pada keyboard atau memilih tool
yang lain.

Menambahkan Nama Molekul

1. Klik text tool pada toolbar utama
2. Klik pada area (bagian bawah) struktur hingga tampak text box
 3. Pada text box, tuliskan nama 2-propanon
4. Non-ak an text box dengan menekan tombol Esc pada keyboard atau memilih tool
yang lain.

2. Menggambar Struktur Senyawa Aroma k

Struktur senyawa aroma k digambar dengan memanfaatkan ring tool. Pada tutorial ini,
senyawa aroma k yang akan digambar adalah,

Iku langkah-langkah di bawah ini untuk menggambar struktur tersebut

1. Klik ring benzena pada toolbar utama. Dalam jendela kerja, klik kanan, akan tampak
cincin benzena.
2. Tempatkan kursor di tengah ikatan sebelah kanan bawah pada cincin benzena
3. Klik hingga terbentuk cincin benzena baru.
4. Pada struktur, hanya terdapat satu ikatan rangkap dua dalam cicncin benzena kedua.
Benarkan ikatan pada cincin benzena kedua dengan mengarahkan kursor pada ikatan
rangkap dua sampai muncul kotak berwarna biru muda kemudian ke k angka “1”.
Lakukan langkah yang sama pada ikatan rangkap dua yang lain.

5. Untuk menambahkan ikatan rangkap dua pada cincin benzena yang kedua, arahkan
kursor pada ikatan tunggal kemudian klik satu kali atau dengan menge kkan angka “2”.

6. Pilih bond tool pada toolbar utama. Klik pada atom-atom karbon (lingkar merah) pada
gambar di bawah ini. Akan terbentuk ga ikatan (tunggal) baru.
 7. Tambahkan ikatan pada ikatan tunggal yang baru (lihat gambar) dengan cara arahkan
kursor pada ikatan tunggal kemudian klik satu kali atau dengan menge kkan angka “2”
sehingga terbentuk ikatan rangkap 2.

8. Arahkan kursor pada atom karbon paling ujung (terminal) sebelah kanan dan ke kkan
huruf “O” untuk membentuk gugus fungsi keton.
9. Hubungkan atom-atom karbon terminal. Pilih solid bond pada toolbar, klik (jangan
dilepas) pada atom karbon terminal (ikatan rangkap 2 warna merah) dan tarik (drag)
hingga terhubung dengan atom karbon terminal yang lain (ikatan tunggal warna merah).

3. Stereokimia
Berikut ini adalah tutorial menampilkan penanda stereokimia. Struktur yang akan
digunakan adalah,

Mulailah dengan menggambar struktur terlebih dahulu. Iku langkah-langkah di bawah ini:
1. Pilih solid bond pada toolbar utama
2. Dalam jendela kerja, klik dan tarik ke bawah untuk membentuk ikatan (tunggal)
pertama.
3. Klik dua kali pada bagian ujung bawah ikatan untuk membentuk dua ikatan tunggal baru
 4. Arahkan kursor pada atom yang ditunjukkan pada gambar di bawah ini kemudian klik 2
kali untuk membuat 2 ikatan (tunggal) baru

5. Tempatkan kursor pada ikatan (yang terdapat kotak biru), klik kanan dan pilih Double >
Plain

6. Pilih Wedged Bond pada toolbar utama, klik pada atom yang bertanda biru muda di
bawah ini

Menambahkan Label Atom

7. Pilih Text Tool, klik pada ujung-ujung ikatan yang dilingkari. Pada lingkaran yang
berwarna merah ke kkan “NH2”, ujung ikatan yang dilingkari biru ke kkan “O” dan
pada lingkaran hitam ke kkan “OH”.
Menampilkan Penanda Stereokimia
Untuk menampilkan penanda stereokimia (R dan S), iku langkah-langkah berikut:
8. Pilih struktur yang terakhir dibentuk menggunakan Marquee tool atau Lasso tool
9. Pada menu bar, pilih Object > Show Stereochemistry

10. Pilih struktur yang terbentuk pada langkah 9. Kemudian pada menu bar pilih Object >
Flip Horizontal, akan muncul struktur dengan penanda R, seper gambar di bawah ini

11. Pilih struktur dengan penanda R di atas. Pada menu bar pilih Object > Rotate 180o
Ver cal

12. Untuk memutar secara horizontal, pilih Object > Rotate 180o Horizontal
4. Op masi Geometri
Op masi geometri bertujuan untuk mendapatkan energi minumun sehingga dihasilkan keadaan
paling stabil dari se ap struktur senyawa . Hasil op masi geometri digunakan untuk menghitung
muatan atom se ap molekul (Kilo & Kilo, 2019). Perhitungan ini dapat dilakukan pada perangkat
lunak ChemDraw Ultra dengan mengak an Chem 3D.

Iku langkah-langkah di bawah ini untuk melakukan perhitungan geometri molekul (op masi
geometri). Senyawa yang digunakan adalah 2-pentanon yang telah digambar sebelumnya.

1. Pilih struktur 2-pentanon menggunakan Marquee atau Lasso

2. Pada menu bar, pilih View kemudian centang pada Show Chem3D HotLink Window

3. Pada lembar kerja Chemdraw akan muncul jendela Chem3D HotLink seper pada gambar di
bawah ini

Untuk memulai bekerja pada interface Chem3D, klik ikon yang dilingkari merah pada
gambar di atas. Bentuk 3D struktur 2-pronanon akan tampak pada Interface Chem3D seper
gambar di bawah ini.
4. Selanjutnya dilakukan op masi geometri terhadap 2-propanon. Klik Calcula ons > MM2 >
Minimize energy … pada menu bar.

Akan muncul layar seper gambar di bawah ini. Pada Job Type pilih Minimize Energy. Klik Run untuk
memulai op masi geometri
5. Setelah perhitungan op masi geometri berakhir akan tampak pada layar seper gambar berikut,

6. Pada menu bar Klik Calcula ons > Extended Huckel > Calculate Charges untuk melalukan perhitungan
muatan atom. Untuk menampilkan hasil perhitungan muatan atom, klik View > Atom Property Table