Rangkuman Biologi Seluler Molekuler Semester 1

A. Sel, Kehidupan, dan Organelnya (TM 1 dan 3)

1. Teori sel :
- A cell is the basic unit of life , tidak ada yang lebih kecil dari sel yang dapat
dinyatakan sebagai hidup.
- All living organism are made up of cells , ketika banyak organisasi seperti
bakteria bersel tunggal, organisme lainnya, termasuk manusia dan tumbuhan
adalah multiseluler (bersel banyak). Di dalam multiseluler, sel biasanya
tersusun sebagai jaringan.
- New cells arise only from preexisting cells
2. Bagaimana sel terorganisir :
- Membran plasma : Permukaan luar yang mengatur keluar-masuknya molekul
- Sitoskeleton : Menjaga bentuk sel dan mendukung pergerakan
+ Mikrotubula : Silinder protein yang ada di sitoplasma, sentriol, silia, dan
flagella.
+ Filamen intermediet : Serat protein yang mendukung dan memberi kekuatan
+ Filamen aktin : Serat protein yang berperan dalam pergerakan sel dan
organel
- Sentriol : Berbentuk pendek, merupakan bagian tengah (silinder) dari
Mikrotubula, atau juga dapat dikategorikan kumpulan mikrotubula.
- Sentrosom : Mikrotubula yang mengatur (bagian tengah) dari pasangan
sentriol
- Lisosom : Kantung membrane (vesikel) yang mengandung enzim hidrolitik
berguna menelan makromolekul dan bagian sel serta diproduksi badan golgi
apparatus.
- Vesikel : Kantung berlapiskan membrane yang menyimpan dan mengedarkan
substansi
- Sitoplasma : Matriks semifluida di luar nucleus yang mengandung organel
Nukleus : Mengandung instruksi genetic yang dibutuhkan untuk pembentukan
protein yang terlibat dalam kebanyakan fungsi selular. Nukleus menyimpan
informasi genetic sebagai DNA yang diorganisasikan ke dalam struktur linier
yang disebut kromosom. Terletak pada kromosom adalah kumpulan gen,
dimana merupakan segmen DNA yang berisi informasi untuk produksi protein
tertentu. Protein ini berfungsi untuk menentukan kekhususan sel. Sementara
tiap sel dalam tubuh mengandung gen yang sama, sel bervariasi dimana gen
dihidupkan dan dimatikan, dan ini memungkinkan mereka untuk melakukan
fungsinya dalam jaringan atau organisme.
+ Kulit nukleus : Membran ganda dengan pori yang membungkus nukleus
+ Kromatin : Benang difus yang mengandung DNA dan protein (kombinasi
molekul DNA dan protein histon yang membentuk kromosom)
+ Nukleolus : Bagian yang memproduksi subunit ribosom
- Retikulum Endoplasma mengirim vesikel berisi molekul besar ke bagian lain
di sel. Kebanyakan vesikel
+ RE kasar : penuh dengan ribosom, memproses protein. Protein yang
disintesis di ribosom memasuki RE untuk pemrosesan tambahan dan
 modifikasi. Protein-protein tersebut ada yang dikirim ke membran plasma
(protein channel), sementara sisanya dipaketkan ke badan golgi melalui
vesikel.
+ RE halus : sedikit dengan ribosom, menyintesis fosfolipid dan lipid lainnya
yang muncul di membrane plasma. Ia juga mempunyai fungsi lain seperti di
sel testis memproduksi testosteron.
- Ribosom : Partikel yang membawa dan menjadi tempat sintesis protein.
Tersusun atas protein dan r RNA.
- Mitokondria : Organel yang membawa respirasi seluler, memproduksi
molekul ATP
- Poliribosom : Untaian ribosom secara bersamaan menyintesis protein yang
sama
- Badan Golgi Apparatus : Memproses, mempaketkan dan menyekresi produk
sel buatan. Disini protein dan lipid yang diterima dari RE dimodifikasi,
misalnyai rantai gula ditambahkan pada masing-masing hingga menjadi
glikoprotein dan glikolipid.
- Membran plasma : Terdiri dari fosfolipid bilayer
- Sistem Endomembran adalah sistem organel yang berfungsi memproses
material dari sel, meliputi RE, badan golgi
3. Transportasi seluler melipusi beberapa jenis, yaitu :
- Difusi adalah perpindahan acak molekul dari area dengan konsentrasi tinggi
ke area dengan konsentrasi rendah sampai seimbang (equilibrium). Tidak
memerlukan energi seluler. Perpindahan terjadi secara dua arah, tetapi
perpindahan bersih akan dari konsentrasi tinggi ke rendah. Oksigen masuk ke
membrane plasma, karena sel membutuhkannya untuk memproduksi ATP.
- Osmosis, adalah perpindahan air melalui membrane selektif-permabel dimana
air akan berdifusi dari area dengan konsentrasi zat terlarut sedikit (karena
lebih banyak air) ke area dengan konsentrasi zat terlarut lebih banyak (sedikit
air). Normalnya sel tubuh bersifat isotonic, bentuknya berubah seiring dalam
larutan hipotonis/hipertonik.
- Facilitated Transport, molekul diedarkan melewati membrane plasma dari
sisi lebih tinggi ke lebih rendah melalui protein carrier.
- Active Transport, transfer molekul ke area konsentrasi lebih tinggi. Active
transport memerlukan protein carrier dan pemecahan ATP.
- Bulk Transport, digunakan untuk memindahkan molekul besar tanpa
menggunakan saluran/protein carrier transport hingga menggunakan vesikel.
Ada 3 jenis yaitu fagositosis, pinositosis, dan endositosis dimediasi reseptor
protein.

B. Kehidupan Seluler (TM 2)

1. Merupakan segala aktivitas seluler untuk mempertahankan kehidupannya
2. Ada beberapa pengelompokkan aktivitas kehidupan seluler, meliputi :
- Mengalami pertumbuhan
- Melakukan metabolisme
- Tanggap terhadap respon
- Dapat melakukan pergerakan baik statis ataupun dinamis
 - Melakukan regenerasi secara alamiah (membelah dan mengalami kematian)
3. Setiap sel mempunyai kemampuan yang berbeda tergantung pada karakter yang
dimiliki oleh seluler. Karakter tersebut adalah :
- Sel yang bersifat labil
- Sel yang bersifat stabil
- Sel yang bersifat permanen
4. Pertumbuhan Sel. Sel harus mampu melakukan :
- Pembelahan
- Metabolisme
- Menjaga homeostasis
+ Pertumbuhan sel mengacu ke pertambahan total massa sebuah sel, termasuk
sitoplasma, nukleus, dan volume organel. Pertumbuhan seluler terjadi ketika rata-
rata dari biosintesis lebih besar dari degradasi seluler. Pada organisme
multiseluler, pertumbuhan jaringan jarang terjadi melalui pertumbuhan sel tanpa
pembelahan, tetapi kebanyakanyan terjadi melalui ploriferasi sel.
+ Pembelahan sel adalah sebuah proses dimana sel induk membelah menjadi dua
atau lebih sel identik. Pembelahan sel biasanya terjadi sebagai bagian dari siklus
sel yang lebih besar. Di sel eukariotik, ada 2 tipe pembelahan sel : Mitosis dan
meiosis.
+ Proliferasi sel mengacu pada keseimbangan pertumbuhan sel dan kecepatan
pembelahan sel yang mempertahankan ukuran sel dalam populasi secara
eksponensial.

5. Perkembangbiakan
Sel harus mampu melakukan perkembangbiakan, yang jenisnya :
- Budding
- Mating
- Fertilization
Perkembangbiakan manusiia bermula ketika sebuah sperma memfertilisasi sebuah
sel telur dan membuat sel tunggal yang berpotensi untuk membentuk keseluruhan
sebuah organisme, yang disebut zigot. Di jam pertama setelah fertilisasi, sel ini
membelah menjadi sel yang identik. Kira-kira 4 hari setelah fertilisasi dan
beberapa siklus pembelahan sel, sel-sel tersebut mulai terspesialisasi, membentuk
bola sel berongga, yang disebut blastokista. Blastokista memiliki lapisan luar sel
dan di dalam bola berongga ini, ada sekelompok sel yang disebut inner cell mass.
Inner cell mass ini dapat menimbulkan sel telur, dan sperma melalui proses
 meiosis serta sel-sel yang berasal dari ketiga lapisan germinal dengan melakukan
mitosis-diferensiasi :
- Ektoderm, dimana akan menjadi epidermis (kulit), sel saraf otak, dan sel
pigmen
- Mesoderm, dimana akan menjadi otot jantung, sel tubulus ginjal, sel darah
merah, serta sel otot halus.
- Endoderm, dimana akan menjadi sel paru, sel tiroid, dan sel pankreas.
Istilah kemampuan sel :
- Totipotent Stem Cell : Dari zigot selama 4 hari sampai membentuk blastokista.
Bebas berdiferensiasi (terspesialisasi)
- Pluripotent Stem Cell : Blastokista, dimana lapisan luar sel akan menjadi
plasenta, dan Inner cell mass akan menjadi jaringan lain yaitu 3 lapisan
germinal yang sudah dibahas.
- Multipotent Stem Cell : Setelah lapisan germinal berhasil membentuk masing-
masing sel, misalnya berhasil membentuk sel darah. Sel darah akan
membentuk platelete, sel darah putih, dan eritrosit. Jadi, membentuk sel
dengan jaringan tertentu. Sel ini adalah multipotent.
- Adult Stem Cell : Menggantikan sel yang mati/kehilangan fungsi
6. Kematian Sel adalah kejadian berhentinya sel secara biologis dalam menjalankan
fungsinya. Ini mungkin hasil dari proses alami sel-sel tua yang mati dan
digantikan oleh yang baru, atau mungkin akibat dari factor-faktor seperti penyakit,
cedera lokal, atau kematian organisme dimana sel-sel tersebut menjadi bagiannya.
Berdasarkan mekanismenya, kematian sel dibagi menjadi dua jenis, yaitu
terprogram dan non-terprogram. Kematian sel non-terprogram ialah nekrosis.
Nekrosis adalah sedangkan kematian sel secara terprogram adalah :
- Apoptosis : Proses kematian sel terprogram (KST) yang mungkin terjadi pada
organisme multiseluler. Peristiwa biokimia yang mungkin terjadi pada
organisme multiseluler. Peristiwa biokimia menyebabkan perubahan
karakteristik sel (morfologi) dan kematian. Perubahan ini termasuk blebbing,
penyusutan sel, fragmentasi inti, kondensasi kromatin, dan fragmentasi DNA
kromosom.
- Autofagi : Secara sitoplasmik, ditandai dengan pembentukan vakuola besar
yang menggerogoti organel dalam urutan tertentu sebelum penghancuran
nukleus.
- Makroautofagi : Sering disebut autofagi, adalah proses katabolic yang
menghasilkan degradasi auto-phagosomic lisosomal, dan isi sitoplasma
massal, agregat protein abnormal, dan kelebihan atau kerusakan organel.
- Anoikis : Bentuk KST yang terjadi pada sel yang bergantung pada
penjangkaran ketika mereka terlepas dari matriks ekstraseluler di sekitarnya.
Ketika sel-sel terlepas dari matriks ekstraseluler, ada hilangnya interaksi sel-
matriks normal, dan mereka mungkin mengalami anoikis. Namun sel tumor
metastatic dapat lolos dari anoikis dan menyerang organ lain.
- Nekroptosis : Bentuk Nekrosis terprogram, atau kematian sel inflamasi
- Paraptosis

C. Komunikasi Sel (TM 4-5)

1. Komunikasi sel : Sistem penghantaran informasi atau sinyal dari sel yang sat uke
sel yang lain atau di dalam sel itu sendiri untuk melakukan aktivitas dan fungsi
koordinasi. Hal ini dimaksudkan untuk menjaga :
- Kelangsungan hidup sela tau organisme
- Homeostasis sel normal
- Perkembangan dan pembelahan sel
- Perbaikan jaringan
- Sistem imunitas
2. Jenis Komunikasi Sel :
- Komunikasi antar sel (intercellular signaling)
- Komunikasi dalam sel (intracellular signaling)
3. Komunikasi Antar Sel (Intercellular signaling)
- Kontak fisik; sel-sel yang berdekatan harus membuat kontak fisik untuk
meneruskan informasi atau sinyal.
a. Juxtacrine Signalling
Sel memberikan informasi kepada sel yang lain melalui bagian protein
tertentu yang terdapat pada permukaan membran sel.

Contoh: kontrol pada diferensiasi sel selama perkembangan

b. Cell Junctions : Menghubungkan antara sitoplasma dari sel yang satu
dengan sitoplasma sel yang lain. Contoh : Otot jantung, propagasi aksi
potensial dari daerah cardiac pacemaker dari jantung untuk menyebar dan
berkoordinasi yang menyebabkan kontraksi jantung. Jenis-jenis cell
junction :
+ Occluding Junction : Bagian tertentu sel yang satu terikat secara kuat
dengan sel yang lain, menghindari penerobosan molekul; kecil dari satu sel
ke sel yang lain. Pada vertebrata disebut tight junction, sedangkan
invertebrata disebut septate junction.
+ Anchoring Junction : Sel yang satu menempel secara mekanik pada
membrane sela tau matrik ekstraseluler dari sel yang lain dibagi menjadi 2
yaitu :
< Actin filament attachment sites
# Cell-cell adherens junction (adhesion belt)
# Cell-matrix adherens junction (focal contact)
# Septate junctions (pada invertebrata)
< Intermediate attachment sites
# Cell-cell (desmosomes) -> keratin (epitel), desmin (otot
jantung)
# Cell-matrix (hemidesmosomes)
c. Communication junction (melewati gap junction) : Komunikasi langsung
melalui sitoplasma. Molekul kecil dan ion dapat melewati dengan bebas,
dibentuk dari connecxon yang merupakan gabungan dari 6 protein
 connexin. Sel adesi jaringan tertentu ada yang diperantarai oleh cadherin
(Ca-dependent protein)
- Persinyalan parakrin -> Molekul pembawa sinyal dihasilkan oleh sel
tertentu dan dilepaskan ke lingkungan sekitar. Sinyal bekerja secara lokal
diantara sel-sel yang berdekatan melalui difusi dalam matriks ekstraseluler.
Jenis sinyal ini biasanya menimbulkan respons cepat yang hanya berlangsung
dalam waktu singkat. Dirusak oleh enzim ekstraselular. Contoh : epinefrin dan
nor epinefrin, estrogen oleh sel ovary.
- Persinyalan endokrin -> Dihasilkan oleh sel tertentu dan dilepaskan melalui
sirkulasi sistemik (aliran darah). Sinyal untuk sel target yang letaknya jauh
disebut sinyal endokrin, dan sinyal tersebut berasal dari sel endokrin. Ligan
yang dilepaskan bernama hormon. Karena bentuk transportasinya, hormone
menjadi encer dan hadir dalam konsentrasi rendah ketika mereka bekerja. Ini
berbeda dengan persinyalan parakrin, dimana konsentrasi mereka bisa sangat
tinggi. Contoh : Hormon pertumbuhan (EGF, PDGF), insulin, tiroid, estrogen,
progesterone. Didistribusikan dalam bentuk bebas atau terikat dengan protein :
Globulin (tiroksin, kortikosteroid) dan Albumin (aldosteron).
- Persinyalan Sinaptik : Syaraf yang teraktivasi akan memicu pelepasan
neurotransmitter pada akson terminal Sel target adalah post synaptic syaraf
berikutnya. Contoh : Dopamin, norepinefrin, serotonin, dan gama amino
butyric acid.
4. Reseptor adalah penerima chemical substance dalam penyampaian informasi atau
sinyal. Di lain pengertian, reseptor adalah molekul protein dalam sel target atau
pada permukaannya yang mengikat ligan. Ada 2 jenis reseptor, reseptor internal
dan reseptor eksternal (permukaan/membran sel)
- Reseptor internal, dikenal juga sebagai reseptor intraseluler atau sitoplasma,
ditemukan di sitoplasma sel dan merespons molekul ligan hidrofobik yang
mampu melakukan perjalanan melintasi membran-membran plasma. Begitu
berada di dalam sel, banyak dari molekul-molekul ini mengikat protein yang
bertindak sebagai pengatur sintesis m-RNA (transkripsi) untuk memediasi
ekspresi gen.
- Reseptor eksternal, dikenal juga sebagai reseptor ekstraseluler, atau membrane
sel, atau reseptor transmembrane adalah protein permukaan sel, protein
berlabuh membran (integral) yang mengikat molekul ligan. Reseptor pada
permukaan sel terbagi menjadi 3 bagian/kelompok yaitu :
a. Ion-channel linked receptor merupakan protein multimeric yang terletak di
membrane plasma. Masing-masing protein ini mengatur dirinya sendiri
sehingga membentuk lorong atau pori yang memanjang dari salah satu sisi
membrane ke sisi lain. Lorong-lorong ini disebut saluran ion. Saluran ion
bersifat spesifik, artinya satu saluran ion hanya khusus ion tertentu.
Perbedaan konsentrasi menciptakan gradien elektrokimia, yang merupakan
kombinasi dari gradien kimia dan gradien muatan sehingga pembukaan
saluran ion mengizinkan terciptanya penurunan gradien ganda ini.
Pergerakan ini menciptakan sinyal listrik.
b. G-protein coupled receptor (GPCR) adalah reseptor yang terkait dengan
protein G dan melewati membrane plasma 7 kali. Protein G adalah protein
 heterotrimerik yang dapat mengikat GTP. Terdiri dari 3 subunit yaitu
subunit alpha (mengikat GDP/GTP), subunit y (terikat membran) dan
subunit b (satu kompleks dengan subunit y). Second messenger dalam
reseptor ini adalah protein seluler yang melakukan aksi/fungsi (seperti
memproduksi sesuatu) ketika berikatan dengan protein G. Cara kerja G-
protein coupled receptor :
+ Reseptor GPCR berikatan dengan ligan, hal ini
mengubah/mengakibatkan conformational change
+ Perubahan ini mengakibatkan GDP yang terikat pada subunit a lepas dan
digantikan oleh GTP. Subunit b dan y mengalami dimerisasi membentuk
kompleks (terikat) dan memisah dari subunit a lalu terikat pada membran
plasma.
+ Subunit a yang aktif mengikat protein target (second messenger), dalam
hal ini tergantung subunit a jenis apa dulu. Untuk target berupa adenilil
siklase disebut jalur cAmp, sementara target berupa PLC disebut jalur
IP3/DAG
< Gi -> menarget adenilil siklase dengan cara menghambat yang
merupakan enzim pengubah ATP menjadi cAmp. cAmp mengaktifkan
protein kinase A
< Gs -> menarget adenilil siklase dengan cara mensimulasi yang
merupakan enzim pengubah ATP menjadi cAmp. cAmp mengaktifkan
protein kinase A
< Gq -> menarget PLC dengan bantuan PIP 2 agar memecah menjadi
IP3 dan DAG. DAG akan terikat pada membrane plasma, sementara IP 3
berperan dalam pembukaan saluran Ca2+ yang kemudian Ca2+ ini
berikatan dengan DAG untuk mengaktifkan protein kinase C
c. Enzyme linked receptor, seperti tyrosine kinase.