Jurusan Biologi FMIPA UNP

Penuntun Praktikum Virtual Genetika II

Semester Juli-Desember 2021
Praktikum 12
Analisis Data Sequencing

12.1 Tujuan
1. Praktikan memahami prinsip kerja Sanger Sequencing
2. Praktikan terampil mengolah dan menganalisis data sequencing menggunakan NCBI BLAST

12.2 Prinsip Dasar

Sanger Sequencing, juga dikenal sebagai “chain termination method” adalah metode untuk
menentukan urutan nukleotida DNA. Metode ini dikembangkan oleh Peraih Nobel Frederick Sanger
dan rekan-rekannya pada tahun 1977, sehingga dinamai Sanger Sequencing.

Gambar 1 Tahapan Sanger Sequencing

(Sumber: https://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/articles/biology/sanger-sequencing.htm)

Tahapan Sanger Sequencing:

1) Chain termination PCR
PCR dengan ddNTPs (dideoxynucleotides triphosphate) berfluoresens (Gambar 2).

Gambar 2 Struktur dNTP dan ddNTP

2) Capillary gel electrophoresis

Pemisahan fragmen berdasarkan ukuran menggunakan gel kapiler yang memiliki pori sangat
kecil.
3) Eksitasi laser dan deteksi oleh mesin sequencing (sequencer)
Pada tahap ini akan diperoleh urutan nukleotida dalam bentuk kromatogram (Gambar 3 dan
Gambar 4).

Tim Praktikum Genetika II Biologi FMIPA UNP 1

 Jurusan Biologi FMIPA UNP
Penuntun Praktikum Virtual Genetika II
Semester Juli-Desember 2021

Gambar 3 Contoh data sequencing dengan kualitas baik

(kiri: kromatogram dalam bentuk file AB1; kanan: urutan nukleotida dalam bentuk file FASTA)

Gambar 4 Contoh data sequencing dengan kualitas buruk

(atas: kromatogram dalam bentuk file AB1; bawah: urutan nukleotida dalam bentuk file FASTA)

12.3 Alat dan Bahan

Alat Bahan
1. Komputer 1. File sekuen nukleotida hasil sequencing (FASTA)
2. Internet

12.4 Prosedur Kerja

 Dosen/asisten praktikum menjelaskan dan memperagakan prosedur kerja secara umum kepada
praktikan melalui video tutorial yang sudah diunggah ke elearning2.unp.ac.id atau di kanal
youtube “Praktikum Virtual Genetika II Biologi FMIPA UNP” dengan link videonya adalah sebagai
berikut: https://youtu.be/wIgm9EB-7SI
 Praktikan membaca penuntun praktikum virtual dan menonton video tutorial agar dapat
memahami prosedur kerjanya.

Berikut adalah prosedur kerja dalam menganalisis data sequencing:

1. Siapkan file data sequencing dan pastikan sudah terhubung dengan internet!
 FASTA (bisa dibuka dengan wordpad/notepad)
 AB1 (software bioinformatik: Bioedit; Geneious; DNA star, dll)
2. Buka NCBI BLAST pada url https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
3. Pilih “Nucleotide BLAST”

Tim Praktikum Genetika II Biologi FMIPA UNP 2

 Jurusan Biologi FMIPA UNP
Penuntun Praktikum Virtual Genetika II
Semester Juli-Desember 2021
4. Masukkan sekuen data sequencing dengan cara copy-paste sekuen ke kolom “Enter Query
Sequence”
5. Gunakan default setting, lalu klik “BLAST”
6. Lakukan analisis hasil BLAST pada kolom:
 Description
 Graphic Summary
 Alignment
 Taxonomy
7. Tariklah kesimpulan bahwa sekuen DNA hasil sequencing yang dianalisis memiliki
kemiripan/homology dengan sekuen DNA apa pada database genebank NCBI!

12.5 Laporan Praktikum

1. Apakah tujuan melakukan sequencing?

2. Analisislah dua data sequencing yang diberikan pada link gdrive berikut:
https://drive.google.com/drive/folders/1o6XJsN3VSTbB4OFgmldBI2Gp6nigoUR1?usp=sharing
3. Bagaimanakah kualitas data sequencing dari dua sampel yang diberikan?
4. Dimanakah letak perbedaan nukleotida antara kedua sekuen tersebut?
5. Buatlah kesimpulan dari hasil analisis BLAST!
6. Susunlah sebuah laporan praktikum menggunakan data di atas!

Tim Praktikum Genetika II Biologi FMIPA UNP 3