Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

Petunjuk Pengisian:
 Lembar kerja dikerjakan tiap individu mahasiswa dan dikumpulkan di EMAS dalam
bentuk file .docx dengan mencantumkan nama, NPM, dan kelompok.
 Jawaban tahapan kerja merupakan hasil dari kelompok masing-masing.
 Pembahasan harus menggunakan sumber referensi menggunakan daftar acuan dengan
tahun 2000 untuk referensi tertua.

Nama :
NPM :
Kelompok :

1. Perhatikan gambar hasil gel elektroforesis berikut!

A. Gambar hasil isolasi menggunakan DNeasy

Ultraclean Microbial kit
(https://www.qiagen.com/us/resources/resourcedet
ail?id=a733f3a9-5a8b-4003-b28e-
55bb050bad1e&lang=en )
B. Gambar hasil isolasi menggunakan metode boiling

a) Jika gambar di atas merupakan hasil isolasi DNA dari Bacillus siamensis,
jelaskan perbedaan kualitas DNA yang dihasilkan berdasarkan data di
atas!
b) Jelaskan perbedaan prinsip kerja dari kedua metode di atas!
c) Jelaskan apakah DNA hasil dari isolasi menggunakan metode di atas dapat
digunakan untuk analisis biologi molekuler selanjutnya!

Halaman 1 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022
Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

2. Perhatikan gambar hasil gel elektroforesis berikut!

a. Gambar hasil isolasi menggunakan DNeasy Plant Mini Kit

(https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-
purification/dna-purification/genomic-dna/dneasy-plant-pro-and-plant-
kits/?catno=69104 )
b. Gambar hasil isolasi menggunakan CTAB

a) Jika gambar di atas merupakan hasil isolasi DNA dari Synedrella nodiflora,
jelaskan perbedaan kualitas DNA yang dihasilkan berdasarkan data di
atas!
b) Jelaskan perbedaan prinsip kerja dari kedua metode di atas!
c) Jelaskan apakah DNA hasil dari isolasi menggunakan metode di atas dapat
digunakan untuk analisis biologi molekuler selanjutnya!

Halaman 2 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022
Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

3. Perhatikan gambar hasil gel elektroforesis berikut!

Keterangan: 1) tidak ada sampel 2) DNA dari tulang usia 5000 tahun 3) DNA dari tulang
usia 2000 tahun 4) DNA dari tulang usia 300 tahun 5) DNA dari tulang usia 200 tahun
6) DNA dari tulang usia 15 tahun
A. Isolasi DNA dari tulang menggunakan metode fenol kloroform
B. Isolasi DNA dari tulang menggunakan metode proteinase-K

a) Jika gambar di atas merupakan hasil isolasi DNA dari Homo sapiens,
jelaskan perbedaan kualitas DNA yang dihasilkan berdasarkan data di
atas!
b) Jelaskan perbedaan prinsip kerja dari kedua metode di atas!
c) Jelaskan apakah DNA hasil dari isolasi menggunakan metode di atas dapat
digunakan untuk analisis biologi molekuler selanjutnya!

Halaman 3 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022
Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

4. Perhatikan gambar hasil gel elektroforesis berikut!

A. Gambar hasil isolasi RNA menggunakan TRizol

(https://www.thermofisher.com/document-
connect/document-
connect.html?url=https%3A%2F%2Fassets.thermo
fisher.com%2FTFS-
Assets%2FLSG%2Fmanuals%2FMAN0016385_T
RIzol_Reagent_DNA_Isol_UG.pdf )
B. Gambar hasil isolasi RNA menggunakan EZ-
RNA II (https://geneflow.co.uk/product_pdfs/K1-
0122%20-%20Protocols%20-%2020-410-100.pdf )

a) Jika gambar di atas merupakan hasil isolasi RNA jaringan endometrium,

jelaskan perbedaan kualitas RNA yang dihasilkan berdasarkan data di
atas!
b) Jelaskan perbedaan prinsip kerja dari kedua metode di atas!
c) Jelaskan apakah RNA hasil dari isolasi menggunakan metode di atas dapat
digunakan untuk analisis biologi molekuler selanjutnya!

Halaman 4 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022
Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

5. Perhatikan gambar berikut!

Keterangan: 1-8 adalah metode isolasi RNA SARS-CoV-2, 1 & 2 menggunakan kit
QIAamp Viral RNA Mini kit (https://www.qiagen.com/us/products/diagnostics-and-
clinical-research/sample-processing/qiaamp-viral-rna-kits/ ) dengan sampel 1 adalah
RNA virus dari hasil swab dan sampel 2 adalah RNA virus dari saliva. Sementara itu,
nomor 6 adalah RNA virus dari saliva yang diisolasi menggunakan metode pemanasan
di suhu 95oC selama 10 menit. Sumber: Mahendra dkk. 2021

a) Jika nilai Ct kecil menunjukkan jumlah RNA virus paling banyak dibandingkan
dengan Ct besar, jelaskan perbedaan kualitas RNA yang dihasilkan berdasarkan
data antara sampel 2 dan 6!
b) Jelaskan perbedaan prinsip kerja dari kedua metode di atas!
c) Jelaskan apakah RNA hasil dari isolasi menggunakan metode di atas dapat
digunakan untuk analisis biologi molekuler selanjutnya!

Daftar Pustaka
Mahendra C, Kaisar MMM, Vasandani SR, Surja SS, Tjoa E, Chriestya F, Junusmin KI,
Widowati TA, Irwanto A and Ali S (2021) Wide Application of Minimally Processed
Saliva on Multiple RT-qPCR Kits for SARS-CoV-2 Detection in Indonesia. Front. Cell.
Infect. Microbiol. 11:691538. doi: 10.3389/fcimb.2021.691538

Halaman 5 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022
Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler: Dasar Teknik Isolasi DNA & RNA

Halaman 6 dari 6
Praktikum Biologi Molekuler ATA 2021/2022