UAS NANOBIOLOGI

Nama: Marcella Syahputri

NPM: 2117021112
Kelas: Biologi C

1. Jelaskan prinsip kerja alat :

a) Real Time PCR : prinsip kerjanya dengan mendeteksi fluoresensi yang diproduksi oleh
molekul yang meningkat sejalan dengan berlangsungnya proses PCR (UPT Lab Terpadu.
Universitas Diponegoro)
b) NGS : ada 3 tahap dalam pengerjaan yaitu library preparation (fragmen acak dari genom,
diligasi dengan adapter yang sesuai), amplifikasi library, dan sekuensing dengan menggunakan
pendekatan yang berbeda (Gupta & Verma, 2019)
c) HPLC : pemisahan komponen analit berdasarkan kepolarannya, setiap campuran yang keluar
akan terdeteksi dengan detektor dan direkam dalam bentuk kromatogram (Farmasi Industri)
d) GC-MS/MA : sampel cairan di injeksi kedalam injektor kemudian diuapkan
(digilab.polban.ac.id)

2. Jelaskan proses analisis menggunakan alat :

a) Real Time PCR : menggunakan enzim Reverse Transcriptase secara langsung pada waktu
yang bersamaan (Kurniawati., 2019).
b) NGS : terdiri dari base calling (identifikasi basa nukleotida), read alignment (pemetaan read
terhadap referensi sekuens DNA), identifikasi kelainan genetik seperti varian SNV dan indel serta
anotasi. Anotasi itu untuk mengetahui apakah varian yang terdeteksi bermakna secara klinis atau
tudak (Faisal dkk., 2020).
c) HPLC : kolom HPLC disiapkan lalu ditempatkan dalam wadah sampel dalam instrumen,
perangkat dimulai dan metode analitik dipilih dalam waktu sekitar 10-15 menit. sampel yang
telah di vortex diinjeksi ke dalam alat HPLC kemudian diukur absorbansinya pada panjang
gelombang 227 nm dan 281 nm, dan disiapkan kromatogram yang kemudian dianalisis hingga
sampel yang dihasilkan ditemukan mengandung capcaisin (Kusuma, 2016).
d) GC-MS/MS : ada beberapa tahapan seperti menyiapkan sampel yang akan dianalisis,
pengaturan kondisi dan analisis data pada sampel. sensor akan mengidentifikasi secara otomatis
elemen-elemen yang terpisah serta memproduksi tanda yang tercatat pada saat GC dipisahkan
(Benu, 2020).

3. Bagaimana melakukan perbanyakan sekuen DNA yang diinginkan berdasarkan prinsip PCR
jika di laboratorium kita tidak ada alat PCR?
: bisa dilakukan dengan secara in vitro yang juga dapat dilakukan dengan metode deteksi Nested
PCR. Nested PCR ialah salah satu teknik variasi PCR yang menggunakan dua pasang primer
dengan spesifisitas yang berbeda. tahapan awal dimulai dengan mengamplifikasi untai DNA
menggunakan primer dengan spektrum yang lebih luas atau lebih panjang dari DNA target yang
bertujuan agar DNA teramplifikasi. Hasil sampel yang diperoleh akan diamplifikasi lagi
menggunakan primer yang lebih spesifik terhadap DNA. hasil yang didapatkan berupa primer
kedua yang akan mengamplifikasi sekuen internal dari sekuen sampel primer pertama sehingga
untai DNA yang didapatkan sangat spesifik, akurat dan sesuai dengan DNA sampel yang
diinginkan.

Referensi
https://labterpadu.undip.ac.id/blog/2017/09/07/pelatihan-real-time-pcr-qpcr/#:~:text=Real
%20time%20PCR%20adalah%20teknik,PCR%20pada%20tiap%20siklus%20amplifikasi.

https://farmasiindustri.com/industri/prinsip-dan-cara-kerja-hplc.html

https://digilib.polban.ac.id/files/disk1/81/jbptppolban-gdl-irenawidel-4043-3-bab2--4.pdf

Benu, M. M. M., Adutae, A. S., & Mukkun, L. (2020). Dampak Residu Pestisida Terhadap
Keanekaragaman Jamur Tanah pada Lahan Sayuran. Jurnal Ilmu Tanah dan Lingkungan. 22(2): 80-
88.

Faisal, H. K. P., Zaini, J., dan Yunus, F. 2020. Next-Generation Sequencing pada Kanker Paru.
eJournal Kedokteran Indonesia.

Gupta, N., & Verma, V. K. (2019). Next-Generation Sequencing and Its Application: Empowering in
Public Health Beyond Reality. In P. K. Arora (Ed.), Microbal Technology for the Welfare d Society
(pp. 313-341). Singapore: Springer Singapore.

Kurniawati, M. D., Sumaryan, S., dan Hayati, I. N. 2019. Aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR)
Konvensional dan Real Time-PCR untuk Deteksi Virus VNM (Viral Nervous Necrosis) pada Ikan
Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus). Techno-Fish. 3(1) :19-30.

Kusuma, A. S. W., dan Raisa M. 2016. Penggunaan Instrumen High-Performance Liquid

Chromatography sebagai Metode Penentuan Kadar Kapsaisin pada Bumbu Masak Kemasan
"Bumbu Marinade Ayam Special" Merek Sasa. Jurnal Farmaka. 14(2): 41-46.