NGS merupakan metode sekuensing yang dikembangkan setelah metode Sanger dengan

tujuan untuk deep, high-throughput, dan dapat paralel dalam pengerjaan sekuensing.

Penggunaan NGS ini, memungkinkan untuk peneliti melakukan sekuensing jutaan hingga
milyaran nukleotida DNA dalam satu kali pengerjaan.
Terdapat tiga tahapan umum dalam pengerjaan NGS, yaitu library preparation (fragmen
acak dari genom, diligasi dengan adapter yang sesuai), amplifikasi library, dan sekuensing
dengan menggunakan pendekatan yang berbeda (Gupta & Verma, 2019).  Aplikasi NGS
pada masa sekarang telah banyak digunakan, di antaranya untuk penelitian bidang
kesehatan dan diagnostik, deteksi variasi, whole-exome sequencing (WES), RNA-seq,
epigenetik serta whole genome sequencing (WGS).

“OMICS” Techniques – Applications and Future Perspectives

a. Marine Genomics merupakan disiplin ilmu yang melibatkan penerapan berbagai pendekatan
genomik yang bertujuan untuk membantu dalam mempelajari lebih lanjut organisme di laut
pada tingkat molekuler.
b. Saat ini “Genomics Era" telah terbentuk dan berkembang seiring dengan munculnya
teknologi high-throughput sequencing yang dapat menangani genom kompleks dalam skala
yang besar.
c. Setelah inovasi pyrosequencing muncul, maka sangat mungkin pendekatan sequencing
terkini dapat menghasilkan ribuan amplikon gen rRNA 16S dalam satu kali pengerjaan
dengan beberapa sampel sekaligus.
d. Teknologi lainnya yaitu Next‐Generation Sequencing (NGS) dan Mass Spectrometry (MS),
mengalami perkembangan pesat sehingga dapat mempermudah dan mempercepat dalam
memahami fungsi biomolekul melalui studi bioinformatika.
e. Selanjutnya akan dijelaskan berbagai pendekatan dari klasik sampai pendekatan mutakhir
yang membantu dalam studi bidang Marine Genomics.

A. Bioinformatics
a. Munculnya era "Omics" telah menghasilkan banyak dataset yang disimpan di repositori,
salah satu database software berbasis web yang dikembangkan yaitu "Community Cyber
Infrastructure for Advanced Microbial Ecology Research (CAMERA)" yang dapat menganalisis
genome sequences mikroba laut dan telah disesuaikan agar dapat berjalan pada sistem
komputasi kinerja tinggi.
b. Terdapat juga alat untuk menganalisis data metagenome menggunakan BLASTN, yaitu
Integrated Microbial Genome/Microbiome (IMG / M) yang digunakan untuk mengevaluasi
kemampuan fungsional berdasarkan data metagenome dengan memanfaatkan genome dan
metagenome sequences yang tersedia pada sistem Joint Genome Institute‐Integrated
Microbial Genomes.
c. Ukuran genom mikroba eukariotik di laut yang kompleks membuat kegiatan eksplorasi lebih
lanjut menjadi terkendala. Kemudian The Marine Microbial Eukaryotic Transcriptome
Sequencing Project (MMETSP) membuat anotasi dan menyimpan data transcriptomes
eukariota mikroba laut pada repositori dan secara otomatis disimpan melalui CAMERA.
d. The Marine Metagenomics Portal (MMP) mewakili tiga tingkatan database sequences
1) "MarRef": untuk genom prokariotik laut yang sepenuhnya diurutkan.
2) "MarDb": berisi genom prokariotik laut yang lengkap dan belum selesai.
 3) "MarCat": katalog protein untuk gen dan protein laut yang dapat dikultivasi dan tidak
dapat dikultivasi yang berasal dari sampel metagenomik.
e. Sebuah database terintegrasi bernama "Bioinformatics tools for Marine and Freshwater
Genomics (BiMFG) dikembangkan sebagai suatu analisis komparatif dengan mencari dan
menyelaraskan sequences referensi pada database ini yang paling mirip dengan sequences
spesies laut. Keuntungan dari BiMFG adalah sequences yang memiliki kesamaan rendah juga
dapat dianalisis.
f. Ribosomal Database Project (RDP 11.1) memiliki sequences gen bakteri dan Archaeal rRNA
16S yang langsung diisolasi dari sampel laut. Kita dapat menganalisis urutan RNA
menggunakan berbagai alat di browser RDP.
g. "MG-Rast" adalah alat anotasi otomatis yang membantu dalam anotasi fragmen sequence
melalui klasifikasi filogenetik.
h. "Orphelia" digunakan untuk mengidentifikasi filogeni yang tidak diketahui dari sequences
metagenomik.
i. "MetaBioME", adalah database Commercially Useful Enzymes (CUEs) yang mengidentifikasi
CUEs baru dari dataset genom dan metagenomik bakteri menggunakan pendekatan
komputasi berbasis homologi.
j. "JANE" membantu dalam analisis cepat pemetaan sequences variabel prokariotik yang
dibaca dari sequence DNA atau Expressed Sequence Tags (ESTs) menggunakan genom terkait
sebagai template untuk menyelaraskan semua ESTs.
k. "WebCARMA" adalah alat khusus yang digunakan untuk klasifikasi taksonomi dan fungsional
dari pembacaan ultra-short yang dibongkar (35 bp).
l. "MEGAN" adalah toolbox yang komprehensif untuk menganalisis data metagenomik secara
interaktif dalam satu aplikasi yang memungkinkan analisis komparatif data visual dan
statistik metagenomes. Kelemahan utama adalah tidak ada sequences referensi dan genom.
Oleh karena itu, alat baru perlu dikembangkan dalam membantu analisis metagenomik
mikrobiota laut berbasis sequences.

B. Genomics
a. Menemukan taksa baru terkadang sering bias dan terbatas karena ketidakmampuan untuk
berkultivasi, hal ini dapat diatasi oleh pendekatan berbasis molekuler seperti amplifikasi PCR
gen RNA ribosom 16S / 18S, kloning dan Sanger sequencing. Ada beberapa portal data online
untuk analisis data genom laut seperti "Metazome" "Compagen" dan "OIST Genomic
Projects".
b. Sebuah situs web bernama "Reefgenomics" dapat memuat sequences suatu organisme
untuk mengeksplorasi genomik yang tersedia dengan menggunakan BLAST untuk
mencarinya.
c. Teknologi pengeditan genom telah bermunculan dalam mengidentifikasi fungsi spesifik gen.
"Transcription activator-like effector nucleases (TALENs)", teknologi pengeditan genom,
terdiri dari 34 pengulangan asam amino dan memiliki dua domain, di mana satu akan
mengikat DNA sedangkan yang lain bertindak sebagai nuklease pembelahan DNA nonspesifik
(Cermak et al., 2011). Zinc finger nucleases (ZFN) dapat digunakan untuk membuat istirahat
double‐stranded, dimana sel itu sendiri memulai proses perbaikan DNA dengan rekombinasi
homolog dan non‐homologous end joining (NHEJ).
d. Teknologi lainnya adalah Cas9 / CRISPR system yang menggunakan small chimeric guide RNA
(sgRNA) yang komplemen terhadap situs target spesifik di domain 5'end dan Cas9
endonuklease yang akan mengikat 3' struktur sekunder. TALEN dapat mentolerir tingkat
ketidakcocokan sequences yang besar dibandingkan dengan sistem CRISPR / Cas 9.
e. Efek off-target, keterbatasan utama dalam sistem CRISPR / Cas 9 telah diatasi dengan
menggunakan dua RNA guide CRISPR yang mengikat berlawanan dengan untai DNA
dikombinasikan dengan enzim Cas9 yang dimodifikasi yang berfungsi sebagai nickase.
f. "Morpholino oligonucleotides (MOs)", alat knockdown antisense yang paling banyak
digunakan dalam organisme
g. "Zebrafish", termasuk pemblokiran splice dan pemblokiran translasi. Untuk mengidentifikasi
kualitas dan kuantitas transkrip baru dan untuk merobohkan mRNA tipe liar, RT-PCR
digunakan.
h. "morpholinos" memiliki peran penting dan telah terbukti menjadi alat yang layak dan
berguna untuk menganalisis fungsi gen selama embrio dan perkembangan larva.

C. Metabolomics
a. Metabolit laut yang terdokumentasi dengan baik adalah sekitar 22.000 dan profil metabolit
telah diselingi dengan lapisan "omics" lainnya sehingga membantu dalam memahami proses
biologis yang berbeda, interaksi antara organisme dan relung. Pembentukan metabolisme
primer, metabolisme sekunder, ekspresi genetik, dan struktur seluler menjamin
kesejahteraan dasar mereka untuk bertahan hidup.
b. Metabolomik adalah studi tentang metabolit yang diproduksi dalam suatu organisme dan
bertindak sebagai gema jalur enzimatik dan jaringan yang dikodekan dalam genom. Studi
metabolomik masih dalam tahap awal karena kurangnya basis data referensi dan
kompleksitas persiapan sampel. Keuntungannya adalah dapat mengarah pada
pengembangan hipotesis karena penemuan hubungan yang tidak terduga dan respons
metabolit.
c. Investigasi komprehensif yang sama akan memberikan solusi yang layak untuk kompleksitas
dan dinamika spesies sentinel yang terhambat. Selain itu, laboratorium yang menjalani
penelitian metabolomik tidak memiliki kolaborasi interdisipliner untuk melanjutkan studi
lebih lanjut dalam menganalisis metabolit sehubungan dengan proses komersialisasi. Risiko
besar yang terkait dengan ketergantungan penuh pada data yang dikompilasi ini adalah
untuk mengatasi dampak yang terkait dengan isu-isu di atas yang akan memberikan masa
depan yang menjanjikan untuk bidang metabolomik laut yang menarik ini.

D. Metagenomics
a. Teknik berbasis metagenomics menunjukkan pilihan yang menarik yang membantu
mendapatkan visibilitas yang tidak bias dari struktur komunitas genom mikroba dalam ceruk.
Investigasi DNA metagenomik laut didasarkan pada teknologi sekuensing senapan
menggunakan geser acak DNA, sekuensing dan rekonstruksi ke dalam urutan konsensus
dengan menggunakan metode Sanger dideoxy, yang menghasilkan panjang baca mulai dari
600 hingga 900 bp panjang diperpanjang melalui seluruh klon fosmid.
b. Ekspedisi Sorcerer II Global Ocean Sampling (GOS) telah sangat berkontribusi pada
metagenomik dan telah menghasilkan metagenome senapan terbesar hingga saat ini.
Berdasarkan gen rRNA 16S (Ribosomal Database Project II Classifier), bakteri air laut
permukaan yang hidup bebas disederhanakan dan dibandingkan dengan bakteri berbudaya
dari habitat lain untuk tujuan taksonomi.
c. Roche 454, yang merupakan platform NGS komersial pertama, memiliki banyak keunggulan
dibandingkan platform lain seperti kecepatan dan panjang baca yang lebih tinggi, karena
biaya reagen.
d. Platform NGS lain yang disebut "Solexa", yang kemudian diakuisisi oleh Illumina,
menggunakan slide kaca padat untuk menangkap molekul dan menjembatani PCR. Illumina
 HiSeq 4000 yang baru dapat menghasilkan 2,5 miliar sel baca / Flow dengan panjang baca
maksimum 2 × 150 bp dan output 1,5 T / run dalam waktu kurang dari 5 hari.
e. "SOLiD", platform NGS komersial ke-3, menggunakan emPCR untuk memperkuat template
dan relatif ekonomis.
f. Dua platform NGS lain yang baru-baru ini diluncurkan adalah: (i) "Ion Torrent" yang
menggunakan strategi sekuensing yang mirip dengan Roche 454; (ii) "PacBio" yang
merupakan instrumen yang mampu mengurutkan molekul DNA individu secara real time,
menggunakan polimerase DNA individu yang melekat pada permukaan slide mikroskop.
g. Teknologi sekuensing akan bervariasi tergantung pada ukuran genom yang dikenakan untuk
sekuensing, misalnya; Illumina (454, 500, 800 bp); SOLiD (200–300 bp); HeliScope, SMRT:
variabel dan Genomik Lengkap (50-75 bp). Sebelumnya, gen beranotasi ini telah diambil dari
database EMBL dan GenBank.
h. Namun, database khusus baru dikembangkan untuk penyimpanan data standar untuk akses
dan interpretasi yang mudah. Salah satunya adalah Megx.net, yang mencakup sistem
informasi berbasis lokasi geografis yang memungkinkan: studi tentang biogeografi gen
tertentu di lingkungan (Geographic BLAST / Genomes Mapserver); browsing dengan
pencarian cepat; mengatur database dan fragmen metagenomik berdasarkan tanda tangan
oligonukleotida (TETRA menggunakan pola penggunaan tetranukleotida); dan dengan
analisis yang telah ditentukan sebelumnya dari genom yang dipilih. Protein juga dianotasi
dengan bantuan database seperti TIGRFAM, PFAM atau COG.
i. Database khusus yang disebut "MarCat", mewakili katalog protein sampel metagenomik
yang berasal dari laut (dapat dikultivasi dan tidak dapat dikultivasi). Data urutan
metagenomik yang dikumpulkan dari ekspedisi GOS mengungkapkan sejumlah besar urutan
virus yang mewakili 3% dari total protein yang diprediksi (155K); ini mengungkapkan bahwa
hanya satu bakteriofag yang sangat melimpah dan terkait erat dengan cyanomyovirus P-
SSM4.
j. Dataset metagenomik virus laut bernama "Pacific Ocean Virus (POV)" Protein Clusters telah
dikembangkan untuk menyimpan kelompok protein yang terkait dengan virus ini. Meskipun
data yang dihasilkan telah meningkat secara eksponensial, alat-alat ini tidak cukup untuk
menganalisis data urutan yang tersedia yang selanjutnya dapat memberikan dimensi baru
pada Metagenomics.

E. Nutrigenomics
a. Nutrigenomics adalah cabang ilmu baru yang berkaitan dengan studi tentang penerapan alat
genomik throughput tinggi dalam penelitian nutrisi. Dengan meningkatnya perubahan gaya
hidup dan kebiasaan makanan, orang menjadi lebih rentan terhadap penyakit dari hari ke
hari. Bidang nutrigenomik memainkan peran penting untuk membuka nutrisi pada ekspresi
gen dengan pendekatan interdisipliner seperti bioinformatika, biologi molekuler, nutrisi,
genomik, epidemiologi, dan kedokteran molekuler, yang mencakup interaksi yang diketahui
antara makanan dan gen yang diwariskan yang disebut "kesalahan metabolisme bawaan"
b. Sumber laut mengandung senyawa bioaktif dengan nilai nutraceutical tinggi seperti asam
lemak omega-3, chitosan, hidrolisat protein ikan, karotenoid, taurin dan kolagen. Meskipun
mikroalga laut adalah produsen utama asam lemak omega 3 esensial, asam
eicosapentaenoic (EPA) dan asam docosahexaenoic (DHA), karena mereka terlibat dalam
pengaturan fluiditas membran dan fungsi membran tilakoid, produksi komersial dari ini tidak
ekonomis dan dengan demikian ikan dan produk makanan laut adalah sumber utama
omega-3 (n-3) asam lemak tak jenuh ganda rantai panjang (n 3 LC-PUFA) untuk konsumsi
manusia. Asupan tinggi asam lemak tak jenuh ganda ω-3 laut (ω-3 PUFA; termasuk asam
 eicosapentaenoic, asam docosahexaenoic dan asam docosapentaenoic) memiliki aksi anti-
neoplastik dalam sel manusia. Hidrolisat protein diperoleh dari sumber laut, yang disiapkan
di bawah pH dan suhu terkontrol dengan proses enzimatik, memiliki manfaat gizi utama dan
memiliki peran penting sebagai bahan fungsional dalam industri makanan. Mereka
menunjukkan aktivitas biologis yang kuat seperti anti-hipertensi, anti-oksidan, anti-mikroba,
efek imunomodulator dan anti kanker, dll. Sifat fisik dan kimia peptida, asam organik, amina,
steroid, dll., Dianalisis oleh dua platform analitis; Sistem berbasis MS dan NMR, yang kadang-
kadang dikombinasikan dengan teknik lain seperti LC-NMR, GC-MS, LC-MS dan CE-MS. MS
percobaan dapat dianalisis untuk ion pada resolusi tinggi dengan Q-TOF (Q-quadrupole), TOF
TOF (Time-of-flight), atau LTQ Orbitrap yang membantu memberikan wawasan struktural.
Mikroalga kaya akan PUFA bersama dengan pigmen karotenoid dan klorofil.
c. Sea Squirts (Halocynthia roretzi) mengandung karotenoid seperti halocynthiaxanthin,
alloxanthin dan diatoxanthin. Karotenoid ini menekan ekspresi lps-induced dan IL-6 mRNA,
dan protein dengan demikian memainkan peran penting dalam sitokin dan penyakit
inflamasi kronis. Telah dilaporkan bahwa asam butirat amino γ (GABA) yang mengandung
jamur (ragi) adalah bahan yang sehat dan bergizi. Dengan bantuan transkripmik baru yaitu,
Illumina Sequencing-Next Generation Sequencing (NGS) dari jaringan yang berbeda, profil
transcriptomic berkaitan dengan aspek gizi dapat dilakukan. Bersama-sama, dengan
berbagai tes dan pemutaran berbasis bio, perubahan fisiologis dan metabolik dapat
dianalisis. Sebagian besar, gen ini terkait dengan metabolisme protein, apoptosis dan fungsi
imunogenik, sintesis protein, dan stres.
d. Dalam konteks paparan kronis, sebagian besar nutrisi menunjukkan sinyal makanan yang
buruk dan dapat ditelusuri untuk mengidentifikasi kekurangan gizi pada manusia.

F. Proteomics
a. Proteomik menggambarkan studi proteome lengkap yang dikodekan oleh genom. Proteomik
dimulai dengan penemuan elektroforesis gel poliakrilamida dua dimensi yang sangat sensitif
(2D-PAGE), dan memungkinkan visualisasi konsentrasi protein yang berubah dalam suatu
organisme ketika terkena kondisi lingkungan yang berbeda. Proteomik menjembatani
kesenjangan antara variabilitas genotipik dan fenotipik; ini memiliki aplikasi yang beragam
dalam biologi kelautan. dapat memberikan informasi fungsional mengenai jalur biosintesis
dan seberapa baik produk laut baru terbentuk, dan dapat digunakan untuk tujuan komersial.
b. Taktik proteomik telah secara luas diklasifikasikan sebagai bottom up, middle-down, dan top
down, yang digunakan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi protein-peptida.
Shotgun atau penemuan atau proteomik bottom-up pada awalnya mengalami proteolisis;
fragmen peptida yang dihasilkan kemudian dianalisis oleh LC-MS / MS, dengan
menggunakan resolusi tinggi ion-trap quadrupole time-of flight (Q-TOF), atau perangkap ion
hibrida / spektrometer massa Orbitrap.
c. Dalam pendekatan atas ke bawah protein secara langsung diperkenalkan ke fragmentasi
fase gas untuk analisis MS, dengan memisahkan protein utuh dengan quadrupole perangkap
linier, sedangkan pada proteomik tengah ke bawah, protokol pembelahan protein terbatas
digunakan untuk menghasilkan fragmen peptida panjang. Dua teknik ionisasi terutama
digunakan dalam proteomik: metode ionisasi lunak ionisasi nano-elektrospray (ESI) dan
ionisasi desorpsi laser berbantuan matriks (MALDI).
d. Sumber ionisasi ini membuat analisis protein mudah dengan langsung menundukkan
jaringan menggunakan spektrometer massa ionisasi tekanan atmosfer. Penganalisis massa
dikategorikan ke dalam pemindaian dan penganalisis sinar ion (quadrupole, TOF) dan analisis
perangkap (perangkap ion, orbitrap, Siklotron ion transformasi Fourier [FT-ICR]). Penelitian
 tentang proteomik mikroba terutama difokuskan pada organisme model yang seluruh
urutan genom sudah tersedia. Proteome Pseudoalteromonas sp. telah dianalisis untuk
produksi senyawa bioaktif mereka. Beberapa cacing tabung simbion laut dalam
(Riftiapachyptila) yang tidak dapat dibudidayakan diperiksa menggunakan teknik visualisasi
gel yang disebutkan di atas.
e. Untuk memahami toksisitas studi proteomik dinoflagellata karena mekar alga berbahaya
(HABs), penelitian telah dilakukan dalam kondisi lingkungan yang berbeda. Teknik seperti 2-
DE diikuti oleh MALDI-TOF-MS dan LC-MS / MS digunakan untuk mengidentifikasi biomarker
untuk HABs beracun. Tabel 81.1 menjelaskan berbagai teknik proteomik dan analisis mereka
digunakan dalam organisme laut yang berbeda.
f. Studi proteomik telah digunakan untuk mendeteksi tingkat paparan polutan lingkungan dan
penyakit pada invertebrata pesisir seperti kerang, tiram dll, Proteomics memiliki aplikasi
yang luas dalam memantau keamanan makanan laut dengan mengidentifikasi tingkat
beracun protein dan logam hadir dalam populasi liar atau ikan berbudaya. Keterbatasan
utama yang dihadapi oleh studi proteomik adalah kurangnya genom beranotasi yang
tersedia dan proteomes untuk organisme laut.
g. Terlepas dari kenyataan ini, tidak ada keraguan bahwa proteomik laut berkembang pesat
dalam penelitian molekuler di mana penjelasan molekul bioaktif laut ini akan menjadi
penerima manfaat bagi kehidupan kita.

G. Sponge Genomics
a. Spons adalah salah satu bentuk kehidupan paling kuno dan primitif yang pernah ada.
Mereka berevolusi selama sekitar 600 juta tahun dan memiliki susunan genomik yang
berbeda yang dapat memberikan wawasan signifikan tentang akun evolusi genom hewan.
Hubungan simbiosis antara beberapa bentuk uniseluler didirikan oleh spons, yang
menjadikannya model yang mungkin untuk dasar evolusi dan ekologis untuk simbiosis
hewan-mikroba.
b. Sangat menarik untuk melihat kompetensi parazoan untuk mengakomodasi beragam
komunitas organisme uniseluler di jaringan mereka, yang dengannya mereka telah
berinteraksi sejak zaman purba. Pyrosequencing gen rRNA 16S dari simbion yang berbeda
mengungkapkan keragaman filogenetik mikroorganisme yang luar biasa yang meliputi
Proteobacteria, Chloroflexi, Actinobacteria, Acidobacteria, Nitrospirae dan filum
Poribacteria, dll.
c. Ini juga mengungkapkan OTA pada kesamaan urutan 97% dari OTA 2567 dari 32 spesies
spons, menunjukkan bahwa transmisi horizontal dan transfer gen horizontal tersebar luas
pada populasi mikroba padat. Temuan terbaru mengungkapkan bahwa meluasnya CRISPR di
banyak spons melindungi bakteri simbiotik dari serangan virus, mewakili saling
ketergantungan dari pasangan simbiosis.
d. Dibandingkan dengan bentuk kehidupan laut lainnya, spons produktif dalam metabolit
bioaktif (terpenoid, alkaloid, peptida, polykedites dll) produksi. Namun tantangan kritisnya
adalah skala besar atau produksi metabolit dalam jumlah besar atau signifikan untuk
eksplorasi obat. Pendekatan metagenomik, dengan analisis genomiknya, dapat
membuktikan alat yang menjanjikan untuk produksi metabolit skala besar dan terukur, yang
dapat dicapai dengan mengkloning metabolit bioaktif yang memproduksi gen dan dengan
ekspresi heterologous mereka. Fokus utama baru-baru ini adalah pada gen sintase poliketida
(PKS) dan peptida non ribosom. Sekuensing spons amphimedon queenslandica baru-baru ini
mengungkapkan adanya gen homolog yang terlibat dalam perkembangan eumetazoan dan
memberikan persepsi yang signifikan tentang asal-usul kompleksitas hewan.
e. Data tambahan dapat diperoleh dengan sekuensing masif yang melibatkan pendekatan
genom sel tunggal, pyrosequencing, FISH, dan flow cytometry yang akan mengurangi
kompleksitas metagenomik dan memberikan wawasan yang berguna tentang filogenetik dan
evolusi.

H. Transcriptomics
a. Transcriptomics adalah bidang yang muncul dalam genomik fungsional yang bertujuan untuk
mengukur molekul mRNA. Analisis kuantitatif ekspresi gen dapat dilakukan dalam kondisi
eksperimental tertentu, yang berfungsi dalam jalur metabolisme yang sama, menunjukkan
pola ekspresi yang sama dalam profil transkripsi. Untuk mengukur, beberapa metode seperti
Quantitative Real-Time Reverse Transcription PCR (qRT-PCR), Serial Analysis of Gene
Expression (SAGE) dan microarrays digunakan.
b. Kuantitatif real-time RT-PCR digunakan untuk mendeteksi dan mengukur kelimpahan rendah
81,9 Transcriptomic 1883 mRNA yang ditranskripsi menjadi cDNA menggunakan reverse
transcriptase. CDNA yang membawa gen yang menarik diperkuat menggunakan primer
khusus gen dan dipantau menggunakan pewarna fluorescent. Analisis Serial Ekspresi Gen
(SAGE), metode throughput tinggi untuk analisis kuantitatif mRNA berdasarkan tag
sekuensing, termasuk cDNA disintesis menggunakan biotinylated oligo (dT) primer yang
pada gilirannya mengikat ekor poli-A pada 5'end dari mRNA. CDNA beruntai ganda yang
terbentuk akan terikat pada manik-manik streptavidin di wilayah primer dan setelah itu akan
dibelah dengan enzim pembatasan untuk mendapatkan fragmen kecil. Tingginya jumlah
sumber poly-A RNA menjadi keterbatasan, menyebabkan pengembangan protokol
MicroSAGE yang dimodifikasi yang hanya membutuhkan 1 ng RNA.
c. Pendekatan transkripmik shotgun banyak digunakan untuk mendapatkan cakupan transkrip
lengkap yang tinggi. Metode throughput tinggi diterapkan alih-alih metode sekuensing
Sanger konvensional, sehingga urutan pembacaan yang dihasilkan dapat dipetakan dan
dianalisis secara kuantitatif. Microarrays telah membuat perubahan drastis dalam studi
genomik karena kapasitas mereka untuk menganalisis sejumlah besar sampel pada suatu
waktu.
d. Molekul DNA dengan urutan nukleotida yang ditentukan melekat pada permukaan
pendukung padat, biasanya kaca. CDNA diberi label dengan penanda neon yang
memungkinkan kuantifikasi sejumlah salinan DNA. Dengan hibridisasi paralel, yang berlabel
ini hibridisasi dengan rekan-rekan mereka yang beruntai tunggal di permukaan microarray
dan diukur dengan detektor. Berbagai perusahaan secara komersial membuat microarray
menggunakan teknologi ink jet dan proses fotolitik.
e. Teknologi microarray belum dipopulerkan dengan baik dalam biologi kelautan, dan generasi
microarray khusus lumba-lumba pertama adalah kemajuan besar di bidang ini. Karena
kompleksitas organisme lain, teknologi microarray genom masih terbatas dalam menafsirkan
hasilnya. RNA Seq menggabungkan sekuensing throughput tinggi dengan metode komputasi
untuk mengukur transkrip yang ada dalam sampel RNA dan termasuk memecah
transkripome menjadi fragmen pendek, dengan demikian menyelaraskan bacaan ke genom
referensi dengan alat komputasi (Wang et al., 2009). Sekuensing RNA telah berkembang
pesat dengan teknologi sekuensing throughput tinggi dan menyalip microarrays sebagai
metode transkripmik dominan dalam beberapa tahun terakhir (Su et al., 2014).
Transkripome sel tunggal telah mulai muncul di bidang kelautan di mana transkrip sel
individu langsung diinterogasi dalam jaringan tetap.
f. Studi Transcriptomics telah membantu meningkatkan pengetahuan antara sumber dan jalur
biokimia yang menghasilkan senyawa berkaitan dengan kondisi lingkungan. Saxitoxin
 (neurotoksin kuat) mempengaruhi fungsi saluran natrium; ini dianggap awalnya dikodekan
dan diproduksi oleh bakteri yang terkait dengan dinoflagellata dalam genus Alexandrium.
Namun, dengan mengidentifikasi pola transkripsi telah ditemukan bahwa genom nuklir dari
dinoflagellata ini juga berkontribusi peran utama.
g. Investigasi transkripomik telah menemukan banyak faktor yang melibatkan invasi inang,
sitotoksik, metabolisme, virulensi dan imunosupresi, dll., Dalam protista laut. Transkriptom
kantung mutiara pinctada maxima dan pinctada margaritifera diurutkan untuk mempelajari
pola ekspresi gen biomineralisasi moluska. Ditemukan bahwa jaringan mantel donor
terutama bertanggung jawab atas ekspresi gen-gen ini di kantung mutiara.
h. Transcriptomes hanya mengambil gen yang diekspresikan pada saat pengambilan sampel
dan karenanya tidak dapat menentukan semua fitur genetik dari organisme individu. Hal ini
dapat diselesaikan sampai batas tertentu dengan melakukan beberapa analisis transkripmik
dari spesies dalam kondisi lingkungan yang berbeda. Sebagian besar spesies belum dapat
dikultur dalam kondisi in vitro dan dengan demikian tidak tersedia untuk sekuensing
transcriptome.
i. Solusi parsial melibatkan pengambilan sampel langsung dari lingkungan; masalahnya masih
mencakup anotasi banyak gen, yang bahkan belum ditugaskan ke takson tertentu. Akhirnya,
keterbatasan yang dihadapi dalam sebagian besar studi transkripmik terkait dengan
penggunaan RNA dalam sampel kompleks ini, yang pada gilirannya menghambat interpretasi
data. Sebagian besar sampel lingkungan terdiversifikasi di alam dan memiliki tingkat
kompleksitas lingkungan yang tinggi yang membuatnya sulit dalam analisis transkripmik
keseluruhan.

I. Fish Genomics
a. Kemajuan besar telah dibuat dalam penelitian genom, sejak selesainya Proyek Genom
Manusia yang mencakup genomik beberapa ikan yang dibudidayakan. Takifugu rubripes,
yang disebut sebagai "fugu" adalah vertebrata laut pertama yang disarankan sebagai model
genomik dan terdiri dari genom vertebrata yang jauh lebih kecil dari 400 Mb, sekitar delapan
kali lebih kecil dari genom manusia yang membuatnya hemat biaya untuk mengakses satu
set gen besar. Sekuensing genom fugu, menggambarkan kekuatan genomik komparatif
orthologs vertebrata seperti ortolog manusia penyakit Huntington dan gen fugu. Namun,
ada pembatasan menggunakan fugu sebagai organisme model, karena memiliki dosis
tetradotoxin yang tinggi yang tunduk pada undang-undang impor terbatas yang menyajikan
masalah praktis untuk analisis genomik.
b. Tetraodon nigroviridis, puffer air tawar berbintik hijau yang terdiri dari fugu superseded
genom kompak, dengan mengurangi pembatasan. Urutan gen acak (30%) diambil sampelnya
dari genomnya untuk mengidentifikasi daerah yang dilestarikan dalam DNA genom manusia
dengan mengembangkan "Exofish", alat berdasarkan keberpihakan urutan ledakan. Namun,
fugu dan tetraodon hanya akan digunakan sebagai model untuk perbandingan silico yang
membantu dalam prediksi gen dan identifikasi motif peraturan non-coding yang dilestarikan.
c. Ikan zebra, dengan ukuran genom (1700 Mb) sepertiga dari genom manusia, yang dapat
dengan mudah dibiakkan dan dimanipulasi dibandingkan dengan fugu dan tetraodon, lazim
dalam studi genom fungsional komparatif medis. Sejak awal abad terakhir, model ikan lain
juga telah digunakan dalam studi vertebrata yang disebut Medaka (Oryza latipes), yang
memiliki kesamaan karakteristik dengan ikan zebra, dan atribut beberapa strain inbrida
subur; ia memiliki sel induk embrionik yang cukup stabil untuk manipulasi genetik. Medaka
memiliki DMY, lokus genetik tunggal yang bertanggung jawab atas penentuan jenis kelamin
 (Matsuda et al., 2002; Nanda et al., 2002) dan telah banyak digunakan dalam memahami
genetika tumor, tetapi saat ini digunakan khusus untuk studi mutagenesis sel germinal.
d. Alat untuk pemetaan ikan dan sekuensing genomik (Tabel 81.2) relatif spesifik sebagai
berikut
1. Konstruksi dan sekuensing perpustakaan EST adalah cara mudah untuk menghasilkan
data gen dari spesies apa pun.
2. BACs adalah perpustakaan insert besar yang dapat menawarkan data tentang hubungan
jarak pendek dan bertindak sebagai alat genomik untuk mengkloning urutan minat yang
secara progresif digunakan untuk spesies ikan seperti bream laut merah, trout pelangi,
ikan mas, tiliapia dan medaka.
3. Peta linkage, kerangka referensi yang nyaman untuk studi sekuensing memberikan alat
konstruktif untuk kloning posisi gen dan analisis sifat-sifat kompleks (Clark, 2003).
4. Teknologi microarray diharapkan dapat memberikan wawasan yang signifikan tentang
biokimia dan fisiologi ikan (Clark, 2003). Genom mitokondria saat ini prospektif untuk
digunakan sebagai alat yang berharga untuk analisis genetik hylogenetik dan populasi
pada vertebrata dan ikan.
5. "ShrimpGPAT" adalah database yang mudah diakses yang berfungsi sebagai alat anotasi
gen dan protein mengenai pemahaman udang.
6. "FISH-BOL" akan dapat bertindak sebagai ukuran sistem yang murah, cepat dan akurat
untuk identifikasi molekuler ichthyofauna dunia.

Penanda genetik baru dan generasi katalog besar EST sedang dikembangkan untuk
pemetaan yang lebih baik dan aplikasi genomik fungsional. Ciri-ciri seperti keterlambatan
pematangan seksual, dan produksi metabolit dengan manipulasi genomik akan
meningkatkan dan mempertahankan kepentingan ekonominya.