Makalah Bioteknolgi Molekul

ANALISIS KOMUNITAS DAN SPESIES MIKROBA DENGAN

TEKNIK MOLEKULAR BERBASIS SEQUEN 16S RNA

Di susun Oleh

SULFI H031 18 1025

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2021
 Kata Pengantar

Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa yang telah

memberikan rahmat dan karunia-Nya hingga terselesaikannya makalah tentang

Analisis Komunitas Dan Spesies Mikroba Dengan Teknik Molekular Berbasis

Sequen 16S RNA.

Penyusun mengucapkan terima kasih terutama kepada dosen pembimbing

yang telah mengarahkan dan membimbing penyusunan dalam menyelesaikan

makalah ini, serta terimakasih kepada teman-teman yang telah membantu.

Semoga makalah ini dapat menambah pengetahuan tentang Analisis

Komunitas Dan Spesies Mikroba Dengan Teknik Molekular Berbasis Sequen

16S RNA. Kami menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari sempurna. Maka

dari itu, kami mengharapkan saran- saran untuk penyempurnaan makalah ini.

                                                                                         

Makassar, 21 November 2021

Penyusun

                                                 
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Saat ini dikembangkan metode identifikasi berbasis molekular yanglebih

cepat dengan tingkat sensitivitas dan spesifitas yang tinggi, yaitu dengan

sekuensing 16S rRNA. Gen 16S rRNA juga sering disebut sebagai 16S rDNA.

Namun menurut konsensus dari American society for microbiology (ASM),

istilah 16S rRNA dinilai lebih tepat.

Identifikasi bakteri secara molekular saat ini banyak dipilih oleh para

peneliti diberbagai bidang terkait berbagai keuntungan dan kemudahan yang

ditawarkannya. Salah satu metode identifikasi bakteri yang paling umum

digunakan adalah dengan menggunakan penanda gen 16S rRNA. Panjang urutan

gen 16S rRNA adalah sekitar 1.550 bp dan terdiri dari daerah yang dilestarikan

(conserved regions). Beberapa keuntungan dalam identifikasi menggunakan 16S

rRNA adalah dapat mengidentifikasi bakteri yang tidak dapat dikultur, memiliki

tingkat akurasi yang tinggi, waktu yang dibutuhkan relatif cepat, dan lain-lain.

Disamping berbagai kelebihannya, ternyata metode ini juga memiliki beberapa

kekurangan diantaranya tidak sesuai digunakan untuk spesies tertentu. Langkah

identifikasi bakteri menggunakan 16S rRNA secara umum adalah ekstraksi DNA,

amplifikasi daerah 16S menggunakan PCR, visualisasi gen menggunakan

elektrofesis, sekuensing, dan mengolah data hasil sekuensing dengan

bioinformatika.
1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana mengetahui analisis komunitas dengan teknik berbasis sekuens

165 RNA.

2. Menganalisis spesies genus dan mikroba pada bakteri dengan metode gen

16S RNA.

1.3 Tujuan Masalah

1. Untuk mengetahui analisi komunitas dengan teknik berbasis sekuens 165

RNA

2. Mengetahui metode yang digunakan dalam analisis komunitas dengan

teknik sekuens 165RNA

 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Gen 16S RNA

16S RNA adaalah komponen dari 30S subunit kecil ribosom prokariotik.

Gen yang mengkode 16S RNA disebut sebagai 16S rDNA dan digunakan dalam

mengkontruksi filogeni, karena tingkat evolusi yang lambat dari wilayah gen ini.

Gen pengkode rRNA digunakan untuk menentukan taksonomi, filogeni

(hubungan evolusi) serta memperkirakan jarak keragaman antar spesies (rates of

species divergence) bakteri. Perbandingan sekuens rRNA dapat menunjukkan

hubungan evolusi antar organisme (Rinanda, 2011). Secara konvensional,

identifikasi bakteri di laboratorium mikrobiologi klinik dilakukan dengan

menggunakan tes fenotipe, termasuk tes fisiologi, tes Gram dan tes biokimia,

dengan sifat kultur dan karakteristik pertumbuhan.

Namun, metode identifikasi ini memiliki beberapa keterbatasan. Pertama,

organisme dengan karakteristik biokimia yang berbeda dari setiap genus dan

spesies yang diketahui kadang-kadang ditemui. Kedua, metode ini tidak dapat

digunakan untuk organisme yang tidak dapat dikultur. Ketiga, identifikasi dari

beberapa kelompok bakteri tertentu, seperti anerob dan mycobacteria, akan

membutuhkan peralatan tambahan dan keahlian khusus, yang tidak tersedia di

sebagian besar laboratorium dasar pada umumnya. Dengan menggunakan tehnik

sekuensing 16S rRNA, masalah ini dapat ditangani dengan satu teknologi, yang

juga memfasilitasi penemuan genus dan spesies baru.

2.2 Karakteristik Gen 16S RNA

 Panjang urutan gen 16S rRNA adalah sekitar 1.550 bp dan terdiri dari

daerah yang dilestarikan (conserved regions). Gen ini relatif cukup besar, dengan

polimorfisme interspesifik, untuk memperlihatkan perbedaan dan pengukuran

yang valid secara statistik. Primer universal biasanya digunakan sebagai

pelengkap ke daerah yang dilestarikan pada bagian awal gen dan di kedua wilayah

540-bp atau pada akhir urutan (sekitar wilayah 1.550 bp), dan urutan pada daerah

variabel diantaranya digunakan untuk taksonomi perbandingan (Chen, 1989).

Meskipun ukuran yang umum digunakan untuk sekuens dan membandingkan

adalah 500 dan 1.500 bp, namun urutan dalam database dapat lebih bervariasi

(Clarridge, 2004).

Urutan gen 16Sr RNA telah ditentukan untuk sejumlah besar tingkat

spesies bakteri bahkan ditingkat galur. Gen Bank, bank data terbesar untuk urutan

nukleotida, memiliki lebih dari 20 juta urutan, di mana lebih dari 90.000 adalah

gen 16S rRNA. Ini berarti bahwa ada banyak urutan sekuens disimpan untuk

dapat dibandingkan dengan sekuens galur yang belum teridentifikasi (Clarridge,

2004).

Gen 16S rRNA bersifat universal untuk bakteri, sehingga hubungan

filogeni dapat diukur antar semua spesies bakteri (Woese et al., 1985). Secara

umum, perbandingan urutan gen 16S rRNA memungkinkan diferensiasi antar

organisme di tingkat genus pada semua filum utama bakteri dengan tujuan

mengklasifikasikan galur di berbagai tingkat, termasuk dalam tingkat spesies dan

sub spesies (Clarridge, 2004).

2.3 Keunggulan Gen 16S RNA

Menurut Pangastuti (2006), gen 16S rRNA memiliki keunggulan yaitu :

 1. Bersifat ubikuitas dengan fungsinya yang bersifat identik pada setiap

organisme

2. Gen 16S rRNA dapat berubah sesuai jarak evolusinya sehingga dapat

digunakan sebagai kronometer evolusi

3. Gen 16S rRNA memiliki bagian yang bersifat konservatif untuk

mengontruksi pohon filogenetik universal

4. Memiliki bagian hyper variable region yang memudahkan untuk

mengidentifikasi jenis bakteri.

2.4 Langkah Dalam Identifikasi Dengan Metode Gen 16S RNA

Secara umum, langkah-langkah yang diperlukan dalam menganalisis

daerah 16S rRNA bakteri adalah sebagai berikut:

1. Ekstraksi DNA Bakteri

Terdapat beberapa metode ekstraksi DNA yang dapat digunakan untuk

sekuensing 16S rRNA. Pemilihan metode ekstraksi bergantung pada sumber

sampel DNA dan tingkat kemurnian yang diinginkan. Saat ini, telah banyak kit

yang tersedia di pasaran untuk mencapai hasil yang efisien dan hasil yang murni

dalam waktu singkat.

Untuk melepaskan DNA dari sel, membran sel harus dihancurkan terlebih

dahulu. Metode umum yang digunakan pada bakteri adalah dengan menggunakan

enzim lysozyme. Enzim ini memotong peptidoglikan yaitu komponen utama

dalam dinding sel bakteri. Selanjutnya, dilakukan penambahan deterjen Sodium

dodecyl sulfate (SDS) bertujuan untuk menghancurkan lapisan lemak pada

membran sel (Clark & Pazdernik, 2009).

Protein merupakan pengotor utama dalam ekstraksi DNA dari bakteri dan

dapat dirusak dengan menambahkan proteinase K. Fenol digunakan untuk

mengekstrak protein sel. Pelarut organik ini dapat mengendapkan protein tetapi

membiarkan asam nukleat (DNA dan RNA) tetap dalam larutan (Brown, 1991).

2. Amplifikasi gen 16S rRNA

DNA yang telah diekstraksi digunakan sebagai cetakan untuk

mengamplifikasi segmen sekitar 500 atau 1.500 bp dari urutan gen 16S rRNA

menggunakan Polymerase chain reaction (PCR). Primer yang umum atau primer

universal yang komplementer dengan daerah yang dilestarikan digunakan

sehingga daerah tersebut dapat diamplifikasi dari bakteri apa saja. Produk PCR

kemudian dimurnikan untuk menghilangkan kelebihan primer dan nukleotida.

3. Elektroforesis

Langkah berikutnya adalah proses visualisasi gen 16S rRNA. Gen yang

telah diamplifikasi, diseparasi dengan menggunakan elektroforesis gel. Visualisasi

dilakukan menggunakan pewarna tertentu dan dideteksi dengan sinar UV pada

UV-transiluminator (Kepel & Fatimawali, 2015). Hasil deteksi ini dapat

didokumentasikan menggunakan alat khusus yang disebut gel documentation

system (gel-doc).

4. Sekuensing DNA

Setelah kita mengetahui panjang dari basa terminal dari setiap fragmen,

urutan basa dapat ditentukan. DNA Sekuencing dapat dilakukan baik dengan

Metode Sanger atau dengan menggunakan Sequencers DNA modern. Saat ini,

ketersediaan alat di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga biasanya untuk

melakukan proses sekuensing, laboratorium/peneliti mengirimkan sampel melalui

jasa sekuensing yang terdapat di luar negeri maupun laboratorium terpilih di

Indonesia.

5. Membandingkan Hasil Sekuensing dengan Bank Data

 Hasil sekuensing kemudian digunakan untuk melakukan pencarian

kemiripan sekuen dengan database yang tersedia. Tehnik yang umum digunakan

adalah Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dengan menggunakan server

online.

Gambar 1. Tahad Identifikasi Gen 16S RNA

2.5 Contoh Aplikasi Gen 16S RNA

Judul jurnal: Identifikasi Molekuler Gen 16S RNA Isolat Bakteri

Pendegradasi Inulin dari Rizosfer Umbi Dahlia Oleh Daristiana Dewata,

Minda Azhar dan Budhi Oktavia pata tahun 2016.

Metode penelitian yang digunakan Yaitu:

A. Alat dan Bahan

Dalam penelitian ini alat yang digunakan adalah inkubator, shaker,

autoklaf, neraca analitik, pipet mikro, tabung mikro, erlenmeyer 100 mL, cawan

petri, pH meter, gelas ukur, kawat ose, freezer, penangas air, vortex, spritus,

sentrifus, Polymerase Chain Reaction (PCR), alat elektroforesis DNA.

Bahan-bahan yang dibutuhkan dalam penelitian ini adalah sampel isolat

bakteri ari rizosfer umbi dahlia yang akan diidentifikasi, DNA template, Primer

BactF1 dan UniB1. Reagen kimia yang digunakan adalah (NH4)2SO4, KH2PO4,

K2HPO4.3H2O, MgSO4. 7H2O, trisodium sitrat, agar bakto, EDTA, lisozime,

etanol, isopropanol, Tris-Cl, buffer TAE, gel agarosa, etidium bromida,

loadingdye, kitwizardGenomic DNA Purification (Promega), kit PCR (KAPA).

B. Peremajaan Isolat Bakteri

 Komposisi bahan yang digunakan dalam pembuatan 1 L media padat

adalah 2 gram (NH4)2SO4, 14 gram KH2PO4, 6 gr K2HPO4.3H2O, 0,2 gram

MgSO4.7H2O, 1 gram trisodium sitrat, 10 gram inulin, 20 gram agar bakto dan

1L aquades. Alat yang digunakan pada proses peremajaan isolat bakteri, seperti

jarum ose, cawan petris, tabung reaksi dan erlenmeyer disterilkan menggunakan

autoclav selama 20 menit.Isolat bakteri RZ-01 yang diperoleh dari laboratorium

Biokimia diremajakan di media padat. Isolat bakteri ditotolkan sebanyak 3 μL di

media padat dan didiamkan selama 18 jam. Hasil totolan kemudian di streak

sehingga terbentuk singel koloni. Singel koloni bakteri RZ-01 dimasukkan ke

dalam 10mL media cair pada erlenmeyer 50 mL dan disheker selama 24 jam

sehingga terbentuk kultur bakteri.

C. Isolasi DNA Kromosom Isolat Bakteri RZ-01

Kultur bakteri RZ-01 sebanyak 1,5 mLdisentrifugasi dengan kecepatan

12.000 rpm dengan suhu 4ºC selama 3 menit. Ekstrak bening (supernatan) yang

telah terpisah dari endapan dibuang. Endapan yang terbentuk ditambahkan 480 μL

EDTA 50 mMdan ditambahkan 120 μLlisozime 10 mg/mL kemudian diinkubasi

pada suhu 37°C selama 45 menit. Sampel disntrifugasi pada kecepatan 12.000

rpm selama 3 menit. Endapan dan supernatan dipisah. Endapaan ditambahkan

600μL NucleicLysisSolution dan diinkubasi pada suhu 80°C selama 5 menit.

Setelah dipanaskan kemudian didiamkan pada suhu ruang dan ditambahkan 3μL

RNAse. Sampel diinvert selama 2-5 detik dan diinkubasi pada suhu 37°C selama

45 menit. Simpan pada suhu ruang dan ditambahkan 200μL Protein

PrecipitationSolution. Sampel divortex pada kecepatan tinggi selama 20 detik dan

diinkubasi didalam es selama 5 menit. Sentrifugasi sampel pada kecepatan

12.000rpm selama 3 menit. Pisahkan endapan dan supernatan. Ambil supernatan

dan dimasukkamkedalam tabung mikro yang telah diisi larutan isopropanol

sebanyak 600μL. Sentrifugasi sampel pada kecepatan 12.000 rpm selama 3 menit.

Pisahkan endapan dan supernatan dengan hati-hati. Endapan yang terbentuk

ditambahkan 600μLethanol 70% dan tabung mikro dibolak-balik. Sentrifugasi

sampel pada kecepatan 12.000 rpm selama 3 menit. Supernatan dibuang dan

endapan dikeringkan, setelah kering ditambahkan 20 μLDNA

RehydrationSolution. DNA hasil isolasi disimpan pada suhu -20°C (Promega,

2016).

D. Elektroforesis DNA Kromosom Bakteri

DNA kromosom bakteri RZ-01 dielektroforesis dengan cara menyiapkan

agarosa 1%. Agarosa 1% dibuat dengan cara memanaskan 0,5 gr bubuk agarosa

dengan 50mL TAE 50x sampai mendidih. Agarosa didinginkan sampai suhu 8ºC

dan ditambahkan 1-2 μLetidium bromida. Campuran agarosa dengan editium

bromida dituangkan pada cetakan yang telah dipasangi sisir pembuat sumuran

sampel. Setelah gel mengeras dimasukkan gel beserta cetakannya

kedalamchamber dan tuangkan buffer TAE sampai gel terendam. Kemudian

dimasukkan DNA sebanyak 1μL dan larutan loadingdyesebanyak 1μLpada

masing-masing sumur. Kemudian elektroda dihubungkan dengan powersupply

dan dibiarkan menyala selama 45 menit dengan tegangan 80Volt dan kuat arus

40mA. Setelah elektroforesis selesai gel agarosa diambil dan pindahkan ke UV-

transiluminator dan hasilnya dapat diamati hasilnya(Fatchiyah,2011).

E. Amplifikasi Gen 16S rRNA dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
 Amplifikasi gen 16S rRNA menggunakan Polymerase Chain

Reaction(PCR). Komposisi larutan yang digunakan pada proses PCR adalah

sebagai berikut: 10 μL 10x DreamTaqbuffer, 1,5 μLdNTP, 1μL, MgCl2 25mM,

0,5 μL primer BactF1 (5’ AGAGTTTGATC(A/C)TGGCTCAG3’), 0,5 μL primer

UniB1 (5’GGTTAC(G/C)TTGTTACGACTT3’), sampel 0,25 μL (150ng/μL), 0,5

μLDreamTaqpolimersae. Kemudian untu mencapai volume sebanyak 50μL

ditambahkan 29,25 μL ddH2O. Untuk proses denaturasi pada metode PCR

dilakukan pada suhu 94ºC selama 3 menit. Denaturasi kedua dilakukan selama 30

detik pada suhu yang sama. Untuk proses anealing yaitu pada suhu 48ºC selama

30 detik, untuk elongasi awal pada suhu 72ºC selama 1,5 menit dan elongasiakhir

pada suhu 72ºC selama 5 menit. Demikian seterusnya sebanyak 29 kali proses.

Elektroforesis amplikon dilakukan pada gel agarosa(KAPA, 2016).

F. Elektroforesis Produk PCR

Prosedur kerja untuk elektroforesis produk PCR sama seperti

elektroforesis DNA.

G. Sequencing Gen 16S rRNA Bakteri dengan Metode Dideoxy-sanger

Dalam penelitian ini Sequencing gen 16S rRNA bakteri dengan metodadideoxy-

Sanger dilakukan dengan cara produk PCR dikirim ke 1st_Base di Singapura.

H. Analisa Hasil Sequencing data Basa Nukleotida Gen 16S rRNA Bakteri

Data hasil sequencing dikirim oleh makrogen di Korea Selatan dalam

bentuk electropherogram. Data electropherogram akan diterjemahkan menjadi

urutan basa nukleotida sampel bakteri menggunakan program DNAStar. Untuk

mengidentifikasi spesies sampel bakteri, urutan basa nukleotida yang telah

diterjemahkan dianalisa menggunakan program BasicLocalAligmentSeachTool n

(BLAST n, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Hasil BLASTn dilakukan alignment

(penjajaran) urutan gen 16S rRNA menggunakan Clustal Omega

(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/) Kemudian digunakan program

MEGA6 untuk menentukan hubungan filogenetik spesies bakteri yang

diidentifikasi dengan spesies yang telah ada.

Hasil yang didapatkan yaitu:

Pada penelitianiniisolasi DNA kromosom bakteri dilakukan sesuai metode

yang dimuat padaWizard Genomic Purification Kit by Promega(Promega, 2016).

DNA kromosombakteri RZ-01 dielektroforesisuntukmendeteksinya.

Padaelektroforesis DNA kromosombakteridigunakan 1 kb DNA Ladder

sebagaimarker DNA. Marker DNA memiliki 14 pita DNA yaitu 250 bp (base

pairs), 500 bp, 750 bp, 1000 bp, 1500 bp, 2000 bp, 2500 bp, 3000 bp, 3500 bp,

4000 bp, 5000 bp, 6000 bp, 8000 bp, dan 10000 bp yang akanterpisahpada gel

agarosasaatelektroforesis DNA. Fragmen DNA tersebutterlihatterang di

bawahsinar UV (Gambar 1).

Gambar 2: Hasil Elektroforesis DNA Kromosom Isolat Bakteri RZ-01

Hasil elektroforesis DNA menunjukkan bahwa posisi DNA kromosom isolat

bakteri RZ-01 terlihat terang di bawah sinar UV yang terletak di atas pita DNA

marker 1 kb DNA Ladderberukuran 10000 bp (Gambar 2). DNA kromosom

bakteri memiliki ukuran lebihdari 10000 bp (Nakabachi, et al., 2008).

Berdasarkan hasil pengamatan tersebut ukuran DNA kromosom isolat bakteri RZ-

01 diperkirakan lebihdari 10000 bp.

Kromosom bakteri dapat ditentukan secara kualitatif dengan cara

membandingkan ketebalan DNA kromosom bakteri dengan pita DNA marker 1

kb Ladder pada gel agarosa. Fragmen DNA marker padaukuran 6000

bpmemilikikonsentrasi 70 ng/μL, untukukuran 3000 bpmemilikikonsentrasi 70

ng/μL.

Produk PCR dinamakan amplikon. Amplikon dapat dideteksi

menggunakan elektroforesis DNA. Amplikon isolate bakteri RZ-01 sejajar

dengan marker ukuran 1500 bp (pita kesepuluh) (Gambar 3). Hal ini dapat

diindikasikan bahwa ukuran amplikon sekitar 1500 bp.Pada gen 16S rRNA E. coli

(Gambar 3), primer BactF1(forward) berada pada urutan basa nukleotida yang ke

8-27, sedangkan primer UniB1 (reverse) berada pada urutan basa nukleotida yang

ke 1492 – 1510. Dengandemikian primer BactF1 dan primer UniB1

dapatmengamplifikasi gen 16S rRNA E. coli sebanyak 1503 bp.

 Gambar 3: Hasil Elektroforesis Amplikon Gen 16S RNA isolat Bakteri RZ-01

Konsentrasi amplikon gen 16S rRNA isolate bakteri RZ-01 dapat ditentukan

secara kualitatif dengan membandingkan ketebalan fragmen gen 16S rRNA

isolate bakteri dengan fragmen DNA marker 1 kb Ladder. Fragmen DNA marker

pada ukuran 1500 bp memiliki konsentrasi 25 ng/μL, untuk ukuran 3000 bp

memiliki konsentrasi 70 ng/μL (Gambar 2). Dengan demikian, konsentrasi gen

16S rRNA isolate bakteri RZ-01 diperkirakan 100 ng/μL.

BAB III

KESIMPULAN

Metode identifikasi menggunakan 16S rRNA merupakan salah satu

metode yang saat ini paling banyak digunakan untuk mengidentifikasi bakteri.
Selain cara yang relatif mudah, waktu yang cepat, teknik keberhasilan atau

ketepatan dari metode ini juga menunjukkan hasil yang tinggi. Untuk sekuensing,

gen yang digunakan dapat berupa gen penuh sepanjang 1500 bp maupun gen

sebagian (lebih kurang 500 bp). Langkah secara umum adalah ekstraksi DNA,

amplifikasi daerah 16S menggunakan PCR, visualisasi gen, sekuensing, lalu hasil

sekuensing dibandingkan dengan database yang ada. Disamping berbagai

kelebihannya, ternyata metode ini juga memiliki beberapa kekurangan

diantaranya tidak sesuai digunakan untuk spesies tertentu.

DAFTAR PUSTAKA

Brown, T.A. 1991. Pengantar Kloning Gen (Muhammad, S. A & Praseno,

Penerjemah). Yayasan Essentia Medica: Yogyakarta.

Clark, D. P., & Pazdernik, N. J. 2009. Biotechnology Applying the Genetic

Revolution. Elsevier Academic Press: London.
Dewata, D., Azhar, M., Oktavia, B., 2016. Identifikasi Molekuler Gen 16S
rRNAIsolat Bakteri Pendegradasi Inulin dari Rizosfer Umbi
Dahlia. Periodic. 5(2): 16-21.

Noer, S. 2021. Identifikasi Bakteri Secara Molekular Menggunakan 16S rRNA.

Biological science and Education Journal. 1(1): 1-6.

Woese, C. R., Stackebrandt, R., Macke, T. J., & Fox, G. E. 1985. A phylogenetic
definition of the major eubacterial taxa. Syst. Appl. Microbiol, 6,
143–151.

LAMPIRAN PERTANYAAN

1. Bisakah anda jelaskan beberapa keistimewaan dari Analisi Gen 16S RNA.

(Nadia Salsabila).

Jawab:
 Berikut adalah beberapa keistimewaan analisis 16S rRNA untuk

identifikasi bakteri yang dirangkum oleh Woo et al. (2008):

1. Mengidentifikasi bakteri langka dan bakteri-bakteri yang memiliki profil

fenotipik yang unik.

2. Mengidentifikasi bakteri yang memiliki pertumbuhan lambat (seperti

Mycobacterium) yang mungkin memakan waktu 6-8 minggu untuk

tumbuh dalam kultur.

3. Digunakan dalam identifikasi rutin. Beberapa penelitian telah dilakukan

untuk membandingkan kegunaan sekuensing 16S rRNA dengan metode

konvensional untuk mengidentifikasi berbagai kelompok bakteri medis

penting. Secara umum, hasil sekuensing 16S rRNA memiliki persentase

spesies yang teridentifikasi lebih tinggi daripada metode konvensional.

4. Berperan dalam penemuan spesies dan genus bakteri baru. Dengan

menggunakan sekuens 16S rDNA, 215 spesies bakteri baru, 29 di

antaranya merupakan genus baru, telah ditemukan dari spesimen manusia

dalam 7 tahun terakhir dari abad ke-21 (2001-2007).

2. Apakah ada keterbatasan dalam penggunaan 16S RNA dalam identifikasi

Bakteri? (Rizki Julianti)

Jawab:

Pada beberapa genus, terdapat daerah 'blindspots', di mana urutan 16S rRNA

tidak memiliki perbedaan yang cukup untuk pengidentifikasian spesies

tertentu. Dalam keadaan ini, target alternatif harus diteliti. Sebagai contoh,

groEL adalah gen penting yang umum digunakan selain 16S rRNA yang

berguna untuk klasifikasi dan identifikasi dari banyak kelompok bakteri,

 seperti Staphylococci dan spesies Burk holderia (Kwok & Chow, 2003).

Sekuens 16S rRNA juga memiliki keterbatasan bagi beberapa spesies

Staphylococcus tertentu. Oleh karena itu, urutan gen groEL dan tuf telah

diusulkan sebagai metode molekuler yang lebih sesuai untuk mengidentifikasi

spesies Staphylococcus

3. Di dalam slide disebutkan keunggulan dari gen 16S RNA, pertanyaan saya

bisa anda sebutkan kekurangan dari 16S RNA? (Nurwahdawiah)

Jawab:

Kekurangan pertama, gen 16S rRNA memiliki morfologi yang sama walaupun

spesies berbeda. Walaupun telah diidentifikasi secara molekuler, belum dapat

menjamin morfologi atau fenotip yang diamati akan sama. Melalui penelitian

Napitupulu et al. (2019), yang berbeda dalam hal ciri-ciri (ukuran, warna,

elevation, dan bentuk koloninya) akan tetapi diidentifikasi tergolong dalam

genus bakteri yang sama yaitu Basillus sp. Ketidaksama fenotip juga dapat

disebabkan karena penggunaan metode. Metode fenotip apabila dilakukan

berulang-ulang akan memberikan hasil yang berbeda pula. Berdasarkan

penelitian Nurkanto dan Agusta (2015), spesies yang didapatinya memiliki

perbedaan berdasarkan warna koloni, kemampuan asimilasi gula, toleransi

salinitas dan pH juga resisten beberapa antibiotic. Walaupun secara molekuler

menggunakan metode 16S rRNA, sekuen gen dari kedua bakteri tersebut

identik.

4. Mengapa analisis gen 16S rRNA merupakan metode utama untuk identifikasi

mikroba? (Eka Sri Wahyuni)

Jawab:
 Karena gen 16S rRNA sesuai untuk identifikasi bakteri karena gen ini terdapat

pada semua organisme. Gen penyandi 16S rRNA mempunyai daerah berbeda

yang terdiri atas sekuen gen yang konservatif dan berguna untuk

mengkonstruksi pohon filogenik yang lebih diskriminatif.

5. Sebutkan fungsi dari 16S RNA? (Muhammad Jusliandi)

Jawab:

Adapun beberapa fungsi 16S RNA yaitu:

1. Memiliki peran struktural yang bertindak sebagai perancah yang

menentukan posisi protein ribosom.

2. Berinteraksi dengan 23S yang membantu pengikatan dua subunit ribosom

3. Menstabilkan pasangan kodon-antikodon yang benar di situs-A dengan

membentuk ikatan hidrogen antara atom.