Jihan Khalida Zia/ 10416024

Tugas Resume Mikrobiologi Diagnostik

Unculturable Microbes Diagnostic Test

Kebutuhan pengembangan tes diagnostik berdasarkan antigen atau serologi
membutuhkan antiserum spesifik dari komponen yang berasal dari koloni mikroba murni.
Beberapa jenis penyakit disebabkan oleh mikroba yang sulit untuk dibudidayakan di
laboratorium. Hal tersebut menyebabkan sulitnya diagnostik pada penyakit-penyakit yang
disebabkan oleh mikroba unculturable. Selain itu, akan sulit menyatakan etiologi mikroba
penyebab penyakit pada manusia tanpa bukti nyata dari mikroorganisme karena tidak adanya
metode visualisasi yang tepat. Oleh karena itu, diperlukan pendekatan culture-independent
untuk identifikasi mikroba patogen.

Salah satu pendekatan diagnostik yang dapat dilakukan adalah secara molekular dengan
cara identifikasi mikroorganisme berdasarkan 16s rRNA. Gen pengkode rRNA merupakan
urutan genetik paling berguna sebagai kronometer molekuler karena menyandikan molekul
dengan fungsi biologis yang kekal dan esensial. Metode diagnostik dilakukan dengan PCR
menggunakan “broad-range” primer.

Untuk mengatur PCR, satu-satunya informasi prasyarat tentang target adalah

pengetahuan tentang urutan nukleotida yang mengapit setiap ujung target. Dari sekuens ini,
oligonukleotida (primer) pendek yang mengkatalisasi penyalinan target oleh DNA polimerase
dirancang. Tidak ada yang perlu diketahui tentang urutan target itu sendiri. Dengan demikian,
daerah yang berbeda dan diagnostik dari gen 16S rRNA dapat diperkuat dengan memilih area
gen yang dikonservasi sebagai urutan mengapit. DNA yang diamplifikasi yang dihasilkan
berisi daerah internal dari urutan variabel yang membentuk dasar untuk analisis filogenetik
tertentu. Secara umum, primer konsensus dapat dirancang untuk setiap kelompok organisme
secara terpisah misalnya, primer spesifik genus telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies
Mycobacterium dari bahan kultur. Dengan demikian, fitur-fitur molekul 16S rRNA
memberikan dasar untuk pendekatan identifikasi bakteri patogen yang tidak dikultur.
 Urutan DNA dari produk yang diamplifikasi dapat ditentukan secara langsung atau
dengan terlebih dahulu mengkloning produk dalam vektor plasmid rekombinan. Sequencing
langsung menghasilkan urutan konsensus lebih mudah dan kurang akurat; Namun, proses
sekuensing produk kloning mengungkapkan heterogenitas sekuens, yang mungkin
mencerminkan keberadaan beberapa galur atau spesies. Dengan kedua pendekatan tersebut,
urutan konsensus baru kemudian diselaraskan dengan struktur sekunder 16S rRNA bakteri
yang diketahui dan dianalisis keterkaitannya dengan urutan 16S rRNA lainnya dalam basis
data. Primer PCR, yang dirancang dari daerah urutan 16S rRNA yang sangat hipervariabel
dapat membantu untuk mengkonfirmasi hubungan spesifik dari urutan baru dengan hanya
jaringan yang terlibat oleh penyakit yang dimaksud. Dengan membangun pohon filogenetik
menggunakan urutan 16S rRNA terkait penyakit tertentu, hubungan evolusi patogen
disimpulkan.

Referensi
Relman, D. (1993). The Identification of Uncultured Microbial Pathogens. The Journal of
Infectious Diseases, 168(1), 1-8. Retrieved from http://www.jstor.org/stable/30112775