IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI ENDOFIT

BALAKACIDA (Chromolaena odorata) ASAL BANDA ACEH

BERDASARKAN
ANALISIS GEN 16S rRNA

Yunita
1602101010016
Dosen Pembimbing
Pembimbing Utama : Dr. drh. M. Nur Salim, M. Si
Pembimbing Pendamping : Wahyu Eka Sari, S.Si., M.Si
 Latar Belakang
• Cromolaena odorat • Bakteri endofit
• Secara empiris digunakan sebagai obat luka • Bakteri endofit berkoevolusi
dengan tanaman inang sehingga
khasiatnya sama dengan tanaman
inangnya (Vionita et al., 2015).

Bakteri endofit berhasil diisolasi dari akar, batang, dan daun Chromolaena odorata dan dapat
menghasilkan IAA sebagai hormon pertumbuhan tanaman tersebut dan menghambat bakteri Bacillus
sp (Mamangkey et al. 2019 dan Siripan et al., 2018)
Pendekatan Molekuler

Handoyo dan Rudietna

(2011) • Gen 16S rRNA umum
• PCR merupakan suatu digunakan untuk
teknik amplifikasi identifikasi bakteri
DNA secara invitro. karena sifatnya
• Teknik ini memiliki terkonservasi
sensitivitas yang (Akihary dan
tinggi, sehingga hasil Kolondam , 2020)
lebih akurat
 Rumusan Masalah
Sejauh ini identifikasi molekuler bakteri endofit
asal balakacida (Chromolaena odorata) belum
pernah dilaporkan, sehingga mendorong
peneliti untuk melakukan identifikasi spesies
bakteri endofit asal tanaman balakacida yang
berpotensi sebagai antimikroba, berdasarkan
identifikasi molekuler gen 16S rRNA.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi spesies bakteri endofit
asal tanaman balakacida asal Banda
Aceh berdasarkan identifikasi
molekulergen 16S rRNA.
Hipotesis
• Teridentifikasi spesies bakteri
endofit asal tanaman balakacida
(Chromolaena odorata)
berdasarkan analisis molekuler
gen 16S rRNA.
Mamfaat
Penelitian ini diharapkan dapat menjadi
informasi tentang spesies bakteri endofit asal
tanaman balakacida berdasarkan identifikasi
molekuler gen 16S rRNA, yang dapat
mengambat pertumbuhan bakteri patogen.
Serta memberikan informasi lebih lanjut untuk
penelitian ke depannya. Isolat bakteri endofit
yang telah Teridentifikasi dapat digunakan
sebagai kandidat potensial antimikroba alami.
Material Dan Metode Penelitian
Tempat dan Waktu
Laboratorium Riset, FKH
Unsyiah, pada bulan
Desember tahun 2019
hingga Januari 2020
Metode
Identifikasi molekuler balakacida
asal Banda Aceh, pada
penelitian ini menggunakan
metode PCR gen 16S rRNA
(Marchesiet al., 1998).
Alat dan Bahan
• Isolat bakteri endofit (BEB-4 dan BEB-5)
• Presto ™ Mini gDNA Bacteria Kit (Geneaid)
• DNA genom
• Agarosa 1%,
• Bufer TAE 1x,
• Fluorosave DNA stain, marker 1 kb ladder,
• Primer 63f dan primer 1387r,
• Taq polimerase,
• Nucleus free water (NFW).
 Prosedur Penelitian
• Isolasi DNA bakteri
endofit terdiri dari 4
tahap :
• Tahap lisis
• Tahap pengikatan DNA
• Tahap pencucian
• Tahap elusi
 Sekuensing Gen 16S rRNA, Analisis
Bioinformatika, dan Konstruksi Pohon
Filogenetik
• Sekuensing DNA dilakukan di perusahaan jasa
sekuensing First Base Co
• sekuen nukleotida dibandingkan dengan
GenBank database melalui program Basic
Local Alignment Search Tool Nucleotide
(BLAST.N) yang terdapat di NCBI (
http://www.ncbi.nlm.nih.gov).
• Untuk pensejajaran nukleotida serta
konstruksi pohon filogenetik gen 16S rRNA
dilakukan dengan piranti lunak MEGA 10.0
(Tamura et al. 2011) berdasarkan neighbor-
joining tree (NJT) (Saitou dan Nei 1987),
• dengan nilai bootstrap 1000x.

Data hasil yang akan diperoleh dari pensejajaran nukleotida dan konstruksi
pohon filogenik dianalisis secara deskriptif
Hasil dan Pembahasan
Profil DNA Bakteri Endofit dari Tanaman Balakacida Asal Banda Aceh
• Pada (Gambar 1) dapat terlihat hasil
isolasi DNA bakteri endofit berada di
atas marker 1 Kb dengan profil kedua
DNA yang ditunjukkan sudah utuh dan
tebal dengan ukuran di atas 10000
pasang basa.

Hasil visualisasi isolasi DNA genom bakteri endofit

asal tanaman balakacida. Keterangan: 1 Kb
(Marker; 1 (BEB 4); 2 (BEB 5)
 Hasil Amplifikasi Gen 16S rRNA Bakteri Endofit dari Tanaman
Balakacida
• fregmen DNA kedua isolat asal bakteri
endofit tanaman balakacida yang
diperoleh berukuran ~1300 pb dan
DNA hasil amplifikasi yang dipeoleh
sudah cukup berhasil dan murni

Gambar 3. Hasil visualisasi amplifikasi Gen 16S

rRNA isolat bakteri endofit asal tanaman balakacida
pada gel agarose 1%. Keterangan: 1 Kb (Marker); 1
(BEB 4); 2 (BEB 5).
 Homologi Sekuen DNA Gen 16S rRNA Bakteri Endofit asal Tanaman Balakacida
% Kemiripan
Strain Pembanding (GenBank) No. akses
Tabel 1. Persentase kemiripan BEB-4 BEB-5
sekuen gen 16S rRNA bakteri Stenotrophomonas sp. strain H9 99,84% 99,76% MH885483.1
endofit balakacida dengan strain Stenotrophomonas sp. strain FB14 99,84% 99,76% MK828188.1
pembanding GenBank
Stenotrophomonas sp. strain K0g34 99,84% 99,76% MK737108.1
Stenotrophomonas maltophilia strain JCM 99,84% 99,76% LC379131.1
1986
Stenotrophomonas sp. strain GR8 99,84% 99,76% MH883921.1

Berdasarkan analisis bioinformatika BLASTN tersebut sekuens DNA isolat BEB-4 dan BEB-5 keduanya
menunjukkan kemiripan yang berturut-turut dengan Stenotrophomonas sp. strain H9, 99.84% dan
99.76% (Tabel 1). Menurut Janda dan Abbott (2007) jika homologi mempunyai persentase
mendekati 100% dapat dikonfirmasi sebagai spesies yang sama tetapi sebaliknya jika homologinya
lebih kecil dari 97% kemungkinan isolat tersebut adalah spesies atau gen baru belum dapat
dikonfirmasi. Homologi sekuen 16S rRNA < 97.5% dapat dinyatakan sebagai spesies yang berbeda
atau novel spesies (Stackebrandt dan Goebel 1994).
Pohon Filogenetik Gen 16S rRNA Bakteri Endofit Asal Tanaman
Balakacida
• Kontruksi pohon filogenetik dibuat berdasarkan
aligment (pensejajaran sekuens DNA)
menggunakan Neighor-Joining dengan Bootsrap
1000x pada aplikasi MEGA 10.0. Menurut
Pearson et al. (1999),
• Neighbor-joining adalah metode untuk
merekonstruksi pohon filogenik dengan
menghitung perubahan basa DNA pada setiap
organisme (jarak evolusi) yang divisualisasikan
melalui panjang dari cabang yang terbentuk
Gambar 4. Pohon filogenetik gen 16S rRNA
bakteri endofit sepanjang 1304 nukleotida

Berdasarkan konstruksi pohon filogenik menunjukkan bahwa isolat BEB- 4 dan isolat BEB-5 bakteri endofit
asal tanaman balakacida Banda Aceh terdapat pada kluster yang berkerabat dengan genus
Stenotrophomonas strain H9 dan isolat BEB- 4 dan isolat BEB-5 juga memiliki kekerabatan dengan
Stenotrophomonas maltophilia dan Stenotrophomonas rizhophila. Kedua isolat tersebut terpisah dengan
kluster bakteri gram positif
Penutup

• Kesimpulan
Tanaman balakacida (isolat BEB-4 dan BEB-5) berhasil diisolasi dan diamplikasi gen
16S rRN menggunakan metode PCR. Dari hasil analisis BLAST.N dan konstruksi
pohon filogenetik kedua isolat bakteri endofit asal tanaman balakacida yaitu BEB-4
dan BEB-5 memiliki homologi dengan genus Stenotrophomonas spesies
Stenotrophomonas sp. strain H9 dan berdasarkan data di GenBank persentase
kemiripan berturut-turut sebesar 99,84% dan 99,76%.

• Saran
Perlu dilakukan penelitian lanjut tentang deteksi molekuler gen penyandi senyawa
bioaktif poliketida sintase (PKS) bakteri endofit asal tanamanan baalakacida
sehingga dapat diketahui biosintesi antibiotik asal bakteri endofit tersebut.
•Terimakasi