TUGAS

MATA KULIAH
BIOTEKNOLOGI LAUT

AYATORI RAMANAHARI
1913511081
ILMU KELAUTAN B

PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN

FAKULTAS KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS UDAYANA
Jurnal 1 : Fastq_clean: saluran pipa yang dioptimalkan untuk membersihkan Illumina
mengurutkan data dengan kontrol kualitas

Metode sekuensing ini ditemukan oleh perusahaan Illumina. Sekuensing Illumina

menggunakan primer yang akan berkomplemen dengan adaptor yang telah disediakan oleh
perusahaan pada sebuah plat. Proses sekuensing ini menggunakan teknik bridge PCR, yaitu
terbentuknya jembatan pada saat elongasi. Salah satunya menggunakan Fastq_clean yang dapat
digunakan untuk membersihkan data DNA-seq dan RNA-seq dari sequencer illumina. Fastq_clean
pipeline merupakan alat yang dioptimalkan untuk membersihkan data DNA-seq dan RNA-seq dari
sequencer illumina, yang mendominasi pasar NGS dengan pangsa hampir 60%. Pengguna dapat
menghapus nukleotida dan Ns berkualitas rendah, kontaminasi adaptor, kemungkinan rRNA dan
kontaminasi virus dengan menjalankan Fastq_clean dalam satu baris perintah. Fastq_clean
dirancang untuk menghilangkan nukleotida dan adaptor berkualitas rendah secara tepat dan
menyimpan sebanyak mungkin nukleotida yang memenuhi syarat.Fastq_clean dapat memproses
data berurutan dan mengekspor informasi statistik untuk kontrol kualitas data secara batch dengan
menjalankan satu baris perintah. astq_clean juga dapat digunakan untuk membersihkan data NGS
dari sequencer lain tetapi memerlukan beberapa modifikasi untuk mencapai performa lainnya.

Jurnal 2 : Kualitas Tinggi De novo Perakitan Genom dari Nyamuk Tunggal Menggunakan
Pengurutan PacBio

Pengurutan PacBio yang telah lama dibaca telah digunakan secara luas untuk menghasilkan
eukariota berkualitas tinggi de novo perakitan genom, tetapi karena persyaratan input DNA yang
relatif besar, belum digunakan secara maksimal untuk organisme kecil, membutuhkan strategi
perkawinan sedarah atau penyatuan yang memakan waktu untuk menghasilkan DNA yang cukup
untuk persiapan perpustakaan dan pengurutan. Prosedur pertama dapat mengenali sistem skor
kualitas saat ini (baik Phred+33 atau Phred+64) tanpa spesifikasi pengguna. Prosedur kedua
dirancang untuk sepenuhnya menghilangkan kontaminasi adaptor 3' dengan menemukan
kecocokan terpanjang antara ujung 3' dari pembacaan kualitas tinggi dengan ujung adaptor 5' (lihat
gambar 2). Sulit untuk menghilangkan kontaminasi adaptor secara tepat karena tiga masalah.
Prosedur ketiga dan keempat adalah menghilangkan rRNA dan kontaminasi virus dengan
mengurangi pembacaan yang dapat disejajarkan dengan database rRNA atau database virus
menggunakan program BWA.

Jurnal 3 : Sekuensing DNA nanopore dengan MspA

Dalam bentuk paling dasar dari sekuensing DNA nanopore, pori skala nanometer
menyediakan satu-satunya jalur untuk arus ionik. DNA untai tunggal (ssDNA) didorong secara
elektroforesis melalui pori, dan saat ssDNA melewati, ia mengurangi arus ion melalui pori, teknik
sekuensing nanopore telah berkembang pesat. Kemajuan ini dan tantangan yang tersisa dalam
sekuensing DNA. sekuensing DNA nanopori pertama kali berevolusi menggunakan protein porin
-hemolysin. Tantangan umum untuk semua pendekatan sekuensing nanopore adalah bahwa
translokasi DNA berlangsung cepat, dengan kecepatan >10 tidak/ μs (11) dalam pori-pori solid
state dan >1 tidak/ μs dalam -hemolisin.

Jurnal 4 : Comparing Sanger sequencing and high-throughput metabarcoding for inferring

photobiont diversity in lichens

Menurut jurnal yang terlah saya baca, apakah sequence sanger dapat digantikan dengan HTS
adalah menurut saya IYA, karena penggunaan HTS lebih hemat biaya dan dapat dilakukan dengan
waktu yang singkat. Dengan menerapkan teknologi HTS maka dapat membantu pemahaman
mengenai mikrobioma bakteri dan jamur yang tergolong tinggi dalam keberagaman. Namun
sequence sanger juga dibutuhkan untuk beberapa bidang bidang mikrobiologi lainnya.