Xpert MTB/RIF Test

Mycobaterium tuberculosis dapat ditemukan di spesimen sputum, dancairan lain kecuali darah dan
urin.Pemeriksaan MTB dapat keluar hasilnya setelah 2 jam, dan cocok untuk untuk mengetahui
pemeriksaan TB, HIV dan TB paru
Alat dan bahan
1. GeneXpert
2. Catridge dan sampel reagen

A. Pemeriksaan GeneXpert
a. Homogenkan sampel dahak dan reagen selama 15 menit
b. Letakkan sampel yang homogen kedalam katrid, dan jalnkan selama 90 menit
c. Lihat hasil dari tampilan yang dicetak

a. Tambahkan sampel reagen sebagai volume ganda (Satu bitol satu spesimen, untuk mencegah
terjadinya kontaminasi, lalu homogenkan.
b. Letakkan pada vortex selama 30 detik, dan diamkan pada suhu kamar selama 10 menit untuk
melihat lendir yang tersisa
c. Biarkan selama 5 menit
d. Beri label pada katrid, yang terdapat barcode dan tanggal kadarluarsa
e. ID sampel atau nomor sampel diisi disisi katrid
f. Tambahkan sampel sebanyak 2 ml ke dalam katrid dengan bantuan pipet pasteur dan buang pipet
ke limbah disenfektan
g. Letakkan katrid kedalam GeneXpert , pilih 4 modul sistem (laptop, barcode, pembaca dan empat
modul mesin.
h. Login sebagai user dengan menggunakan Id untuk memulai tes klik start
i. Scan barcode dengan pembaca barcode
j. Baca id pasien secara detail pada layar monitor
k. Letakkan katrid pada mesin, dan lihat lampu hijau sebagai indikator
l. Jalankan mesin selama 90 menit untuk melihat hasilnya
m. Cetak hasil dalam bentuk grafik

Hasil:
MTB terdeteksi dengan jumlah bakteri tinggi dan rifampisin ressiten tidak terdeteksi
MTB terdeteksi dengan jumlah bakteri sedikit dan rifampisin ressiten tidak terdeteksi
MTB tidak terdeteksi

Kelebihan

Next videooo
1. Gunakan APD dengan baik dan benar
2. Siapkan alat dan bahan yang akan digunakan
3. Sterikan meja pratikum denagn menggunakan tisu atau jertas absorban yang di semprot handsanit
4. Tuang reagen kedalam spesimen untuk dihomogenkan membentuk suspensi hingga 10 kali
pengocokan
5. Diamkan pada suhu ruang selama 10 menit, dan homogenkan atau kocok kembali sebanyak 10 kali,
lalu diamkan selama 50 detik
6. Ganti handscoon
7. ID sampel atau nomor sampel diisi disisi katrid
n. Tambahkan sampel sebanyak 2 ml ke dalam katrid dengan bantuan pipet pasteur dan buang pipet
ke limbah disenfektan
o. Sterilkan katrid dengan bantuan alkoho, dan meja pratikum
p. Ganti handsoon, dan cuci tangan, paki ;agi
q. Letakkan katrid kedalam GeneXpert , Login sebagai user dengan menggunakan Id untuk memulai
tes klik start
r. Scan barcode dengan pembaca barcode
s. Baca id pasien secara detail pada layar monitor
t. Letakkan katrid pada mesin, dan lihat lampu hijau sebagai indikator
u. Jalankan mesin selama 90 menit untuk melihat hasilnya
v. Cetak hasil dalam bentuk grafik

PCR
Definisi
Metode amplifikasi, memperbesar materi genetik virus dan bakteri, fotokopi molekuler untuk
memperbanyak potongan materi genetik di mesin dan memastikan adanya virus.

Cara Kerja
1. Ambil sampel cairan pernapasan atau swab dari pasien dengan alat panjang seperti cotton bud
2. Masukkan ke dalam wadah steril untuk melakukan ekstraksi materi gen atau mengisolasi materi
gen pada sampel
3. Buat materi gen RNA menjadi stabil dan ubah menjadi cDNA
4. Dan dari itu, sampel diamplifikasi melalui mesin RT-PCR sampai deteksi tercapai
5. Jumlah potongan materi genetik berlipat ganda menggambarkan penguatan pada DNA, yang
membuat PCR lebih akurat karena mampu mendeteksi virus yang aktif
GOLD STANDART UNTUK COV-2
1. Ketahanan kuat
2. Sensitifitas tinggi
3. Spesifitas tinggi

Sekunsing VS PCR ?
Aligning Bioinformatics. Riza Arief Putranto

1. Sekuen untuk mengetahui struktur genenik yang mengembangkan teknik diagnostik virus dan
mempelajari perubahan materi genetik untuk meneliti mutasi virus
2. Ilmuwan dapat mengembangkan teknis PCR untuk mendeteksi adanya virus dari materi yang sudah
diidentifikasi
3. Hasil PCR. (Positif, Negatif dan ....Cycle threshold(indikator untuk mengukur deteksi virus covid-19,
yang merupakan jumlah siklus yang diperlukan pada pemeriksaan sampel virus yang terdeteksi,
dengan hasil terbalik dengan hasilnya))
Ct -: Virus banyak (ditemukan pada beberapa siklus)
Ct +: Virus sedikit (fase awal covid)

Hasil positif pada pasien pasca covid. Karena deteksi PCR sangat sensitif, apabila sisa virus dari materi
genetik yang masih tersedia di dalam tubuh, sehingga harus ditangani dengan diagnosis dokter.

PCR
A Mendeteksi dan memperbanyak materi genetik, ditemukan oleh Karry Mulis biokim, AS, 1983.
Nobel Laurate 1992
B. Sejarah
1983 Watson dan Click (Struktur DNA)
1959 Arthur Korbeg dan Severo Orchoa (Replikasi DNA dan enzim polimerase)
1971 Kjell klepee dan Har Gobin Khorana (hp), DNA dibuat secara buatan sebagai prinsip dasar PCR
Dalam bentuk tulisan ?
1. Terbatasnya data sekuens nukleotida
2. Primer dibuat manual
3. Sulit purifikasi DNA polimerase
1977 Frederick Snger (Metode sekuensing DNA dengan cara Chain Termination), berhasil mengetahui
urutan basa nukleotida. Peraih nobel 1958 (struktur protein), 1980 yang ini
Penemuan Taq DNA Polimerase Geyser Yellowstone Amrik. Tahan suhu tinggi, penting untuk PCR

C. Alat dan bahan

1. Tabung reaksi
2. Thermocyter
D. Cara kerja
1. Masukkan komponen (DNA, pada dahak, dan cairan lain Buffer, dNTPs, Primers, dan Taq DNA
polymerase)
2. Masukkan sampel kedalam thermocyter dengan tahapan
a. Denaturasi (10 detik)
DNA double - single dari proses pemanasan 98.C. Pada sel melalui proses enzimatik melalui enzim
helikase. Protein juga terdenaturasi. DNA tidak.

b. Annealing (30 detik)

Suhu sampel diturunkan menjadi 60.C. DNA primer menenpel pada DNA pada sampel (Dan DNA
polimerase)

c. Elongasi (10 menit). 78.C

DNA Primer- polimerase _Arah bawah. Kecepatan 1000 pb per menit
d. Pendinginan, 4.c (Terminase)

Ulangi 20-30 kali

Membentuk rantai polimerase (1-2-4 dst). Disalin 33,5 jt-1 M

Analis Hasil PCR

Elektroda : Anoda bergerak ke katoda
1. Letakkan sampel pada sumur berisi elektrolit
2. Nyalkan sumber listrik, molekul sampel bergerak
3. Sampel terpisah atau terfraksinasi
4. Tempelkan gel elektroporesis pada media padat seperti kertas agar DNA dapat berpindah
5. Berikan antibodi dan zat pewarna pada hasil PCR

M: Berat molekul
W: Kontrol negatif
P: kONTROL positif

6 sampel positif

Kelemahan
1. Menunjukan hasil kualitatif (=/-)
2. Menambah waktu dan kompleksitas pemeriksaan

Real Time PCR

1. Memanfaatkan molekul petanda (A
2. Reaksi fluoresensi
3. Mengamati hasil PCR di setiap siklus
4. Memungkinkan kuantifikasi

Hasil
Garis merah: Sinyal hasil

Threshold : Batas terkecil

CT : Garis perpotongan antara garis merah
CT -: Salinan banyak
CT +: Salinan kecil

Kelebihan
1. Menampilkan data kuantitatif
2. Real time sederhana, tidak diikuti reaksi lainnya

MODIFIKASI
Reverse-Transcriptase PCR, deteksi RNA

1. Sampel DNA-DNA Transkriptase-DNA Copy

2. Digunakan untuk Sars Cov 2 dan HIV

Pengembangan DNA Polimerase

1. Taq DNA polimerase, tidak mau mengedit-PFU DNA Polimerase- DNA Hybird (rekayasa engan
menggabungkan domain DNA tahan panas dengan DNA ketelitian tinggi)

Penggunaan
1. Penelitian dasar biologi dan biomedis
2. Diagnosis kedokteran, bakteri dan kuman pada tubuh manusia
Lebih efektif, dengan waktu cepat
Negatif palsu pada media lain atau tanam media begitu juga dengan penanaman gen pada
penanaman media hidup pada sel dan telur