Genetika Populasi

1
Penelitian lanjutan (Awal abad 20) :
Udny Yule, William Castle, Godfrey Hardy dan Wilhelm Weinbergh :
Peletak dasar - dasar prinsip GENETIKA POPULASI

Sewall Wright, Ronald Fisher, dan J.B.S Haldane :

Mengembangkan model Matematika untuk menjelaskan
struktur genetik dari populasi

Penelitian tersebut lebih fokus pada menguji frekuensi alel

dan kekuatan yang mempengaruhi seleksi, mutasi dan aliran
gen

2
 1. Frekuensi Alel dalam Gen Pool Populasi
bervariasi dalam Ruang dan Waktu

Populasi adalah sekelompok individu yang berbagi

serangkaian gen biasa yang hidup pada daerah geografi yang
sama dan atau berpotensi untuk saling kawin silang
Semua alel-alel yang dibagi oleh individu tersebut
membentuk gen pool/kumpulan gen untuk populasi
Element Penting Genetika Populasi :
Perhitungan frekuensi bermacam alel dalam gen
pool
Perhitungan frekuensi genotip yang berbeda
dalam populasi
3
 Perhitungan bagaimana perubahan – perubahan frekuensi
tersebut dari satu generasi ke generasi berikutnya

1. Populasi – populasi bersifat dinamis,

berkembang sejalan dengan perubahan –
perubahan dalam tingkat kelahiran, kematian,
migrasi dan kontak dengan populasi lainnya

2. Hukum Hardy – Weinbergh Menjelaskan

Hubungan antara Frekuensi Alel dan Frekuensi
Genotip dalam Sebuah Populasi Ideal

4
Model Hardy-Weinbergh (Hukum Hardy - Weinbergh)
menjelaskan apa yang terjadi terhadap alel dan genotip dalam
sebuah populasi ideal yang benar-benar melakukan perkawinan
secara acak dan dalam jumlah besar, dan tidak terjadi pengaruh-
pengaruh evolusi seperti Mutasi, Seleksi atau Migrasi

Prediksi Hardy – Weinbergh berdasarkan kondisi

tersebut :
Frekuensi-frekuensi alel dalam gen pool tidak
berubah sepanjang waktu
Jika ada dua alel pada satu lokus A dan a, kemudian
setelah satu generasi dari pasangan secara acak
frekuensi-frekuensi dari genotip AA : Aa : aa dalam
populasi bisa dihitung,
sebagai berikut :
5
 p² + 2pq + q² = 1
p = frekuensi alel A dan q = frekuensi alel a

Populasi yang memenuhi kriteria diatas dan bila

frekuensi p dan q dari dua alel pada satu lokus bisa
menghasilkan frekuensi genotip seperti yang
diharapkan, disebut : Keseimbangan Hardy –
Weinbergh

Model Hardy – Weinbergh menggunakan prinsip

Mendelian tentang Segregasi dan Simple Probability
(kemungkinan sederhana) untuk menjelaskan
hubungan antara frekuensi alel dan genotip dalam
populasi
6
 Contoh :
Sebuah lokus dengan dua alel A dan a dalam sebuah populasi

frekuensi A = 0.7 frekuensi a = 0,3

ingat 0,7 + 0,3 = 1, menunjukan semua alel untuk gen A ada

dalam gen pool yang dihitung

Jika dilakukan secara acak sesuai Hukum Hardy – Weinbergh

sehingga kemungkinan untuk satu zigot :
gamet betina A = 0,7
gamet jantan A = 0,7
jadi, kemungkinan kedua gamet mengandung A
adalah : 0,7 × 0,7 = 0,49

7
 Genotip AA yang muncul = 49 % pada waktu tersebut

kemungkinan sebuah zigot yang dibentuk dari gamet betina A

dan gamet jantan a, adalah : 0,7 × 0,3 = 0,21 dan
kemungkinan sebuah zigot yang dibentuk gamet betina a dan
gamet jantan A, adalah : 0,3 × 0,7 = 0,21. Sehingga frekuensi
genotip Aa adalah : 0,21 + 0,21 = 0,42 = 42 %

dan sebuah zigot yang dibentuk dari dua gamet a adalah : 0,3
× 0,3 = 0,09 sehingga frekuensi genotip aa adalah 9 %
cek : 0,49 + 0,42 + 0,09 = 1,0

8
Berdasarkan Hukum Hardy-Weinbergh diketahui, semua genotip
mempunyai tingkat pertahanan hidup dan reproduksi yang
sama. Semua genotip memberikan kontribusi yang sama
terhadap gen pool keturunan nya.

Contoh : Jika individu AA menyumbang 49 % dari populasi, maka gamet

yang mereka hasilkan juga akan menyumbang 49 % dari gen pool.
Begitu juga untuk individu Aa yang 42 %.
Sehingga frekuensi alel A dalam gen pool adalah
0,49 + (0,5).(0.42) = 0,7
separuh lagi gamet individu Aa adalah a. Individu aa menyumbang 9 %
pada populasi dan gen pool.
Perkiraan alel a dalam gen pool adalah
0,5 × 0,42 + 0,09 = 0,3

9
 Syarat-syarat Populasi yang sesuai dengan
Model Hardy-Weinbergh :
1. Individu dari semua genotip mempunyai
kemampuan bertahan hidup dan keberhasilan
reproduksi yang sama, sehingga tidak ada seleksi
2. Tidak ada alel baru yang dibuat/dirobah dari alel
satu ke yang lainnya dengan mutasi
3. Individu tidak bermigrasi kedalam atau keluar
populasi
4. Populasi benar-benar besar, sehingga efek
kesalahan sampel dan efek acak lainnya dapat
diabaikan
5. Individu-individu dalam populasi berpasangan
secara acak
10
 Tiga pengaruh penting lainnya Hukum Hardy-
Weinbergh pada Genetika Populasi :
1. Sifat dominan tidak selalu meningkat dari satu
generasi ke generasi berikutnya
2. Keanekaragaman genetik bisa dipertahankan
dalam sebuah generasi karena jika populasi ideal
sudah terbentuk maka alel tidak berubah
3. Jika tidak sesuai dengan asumsi Hardy-Weinbergh,
dan hanya mengetahui satu frekuensi genotip
masih memungkinkan untuk menghitung
frekuensi semua genotip lainnya pada lokus
tersebut

11
 3. Penerapan Hukum Hardy-Weinbergh pada
Populasi Manusia
 Contoh :
 Pada sebuah penelitian Untuk mengetahui faktor-faktor genetik
yang mempengaruhi tingkat kesensitifan seorang individu
terhadap infeksi HIV-1, virus penyebab kasus-kasus AIDS
diseluruh dunia

 Penelitian tersebut berdasarkan keberadaan

alel mutan sebuah gen CC-CKR5 terhadap
individu homozigot alel itu.

 Gen CC-CKR5 terletak pada kromosom 3

menandai protein C-C chemokine reseptor-5
(CCR5), molekul penanda pada sistem imun
dan reseptor strain-strain HIV-1
12
 Tipe – tipe genotip dan fenotip individu CCR5
GENOTIP FENOTIP

1/1 Mudah terinfeksi HIV-1 secara seksual

Mudah terkena HIV-1, tetapi proses

1/ ∆32 untuk menderita AIDS cendrung lebih
lambat

Resisten terhadap infeksi HIV-1 secara

seksual
∆32 / ∆32

13
 Tabel : Metoda-metoda untuk menentukan frekuensi alel genotip

A. Alel-alel yang di hitung

Genotip 1/1 1/∆ 32 ∆ 32 /∆ 32 Total
Jumlah individu 79 20 1 100
Jumlah alel 1/1 158 20 0 178

Jumlah alel 1/∆ 32 0 20 2 22

Jumlah alel ∆ 32 /∆ 32 158 40 2 200
Frekuensi dari CCR51 dalam sampel : 178/200 = 0,89 = 89 %
Frekuensi dari CCR- ∆ 32 dalam sampel : 22/200 = 0,11 = 11%
B. Frekuensi genotip dari
Genotip 1/1 1/∆ 32 ∆ 32 /∆ 32 Total

Jumlah Individu 79 20 1 100

Frekuensi Genotip 79/100 = 0,79 20/100 = 0,20 1/100 1,00
Frekuensi CCR5 1 dalam sampel : 0,79 + (0,5) 0,20 = 0,89
Frekuensi CCR-∆ 32 dalam sampel : (0,5) 0,20 + 0,01 = 0,11
14
 Pengujian Terhadap Keseimbangan Hardy-Weinbergh :

Contoh : Menghitung genotip CCR5 pada 283 individu pada sebuah

populasi di Inggris

- Individu dengan genotip 1/1 = 223

- Individu dengan genotip 1/ ∆32 = 57
- Individu dengan genotip ∆32 / ∆32 = 3

Jumlah frekuensi genotip masing-masingnya adalah :

- 1/1 = 223/283 = 0,788
- 1/ ∆32 = 57/283 = 0,201
- ∆32 / ∆32 = 3/283 = 0,011
sehingga frekuensi alel CCR51 = 0,89 alel CCR5 ∆32 = 0,11

15
 Frekuensi genotip dari masing-masing alel yang
diharapkan :

1/1 = p² = (0,89)² = 0,792

1/ ∆32 = 2pq = 2 (0,89) (0,11) = 0,196
∆32 / ∆32 = q² = (0,11)² = 0,012

Frekuensi yang diharapkan hampir sama dengan frekuensi

yang diobservasi
Karena nilai X² nya sangat kecil yaitu 0,00023
Degree of Freedom adalah k – 1 – m = 3 – 1 – 1 = 1
Dimana k = jumlah genotip dan m = jumlah frekuensi alel
independen

16
 4. Aplikasi Hukum Hardy-Weinbergh pada Multiple Alel, Sifat
Terpaut X (X – Linked) dan Memperkirakan Frekuensi Heterozigot

Menghitung Frekuensi Multiple Alel :

Contoh : Beberapa alel pada sebuah lokus tunggal dalam sebuah populasi

Lokus I (isoglutinin) memiliki tiga alel IA, IB, dan IO

Enam kemungkinan kombinasinya : IAIA,IBIB,IOIO, IAIB,IAIO,IBIO

Alel IA dan IB adalah kodominan dan keduanya dominan terhadap IO

sehingga individu IAIA akan identik dengan individu heterozigot IAIO,
begitu juga dengan individu IBIB akan identik dengan IBIO

Dengan demikian berdasarkan persamaan Hardy-Weinberg dan melibatkan

ketiga alel tersebut p, q, dan r mewakili A, B, dan O frekuensi genotip dan
alel bisa dihitung
Frekuensi Genotip yang diberikan adalah :
(p + q + r)2 = p2 + q2 + r2 + 2pq + 2pr + 2qr = 1
17
Dengan mengetahui frekuensi satu golongan darah dari anggota populas, dapat dihitung
ketiga alelnya yang lain

Contoh :
Satu sample golongan darah yang diamati : A = 0,53 B = 0,13 dan O = 0,26. Karena alel IO
resesif, frekuensi gol.darah O sama dengan genotip resesif r2, sehingga
r2 = 0,26
r = √ 0,26
r = 0,51
Dengan mengetahui r maka frekuensi alel untuk IA dan IB bisa diperkirakan, Alel IA diwakili
2 genotip yaitu IAIA dan IAIO
Genotip IAIA = p2, genotip IAIO = 2pr , maka kombinasi frekuensi dari golongan darah A dan
B
p2 + 2pr = r2 = 0,53 + 0,26

( p + q )2 = 0,79
p + r = √ 0,79
p = 0,89 – r
p = 0,89 – 0,51 = 0,38

18
 Perkiraan untuk frekuensi alel IB
p+q+r =1
q =1–p–r
= 1 – 0,38 – 0,51
= 0,11
Tabel : Frekuensi Genotip untuk Alel – alel Multiple

Genotip Frekuensi Genotip Fenotip Frekuensi Fenotip

IAIA p2 = (0,38)2 = 0,14 A 0,53

IAIO 2pr = 2 (0,38) (0,51) = 0,39
IBIB q2 = (0,11)2 = 0,01 B 0,12
IBIO 2pr = 2 (0,11) (0,51) = 0,11
IAIB 2pq = 2 (0,38) (0,11) = 0,084 AB 0,08
IOIO r2 = (0,51)2 = 0,26 O 0,26
19
 Menghitung Frekuensi Sifat Terpaut – X ( X – Linked)
Dalam sebuah penentuan seks xy, seks homogen xx memiliki dua salinan dari
alel x – linked sedangkan seks heterozigot xy hanya punya satu salinan. Dengan
demikian betina adalah xx dan jantan adalah xy
Frekuensi alel terpaut x dalam gen pool dan frekuensi jantan yang terpaut x
akan sama
Contoh :
Buta warna merah-hijau yang mempengaruhi 8 % laki-laki, frekuensi alel buta
warna nya adalah 0,08 berarti 8 % kromosom x membawanya. 92 % alel lain
membawa alel dominan untuk penglihatan normal.
Jika p = frekuensi alel normal 0,92 dan q = frekuensi alel buta 0,08 warna
Maka :
Frekuensi buta warna perempuan (2 kromosom x terpengaruh)
q2 = (0,08)2 = 0,0064
Frekuensi perempuan carier = ( 1 kromosom normal 1 kromosom x terpengaruh )
2pq = 2 (0,08) (0,92) = 0,147 = 14,7 %
Sehingga 14,7 % perempuan membawa alel butaq warna merah-hijau dapat
menurunkannya pada anak-anaknya sedangkan dia berpenglihatan normal

20
 Menghitung Frekuensi Heterozigot :
Hukum Hardy-Weinberg dapat digunakan untuk menaksir frekuensi
heterozigot pada sebuah populasi

Contoh :
Menghitung frekuensi alel dan frekuensi genotip sifat resesif autosom Cystic
fibrosis pada sekitar 1/2500 = 0,0004 pada orang-orang di Eropa Utara
Cystic fibrosis adalah sifat resesif maka individu dengan cystic fibrosis harus
homozigot
Frekuensi cystic fibrosis dalam sebuah populasi diwakili oleh q2, maka
frekuensi alel resesif nya adalah :
q = √ q2 = √ 0,0004 = 0,02
Karena p + q = 1, frekuensi p = 1 – q = 1 – 0,02 = 0,98
frekuensi heterozigot = 2pq = 2 (0,98) (0,02)
= 0,04 atau 4 % atau 1/25
Dengan demikian heterozigot cystic fibrosis biasa pada populasi yaitu sebanyak 4
% kemungkinan homozigot resesif nya adalah 1/2500 = 0,04 %

21