PAPER BIOEKOLOGI PATOGEN TUMBUHAN

OLEH:
MERI SUSANTI BR SARAGIH
A3502211006

PROGRAM STUDI FITOPATOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT
PERTANIAN BOGOR BOGOR
2021
 ABSTRAK

Buah jeruk tergolong buah yang sangat bergizi. Pohon jeruk dipengaruhi oleh
beberapa virus, bakteri, jamur dan penyakit seperti virus. Dalam beberapa tahun
terakhir, pohon jeruk dipengaruhi oleh patogen prokariotik Spiroplasma citri yang
menyebabkan penyakit Citrus stubborn. Pada pohon yang terkena, buah menjadi kecil,
bengkok dan biji gugur. Penelitian ini direncanakan untuk mendiagnosis patogen
melalui media Sp4.Spiroplasma citri diisolasi dari daun dan bagian columella buah
yang terinfeksi. Media kultur yang diinokulasi kultur diinkubasi pada suhu 30 0C.
Setelah 7-14 hari media diinkubasi terjadi perubahan warna dari merah menjadi kuning
yang menunjukkan awal adanya S. citri. Biasanya koloni berbentuk telur goreng
diamati pada media padat. Deteksi molekuler Spiroplasma citri, DNA diekstraksi dari
sampel daun. Pasangan primer Spiraline-f dan spiraline-r spesifik Spiroplasma
digunakan untuk mengamplifikasi gen spiralin dengan produk 675bp. Uji patogenisitas
dilakukan. Setelah pencangkokan berhasil, gejala diamati yang mengkonfirmasi adanya
penyakit. Selain itu, deteksi Citruss Stubborn mengarah pada identifikasi pertama kali
dari S. citri pada media, biologis dan molekuler di kebun jeruk Sargodha.

Kata kunci: Citrus stubborn , DNA, Leifsonia xyli, PCR

 I. PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Jeruk dianggap sebagai tanaman buah utama di Mesir, yang mewakili sekitar 15%
dari total produksi jeruk di Cekungan Mediterania dan dianggap sebagai produsen jeruk
terbesar kesembilan di dunia. (FAO, 2013). Jeruk termasuk dalam genus jeruk L., Famili:
Rutaceae, Sub famili: Aurantioideae. Pohon jeruk menjadi sasaran invasi oleh beberapa
penyakit seperti bakteri, jamur, virus dan virus. Dalam beberapa tahun terakhir, pohon
jeruk telah sangat terpengaruh oleh penyakit membandel yang disebabkan oleh patogen
prokariotik Spiroplasma citri (Gumpf dkk., 1981).
Spiroplasma citri adalah bakteri Pleomorfik, terbatas floem, tidak berdinding sel di
kelas Mollicutes, yang berkembang biak dan bergerak perlahan melalui pohon, kebutuhan
kolesterol untuk pertumbuhan, resistensi mutlak terhadap penisilin, kandungan guanin dan
sitosin yang rendah dari asam deoksiribonukleat seluler (DNA), ukuran genom kecil, dan
beberapa sifat budaya (Raju dkk., 1981). Spiroplasma citri tidak dapat ditularkan secara
mekanis tetapi ditularkan secara irkulatif oleh beberapa serangga homopteran pemakan
floem termasuk wereng Circulifer tenellus di daerah penanaman jeruk di California dan
Arizona dan C.hematoceps (sin. Neoaliturus hematoceps) di wilayah Mediterania (Calavan
dan Bove, 1989). Spiroplasma citri juga ditularkan melalui okulasi (Gaurivaud dkk., 2000)
dan menggetar (Lee dkk., 2000).
Spiroplasma citri dapat dideteksi secara andal dengan mengkultur dalam media cair
bebas sel dan mengamati organisme dengan mikroskop lapangan gelap untuk memastikan
morfologi dan motilitas heliksnya yang khas. (Yokomi dkk., 2008)Di antara kendala utama,
Penyakit Keras Jeruk (Stubborn Disease of citrus/CSD) adalah penyakit yang sangat serius
di sebagian besar wilayah penanaman jeruk dan secara dramatis menurunkan hasil jeruk.
(Bo, 1986). ).
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode yang berguna untuk Spiroplasma
deteksi pada floem tanaman yang terinfeksi atau vektor serangga dengan sensitivitas 100-
1000 kali teknik dan kultur yang lebih besar (Pembuat panah dkk., 2006). Deteksi PCR S.
citri telah digunakan dengan primer berdasarkan urutan gen untuk spiralin(Foissac dkk.,
1996), gen 16 S rRNA khususnya Spiroplasma infeksi (Lee dkk., 2006), Putative P89
adhesin dan Putative P58 seperti gen adhesi (Yokomi dkk., 2008).
1.2. Tujuan

1. Mahasiswa mengetahui cara mengidentifikasi bakteri Spiroplasma Citruss Stubborn

 II. HASIL DAN PEMBAHASAN
Gejala penyakit

Ga
mbar (1): Ciri-ciri pohon terinfeksi membandel dan sehat, 1(A) Pohon sehat normal; 1(B)
Pohon kerdil dan terkompresi; 1(C) gejala khas dari S. citri ATAS daun kanan.

Gambar 2: Daun yang terinfeksi berbentuk bungkuk, tebal, belang atau berpola
klorotik dan sering terlihat vertikal menunjukkan buah berukuran lebih kecil dan
berbentuk biji dan buah tampak keras seperti batu.
Kultur dan Isolasi S. citri pada media sp4

Gambar 3: Ciri-ciri Spiroplasma citri bila diinokulasikan pada baik bor dan
medium padat. Tabung yang diinokulasi (a), warna tabung yang diinokulasi
berubah setelah 7-14 hari inkubasi (b), bentuk telur koloni Spiroplasma citri (c)
dan goresan Spiroplasma citri pada media padat (d).

Studi biologi molekuler

Test PCR

Gambar 4: Analisis elektroforesis gel agro dari sampel jeruk amplifikasi PCR yang
menunjukkangejala membandel menggunakan pasangan primer (Spiralin-f/Spiralin- r)
untuk mengamplifikasi gen adhesi pada fragmen 675 bp.
 Spiroplasma citri merupakan salah satu penyakit perusak tanaman jeruk. Ini
menyebabkan kerugian besar di seluruh dunia. Patogen diisolasi dari sampel yang terinfeksi
dan dideteksi dengan reaksi berantai polimerase. Sampel diambil dari ladang Sargodha yang
terinfeksi. Pohon yang terkena penyakit membandel biasanya menghasilkan buah yang lebih
sedikit, ukurannya lebih kecil, dan berbentuk biji. Pohon yang terinfeksi memiliki
pertumbuhan yang terhambat dan memberikan penampilan sapu penyihir. Daunnya lebih kecil,
melengkung dan sering memiliki penampilan vertikal. Daunnya tebal, belang atau memiliki
pola klorosis. Buahnya berukuran lebih kecil, berbentuk biji dan memiliki penampilan yang
keras seperti batu. Benih juga diaborsi. Pohon yang terinfeksi memiliki pertumbuhan yang
kerdil dan menghasilkan buah berukuran kecil (Shidkk., 2014). Gejala yang terkait dengan
ukuran pohon dan hasil buah kemungkinan besar terkait dengan fakta bahwa S.citri, penduduk
floem, membutuhkan karbohidrat dan sterol dari tanaman inangnya (Wei dkk., 2006)
Saat hidup di tumbuhan, Spiroplasma bersaing dengan inangnya untuk sumber energi
ini, menyebabkan penipisan beberapa gula dan hormon dan akumulasi yang lain. Agen
penyebab diisolasi dari daun muda tanaman yang dicurigai. Hasil dari berbagai tes yang
dilakukan mengarah pada identifikasi dan budidaya organisme penyebab, Spiroplasma citri
(Mollicutes, Spiroplasmateaceae) yaitu perubahan warna media budidaya dari merah menjadi
kuning menunjukkan adanya Spiroplasma dalam media budidaya. Perubahan warna ini
disebabkan oleh peningkatan produksi asam yang dihasilkan dari pertumbuhan kultur.
Penurunan pH media menyebabkan indikator pH, fenol merah berubah menjadi kuning. Hasil
serupa sebelumnya ditunjukkan ketika Spiroplasma dikulturkan media serupa (Lee dan Davis,
1984; Omar; 2006) Kehadiran ini Siproplasma citruss ini lebih lanjut dikonfirmasi oleh
munculnya koloni bentuk telur goreng yang khas pada media sp4 yang mengandung 0,8%.
Nobel agar diinokulasi dengan isolat. Koloni berukuran sangat kecil, tampak seperti kepala
peniti dan berwarna bening. Koloni-koloni ini berbentuk lingkaran dengan bagian tengah
berwarna gelap dikelilingi oleh warna yang lebih terang, bila diperiksa di bawah mikroskop
cahaya. Pengamatan tersebut sejalan dengan yang diperoleh beberapa pekerja
(Sagliodkk.,1973).
 Dalam studi ini, Spiroplasma citri dideteksi dan dikarakterisasi dari jeruk yang
terinfeksi secara alami yang ditanam di lokasi berbeda di provinsi Ismailia, Al-Qalyubia dan
Kafr El-Shakh di Mesir. Sampel yang dikumpulkan menunjukkan gejala khas penyakit
membandel yang merupakan ciri khas dari:Spiroplasma citri. Gejala sampel yang
dikumpulkan menunjukkan kecil, tegak dengan bintik- bintik klorosis dekat margin. Pohon-
pohon tampak kerdil, dipadatkan dengan tunas ketiak yang berlipat ganda dan mekar
musiman dibandingkan dengan yang sehat. Lebih sedikit, buah yang lebih kecil diproduksi
dengan bentuk yang salah dan miring. Warna buah lebih pucat dan jatuh saat matang. Gejala-
gejala ini khas untuk yang dijelaskan oleh:(Om-Hashem, 1995 dan Shi dkk., 2014). Gejala
yang terkait dengan ukuran pohon dan hasil buah kemungkinan besar terkait dengan fakta
bahwa Spiroplasma citri penduduk floem, membutuhkan karbohidrat dan sterol dari tanaman
inangnya (Andre dkk., 2005; Chang, 1989). Selama hidup ditumbuhan,Spiroplasma bersaing
dengan inangnya untuk sumber energi ini, menyebabkan penipisan beberapa gula dan
hormon dan akumulasi yang lain. Ketidakseimbangan yang dihasilkan mempengaruhi
metabolisme normal tanaman jeruk, menyebabkan pengerdilan, bintik-bintik daun, produksi
buah yang lebih kecil dan lebih sedikit dan mekar di luar musim. (Gaurivaud dkk., 2000).

Agen penyebab diisolasi dari daun muda tanaman yang dicurigai. Hasil dari berbagai tes
yang dilakukan mengarah pada identifikasi dan budidaya organisme penyebab, Spiroplasma
citri (Mollicutes, Spiroplasmateaceae) misalnya, perubahan warna media budidaya dari merah
menjadi kuning menunjukkan adanya Spiroplasma dalam media budidaya. Perubahan warna ini
disebabkan oleh peningkatan produksi asam yang dihasilkan dari pertumbuhan kultur.
Penurunan pH media menyebabkan indikator pH, fenol merah berubah menjadi kuning. Hasil
serupa sebelumnya ditunjukkan ketika Spiroplasma dikulturkan media serupa (Lee dan Davis,
1984, dan Omar; 1999).

Untuk deteksi molekuler dan karakterisasi Spiroplasma pada tanaman jeruk, digunakan
pasangan primer Spiralin-f / Spiralin- yang menghasilkan produk dengan ukuran molekul yang
diharapkan 675 bp. Primer yang sama digunakan oleh banyak peneliti untuk tujuan yang
sama(Foissac dkk., 1996; Mannaadkk., 2013). Sebelumnya, (Duret dkk., 2003) melaporkan
bahwa spiralin, adalah protein utama dari S. citri selaput. (Atas dkk., 1993), melaporkan bahwa
spiralin tidak penting untuk patogenisitas S. citri tetapi menunjukkan bahwa gen ini diperlukan
untuk transmisi yang efisien oleh vektor serangga.
 III. KESIMPULAN
Kesimpulan dari paper diatas adalah :
1. Vector penyebab penyakit Citrus stubborn ialah wereng (Circulifer tenellus)
2. Gejala yang ditimbulkan oleh Spiroplasma citris yaitu daun berukuran kecil belang-
belang atau klorosis, daun tegak tidak normal, buah tidak berwarna dengan benar, kecil
(berbentuk biji kecil) dan ujung stylar mempertahankan warna hijaunya, pucuk yang
bercabang tidak normal dengan tunas ketiak memberikan tampilan sapu penyihir

3. Elektroforesis gel produk PCR menunjukkan adanya Spiroplasma citri dalam sampel
menggunakan primer spiraline- f/ spiraline-r yang mengamplifikasi gen pada fragmen 675 bp.
 DAFTAR PUSTAKA

Ahmad SJN, Ahmad JN, Irfan M, Ahmad M, Aslam M. Laporan tanaman inang baru fitoplasma
di Pakistan. Mollicutes fitopatogenik. 2015; 5(1):71- 72.

Arif M, Ahmad A, Ibrahim M, Hassan S. Kejadian dan distribusi virus dan penyakit mirip virus
jeruk di Provinsi Perbatasan Barat Laut Pakistan. Jurnal Botani Pakistan. 2005; 37(2):407.
Bové JM, Garnier M. Phloem-dan bakteri patogen tanaman terbatas xilem. Ilmu
Tumbuhan. 2002; 163(6)::1083-1098.

Bove JM, Renaudin J, Saillard C, Foissac X, Garnier M. Spiroplasma citri, mollicute patogen
tanaman: hubungan dengan dua inangnya, tanaman dan vektor wereng. Batal Review
Fitopatologi. 2003; 41(1):483-500.

Doyle JJ, Doyle JL. Prosedur isolasi DNA cepat untuk sejumlah kecil jaringan daun segar.
Buletin Fitokimia. 1987; 19:11-15.

Economos C, Clay WD. Manfaat nutrisi dan kesehatan dari buah jeruk. Energi (kkal). 1999;
El-Fatah WHA, Egiza AO, Youssef SA, Shalaby AA. Isolasi dan Identifikasi Spiroplasma
citri Terkait dengan Penyakit Citrus Stubborn di Mesir. Jurnal Internasional Penelitian
Lanjutan dalam Ilmu Biologi. 2016; 3(9):223-231.

Fudl-Allah AESA, Calavan EC, Igwegbe ECK. Kultur

organisme mirip mikoplasma yang terkait dengan penyakit jeruk yang membandel.
Fitopatologi. 1972; 62(7):729-731.

Gumpf DJ dan Calavan EC. Penyakit jeruk yang membandel.Penyakit Mycoplasma pada Pohon
dan Semak, 1981, 97- 134.