1. apakah yang dimaksud dengan enzim retriksi?

Enzim restriksi merupakan enzim

nuklease yang mendegradasi molekul DNA dengan memecah ikatan fosfodiester
penghubung satu nukleotida dengan nukleotida lain suatu molekul DNA. Enzim
nuklease terdiri atas eksonuklease dan endonuklease. Eksonuklease dapat
mendegradasi polinukleotida DNA satu per satu dari ujung molekul DNA. Sementara
enzim endonuklease dapat memecah ikatan fosfodiester internal
pada molekul DNA.

2. Ada berapa tipe enzim ?

Tip Kofaktor Urutan DNA yang Urutan DNA yang Contoh

e dikenali dipotong

I ATP, Mg++, 13-15 pasangan basa Tidak spesifik, tidak EcoK

S-adenosil yang sama
metionin mengandung urutan urutan DNA yang
nukleotida tidak spesifik dikenali
sepanjang 6-8
pasangan basa

II Mg++ 4 – 8 pasangan basa , Sangat spesifik, EcoRI

biasanya dengan pemotongan
susunan pada urutan
simetris nukleotida yang
dikenali

III ATP, Mg+ 5 -6 pasangan basa, Sangat spesifik, EcoPI

+, tidak tetapi
(S – tersusun secara pemotongan terjadi
adenosil simetris pada
methionin daerah yang bukan
dapat tempat
menstimula pengenalan yaitu ke
si ujung 3’
aktifitas) dari titik pengenalan

3. Bagai mana ciri site enzim restriksi

Sejak awal tahun 1970an, kira-kira sudah 300 jenis enzim restriksi telah ditemukan
(Prentis, 1990). Enzim restriksi ini memiliki dua sifat yang membuatnya sangat
bermanfaat. Sifat pertama adalah
kekhususannya. Dalam hal ini tiap enzim mengenal dan memotong hanya urutan
nukleotida tertentu pada DNA. Sifat kedua adalah kemampuan sebagian mereka
untuk menghasilkan potongan runcing atau dikenal dengan ujung bangku/ujung
lengket (sticky
ends) ketika mereka memotong DNA yang beruntai ganda (Marx, 1991).
Kebanyakan endonuklease restriksi akan berfungsi secara memadai pada pH 7,4
dan dalam kekuatan ionik, biasanya NaCl serta semua endonuklease restriksi tipe II
 membutuhkan Mg2+ untuk berfungsi (Brown, 1991; Artama, 1991). Selain itu
aktivitas
endonuklease tipe II ini seringkali dipacu pula oleh senyawa pereduksi seperti 2-
merkaptoetanol atau ditiotretiol (Suhartono, 1989). Membuat kondisi yang tepat
untuk aktivitas enzim adalah penting misalnya konsentrasi NaCl atau Mg2+, apabila
tidak tepat maka
kondisi tersebut dapat menyebabkan tidak saja
penurunan aktivitas, tetapi dapat juga mengubah spesifisitas enzim, sehingga
pemotongan DNA terjadi
pada urutan pengenal tambahan yang tidak baku.

4. Jenis-jenis Enzim Retriksi

Secara umum enzim

restriksi digolongkan dalam tiga tipe, yaitu enzim restriksi tipe I, II, dan enzim restriksi
tipe III. Penggolongan ini didasarkan pada kemampuan mengenal dan memotong
urutan DNA. Masing-masing golongan enzim
memiliki cara kerja berbeda-beda.
Enzim restriksi tipe I dan III memiliki mekanisme kerja yang hampir sama. Kedua
golongan enzim ini melakukan pemotongan di luar urutan pengenal DNA. Enzim
restriksi tipe I mengenal
urutan pengenal dalam kisaran 1000-5000 basa sepanjang molekul DNA dan
melakukan pemotongan ikatan fosfodiester secara acak. Golongan enzim ini
memerlukan ATP dan S-adenosil metionin agar dapat bekerja.
Enzim restriksi tipe III juga melakukan pemotongan acak di luar urutan pengenal
yang dikenali. Enzim ini hanya mendegradasi satu rantai molekul DNA berantai
ganda, yang menghasilkan DNA rantai tunggal. Karena kedua tipe enzim ini agak
kompleks dan hanya mempunyai kemampuan terbatas dalam rekayasa genetika,
maka kedua golongan enzim
ini jarang dimanfaatkan pada rekayasa genetika. Enzim restriksi yang umum
digunakan dalam bidang biologi molekul dan teknologi DNA rekombinan adalah
enzim restriksi tipe II, karena memotong DNA pada posisi tertentu di dalam urutan
pengenal. Ciri utama enzim restriksi tipe II adalah mampu mengenal secara
spesifik 4 sampai 7 pasang urutan
nukelotida pada DNA untai ganda.
Urutan ini bersifat polindrom, yaitu
mempunyai suatu urutan basa yang simetri jika urutan tersebut ditarik garis sumbu di
tengah-tengah. Ciri lain adalah mampu memotong molekul DNA pada atau dekat
kedua untai urutan pengenal tersebut. Enzim restriksi menghasilkan fragmen DNA
tertentu dan panjangnya terbatas
dengan urutan basa tertentu sebagai hasil pemotongan DNA.

5. Bagai mana peran enzim restriksi dam rekombinasi DNA/rekayasa genetik?

Enzim restriksi digunakan untuk memotong DNA. Pada tahun 1960,

Werner Arber & Hamilton Smith menemukan enzim dari mikroba yang dapat
memotong DNA utas ganda. Enzim tersebut sekarang dikenal dengan nama enzim
restriksi atau endonuklease restriksi. Enzim tersebut mengenal
dan memotong DNA pada sekuens spesifik yang panjangnya 4 sampai
dengan 6 pasang basa. Enzim tersebut sekarang dikenal dengan nama enzim
restriksi atau enzim endonuklease restriksi. Secara alami, bakteri menghasilkan
enzim restriksi untuk menghancurkan DNA fage yang menginfeksinya (yang masuk
ke dalam sel bakteri). Sampai saat ini sudah banyak jenis enzim restriksi yang telah
ditemukan dan diisolasi dari berbagai spesies bakteri. Nama setiap enzim restriksi
diawali dengan tiga huruf yang menyatakan nama bakteri yang menghasilkan enzim
tersebut. Setiap enzim restriksi mengenal sekuens dan situs pemotongan yang khas.
Enzim restriksi
memotong DNA bukan pada sembarang tempat, tetapi memotong DNA pada bagian
tertentu. Bagian pada DNA yang dikenai aksi pemotongan oleh
enzim restriksi ini dinamakan sekuens pengenal. Suatu sekuens pengenal adalah
urutan nukleotida (urutan basa) tertentu yang dikenal oleh enzim restriksi sebagai
tempat atau bagian yang akan dipotongnya.