Biokimia Farmasi (FAF 221103)

Biosintesis Asam Amino dan Hem

Topik Minggu 11
November 2022

Muthi Ikawati
(muthi_ikawati@ugm.ac.id)
IG: muthi_ikawati
YT: Muthi Ikawati
Materi dikompilasi dan dimodifikasi oleh: Prof. Sismindari, Dr. Rumiyati, Dr. Riris I. Jenie,
Dr. Adam Hermawan, Dr. Setyowati T. Astuti, dan Dr. Muthi Ikawati
Laboratorium Rekayasa Makromolekul, Departemen Kimia Farmasi,
Fakultas Farmasi UGM
 Biokimia Farmasi 3

References
 Biokimia Farmasi 4

Deskripsi dan bahan kajian dari RPKPS

Week
11
 Biokimia Farmasi 5

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 6

Outline
1. Asam amino esensial dan non esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 7

Synthesis of amino acids (AA)

• Sebagian besar bakteri dan tanaman
(bukan mamalia) mensintesis semua 20
asam amino
• Mammalia mensintesis non-essential
asam amino, biasanya berasal dari
intermediates glycolysis atau citric acid
cycle
• Asam amino dengan kebutuhan terbesar
biasanya asam amino essential
• Dalam anabolisme AA à kerangka
karbon biasanya disintesis dulu baru
ditambahkan -NH2

[Campbell & Farrel, 2013, Biochemistry, 8th Ed]

 Biokimia Farmasi 8

Overview of AA metabolism
ENVIRONMENT ORGANISM

Biosynthesis Protein
Ingested
protein 2 3
1
a
AMINO
ACIDS
b
c c
Purines
Degradation Pyrimidines
(required) Porphyrins
Nitrogen Carbon
skeletons
(ketogenic) (glucogenic)
Urea Used for
energy pyruvate
acetoacetate α-ketoglutarate
acetyl CoA succinyl-CoA
fumarate
oxaloacetate
 Biokimia Farmasi 9

Nitrogen balance
Nitrogen balance = nitrogen ingested - nitrogen excreted
(primarily as protein) (primarily as urea)

Nitrogen balance = 0 (nitrogen equilibrium)

protein synthesis = protein degradation

Positive nitrogen balance

protein synthesis > protein degradation

Negative nitrogen balance

protein synthesis < protein degradation
 Biokimia Farmasi 10

AA adalah prekursor untuk berbagai biomolekul

• Building blocks for proteins (of course)
• Purines (adenine, base A in DNA)
• Pyrimidines (cytosine, base C in DNA)
• Histamine (potent vasodilator)
• Nicotinamide (NAD)
• The amino acid glycine + acetate is used to form porphyrins (heme
groups, hemoglobin)
 Biokimia Farmasi 11

AA dalam makanan
• Makanan sehat adalah makanan yang bervariasi, cukup dan mempunyai
“nitrogen yang seimbang” antara yang masuk dan yang disekresikan.
• Tubuh bisa dalam kondisi keseimbangan nitrogen yang “positif atau
negatif “
• Negatif à nitrogen keluar > nitrogen masuk à terjadi saat PUASA, gugus
rantai karbon dari AA akan digunakan untuk glukoneogenesis, sedang
amonia dilepas dari aa dan sebagian besar disekresikan dalam bentuk urea
• Positif à terjadi saat pertumbuhan anak. Cystein dan arginin sangat
diperlukan oleh anak, tidak pada orang dewasa, karena bisa mensintesis
dari metionin dan ornitrin
 Biokimia Farmasi 12

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 13

The flow of nitrogen

in biosphere

[Campbell & Farrel, 2013, Biochemistry, 8th Ed]

 Biokimia Farmasi 14

The nitrogen cycle and nitrogen fixation

• Sintesis asam amino dan nukleotida à diperlukan nitrogen

(N2)
• N2 di atmosfer merupakan sumber utama untuk nitrogen
biologis
• Beberapa mikroorganisme mempunyai nitrogenase yang
dapat mereduksi N2 menjadi ammonia à nitrogen fixation
• Nitrogen di-recycle di alam melalui proses siklus nitrogen
 Biokimia Farmasi 15

Siklus nitrogen
• NO3- and NO2- harus diuubah menjadi NH3 agar dapat diasimilasi dalam oganisme
• Process ini disebut sebagai nitrification (asimilasi nitrat) à memerlukan 2 enzim yaitu
nitrate reductase and nitrite reductase
• Terjadi dalam tanaman hijau, fungi, dan bakteri

[Horton et al, 2012, Principles of Biochemistry, 5th Ed]

 Biokimia Farmasi 16

Biological nitrogen fixation (microorganism)

• Nitrogen fixation hanya terjadi pada mikroorganisme
tertentu / special microorganism (cyanobacteria)
• Nitrogen fixation juga dapat dilakukan oleh mikroorganisme
(Rhizobium, Bradyrhizobium) yang tumbuh dalam nodul
akar dari Legumes – soybean, alfalfa)
• N2 diubah menjadi NH3 dalam reaksi yang dikatalisis
oleh komplek nitrogenase
• Amonia yang dihasilkan dari N2 diasimilasi menjadi
metabolit dengan berat molekul rendah seperti glutamat
atau glutamin

[Horton et al, 2012, Principles of Biochemistry, 5th Ed]


Ammonia assimilation
• Glutamate dehydrogenase - reductive
amination of a-ketogluturate to
glutamate
Pada animal dan plant system enzyme
terdapat dalam mitochondria
Biokimia Farmasi 17
• Glutamine synthetase – ATP-
dependent amidation of gamma-
carboxyl of glutamate to glutamine
Pada mamalia, glutamine disintesis dalam
otot menggunakan GS dan di-transport ke
jaringan lain
[Horton et al, 2012, Principles of Biochemistry, 5th Ed]
 Biokimia Farmasi 18

Transamination by
aminotransferase:
the first step in the
AA catabolism
(e.g. alanine
aminotransferase,
aspartate
aminotransferase)

Amino group donor for Excretion pathway

biosynthetic pathway

(the coenzyme
form of pyridoxine PLP is the prosthetic
or vitamin B6) group of all
aminotransferases
 Biokimia Farmasi 19

Assimilation of ammonia into AA

[Horton et al, 2012, Principles of Biochemistry, 5th Ed]

 Biokimia Farmasi 20

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 21

Overview of AA biosynthesis 4

[Lehninger, 2008, Principles of Biochemistry, 5th Ed]

 Biokimia Farmasi 22

Precursor for AA biosythesis

Prekursor Kelompok Asam Amino
3-P glycerate Serine Ser, Cys, Gly

PEP and erythrose-4-P Aromatic Phe, Tyr, Trp

Pyruvate Pyruvate Ala, Val, Leu

Ribose-5-P Histidine His

Oxaloacetat Aspartate Asp, Asn, Met, Thr, Lys, Ile

a-ketoglutarate Glutamate Glu, Gln, Pro, Arg

 Biokimia Farmasi 23

Families of AA based on biosynthetic pathway

[Campbell & Farrel, 2013, Biochemistry, 8th Ed]

 Biokimia Farmasi 24

Formation of activated methionine =

S-adenosylmethionine (SAM)

SAM is used as –CH3 group donor

in metabolic methylations
(biological methylation)
 Biokimia Farmasi 25
à sederhana

Secara umum struktur

asam amino esensial lebih
kompleks dibandingkan à kompleks
asam amino non-esensial,
yang ditunjukkan dari
jumlah enzim yang
diperlukan dalam tahapan
reaksinya
 Biokimia Farmasi 26

1
(1) 3-phosphoglycerate

• Glycine akan didegradasi menjadi CO2 dan NH3

oleh glycine cleavage complex yang
merupakan pyridoxal phosphate dependent Serine

• Kekurangan glycine cleavage complex terjadi

penumpukan glycin (penyakit nonketotic N5 ,N10–methyl-THF
hyperglycinemia, neurological complications),
Glycin
karena glycin merupakan inhibitor
neurotransmiter
 Biokimia Farmasi 27

(2)
2

CHORISMATE

Non essensial
Synthesis of chorismate Biokimia Farmasi 28

PEP Melewati Jalur Shikimate

Erythrosa 4-PO4
Shikimate

CHORISMATE

Chorismate
Synthesis of tryptophan Biokimia Farmasi 29

Chorismate

Tryptophan synthase

Tryptophan
Synthesis of tyrosine and phenylalanine Biokimia Farmasi 30

Chorismate
4-Hydroxy-
phenylpyru-
vate Phenylpyruvat

4-Hydroxy-
phenylpyru-
vate Phenylpyruva
t

Tyrosin Phenyl-
alanin
 Biokimia Farmasi 31
CH3-CO-COO-

(3)
3

CH3-CH-COO-

NH2

Non essensial
 Biokimia Farmasi 32

4
(4)

Asam amino essensial pada bayi

Non-esensial pada orang dewasa sehat
Ribose 5-phosphate Biokimia Farmasi 33

Ribose-5-
PO4

Histidin
 Biokimia Farmasi 34

5
(5)

aa non essensial
 Biokimia Farmasi 35

6
(6)

Lihat slide 17

Asam amino Non-essensial

a-ketoglutarate Biokimia Farmasi 36

Glutamate

Prolin

Α-ketoglutarate à glutamate
(see slide 17)
Arginin
 Overview of AA biosynthesis 37

Arginine is listed as an essential amino acid because

humans require arginine in their diet to support rapid growth
during childhood and pregnancy, even though it is made by
urea cycle.

Tyrosine is also highlighted because this conditional

nonessential amino acid is made in humans from the
essential amino acid phenylalanine.

[Lehninger, 2008, Principles of Biochemistry, 5th Ed]

 Biokimia Farmasi 38

Sintesis AA diregulasi melalui feedback inhibition

A representation of feedback inhibition, often acting

at the first enzyme in a pathway
Example:
3-phosphoglycerate DH in Ser synthesis is
inhibited by Ser

Inhibited by
isoleucine

Threonine a-Ketobutyrate Isoleucine

 Biokimia Farmasi 39

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino, termasuk biosintesis hem
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 40

AA merupakan bioprekursor
 Biokimia Farmasi 41

AA sebagai prekursor
Amino acid Precursors for biosynthesis:
1 Gly, Asp and Gln Purines
2 Asp Pyrimidines
3 Ser Sphingosine
4 His Histamine
5 Tyr Thyroxine, L-Dopamine (~ Parkinson’s disease),
Norepinephrine and Epinephrine
6 Trp Serotonin, Nicotinamide
7 Glu g-aminobutyric acid
8 Gly Heme, Serine, Glutathione,
9 Gly + Arg Ornithine + Creatine
10 Arg Nitric oxide
 Biokimia Farmasi 42

AA sebagai metabolic precursors

.

Tyrosine sebagai prekursor

beberapa molekul penting
dalam signaling metabolit
dan neurotransmission,
termasuk epinephrine dan
dopamine
 Tyrosin Biokimia Farmasi 43
Dopa

Dopaquinone
Tyrosine juga merupakan
prekursor molekul pigmen
yang disebut sebagai
melanin yang diproduksi
dari dopaquinone
 Biokimia Farmasi 44

Terbentuknya uban secara alami merupakan proses

penuaan à saat produksi melanin menurun / berhenti,
pada human melanocytes yang terletak di dekat akar
rambut, kelainan ini tidak dapat diperbaiki seperti pada
usia muda
 Biokimia Farmasi 45

Heme synthesis
 Biokimia Farmasi 46
Porphobilinogen (PBG), termasuk cincin pyrrole, merupakan jalur
intermediate dalam pembentukan cincin porphyrin
COO-

COO- CH2

CH2 CH2

N
H H2C
pyrrole +
N
NH3 H
Porphobilinogen (PBG)

Cincin porphyrin dibentuk dari 4 molekul porphobilinogen

Dikatalisis oleh Porphobilinogen Deaminase (kondensasi
PBG), terjadi eliminasi gugus amino à Urophyrinogen III
(proses ini melalui beberapa step reaksi yang dikatalisis oleh
berbagai enzim dan terjadi dalam sitosol)
 Biokimia Farmasi 47

COO- uroporphyrinogen III protoporphyrin IX

CH2 COO
- CH2

CH2 CH2 CH CH3

-
OOC CH2 CH2 CH2 COO- H3C CH CH2

NH HN NH N

NH HN N HN
-
OOC CH2 CH2 COO- H3C CH3

CH2 CH2 CH2 CH2

CH2 CH2 CH2 CH2

-
COO- COO COO- COO-

Urophyrinogen III melalui 3 step reaksi akan dibentuk menjadi

protophyrin IX yang dikatalisis oleh 3 enzim: Uroporphyrinogen
Decarboxylase, Coproporphyrinogen Oxidase dan
Protoporphyrinogen Oxidase.
 Biokimia Farmasi 48
CH2 protoporphyrin IX CH2 heme
CH CH3 CH CH3

H3C CH CH2 H3C CH CH2

NH N ++ +
N N
Fe 2H
Fe
N HN N N
H3C CH3 H3C CH3

CH2 CH2 Ferrochelatase CH2 CH2

CH2 CH2 CH2 CH2

COO- COO- COO- COO-

Selanjutnya terjadi penambahan Fe++ pada protoporphyrin IX

oleh ensim Ferrocheletase à menghasilkan heme
Proses ini terjadi pada mitokondria
 Biokimia Farmasi 49

Heme degradation
 Biokimia Farmasi 50

Produksi bilirubin
 Biokimia Farmasi 51
Biosintesis creatine

Arg - Arginine; GATM - Glycine amidinotransferase; GAMT -

Guanidinoacetate N-methyltransferase; Gly - Glycine; Met - Methionine;
SAH - S-adenosyl homocysteine; SAM - S-adenosyl methionine.

• Creatine disintesis dalam liver dan kidney, berfungsi untuk

suplai energi dalam tubuh, utamanya dalam otot
• Suplemen creatine biasanya dipakai oleh para atlit
• Kelebihan creatine dapat meningkatkan formaldehyde dan
merusak liver
 Biokimia Farmasi 52

• Creatinine merupakan produk metabolisme dari creatin dalam otot

(oleh enzim creatine kinase)
• Creatinin dalam serum merupakan indikator fungsi ginjal, karena
creatinin dalam darah akan segera dikeluarkan oleh ginjal melalui
proses penyaringan (glomerular filtration and proximal tubular
secretion)
• Jika fungsi ginjal kurang bagus maka kadar creatinin dalam darah
meningkat
 Biokimia Farmasi 53

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 54

AA oxidation and the production of urea

• Kelebihan asam amino tidak dapat

disimpan seperti halnya glukosa/lemak

• Kelebihan asam amino dapat digunakan

sebagai bahan bakar via:
• Acetyl–CoA
Oxidation • Acetoacetyl–CoA
• Pyruvate
• Citric acid cycle intermediate
• Gugus amino dikonversikan
menjadi urea dan disekresikan
Waste or reuse • Glukosa, asam lemak, dan ketone bodies
dapat dibentuk dari asam amino
 Biokimia Farmasi 55

Nitrogen removal from AA

Step 1: Remove amino group
Step 2: Take amino group to liver for nitrogen excretion
Step 3: Entry into mitochondria
Step 4: Prepare nitrogen to enter urea cycle
Step 5: Urea cycle
 Biokimia Farmasi 56

Step 1. Remove amino group

• Transfer of the amino group of an amino acid to an a-keto acid Þ the

original AA is converted to the corresponding a-keto acid and vice versa:
 Biokimia Farmasi 57

• Transamination is catalyzed by transaminases

(aminotransferases) that require participation of
pyridoxalphosphate:

amino acid

pyridoxalphosphate Schiff base

 Biokimia Farmasi 58

Step 2. Take amino group to liver for nitrogen excretion

Glutamate releases its amino group as
ammonia in the liver

Oxidative deamination (dehydrogenation and

hydrolysis)
Glutamate
dehydrogenase
The amino groups from many of the a-
amino acids are collected in the liver in the
form of the amino group of L-glutamate
molecules

The glutamate dehydrogenase of mammalian liver has the

unusual capacity to use either NAD+ or NADP+ as cofactor
 Biokimia Farmasi 59

Nitrogen carriers
1. Glutamate
transfers one amino group WITHIN cells:
Aminotransferase → makes glutamate from a-ketoglutarate
Glutamate dehydrogenase → opposite
2. Glutamine
transfers two amino group BETWEEN cells → releases its
amino group in the liver
3. Alanine
transfers amino group from tissue (muscle) into the liver
 Biokimia Farmasi 60

Step 3. Entry of nitrogen to mitochondria

 Biokimia Farmasi 61

Step 4. Prepare nitrogen to enter urea cycle

Regulation
 Biokimia Farmasi 62

aspartate
Step 5. urea cycle

Ornithine
transcarbamoylase

Argininosuccinate
synthase

Arginase 1

Argininosuccinate
lyase
 Biokimia Farmasi 63

Siklus urea

63
 Biokimia Farmasi 64

Oxaloacetate à aspartate

OOA
 Biokimia Farmasi 65

Outline
1. Asam amino esensial dan non-esensial
2. Fiksasi nitrogen atau similasi nitrogen
3. Sintesis asam amino non-esensial
4. Reaksi biosintesis yang melibatkan asam amino
5. Katabolisme asam amino
6. Korelasi klinis
 Biokimia Farmasi 66

Level homosistein tinggi ~ kardiovaskular

Cystathionine-β-Synthase
 Biokimia Farmasi 67

Level homosistein tinggi ~ kardiovaskular

 Biokimia Farmasi 68

Level homosistein tinggi ~ penyakit kardiovaskular

 Biokimia Farmasi 69

Jaundice
Biokimia Farmasi 70
 Biokimia Farmasi 71

Penyakit genetik karena kelainan metabolisme

Kelainan genetik pada gen

yang mengkode phenylalanine
hydroxylase bertanggung
jawab pada penyakit
phenylketonuria (PKU)
 Biokimia Farmasi 72

The clinical symptoms of PKU

are caused by the
accumulation of phenylalanine
in the blood that is 30-50
times higher than normal

Summary / key points
• Nitrogen metabolism ~ AA, nucleotides
• Nitrogen fixation, nitrogen assimilation
• AA biosynthesis (“6 groups”)
• Transamination reaction, pyridoxal
phosphate as co-enzyme
• Amino group donors: glutamate,
glutamine
• One carbon transfer carriers:
• Tetrahydrofolate: methylene and
formyl groups
• S-adenosylmethionine: methyl
groups
• Essential and non-essential AA
Biokimia Farmasi 73
• AA as bioprecursor:
• Epinephrine, dopamine, melanin from
tyrosine
• Heme synthesis (glycine + succinyl Co-A à
pyrrole ring à PGB à porphyrin + Fe à
heme)
• Carbo skeleton in AA breakdown
• Glucogenic AA: converted to pyruvate or
oxaloacetate
• Ketogenic AA: converted to acetyl-CoA or
acetoacetyl-CoA
• Urea cycle in AA breakdown
• Clinical implications
 Biokimia Farmasi 74

Any questions?

•…