1

apt. Herni Setyawati, S.Farm., M.Farm.Klin

apt. Yunita Dyah Kusumaningrum, S.Farm., M.Farm.Klin

MODUL PRAKTIKUM
KIMIA MEDISINAL
Semester
Ganjil

Program Studi S1 Farmasi

Fakultas Ilmu Kesehatan

Universitas Anwar Medika
 2

LEMBAR PENGESAHAN

Judul Modul : Modul Praktikum Kimia Medisinal

Matakuliah : Praktikum Kimia Medisinal I

Kode Matakuliah/SKS : FAR1531/ 1 SKS

Nama Penulis : apt. Herni Setyawati, S.Farm., M.Farm.Klin

NIP/ NIDN : 1107017401

Program Studi : SI Farmasi

Sidoarjo, Oktober 2022

Menyetujui,

Ketua Prodi Tim Penyusun

Apt. Yani Ambari, S.Farm., M.Farm. apt. Herni Setyawati, S.Farm., M.Farm Klin
NIDN. 0703018705 NIDN. 1107017401

Dekan Fakultas Ilmu Kesehatan

Dr. apt. Iif Hanifah Nurrosyidah, S.Farm., M. Farm

NIDN. 0722128302
 3

TIM PENYUSUN MODUL

MODUL PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

Penulis:
apt. Herni Setyawati, S.Farm., M.Farm Klin
apt. Yunita Dyah Kusumaningrum., M. Farm. Klin.

Cover & Layout

apt. Herni Setyawati, S.Farm., M.Farm Klin

Alamat
Jl. Raya By Pass Krian KM. 33, Balongbendo, Sidoarjo
Email: univ.anwarmedika@uam.ac.id
 4

PRAKATA

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas limpahan rahmat dan karunia-Nya
sehingga Modul Praktikum Kimia Medisinal dapat terselesaikan dengan baik.
Buku ini merupakan petunjuk tata laksana praktikum yang harus dilaksanakan
oleh mahasiswa program studi SI Farmasi Universitas Anwar Medika pada
semester V. Modul praktikum ini bukuan merupakan referensi yang dapat
dijadikan salah satu daftar pustaka untuk sebuah makalah ataupun laporan.
Dengan demikian, praktikan diharapkan tetap untuk mwmpelajari bubu-buku
literatur yang lain guna menambah pengetahuan dan memperkuat pemahaman
atas modul-modul yang dikerjakan
Dalam penyusunan Buku Petunjuk Praktikum Kimia Medisinal ini masih
banyak kekurangan dan perlu adanya kritik dan saran yang bersifat membangun
dari berbagai pihak. Semoga Buku Pedoman Praktikum Analisis Farmasi II ini
dapat bermanfaat bagi yang memerlukannya. Demikian modul ini disusun,
semoga dapat memberi maanfaat bagi seluruh peserta didik.

Sidoarjo, Oktober 2022

Tim Penyusun Modul

 5

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ...................................................................................... i

HALAMAN PENGESAHAN .......................................................................... ii
TIM PENYUSUN MODUL............................................................................. iii
PRAKATA ................................................................................................... iv
DAFTAR ISI ................................................................................................ v
DAFTAR TABEL ......................................................................................... ix
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... x
PEDOMAN BEKERJA DI LABORATORIUM.................................................. xi
TATA TERTIB PRAKTIKUM.......................................................................... xiii
JADWAL PRAKTIKUM................................................................................. xiv

BAB I PENDAHULUAN
A. CPMK................................................................................................ 1
B. Perkembangan Kimia Medisinal......................................................... 1

BAB II PENENTUAN KOEFISIEN PARTISI (HUKUM PEMBAGIAN)

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 2
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 2
C. Dasar Teori ....................................................................................... 2
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 3
E. Langkah Kerja................................................................................... 3
F. Hasil Praktikum................................................................................. 4
G. Pembahasan...................................................................................... 4
H. Kesimpulan....................................................................................... 4
I. Latihan.............................................................................................. 4

BAB III PENENTUAN SUHU KELARUTAN KRITIK FENOL – AIR

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 5
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 5
C. Dasar Teori ....................................................................................... 5
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 6
E. Langkah Kerja................................................................................... 6
F. Hasil Praktikum................................................................................. 6
G. Pembahasan...................................................................................... 7
H. Kesimpulan....................................................................................... 7
 6

I. Latihan.............................................................................................. 7

BAB IV PREDIKSI ABSORBSI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE,

LIPINSKI RULE OF FIVE DENGAN SCFBIO DAN SIB ONLINE
A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 8
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 8
C. Dasar Teori ....................................................................................... 8
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 8
E. Langkah Kerja................................................................................... 8
F. Hasil Praktikum................................................................................. 14
G. Pembahasan...................................................................................... 14
H. Kesimpulan....................................................................................... 14
I. Latihan.............................................................................................. 14

BAB V PREDIKSI DISTRIBUSI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 15
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 15
C. Dasar Teori ....................................................................................... 15
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 15
E. Langkah Kerja................................................................................... 15
F. Hasil Praktikum................................................................................. 17
G. Pembahasan...................................................................................... 17
H. Kesimpulan....................................................................................... 17
I. Latihan.............................................................................................. 18

BAB VI PREDIKSI METABOLISME MENGGUNAKAN pcKSM ONLINE DAN

SIB ONLINE
A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 19
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 19
C. Dasar Teori ....................................................................................... 19
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 19
E. Langkah Kerja................................................................................... 19
F. Hasil Praktikum................................................................................. 22
G. Pembahasan...................................................................................... 22
H. Kesimpulan....................................................................................... 22
I. Latihan.............................................................................................. 22
 7

BAB VII PREDIKSI EKSKRESI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE

SERTA TOKSISITAS MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE DAN
PROTOX II
A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 23
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 23
C. Dasar Teori ....................................................................................... 23
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 23
E. Langkah Kerja................................................................................... 23
F. Hasil Praktikum................................................................................. 28
G. Pembahasan...................................................................................... 28
H. Kesimpulan....................................................................................... 28
I. Latihan.............................................................................................. 28

BAB VIII PREDIKSI MEKANISME SENYAWA MENGGUNAKAN APLIKASI

PASS ONLINE DAN SIB ONLINE
A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 29
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 29
C. Dasar Teori ....................................................................................... 29
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 29
E. Langkah Kerja................................................................................... 29
F. Hasil Praktikum................................................................................. 31
G. Pembahasan...................................................................................... 32
H. Kesimpulan....................................................................................... 32
I. Latihan.............................................................................................. 32

BAB IX UJI IN SILICO MENGGUNAKAN APLIKASI MVD

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 33
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 33
C. Dasar Teori ....................................................................................... 33
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 33
E. Langkah Kerja................................................................................... 33
F. Hasil Praktikum................................................................................. 35
G. Pembahasan...................................................................................... 35
H. Kesimpulan....................................................................................... 35

BAB X UJI IN SILICO MENGGUNAKAN APLIKASI SWISSDOCK ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 36
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 36
 8

C. Dasar Teori ....................................................................................... 36

D. Alat dan Bahan ................................................................................. 36
E. Langkah Kerja................................................................................... 36
F. Hasil Praktikum................................................................................. 38
G. Pembahasan...................................................................................... 38
H. Kesimpulan....................................................................................... 38

BAB XI ANALISIS HKSA MODEL LFER HANSCH

A. CPMK dan Sub CPMK........................................................................ 39
B. Tujuan Praktikum............................................................................. 39
C. Dasar Teori ....................................................................................... 39
D. Alat dan Bahan ................................................................................. 40
E. Langkah Kerja................................................................................... 40
F. Hasil Praktikum................................................................................. 42
G. Pembahasan...................................................................................... 42
H. Kesimpulan....................................................................................... 42
I.
RUJUKAN
 9

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman
2.1 Perubahan volume asam asetat dan aquades 3
2.2 Hasil pengamatan/praktikum 4
3.1 Hasil pengamatan/praktikum 6
 10

DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman

3.1 Komposisi campuran fenol-air 5

 11

PEDOMAN BEKERJA DI LABORATORIUM KIMIA FARMASI

Syarat untuk mendapat yang baik dalam melakukan pekerjaan di bidang ilmu
kimia adalah harus bekerja dengan rajin, teliti, teratur dan bersih, terutama
dalam pekerjaan analisis kualitatif maupun kuantitatif. Petunjuk-petunjuk di
bawah ini dibuat untuk kepentingan dan eselamatan bersama dan untuk mendidik
para mahasiswa menjadi seorang analis yang baik. Oleh karena itu, perhatikanlah
petunjuk-petunjuk di bawah ini dengan sungguh-sungguh.

1. CARA BEKERJA DALAM LABORATORIUM KIMIA FARMASI

a. Sebelum melakukan suatu percobaan, bacalah dengan teliti petunjuk
pelaksanaannya, dengan mempelajari teorinya. Petunjuk pelaksanaan
(prosedur) ditulis di buku jurnal praktikum disertai reaksi-reaksinya secara
teoritis sebelum bekerja di laboratorium.
b. Lakukan percobaan sesuai dengan prosedur praktikum, selama melakukan
percobaan perhatikan apa yang terjadi, amatilah hasilnya dan catat di dalam
buku jurnal praktikum. Apabila terjadi perbedaan antara hasil teorinya,
maka renungkan apa yang menyebabkan perbedaannya dan tuliskan dalam
pembahasan pada laporan yang anda buat disertai dengan teori-teori
pendukungnya.
c. Perlu diperhatikan bahhwa laboratorium adalah tempat untuk mendidik
para mahasiswa agar menjadi sarjana yang jujur dan penuh dengan
tanggung jawab. Oleh karena itu bekerjalah dengan jujur, sungguh-
sungguh, rajin, teliti, sistematik dan bersih.
d. Jagalah kebersihan laboratorium beserta peralatan dan bahan-bahan di
dalamnya. Jaglah larutan-larutan pereaksi agar jangan sampai terkotori
dengan zat lain.

2. KESELAMATAN KERJA DI LABORATORIUM KIMIA FARMASI

Laboratorium Kimia Farmasi bukan tempat yang berbahaya, sepanjang kita
bekerja dengan hati-hati mengikuti teknik yang benar. Untuk itu hendaknya
ditaati aturan-aturan yang berlaku.
a. Alat pelindung diri
1. Jas laboratorium yang dipakai harus berlengan panjang dan terbuat dari
kain yang tebal
2. Kacamata laboratorium
3. Masker
4. Sarung tangan
5. Sepatu tertutup
b. Api
1. Api harus dihindari, semua senyawa organik bersifat volatile (mudah
menguap) dan mudah terbakar, karena itu hindarkan pemakaian api
terbuka. Pakailah waterbath atau heating mantle.
2. Api di meja seringkali mudah dimatikan dengan lap basah, hati-hati jika
ingin memakai pemadam api, jangan mengenai orang lain.
3. Pakaian terbakar, penting sekali untuk membaringakan dan
menggulirkan penderita. Tetap berdiri akan membahayakan pernapasan
dan mata penderita. Dilarang memakai pemadam api, pakailaih shower.
 12

c. Bahan kimia
Selain bahaya kebakaran oleh pelarut organik, bahan-bahan kimia dianggap
berbahaya karena korodif dan beracun. Karena itu perlu memperhatikan
hal-hal sebagai berikut:
1. Jika terkena bahan kimia korosif, baik pada kulit ataupun mata, cepat
cuci dengan air sebanyak-banyaknya, kemudian minta bantuan
pengawas.
2. Jangan mencoba mencicipi apapun ataupun mencium langsung
asap/uap dari mulut tabung, tapi kipaslah uap tersebut dengan tangan
ke muka anda.
3. Jangan memipet dengan mulut larutan-larutan korosif seperti asam-
asam kuat (HCl pekat, H2SO4 pekat, HNO3 pekat) basa-basa kuat (NaOH
pekat, KOH pekat), dan larutan zat – zat beracun (NaCN, air brom, dan
lain-lain.
4. Jangan menggosok – gosok mata atau anggota badan lain dengan tangan
yang mungkin sudah terkontaminasi bahan kimia.
5. Bahan-bahan kimia dengan uap beracun atau merangsang selalu
ditempatkan di lemari asam. Semua pekerjaan yang menggunakan
bahan-baha tersebut, harus dilakukan dalam lemari asam tersebut.
6. Untuk mengencerkan asam, tuang asam pekat ke dalam air, tidak
sebaiknya.
7. Beberapa bahan kimia memerlukan penanganan khusus, seperti asam
dan basa pekat, bromine, dimetil sulfat, fenol, sianida, H 2S, pelarut
beracun seperti diklorometana, dan pelarut-pelart yang mudah terbakar
seperti aseton.
d. Peralatan gelas
Kecelakaan karena kurang hati-hati dalam penanganan bahan gelas dapat
dihindari dengan memperhatikan hal-hal berikut:
1. Ujung gelas harus tumpul tidak tajam
2. Sebelum memasang sumbat karet atau gabus pada pipa gelas, pastikan
bahwa lubang cukup besar dan telah dibasahi. Pegang gabus di antara
ibu jari dan telunjuk, tidak telapak tangan. Rangkum pipa gelas dekat
ujungnya yang akan disumbat dan dorong pipa dengan tekanan
secukupnya. Gliserin lebih bagus sebagai pelumas dibanding air.
3. Jangan melepas sumbat dengan kekerasan dari pipa gelas. Jika perlu,
potong sumbat atau tarik dengan bor gabus.
4. Jangan coba memaksa memasukkan gabus yang terlalu besar.
e. Disamping hal-hal yang telah disebutkan diatas, untuk berhasilnya
praktikum perlu diperhatikan:
1. Alat-alat praktikum harus bersih dan kering
2. Pelajari dan pahami cara-cara penggunaan alat-alat.
3. Pada setiap praktikum harus disiapkan program kerja secara matang,
termasuk cara kerja.
4. Bila ada kesukaran selama percobaan, dapat ditanyakan pada pengawas
praktikum.
5. Catatlah hasil-hasil percobaan pada buku kerja dan kemudian buatlah
laporan yang rapi dan benar.
 13

TATA TERTIB PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

1. Mahasiswa yang melakukan praktikum Kimia Medisinal harus masuk

laboratorium tepat waktu sesuai jadwal yang telah ditentukan.
Praktikan yang terlambat 15 menit sesudah praktikum dimulai tidak
diperkenankan mengikuti praktikum
2. Mahasiswa yang melakukan praktikum Kimia Medisinal setidaknya
bawa satu laptop dalam satu kelompok yang terdiri atas 5 orang
3. Mahasiswa yang melakukan praktikum dilarang makan dan minum
dilaboratorium
4. Sebelum mengikuti praktikum, mahasiswa diwajibkan mengisi daftar
hadir yang telah disediakan dan mengikuti ujian pendahuluan
(pretest) tentang materi yang akan dipraktikumkan untuk melihat
kesiapan mahasiswa.
5. Mahasiswa yang tidak bisa mengikuti praktikum dikarenakan sakit
wajib melampirkan surat keterangan sakit dari dokter dan akan
mengikuti praktikum susulan sesuai dengan jadwal yang diberikan
dosen pengampu.
6. Mahasiswa diwajibkan mengikuti semua materi praktikum yang telah
ditentukan. Jika mahasiswa tidak dapat mengikuti praktikum lebih
dari satu kali tanpa ada alasan yang jelas maka mahasiswa dianggap
gagal dan mendapatkan nilai praktikum E.
7. Mahasiswa diwajibkan mengikuti ujian akhir praktikum setelah akhir
periode praktikum dan mengerjakan laporan hasil akhir sesuai
dengan format yang telah di tentukan.
8. Kerusakan alat praktikum yang disebabkan karena kelalaian
mahasiswa menjadi tanggung jawab mahasiswa yang bersangkutan.
9. Mahasiswa diwajibkan menjaga kebersihan laboratorium selama
praktikum berlangsung termasuk kebersihan meja dan peralatan.
 14

JADWAL PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

Minggu
No. Hari/Tanggal Pokok Bahasan
Ke:
Kontrak Praktikum dan Instalasi software yang
Rabu, 12 Okt 2022 (B1)
1 akan digunakan dalam proses praktikum pada I
Jumat, 14 Okt 2022 (B2)
laptop masing-masing
Rabu, 19 Okt 2022 (B1)
2 Penentuan koefisien partisi (hukum pembagian) II
Jumat, 21 Okt 2022 (B2)
Rabu, 26 Okt 2022 (B1)
3 Penentuan suhu kelarutan kritik fenol/air III
Jumat, 28 Okt 2022 (B2)
Prediksi absorbsi menggunakan aplikasi pcKSM
Rabu, 02 Nov 2022 (B1)
4 online, Lipinski Rule of Five dengan scfbio dan IV
Jumat, 04 Nov 2022 (B2)
SIB online
Rabu, 09 Nov 2022 (B1) Prediksi distribusi menggunakan aplikasi
5 V
Jumat, 11 Nov 2022 (B2) pcKSM online
Rabu, 16 Nov 2022 (B1) Prediksi metabolisme menggunakan pcKSM
6 VI
Jumat, 18 Nov 2022 (B2) online dan SIB online
 Prediksi ekskresi menggunakan aplikasi
Rabu, 23 Nov 2022 (B1) pcKSM online
7 VII
Jumat, 25 Nov 2022 (B2)  Prediksi toksisitas menggunakan aplikasi
pcKSM online dan Protox II
8 UTS
Rabu, 07 Des 2022 (B1) Prediksi mekanisme senyawa menggunakan
9 VIII
Jumat, 09 Des 2022 (B2) aplikasi Pass Online dan SIB online
Rabu, 14 Des 2022 (B1)
10 Uji in silico menggunakan aplikasi MVD IX
Jumat, 16 Des 2022 (B2)
Rabu, 21 Des 2022 (B1) Uji in silico menggunakan aplikasi SwissDock
11 X
Jumat, 23 Des 2022 (B2) online
Rabu, 28 Des 2022 (B1) Mencari parameter sterik, elektronik dan
12 XI
Jumat, 30 Des 2022 (B2) hidrofobik melalui aplikasi
Rabu, 04 Jan 2023 (B1)
13 Analisis HKSA model LEFR Hansch XII
Jumat, 06 Jan 2023 (B2)
Rabu, 11 Jan 2023 (B1) Menyusun laporan ADMET dan di presentasikan
14 XIII
Jumat, 13 Jan 2023 (B2) tiap kelompok
Rabu, 18 Jan 2023 (B1)
15 Diskusi laporan untuk format akhir XIV
Jumat, 20 Jan 2023 (B2)
17 UAS
 15

BAB I
PENDAHULUAN

A. CPMK
Mahasiswa mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk
melakukan prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan
uji aktivitas secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta
melakukan HKSA sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih
aman, efektif dengan efek samping seminimal mungkin.

B. Perkembangan Kimia Medisinal

Perkembangan kimia medisinal era industry 4.0 menyebabkan semua
berbasis komputasi yang menghasilkan data bioinformatika. Data bioinformatika
sangat berguna untuk mengurangi trial and errors ketika mengembangkan obat
baru yang lebih aman, efektif dengan efek samping seminimal mungkin. Tujuan
utama bermunculan aplikasi computer-aided drug design (CADD) adalah
mengembangkan struktuk kimia dari lead compound (senyawa penuntun) yang
sudah ada, dilakukan jutaan modifikasi. Jutaan modifikasi tersebut dilakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking secara komputasi untuk
menghasilkan senyawa yang sesuai harapan. Jadi dari jutaan senyawa yang
dilakukan screening komputasi akan dihasilkan beberapa senyawa yang layak
untuk disintesis yang akhirnya masuk pada tahap selanjutnya yaitu uji bio
assay (in vitro).
Beberapa aplikasi computer-aided drug design yang telah ada dan banyak
digunakan aplikasi yang berbasis:
1. ADME Toxicity yaitu QikProp, VolSurf, GastroPlus, ALOGPS, OSIRIS
Property Explorer, SwissADME, PACT-F, TOXNET, Leadscope Toxicity
Database.
2. Binding site prediction yaitu MED-SuMo, TRAPP, CAVER, sc-PDB, CASTp,
Pocketome, 3D Ligand Site, metaPocket, Pock Drug
3. Docking yaitu Autodock, DOCK, GOLD, Swiss Dock, Docking Server, 1-
ClickDocking
4. QSAR yaitu cQSAR, SeeSAR, clogP, MOLEdb, ChemDB/Datasets, Datasets
from the Milano Chemometrics and QSAR Research Group, OCHEM, E-
Dragon, Pattern Match Counter
 16

BAB II
PENENTUAN KOEFISIEN PARTISI (HUKUM PEMBAGIAN)

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK: Mahasiswa bisa memahami dan menghitung koefisian distribusi suatu
senyawa pada 2 macam pelarut.
2. Sub CPMK: Mahasiswa mengaplikasikan pemahaman koefisien distribusi
dalam bidang farmsai yang lebih lazim dikenal dengan isilah koefisien partisi.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan penentuan koeisien partisi asam asetat dengan
metode pengocokan

C. Dasar Teori
Suatu zat yang dapat larut dalam dua pelarut yang tidak saling campur
semisal asam asetat yang dapat larut dalam kloroform dan air maka distribusi zat
dalam kedua pelarut tersebut didasarkan pada hukum pembagian. Asam asetat
yang dilarutkan dalam air apabila dikocok dengan kloroform maka asam asetat
tersebut akan terbagi/terdistribusi dalam fasa air dan fasa kloroform. Setelah
tercapai kesetimbangan ternyata kadar asam asetat dalam kedua pelarut tersebut
selalu tetap (pada suhu yang tetap). Kenyataan ini menunjukkan bahwa pada
keadaan tersebut berlaku hukum termodinamika sebagai berikut:

GA = GoA + RT ln aA
GB = GoB + RT ln aB
Keterangan:
GA dan GB = energi bebas zat terlarut dalam pelarut A dan pelarut B
GoA dan GoB = energi bebas zat terlarut pada keadaan standar dalam pelarut A dan B
aA dan aB = aktivitas zat terlarut dalam pelarut A dan B

Pada keadaan kesetimbangan,

GA = GB
GoA + RT ln aA = GoB + RT ln aB
ln aA/ aB = (GoA - GoB) / RT
aA/ aB = K
Keterangan:
K = koefisien distribusi

Dalam larutan yang sangat encer maka,

KAB = CA / CB
Keterangan:
CA = kadar zat terlarut dalam pelarut A
CB = kadar zat terlarut dalam pelarut B

Dalam bidang farmasi, koefisien distribusi lebih lazim dinyatakan sebagai

koefisien partisi (P) dan apabila tidak dinyatakan lain untuk senyawa yang tidak
terionisasi:
P = CA / CB
Keterangan:
CA = kadar zat terlarut dalam pelarut nonpolar
CB = kadar zat terlarut dalam pelarut polar
 17

Bila tidak ada interaksi antara zat dan pelarut maka:

CA = CM - CB; CM = kadar zat mula-mula

Untuk senyawa yang mengalami ionisasi maka

P = CA / CB (1-α); α = derajat ionisasi

Asam asetat bersifat asam lemah, derajat ionisasinya relatif kecil sehingga
dalam praktikum ini nilai α diabaikan. Untuk menghitung nilai α, dapat dicari
melalui persamaan Handerson-Hasselbach sebagai berikut:

pH = pKa + log Cu/Ci; Cu = (1- α) dan Ci = α

pKa = tetapan ionisasi
Cu = kadar zat yang tidak terionisasi
Ci = kadar zat yang terionisasi

D. Alat dan Bahan

- Corong pisah
- 1 set alat titrasi
- Pipet volume
- Gelas piala
- Labu Erlenmeyer
- Larutan asam asetat 1 N
- Air suling/aquades
- Kloroform
- Indikator p.p
- Larutan NaOH 0,2 N atau 0,5 N

E. Langkah Kerja
1. Pipet 5,0 ml larutan asam asetat 1 N, masukkan ke dalam corong pisah.
2. Tambahkan 20 ml aquades
3. Tambahkan 25 ml kloroform
4. Kemudian kocok selama 5 – 10 menit (kearah badan)
5. Diamkan sebentar, pisahkan fasa airnya, pipet 10,0 ml dan masukkan
dalam labu Erlenmeyer
6. Titrasi dengan larutan NaOH 0,2 N atau 0,5 N dengan menggunakan
indikator p.p
7. Ulangi cara 1-5 dengan mengubah jumlah volume asam asetat dan aquades
seperti pada table di bawah ini:

Tabel 2.1 Perubahan volume asam asetat dan aquades

Bahan I II III IV V
Asam asetat (ml) 5 10 15 20 25
Aquades (ml) 20 15 10 5 0
Kloroform 25 25 25 25 25
 18

F. Hasil Praktikum
Tabel 2.2 Hasil pengamatan/praktikum
Hasil I II III IV V
Kadar dalam aquades
Kadar dalam CHCl3
Nilai P
Nilai K (P) rata-rata
Nilai K (P) grafik
Nilai K (P) literatur

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
1) Menentukan kadar asam asetat dalam lapisan air dan kloroform
2) Menghitung nilai K(P)
3) Membuat grafik antara asam asetat dalam air dan dalam kloroform
4) Menentukan nilai K (P) dari grafik
5) Membandingkan nilai K(P) yang didapat dari perhitungan, dari grafik, dan
literatur
 19

BAB III
PENENTUAN SUHU KELARUTAN KRITIK FENOL – AIR

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK: Mahasiswa dapat membuat kurva kmposisi system fenol-air terhadap
perubahan suhu pada tekanan tetap.
2. Sub CPMK: Mahasiswa bisa menentukan suhu kritis timbal balik pada dua
system fenol dan air

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu menentukan suhu kelarutan kritik

C. Dasar Teori
Apabila dua zat cair dicampurkan dengan komposisi yang berbeda-beda maka
terdapat tiga kemungkinan yang dapat terjadi yaitu:
- Kedua zat cair dapat bercampur dalam tiap komposisi
- Kedua zat cair tidak dapat bercampur sama sekali
- Kedua zat cair hanya dapat bercampur pada komposisi tertentu
Kelarutan timbal balik adalah kelarutan dari suatu larutan yang bercampur
sebagian apabila suhunya di bawah suhu kritis. Jika mencapai suhu kritis, maka
larutan tersebut dapat bercampur sempurna (homogen) dan jika suhunya telah
melewati suhu kritis maka system larutan tersebut akan kembali dalam kondisi
bercampur sebagian lagi.

T
Daerah satu fasa

L1 L2

A2 Daerah dua fasa B2 T2

A1 B1 T1

T0

XA = XC = XF =

Gambar 3.1 Komposisi campuran fenol-air

L1 adalah fenol dalam air, L2  adalah air dalam fenol, XA  dan XF  masing-
masing adalah mol fraksi air dan mol fraksi fenol, X C adalah mol fraksi komponen
pada suhu kritis (Tc). Sistem ini mempunyai suhu kritis (Tc) pada tekanan tetap,
yaitu suhu minimum pada saat dua zat bercampur secara homogen dengan
komposisi Cc. Pada suhu T1 dengan komposisi di antara A1 dan B1 atau pada suhu
T2 dengan komposisi di antara A2 dan B2 , sistem berada pada dua fase (keruh).
Sedangkan di luar daerah kurva (atau diatas suhu kritisnya, Tc),sistem berada
pada satu fase (jernih). Temperatur kritis atas Tc adalah batas atas temperatur
dimana nterjadi pemisahan
 20

fase. Diatas temperatur batas atas, kedua komponen benar-benar bercampur.

Temperatur ini ada gerakan termal yang lebih besar menghasilkan kemampuan
campur yang lebih besar
pada kedua komponen.

D. Alat dan Bahan

- Botol timbang
- Tabung reaksi
- Penangas air
- Batang pengaduk
- Thermometer
- Fenol
- Aquades

E. Langkah Kerja
1. Timbang 10,0 g fenol
2. Masukkan dalam tabung reaksi, tambahkan 4,0 ml air
3. Panaskan tabung di penangas air, sambal diaduk-aduk rata.
Amati sistem campuran fenol air tersebut. Temperatur dimana campuran
menjadi transparan/jernih dicatat. Setelah itu, tabung dikeluarkan dari
penangas air
4. Dibiarkan pada suhu kamar sambal diaduk-aduk dan diamati perubahan
sitem campuran tersebut. Suhu dimana system campuran tersebut mulai
keruh (timbul batas antara fenol dan air) dicatat.
5. Kerjakan poin (3) dan (4) berulang-ulang (3-5x) sampai didapat data yang
baik
6. Setelah itu tabung ditambah lagi 4,0 ml air kemudian tabung diperlakukan
seperti pada poin (3) dan (4) lagi. Catat 3 data yang baik
7. Timbang lagi 4,0 g fenol. Masukkan dalam tabung reaksi yang baru. Tabung
ditambah 8,0 ml air. Kemudian tabung diperlakukan seperti poin (3) dan (4)
catat 3 data yang baik
8. Setelah itu tabung ditambah lagi 2,0 ml air. Kemudian tabung diperlakukan
seperti poin (3) dan (4).
9. Setelah itu tabung ditambah lagi 4,0 ml air. Kemudian tabung diperlakukan
seperti poin (3) dan (4).

F. Hasil Praktikum
Tabel 3.1 Hasil pengamatan
Berat (g) Komposisi Suhu
Larutan (% Tepat Tepat
Zat X Zat Y Rata-rata
berat) Jernih Keruh

G. Pembahasan
 21

………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
1) Buatlah kurva temperature (saat jernih & keruh) vs % berat fenol
temperatur saat jernih+ temperatur saat keruh
Temperature =
2
2) Tentukan suhu kelarutan kritiknya
 22

BAB IV
PREDIKSI ABSORBSI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE SERTA
LIPINSKI RULE OF FIVE DENGAN SCFBIO DAN SIB ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan prediksi absorbsi dengan aplikasi bioinfomatika.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan melakukan prediksi absorbsi dengan pcKSM
online serta Lipinski Rule of Five dengan scfbio dan SIB online

C. Dasar Teori
Obat yang masuk dalam tubuh akan mengalami proses absorbsi, distribusi,
metabolisme, dan ekskresi (ADME). Proses absorbsi merupakan dasar yang
penting dalam menentukan aktivitas farmakologis obat. Kegagalan atau
kehilangan obat selama proses absorbsi akan mempengaruhi efek dan
menyebabkan kegagalan pengobatan. Pada rute pemberian tertentu seperti per-
oral, sebelum masuk dalam peredaran darah dan didistribusikan ke seluruh
tubuh terlebih dahulu obat harus mengalami proses absorbsi di saluran cerna.
Tahapan absorbsi pada saluran cerna dipengaruhi salah satunya oleh sifat fisika-
kimia obat terutama pada ukuran partikel molekul obat, kelarutan.obat dalam
lemak/air, dan derajat ionisasi. Semakin besar nilai koefisien partisi (P) lemak/air
suatu senyawa maka kemampuan penembusan membrane yang bersifat
permeable selaktif akan semakin baik. Obat yang tidak terionisasi atau dalam
bentuk molekul ini lah yang dapat menembus membran biologis. Selain itu,
terdapat hubungan antara kelarutan (P) dengan struktur obat.

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw atau Marvinsketch aplikasi

E. Langkah Kerja
 Prediksi absorpsi menggunakan aplikasi pcKSM online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
 23

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi pkCSM online
http://biosig.unimelb.edu.au/

4. Pilih absopsi

5. Maka prediksi
absorpsi akan
keluar
 24

6. Interpretasi
a. Water solubility (log mol/L)
 Water solubility atau log S adalah prediksi kelarutan senyawa dalam air
pada suhu 25°C. Nilai (+) artinya mudah larut dalam air, jika nilai (–) sukar
untuk larut dalam air
b. Caco2 permeability (log Papp in 10-6cm/s)
Caco2 cell lines adalah human epithelial colorectal adenocarcinoma cells yang
merupakan monolayer sel yang sering digunakan sebagai model human
intestinal mucosa secara invitro untuk memprediksikan absorpsi obat secara
peroral. Memiliki permeability yang tinggi jika > 8 10-6cm/s atau > 0,9
c. Intestinal human absorpsi (% absorbed)
 Prediksi penyerapan obat pada usus halus manusia. Jika % penyerapan <30
% termasuk kategori poorly absorbed
d. Skin Permeability (log Kp)
Prediksi senyawa obat dikembangkan dalam bentuk sediaan topical yang
memiliki transdermal drugs delivery system
 Jika > -2.5 log Kp maka termasuk katagori relative low Skin
Permeability
e. P-glycoprotein substate
 P-glycoprotein adalah ATP-binding cassette (ABC) transporter yang
merupakan biological barrier untuk senyawa yang bersifat toksik atau
xenobiotic

 Prediksi absorbsi menggunakan aplikasi Lipinski Rule of Five dengan

scfbio
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
 25

2. Copy senyawa  copy paste paste chem 3D  save as

3. Simpan dalam bentuk mol2

4. Buka website http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp

pilih choose file (format yang bisa dimasukan[*.pdb,
*.mol,*.mol2,*.xyz,*.sdf,*.smi]) klik submit
 26

5. Hasil akan keluar

mr Hydrogen Hydrogen Log P Molar

bond donor bond refractivity
acceptors
490,62 3 9 4,15 128,56

6. Interpretasi
Lipinski Rule of Five metode yang memprediksikan absorbsi suatu senyawa
bisa diserap melalui GIT dengan memenui 5 persyaratan yaitu
1. Mr < 500
2. Hydrogen bond donor <5
3. Hydrogen acceptors < 10
4. Log P <5
5. Molar refractivity antara 40-130

 Prediksi absorpsi
SIB online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
 27

3. Masuk kedalam website http://www.swissadme.ch/index.php  copy paste

dikolom smile

4. Klik run, akan muncul hasil sebagai berikut

 28

Mr Hydrogen Hydrogen MLog P Molar

bond donor bond acceptors refractivity
490,62 3 9 1,47 133.31
5. Interpretasi
Lipinski Rule of Five metode yang memprediksikan absorbsi suatu senyawa
bisa diserap melalui GIT dengan memenui 5 persyaratan yaitu
6. Mr < 500
7. Hydrogen bond donor <5
8. Hydrogen acceptors < 10
9. Log P <5
10.Molar refractivity antara 40-130

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
Tugas Prediksikan absorpsi dari beberapa senyawa di bawah ini (minimal 5)
1) Golongan antibiotic
2) Golongan adrenergic
3) Golongan kolinergik
4) Golongan antikanker
5) Golongan kardiovaskular
6) Golongan CNS Depresan
7) Golongan CNS Stimulant
8) Golongan Antivirus
 29

BAB V
PREDIKSI DISTRIBUSI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan prediksi distribusi dengan aplikasi bioinfomatika.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan melakukan prediksi distribusi dengan aplikasi
pcKSM online

C. Dasar Teori
Setelah masuk ke peredaran sistemik, molekul obat secara serentak
didistribusikan ke seluruh jaringan dan organ tubuh. Molekul obat aktif dapat
mencapai jaringan sasaran atau reseptor obat melalui proses distribusi. Kecepatan
dan besarnya distribusi obat dalam tubuh bervariasi dan tergantung pada
beberapa faktor antara lain sifat fisika kimia obat, sifat membrane biologis,
kecepatan distribusi aliran darah pada jaringan dan organ tubuh, ikatan obat
dengan sisi kehilangan, dan adanya transport aktif dari beberapa obat. Pada
umumnya proses distribusi obat terjadi melalui proses difusi yang mana
dipengaruhi oleh struktur kimia, sifat fisika-kimia obat, dan sifat membrane
biologis.
Pada proses distribusi ini, obat yang merupakan molekul asing dapat
berinteraksi/berikatan dengan biopolimer seperti protein. Ikatan obat-biopolimer
dipengaruhi oleh konformasi molekul obat dan pengaturan ruang daru gugus-
gugus fungsional. Besar ikatan obat-biopolimer bergantung pada sifat fisika kimia
molekul obat dan karakteristik biopolimer. Untuk bisa berinteraksi dengan protein
plasma, molekul obat harus memiliki struktur dengan derajat kekhasan yang
tinggi. Pada umumnya ikatan obat protein lebih bergantung pada struktur kimia
 30

dibandingkan dengan koefisien partisi lemak/air. Selain dengan protein, obat juga
dapat berikatan dengan jaringan diluar plasma darah membentuk depo obat.

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw atau Marvinsketch aplikasi

E. Langkah Kerja
 Prediksi distribusi menggunakan aplikasi pcKSM online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi pkCSM online
http://biosig.unimelb.edu.au/

4. Pilih distribusi
 31

5. Maka prediksi akan keluar

6. Interpretasi
VDss Human (log L/kg)
 Volume distrubusi adalah volume secara teoritical yang menyatakan total
konsentrasi obat yang homogen beredar didalam plasma darah.
 Volume distribusi besar maka konsentrasi obat dalam jaringan lebih
besar dibandingkan pada plasma
 Volume distribusi kecil maka konsentrasi obat dalam plasma lebih besar
dibandingkan dalam jaringan
 Volume distribusi kecil apabila < 0,71 L/kg atau < -0,15 log L/kg
 Volume distribusi besar apabila > 2,81 L/kg atau > 0,45 log L/kg
Fraction unbound
 32

 Fraksi obat dalam plasma yang tidak berikatan

BBB permeability
 Blood brain barrier adalah monolayer pelindung otak agar senyawa kimia
tidak mudah masuk kedalam otak.
 Dikategorikan readily cross BBB jika nilai logBB > 0,3
 Dikategorikan poorly distributed BBB jika nilai log BB<-0,1
CNS Permeability
penembusan obat pada aliran darah diotak
 diprediksikan dapat berpenetrasi pada CNS jika log PS >-2
 diprediksikan tidak berpenetrasi pada CNS jika log PS <-3

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
 Tugas prediksikan distribusi dari beberapa senyawa di bawah ini (minimal 5)
1) Golongan antibiotic
2) Golongan adrenergic
3) Golongan kolinergik
4) Golongan antikanker
5) Golongan kardiovaskular
6) Golongan CNS Depresan
7) Golongan CNS Stimulant
 33

BAB VI
PREDIKSI METABOLISME MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE DAN
SIB ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan prediksi metabolisme dengan aplikasi bioinfomatika.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan melakukan prediksi metabolisme dengan
aplikasi pcKSM online dan SIB online

C. Dasar Teori
Proses metabolisme obat secara umum bertujuan untuk mengubah obat
menjadi metabolit tidak aktif dan tidak toksik, mudah larut dalam air dan
kemudian diekskresikan dari tubuh. Namun, ada pula hasil metabolit yang
bersifat lebih toksik dan ada pula hasil metabolit obat yang mempunyai efek
farmakologis berbeda dengan senyawa induk. Metabolisme obat melibatkan lebih
dari satu proses kimiawi dan enzimatik sehingga menghasilkan lebih dari satu
 34

metabolit. Faktor-faktor yang mempengaruhi metabolism obat antara lain faktor

genetik atau keturunan, perbedaan spesies dan galur, jenis kelamin, usia,
penghambatan dan induksi enzim metabolisme, dan faktor-faktor lain. Perubahan
kimia obat dalam tubuh terutama terjadi pada jaringan dan organ-organ seperti
hati, ginjal, paru, dan saluran cerna. Hati merupakan organ tubuh utama tempat
metabolisme obat terjadi karena mengandung enzim-enzim metabolisme dibanding
organ lain. Enxzim yang berperan dalam metabolisme ini adalah enzim sitokrom
P459. Reaksi metabolisme obat berlangsung dalam dua tahap yaitu reaksi fasa I
(fungsionalisasi) dan reaksi fasa II (konjugasi).

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw atau Marvinsketch aplikasi

E. Langkah Kerja
 Prediksi metabolisme menggunakan aplikasi pcKSM online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi pkCSM online
http://biosig.unimelb.edu.au/

4. Pilih metabolisme
 35

5. Maka prediksi Metabolisme akan keluar

6. Interpretasi
 cytocrome 450 adalah enzim dektoksifikasi yang penting yang terdapat
didalam tubuh yang banyak ditemukana pada liver. Banyak obat
dideaktifasi oleh enzim tersebut dan adapula yang diaktifasi oleh enzime
tersebut. Oleh karena itu sangat penting untuk memprediksikan senyawa
obat tersebut termasuk menghambat enzim cytocrome 450 atau tidak.
Beberapa isoform dari enzim cytocrome 450 sebagai berikut CYP 1A2; 2C19;
2C9; 2D6; 3A4
 cytocrome 450 bertanggung jawab dalam memetabolisme sebagian besar
obat. Terdapar 2 sebagian besar isoform dari cytocrome 450 yaitu 2D6; 3A4

 Prediksi metabolisme menggunakan SIB online

1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
 36

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi SIB online
http://biosig.unimelb.edu.au/

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
 37

 Tugas prediksikan metabolisme dari beberapa senyawa di bawah ini (minimal

5)
1) Golongan antibiotic
2) Golongan adrenergic
3) Golongan kolinergik
4) Golongan antikanker
5) Golongan kardiovaskular
6) Golongan CNS Depresan
7) Golongan CNS Stimulant
8) Golongan Antivirus

BAB VII
PREDIKSI EKSKRESI MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE SERTA
TOKSISITAS MENGGUNAKAN APLIKASI pcKSM ONLINE DAN PROTOX II

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan prediksi ekskresi dan toksisitas dengan aplikasi
bioinfomatika.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan melakukan prediksi ekskresi dengan aplikasi
pcKSM online serta toksisitas menggunakan aplikasi pcKSM online dan protox II

C. Dasar Teori
Sebagian besar obat diekskresikan ke luar tubuh melalui paru, ginjal, empedu,
atau hati, dan sebagian kecil dengan kadar rendah diekskresikan melalui air liur
dan air susu. Ekskresi obat dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya
koefisien partisi lemak/air, sifat obat (asam/basa), ukuran molekul. Proses
pengembangan senyawa obat merupakan suatu tahapan yang panjang untuk
menjamin tidak hanya efikasinya namun juga keamanannya. Keamanan suatu
senyawa dapat dievaluasi melalui uji toksikologi. Uji toksikologi dapat dilakukan
menggunakan penerapan teknologi komputer untuk menganalisis dan
memodelkan data yang tersedia dalam memprediksi aktivitas toksikologi suatu
struktur kimia senyawa.
 38

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw atau Marvinsketch aplikasi

E. Langkah Kerja
 Prediksi ekskresi menggunakan aplikasi pcKSM online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi pkCSM online
http://biosig.unimelb.edu.au/

4. Pilih ekskresi
 39

7. Maka prediksi ekskresi akan keluar

8. Interpretasi
Total Clearence (log ml/min/kg)
Prediksi laju pembersihan obat dalam tubuh yang merupakan kombinasi
antara clearance hepatic (metabolisme liver dan bilinary clearance) dan
clearance renal
Renal OCT 2 Substrate
Organik cation transporter 2 adalah renal uptake transporter yang
berperan penting dalam perubahan dan renal clearance dari senyawa obat
dan senyawa endogen

 Prediksi toksisitas menggunakan aplikasi pcKSM online

1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
 40

3. Copy paste senyawa kimia dalam bentuk smiles pada aplikasi pcKSM online
http://biosig.unimelb.edu.au/

4. Pilih toksisitas

5. Maka prediksi toksisitas akan keluar

 41

6. Interpretasi
Ames toxicity
Ames test adalah metode secara luas digunakan untuk screening awal
suatu senyawa bersifat mutagenik pada bakteria.
 Jika + diprediksikan bersifat mutagenic
Maximal tolerated dose (human) (log mg/kg/day)
MTD adalah perkiraan batas dosis yang aman untuk manusia. Data ini
sangat membantu untuk dosis awal yang diberikan pada uji klinis fase 1.
 dikatagorikan rendah jika ≤ 0,477 log mg/kg/day (3mg mg/kg/day);
dikatagorikan tinggi jika ≥ 0,477 log mg/kg/day (3mg mg/kg/day)
hEGR (human ether-a-go-go) I/II inhibitor
hambatan terhadap kanal kalium dikode oleh hEGR I/II inhibitor dapat
menyebabkan long QT syndrome yang berdampak pada fatal verticular
aritmia
Oral Rat Acute toxicity (mol/kg)
 Yaitu prediksi LD50 pada tikus. LD 50 adalah dosis obat yang diberikan
secara peroral yang menyebabkan kematian 50 % dari populasi tikus.
 Semakin rendah nilai LD50 maka zat tersebut semakin toksik
Oral Rat chronic toxicity (log mg/kg/day)
Hepatotoxicity
Prediksi zat kimia yang menginduksi terjadinya kerusakan sel hepar
Skin sensitisation
 Prediksi suatu zat kimia menginduksi terjadinya suatu alergi kulit,
kontak dermatitis.
T. Pyformis toxicity (log µg/L)
 T. Pyformis adalah protozoa yang digunakan untuk penilaian toxic
endpoint. IG50 adalah konsentrasi zat yang menghambat pertumbuhan 50
% T. Pyformis.
 dikategorikan toxic jika nilai IG50 >-0,5 log µg/L (> 320 ppm)
Minnow toxicity (log mM)
Prediksi toksisitas berdasarkan kematian Flathead minnow berdasarkan
nilai LC50. LC50 adalah konsentrasi zat yang memyebabkan kematian ikan
minnow sebanyak 50 % populasi

 Prediksi toksisitas menggunakan aplikasi Protox II

1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles

3. Masuk
aplikasi
 42

protox II  http://tox.charite.de/protox_II  copy paste  keluar hasil

prediksi.

4. Interpretasi
Terdapat 6 klasifikasi berdasarkan nilai LD50.

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
 Tugas prediksikan ekskresi dan toksisitas dari beberapa senyawa di bawah ini
(minimal 5)
1) Golongan antibiotic
2) Golongan adrenergic
3) Golongan kolinergik
4) Golongan antikanker
5) Golongan kardiovaskular
6) Golongan CNS Depresan
7) Golongan CNS Stimulant
8) Golongan Antivirus
 43

BAB VIII
PREDIKSI MEKANISME SENYAWA MENGGUNAKAN APLIKASI PASS ONLINE
DAN SIB ONLINE

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan prediksi mekanisme senyawa dengan aplikasi
bioinfomatika.

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan prediksi mekanisme senyawa dengan aplikasi
Pass online dan SIB online

C. Dasar Teori
Pada prosedur desain suatu senyawa kimia obat terdapat aspek yang perlu
dipertimbangkan yaitu memprediksi interaksi antara obat dengan target (enzim
atau reseptor). Suatu senyawa obat akan berikatan dengan molekul target
membentuk ikatan sementara/reversible sehingga menimbulkan interaksi antara
keduanya yang menghambat dan menghindari reaksi katalis tertentu pada tubuh
untuk mengobati/mengatasi penyakit. Mekanisme interaksi senyawa obat-target
dapat terjadi secara inhibitor kompetitif atau inhibitor alosterik. Identifikasi
interaksi antara senyawa obat dengan target merupakan hal yang penting
dilakukan dalam pengembangan suatu senyawa obat. Saat ini teknik AI (Artificial
Intellegence) sering diusulkan untuk prediksi interaksi obat-reseptor
menggunakan basis data yang tersedia.

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw atau Marvinsketch aplikasi

E. Langkah Kerja
 Prediksi mekanisme senyawa menggunakan aplikasi Pass Online
1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
 44

3. Masuk
pada
pass online http://www.pharmaexpert.ru/passonline/  copy paste
 get prediction

4. Kemudian akan didapatkan hasil

5. Interpretasi
Jika

kemungkinan aktif diatas Pa (probability active) > 0,7

 45

 Prediksi mekanisme senyawa menggunakan SIB Online

1. Gambarlah senyawa kimia menggunakan chemdraw atau marvin
2. Ubah dalam bentuk smiles dengan cara edit copy asSmiles
3. Masuk pada link http://www.swisstargetprediction.ch/
4. Pilih homo sapiens Copy paste predict target

5. Maka hasil akan keluar

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………
 46

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

I. Latihan
 Tugas prediksikan mekanisme dari beberapa senyawa di bawah ini (minimal 5)
1) Golongan antibiotic
2) Golongan adrenergic
3) Golongan kolinergik
4) Golongan antikanker
5) Golongan kardiovaskular
6) Golongan CNS Depresan
7) Golongan CNS Stimulant
8) Golongan Antivirus

BAB IX
 47

UJI IN SILICO MENGGUNAKAN APLIKASI MVD

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan uji aktivitas secara in silico melalui molecular docking

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan uji in silico menggunakan aplikasi MVD

C. Dasar Teori
Istilah 'in silico' adalah kata modern yang biasanya digunakan untuk
mengartikan eksperimen yang dilakukan oleh komputer dan berhubungan dengan
istilah biologis yang lebih umum dikenal in vivo dan in vitro. Metode komputasi (in
silico) telah dikembangkan dan diterapkan pada pengembangan dan pengujian
hipotesis farmakologi termasuk pengembangan senyawa obat yang mencakup
database, hubungan struktur-aktivitas kuantitatif, farmakofor, model homologi
dan pendekatan pemodelan molekul lainnya. Metode ini dapat digunakan untuk
melakukan seleksi ligan virtual dan profil afinitas virtual dengan mengidentifikasi
molekul aktif untuk target yang diinginkan jika dibandingkan dengan seleksi acak
atau metode tradisional lainnya

D. Alat dan Bahan

- Laptop

E. Langkah Kerja
1. Download PDB  3LN1

2. Remove water  import

 48

3. Untuk mencari active site maka pilih Preparation  Detect Cavity  pilih
cavity yang ditempati oleh ligand.

4. Docking  docking wizardnext

5. Interpretasi
 49

Pilih hasil docking dengan nilai moldock score dan rerank score yang paling
rendah dan hasil RMSD ≤ 2

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

BAB X
UJI IN SILICO MENGGUNAKAN APLIKASI SWISSDOCK ONLINE
 50

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan uji aktivitas secara in silico melalui molecular docking

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan uji in silico menggunakan aplikasi SwissDock
online

C. Dasar Teori
Istilah 'in silico' adalah kata modern yang biasanya digunakan untuk
mengartikan eksperimen yang dilakukan oleh komputer dan berhubungan dengan
istilah biologis yang lebih umum dikenal in vivo dan in vitro. Metode komputasi (in
silico) telah dikembangkan dan diterapkan pada pengembangan dan pengujian
hipotesis farmakologi termasuk pengembangan senyawa obat yang mencakup
database, hubungan struktur-aktivitas kuantitatif, farmakofor, model homologi
dan pendekatan pemodelan molekul lainnya. Metode ini dapat digunakan untuk
melakukan seleksi ligan virtual dan profil afinitas virtual dengan mengidentifikasi
molekul aktif untuk target yang diinginkan jika dibandingkan dengan seleksi acak
atau metode tradisional lainnya.

D. Alat dan Bahan

- Laptop

E. Langkah Kerja
1. Buka link swiss dock http://www.swissdock.ch/target_proteins  pilih
protein target yang akan digunakan  3LN1 (Cyclooxygenase-2)
 51

2. Pilih target enzim atau reseptor  masukan ligan dalam bentuk mol.2 atau
pdb  isikan identitas dan email anda  hasil akan dikirim melalui email

3. Hasil akan dikirim melalui email seperti demikian

4.

Interpretasi
Semakin rendah energi (∆ G kcal/mol) maka semakin cocok ligan beikatan
dengan target reseptor.
 52

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

BAB XI
 53

ANALISA HKSA MODEL LFER HANSCH

A. CPMK dan Sub CPMK

1. CPMK:
Mampu menggunakan beberapa aplikasi bioinfomatika untuk melakukan
prediksi absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas dan uji aktivitas
secara in silico melalui pendekatan molecular docking serta melakukan HKSA
sederhana untuk menemukan design obat baru yang lebih aman, efektif dengan
efek samping seminimal mungkin.
2. Sub CPMK:
Mampu melakukan analisa HKSA menggunakan aplikasi bioinformatika

B. Tujuan Praktikum
Mahasiswa mampu melakukan analisa HKSA menggunakan model LFER
Hansch

C. Dasar Teori
Hubungan kuantitatif struktur kimia dan aktivitas biologis obat (HKSA)
merupakan bagian penting rancangan obat, dalam usaha mendapatkan suatu
obat baru dengan akivitas yang lebih besar, keselektifan yang lebih tinggi,
toksisitas atau efek samping sekecil mungkin dan kenyamanan yang lebih besar.
Salah satu model pendekatan HKSA adalah LFER Hansch. Pendekatan ini
mengemukakan suatu konsep bahwa hubungan struktur kimia dengan aktivitas
biologis (log 1/C) suatu turunan senyawa dapat dinyatakan secara kuantitatif
melalui parameter-parameter sifat kimia-fisika dari substituent yaitu parameter
hidrofobik (π), elektronik (σ), dan sterik (Es). Pendekatan hubungan struktur-
aktivitas oleh parameter sifat dinyatakan melalui persamaan regresi linier di
bawah ini:

Log 1/C = a Σ π + b Σ σ + c Σ Es + d

C : kadar untuk respons biologis baku

Σ π, Σ σ, dan Σ Es : sumbangan sifat-sifat lipofilik, elektronik, dan sterik dari gugus-gugus
terhadap sifat-sifat senyawa induk yang berhubungan dengan aktivitas
biologis
a, b, c, dan d : bilangan (tetapan) yang didapat dari perhitungan analisis regresi linier
Parameter sifat kimia-fisika yang sering digunakan dalam HKSA model Hansch
adalah parameter hidrofobik, elektronik, dan sterik. Parameter hidrofobik yang
sering digunakan adalah log P, tetapan π Hansch, tetapan fragmentasi f Rekker
Mannhold, dan tetapan kromatografi Rm. Parameter elektronik yang sering
digunakan dalam hubungan struktur dan aktivitas adalah tetapan σ Hammet,
tetapan σi Charton, tetapan σ* Taft, dan tetapan F, R Swain-Lupton. Sementara itu,
untuk parameter sterik yang sering digunakan dalam hubungan struktur aktivitas
antara lain tetapan Es Taft, Esc Hancock, tetapan dimensi van der Waal’s, tetapan
U Charton, dan sterimol Verloop. Perhitungan statistik yang sering digunakan
dalam HKSA adalah regresi linier (Y = aX+b) dan non linier (Y = a(X) 2 + bX + c).
Keabsahan persamaan yang diperoleh dan arti perbedaan parameter yang
digunakan dalam hubungan struktur-aktivitas model Hansch dapat dilihat dari
beberapa kriteria statistik seperti r, r2, F, t, dan s.
 54

D. Alat dan Bahan

- Laptop
- Chemdraw

E. Langkah Kerja
1. Tentukan parameter-parameter sterik, elektronik, dan hidrofobik
menggunakan software tertentu (chemdraw)

2. Hasil uji aktifitas jenis apapun nilainya di log kan, bila tidak memiliki hasil
uji aktivitas maka masih diperbolehkan menggunakan hasil docking namun
perlu diketahui konsekwensinya nilai hasil tidak akurat karena membuat
persamaan regresi dari hasil prediksi

log
senyawa tPSA ClogP BM
rerank

45.03 4.66 394.26 0.7234

(1)
48.27 4.82 437.32 0.6866
 55

(2)

96.86 4.4 439.25 2.1085

(3)

106.07 3.09 400.39 2.1142

(4)

54.26 4.58 424.28 0.7314

(5)

75.76 4.37 381.37 1.9764

Cel

3. Buatlah matrix korelasi antara log aktivitas (Y) dengan berbagai deskriptor
atau parameter yang mewakili sterik, elektronik, dan hidrofobik dengan
program spss. Pilihlah deskriptor yang memiliki korelasi dengan log aktivitas
 56

4. Buatlah persamaan HKSA yang menghubungkan antara log aktivitas

terhadap parameter-parameter fisika-kimia yang terpilih dari analisis
matriks korelasi. Persamaan HKSA dipilih yang terbaik dengan
memperhatikan parameter kriteria statistic seperti r, rr, F, t, dan s

Parameter Persamaan keterangan

n=6
r = 0.942
tPSA vs Log Rerank Score Log Rerank = 0.027 tPSA – r2 = 0.887
(linier) 0.517 SE = 0.279
f = 31.4
sig = 0.223
n=6
r =0.669
ClogP vs Log Rerank Score Log Rerank = -0.795 ClogP + r2 = 0.448
(linier) 4.823 SE =0.617
f = 3.243
sig =0.146
n=6
r =0.233
BM vs Log Rerank Score r2 = 0.54
Log Rerank = -0.007 BM +4.180
(linier) SE =0.808
f = 0.229
sig = 0.657

F. Hasil Praktikum
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

G. Pembahasan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………

H. Kesimpulan
………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………
 57

RUJUKAN

Lipinski CA (December 2004). "Lead- and drug-like compounds: the rule-of-five

revolution". Drug Discovery Today: Technologies 1 (4): 337–341.
doi:10.1016/j.ddtec. 2004.11.007

B. Jayaram, Tanya Singh, Goutam Mukherjee, Abhinav Mathur, Shashank

Shekhar, and Vandana Shekhar, "Sanjeevini: a freely accessible web-server for
target directed lead molecule discovery", BMC Bioinformatics, 2012, 13, S7.
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/13/S17/S7

A. Daina., O. Michielin., V. Zoete. SwissTargetPrediction: updated data and new

features for efficient prediction of protein targets of small molecules. Nucleic
Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W357–W364.
https://doi.org/10.1093/nar/gkz382

A. Daina., O. Michielin., V. Zoete. SwissADME: a free web tool to evaluate

pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small
molecules. 2017. Scientific Reports volume 7, Article number: 42717. DOI:
10.1038/srep42717

A. Daina., O. Michielin., V. Zoete. iLOGP: A Simple, Robust, and Efficient

Description of n-Octanol/Water Partition Coefficient for Drug Design Using the
GB/SA Approach. 2014. J. Chem. Inf. Model, 54, 12, 3284–3301.
https://doi.org/10.1021/ci500467k

A. Daina & V Zoete. A BOILED‐Egg To Predict Gastrointestinal Absorption and

Brain Penetration of Small Molecules. 2016. ChemMedChem, 11,1117–1121.
DOI:10.1002/cmdc.201600182

Zoete, V., Daina, A., Bovigny, C., & Michielin, O. SwissSimilarity: A Web Tool for
Low to Ultra High Throughput Ligand-Based Virtual Screening., J. Chem. Inf.
Model., 2016, 56(8), 1399-1404

D. E. V. Pires., T.L. Blundell., D. B. Ascher. pkCSM: Predicting Small-Molecule

Pharmacokinetic and Toxicity Properties Using Graph-Based Signatures.
2015. J. Med. Chem., 58, 4066−4072.
https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b00104

P. Banerjee., A. O Eckert., A. K Schrey., R. Preissner. ProTox-II: a webserver for the

prediction of toxicity of chemicals. 2018. Nucleic Acids Res. Jul
2;46(W1):W257-W263. doi: 10.1093/nar/gky318.

Wishart DS, Knox C, Guo AC, Shrivastava S, Hassanali M, Stothard P, Chang Z,

Woolsey J. Drugbank: a comprehensive resource for in silico drug discovery
and exploration. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34 (Database issue):D668-72.
16381955
 58

F. Suhud., D. H. Tjahjono., T. A. Yuniarta., G. S. Putra., J. Setiawan. Molecular

docking, drug-likeness, and ADMET study of 1-benzyl-3-benzoylurea and its
analogs against VEGFR-2. 2019. IOP Conf. Series: Earth and Environmental
Science 293 (2019) 012018. doi:10.1088/1755-1315/293/1/012018

A. P. Widiyana., G. S. Putra., L. A. Muchlashi., M. I. Sulistyowaty., T. Budiati.

Design and Molecular Docking Studies of Quinazoline Derivatives as
Antiproliferation. 2016. Jurnal Farmasi Dan Ilmu Kefarmasian Indonesia Vol.
3 No. 2

T. Nugroho, Siswandono, B. Prajogo. Studi In Silico Gendarusin A, B, C, D Dan E

Untuk Prediksi Aktivitas Terhadap Enzim Cyp17a1 Sebagai Afrodisiaka. 2014.
E-Journal Planta Husada Vol.2 No.2

M. I. Sulistyowati., A.E. Nugroho., G.S. Putra., J. Ekowati., T. Budiati. Syntheses,

molecular docking study and anticancer activity examination of p-
methoxycinnamoyl hydrazides. 2016. International Journal of Pharmaceutical
and Clinical Research. 8:6

H. Santosa., G. S. Putra., T. A. Yuniarta., T. Budiati. Synthesis and Molecular

Docking Studies of N’-benzoylsalicylhydrazide derivatives as antituberculosis
through InHA enzym inhibition. 2018. Indonesian Journal of Pharmacy. 29.4.
http://dx.doi.org/10.14499/indonesianjpharm29iss4pp198