Salah satu aturan yang mengatur tentang yayasan yang bergerak di bidang pendidikan

adalah Pasal 4 ayat (3)m Undang-undang Pajak Penghasilan Nomor 36 tahun 2008 dam
pengaturan lebih lanjut dalam Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor Per-44/PJ.2009
tentang Pelaksanaan Pengakuan Sisa Lebih yang Diterima atau Diperoleh Badan atau
Lembaga Nirlaba yang Bergerak dalam Bidang Pendidikan dan/atau Bidang Penelitian dan
Pengembangan yang dikecualikan dari Objek Pajak Penghasilan. Pengecualian dalam
peraturan tersebut tersebut hanya diberikan kepada badan atau lembaga nirlaba yang telah
terdaftar pada instansi yang membidanginya

Berkaitan dengan Laporan Laba Rugi atau Income Statement,  bila “pendapatan” lebih besar
dengan beban, maka untuk yayasan nirlaba yang bergerak dalam sektor pendidikan, hal
tersebut dinamakan dengan sisa lebih. Pengertian sisa lebih dalam peraturan tersebut
adalah selisih dari seluruh penerimaan yang merupakan objek Pajak Penghasilan selain
penghasilan yang dikenakan Pajak Penghasilan tersendiri, dikurangi dengan pengeluaran
untuk biaya operasional sehari-hari badan atau lembaga nirlaba.

Persyaratan Pengecualian

            Berkaitan dengan sisa lebih yang dimiliki yayasan  tersebut yang mendapatkan
pengecualian dari Pajak Penghasilan, tentu saja ada persyaratan-persyaratan yang harus
dipenuhi. Bila persyaratan tersebut tidak terpenuhi, maka secara otomatis, “laba” tersebut
dikenakan pajak sesuai ketentuan yang berlaku. Hal ini disebabkan, aturan ini merupakan
bentuk perhatian dari pemerintah salah satunya pada bidang pendidikan.

Pertama, yayasan tersebut berbentuk badan atau lembaga nirlaba yang bergerak dalam
bidang pendidikan dan/atau bidang penelitian dan pengembangan telah terdaftar pada
instansi yang membidanginya.  Dengan demikian, yayasan yang belum terdaftar pada
instansi yang membidanginya tidak mendapatkan pengecualian ini.

Ke dua, sisa lebih yang diperoleh badan atau lembaga nirlaba tersebut ditanamkan kembali
dalam bentuk pembangunan dan pengadaan sarana dan prasarana kegiatan pendidikan
dan/atau penelitian dan pengembangan yang diselenggarakan bersifat terbuka kepada
pihak manapun dan telah mendapat pengesahan dari instansi yang membidanginya, dalam
jangka waktu paling lama 4 (empat) tahun sejak diperolehnya sisa lebih tersebut
dikecualikan sebagai objek Pajak Penghasilan,

Ke tiga, yayasan tersebut wajib menyampaikan pemberitahuan mengenai rencana fisik

sederhana dan rencana biaya pembangunan dan pengadaan sarana dan prasarana
kegiatan pendidikan dan/atau penelitian dan pengembangan kepada Kepala Kantor
Pelayanan Pajak tempat Wajib Pajak terdaftar dengan tindasan kepada instansi yang
membidanginya. Pemberitahuan tersebut disampaikan bersamaan dengan penyampaian
Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan tahun pajak diperolehnya sisa lebih
tersebut atau paling lama sebelum pembangunan dan pengadaan sarana dan prasarana
kegiatan pendidikan dan/atau penelitian dan pengembangan dimulai, dalam jangka waktu 4
(empat) tahun sejak diperolehnya sisa lebih tersebut. Selain itu, untuk lampiran SPT
Tahunan. Selain itu, Wajib Pajak juga wajib membuat pernyataan mengenai sisa lebih serta
pencatatan tersendiri atas sisa lebih yang diterima dan yang digunakan setiap tahun
sebagaimana dimaksud dalam Pasal 5 Per-44/PJ.2009