LAPORAN PENYELIDIKAN EPIDEMIOLOGI COVID -19

1
Laporan Penyelidikan Epidemiologi

A. Latar belakang

Novel coronavirus atau COVID-19 adalah infeksi virus yang sangat

menular dan patogen yang disebabkan oleh coronavirus (SERS-Cov-2) yang
menyebabkan sindrom pernapasan akut. Penyakit ini pertama kali muncul di
Wuhan, Cina dan terus menyebar dari manusia ke manusia. Peningkatan
jumlah kasus dan kematian semakin tidak terkendali. Jumlah kasus semakin
meningkat dan meluas ke banyak negara hingga Organisasi Kesehatan
Dunia (WHO) telah mendeklarasikan darurat kesehatan masyarakat global
pada 30 Januari 2020.
Sebuah meta-analisis yang baru-baru ini diterbitkan mendukung
penelitian sebelumnya yang menunjukkan COVID-19 sebagai penyakit ringan
pada sebagian besar kasus dengan demam dan batuk menjadi gejala yang
paling sering dilaporkan. Kondisi yang parah atau fatal cenderung terjadi pada
orang tua atau mereka yang memiliki kondisi komorbid.

Beberapa pasien COVID-19 menunjukkan tanda-tanda neurologis seperti

sakit kepala, mual dan muntah. Ada bukti bahwa virus SARS-CoV-2 tidak
selalu terbatas pada saluran pernapasan dan dapat menyerang sistem saraf
pusat yang menyebabkan gejala-gejala neurologis. Dengan demikian, ada
kemungkinan bahwa invasi sistem saraf pusat ikut menjadi pemicu atas
gangguan pernapasan akut dan gagal napas pada pasien COVID-19.

Pemeriksaan kasus dan kontak erat ditemukan hubungan positif antara

usia dan waktu dari onset gejala hingga pemulihan. Waktu rata-rata untuk
pemulihan diperkirakan 27 hari pada usia 20-29 tahun, 32 hari pada usia 50-
59 tahun, dan 36 hari pada mereka yang berusia di atas 70 tahun. Studi ini
juga menemukan hubungan antara gejala klinis yang berat dan waktu mulai
dari onset hingga pemulihan. Dibandingkan dengan orang dengan penyakit
ringan, orang dengan penyakit sedang dan berat dikaitkan dengan
peningkatan waktu pemulihan masing-masing sebesar 19% dan 58%.

2
 Sebuah studi kohort retrospektif yang melihat faktor risiko mortalitas di
antara pasien dengan COVID-19 yang telah mengalami hasil yang pasti
menemukan peningkatan kemungkinan kematian di rumah sakit terkait
dengan usia yang lebih tua, penilaian skor kegagalan organ yang lebih tinggi
dan peningkatan kadar d-dimer darah pada saat masuk. RNA SARS-CoV-2
dapat dideteksi bertahan selama rata-rata sampai 20 hari pada orang yang
sembuh dan orang yang meninggal. Perkiraan periode inkubasi rata-rata,
berdasarkan tujuh penelitian yang diterbitkan, adalah 5 hingga 6 hari (mulai
dari 0 hingga 14 hari) . Pasien dengan periode inkubasi yang panjang
kadang-kadang terjadi, namun mereka cenderung 'outlier'. Diperlukan
penelitian lebih lanjut untuk periode inkubasi yang panjang.

Penularan SARS-CoV-2 dari manusia ke manusia adalah melalui droplet

dari orang yang terinfeksi ke kontak yang dekat. COVID-19 sering muncul
sebagai penyakit yang mirip flu biasa. Analisis virologi dari sembilan kasus di
rumah sakit menemukan replikasi virus aktif di jaringan saluran pernapasan
atas, dengan penumpahan virus faring selama minggu pertama gejala.
Namun, bukti saat ini tidak mendukung adanya penyebaran melalui udara
atau feses-oral sebagai faktor utama dalam penularan.

Manajemen klinis COVID-19 kasus saat ini berfokus pada deteksi dini,
isolasi, langkah-langkah pengendalian infeksi yang tepat dan pemberian
perawatan suportif. Pada saat ini tidak ada pengobatan antivirus khusus yang
saat ini direkomendasikan untuk pasien yang diduga atau dikonfirmasi infeksi
SARS-CoV-2, beberapa uji klinis sedang dilakukan untuk mengevaluasi
sejumlah terapi, termasuk remdesivir, lopinavir / ritonavir, dan chloroquine.

Pada tanggal 7 September 2020 Puskesmas Sekupang melaporkan 6

kasus konfirmasi Covid 19, Hasil penyelidikan epidemiologi dan tracing
kontak sebanyak 120 orang kemudian konfirmasi Covid-19 sehingga total
kasus 126 orang yang tersebar di 4 Kelurahan yaitu Tiban Asri ada 34 kasus,
Tanjung Riau 24, Tiban Baru 52, Sungai Harapan 16 kasus. Gejala yang
ditemukan batuk 35 orang, demam 28 orang, sakit tenggorokan 16, anosmia
54 orang, nyeri otot 20 orang, tidak ada keluhan sebanyak 68 orang.

Riwayat perjalanan sebanyak 16 orang, Kontak erat dengan kasus

konfirmasi 43 orang dan yang lainnya tidak ada Riwayat perjalanan dan tidak
tahu jika pernah kontak dengan kasus konfirmasi atau suspek.

3
 Hasil Tabulasi laporan Epidemiologi sebagai berikut:

Data onset Covid-19 dan pengambilan swab di Kec. Sekupang Sep 2020

Tanggal Onset/Tgl mulai gejala Pengambilan swab I

3 Sep 20 2 orang

4 Sep 20 2 orang 4 orang

6 Sep 20 12 orang

7 Sep 20 3 orang 13 orang

8 Sep 20 Tidak ada gejala 38 orang

9 Sep 20 12 orang

10 Sep 20 Tidak ada gejala 34 orang

12 Sep 20 3 orang 14 orang

15 Sep 20 17 orang 20 orang

17 Sep 20 3 orang 7 orang

Hasil tabulasi laporan Epidemiologi Covid-19 di Kecamatan Sekupang

Kel umur Jml pddk Kasus Konfirmasi Meninggal

4
 L P

0-9 3400 2 2 1

10-19 4200 9 9 1

20-29 2800 4 5 2

30-39 2600 16 8 5

⚠︎≧ 40 7000 46 25 6

Total 20000 77 49 15

B. Tujuan

Penyelidikan epidemiologi dilakukan dengan tujuan mengetahui besar

masalah KLB dan mencegah penyebaran yang lebih luas.

Secara khusus tujuan penyelidikan epidemiologi sebagai berikut:

1. Mengetahui karakteristik epidemiologi, gejala klinis dan virus
2. Mengidentifikasi faktor risiko
3. Mengidentifikasi kasus tambahan
4. Mengidentifikasi kontak erat
5. Memberikan rekomendasi upaya penanggulangan

C. Metode

Penetapan KLB mengacu pada Peraturan Menteri Kesehatan

Republik Indonesia nomor 1501 tahun 2010 tentang Jenis Penyakit
Menular Tertentu yang Dapat Menimbulkan Wabah dan Upaya
Penanggulangan bahwa suatu daerah dapat ditetapkan dalam keadaan
KLB apabila memenuhi salah satu kriteria KLB yaitu jika ditemukan satu
kasus konfirmasi COVID-19 di suatu daerah maka dinyatakan sebagai
KLB di daerah tersebut.

5
 Untuk memastikan adanya KLB, dilakukan pengambilan sampel
swab nasofaring dan orofaring dan case finding terhadap populasi yang
berisiko dengan tanda dan gejala serta kontak erat.

Definisi operasional kasus dalam KLB Covid-19 ini adalah (Kementerian

Kesehatan RI 2020) sebagai berikut:

a. Kasus Probable
Kasus suspek dengan ISPA Berat/ARDS***/meninggal dengan gambaran
klinis yang meyakinkan COVID-19 DAN belum ada hasil pemeriksaan
laboratorium RT-PCR.

b. Kasus Konfirmasi
Seseorang yang dinyatakan positif terinfeksi virus COVID-19 yang ibuktikan
dengan pemeriksaan laboratorium RT-PCR. asus konfirmasi dibagi menjadi
2 yaitu:

1) Kasus konfirmasi dengan gejala (simptomatik)

2) Kasus konfirmasi tanpa gejala (asimptomatik)

c. Kasus Suspek
Seseorang yang memiliki salah satu dari kriteria berikut:
1) Orang dengan Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA)* DAN pada 14
hari terakhir sebelum timbul gejala memiliki riwayat perjalanan atau
tinggal di negara/wilayah Indonesia yang melaporkan transmisi lokal**.
2) Orang dengan salah satu gejala/tanda ISPA* DAN pada 14 hari terakhir
sebelum timbul gejala memiliki riwayat kontak dengan kasus
konfirmasi/probable COVID-19.
3) Orang dengan ISPA berat/pneumonia berat*** yang membutuhkan
perawatan di rumah sakit DAN tidak ada penyebab lain berdasarkan
gambaran klinis yang meyakinkan.

Metode pengumpulan data dalam penyelidikan epidemiologi

Covid-19 melalui wawancara menggunakan form Penyelidikan
Epidemiolgi sesuai lampiran dalam Pedoman Penanggulangan Covid -
6
 19 Revisi ke-5. Wawancara dilakukan pada semua kontak erat dengan
kasus konfirmasi Covid-19 meliputi gejala, riwayat perjalanan, riwayat
kontak dengan kasus suspek, probabel maupun konfirmasi serta
penyakit penyerta Analisis data dilakukan secara deskriptif menurut
orang, tempat dan waktu. Variabel akan disajikan dalam bentuk narasi,
tabel atau gambar untuk menampilkan distribusi dan frekuensi atau
proporsi karakteristik variabel.

D. Hasil

1. Data Umum

Pesantren “X” terletak di Kecamatan Toapaya Kabupaten Bintan,

merupakan wilayah Kerja Puskesmas Toapaya. Jumlah Santri sebanyak
430 orang terdiri dari 200 orang santri perempuan dan 230 orang santri
laki-laki. Jumlah tenaga pengajar sebanyak 20 orang dan tenaga
penunjang lainnya sebanyak 10 orang. Hasil pemeriksaan PCR
sebanyak 47 orang dalam lingkungan pesantren terkonfirmasi Covid-19.
Gejala Covid-19 yang ditemukan sebagai berikut:

Persentase Gejala Covid-10 di Pesantren X Kab. Bintan

Tahun 2020
53
60 45 47
50
40 30
30 17 13 13 17
20 9 9
10
0
k n as a re ia ah t a
am tu ka ap al a to al
m Ba ro ep Di os
m m i O ej
De g o k N K n Le e r g
ng sa kit A Ny da
i te Se Sa a ka
er Ti
d
Ny

Gejala

Dari gambar di atas persentase gejala yang dominan pada kasus

konfirmasi Covid-19 di Pesantren X adalah anosmia sebanyak 53% dan

7
batuk sebanyak 45 %. Sedangkan yang tidak ada gejala 47% , hampir
separuh kasus konfirmasi tidak ada gejala.

2. Analisis kasus COVID-19 berupa gambaran karakteristik kasus menurut

variabel epidemiologi (waktu kejadian, tempat dan orang)

a. Kurva Epidemik Covid-19 di Pesantren “X” Kabupaten Bintan Tahun

2020

Kurva Epidemik dibuat berdasarkan onset atau tanggal mulai

gejala. Pada kasus konfirmasi tanpa gejala onset yang dipakai adalah
tanggal pengambilan swab pertama.

Kurva Epidemik Covid-19 di Pesantren “X” Kab.

Bintan Tahun 2020
18 17
16
14
12 11
10 9
8
6 5
4 2 2
2 1
0
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20
e p- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep- ep-
S S S S S S S S S S S S S S S S S S S
1- 2- 3- 4- 5- 6- 7- 8- 9- 10- 11- 12- 13- 14- 15- 16- 17- 18- 19-

Berdasarkan gambar di atas menunjukkan bahwa kasus pertama

pada tanggal 2 September 2020 dan kasus tertinggi pada tanggal 11

8
 September 2020. Terjadi penyebaran dari orang keorang dalam satu
tempat dan masih dalam masa inkubasi yang ditunjukkan oleh kurva
common source.

b. Attack Rate Covid - 19 Menurut Tingkatan Pendidikan di Pesantren “X”

Kab. Bintan Tahun 2020

Attack Rate Covid-19 Menurut Tingkatan Pendidikan

Pesantren "X" Kab. Bintan Tahun 2020
50 25.0
45
40 20.0 20.0

AR (%)
35
Jumlah kasus

30 15.0
25 12.5
20 10.2 10.0
15 7.3
6.3
10 5.0
5
0 0.0 0.0
SD/MI SMP/MTs SMA/MA Pengajar Penunjang Total

Jumlah Kasus Attack Rate

Dari grafik di atas Jumlah kasus tertinggi menurut tingkatan

pendidikan yaitu SMP/MTS dengan jumlah kasus sedangkan Attack Rate
tertinggi adalah pada tenaga pengajar sebanyak 2020.

c. Attack Rate Covid - 19 Menurut Jenis Kelamin di Pesantren “X” Kab.

Bintan Tahun 2020

9
 Attack Rate Covid -19 Menurut Jenis Kelamin di Prov. Kepri Minggu
Ke-25 Tahun 2020

13.5
14.0
12.0
10.0
7.3
8.0
6.0
4.0
2.0
0.0
Laki-laki Perempuan

Attack Rate Covid 19 menurut jenis kelamin terbanyak adalah perempuan

sebesar 13, 5% .

d. Case Fatality Rate Covid - di Pesantren “X” Kab. Bintan Tahun 2020

Case Fatality Rate Covid 19 adalah 0 (nol) karena tidak ada

kematian akibat Covid -19 pada KLB di Pesantren “X” Kab. Bintan. Hal
ini disebabkan karena kebanyakan kasus konfirmasi adalah tanpa gejala
dan gejala ringan tanpa ada comorbin dan usia yang relatif muda.

e. Recovery Rate Covid - 19 di Pesantren “X” Kab. Bintan Tahun 2020

10
 Recovery Rate Covid 19 dan di Pesantren “X” Kab. Bintan
Tahun 2020

4.3

95.7

Sembuh Isolasi

Recovery Rate pada sampai dengan minggu ke-3 September sebanyak 4,3
% dan kaus konfirmasi yang sedang melakukan isolasi sebanyak 95,7 %

3. Analisis faktor risiko

Analisis faktor risiko Covid-19 berdasarkan hasil penyelidikan

epidemiologi Covid-19 di Pesantren “X” Kabupaten Bintan sebagai
berikut:

Faktor Risiko Covid -19 di pesantren “X” Kab. Bintan

Tahun 2020
43
40
30
20 4
0 0 0 0
10
0

Dari gambar di atas faktor risko Covid-19 yang dominan adalah

kontak erat dengan kasus konfirmasi sebanyak 43 kasus (91,5%) .

11
 Banyaknya kasus Covid- 19 akibat kontak erat dengan kasus konfirmasi
disebabkan karena lingkungan sangat mendukung terjadinya transmisi
karena adanya kumpulan orang dalam satu kamar (1 kamar diisi 15-25
orang, waktu sholat berjamaah serta diruang kelas yang memudahkan
transmisi Covid-19.

Faktor risiko lainnya seperti riwayat perjalanan pada semua kasus

konfirmasi tidak memiliki riwayat perjalanan karena pesantren “X”
merupakan boarding school. Demikian halnya dengan faktor risiko
comorbid (0 %) atau semua kasus konfirmasi tiodak mempunyai
komorbid sehingga hal ini lebih menguntungkan dari segi prognosis.

4. Analisis kontak kasus

Onset kasus pertama mulai tanggal 2 September 2020, hasil

penyelidikan epidemiologi ditemukan bahwa ada kunjungan orang tua
santri pada tanggal 23 Agustus 2020 , memiliki riwayat perjalanan dari
daerah terjangkit Covid-19 dan juga satu orang pengajar yang memiliki
riwayat perjalanan dari daerah terjangkit.

Dalam 2 minggu terakhir tidak ada santri yang keluar dari area pesantren
“X”, sehingga kemungkinan sumber penularan berasal dari kunjungan
orang tua atau pengajar yang memiliki riwayat bepergian kemudian
terjadi penularan masif dalam lingkungan pesantren.

12
 5. Hasil pemeriksaan laboratorium

Hasil pemeriksaan laboratorium pada 404 orang di Pesantren “X”

terdapat positivity rate sebesar 11,6 %.

6. Upaya Penanggulangan Covid-19

Upaya penanggulangan yang sudah dilakukan yaitu

a. Isolasi mandiri dilingkungan pesantren bagi kontak erat dengan

kasus konfirmasi
b. Merujuk kasus konfirmasi dengan gejala yang berat
c. Pemeriksaan laboratorium Rt-PCR ada kontak erat dan suspek
d. Tindakan pengendalian faktor lingkungan dengan melakukan
penyemprotan desinfektan dilingkungan Pesantren.
e. Pemberian suplemen/vitamin
f. Pemantauan pada kontak erat

E. Kesimpulan dan rekomendasi

1. Kesimpulan

a. Jumlah kasus konfirmasi sebanyak 47 orang, dengan atttack rate

tertinggi pada perempuan serta pengajar.
b. Kasus tertinggi menurut tingkatan pendidikan adalah SMP/MTS.
c. Case Fatality Rate sebesar 0%
d. Recovery rate sebesar 4,3 % dan 95,7 % isolasi.
e. Terjadi transmisi dari pelaku perjalanan yang berasal dari luar
pesantren kemudian terjadi penularan dalam lingkungan pesantren.

13
2. Rekomendasi

Rekomendasi berdasarkan hasil Penyelidikan Epidemiologi sebagai

berikut:

a. Identifikasi cepat Covid-19 dengan melakukan tracing kontak dan

pemeriksaan laboratorium.
b. Meningkatkan kecepatan diagnosis dan manajemen kasus yang
efektif dan efisien
c. Pencegahan dan pengendalian infeksi dengan menerapkan protokol
kesehatan serta melakukan desinfeksi pada lingkungan pesantren.
d. Isolasi Pemantauan yang ketat suspek dan kontak.
e. Melakukan Promosi kesehatan untuk meningkatkan kesadaran dalam
populasi serta melakukan komunikasi risiko.
f. Meningkatkan pembatasan sosial dan menjaga jarak termasuk
membatasi kunjungan orang tua santri ke pesantren.

14