DISERTASI

SIDANG PROMOSI
PASCASARJANA IPB UNIVERSITY
 HSP70 Sapi Bali Stres panas

Respons fisiologi, morfologi, dan molekuler sapi

Bali (Bos javanicus) terhadap lingkungan
panas yang berbeda
Ikhsan Suhendro
D161190098
KOMISI PEMBIMBING DEWAN PENGUJI

Prof Dr Ir
Prof Dr Ir Prof Dr Ir
Ronny Rudy Cece
Rachman Noor Priyanto Sumantri MAgrSc
MRurSc
Divisi Genetika & Divisi Produksi Ternak Divisi Genetika &
Pemuliaan Ternak Daging, Kerja, & Aneka Pemuliaan Ternak
Ternak

Prof Dr Ir

Prof Dr
Wasmen Dr

Jakaria SPt MSi Manalu AIF Andi Baso

Divisi Anatomi Fisiologi Lompengeng Ishak SPt MP
Divisi Genetika &
dan Farmakologi Kepala Balitnak Litbang
Pemuliaan Ternak
Pertanian Ciawi
Dr Ir
Idat Galih Dr

Permana Salundik
SPt MSi
M.Sc.Agr
Kepala Program
Pimpinan Sidang
Studi IPTP
Dekan Fapet
 ΔT = +5 °C
Δ€ = -2.24T

↓ Pertumbuhan
↓ Produksi susu
↓ Kesuburan
↑ Kerentanan penyakit
↑ Kematian
 Evaluasi Fenotipe
Pengaruh lingkungan terhadap
fenotipe sapi Bali

Tujuan
Identifikasi haplotipe
penelitian Keragaman gen HSP70 sebagai
bentuk haplotipe
Evaluasi profil morfo-fisiologi sapi Bali
dan genotipe HSP70 pada lingkungan
yang berbeda untuk menggambarkan Analisis asosiasi
profil toleransi cekaman Asosiasi haplotipe dan ekspresi
panasnya. gen terhadap fenotipe Sapi Bali
Ruang Lingkup
1. Identifikasi profil morfologi dan asimetris tubuh
sapi sebagai hasil adaptasi terhadap cekaman
panas
2. Identifikasi aspek teknis pemeliharaan sapi Bali,
kondisi lingkungan, dan respons fisiologis sapi
Bali terhadap cekaman panas
3. Analisis aktivitas gen pada profil fisiologis dan
produktivitas sapi Bali pada kondisi cekaman
panas
Kebaruan Penelitian
01 Pengaruh cekaman panas pada tingkat stres sapi Bali yang
dibuktikan dengan fluktuasi asimetris

02 Korelasi negatif antara profil fisik dan respons fisiologi sapi Bali

03 Keragaman gen HSP70 pada sapi Bali sebanyak 30 SNP

04 Asosiasi keragaman gen HSP70 terhadap sifat fisiologi dan fisik

sapi Bali

05 Haplotipe sapi Bali toleran panas dan rentan panas

06 Ekspresi gen HSP70 pada sapi Bali yang toleran panas dan
rentan panas
01 Stres Panas pada
Perbedaan Altitud
 MATERIAL & METHODS
Koleksi Hewan
Daerah penelitian dipilih berdasarkan perbedaan altitud yang
berkorelasi dengan THI. Koleksi data menggunakan teknik
purposive sampling dengan sapi Bali dari setiap lokasi yang telah
mencapai dewasa tubuh dan dewasa kelamin (> 1.5 tahun)

Pangyangan Sembalun Serading

Low altitude High altitude Low altitude

Kondisi Lingkungan
Sapi dipelihara dalam kandang semi intensif. Mereka diberi
pakan dan hijauan dari hasil pertanian. Sapi bali di BPTU
Pangyangan secara eksklusif diberi nutrisi pakan yang cukup, Sembalun
Pangyangan
sementara yang lain kurang. Serading
 Fisiologi

RR HR
Resprt. Heart
rate rate

TR BCA
Rectal Benezra’s Performa sapi
temp. adapt. Fisik
Sapi Bali yang telah mencapai
dewasa tubuh diukur saat mereka
masuk di kandang jepit BW BCS
Body Body
weight condition

BGL
Blood
glucose

12
 Ukuran Asimetris
MATERI & METODE

Variabel Keterangan (sisi kanan dan kiri cm) Referensi

Tanduk Lingkar tanduk (Kruuk et al. 2003)
Metacarpus Lingkar kaki depan (Callens et al. 2011; de
Metatarsus Lingkar kaki belakang Coster et al. 2013)
Pelvis Jarak tulang hip ke tulang belakang (Van Rooyen et al. 2012;
Agamy et al. 2015)
 80.00 85.00

70.00
80.00

Humididty & temperature

60.00 66.25
78.07
59.50
50.00 75.87
52.25 75.00

THI
40.00

30.00 70.00
69.06
30.25
20.00 26.90

1.1
22.68 65.00
Iklim Mikro di Altitud 10.00

HASIL & PEMBAHASAN - 60.00

Serading Pangyangan Sembalun
THI berubah secara gradual dengan Humidity Temperature THIs
adanya peningkatan altitud. Sembalun
Altitudes Descriptive statistics
memiliki Ta dan THI yang lebih tinggi Variables Serading Pangyangan Sembalun Mean Max Min SEM CV %
(p<0.05). Nilai lapse rate dalam (50 MSL) (46 MSL) (1.186 MSL)
penelitian ini sekitar 4.32 – 7.06 °C km-1.
Ta 30.70a 27.96a 23.64b 27.43 36.00 16.7 1.00 16.76
RH 51.57 62.43 58.57 57.52 90.00 33.00 3.18 25.37
THI 78.79a 77.02a 70.51b 75.44 83.45 61.64 1.1 6.71
 Fisiologi Fisik

1.2
Seks Lokasi
RR HR TR BCA BB BCS BGL
Serading 39.20 72.00 38.87 2.72 247.70c 2.27c 42.95a
Jantan Pangyangan 38.84 65.89 38.61 2.70 357.97a 3.92a 45.63a

Fisiologi dan Fisik

Sembalun 23.00 60.00 37.50 1.98 232.69c 1.94c 45.25a
Serading 35.69 71.38 38.72 2.56 252.93bc 1.85c 50.54a
Betina Pangyangan 42.50 78.75 38.97 2.87 313.75ab 3.38b 49.81a HASIL & PEMBAHASAN
Sembalun 25.00 62.80 38.07 2.08 271.24bc 2.20c 34.80b
Rerata jantan 36.30 67.49b 38.31b 2.58 289.72 2.88 44.43 Fisiologi dipengaruhi oleh jenis kelamin & altitud
Rerata betina 33.55 70.29a 38.58a 2.46 280.26 2.49 43.88
• HR and TR jantan lebih rendah (p<0.05).
Rerata Serading 37.82a 71.76a 38.81a 2.66a 249.76b 2.10b 45.94a
• Fisiologi di dataran tinggi lebih rendah (p<0.05)
Rerata Pangyangan 40.51a 71.77a 38.77a 2.77a 337.76a 3.67a 47.54a
Rerata Sembalun 24.43b 62.00b 37.90b 2.05b 260.23b 2.13b 37.79b
Rerata 34.67 68.59 38.52 2.51 285.86 2.69 44.08 Fisik dipengaruhi oleh altitud
SEM 0.92 1.310 0.08 0.04 7.45 0.10 0.97
KK % 25.97 18.68 1.96 15.97 25.42 34.48 21.35
• BB, BCS, BGL lebih besar di Pangyangan.
P-sex 0.43 * * 0.37 0.93 * 0.74 • Sembalun and Serading tidak berbeda.
P-altitude *** *** *** *** *** *** ***
P-interaction 0.09 0.09 0.15 0.08 * ** ***
83.00
2.90
Fisiologi
73.00 Faktor
RR HR TR BCA
63.00 2.70
Jantan 36.3 67.49b 38.31b 2.58
53.00 2.50 Betina 33.55 70.29a 38.58a 2.46
43.00 2.30 Serading 37.82a 71.76a 38.81a 2.32a
33.00 Pangyangan 40.51a 71.77a 38.77a 2.41a
2.10
23.00 Sembalun 24.43b 62.00b 37.90b 1.83b
1.90
13.00 Rerata 34.67 68.59 38.52 2.51
3.00 1.70
SEM 0.92 1.31 0.08 0.04
(7.00) jantan Betina jantan Betina jantan Betina 1.50 KK % 25.97 18.68 1.96 15.97
Pangyangan Serading Sembalun
P-sex 0.43 * * 0.37
RR (kali/menit) HR (denyut/menit) TR (°C) BCA P-altitude *** *** *** ***

1.3
Respons Fisiologi
Sembalun = TNZ (THI<74). Fisiologinya lebih rendah

Altitud rendah => Alert & hazard (THI>75).

HASIL & PEMBAHASAN Meskipun terdapat perbedaan fisiologi, namun rentang nilai
masih dalam batas toleran fisiologi normal sapi
 Physics 60.00 5.50
Faktor
BW BCS Glu 5.00
50.00
Rerata jantan 289.72 2.88 44.43 4.50
Rerata betina 280.26 2.49 43.88 40.00 4.00
Rerata Serading 249.76b 2.10b 45.94a
3.50
Rerata Pangyangan 337.76a 3.67a 47.54a 30.00
3.00
Rerata Sembalun 260.23b 2.13b 37.79b
20.00 2.50
Rerata total 285.86 2.69 44.08
2.00
SEM 7.45 0.10 0.97 10.00
1.50
KK % 25.42 34.48 21.35
- 1.00
P-sex 0.93 * 0.74
jantan Betina jantan Betina jantan Betina
P-altitude *** *** ***
Pangyangan Serading Sembalun
P-interaksi * ** ***
BB (kg/10) Glukosa (mg/dL) BCS

1.4 Perbedaan lingkungan stres di Lombok dan Serading

tidak menyebabkan perbedaan sifat fisik.
Profil Fisik Sebaliknya, stres panas tidak membuat sapi di
HASIL & PEMBAHASAN Pangyangan memiliki fisik yang kecil.
 Sembalun Serading
2.5
2
1.5
1
0.5
0

1.5 Fluktuasi Asimetris

Horn

Pelvic

Metatarsus

Horn

Pelvic

Multiple
Metacarpus

Metacarpus

Metatarsus
HASIL & PEMBAHASAN

• Meskipun tidak terdapat perbedaan FA1 FA5 FA11

sifat pertumbuhan pada faktor altitud
FA Index Sifat (cm) Sembalun Serading Rerata
antara Serading dan Sembalun, namun
FA1 Tanduk 0,31 0,53 0,44
terdapat penyimpangan asimetris Pelvis 0,13 0,15 0,14
pada morfologi sapi Bali (p<0.05). Metacarpal 0,23b 0,78a 0,57
• Lingkar kaki (metacarpal & metatrsal) Metatarsal 0,46b 0,81a 0,67
FA5 Tanduk 0,25 0,42 0,35
sapi Bali signifikan (p<0.05) lebih
Pelvis 0,1 0,12 0,11
asimetris pada kondisi habitat stres Metacarpal 0,18b 0,63a 0,45
panas di Serading Metatarsal 0,37b 0,64a 0,54
FA11 Multiple 1,13b 2,27a 1,82
 ::::::

02
Stres Panas pada
Sistem Pemeliharaan
::::::
 MATERI & METODE

Koleksi Hewan THI

Pemilihan lokasi berdasarkan habitat asli sapi bali ditemukan. 81.45

Koleksi data menggunakan teknik purposive sampling dengan 80.04
sapi Bali dari setiap lokasi yang telah mencapai dewasa tubuh 77.26
dan dewasa kelamin (> 1.5 tahun). 76.51 76.22
74.14

SPP SP TN SPP SP TN
pagi siang
Stras panas & pakan Stres panas Temperatur nyaman

Parameter SPP SP TN
TN SP
Pakan  ✓ ✓
SPP
Suhu   ✓
✓: Nyaman; : Stres
Pangyangan
Serading
 Pemberian Pakan
MATERI & METODE

Komposisi pakan (%)

Pemberian Jenis pakan Nama pakan
BK PK SK LK Abu
TN 1.25% BB konsentrat NC64 Charoen P. 13.00 19.00 12.00 5.00 10.00
10% BB forage Rumput gajah layu 19.90 10.20 34.20 1.60 11.70
SP 8% BB forage Rumput gajah layu 19.90 10.20 34.20 1.60 11.70
ad-lib roughage Paspalum notatum 24.70 14.20 31.50 2.40 10.70
ad-lib roughage Brachiaria decumbent 26.80 8.90 31.40 1.90 8.60
SPP 5% BB forage Rumput raja 22.40 13.50 34.10 1.70 18.15
forage Lamtoro 29.90 23.30 20.00 4.00 8.50
forage Jerami jagung 55.07 9.00 27.38 2.90 7.00
forage Gamal 25.30 22.30 19.70 4.20 10.00
forage Rumput bintang 30.60 9.90 37.00 1.60 7.30
 Pengukuran
Fenotipe
Chute score Denyut jantung
Sapi Bali dalam satu grup
dikumpulkan dalam kondisi
terkendali di kandang jepit.
Temperamen & fisiologi
diamati pagi & siang hari

Exit score Temperature rektal

Temperamen
Flight speed score & Fisiologi 22
Laju respirasi
 Pertumbuhan Morfologi
• Bobot badan • Warna kulit
• Tinggi pundak • Tebal kulit
• Lingkar dada • Panjang bulu
• Panjang badan • Lingkar skrotum

Ukuran
Fisik 23
 • Temperamen tidak terlalu berdampak pada saat ternak dikondisikan

2.1 dalam pengukuran (CS dan ES)

• Ternak stres bergerak lebih cepat saat keluar (FS) dari kandang
Respons Temperamen
HASIL & PEMBAHASAN pengukuran
• Pada kondisi stres bersifat lebih agresif (DS) saat tidak ada pengukuran

CSm
Sifat Waktu SPP SP TN Rerata SE KK 4
Pagi 1,76 1,94 1,85 0,10 0,43 3
Chute score Siang 1,87 2,03 1,95 0,10 0,42 FSn CSn
(1 = tenang) 2
CS 1,81 1,98 1,90 0,07 0,42
Pagi 1,37 1,45 1,41 0,06 0,35 1
Exit score Siang 1,50 1,52 1,51 0,06 0,33 -
(1 = tenang)
ES 1,43 1,48 1,46 0,05 0,34
Pagi 0,75 0,55 0,65 0,04 0,44
Flight score FSm ESm
Siang 0,78 0,67 0,72 0,04 0,45
(m/s)
FS 0,76a 0,61b 0,68 0,03 0,45
Pagi 2,00 1,67 1,52 1,76 0,09 0,46
Docility score Siang ESn
2,13 1,83 1,48 1,85 0,08 0,41
(1 = jinak) SP SPP
FS 2,06a 1,75a 1,50b 1,81 0,06 0,43 24
 Faktor Fisiologi Indeks stres panas 100.00 4.00
Keadaan Waktu RR HR TR HTC BCA DSI 90.00
3.50
Rerata pagi 28,17b 64,95b 38,49b 98,08a 1,98b 80.00
Rerata siang 32,93a 71,59a 38,87a 94,33b 2,15a 70.00
3.00

Indeks BCA
Rerata SPP 30,10a 82,43a 38,77b 95,33b 2,05b 1,10a 60.00

Fisiologi
50.00 2.50
Rerata SP 34,19a 62,88b 38,93a 93,70c 2,20a 1,09a
40.00
Rerata TN 25,40b 53,02c 38,09c 102,08a 1,86c 1,03b 2.00
30.00
Rerata total 30,55 68,27 38,68 96,2 2,07 1,08
20.00
1.50
SE 0,58 1,50 0,04 0,40 0,02 0,01
10.00
KK (%) 24,11 27,91 1,32 5,30 12,59 9,07 - 1.00
P-Waktu *** *** *** *** *** Pagi siang Pagi siang Pagi siang

P-Lokasi *** * *** *** *** * SPP SP TN

P-Interaksi 0,51 0,1 * * 0,45 RR HR TR BCA

2.2 • Kondisi iklim di pagi hari dan sispem TN memiliki fisiologi yang
signifikan lebih rendah
Respons Fisiologi
HASIL & PEMBAHASAN • Meskipun dipelihara pada kondisi stres panas SPP dan SP, indeks
BCA sapi Bali dalam sekitaran angka normal
25
 2.3
Parameter Morfologi SPP SP TN Rerata SE %KK Prob.
Profil Fisik Jumlah sampel 30 31 21
HASIL & PEMBAHASAN Bobot badan (kg) 141.48c 170.80b 251.39a 180.71 6.49 32.53 <.0001
Tinggi pundak (cm) 94.50c 108.03b 114.88a 104.84 1.27 10.98 0.0054
Panjang badan (cm) 99.50c 104.00b 113.74a 104.85 0.96 8.28 <.0001
Lingkar dada (cm) 139.37c 136.77b 155.21a 142.44 2.39 15.20 <.0001
Meskipun SP dan SPP sama BCS (gemuk = 4) 2.03c 3.27b 3.83a 2.96 0.09 28.89 <.0001
Warna kulit (gelap = 4) 1.93c 3.06b 3.95a 2.16 0.13 41.09 <.0001
dipelihara di stres panas,
Ketebalan kulit (mm) 6.63b 15.16a 15.13a 11.91 0.22 39.94 <.0001
namun sapi Bali dapat tumbuh Panjang bulu (mm) 5.59a 3.41b 2.60c 4.20 0.54 40.37 <.0001
Diameter skrotum (cm) 22.48 23.97 23.29 0.84 27.56 0.3798
besar di habitat SP
300.00 5.00
Sapi pada TN dalam kondisi
iklim dan nutrisi nyaman 250.00
4.00

Indeks BCS & BD

memiliki fisik yang lebih baik Fisik 200.00

150.00 3.00

100.00
2.00
50.00

- 1.00
HSRF HSWF TNWF
TP PB LD INDX BB BCS BD 26
*Ref: SNI Bibit Sapi Bali 2017
 ::::::

::::::
03 Analisis Multivariat
27
✓: biru = menguntungkan; merah
= kurang menguntungkan
3.1 Adaptasi Ternak
HASIL & PEMBAHASAN

Sistem
Altitude
Pemeliharaan

Lingkungan Adaptasi Lingkungan Adaptasi

Altitud THI Fisio Growth Morfo THI Pakan Fisio Growth

Serading      SPP    

Pangyangan     - SP  ✓  

Sembalun ✓ ✓    TN ✓ ✓  

Fisiologi
Fisik
Variasi Fenotipe 28
3.2 MULTIVARIATE ANALYSIS
Pengaruh Altitud

• Dua komponen pertama eigenvalue =

66.6%
• Individual mengelompok sesuai altitud
• Variabel terpenting pada dataran rendah
= RR, HR, TR, BCA, Ta, and THI.
 • Dua komponen pertama AKU menjelaskan 56.0 % dari total variasi

3.3 ANALISIS MULTIVARIATE

Pengaruh Sistem Pemeliharaan
•
•
Analisis kanonikal PCA: mengelompok pada masing-masing keadaan
Sifat terpenting = R2 ↑↑ = BB2, PB2, BCS, TP2, BCA, RR, HR 30
3.4 KORELASI FENOTIPE
HASIL & PEMBAHASAN

• Perbandingan korelasi antara:

• Temperamen & fisiologis (DSm – BCAn) dengan
• Mikroklimat & sifat fisik (Ta – TK)

• Mikroklimat berkorelasi kecil – menengah dengan nilai

fisiologi, seperti yang diharapkan
• THI ↑, fisiologi (RR, HR, TR) ikut ↑

• Korelasi (negatif) antar morfologi dan fisiologi = besar.

• Sifat HR & TRn berkorelasi tinggi dengan morfologi
• Korelasi (negatif) terbesar antara BB2 dengan fisiologis,
menunjukkan bahwa cukup terpengaruh

31
 01
Termotoleran
Sapi Bali = termotoleran. Adaptasi yang baik dengan sifat
fisiologi yang relatif stabil

Simpulan
02
Variasi Fisik
Sifat fisik bervariasi pada lingkungan stres panas. Sifat
Fenotipe Sapi Bali pertumbuhan optimum pada kondisi nyaman suhu dan pakan

03
Morfologi Asimetris
Stres panas memengaruhi asimetrisitas lingkar kaki
metacarpus dan metatarsus.
 ::::::

04
Keragaman
gen HSP70
::::::
MATERI DAN METODE
Koleksi darah menggunakan EDTA
dan ekstraksi menggunakan protokol
dan kit Genaid®

GenBank Runutan primer GC % Produk Ta

HSP70.1, Bovine F: CCCATTACCCCTTTCCGAGA 55
714 pb 67
(AY149618.1) R: TTAGGCTTGTCTCCGTCGTT 50

34
4.1
Target Amplifikasi
HASIL & PEMBAHASAN
Amplifikasi menargetkan 714
bp yang menyebar di promotor, CDS
5’-UTR, dan CDS. Double band (305 bp)
dianggap sebagai mutasi

g.-69T>G g.45C>T g.19A>G

g.101ins
35
 SNP Tipe mutasi
g.-185G>A transisi
g.-69T>G transversi
-450 TTGGGGCTCC TTCAATAGCC AAACTGCGCA GGCGGTGTCC CCCCACCCCC CACCCGCTCC g.10G>C transversi
CACC box
g.19A>G transisi

4.2
-390 GCCCTGCGAC TTTGAGCTGG GTCCAGACCT AGCATCCTAA TTCTCTACTA GCCCGTGAGG
g.45C>T transisi
-330 TCAGAGGCAG CACCTCCATT GTAACGCGAC TAGAGCAGGG CGGCGTCAAC ACCACCGCCC
GC box/SP-1 primer forward g.101INS insersi
-270 GAAGTCCCGA CCCACCAGCC CCTCCTACCG CTTCCCCTCC CATTACCCCT TTCCGAGACA g.115T>C transisi
AP-2 g.124G>A transisi
-210 GTGCCAGCTA GCAAGTCCCA GAAGAGTCTG GAGAGTTCTG GGAGGAGTGG CATCCAGGGC
A AP-2
g.130T>C
g.136G>T
transisi
transversi Keragaman SNP
-150 GCCGATTGGT CCCAGAAAGC CAGGGGGCAG GACTTGAGGC GAAACCCCTG GAATATTCCC
CAAT box AP-2 HSF2
g.159G>C transversi HASIL & PEMBAHASAN
g.164G>T transversi
-90 GACCTGGCAG CCCCACTGAA CTCGGTCATT GGCTGACGAG GGAAAAGGCG GGGCTTGATG g.183G>T transversi
G CAAT box
g.194C>A transversi Ditemukan total 30 SNP yang
-30 AAGAATTATA AACACAGAGC CGCCTGAGGA GAAACAGCAG CCTGGAGAAA GCTGATAAAA
Tata box +1 C G
g.196A>G transisi tersebar di promotor, 5UTR,
g.205G>C transversi
31 CTTGCGGCTT AGTCCGTGAG AACAGCTTCC GCAGACCCGC TATCTCCAAG GACCGCCCCG
g.234G>A transisi dan CDS. Beberapa SNP
T
91 AGGGGCACCA GAGCTTCACG TCGTTGATCC TGTGGGCCGT TTTCAGGTTT GAAGCTTATC g.265G>A transisi merupakan novelty yang
Ins C C A T g.268A>G transisi
151 TCGGAGCCGA AAAGGCAGGG CACCGGC ATG GCGAAAAACA TGGCTATCGG CATCGACCTG
ditemukan dalam penelitian
g.303G>A transisi
C T Metionin T A G C g.333C>A transversi ini
211 GGCACCACCT ACTCCTGCGT AGGGGTGTTC CAGCACGGCA AGGTGGAGAT CATCGCCAAC g.351G>A transisi
G/A A
g.357G>A transisi
271 GACCAGGGCA ACCGCACCAC CCCCAGCTAC GTGGCCTTCA CCGATACCGA GCGGCTCATC
A
g.377T>A transversi
331 GGCGATGCGG CCAAGAACCA GGTGGCGCTG AACCCGCAGA ACACGGTGTT CGACGCGAAG g.390G>T transversi
391 A A A A T g.415G>C transversi
CGGCTGATCG GCCGCAAGTT CGGAGACCCG GTGGTGCAGT CGGACATGAA GCACTGGCCT g.429G>T transversi
C T T g.441G>T transversi
451 TTCCGCGTCA TCAACGACGG AGACAAGCCT AAGGTGCAGG TGAGCTACAA AGGGGAGACC g.456C>T transisi
T primer reverse g.466G>A transisi 36
SNP Asam amino 178 ATGGCGAAAAAC ATGGCTATCGGC ATCGACCTGGGC ACCACCTACTCC TGCGTAGGGGTG
M sAs K N M SA I G I D L G T T Y S C V sGs V
g.194C>A Ala/Asp D V H G
g.196A>G Ile/Val 238 TTCCAGCACGGC AAGGTGGAGATC ATCGCCAACGAC CAGGGCAACCGC ACCACCCCCAGC
F Q H G K V E I I A N D Q G N R T T P S
g.205G>C Asp/His T D
g.234G>A Gly/Gly 298 TACGTGGCCTTC ACCGATACCGAG CGGCTCATCGGC GATGCGGCCAAG AACCAGGTGGCG
Y V A F T D T E R L I G D A A K N Q V As
g.265G>A Ala/Thr V G Q A
g.268A>G Asn/Asp 358 CTGAACCCGCAG AACACGGTGTTC GACGCGAAGCGG CTGATCGGCCGC AAGTTCGGAGAC
L N P Q N T V F D A K R L I G R K F G Ds
g.303G>A Val/Val E N H
g.333C>A Gly/Gly 418 CCGGTGGTGCAG TCGGACATGAAG CACTGGCCTTTC CGCGTCATCAAC G
P V V Q S D M K H W P F R V I N
g.351G>A Gln/Gln H N R
g.357G>A Ala/Ala
g.377T>A
g.390G>T
Val/Glu
Lys/Asn 4.3 Perubahan Asam Amino
HASIL & PEMBAHASAN
g.415G>C Asp/His
10 dari 16 SNP merupakan mutasi non-synonymous
g.429G>T Gln/His yang mampu mengubah asam amino menjadi
g.441G>T Lys/Asn bentuk asam amino lain
g.456C>T Arg/Arg
g.466G>A
37
4.4
Linkage disequilibrium
HASIL & PEMBAHASAN

▪ LD = Korelasi antar alel SNP

▪ SNP di CDS memiliki LD tinggi antar
sesamanya & pada 5UTR
▪ LD di Promoter rendah
 ::::::

05 Asosiasi Gen
dan Fenotipe
:::::: 39
 Gen HSP70

Tahapan Analisis Asosiasi 2 4

Materi & Metode Sequencing Gen

30 SNP polimorfik
Linkage Ekspresi Gen
HSP70 + hk
Disequilibirum
1. Analisis asosiasi = SNPstats dengan
model regresi logistik, perbedaan kondisi
14 SNP non- 16 SNP Haplotipe
pemeliharaan sebagai kovarian. asosiatif
1
asosiatif
3
asosiatif
2. Linkage disequilibrium = Haploview 4.2.
3. Pemilihan haplotipe mempertimbangkan
Fisiologi Fisik Haplotipe Haplotipe
SNP asosiatif & LD pada SNP yang 11 SNP 8 SNP rentan toleran
berkorelasi.
4. Ekspresi gen menggunakan 2-ΔΔCt (X Rao
Dasar Seleksi Sapi Bali
2013) Termo-toleran
Kuantifikasi Ekspresi
Materi & Metode Target Pasangan primer Produk Ta (ͦC)
HSP70, Bovine F: TACGTGGCCTTCACCGATAC 171 pb 57
a. Kuantifikasi ekspresi relatif mRNA HSP70 = 2-ΔΔCt (U09861) R: GTCGTTGATGACGCGGAAAG
b. Housekeeping GADPH & β-actin dalam rerata GADPH, Bovine F: CCAACGTGTCTGTTGTGGATCTGA 218 pb 57
(NM_001034034.2) R: GAGCTTGACAAAGTGGTCGTTGAG
geometri sebagai normalisasi gen target. β-Actin, Bovine F: AGGCATCCTGACCCTCAAGTA 95 pb 57
(NM_173979.3) R: GCTCGTTGTAGAAGGTGTGGT
c. Analisis perbandingan = uji T-student pd nilai
yang ditransformasi ke Log10
 Fisiologi Fisik

5.1 SNP
-185
Asosiasi Mutan Mutan Asosiasi
RRm, BCAm, DSI   BCS, BB
Asosiasi SNP -69 TRm 

HASIL & PEMBAHASAN 19 RRm, BCAm 

45 RRm, BCAm 
101 BCAm 
1. Sebanyak 14 dari 30 SNP adalah asosiatif
115 RRm, RRn, BCAn, DSI 
2. Di antaranya, 11 SNP berasosiasi dengan sifat
268 RRm, BCAm   BGL, BD, BB, TP, PB, LD, INDX
fisiologi, dan 357 RRm, HRm, HRn,TRm, BCAm   BD, BB, TP, PB, LD, INDX
3. 8 SNP berasosiasi denfan sifat fisik 377  BGL, BD, BB, LD, INDX
390  BGL, BB, LD, INDX
415 RRm, HRm, BCAm  BGL, BB, LD, INDX
441 HRn, BCAn, DSI   BD, BB, LD, INDX
456 
466 RRm, BCAm   BGL, LD

: biru = menguntungkan; merah = kurang menguntungkan

 5.2
Asosiasi Haplotipe
HASIL & PEMBAHASAN
Haplotipe dan sekuennya Frek. Prob. Asosiasi dengan Sifat
H1 GT GACAT AGTGGGTG 19,36% ---
1. Pembentukan Haplotipe = SNP asosiatif + H2 GG GACAT AGTGGGTG 9,93% <0,05 TRn
LD yang berkorelasi H3 GT GGCCT AGTGGGCG 8,23% <0,05 RRm, BCAm, HTm
H4 GT GGCAT AGTGGGCG 8,17% <0,05 LD, Indx
2. Spasi menandakan perbedaan wilayah
H5 GT GACAT AGTGGGCG 5,83% <0,05 RRm, RRn, HRm, DSI
gen H6 GG GGCAT AGTGGGCG 4,07% <0,05 DSm, DSI, LD
H7 GG GGCAC GGATCTTG 3,57% <0,05 TRm, BCAm, HTm, BD
3. Asosiasi haplotipe dengan SNPstat
H8 GG GACAC GGATCTTA 2,88% <0,05 LD
4. Ha & Hb adalah Haplotipe pilihan dari H9 GT CGTAT AGTGGGCG 1,49% <0,05 DSn
SNP yang potensial Ha GK GGCAT AGWKSGCG 12,12 % <0,05 Fisiologis
Hb GK SRCMY GGATCTYA 19,70% <0,05 Fisik
Haplotipe RRm RRn TRn BCAm BCAn DSI Haplotipe BCS BD BB2 TP2 Indeks
H1 31,20a 37,20a 38,90ab 2,08ab 2,30a 1,08ab Hb 2,69b 2,69b 151,28b 100,61b 134,70b
Ha 24,75b 31,00ab 38,69ab 1,86b 2,08ab 1,16a
Lain 3,17a 3,08a 190,45a 107,00a 157,69a
Hb 27,87ab 33,07ab 38,84ab 1,96ab 2,15ab 1,05b
Rerata 3,07 3,00 182,73 105,74 153,16
Lain 30,38a 34,63a 38,99a 2,06a 2,21a 1,06b
Rerata 29,07 33,97 38,91 2,01 2,18 1,07 SE 0,11 0,14 7,1 1,26 4,26

SE 0,7 1,06 0,06 0,02 0,04 0,01

5.3 Ekspresi Gen

HASIL & PEMBAHASAN

1. Ha dengan fisiologi rendah (termotoleran) memiliki

ekspresi gen HSP70 yang rendah
2. Hb dengan fisik kecil memiliki ekspresi gen yang tinggi
3. Hal ini dimungkinkan karena HSP70 meregulasi
pencegahan kerusakan sel dan tubuh akibat stres panas
 01
HSP70 Polimorfik
HSP70 memiliki keragaman yang tinggi. SNP g.-69T>G,

Simpulan
g.19A>G, g.45C>T, dan g.101ins berpotensi menjadi SNP unggul.

02
HSP70 Asosiatif
Asosiasi HSP70 SNP gen HSP70 banyak yang ditemukan asosiatif terhadap sifat
fisiologi dan fisik sapi Bali.

Ha Toleran Panas
03 sapi rentan (Hb) memiliki ekspresi gen HSP70 tinggi.
Haplotipe a (Ha) asosatif dengan fisiologi rendah ekspresi gen
HSP70-nya rendah.
 ::::::

Pembahasan Umum
:::::: 46
47
Legenda
Fisiologi Stres Panas Fisik
BB: bobot badan Mt: metatarsus
TP: tinggi pundak Pbu: panjang bulu
PB: panjang badan RR: laju respirasi
LD: lingkar dada HR: denyut jantung • BB
BCS: body condition score TR: suhu rektal
BGL: kadar glukosa darah BCA: daya adaptasi • TP
FA: fluktuasi asimetris FS: flight score • PB
Mc: metacarpus DS: docility score • RR • LD Kondisi stres
• HR • BCS • Lebih asimetris
Kondisi Stres • TR • BGL • PBu Lebih panjang ↑
• Peningkatan = homeostasis • BCA • Fisik tidak balance
• Indikator dalam batas normal • Altitud → sama ≅
• Fisiologi (Reece et al 2015) • FA Mc • Sispem → kecil ↓
• Temperamen (Sant’Anna etal 2019) • FS
• FA Mt
• DS
• PBu

Berasosiasi dengan
SNP di HSP70
Fisiologi rendah Fisik kecil
• Wildtype: -69 19 101 • Mutant: -185 268
• Mutant: -185 45 115 357 377 390 415
268 357 441 456 466 441 466

Haplotipe a Haplotipe b 48
12% Ha 20% Hb
• Indx • Fisik
toleransi kecil
baik

49
Asosiasi HSP70
dengan sifat fisik yang kecil
• Keterbatasan daya adaptasi akibat stres panas
• Keseimbangan energi negatif
❑ Gangguan efisiensi produksi
❑ Gangguan reproduksi/diseminasi
• Manfaat ukuran kecil = untuk survival, karena sedikit energi
untuk maintenance
50
 ::::::

Penutup
:::::: 51
 01 Sapi Bali Termotoleran
Daya adaptasi Sapi Bali baik dengan fisiologi yang plastis

Simpulan
02
Penutup HSP70 Asosiatif
Gen HSP70 polimorfik dan asosiatif

03 Ha Toleran Panas
Individu Ha toleran panas dan Hb berfisik kecil
 01
Penelitian komprehensif
Diperlukan kajian reproduksi, pengaruh gen lain, dan

Manfaat
korelasi genetik untuk melengkapi informasi

02
Kajian Lanjut
Penutup Diperlukan kajian metabolomik dan hormonal untuk
menelaah lebih dalam mekanisme dalam asosiasi ini

03
Perkawinan
Diperlukan perkawinan dan informasi lanjutan di
generasi selanjutnya pada populasi yang dipilih.
Terima kasih Ikhsan Suhendro

atas saran dan masukan dalam penyempurnaan

naskah dan penelitian saya

2022 Buah pemikiran yang tertuang dalam rencana riset ini semoga menjadi sumbangsih ilmu pengetahuan
secara luas dan bermanfaat bagi sains dan masyarakat
01 Publikasi Jurnal
PROGRES & PUBLIKASI

1. Suhendro I, Jakaria J, Noor RR. 2021. The

genetic diversity of heat shock protein 70
gene at promoter and 5’ untranslated
region in beef cattle. J. Indones. Trop.
Anim. Agric. 46(2):136–
144.doi:10.14710/jitaa.46.2.136-144.
2. Suhendro, I, Jakaria J, Priyanto R, Manalu
W, Noor RR. 2021. Fluctuating Asymmetry
Increases with Heat Stress Disruptions on
Bali Cattle (Bos javanicus) at Different
Altitude. J. Ilmu Ternak dan
Vet.26(3):89.doi:10.14334/jitv.v26i3.2758
3. Suhendro, I, Jakaria J, Priyanto R, Manalu
W, Noor RR. 2022. The Association of
Single Nucleotide Polymorphism -69TG
HSP70.1 Gene with Bali Cattle Heat
JITAA – Q3 Scopus JITV – Q2 Scopus TASJ – Q3 Scopus
Tolerance. Trop. Anim. Sci. J. In press.
Publish Publish In press

55
02 Conference & Prosiding
PROGRES & PUBLIKASI

Conference Biology UB 1. Association between adult coat color and their

IOP Conf. Ser. Earth Environ. Sci. growth traits of bull Bali cattle
2. Physiology and physics performances of Bali
cattle in different altitude 56