Yang menjadi permasalahan Malaysia apabila kes ini dirujuk ke ICJ adalah
kerana Malaysia telah dikatakan mengabaikan Pulau Batu Putih. Bila ia membenarkan
pihak British membangunkan dan menguruskan Rumah Api Horsburg di pulau tersebut
pada kurun ke 19 tidak ada sebarang perjanjian yang mencatatkan statusnya,
termasuklah tidak ada bukti yang kukuh dan ketara kebenaran diberikan hanya untuk
kegunaan ‘Rumah Api’ sahaja. Lantas terus menguasai tempat tersebut sebagai hak
dan wilayahnya. Berbeza dengan Pulau Pisang, dimana ada perjanjian pajakan untuk
memberi kebenaran kepada Singapura menguruskan Rumah Api.
Mahkamah Antarabangsa telah member “status quo” Pulau Ligitan dan Sipada
diberikan kepada Malaysai pada 17 Desember 2002 di Den Haag, Belanda oleh 16
orang Hakim menyetujui pulau itu sebagai milik Malaysia dan 1 Hakim menyatakan
sebagai milik Indonesia. Dari 17 Hakim tersebut, 15 adalah Hakim tetap dan 2 adalah
tidak tetap yang masing-masing dipilih oleh Indonesia dan Malaysia.