Permasalahan pokok yang masih dihadapi dalam penyediaan air bersih di Indonesia antara
lain adalah : masalah tingkat pelayanan air bersih yang masih rendah, masalah kualitas air baku dan kuantitas yang sangat fluktuatif pada musim hujan dan musim kemarau, masalah teknologi yang digunakan Presepsi mengenai manajemen PDAM tidak dilihat secara utuh sebagai pengelolaan perusahaan, penekanannya masih diarahkan kepada fungsi sosial. Dilihat dari aspek manajemen dan pengembangan SDM, organisasi PDAM sudah tidak sesuai dengan kondisi saat ini. PDAM dibebani tugas sebagai pemasok PAD khususnya pada saat krisis. Tarif air minum PDAM relatif rendah sehingga tidak bisa mengantisipasi perubahan biaya operasi akibat kenaikan harga energi dan bahan kimia. Tingkat pelayanan masih rendah dan sulit mengembangkan diri, karena terhentinya dana dari pusat, sedangkan keuntungan yang diperoleh digunakan untuk PAD. Prosentase kehilangan atau kebocoran air di PDAM masih cukup tinggi. Kualitas sumber daya manusia yang ada masih kurang memadai untuk kondisi saat ini. Profesionalisme yang masih rendah. Masih sering dibebani tanggung jawab berbagai kegiatan yang kurang relevan dengan fungsinya.