PETUNJUK PRAKTIKUM

BIOLOGI SEL, GENETIK DAN MOLEKULER

DISUSUN OLEH :
Apt. NERA UMILIA PURWANTI, M. Sc

JURUSAN FARMASI
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS TANJUNGPURA
2022
 PENGAMATAN SEL EPIDERMIS DAN PEMBELAHAN SEL
BAWANG MERAH (Allium cepa)
(KELOMPOK EUKARIOTIK)

1. TUJUAN
1. Untuk mengidentifikasi bagian-bagian dari sel bawang merah (Allium cepa) yang
diamati menggunakan mikroskop.
2. Untuk mengidentifikasi tahapan pembelahan sel pada epidermis akar bawang
merah (Allium cepa).

2. TEORI
Organisme memiliki beragam jenis sel tergantung bentuk dan fungsi tertentu.
Tumbuhan yang termasuk Kingdom Plantae, tersusun atas berbagai jenis sel di mana sel
yang memiliki bentuk dan fungsi yang sama akan membentuk jaringan (Urry et al., 2017).
Salah satu jaringan yang ada pada tumbuhan adalah jaringan epidermis. Jaringan
epidermis ini tersusun atas sel-sel epidermis. Jaringan epidermis merupakan jaringan
yang ditemukan paling luar dari struktur tubuh tumbuhan sebagai contoh pada umbi Bawang
Merah (Allium cepa) yang merupakan modifikasi dari daun tersusun atas lapisan-lapisan.
Lapisan-lapisan ini diselimuti oleh sel-sel epidermis.
Bawang merah (Allium cepa) memiliki umbi disebut umbi lapis (bulb) yang merupakan
pelepah daun yang berdaging serta saling bertumbukan dengan sisa luar berwarna lebih terang
dibanding sisi bagian dalam di mana sisi bagian dalam lebih mudah disayat (Silalahi and
Adinugraha, 2019). Sel epidermis pada Bawang Merah yang akan diamati pada praktikum ini
juga memiliki struktur sel, antara lain: Membran Sel, Sitoplasma, dan organel seperti:
Nukleus, Retikulum Endoplasma, Aparatus Golgi, Mitokondria, dan Sitoskeleton. Struktur
sel tumbuhan secara animasi disajikan pada gambar di bawah ini:

Sumber: (CNX OpenStax, 2016b) [diakses 20 Februari 12.00 WIB]

Membran Sel. Sebuah lapisan yang berfungsi sebagai pengatur interaksi antara sel dengan
lingkungan sekitar sel, yaitu mengatur keluar masuknya zat dari dan ke dalam sel di
mana partikel makanan, molekul, dan sisa produk sel melewati Membran Sel untuk masuk
dan keluar sel (Biggs, Daniel and Zike, 2005). Selain itu, Membran Sel juga berfungsi
sebagai pembataslingkungan dalam sel (intraseluler) dengan cairan di luar sel. Membran
Sel tersusun dari fosfolipid (lemak), protein, dan glukosa (karbohidrat) (Bolsover et al.,
2004).
Sitoplasma. Banyak reaksi kimia terjadi di dalam Sitoplasma. Di dalam Sitoplasma
juga dapat ditemukan Nukleus (inti sel), Mitokondria, Retikulum Endoplasma, Aparatus
Golgi, Ribosom dan organel lainnya di mana juga terdapat Sitoskeleton yang berfungsi untuk
membantu dalam menjaga bentuk sel (Biggs, Daniel and Zike, 2005). Sebagian besar proses
sel terjadi di Sitoplasma. Proses ini terjadi dengan bantuan beberapa organel. Beberapa
organel dikelilingi oleh membran. Pada umumnya, Nukleus merupakan organel terbesar di
dalam sel.
Nukleus. Nukleus berfungsi untuk mengatur semua aktivitas sel di mana terdapat Membran
Nukleus yang memisahkannya dengan Sitoplasma dan di dalam Nukleus terdapat
Nukleoplasma dan nukleoulus (Raven et al., 2008).
Di dalam Nukleus terdapat kromosom yang berfungsi sebagai pewarisan sifat di mana di
nuklues juga terdapat proses pembelahan sel (Campbell et al., 2008). Selain itu, pada sel
tumbuhan terdapat organel lain, seperti: Mitokondria (untuk respirasi sel), Ribosom (untuk
sintesis protein), Retikulum Endoplasma (untuk sintesis protein, karbohidrat, dan lipid),
Aparatus Golgi (untuk pematangan zat), dan Kloroplas (untuk fotosintesis) (Campbell et al.,
2008). Selain itu terdapat Sitoskeleton yang berupa filamen-filamen. Pada tumbuhan terdapat
struktur Dinding Sel di luar Membran Sel (Marianti and Sumadi, 2007).
Dinding Sel. Dinding Sel terletak paling luar. Sel tumbuhan, sel protista mirip tumbuhan
(alga), Fungi (Jamur), dan bakteri memiliki Dinding Sel. Dinding Sel menyebabkan sel
tampak kaku, memberi bentuk dan melindungi sel di mana Membran Sel akan melekat
pada Dinding Sel ini (Biggs, Daniel and Zike, 2005).
Siklus sel adalah kegiatan yang terjadi dari satu pembelahan sel ke pembelahan
berikutnya. Proses duplikasi secara akurat untuk menghasilkan jumlah DNA kromosom yang
cukup banyak untuk menghasilkan dua sel anakan yang identik secara genetic Proses ini
berlangsung terus-menerus dan berulang pada setiap generasi sel (siklik) mencakup dua fase
yaitu interfase dan fase mitosis atau fase pembelahan. Tahap terjadinya pembelahan sel pada
fase mitosis terdiri dari lima fase, yaitu :
a. Fase prophase
Pada periode ini terjadi perubahan pada nucleus dan sitoplasma. Serabut-serabut
kromatin menjadi lebih menggulung rapat dan melipat sehingga kian pendek dan tebal
berubah menjadi kromosom, yang besar dan tampak jelas. Kromosom kemudian
berduplikasi menjadi dua kromatid anak yang sama, dan kemudian bergabung pada
sentromer. Spindle mitosis terbentuk di sitoplasma, tersusun dari mikrotubul dan
bergabung dengan protein, tersusun teratur di antara dua sentrosom. Sentrosom
bergerak berlawanan satu sama lain dan nampaknya bergerak sepanjang permukaan inti
melalui pemanjangan berkas mikrotubul diantara dua sentrosom.
b. Fase prometaphase
Membran inti terpotong-potong. Mikrotubul dari spindle pada fase ini dapat masuk ke
dalam inti dan berhubungan dengan kromosom yang telah menjadi lebih padat. Berkas
mikrotubul dinamakan serabut spindel, yang meluas dari setiap kutub kearah ekuator
sel. Setiap kromatid dari kromosom kini memiliki struktur khusus yang dinamakan
kinetokor, yang terletak pada daerah sentromer. Mikrotubul yang menambat pada
kinetokor dinamakan mikrotubul-kinetokor. Struktur ini menyebabkan kromosom
bergerak. Mikrotubul yang lain, mikrotubul-nonkinetokor, tersusun radier dari kutub
menuju ke ekuator sel tanpa menambat pada kromosom.

c. Fase metaphase
Sentrosom berada pada kedua kutub sel yang berlawanan. Kromosom berada pada
bidang metaphase, bidang yang mempunyai jarak yang sama antara spindle kedua
kutub. Spindel sentromer dari semua kromosom lurus satu sama lain pada bidang
metaphase. Untuk setiap kromosom, kinetokor dari permukaan kromatid anak
berlawanan kutub sel, karena itu kromatid yang sama dari setiap kromosom menambat
pada mikrotubul-kinetokor yang tersusun radier dari kutub yang berlawanan dari sel
induk. (Serat gelendong terbentuk sempurna antara kutub, kromosom menggantung
pada serat gelendong tersebut lewat sentromernya, dan semua bergerak ke bidang
ekuator hingga kromosom terletak pada satu bidang datar)

d. Fase anaphase
Fase kembalinya kromosom ke kutub bersebrangan. Sentromer dari setiap kromosom
mengganda, sehingga setiap kromatid memiliki sentromer sendiri-sendiri. Setiap
kromatid sekarang dianggap sebagai calon kromosom. Spindle mulai menggerakkan
kromatid menuju kutub sel yang berlawanan. Hal ini dikarenakan mikrotubul kinetokor
menambat pada sentromer. Mikrotubul kinetokor memendek ketika kromosom
mendekati kutub sel. Pada saat yang bersamaan kutub dari sel juga bergerak lebih jauh.
Akhir dari anafase kedua kutub sel sama jaraknya dan merupakan kumpulan dari
kromosom.

e. Fase telophase
Fase akhir, sel induk menjadi dua sel anak. Mikrotubulus nonkinetokor selalu
memanjang dan anak inti mulai terbentuk pada kedua kutub sel, dan kromosom berada
dalam keadaan terhimpun. Membran inti terbentuk dari potongan-potongan membrane
inti sel induk dan bagian lain dari system endomembran.

3. METODE
Alat :
1. Mikroskop
2. Objek glas
3. Cover glass
4. Cawan petri
 5. Pipet tetes
6. Handphone

Bahan :
1. Bawang merah
2. Akar bawang merah
3. Tissue
4. Methylen blue 0,25%

Langkah kerja :
1. Pembuatan akar bawang merah (Allium cepa)
a. Tanam bawang dalam media dapat menggunakan tanah, biarkan selama 5 hari dan
amati bawang hingga akar tumbuh .
b. Bila akar sudah tumbuh, cabut dan bersihkan akar bawang dari tanah. Masukkan
dalam kertas koran atau plastik bening. .

2. Pembuatan preparat epidermis bawang merah

a. Mengambil preparat epidermis sel bawang merah bagian dengan menyayat secara
melintang atau dengan mengambil bagian epidermis dalam bawang merah.
b. Meletakkan preparat di atas object glass, beri sedikit air dengan pipet tetes atau
bisa menggunakan Methylen Blue sebagai pewarna sehingga akan terlihat lebih
jelas Nukleus dari sel epidermis bawang merah.
c. Menutup preparat dengan cover glass.
d. Mengamati dengan mikroskop perbesaran lemah kemudian kuat.
e. Menggambar hasil pengamatan di tabel pengamatan dan foto hasil pengamatan
preparat epidermis bawang merah di mikroskop. Selanjutnya, memberi
keterangan bagian sel yang teramati di hasil pengamatan.

3. Pembuatan preparat epidermis akar bawang merah

a. Mengambil preparat epidermis sel bawang merah bagian dengan memotong
bagian akar sepanjang 3-4 cm dari bagian ujung akar. Sayat melintang bagian
ujung akar yang diambil.
b. Meletakkan preparat di atas object glass, beri sedikit air dengan pipet tetes atau
bisa menggunakan Methylen Blue sebagai pewarna sehingga akan terlihat lebih
jelas Nukleus dari sel epidermis bawang merah.
c. Menutup preparat dengan cover glass.
d. Mengamati dengan mikroskop perbesaran lemah kemudian kuat.
e. Menggambar hasil pengamatan di tabel pengamatan dan foto hasil pengamatan
preparat epidermis bawang merah di mikroskop. Selanjutnya, memberi
keterangan bagian sel yang teramati di hasil pengamatan.
4. HASIL DAN PEMBAHASAN

No Gambar Keterangan
1 Preparat penampang epidermis Bawang Klasifikasi
Merah (Allium cepa) Kingdom: ……………..
Phylum : ……………...
Perbesaran : Class : ……………..
Order : ……………..
Family : ……………..
Genus : ……………..
Species : ……………..

2 Preparat penampang epidermis akar

Bawang 1. ………….
Merah (Allium cepa) 2. ………….
3. ………….
Perbesaran : 4. ………….
5. ………….
dst

DAFTAR PUSTAKA
1. Biggs, A., Daniel, L. and Zike, D. (2005) Life’s Structure and Function. Orion
PlaceCampbell, N. A. et al. (2008) Biology. 8th editio. San Francisco: Pearson
Benjamin Cummings.Columbus: The McGraw-Hill Companies, Inc.
2. Marianti, A. and Sumadi, S. (2007) Biologi Sel. Yogyakarta: Graha Ilmu.
3. Raven, P. H. et al. (2008) Biology. New York: The McGraw-Hill Companies, Inc.
4. Silalahi, M. and Adinugraha, F. (2019) Penuntun Praktikum Anatomi, Fisiologi, dan
Perkembagan Tumbuhan I.
5. Urry, L. A. et al. (2017) Biology. New York: Pearson Education, Inc.

TEKNIK ISOLASI DNA SECARA TRADISIONAL

SEL HATI AYAM DAN BAYAM
1. TUJUAN
1. Melihat teknik isolasi DNA secara tradisional menggunakan protease papain dari
daun papaya dan garam dapur.
2. Membandingkan bentuk DNA sel hati ayam dan daun bayam.

2. TEORI
DNA menjadi salah satu kajian materi dalam biologi molekuler. DNA mengandung
materi genetik yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme. Suatu molekul DNA tersusun atas basa nitogen, gula dan fosfat.
Bahan isolasi DNA tidak rumit untuk ditemukan. Makhluk hidup (baik uniseluler
ataupun multiseluler) merupakan bahan penyedia DNA. Pada dasarnya, DNA, sebagai unit
kehidupan terkecil, terdapat pada semua makhluk hidup mulai dari mikroorganisme sampai
organisme tingkat tinggi seperti manusia. DNA dapat ditemukan pada sel dan dalam inti sel.
DNA yang terdapat dalam sel berupa DNA mitokondria, DNA kloroplas, sedangkan DNA
yang terdapat dalam inti sel disebut DNA inti.
Hati ayam dapat pula digunakan sebagai salah satu bahan isolasi DNA, karena selain
dapat disediakan dalam jumlah cukup besar, hati ayam juga cukup mudah didapat dan mudah
dipreparasi. Tanaman bayam (Amaranthus sp.) termasuk sel eukariotik. Sel eukariotik
memiliki inti sejati (karion dan nukleus) yang mengandung DNA, juga terdapat organel
seperti kloroplas dan mitokondria yang mengandung DNA. Terdapat beberapa perbedaan
bagian antara sel hewan dan sel tumbuhan seperti kloroplas yang ada pada sel tumbuhan dan
tidak dimiliki oleh sel hewan. DNA pada tanaman terdapat di dalam inti sel, mitokondria dan
kloroplas.
Pengisolasian DNA secara tradisional, Marek et al., menggunakan bahan-bahan dapur
berupa garam, sabun cuci dan protease yang berasal dari meat tenderizer. Meat tenderizer
jarang digunakan di Indonesia sebagai pengempuk daging. Papain dalam papaya dalam hal
ini berfungsi sebagai protease. Oleh sebab itu, penggunaan meat tenderizer dapat diganti
dengan ekstrak papain.

3. METODE
Alat :
1. Mikroskop
2. Objek glas
3. Cover glass
4. Cawan petri
5. Pipet tetes
6. Erlemeyer
7. Beaker glass 250 mL
8. Gelas ukur 100 mL
9. Mortar dan stamper
10. Kain
Bahan :
1. Hati ayam
 2. Bayam
3. Air es
4. Garam (NaCl)
5. Etanol 70%
6. Etanol 96%
7. Sunlight
8. Enzim protease (papain dari daun papaya)

Langkah kerja :
1. Pembuatan enzim protese papain
a. Sebanyak 100 g daun papaya digerus dalam lumpang dan mortar dengan
ditambahkan sedikit air es, aduk hingga halus.
b. Tambahkan air es selama pengadukan, air es ditambahkan hingga volume
setengah dari lumpang.
c. Cairan dari daun papaya disaring dengan kain.

2. Preparasi DNA dari hati ayam

a. Sebanyak 100 gram hati ayam dimasukkan dalam lumpang dan mortar.
b. Masukkan air es dan garam sebanyak setengah sendok the ke dalam lumpang.
c. Masukkan satu sendok the sunlight ke dalam lumpang.
d. Aduk hingga menjadi kental dan berlendir.
e. Tambahkan air es ke dalam lumpang hinga menjadi encer, namun tetap berlendir.
f. Diamkan selama 15 menit.
g. Pindahkan ke dalam tabung reaksi hingga ketinggian dari dasar tabung ± 2 cm.

3. Isolasi DNA hati ayam

a. Campurkan cairan hati ayam dengan enzim papain dengan perbandingan 1:1.
b. Tambahkan 10 mL etanol 70% secara perlahan memalui dinding tabung.
c. Ambil bagian yang berwarna putih setelah penambahan etanol.
d. Amati di bawah mikroskop.

4. Isolasi DNA bayam

a. Sebanyak 2,5 gram bayam dimasukkan dalam lumpang, tambahkan 2,5 mL air ke
dalamnya.
b. Ekstrak bayam disaring dengan kain yang bersih atau kertas saring dan
dimasukkan dalam beaker glass 250 mL.
c. Larutan hasil saringan ditambahkan 2 mL larutan (1 sendok detergen+ 1 sendok
garam dalam 50 mL aquades).
d. Larutan dipindahkan dalam tabung reaksi dan ditambahkan enzim papain (dari
daun papaya sebanyak 20 gram digerus tanpa aquades).
e. Ditambahkan 5 mL etanol 96% dingin perlahan-lahan melewati dinding tabung.
f. Amati perubahan yang terjadi, ambil benag DNA yang terbentuk.
g. Amati di bawah mikroskop.
4. HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Gambar pengamatan mikroskop DNA dari hati ayam

2. Gambar pengamatan mikroskop DNA dari bayam

DAFTAR PUSTAKA
1. Ari Indriana Hapsari. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan Lele
(Clarias sp.) sebagai Kajian dalam Biologi Molekuler. Didaktika. 2015. 13(2); 23-30.
2. Asriah Nurdini M. Teknik Isolasi DNA Sel Hati Ayam Secara Tradisional. Jurnal
Pendidikan Matematika dan IPA. 2011. 2(1); 23-28.

ISOLASI DNA DARI BAHAN DAPUR

1. TUJUAN
1. Melihat teknik isolasi sederhana DNA dari air liur menggunakan garam dapur.

2. TEORI
Pesatnya perkembangan ilmu biologi yang didukung dengan teknologi saat ini
menjadikan masalah-masalah biologi yang telah, sedang dan akan terus dijawab mengarah
pada tingkat molekuler. Deoxyribose Nucleic Acid (DNA) menjadi salah satu kajian materi
dalam biologi molekuler. DNA mengandung materi genetik yang mengkode semua informasi
yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme.
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. DNA dapat
diisolasi baik dari sel tanaman, hewan, manusia maupun bakteri. Salah satu rangkaian
rekayasa genetika adalah isolasi DNA, yang melibatkan suatu proses memindahkan DNA
dari suatu organism eke organisme lain dengan tujuan tertentu. Melalui isolasi DNA kita
dapat memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein maupun Riboxy Nucleic Acid (RNA) dari
suatu sel ke dalam jaringan.
Tahapan pada proses isolasi DNA ini, adalah ekstraksi dan pelisisan sel secara mekanik
maupun kimia melalui penggerusan serta penggunaan garam dan detergent, pencernaan
protein menggunakan enzim proteinase dari ekstrak buah papaya, presipitasi DNA dari bahan
yang lain yang tidak diinginkan menggunakan etanol atau alkohol dingin.

3. METODE
Alat :
1. Erlemeyer
2. Tabung reaksi
3. Pengaduk
4. Gelas ukur
5. Mikroskop
6. Objek glass dan cover glass

Bahan :
1. Sabun cair (bukan yang antibakteri)
2. Aquades
3. Natrium klorida
4. Spiritus
5. Air kemasan

Langkah kerja :
1. Ambil bagian dalam sel epidermis pada bagian mulut (pipi) dengan menggunakan
cotton bud.
2. Buat dua solusio yang terdiri dari:
a. Ion negatif (untuk mengikat molekul DNA) dengan komposisi 8% NaCl dan
92% aquades (distilled water) dibuat sebanyak 10 mL.
 b. Memecah membran sel dan membebaskan DNA dari nukleus dengan komposisi
terdiri dari 25% sabun cair dan 75% aquades (distilled water) dibuat sebanyak
10 mL.
3. Cuci mulut seksama dengan air untuk membersihkan sisa-sisa makanan dalam
mulut.
4. Kumur mulut dengan 10 mL air, lakukan dengan kuat selama minimal 30 detik.
5. Ludahkan air kumuran ke dalam erlemeyer.
6. Ambil 1 mL larutan (ion negatif) dan masukkan dalam tabung reaksi, kemudian
masukkan air kumuran ke dalam tabung reaksi.
7. Masukkan 1 mL larutan (larutan b) ke dalam tabung reaksi yang sama.
8. Tutup tabung reaksi dan kocok ke atas dan ke bawah seta ke kanan dan kiri dengan
lembut.
9. Masukkan 5 mL spiritus ke dalam tabung reaksi, dengan posisi tabung reaksi miring
dan masukkan secara perlahan.
10. Tunggu sekitar 5 menit, amati untaian putih yang terbentuk. Kemudian pindahkan
ke dalam tabung baru.
11. Amati di bawah mikroskop.

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Gambar pengamatan jaringan sel epidermis mulut

 2. Gambar pengamatan pembentukan untai DNA dari air liur

DAFTAR PUSTAKA
1. Ari Indriana Hapsari. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp.) dan Ikan Lele
(Clarias sp.) sebagai Kajian dalam Biologi Molekuler. Didaktika. 2015. 13(2); 23-30.
2. Asriah Nurdini M. Teknik Isolasi DNA Sel Hati Ayam Secara Tradisional. Jurnal
Pendidikan Matematika dan IPA. 2011. 2(1); 23-28.
 DESAIN PRIMER PADA TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION

1. TUJUAN
1. Melakukan desain primer yang memenuhi kriteria optimal primer untuk
digunakan pada teknik polymerase chain reaction (PCR) pada daerah D-Loop
Mitokondria

2. TEORI
Primer adalah sepasang oligonukleotida yang berukuran 17-28 pb nukleotida dengan
kandungan basa nukleotida G+C 50-60%. Pasangan primer ini sebaiknya memiliki
kandungan basa nukleotida G+C yang sama, sehingga primer dapat menempel pada urutan
komplemennya pada suhu yang sama. Pada proses PCR pemanjangan primer pada ujung 3’
dilakukan oleh enzim Taq DNA polymerase dengan penambahan nukleotida yang bersumber
dari dNTP. Amplifikasi fragmen DNA pendek berukuran < 500 pb lebih mudah diperoleh
hasilnya dibandingkan dengan fragmen DNA Panjang . 1 kpb – 20 kpb.
Pada saat ini, desain primer dengan program open source di website lebih akurat dan
efisien dibandingkan dengan desain primer konvensional dengan penghitungan manual
terdahulu, seperti pada program Primer3 Input (versi 4.1) maupun Perl Primer. Factor-faktor
penting yang mempengaruhi kinerja primer pada PCR telah dimasukkan sebagai parameter
dalam program desain primer tersebut. Kriteria primer yang optimal adalah sebagai berikut:
1. Primer yang spesifik untuk fragmen DNA daerah target.
2. Ukuran primer dalam kisaran 17-28 pb.
3. Komposisi basa nukleotida yaitu kandungan rata (G+C) 50-60%.
4. Suhu melting (Tm) 55-80 ⁰C.
5. Suhu annealing (Tann) yaitu Tm- (2-5 ⁰C).
6. Struktur sekunder internal primer minimal untuk menghindari dimerisasi primer
yaitu dG = -0,3 – 0 (analisis dimerisasi primer).

3. METODE
Desain primer mitokondria DNA daerah gen D-loop yang meliputi situs polimorfisme
T16189C dengan menggunakan beberapa program open source dari website sebagai berikut :
1. GeneBank Data base NCBI (Interational Centre for Biotechnology Information).
a. Buka situs web : www.ncbi.nlm.nih.gov.
b. Pilih dalam kolom pencari : nucleotide.
c. Pilih dalam kolom pencari : NC_012920 (human mt DNA complete
sequence).
d. Penyuntingan daerah D-loop untuk situs polimorfisme T16189C urutan
nukleotida 15771-16569.
e. Urutan nukleotida 15771 – 16569 (FASTA) sebagai input untuk desain primer
dengan program Primer3 Input.
2. Desain Primer : Primer3 Input (versi 4.1).
a. Buka situs web : www.google.com.
 b. Pilih dalam kolom pencari : primer3 Input (version 4.1), sehingga terbuka :
www-genom.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3.cgi/
c. Paste urutan nukleotida 15771-16569 (FASTA) pada kolom mispriming
library.
d. Isi kolom new product size range : 501-600.
e. Pilih kolom pilihan : pick primer.
f. Hasil desain primer : Primer3 output.
3. Analisis dimerisasi primer : Perl Primer
a. Pilih shortcut : Primer
b. Paste pada kolom sequence forward primer : urutan left primer (Primer3
output)
c. Paste pada kolom sequence reverse primer : urutan right primer (Primer3
output)
d. Pilih pada kolom : calculate primer
e. Hasil analisis dimerisasi primer ada pada kolom Dimers.

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

1. Karakteristik desain primer DNA mitokondria manusia dari gen D-loop dari data
GeneBank pada NCBI.
2. Hasil urutan Primer dari program Primer3 Input (versi 4.1) atas dasar input lokasi
gen D-loop yang meliputi situs polimorfisme T16189C antara nukleotida 15771-
16569.
3. Hasil analisis Dimerisasi Primer dengan Perl Primer dari urutan Primer yang
diperoleh dengan program Primer3 (Primer3 Output).
4. Hasil desain primer diperoleh urutan primer yang sesuai dengan kriteria primer
yang optimal.

DAFTAR PUSTAKA
1. Djumadi. Pengembangan teknik polymerase chain reaction (PCR) kuantitatif dengan
internal untuk kuantitas DNA mitokondria. Tesis Program Pascasarjana FKUI 1998 :
13-14.
2. Maniatis T, Fritsch EF, Sambrook J. Molecular Cloning : A Laboratory Manual. New
York, USA : Cold Spring Harbour Laobaratory, 1982 : 98-101.
3. Saiki R. Amplifikasi of Genomic DNA. PCR protocol : A Guide to Methods and
Application. New York : Academic Press, 1990 : 13-19.
4. Turner PC, McLenna AG, Bates AD, White MRH. Instant Note in Molecular
Biology.Oxford : BIOS Scientific Publisher Ltd, 1997 : 32-42.