Machine Translated by Google
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–
4321 DOI 10.1007/s00253-016-7498-4
TINJAUAN MINI
Thraustochytrids sebagai organisme produksi asam
docosahexaenoic (DHA), squalene, dan karotenoid
Inga Marie Aasen1 & Helga Ertesvåg2 & Tonje Marita Bjerkan Heggeset1 & Bin Liu2 & & Olav
1,2
Coba Brautaset Vadstein2 & Trond E. Ellingsen1
Diterima: 7 Februari 2016 /Direvisi: 19 Maret 2016 /Diterima: 22 Maret 2016 /Diterbitkan online: 4 April 2016
# Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2016
Abstrak Thraustochytrids telah diterapkan untuk produksi industri
asam lemak omega-3 docosahexaenoic (DHA) sejak tahun 1990an.
Selama lebih dari 20 tahun penelitian pada kelompok mikroorganisme
heterotrofik laut ini, peningkatan produktivitas DHA yang signifikan
telah diperoleh melalui optimasi proses dan media. Strain
thraustochytrids juga menghasilkan squalene dan karotenoid tingkat
tinggi, dua senyawa lain yang menarik secara komersial dengan
potensi pasar yang berkembang pesat, namun masih sedikit
penelitian tentang optimasi proses yang telah dilaporkan.
Thraustochytrid menggunakan dua jalur untuk sintesis asam lemak.
Asam lemak jenuh dihasilkan oleh sintesis asam lemak standar,
sedangkan DHA disintesis oleh poliketida sintase. Namun,
pengetahuan mendasar tentang hubungan kedua jalur tersebut
masih kurang. Dalam tinjauan kali ini, kami mengekstrak temuan-
temuan utama dari banyaknya laporan mengenai optimasi proses
untuk produksi DHA dan menafsirkannya berdasarkan pengetahuan
terkini tentang sintesis DHA dalam thraustochytrids dan akumulasi
lipid dalam mikroorganisme berminyak secara umum. Kami juga
merangkum laporan-laporan yang dipublikasikan mengenai produksi
squalene dan karotenoid serta meninjau status terkini mengenai
perbaikan strain, yang terhambat oleh sedikitnya sekuens genom
yang dipublikasikan dan kurangnya alat untuk transfer gen ke
organisme. Semakin banyak urutannya sekarang
* Inga Marie Aasen
inga.m.aasen@sintef.no
1
Departemen Bioteknologi dan Nanomedis, Bahan dan Kimia SINTEF,
Trondheim, Norwegia
2
Departemen Bioteknologi, Universitas Sains dan Teknologi Norwegia,
Trondheim, Norwegia
tersedia, target perbaikan regangan dapat diidentifikasi dan terbuka
untuk rekayasa metabolisme tingkat sistem guna meningkatkan
produktivitas.
Kata Kunci DHA. Squalene. Astaksantin. Biosintesis.
Pengembangan proses . Alat genetik
Perkenalan
Thraustochytrids merupakan mikroorganisme laut uniseluler,
eukariota, heterotrofik, dan obligat, umumnya ditemukan di air laut
dan sedimen, dengan kelimpahan tertinggi di kawasan kaya nutrisi,
seperti hutan bakau (Raghukumar 2002; Singh et al. 2014 ) . Strain
Thraustochytrid mampu mengakumulasi lipid tingkat tinggi sebagai
triasilgliserol, dengan kandungan asam lemak docosahexaenoic
(DHA) rantai panjang omega-3 (ÿ3) yang tinggi. Strain dengan
produktivitas tinggi dapat dibudidayakan hingga kepadatan sel di
atas 100 g/l berat kering dalam 4 hari dan mengakumulasi kadar
lipid dalam kisaran 50–70 % berat kering sel (CDW) dengan DHA
yang menyumbang 30–70 % dari total lemak. asam (Chang et al.
2013a; Li et al. 2015; Raghukumar 2008). Laporan pertama
mengenai penggunaan thraustochytrids untuk produksi DHA muncul
pada awal tahun 1990an dan dimulai dengan meningkatnya
pemahaman tentang manfaat asam lemak tak jenuh ganda rantai
panjang (LC-PUFA) ÿ3 bagi kesehatan manusia. Produksi minyak
kaya DHA berdasarkan thraustochytrids dikomersialkan beberapa
tahun kemudian oleh perusahaan AS OmegaTech, yang kemudian
diakuisisi oleh Martek, dan sekarang menjadi bagian dari DSM.
Sejarah pengembangan produksi industri minyak kaya DHA dari
thraustochytrids oleh OmegaTech telah diulas oleh Barclay et al.
(2010), menjelaskan strategi mereka untuk isolasi regangan dan
pengembangan lebih lanjut pada skala produksi 150 m3 .
Machine Translated by Google
4310
Taksonomi dan filogeni thraustochytrid telah dijelaskan secara
luas oleh orang lain, dan spesies thraustochytrid penghasil DHA
telah diidentifikasi dalam semua genera thraustochytrid (Honda et
al. 1999; Yokoyama dan Honda 2007; Yokoyama et al. 2007).
Klasifikasi ulang taksonomi dalam thraustochytrids telah
menghasilkan pembentukan beberapa genera baru. Misalnya,
Aurantiochytrium ditetapkan sebagai genus terpisah pada tahun
2007, dan beberapa spesies yang sebelumnya diklasifikasikan
sebagai Schizochytrium dipindahkan ke genus baru (Yokoyama
dan Honda 2007). Kepadatan sel dan produktivitas DHA tertinggi
telah dilaporkan untuk spesies Schizochytrium, Aurantiochytrium,
dan Ulkenia. Kemampuan thraustochytrid untuk menghasilkan
DHA tingkat tinggi disebabkan oleh adanya jalur alternatif untuk
sintesis DHA, yang dikatalisis oleh kompleks enzim poliketida
sintase (PKS).
PKS juga menghasilkan LC-PUFA lain, asam docosapentaenoic
(DPA; C22:5 ÿ6), yang merupakan asam lemak khas untuk
thraustochytrids (Hauvermale et al. 2006; Lippmeier et al.
2009; Metz dkk. 2001).
Penelitian ekstensif tentang thraustochytrids terutama dimotivasi
oleh sifat mereka sebagai penghasil DHA.
Namun, selama program penyaringan strain, produk lain yang
menarik secara komersial juga telah diidentifikasi. Misalnya,
beberapa strain menghasilkan karotenoid tingkat tinggi, yang lain
menghasilkan squalene. Produk-produk ini telah membangun dan
mengembangkan pasar makanan, pakan, dan farmasi, yang saat
ini diproduksi dari bahan mentah lain.
Sebagai organisme saprofit, thraustochytrid juga menghasilkan
enzim ekstraseluler, dan beberapa strain telah dilaporkan
menghasilkan polisakarida ekstraseluler, lihat, misalnya, Gupta
dkk. (2012) dan Singh dkk. (2014).
Namun, berdasarkan tingkat produksi yang dilaporkan, senyawa
squalene dan karotenoid intraseluler yang berhubungan dengan
lipid tampaknya memiliki potensi tertinggi untuk produksi industri
di masa depan melalui thraustochytrids. Gambar 1 menunjukkan
jalur biosintetik untuk DHA, squalene, dan karotenoid.
Ulasan terbaru mengenai thraustochytrids secara menyeluruh
mencakup metode isolasi dan metode analisis (Gupta dkk. 2012),
dampak ekologis, distribusi dan perannya dalam habitat laut
(Singh dkk. 2014), serta jalur metabolisme dan enzim yang terlibat
dalam sintesis DHA (Xie dan Wang 2015).
Hasil dari tingginya jumlah studi optimasi proses juga dirujuk,
namun bukan sebagai topik utama. Dalam tinjauan kali ini, kami
mengekstrak temuan-temuan utama dari laporan-laporan mengenai
optimalisasi proses untuk produksi DHA dan menafsirkannya
berdasarkan pengetahuan terkini mengenai sintesis DHA dalam
thraustochytrids dan akumulasi lipid dalam mikroorganisme
berminyak secara umum. Kami juga merangkum laporan yang
diterbitkan mengenai produksi squalene dan karotenoid dan
meninjau status terkini mengenai perbaikan strain dan alat genetik
yang tersedia untuk thraustochytrids.
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
DHA—namun satu-satunya produk
komersial dari thraustochytrids
Penerapan DHA dan prospek pasar
Minyak kaya DHA dari thraustochytrids saat ini dipasarkan sebagai
suplemen makanan. Sumber utama asam lemak ÿ3 laut, asam
eicosapentaenoic (EPA) dan DHA adalah minyak ikan. Sekitar
200.000 ton minyak ikan digunakan dalam produk untuk pasar
manusia, sementara produksi minyak kaya mikroba ÿ3 hanya
berjumlah 5.000 ton pada tahun 2011 dengan thraustochytrids
dan mikroalga heterotrofik Chrypthecodinium cohnii sebagai
organisme produksi. Suplemen makanan merupakan pangsa
pasar terbesar sebesar 55 % untuk produk ÿ3, diikuti oleh
makanan dan minuman fungsional, dan farmasi-ceuticals. Pasar
ÿ3-PUFA diproyeksikan menunjukkan tingkat pertumbuhan
tahunan sebesar 12,8% antara tahun 2014 dan 2019 dan
diperkirakan bernilai USD 4300 juta pada tahun 2019
(www.marketsandmarkets.com).
EPA dan DHA juga merupakan unsur penting dalam pakan
budidaya laut. Produksi minyak ikan tahunan mencapai 1 × 106
ton, dimana 71 % digunakan untuk pakan ikan pada tahun 2010
(FAO 2014). Hasil tangkapan global atas stok ikan yang digunakan
untuk produksi minyak telah mencapai batas maksimum. Oleh
karena itu, pertumbuhan budidaya laut di masa depan akan
membutuhkan sumber baru untuk asam lemak ini dalam jumlah
besar, dan minyak mikroba telah diusulkan sebagai solusinya
(Olsen 2011).
Ini akan mewakili pasar bervolume besar namun dengan harga
yang jauh lebih rendah dibandingkan produk manusia saat ini.
Sintesis DHA di thraustochytrids
Dalam ragi berminyak, mikroalga fototrofik, dan bakteri (misalnya
Rhodococcus spp.), asam lemak jenuh mendominasi lipid
penyimpanan, terutama C16:0 tetapi juga C14:0 dan C18:0
(Alvarez dan Steinbüchel 2002; Goold dkk . 2015 ; Wang 2015).
Satu-satunya mikroorganisme berminyak yang diketahui
menghasilkan LC-ÿ3-PUFA sebagai bagian utama dari lipid
penyimpanannya adalah thraustochytrid, labirin yang berkerabat
dekat, dan dinoflagellata heterotrofik C. cohnii. Namun, EPA dan
DHA sering terdapat pada lipid membran mikroorganisme laut,
baik bakteri maupun mikroalga (Mühlroth et al. 2013; Valentine
dan Valentine 2004).
Thraustochytrid menggunakan kompleks enzim asam lemak
sintase (FAS) standar untuk sintesis asam lemak jenuh yang lebih
pendek, terutama C14:0 dan C16:0 (Hauvermale et al. 2006 ).
Thraustochytrid juga mengekspresikan beberapa desaturase dan
elongase, karena rendahnya kadar C16:1, C18:1, C18:2, asam
arakidonat (ARA), EPA, dan asam lemak tak jenuh lainnya dapat
ditemukan (Yokoyama dan Honda 2007; Yokoyama dkk . .2007 ).
Meskipun terbukti hanya pada beberapa strain, kemungkinan
besar semua strain penghasil DHA tingkat tinggi menggunakan PKS
Machine Translated by Google

Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321 4311

Gambar 1 Jaringan metabolisme untuk

biosintesis DHA, squalene, steroid,
dan karotenoid dari glukosa dan
gliserol. DHA diproduksi melalui
jalur PKS (lihat Gambar 2), sedangkan
squalene, steroid, dan karotenoid
diproduksi melalui jalur mevalonat
(Sun et al. 2014).

Panah putus-putus menunjukkan

beberapa langkah enzimatik, dan panah
putus-putus berwarna abu-abu
juga menunjukkan reaksi yang tidak
mengandung pembawa energi.

jalur sebagai penghasil utama DHA. Dalam jalur ini, DHA
disintesis melalui langkah pemanjangan berturut-turut dengan
malonil-KoA, mirip dengan yang dilakukan oleh FAS, namun
menghilangkan pelepasan ikatan rangkap yang diperkenalkan
dari malonil-KoA di sebagian besar siklus, sehingga menghemat
daya pereduksi (NADPH) dan menghilangkan kebutuhan
oksigen molekuler dan NADPH yang diperlukan untuk
desaturase. Jalur ini belum sepenuhnya terungkap, namun
model hipotetis telah diusulkan (Gambar 2) (Metz dkk. 2001;
Ratledge 2004). Jalur PKS juga menghasilkan DPA (C22:5, ÿ6),
dengan urutan 10 % asam lemak (Chaisawang dkk. 2012;
Hauvermale dkk. 2006; Matsuda dkk. 2012). Hal ini menunjukkan
adanya plastisitas pada awal jalur biosintesis DHA yang
memungkinkan terjadinya sintesis C6:0 dibandingkan dengan
zat antara C6:1 pada umumnya. Ketika unit dua karbon baru
ditambahkan ke C6:0 mengikuti rangkaian reaksi yang sama
seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2, hasilnya adalah DPA.
FAS dan PKS menggunakan prekursor yang sama, asetil-
KoA dan NADPH (Gbr. 1). Pengurangan tenaga dalam bentuk
NADPH diasumsikan membatasi akumulasi lipid (Ratledge
2014). Enzim malat (ME) merupakan generator utama NADPH
untuk sintesis asam lemak pada sebagian besar, namun tidak
semua, mikroorganisme berminyak yang diteliti (Dulermo dkk.
2015; Garay dkk . 2014; Ratledge 2014). Agar ME dapat
bertindak sebagai generator NADPH untuk sintesis FA, telah
diusulkan bahwa enzim tersebut harus membentuk kompleks
terintegrasi dengan ATP: enzim sitrat lyase (ACL) dan kompleks
FAS untuk memastikan penyaluran asetil-KoA secara langsung.
menjadi asam lemak (Ratledge 2002). Tidak diketahui apakah
PKS pada thraustochytrid memerlukan ME tertentu. Aktivitas
ME telah ditunjukkan dalam ekstrak thraustochytrids bebas sel
(Chaisawang et al. 2012; Chang et al., 2013b; Ren et al. 2013;
Ren et al. 2009; Song et al. 2013). Dalam studi kursus waktu,
aktivitas ME meningkat pesat pada awal
Machine Translated by Google
4312
Gambar 2 Jalur alternatif untuk biosintesis DHA. a Jalur FAS diikuti oleh
pemanjangan dan desaturasi. Hanya jalur ÿ3 menuju DHA yang digambarkan,
sedangkan titik percabangan ke jalur ÿ6 ditunjukkan. b Jalur PKS (Metz et al.
2001; Ratledge 2004). Jumlah NADPH yang dibutuhkan pada setiap langkah,
atau urutan langkah, ditampilkan di sebelah kiri panah, sedangkan aktivitas
enzim yang terlibat ditunjukkan di sebelah kanan.
KS ketoasil sintase; KR ketoreduktase; DH dehidrasi; DH/i bifungsional
dehydratase dan trans-cis isomerase, isomerase juga dapat menggerakkan
ikatan rangkap; ER enoil reduktase; ÿ desaturase, angka tersebut menunjukkan
ikatan mana (dihitung dari ujung karboksil) yang mengalami desaturasi; dan
ELO elongase, enzim multifungsi dengan aktivitas KS, KR, DH, dan ER
akumulasi triasilgliserol (TAG) dan terus meningkat seiring
dengan akumulasi lipid (Ren et al. 2009; Song et al. 2013).
Enzim penghasil NADPH pertama dari jalur pen-tosa fosfat,
glukosa-6-fosfat dehidrogenase (G6PD), memiliki aktivitas
maksimum selama pertumbuhan sel aktif. Namun, lebih dari
50% aktivitas maksimum masih dipertahankan pada akhir fase
akumulasi lipid (Ren et al., 2009, 2013). Dalam sebuah studi
oleh Song et al. (2013) menggunakan Aurantiochytrium sp.
SD116, FAS dihambat dengan melengkapi media pertumbuhan
dengan asam valerat (asam pentanoat) yang ditambahkan terus
menerus sebagai pengatur pH. Meskipun total lipid jauh lebih
sedikit ketika asam valerat ditambahkan, konsentrasi DHA tidak
terpengaruh (20 g/l pada akhir dalam kedua kasus).
Aktivitas ME secara signifikan lebih rendah dibandingkan
kontrol, tetapi ketika pasokan asam valerat dihentikan, aktivitas
ME dan sintesis C16:0 dan produk FAS lainnya dipulihkan.
Studi ini menunjukkan bahwa aktivitas ME yang diukur terkait
dengan FAS, dan penulis menyarankan agar PKS tidak
bergantung pada ME untuk menghasilkan NADPH.
Namun, sebuah penelitian oleh Ren et al. (2009) mendukung
peran ME dalam produksi DHA di Schizochytrium sp. HX-308.
Penambahan asam malat pada fase akumulasi lipid cepat
meningkatkan fraksi DHA dari total asam lemak (TFA) dari 35
menjadi 60 % dan dari ~8 menjadi ~15 % biomassa. Konten TFA
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
biomassa meningkat dari ~23 menjadi ~26 %, yang berarti
sintesis asam lemak lainnya berkurang.
Umumnya, mikroorganisme berminyak mengakumulasi lipid
sebagai TAG pada kondisi dimana nutrisi penting, seringkali
nitrogen, membatasi pembelahan sel dan karbon organik
berlebih. Mekanisme yang mendasarinya telah ditinjau secara
ekstensif oleh Ratledge (2004) dan Ratledge dan Wynn (2002),
terutama berdasarkan penelitian pada ragi dan jamur berfilamen.
Singkatnya, keterbatasan nitrogen menyebabkan rendahnya
tingkat AMP, berkurangnya aktivitas dehidrogenase isositrat
yang bergantung pada AMP dari siklus asam tri-karboksilat
(TCA), dan akumulasi sitrat, yang diangkut ke sitosol. ATP:sitrat
lyase memecah sitrat menjadi asam oksaloasetat dan asetil-
KoA, sehingga menyediakan pasokan terus menerus prekursor
asam lemak asetil-KoA dalam sitosol. Enzim ini telah ditemukan
di semua mikroorganisme pengumpul minyak yang diselidiki,
termasuk thraustochytrids (Chaisawang et al. 2012; Chang et
al., 2013b; Janthanomsuk et al. 2015; Ren et al. 2009).
Beberapa penelitian menyeluruh tentang inisiasi akumulasi lipid
pada thraustochytrid telah dilaporkan. Namun, dari penelitian
yang menggunakan sumber nitrogen tertentu, terbukti bahwa
akumulasi lipid dimulai ketika N habis (Jakobsen dkk. 2008;
Janthanomsuk dkk. 2015; Qu dkk., 2013b; Ren dkk. 2010 ).
Ketika ditanam pada media dengan kandungan N tinggi yang
dipasok sebagai ekstrak ragi atau pepton, TAG juga terakumulasi
ketika N masih tersedia (Chang et al., 2013a; Chang et al.
2014; Huang et al. 2012). Penjelasan apa pun tidak dibahas
oleh penulis, namun mungkin saja penipisan asam amino yang
paling mudah digunakan dan penurunan laju pertumbuhan
secara bersamaan memicu akumulasi lipid, meskipun
konsentrasi nitrogen dalam medium masih tinggi. Juga, dalam
kultur berkelanjutan dengan N sebagai senyawa pembatas
pertumbuhan, terjadi akumulasi lipid (Ethier et al.
2011; Ganuza dan Izquierdo 2007). Pembatasan fosfor (P) juga
memulai akumulasi TAG pada thraustochytrids (Jakobsen et al.
2008; Ren et al. 2013), namun efek pembatasan P pada sintesis
DHA dan akumulasi lipid jauh lebih sedikit dipelajari dibandingkan
efek pembatasan N.
Dalam studi fermentasi dimana N benar-benar habis, laju
produksi lipid menurun 1-2 hari (20-50 jam) setelah permulaan
akumulasi TAG. Laju produksi produk FAS menurun pada tahap
yang lebih awal dibandingkan laju produksi DHA, sehingga
meningkatkan fraksi DHA dari total asam lemak menjelang akhir
fermentasi (Chaisawang et al. 2012; Jakobsen et al. 2008; Li et
al. 2012; Jakobsen et al. 2008; Li et al . Al.
2015; Ren dkk. 2010). Penurunan serupa dalam tingkat
akumulasi lipid pada jamur berminyak terbukti disebabkan oleh
inaktivasi ME, dan stabilitas ME yang bervariasi diasumsikan
menentukan tingkat lipid maksimum yang diperoleh pada
spesies dan strain yang berbeda (Ratledge dan Wynn 2002) .
Dalam penelitian di mana ekstrak ragi dan pepton konsentrasi
tinggi diberikan secara terus menerus, tidak terjadi penurunan
tingkat produksi (Huang et al. 2012). Dalam penelitian lain di mana nitrogen be
Machine Translated by Google
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
disuplai selama fase akumulasi lipid, dan oksigen juga terbatas
(lihat di bawah), sehingga mempersulit interpretasi data.
Fraksi DHA dan TFA yang lebih rendah selama fase akumulasi lipid
dibandingkan selama pertumbuhan eksponensial sering diamati
(Chaung dkk. 2012; Ren dkk. 2014a, b). Hal ini, setidaknya
sebagian, dapat dijelaskan oleh fosfolipid (PL) sebagai kelas lipid
yang mendominasi selama pertumbuhan eksponensial dengan
kelebihan nitrogen, karena PL memiliki fraksi DHA yang lebih tinggi
dibandingkan lipid penyimpanan (Fan et al. 2007; Qu et al . 2013a; Ren dkk.2014a
Selama pertumbuhan eksponensial dengan N berlebih, PL adalah
kelas lipid yang mendominasi atau satu-satunya, yang merupakan
sekitar 10% CDW thraustochytrids. PL merupakan fraksi penurunan
total lipid (TL) selama fase akumulasi lipid. Pada kandungan TL di
atas 60 % CDW, lipid netral, yang didominasi oleh TAG, merupakan
90–95 % dari TL (Fan et al. 2007; Ren et al. 2014a; Yaguchi et al.
1997).
Hasil asam lemak pada sumber karbon umumnya tidak
dilaporkan tetapi dapat dihitung hingga 0,29 g/g glukosa dalam fase
akumulasi lipid setelah penipisan N dalam penelitian yang dilakukan
oleh Chaisawang dkk. (2012). Hal ini mendekati hasil teoritis, yaitu
sekitar 0,3 g/g glukosa (Ratledge, 2014).
Parameter lain yang mempengaruhi tingkat DHA dan
laju produksi
Berkurangnya pasokan oksigen, sehingga menghasilkan nol oksigen
terlarut (DO) dalam medium, telah terbukti meningkatkan fraksi
relatif DHA dari TFA tetapi juga meningkatkan fraksi biomassa
sampai batas tertentu. Dampak langsung dari keterbatasan oksigen
adalah kandungan asam lemak tak jenuh yang dihasilkan oleh
desaturase yang bergantung pada oksigen menurun, sehingga
meningkatkan fraksi relatif asam lemak lainnya (Jakobsen dkk.
2008) . Lebih penting lagi, laju transfer oksigen yang rendah (OTR)
juga mengurangi fraksi produk FAS dari TFA, sehingga meningkatkan
fraksi DHA. Hal ini semakin jelas terlihat jika OTR semakin rendah
(Chang dkk. 2014; Jakobsen dkk.
2008; Qu dkk. 2011; Ren dkk. 2010) dan menunjukkan bahwa
aktivitas FAS lebih dipengaruhi oleh pasokan oksigen dibandingkan
aktivitas PKS.
Hasil percobaan dimana suhu diturunkan dalam kisaran dimana
hasil sel dan kandungan lipid tidak terpengaruh secara signifikan
(antara 15 - 20 dan 30 °C) menunjukkan peningkatan fraksi DHA
dengan penurunan suhu. Misalnya, fraksi DHA dari TFA di
Aurantiochytrium mangrovei Sk-02 meningkat dari 29 menjadi 42 %
pada fase akumulasi lipid akhir ketika suhu diturunkan dari 30
menjadi 12 °C; namun, kandungan DHA dalam massa sel tetap
sama (~12 %) karena kandungan TFA (terutama C16:0) CDW
menurun pada suhu yang lebih rendah (Chodchoey dan Verduyn
2012). Beberapa penelitian lain juga menunjukkan fraksi DHA yang
lebih tinggi pada suhu yang lebih rendah namun dengan efek yang
lebih kecil dan tren yang tidak selalu jelas. Itu
4313
pengaruh suhu bahkan lebih nyata pada DPA dibandingkan DHA
tetapi dengan respons yang berlawanan. Fraksi DPA TFA, serta
massa sel, menurun seiring dengan penurunan suhu (Chodchoey
dan Verduyn 2012; Taoka et al.
2009; Unagul dkk. 2005; Zeng dkk. 2011). Oleh karena itu, sintesis
kedua produk PKS tersebut tampaknya bereaksi berbeda terhadap
suhu.
Untuk mempertahankan laju akumulasi lipid maksimum,
konsentrasi). sumber karbon harus di atas 15–20 g/l. Ketika
konsentrasi turun di bawah tingkat ini, misalnya, menjelang akhir
fermentasi, lajunya menurun.
Efek ini juga terlihat jelas ketika sumber karbon ditambahkan melalui
proses pulse, sehingga konsentrasinya menurun hingga ~5 g/l (Qu
dkk. 2013a). Membatasi sumber karbon dengan pemberian pakan
secara perlahan menghasilkan kandungan lipid CDW yang serupa,
atau sedikit berkurang, seperti yang diperoleh dengan karbon
berlebih, namun dengan penurunan laju produksi lipid (Janthanomsuk
dkk. 2015; Qu dkk . 2013a ). Pada penurunan laju pemberian pakan,
laju produksi produk FAS menurun lebih besar dibandingkan laju
produksi DHA, sehingga menghasilkan fraksi DHA asam lemak
yang lebih tinggi.
Ringkasan faktor utama yang mempengaruhi tingkat
produksi DHA
Kandungan lipid total massa sel di atas 80 % (Li et al. 2015) dan
kandungan DHA di atas 80 % TFA (Huang et al. 2012) telah
dilaporkan. Namun, hal ekstrem seperti itu tidak pernah diperoleh
secara bersamaan. Variasi fraksi DHA dari TFA yang diamati ketika
laju transfer oksigen dan strategi pemberian pakan (N, P, dan C)
diubah tampaknya lebih besar disebabkan oleh variasi laju produksi
asam lemak yang dihasilkan oleh FAS dibandingkan dengan
produksi DHA. tarif. Untuk meningkatkan produktivitas DHA, perlu
diidentifikasi faktor-faktor khusus yang meningkatkan angka PKS.
Untuk perbandingan efek yang dilaporkan, produktivitas spesifik
(qP) DHA terkait dengan massa sel bebas Bfat telah dihitung (Tabel
1). Nilai qP tertinggi diperoleh ketika konsentrasi sumber nitrogen
kompleks yang sangat tinggi diterapkan. Ketika nitrogen tersedia
selama fase akumulasi lipid, sintesis baru enzim pembatas laju
dimungkinkan, dan aktivitas enzim yang tinggi dapat dipertahankan
selama fermentasi. Namun, diperlukan perbandingan yang lebih
langsung terhadap strategi pasokan N yang berbeda, dengan
menggunakan strain yang sama. Stabilitas ME diasumsikan penting
untuk menjaga tingkat produksi lipid yang tinggi pada ragi dan
jamur. Namun, untuk thraustochytrid, belum jelas apakah FAS dan
PKS menggunakan ME yang sama untuk NADPH
generasi, jika mereka memiliki ME spesifiknya, atau bahkan jika
NADPH untuk PKS dihasilkan oleh enzim lain. Pengetahuan lebih
lanjut tentang jumlah ME dan kemungkinan hubungan dengan dua
kompleks enzim akan diberikan melalui analisis genom. Distribusi
aliran karbon antara
Machine Translated by Google

4314 Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321

Tabel 1 Produktivitas spesifik asam lemak DHA dan C14-C18 berdasarkan berat kering sel bebas Bfat^, nilai perkiraan dihitung dari data
disajikan dalam referensi yang dikutip

Tekanan sumber C N sumber dan pasokan N selama lipid Oksigen terlarut qp [mg/(gh)] Referensi
(Berlebihan) konsentrasi (g/l)a akumulasi
DHA C14–C18

TIDAK 6.3 –
Thraustochytrium sp. Glukosa MSG + YE (8 + 2) No Burja dkk. (2006)
ONC-T18
Skizochytrium sp. S31b Gliserol YE (14) TIDAK LAKUKAN = 0, 0,6 vvm, 7.3 5.1 Chang dkk. (2013b)
450 rpm
Skizochytrium sp. S31b Gliserol YE (50) NH3 sebagai pengatur pH DO = 0, 0,6 vvm, 9.1 12.7 Chang dkk. (2013a)
700 rpm
A. limacinum SR21 21 –
Gliserol YE + Pep (4 + 4) Pemberian pakan YE + Pepc DO = 50 % Huang dkk. (2012)
A. limacinum SR21 LAKUKAN = 0 17 –
Glukosa MSG + YE (45 + 30) No Li dkk. (2015)
A. limacinum SR21 Gliserol CSL (5) Budaya berkelanjutan DO = 50% 3.8 7.7 Ethier dkk. (2011)
Budaya yang berkelanjutan – 7 7.5
MSG Glukosa Skizochytrium G13/2S (4) Ganuza dan Izquierdo
(2007)
Aurantiochytrium sp. Gliserol MSG (22) TIDAK LAKUKAN = 30% 3.3 8.7 Jakobsen dkk. (2008)
T66
TIDAK 6 –
Skizochytrium sp. MSG Glukosa (22) TIDAK Qu dkk. (2013b)
HX-308
Skizochytrium sp. MSG Glukosa (22) TIDAK TIDAK 6 7 Ren dkk. (2014a)
HX-308
Aurantiochytrium sp. MSG Glukosa (8) TIDAK TIDAK 23d 85d Chaisawang dkk.
B-072 (2012)
Aurantiochytrium sp. Glukosa (NH4)2SO4 (5) NH3 sebagai pengatur pH DO = 30 % 50–55d 85d Janthanomsuk dkk.
B-072 (2015)

Nilai-nilai tersebut mengacu pada periode dengan tingkat produksi tertinggi selama akumulasi lipid. Berat kering bebas lemak dihitung sebagai CDW dikurangi TFA jika tidak
dinyatakan sebaliknya

Data NA tidak tersedia

A
MSG mono-natrium glutamat, ekstrak ragi YE, Pep pepton
B
Fraksi DHA dan menghitung CDW bebas lemak berdasarkan TL, bukan TFA
C
Larutan 20 g/l YE + 20 g/l Pep diberikan secara kontinyu

dDihitung oleh penulis yang dikutip sebagai mmol/(gh). Dihitung ulang menjadi mg/(gh) dengan masing-masing menggunakan massa molekul DHA dan C16:0

kedua jalur juga akan dipengaruhi oleh nilai Km untuk tersebut
enzim yang termasuk dalam sistem masing-masing. Tidak ada penelitian seperti itu
telah dilaporkan.
Produktivitas volumetrik keseluruhan dari proses tersebut memiliki
tidak ditekankan pada bagian di atas. Namun, itu
produktivitas DHA tertinggi yang dilaporkan dalam literatur ilmiah
adalah 7–8 g/l hari. Ini diperoleh dengan Schizochytrium sp.
S31 pada 150 g/l CDW (Chang et al., 2013a) dan dengan
Aurantiochytrium limacinum SR21 pada 88 g/l CDW (Li et al.
2015). Dalam paten, telah ditetapkan 13 g/l hari pada 190 g/l CDW
dilaporkan (Bailey dkk. 2003).
Produksi squalene di thraustochytrids
Penerapan squalene dan prospek pasar
Beberapa thraustochytrids, khususnya beberapa spesies yang termasuk
termasuk dalam genus Aurantiochytrium, menghasilkan squalene dalam jumlah banyak
lebih dari 30% CDW. Squalene adalah zat perantara
biosintesis sterol seperti kolesterol dan ergosterol (Gbr. 2).
1) dan tersebar luas di alam. Di hati hiu laut dalam,
mungkin merupakan lebih dari 80% minyak (Bakes dan Nichols
1995). Squalene banyak digunakan sebagai eksipien dalam emulsi farmasi
untuk pengiriman vaksin, obat-obatan, dan
bahan obat lainnya. Ini meningkatkan kekebalan tubuh
sistem dan karena itu digunakan sebagai agen pelindung pada kanker
pengobatan, dan juga digunakan sebagai hidrasi dan antioksidan
agen dalam kosmetik (Huang et al. 2009; Reddy dan Couvreur
2009). Pasar squalene saat ini sedang berkembang dan sedang berkembang
diperkirakan akan mencapai 4000 ton dan bernilai USD 177 juta pada tahun ini
2019 (www.marketsandmarkets.com). Minyak hati hiu punya
telah menjadi sumber tradisional untuk squalene, tetapi tidak terkontrol
pembunuhan hewan-hewan ini telah menyebabkan peningkatan lingkungan
kekhawatiran. Dikombinasikan dengan peraturan pemerintah, memang demikian
membatasi pertumbuhan segmen ini. Squalene alternatif
sumbernya termasuk minyak nabati, dengan jumlah tertinggi
ditemukan dalam bayam dan minyak zaitun, rata-rata 7–8%(b/b)
dan 1%, masing-masing (Popa dkk. 2015). Karena semakin tinggi
permintaan pabrik pengolahan saat mengekstraksi squalene dari
Machine Translated by Google

Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321 4315

minyak nabati dibandingkan hati ikan hiu, potensinya
produksi bioteknologi di pabrik sel mikroba telah
menarik semakin banyak perhatian (Ghimire dkk. 2016).
Strain penghasil squalene dan data produksi yang dilaporkan
Squalene diproduksi dari farnesil difosfat (FPP) melalui
jalur mevalonat (Gbr. 1). Enzim sebelum FPP
belum dipetakan dalam thraustochytrids. Namun, beberapa
enzim yang terkait dengan sintesis squalene dan sterol telah
terbukti diekspresikan dalam Aurantiochytrium sp. SD116,
termasuk sterol 24-C-metiltransferase, sikloartenol
squalene dalam jumlah tinggi pada pertumbuhan dan lipid awal
fase akumulasi, terdiri dari 38 % TL (30–40 % TL
CDW) dan 11 % CDW (~3 g/l). TL melanjutkan
meningkat hingga 70 %, namun kandungan squalene sebenarnya menurun
konsentrasi (g/l), dan menghilang pada akhir
fase akumulasi TAG (Ren et al. 2014a). Yang dilaporkan
produktivitas volumetrik berkisar antara 0,2–1,4 g/l hari
(Tabel 2). Berat kering sel untuk kedua strain yang mengumpulkan 20–
30 % squalene CDW hanya 3,4 dan 6 g/l,
masing-masing, menunjukkan bahwa terdapat potensi besar untuk
peningkatan produktivitas jika kepadatan sel dapat ditingkatkan.
Kesimpulannya, thraustochytrids adalah kandidat yang menjanjikan
organisme produksi untuk squalene. Namun, lebih banyak pekerjaan yang harus dilakukan

sintase, protein pengangkut kolesterol, dan squalene sintetase (Ma et
al. 2015). Sintase squalene dari
Aurantiochytrium sp. KRS101 telah diproduksi
secara rekombinan dan terbukti mengkatalisis konversi dua
molekul FPP menjadi squalene dengan adanya NADPH
dan Mg2+ (Hong dkk. 2013b).
Kadar squalene tertinggi yang dilaporkan sejauh ini adalah 32 dan 20 %.
CDW dan diperoleh dengan strain Aurantiochytrium
spp., Yonez5–1 dan 18 W-13a (Tabel 2). Pada strain 18 W-13a,
squalene merupakan 69% dari TL dan di Yonez5–1 ~94%
(Nakazawa dkk., 2012, 2014). Kinetika akumulasinya tidak diketahui,
karena pengambilan sampel pertama dilakukan ketika
tingkat maksimum biomassa, total lipid, dan squalene sudah
tercapai (Kaya dkk. 2011). Juga, strain pada dasarnya
dipilih karena konten TAG dan/atau DHA-nya telah ditampilkan
untuk menghasilkan squalene tingkat tinggi, hingga 6,6 % TL atau 3,3 %
massa sel (Hoang et al. 2014; Qu et al. 2013a). Di sebuah.
mangrovei PQ6 (sebelumnya diklasifikasikan sebagai Schizochytrium
mangrovei PQ6), squalene terakumulasi selama lipid
fase akumulasi, tetapi lebih cepat dari peningkatan lipid, dan
mencapai maksimum 33 mg/g CDW (6% dari TL) dan
1,0 g/l setelah 4 hari (Hoang dkk. 2014). Sebaliknya,
Skizochytrium sp. CCTCC M209059 diproduksi secara relatif
diperlukan pada seleksi strain dan studi produksi
kinetika. Misalnya, sejauh mana produksi squalene berhubungan
dengan pertumbuhan atau berhubungan dengan akumulasi lipid
tampaknya bervariasi antar strain. Strain terakumulasi tinggi
tingkat dengan produktivitas volumetrik yang tinggi adalah
seleksi untuk proses yang menargetkan squalene sebagai produk utama,
sedangkan squalene berasosiasi dengan residu biomassa setelah minyak
ekstraksi bisa menjadi produk sampingan yang berharga untuk produksi DHA.
Thraustochytrid sebagai produsen karotenoid
Penerapan karotenoid dan prospek pasar
Thraustochytrid sering kali berpigmen dan telah ditemukan
mensintesis karotenoid (Aki et al. 2003; Burja et al. 2006;
Raghukumar 2008; Singh dkk. 2014). Karotenoid adalah a
beragam kelompok pigmen alami, terutama diproduksi oleh tumbuhan
dan juga oleh beberapa mikroorganisme. Karotenoidnya bisa
dibagi menjadi xantofil dan karoten. Kedua kelompok punya
struktur molekul serupa, tetapi xantofil mengandung oksigen,
sedangkan karoten adalah hidrokarbon murni. Secara komersial

Tabel 2 Kadar squalene dan produktivitas thraustochytrid yang berproduksi tinggi

Tekanan CDW Squalene Squalene Squalene Lipid Va (l) Waktu Referensi

(g/l) (mg/g CDW) (g/l) (g/l hari) (g/l) (hari)

Aurantiochytrium sp. 6.5 198 1.3 0,32 3.9 0,2 4 Kaya dkk. (2011)
18W-13a
Aurantiochytrium sp. 3.4 318 1.1 0,27 1.1 0,2 4 Nakazawa dkk.
Yonez 5–1 (2014)

A. mangrovei PQ6 A. 30 33 1.0 0,25 15 15 4 Hoang dkk. (2014)

mangrovei PQ6 31 33 1.0 0,25 16 100 4 Hoang dkk. (2014)

Skizochytrium sp. 25 11 0,3 0,18 8 1000 1.5 Ren dkk. (2010)

CCTCC M209059b
Skizochytrium sp. 50 84 4.3 1.4 21 7 3 Ren dkk. (2014a)
CCTCC M209059b

A
Volume budaya
B
Data berasal dari grafik dalam referensi yang dikutip
Machine Translated by Google
4316
karotenoid yang paling penting adalah xantofil astaxanthin, cantaxanthin,
lutein, dan zeaxanthin serta karoten ÿ-karoten dan likopen. Aplikasi
utama karotenoid adalah sebagai pewarna pada makanan dan pakan,
namun seiring dengan meningkatnya pasar nutrisi, farmasi, dan kosmetik
(Berman et al.
2015). Produk karotenoid yang mendominasi baik jumlah maupun nilai
adalah astaxanthin dan cantaxanthin yang disintesis secara kimia untuk
pakan budidaya. Astaxanthin adalah karotenoid yang paling penting
secara ekonomi secara global, dengan ukuran pasar di atas 350 juta
USD. Pada tahun 2010, pasar global untuk karotenoid dilaporkan sebesar
1200 juta USD dan dengan perkiraan pertumbuhan tahunan sebesar
2,3% (Cutzu et al. 2013). Pada tahun 2014, Informasi Global (http://
www.giiresearch.com/report/bc199439-global-market-carotenoids.html )
melaporkan nilai pasar hingga 1500 juta USD, dengan perkiraan mencapai
1800 juta USD pada tahun 2019, menunjukkan tingkat pertumbuhan
tahunan sebesar 3,9%.
Saat ini, sebagian besar karotenoid disintesis secara kimia (misalnya
astaxanthin, ÿ-karoten, dan cantaxanthin) atau diperoleh dari ekstrak
tumbuhan. Hingga saat ini, karotenoid yang diproduksi secara mikroba
belum mampu bersaing secara biaya dengan produk yang disintesis
secara kimia, sehingga hanya dapat digunakan pada aplikasi khusus
dengan harga lebih tinggi (Schmidt dkk. 2011).
Strain penghasil karotenoid dan data produksi yang dilaporkan
Karotenoid, baik xantofil maupun karoten, disintesis oleh jalur mevalonat
melalui likopen perantara umum (Gbr. 1). Belum ada penelitian tentang
enzim dan gen yang terlibat dalam thraustochytrid yang dilaporkan.
Strain Thraustochytrium yang dilambangkan ONC-T18 ditemukan
menghasilkan ÿ-karoten dan xanthophylls astaxanthin, zeaxanthin,
cantaxanthin, phoenicoxanthin, dan echinenone, dengan kadar total
sekitar 30 ÿg/g CDW (Armenta et al.
2006; Burja dkk. 2006). Tingkat karotenoid yang lebih tinggi dilaporkan
untuk Thraustochytrium CHN-1, yang menghasilkan 160 ÿg/g astaxanthin
dan 450 ÿg/g total karotenoid (Carmona et al. 2003), sedangkan
Aurantiochytrium sp. KH105 menghasilkan 1,5–3,4 mg/g total karotenoid
tergantung pada media dan kondisi budidaya, dengan kadar astaxanthin
hingga ~1,4 mg/g (Aki et al. 2003; Yamasaki et al. 2006). Kadar
karotenoid tertinggi sejauh ini dilaporkan pada strain Thraustochytriidae
sp. AS4-A1 (Ulkenia sp.), memproduksi hingga 40 mg/g astaxanthin atau
4 % CDW. Kepadatan sel adalah 8–12 g/l dan konsentrasi astaxanthin
0,30–0,45 g/l setelah 6 hari. Produksi astaxanthin mengikuti profil
akumulasi DHA dengan konsentrasi maksimum diperoleh agak lambat
dibandingkan konsentrasi DHA maksimum (Quilodran et al. 2010).
Menariknya, ekspresi rekombinan protein hemoglobin Vitreoscilla
menghasilkan peningkatan kandungan astaxanthin sembilan kali lipat
dalam Aurantiochytrium sp. SK4 dalam kondisi mikroaerobik, dan
rekayasa ini
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
Pendekatan ini juga berdampak positif terhadap pertumbuhan sel dan
produksi PUFA (Suen dkk. 2014).
Kadar astaxanthin maksimum yang dilaporkan sebesar 4% CDW oleh
thraustochytrid jauh lebih tinggi dibandingkan 6–7 mg/g yang diperoleh
oleh ragi Phaffia rhodozyma (Schmidt et al. 2011), dan dalam urutan
yang sama seperti mikroalga fototropik Haematococcus pluvialis,
keduanya digunakan untuk produksi komersial astaxanthin. Oleh karena
itu, Thraustochytrid merupakan organisme produksi yang sangat menarik
untuk karotenoid ini dan untuk produksi DHA dan astaxanthin secara
simultan untuk pakan salmon. Karena kepadatan sel yang rendah,
produktivitas volumetrik yang dilaporkan untuk thraustochytrid masih
rendah. Jika fermentasi dengan kepadatan sel tinggi dapat dikembangkan,
kemungkinan besar produktivitas volumetriknya juga akan melebihi
produktivitas yang dilaporkan untuk organisme produksi potensial lainnya.
Lebih lanjut, kemajuan saat ini dalam pengembangan alat genetik dan
pengurutan genom thraustochytrid harus membuka peluang bagi rekayasa
thraustochytrid sebagai inang produksi masa depan untuk sejumlah
karotenoid, dengan memanfaatkan pengetahuan yang dihasilkan dari
upaya rekayasa yang sedang berlangsung pada mikroorganisme lain,
seperti ragi P. rhodozyma. dan Xanthophyllomyces dendrorhous (Schmidt
dkk. 2011; Gassel dkk. 2013).
Urutan genom yang tersedia dan alat
untuk rekayasa thraustochytrids
Kelangkaan data genom thraustochytrids sejauh ini membatasi identifikasi
target pengembangan strain. Genom parsial dari thraustochytrid (QPX)
yang diidentifikasi sebagai parasit pada hard clam quahog telah
dipublikasikan (Garcia-Vedrenne et al. 2013). Baru-baru ini, urutan genom
penghasil DHA yang baik Schizochytrium sp. CCTCC M209059 diterbitkan
(Ji dkk. 2015). Draf data genom dua thraustochytrid, A. limacinum SR21
dan S. aggregatum ATCC 28209, tersedia dari Joint Genome Institute
(JGI; http://genome.jgi.doe.gov/), dan model metabolisme skala genom
A. limacinum SR21 baru-baru ini dibuat dan dianalisis untuk produksi
DHA (Ye et al. 2015). Beberapa studi transkriptom thraustochytrid juga
telah dipublikasikan (Ma et al. 2015; Rubin et al. 2014).
Namun, bahkan jika lebih banyak rangkaian genom kini tersedia,
metode transfer gen yang efisien masih langka untuk thraustochytrid.
Sampai saat ini, hanya ada 12 strain thraustochytrid, yang termasuk
dalam 4 genera berbeda, yang telah dimanipulasi secara genetik, dan
hanya beberapa metode yang berhasil digunakan untuk mengirimkan
transgen ke dalam sel thraustochytrid. Kecuali satu penelitian yang
dipublikasikan, dimana penulis menetapkan transformasi yang dimediasi
Agrobacterium untuk Schizochytrium sp. (Cheng et al. 2012), elektroporasi
atau pemboman partikel menggunakan DNA linier tampaknya menjadi
pilihan (Tabel 3), namun metode yang dilaporkan
 Machine Translated by Google

sdirtynh
nacarm
oke
,tiaso
rd
mln
i,ku
e
m
g
oAa
uea
b
n
to
N
e
lga
rearh
M
iD
T
3yst
p
d

nanakeT nahiliP rotomorP isnerefeR

nameid
rig
onteem
p nak/iisseartp
usm
gn
knreeaiG
by
d

mu
6n8i1c0ahm
.m
Ail 814G
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309 –4321

mm
um
m
in
u
riusta
siuyrian
rm
tihre
yetcoh
o
ty1i1
cpch
o b0a
l0
i6
o
ae
o
tce8
1C
b1
n0
rf8
kzog8
ta
e
0
1o
S
4
-C
ik4
1
znth
4
8
m
O
rP
e
rR
iK
.4
T
gcka
e
u 0pIlu
m
M
G
E
P
S
A
K
T2st
p ni/ta
iu1q-A
iFbN
E
u ihcu)g2a1.kk0ak2S
d(

mu
6n8i1c0ahm
.m
Ail 814G
ni/ta
iu1q-iFbE
u esaisreurtp
as2ke1E
dÿ ad)u1s1.tk0
ak2
Md(

mu8n8icCaUm
.O
Ail
lokinefm
n1a
iK
cF
rnoo
G
A
EaelN
K
P
T
dz ira)h5a1.tk0ak2M
d(

munic-a6m
2.A
F
bil
nisimorgiH -anam
id esa
dripeiflsonf1i)ssa4Toar1A
.e
tfd
tklo
0uib
Lakss2M
P
A
pi(l
a
d

nicoeZ nilubut
nibo
isle
gropm
skeE
h )4n1.ek0uk2S
d(

nicoeZ nilubut
)4n1.ek0uk2S
d(

dimiskeholkiS esfia
tiu
sre
tuitrtsp
aPnis2rAoke
a1G
E
K
dÿ )a3g1n
.k0ok2H
d(

814G
ni/ta
iu1q-A
iFbN
E
u ihcu)g2a1.kk0ak2S
d(

nicoeZ 1FET KADIT

g)1n1e
.k0hk2C
d(

814G 1FET
eissea-rtlpe
iS
A
tsetC
n
oksiK
E
A
as )31.nk0ak2Y
d(

1FET KADIT
g)2n1e
.k0hk2C
d(

nicoeZ nilubut
eisA
s1aaF
Ad
ttU
uF
naM
iP
ps reie)m
90p
.k0pk2id
L(

1-FE
nisimomoraP ninitu
isle
grapm
skeE
h )e3n1.yk0ak2B
d(

mue4Cr0u
C3aT4.A
T
3 namobleekgin
treaP
p 814G esaruistad
tsue
a5M
pÿ
d
ni/ta
iu1q-iFbE
u ihcu)g2a1.kk0ak2S
d(

namobleekgintreaP
p 814G
muirtyhbcBit4e0ir.A
apP
Ts ni/ta
iu1q-A
iFbN
E
u ihcu)g2a1.kk0ak2S
d(

aiK
dAesDrIeTt
4317
Machine Translated by Google
4318
belum tentu bekerja untuk strain thraustochytrid apa pun.
Namun, metode lain yang telah berhasil diterapkan untuk mikroalga
fotosintetik mungkin juga dapat diterapkan pada thraustochytrids.
Kim dkk. (2014) melaporkan bahwa Chlamydomonas reinhardtii
dengan dinding sel utuh dapat diubah dengan menggunakan
nanopartikel aminoclay bermuatan positif, dan tahun lalu metode
berbasis konjugasi bakteri didirikan yang secara langsung
mentransfer episom dari Escherichia coli ke diatom Phaeodactylum
tricornutum dan Thalassiosira pseudonana dengan efisiensi
transformasi yang tinggi (Karas et al. 2015). Pendekatan baru ini
mungkin membuka peluang baru untuk transformasi thraustochytrid.
Baru-baru ini, Sun dkk. (2015) menunjukkan bahwa sistem cre/loxP
dapat digunakan untuk menghasilkan mutasi tanpa penanda pada
A. limacinum, dan hal ini memungkinkan pembentukan strain dengan
beberapa mutasi.
Selain metode pengiriman DNA, metode seleksi dan kontrol
ekspresi gen perlu dipertimbangkan ketika membuat perangkat
genetik untuk thraustochytrid. Hanya sejumlah kecil penanda seleksi
yang digunakan untuk memilih transforman thraustochytrid (Tabel
3). Konsentrasi yang diperlukan untuk menghambat pertumbuhan
bergantung pada strain, yang menunjukkan bahwa resistensi
terhadap pemilihan antibiotik thraustochytrid perlu diuji berdasarkan
kasus per kasus (Cheng et al. 2011; Lippmeier et al. 2009; Suen et
al. 2014) . Juga telah dilaporkan bahwa mutasi gen yang mengkode
protein ribosom L44 (P56E) menjadikan Aurantiochytrium sp.
KRS101 resisten terhadap sikloheksimid (Hong dkk. 2013a). Selain
itu, telah dibuktikan bahwa peningkatan protein fluoresensi (EGFP)
dapat diekspresikan secara fungsional dalam A. limacinum, T.
aureum, dan Schizochytrium sp.
(Cheng dkk. 2012; Sakaguchi dkk. 2012; Sun dkk. 2015). Untuk
mengontrol ekspresi transgen, promotor dari gen endogen yang
berekspresi tinggi sering digunakan. Tabel 3 juga merangkum
promotor mana yang digunakan untuk mengendalikan ekspresi
transgen dalam studi yang dikutip.
Metode yang dijelaskan di atas terutama digunakan untuk
menjelaskan peran enzim yang berkaitan dengan sintesis asam
lemak, namun pada tingkat yang lebih rendah untuk perbaikan
strain. Hal ini akan berubah ketika rangkaian genom sudah tersedia,
sehingga memungkinkan identifikasi target untuk rekayasa genetika.
Sejalan dengan upaya pengurutan, terdapat kebutuhan untuk
mengembangkan perangkat genetik lebih lanjut.
Prospek masa depan
Meskipun penelitian selama lebih dari 20 tahun mengenai produksi
DHA oleh thraustochytrids, pengetahuan dasar biokimia, genetika,
dan regulasi sintesis masih kurang. Hal yang sangat penting untuk
perbaikan regangan dan proses di masa depan adalah pemahaman
tentang bagaimana dua jalur utama yang digunakan untuk sintesis
asam lemak diatur dan bagaimana tingkat PKS yang lebih tinggi.
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
jalur dapat diperoleh. Beberapa penelitian yang dilaporkan tentang
squalene dan karotenoid menunjukkan potensi produksi yang tinggi
dari senyawa ini. Namun, informasi tentang kinetika produksi masih
langka, misalnya, sejauh mana produksi berhubungan dengan
pertumbuhan atau berhubungan dengan akumulasi lipid. Urutan
genom yang kini tersedia akan membantu menghasilkan hipotesis
yang dapat diverifikasi secara eksperimental melalui berbagai
analisis omic, studi biokimia aktivitas enzim, dan penggunaan
substrat berlabel. Ini akan membuka peluang rekayasa metabolisme
tingkat sistem untuk perbaikan regangan.
Minyak kaya DHA yang diproduksi oleh thraustochytrids sudah
dikomersialkan untuk pasar manusia. Produksi DHA untuk pasar
lain dengan harga lebih rendah, seperti bahan pakan, serta produksi
squalene dan karotenoid, akan bergantung pada ketersediaan dan
perkembangan harga bahan baku produk tersebut saat ini. Squalene
dan karotenoid juga dapat menjadi produk sampingan yang bernilai
tambah dari potensi produksi DHA dalam jumlah besar di masa
depan sebagai bahan pakan ikan dan dengan demikian meningkatkan
perekonomian proses.
Kepatuhan terhadap standar etika Penulis mengonfirmasi bahwa prinsip etika telah
diikuti dalam persiapan naskah.
Pendanaan Pekerjaan thraustochytrids dan produksi minyak mikroba di SINTEF dan
NTNU didanai oleh hibah dari The Research Council of Norwegia.
Konflik kepentingan Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki konflik
kepentingan.
Referensi
Abe E, Ikeda K, Nutahara E, Hayashi M, Yamashita A, Taguchi R, Doi K, Honda D,
Okino N, Ito M (2014) Novel lisofosfolipid asiltransferase PLAT1 dari
Aurantiochytrium limacinum F26-b bertanggung jawab atas pembentukan
palmitat-docosahexaenoate- fosfatidilkolin dan fosfatidiletanolamin. PLoS Satu
9:
e102377
Aki T, Hachida K, Yoshinaga M, Katai Y, Yamasaki T, Kawamoto S, Kakizono T,
Maoka T, Shigeta S, Suzuki O, Ono K (2003)
Thraustochytrid sebagai sumber karotenoid yang potensial. J Am Minyak Kimia
Soc 80:789–794
Alvarez HM, Steinbüchel A (2002) Triasilgliserol pada mikroorganisme prokariotik.
Appl Microbiol Biotechnol 60:367–376 Armenta RE, Burja A,
Radianingtyas H, Barrow CJ (2006) Penilaian kritis berbagai teknik untuk ekstraksi
karotenoid dan ko-enzim Q10 dari strain thraustochytrid ONC-T18.
J Kimia Makanan Pertanian 54:9752–9758
Bailey RB, DiMasi D, Hansen JM, Mirrasoul PJ, Ruecker CM, Veeder GT, Kaneko T,
Barclay WR (2003) Peningkatan produksi lipid yang mengandung asam lemak
tak jenuh ganda melalui kultur mikroba eukariotik dengan kepadatan sangat
tinggi dalam fermentor. Paten AS 6:607.900
Bakes MJ, Nichols PD (1995) Komposisi lipid, asam lemak dan squalene minyak hati
dari enam spesies hiu laut dalam yang dikumpulkan di perairan selatan Australia.
Comp Biochem Fisiol B 110:267–275
Machine Translated by Google
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
Barclay W, Weaver C, Metz C, Hansen J (2010) Pengembangan teknologi
produksi asam docosahexaenoic menggunakan Schizochytrium:
perspektif sejarah dan pembaruan. Dalam: Ratledge C, Cohen Z (eds)
Minyak sel tunggal: minyak mikroba dan alga, edisi ke-2.
AOCS Press, Urbana, hlm.75–96
Bayne ACV, Boltz D, Owen C, Betz J, Maia G, Azadi P, Archer-Hartmann S,
Zirkle R, Lippmeier JC (2013)
Vaksinasi influenza dengan hemagglutinin rekombinan yang
diekspresikan oleh Schizochytrium sp. memberikan kekebalan protektif.
PLoS Satu 8:e61790
Berman J, Zorrilla-Lopez U, Farre G, Zhu CF, Sandmann G, Twyman RM,
Capell T, Christou P (2015) Karotenoid yang penting secara nutrisi
sebagai produk konsumen. Phytochem Rev 14:727–
743 Burja AM, Radianingtyas H, Winddust A, Barrow CJ (2006) Isolasi dan
karakterisasi spesies Thraustochytrium penghasil asam lemak tak jenuh
ganda: penyaringan strain dan optimalisasi produksi omega-3. Appl
Microbiol Biotechnol 72:1161–1169 Carmona ML, Naganuma T,
Yamaoka Y (2003) Identifikasi karotenoid dari strain Thraustochytrium
CHN-1 dengan HPLC-MS yang diisolasi dari Laut Pedalaman Seto.
Biosci Bioteknologi Biokimia 67:884–888
Chaisawang M, Verduyn C, Chauvatcharin S, Suphantharika M (2012)
Jaringan metabolik dan bioenergi Aurantiochytrium sp. B-072 selama
pembentukan lipid penyimpanan.
Mikrobiol Braz J 43:1192–1205
Chang G, Gao N, Tian G, Wu Q, Chang M, Wang X (2013a)
Peningkatan produksi asam docosahexaenoic pada gliserol oleh
Schizochytrium sp. S31 dengan koefisien transfer oksigen yang selalu
tinggi. Teknologi Sumberdaya Hayati 142:400–406
Chang G, Luo Z, Gu S, Wu Q, Chang M, Wang X (2013b) Pergeseran asam
lemak dan perubahan aktivitas metabolisme Schizochytrium sp. S31
dikultur pada gliserol. Bioresour Technol 142:255–260
Chang G, Wu J, Jiang C, Tian G, Wu Q, Chang M, Wang X (2014) Hubungan
laju serapan oksigen dan kLa dengan sifat reologi pada budidaya asam
docosahexaenoic dengan kepadatan sel tinggi dengan Skizochytrium
sp. S31. Bioresour Technol 152:234–240 Chaung KC, Chu CY,
Su YM, Chen YM (2012) Pengaruh kondisi kultur terhadap pertumbuhan,
kandungan lipid, dan komposisi asam lemak Aurantiochytrium mangrovei
strain BL10. AMB Express 2:42 Cheng RB, Lin XZ, Wang ZK,
Yang SJ, Rong H, Ma Y (2011)
Pembentukan sistem ekspresi transgen untuk mikroalga laut
Schizochytrium dengan rekombinasi homolog bertarget 18S rDNA.
Bioteknologi Mikrobiol Dunia J 27:737–741
Cheng R, Ma R, Li K, Rong H, Lin X, Wang Z, Yang S, Ma Y (2012)
Agrobacterium tumefaciens memediasi transformasi mikroalga laut
Schizochytrium. Microbiol Res 167:179–186 Chodchoey K,
Verduyn C (2012) Pertumbuhan, profil asam lemak pada kelas lipid utama
dan fluiditas lipid Aurantiochytrium mangrovei SK-02 sebagai fungsi
suhu pertumbuhan. Mikrobiol Braz J 43:187–200
Cutzu R, Coi A, Rosso F, Bardi L, Ciani M, Budroni M, Zara G, Zara S,
Mannazzu I (2013) Dari gliserol mentah menjadi karotenoid dengan
menggunakan mutan Rhodotorula glutinis. Bioteknologi Mikrobiol Dunia
J 29:1009–1017
Dulermo T, Lazar Z, Dulermo R, Rakicka M, Haddouche R, Nicaud JM (2015)
Analisis ATP-sitrat lyase dan mutan enzim malat Yarrowia lipolytica
menunjukkan pentingnya metabolisme manitol dalam sintesis asam
lemak. Biochim Biophys Acta 1851:1107–1117
Ethier S, Woisard K, Vaughan D, Wen Z (2011) Kultur berkelanjutan mikroalga
Schizochytrium limacinum pada gliserol mentah turunan biodiesel untuk
memproduksi asam docosahexaenoic. Teknologi Sumberdaya Hayati
102:88–93
Fan KW, Jiang Y, Faan YW, Chen F (2007) Karakterisasi lipid mangrove
thraustochytrid - Schizochytrium mangrovei. J Kimia Makanan Pertanian
55:2906–2910
4319
FAO (2014) Keadaan perikanan dan budidaya perairan dunia. Organisasi
Pangan dan Pertanian Perserikatan Bangsa-Bangsa, Roma, 2014. E-
ISBN 978–92-5-108276-8 (PDF)
Ganuza E, Izquierdo MS (2007) Akumulasi lipid pada Schizochytrium G13/2S
dihasilkan secara kultur berkelanjutan. Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi
76:985–990
Garay LA, Boundy-Mills KL, German JB (2014) Akumulasi lipid bernilai tinggi
dalam mikroorganisme sel tunggal: pendekatan mekanistik dan
perspektif masa depan. J Agric Food Chem 62:2709–2727
Garcia-Vedrenne AE, Groner M, Page-Karjian A, Siegmund GF, Singhal S,
Sziklay J, Roberts S (2013) Pengembangan sumber daya genom untuk
patogen thraustochytrid dan penyelidikan pengaruh suhu pada ekspresi
gen. PLoS One 8:e74196 Gassel S,
Schewe H, Schmidt I, Schrader J, Sandmann G (2013) Peningkatan berganda
biosintesis astaxanthin di Xanthophyllomyces dendrorhous dengan
kombinasi mutagenesis konvensional dan rekayasa jalur metabolisme.
Bioteknologi Lett 35:565–569 G himi re GP, T h ua n NH, K oi ral
a N, S ohng JK ( 2 0 1 6 )
Kemajuan dalam biokimia dan produksi mikroba squalene dan
turunannya. J Mikrobiol Bioteknologi 26: 441–451
Goold H, Beisson F, Peltier G, Li-Beisson Y (2015) Tetesan lipid mikroalga:
komposisi, keanekaragaman, biogenesis dan fungsi. Rep Sel Tumbuhan
34:545–555
Gupta A, Barrow CJ, Puri M (2012) Bioteknologi Omega-3: thraustochytrids
sebagai sumber baru minyak omega-3. Bioteknologi Adv 30:1733–1745
Hauvermale A, Kuner J, Rosenzweig B, Guerra D, Diltz S, Metz JG (2006)
Produksi asam lemak di Schizochytrium sp.: keterlibatan sintase asam
lemak tak jenuh ganda dan sintase asam lemak tipe I. Lipid 41:739–747
Hoang MH, Ha NC, Thom le
T, Tam LT, Anh HT, Thu NT, Hong DD (2014) Ekstraksi squalene sebagai
produk bernilai tambah dari sisa biomassa Schizochytrium mangrovei
PQ6 selama proses produksi biodiesel . J Biosci Bioeng 118:632–639
Honda D, Yokochi T, Nakahara T, Raghukumar S, Nakagiri A,
Schaumann K, Higashihar T (1999) Filogeni molekul labirin dan thraustochytrid
berdasarkan pengurutan gen RNA ribosom 18S. J Eukaryot Microbiol
46:637–647 Hong WK, Heo SY, Oh BR, Kim CH, Sohn JH, Yang JW,
Kondo A, Seo JW (2013a) Sistem ekspresi transgen untuk
mikroalga laut Aurantiochytrium sp. KRS101 menggunakan alel mutan dari
gen yang mengkode protein ribosom L44 sebagai penanda transformasi
yang dapat dipilih untuk resistensi sikloheksimid. Bioproses Biosyst Eng
36:1191–1197 Hong WK, Heo SY, Park HM, Kim CH, Sohn JH, Kondo
A, Seo JW (2013b) Karakterisasi sintase squalene dari mikroalga
thraustochytrid Aurantiochytrium sp. KRS101.
J Mikrobiol Bioteknologi 23:759–765
Huang ZR, Lin YK, Fang YE (2009) Aktivitas biologis dan farmakologis
squalene dan senyawa terkait: kegunaan potensial dalam dermatologi
kosmetik. Molekul 14:540–554 Huang TY, Lu
WC, Chu IM (2012) Strategi fermentasi untuk memproduksi asam
docosahexaenoic di Aurantiochytrium limacinum SR21 dan meningkatkan
proporsi C22:6 dalam total asam lemak. Teknologi Sumberdaya Hayati
123:8–14
Jakobsen AN, Aasen IM, Josefsen KD, Strøm AR (2008) Akumulasi lipid kaya
asam docosahexaenoic di thraustochytrid Aurantiochytrium sp. strain
T66: efek kelaparan N dan P dan keterbatasan O2 . Appl Microbiol
Biotechnol 80:297–306 Janthanomsuk P, Verduyn C,
Chauvatcharin S (2015) Peningkatan produksi asam docosahexaenoic di
Aurantiochytrium dengan budidaya fed-batch pH-auxostat terbatas
glukosa. Teknologi Sumber Daya Bio 196: 592–599
Ji XJ, Mo KQ, Ren LJ, Li GL, Huang JZ, Huang H (2015) Urutan genom
Schizochytrium sp. CCTCC M209059, efektif
Machine Translated by Google
4320
penghasil lipid kaya asam docosahexaenoic. Pengumuman Genom 3: e00819–
e00815
Karas BJ, Diner RE, Lefebvre SC, McQuaid J, Phillips AP, Noddings CM, Brunson
JK, Valas RE, Deerinck TJ, Jablanovic J, Gillard JT, Beeri K, Ellisman MH,
Glass JI, Hutchison CA, Smith HO, Venter JC , Allen AE, Dupont CL, Weyman
PD (2015) Perancang episom diatom dihasilkan melalui konjugasi bakteri. Nat
Commun 6:692 Kaya K, Nakazawa A, Matsuura H, Honda D, Inouye I,
Watanabe MM (2011) Thraustochytrid
Aurantiochytrium sp. 18 W-13a mengakumulasi squalene dalam jumlah tinggi. Biosci
Bioteknologi Biokimia 75:2246–2248
Kim S, Lee YC, Cho DH, Lee HU, Huh YS, Kim GJ, Kim HS (2014) Metode sederhana
dan non-invasif untuk transformasi nuklir Chlamydomonas reinhardtii berdinding
utuh. PLoS One 9:e101018 Li J, Liu R, Chang G, Li X, Chang M, Liu Y, Jin
Q, Wang X (2015) Strategi produksi asam docosahexaenoic yang sangat efisien oleh
Aurantiochytrium limacinum SR21 menggunakan glukosa dan gliserol sebagai
sumber karbon campuran. Teknologi Sumberdaya Hayati 177:51–57
Lippmeier JC, Crawford KS, Owen CB, Rivas AA, Metz JG, Apt KE (2009) Karakterisasi
kedua jalur biosintesis asam lemak tak jenuh ganda pada Schizochytrium sp.
Lipid 44:621–630 Ma Z, Tan Y, Cui G, Feng Y, Cui Q, Song X (2015)
Analisis transkriptome dan ekspresi gen penghasil DHA Aurantiochytrium dalam
kondisi suhu rendah. Laporan Sains 5:14446 Matsuda T, Sakaguchi K,
Kobayashi T, Abe E, Kurano N, Sato A, Okita Y,
Sugimoto S, Hama Y, Hayashi M, Okino N, Ito M (2011)
Kloning molekul desaturase asam lemak delta12 mikrosomal spesifik
Pinguiochrysis pyriformis oleat dan analisis fungsional pada ragi dan
thraustochytrids. J Biochem 150:375–383 Matsuda T,
Sakaguchi K, Hamaguchi R, Kobayashi T, Abe E, Hama Y, Hayashi M, Honda D,
Okita Y, Sugimoto S, Okino N, Ito M (2012)
Analisis fungsi desaturase asam lemak ÿ12 mengungkapkan bahwa dua jalur
berbeda aktif untuk sintesis PUFA di T. aureum ATCC 34304. J Lipid Res
53:1210–1222 Metz JG, Roessler P, Facciotti D,
Levering C, Dittrich F, Lassner M, Valentine R, Lardizabal K, Domergue F, Yamada
A, Yazawa K, Knauf V, Telusuri J (2001) Produksi asam lemak tak jenuh ganda
oleh sintase poliketida pada prokariota dan eukariota. Sains 293:290–293
Mühlroth A, Li K, Røkke G, Winge P, Olsen Y, Hohmann-Marriott MF, Vadstein
O, Bones AM
(2013) Jalur metabolisme lipid pada alga laut, jaringan ekspresi bersama, kemacetan
dan kandidat gen untuk meningkatkan produksi EPA dan DHA pada spesies
Chromista. Mar Narkoba 11:4662–4697
Nakazawa A, Matsuura H, Kose R, Kato S, Honda D, Inouye I, Kaya K, Watanabe
MM (2012) Optimalisasi kondisi budaya thraustochytrid Aurantiochytrium sp.
strain 18 W-13a untuk produksi squalene. Teknologi Sumberdaya Hayati
109:287–291
Nakazawa A, Kokubun Y, Matsuura H, Yonezawa N, Kose R, Yoshida M, Tanabe Y,
Kusuda E, Van Thang D, Ueda M, Honda D, Mahakhant A, Kaya K, Watanabe
MM (2014) Skrining TLC dari strain thraustochytrid untuk produksi squalene. J
Aplikasi Fisika 26: 29–41
Olsen Y (2011) Sumber daya pakan ikan dalam budidaya laut di masa depan. akuatik
Lingkungan Int 1:187–200
Popa O, Babeanu NE, Popa I, Nita S, Dinu-Parvu CE (2015) Metode perolehan dan
penentuan squalene dari sumber alami.
Biomed Res Int 2015:367202
Qu L, Ji XJ, Ren LJ, Nie ZK, Feng Y, Wu WJ, Ouyang PK, Huang H (2011)
Peningkatan produksi asam docosahexaenoic oleh Schizochytrium sp.
menggunakan strategi kontrol pasokan oksigen dua tahap berdasarkan koefisien
transfer oksigen. Lett Appl Microbiol 52:22–27 Qu L, Ren LJ, Li J, Sun GN, Ji
XJ, Nie ZK, Huang H (2013a) Komposisi biomassa, karakterisasi lipid, dan analisis
profil metabolik dari proses fermentasi fed-batch dua docosahexaenoic yang
berbeda
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
penghasil asam Schizochytrium sp. strain. Appl Biochem Biotechnol 171:1865–
1876 Qu L, Ren LJ, Sun GN, Ji
XJ, Nie ZK, Huang H (2013b) Proses fermentasi batch, fed-batch, dan fed-batch
berulang dari proses fermentasi thraustochytrid laut Schizochytrium sp. untuk
memproduksi asam docosahexaenoic. Bioproses Biosyst Eng 36:1905–1912
Quilodran B, Hinzpeter I, Hormazabal E, Quiroz A, Shene C (2010)
Asam docosahexaenoic (C22:6n-3, DHA) dan produksi astaxanthin oleh
Thraustochytriidae sp. AS4-A1, strain asli dengan kemiripan tinggi dengan
Ulkenia sp.: evaluasi residu cair dari industri makanan sebagai sumber nutrisi.
Enzym Microb Technol 47:24–30 Raghukumar S (2002) Ekologi protista laut,
Labyrinthulomycetes (thraustochytrids dan labirinthulid). Eur J Protistol 38:127–145
Raghukumar S (2008) Protista laut Thraustochytrid: produksi PUFA dan teknologi
baru lainnya. Mar Biotechnol 10:631–640 Ratledge C (2002) Regulasi akumulasi
lipid pada
mikroorganisme berminyak. Biochem Soc T 30:1047–1050 Ratledge C (2004)
Biosintesis asam lemak dalam mikroorganisme digunakan
untuk produksi minyak sel tunggal. Biochimie 86:807–815 Ratledge C (2014) Peran
enzim malat sebagai penyedia NADPH dalam mikroorganisme
berminyak: masalah yang belum terpecahkan dan belum terpecahkan.
Bioteknologi Surat 36:1557–1568
Ratledge C, Wynn JP (2002) Biokimia dan biologi molekuler akumulasi lipid pada
mikroorganisme berminyak. Aplikasi Lanjutan Mikrobiol 51:1–51
Reddy LH, Couvreur P (2009) Squalene: triterpen alami untuk digunakan dalam
manajemen dan terapi penyakit. Adv Drug Memberikan Wahyu 61:1412–1426
Ren LJ, Huang H, Xiao AH, Lian M, Jin LJ, Ji XJ (2009) Peningkatan produksi asam
docosahexaenoic dengan memperkuat pasokan asetil-KoA dan NADPH di
Schizochytrium sp. HX-308. Bioproses Biosyst Eng 32:837–843 Ren LJ, Ji XJ,
Huang H, Qu L, Feng Y,
Tong QQ, Ouyang PK (2010)
Pengembangan strategi pengendalian aerasi bertahap untuk produksi asam
docosahexaenoic yang efisien oleh Schizochytrium sp. Penerapan Mikrobiol
Bioteknologi 87:1649–1656
Ren LJ, Feng Y, Li J, Qu L, Huang H (2013) Dampak konsentrasi fosfat terhadap
produksi asam docosahexaenoic dan aktivitas enzim terkait dalam fermentasi
Schizochytrium sp.
Bioproses Biosyst Eng 36:1177–1183
Ren LJ, Sun GN, Ji XJ, Hu XC, Huang H (2014a) Pergeseran komposisi fraksi lipid
selama akumulasi dan pergantian lipid di Schizochytrium sp. Bioresour Technol
157:107–113 Ren LJ, Sun LN, Zhuang XY, Qu L, Ji XJ,
Huang H (2014b) Regulasi produksi asam docosahexaenoic oleh Schizochytrium sp.:
efek penambahan nitrogen. Bioproses Biosyst Eng 37:865–872 Rubin E, Tanguy
A, Perrigault M, Pales Espinosa E, Allam B (2014)
Karakterisasi ekspresi gen diferensial transkriptome dan suhu yang diinduksi di
QPX, parasit thraustochytrid pada kerang keras. Genomik BMC 15:245
Sakaguchi K, Matsuda T, Kobayashi T, Ohara J, Hamaguchi R, Abe E, Nagano N,
Hayashi M, Ueda M, Honda D, Okita Y, Taoka Y, Sugimoto S, Okino N, Ito M
(2012) Sistem transformasi serbaguna yang berlaku untuk ekspresi transgen
ganda dan penargetan gen untuk thraustochytrids. Mikrobiol Lingkungan Aplikasi
78:3193–3202
Schmidt I, Schewe H, Gassel S, Jin C, Buckingham J, Hümbelin M, Sandmann G,
Schrader J (2011) Produksi bioteknologi astaxanthin dengan Phaffia rhodozyma/
Xanthophyllomyces dendrorhous. Appl Microbiol Biotechnol 89:555–571 Singh
P, Liu Y, Li LS, Wang GY (2014) Dinamika ekologi dan implikasi
bioteknologi thraustochytrids dari habitat laut. Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi 98:5789–
5805
Machine Translated by Google
Aplikasi Mikrobiol Bioteknologi (2016) 100:4309–4321
Song X, Tan Y, Liu Y, Zhang J, Liu G, Feng Y, Cui Q (2013) Perbedaan dampak
asam lemak rantai pendek terhadap biosintesis asam lemak jenuh dan tak
jenuh ganda di Aurantiochytrium sp. SD116. J Kimia Makanan Pertanian
61:9876–9881
Suen YL, Tang H, Huang J, Chen F (2014) Peningkatan produksi asam lemak dan
astaxanthin di Aurantiochytrium sp. dengan ekspresi hemoglobin Vitreoscilla.
J Agric Food Chem 62:12392–12398 Sun L, Ren L, Zhuang X, Ji X, Yan
J, Huang H (2014) Efek diferensial dari keterbatasan nutrisi pada konstituen biokimia
dan produksi asam docosahexaenoic Schizochytrium sp. Teknologi
Sumberdaya Hayati 159:199–206
Sun H, Chen H, Zang X, Hou P, Zhou B, Liu Y, Wu F, Cao X, Zhang X (2015)
Penerapan sistem rekombinasi spesifik lokasi cre/loxP untuk transformasi gen
di Aurantiochytrium limacinum.
Molekul 20:10110–10121
Taoka Y, Nagano N, Okita Y, Izumida H, Sugimoto S, Hayashi M (2009)
Pengaruh suhu kultur terhadap pertumbuhan, kandungan lipid dan komposisi
asam lemak Aurantiochytrium sp. regangan mh0186. Maret Bioteknologi
11:368–374
Unagul P, Assantachai C, Phadungruengluij S, Suphantharika M, Verduyn C (2005)
Sifat penghasil asam docosahexaenoic Schizochytrium mangrovei Sk-02:
pengaruh glukosa, suhu dan salinitas serta interaksinya. Bot Mar 48:387–394
Valentine RC, Valentine DL (2004) Asam lemak Omega-3 dalam membran
sel: konsep terpadu. Prog Lipid Res 43:383–400 Wang CW (2015) Dinamika tetesan
lipid dalam ragi yang sedang tumbuh. Cell Mol Life Sci 72:2677–
2695 Xie Y, Wang G (2015) Mekanisme sintesis asam lemak pada protista mirip
jamur laut. Appl
Microbiol Biotechnol 99:8363–8375 Yaguchi T, Tanaka S, Yokochi T, Nakahara T,
Higashihara T (1997) Produksi asam docosahexaenoic dengan hasil
tinggi
4321
oleh Schizochytrium sp. regangan SR21. J Am Minyak Kimia Soc 74:1431–
1434
Yamasaki T, Aki T, Shinozaki M, Taguchi M, Kawamoto S, Ono K (2006)
Pemanfaatan air limbah penyulingan Shochu untuk produksi asam lemak tak
jenuh ganda dan xantofil menggunakan thraustochytrid. J Biosci Bioeng
102:323–327
Yan J, Cheng R, Lin X, You S, Li K, Rong H, Ma Y (2013)
Ekspresi asetil-KoA sintetase yang berlebihan meningkatkan proporsi
biomassa dan asam lemak pada mikroalga Schizochytrium. Aplikasi
Mikrobiol Bioteknologi 97:1933–1939
Kamu C, Qiao W, Yu X, Ji X, Huang H, Collier JL, Liu L (2015)
Rekonstruksi dan analisis model metabolisme skala genom Schizochytrium
limacinum SR21 untuk produksi asam docosahexaenoic. Genomik BMC 16:799
Yokoyama R, Honda D (2007) Penataan ulang taksonomi genus Schizochytrium
sensu lato berdasarkan morfologi, sifat kemotaksonomi, dan filogeni gen 18S
rRNA (Thraustochytriaceae, Labyrinthulomycetes): perbaikan untuk
Schizochytrium dan pendirian gen Aurantiochytrium dan Oblongichytrium.
November Mycoscience 48:199–211 Yokoyama R, Salleh B, Honda D (2007)
Penataan ulang taksonomi genus Ulkenia sensu lato
berdasarkan morfologi, ciri kemotaksonomi, dan filogeni gen 18S rRNA
(Thraustochytriaceae, Labyrinthulomycetes): perbaikan untuk Ulkenia dan
pendirian Botryochytrium , Parietichytrium, dan Sicyoidochytrium gen.
November Ilmu Mikosains 48:329–341 Zeng Y, Ji XJ, Lian M, Ren LJ, Jin LJ,
Ouyang PK, Huang H (2011)
Pengembangan strategi pergeseran suhu untuk produksi asam docosahexaenoic
yang efisien oleh protista fungioid laut, Schizochytrium sp. HX-308. Aplikasi
Biokimia Bioteknologi 164:
249–255