PENDEKATAN BIOTEKNOLOGI

UNTUK PERAKITAN PRODUKSI

BENIH HIBRIDA
Bioteknologi?
Penerapan prinsip-prinsip biologi, biokimia, dan rekayasa dalam
pengolahan bahan dengan memanfaatkan agensia jasad hidup dan
komponen-komponennya untuk menghasilkan barang dan jasa.
Pemuliaan Tanaman Konvensional
gen yang tidak diinginkan

gen yang diinginkan

donor (spesies sama) varietas komersial

Dikawinkan
Rantai gen, seperti untaian

Dikawinkan beberapa kali

(disilangkan)
mutiara. Pemuliaan konvensional
menggabungkan banyak gen
dalam sekali penyilangan.
Penyilangan balik (back-cross)
harus dilakukan untuk
menghilangkan gen-gen yang
tidak diinginkan
varietas baru
 Bioteknologi
gen yang tidak diinginkan

gen yang diinginkan

donor
(berasal dari
spesies yang sama varietas komersial
atau lain)
pemindahan gen

Dengan bioteknologi, hanya

satu gen saja yang
dipindahkan. Pemindahan
hanya terjadi pada gen yang
diinginkan.
varietas baru
 Conventional/Traditional Plant Breeding vs Modern Plant Breeding

KONVENSIONAL BIOTEKNOLOGI MODERN

KELEBIHAN KEKURANGAN KELEBIHAN KEKURANGAN
Relatif murah Perbaikan sifat genetik Perbaikan sifat genetik Relatif Mahal
tidak terarah dilakukan secara terarah
Teknologi relatif Tidak dapat mengatasi Dapat mengatasi Memerlukan
sederhana masalah inkompatibilitas inkompatibilitas genetik kecanggihan
genetik teknologi
Pengaruh jangka Hasil tidak dapat Hasil dapat di perhitungkan Pengaruh jangka
panjang umumnya diperkirakan sebelumnya panjang belum
sudah diketahui diketahui
karena sistemnya
sudah mapan
Memerlukan waktu lama Dapat memperpendek
untuk menghasilkan galur jangka waktu
baru pengembangan galur baru
Dapat mengalami kendala Dapat meningkatkan kualitas
alam dalam sistem dan mengatasi kendala alam
budidaya tanaman budidaya tanaman
How to make a transgenic plants:
 KEPENTINGAN BIOTEKNOLOGI DALAM PERTANIAN
1. Meningkatkan hasil
-Meningkatkan Produktivitas
-Memperbesar ukuran buah dan biji

2. Menambahkan nilai jual

- meningkatkan kandungan protein dan vitamin dalam produk pertanian
- meningkatkan kandungan vitamin E dalam minyak kelapa sawit, jagung dan kacang kedelai
- meningkatkan vitamin A dalam padi

3. Memperbaiki Mutu Fisik

Variasi warna bunga, warna buah, ukuran buah

4. Meningkatkan Ketahanan terhadap Hama dan Penyakit

Contoh: Jagung BT, Kapas BT.
Jagung Resisten terhadap serangan pengerek batang
Ubi kentang Resisten virus
 APLIKASI BIOTEKNOLOGI DALAM
PRODUKSI BENIH HIBRIDA
1. KULTUR JARINGAN
Kultur Kalus, Kultur Protoplas, Regenerasi in vitro,
Embriogenesis, Organogenesis
2. BIO MOLEKULER
RAPD, AFLP, RFLP, iSSR, SSR, SNIP, QTL Mapping
3. TRANSFORMASI GENETIK (TRANSGENIK)
4. BENIH SINTETIK
5. PENGUJIAN ELISA
1. PEMANFAATAN KULTUR JARINGAN

Kultur jaringan mempunyai dua kontribusi penting dalam pemuliaan yaitu

untuk pembiakan massal secara vegetatif dan untuk regenerasi jaringan
yang telah ditransform oleh gen pengendali sifat tertentu dalam proses
rekayasa genetika
 2. BIO MOLEKULER: MARKA DNA

 Fungsi marka DNA untuk menseleksi dan memastikan keberadaan DNA asing
dengan melakukan penentuan urutan nukleutida fragmen DNA asing tersebut.

 Dengan teknik ini maka sekaligus akan diketahui secara rinci urutan nukleotida gen
asingyang di klon sehingga dapat dilakukan analisis lebih lanjut, teknik ini biasanya
hanya dilakukan teknik analisa DNA rekombinan yang lebih sederhana, lebih karena
teknik ini hanya digunakan untuk karakteristik secara rinci gen yang diklon
Marka molekuler
Marka yang dapat
mendeteksi susunan
DNA yang mengkode
sifat A, pada satu
fragment yang
terpaut pada proses
C B A
pindah silang dapat
dijadikan marka DNA
B A
DNA Markers

Isozyme Markers

Visual
Markers
4. Marka molekuler
Syarat Marka Genetik:
1. Marka Genetik mampu membedakan kedua tetua dengan
jelas. Marka DNA melalui perbedaan pita mampu
melakukan hal tersebut.
2. Perbedaan sifat yang dimiliki oleh tetua dapat diamati
dengan tingkat akurasi yang sama dengan pada tetuanya.
Hal ini dapat dilakukan oleh marka molekuler

 Warna bunga dapat membedakan kedua tetua dan warna

pada tetua akan sama pada turunannya, maka warna bunga
dapat dijadikan marka.
 Tinggi tanaman dapat dibedakan antar tetua, tetapi tinggi
turunan dengan konstitusi genetik yang sama, belum pasti
sama dengan tetuanya, sehingga tinggi tanaman tidak sesuai
dengan kriteria di atas.
Marka molekuler
Klasifikasi Marka Genetik:
1. Marka Genetik Dominan, marka yang hanya ada tidaknya
lokus tetapi tidak dapat membedakan homozygot atau
heterozygot.
2. Marka Genetik Codominant, marka yang dapat
membedakan lokus homozygot dan heterozygot

tm/tm Tm/tm Tm/Tm

Marka DNA Dominan Marka DNA Co-Dominan

Marka molekuler
a. Penanda Acak
1. Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)
2. Restriction Fragment Length Polymorphism
(RFLP)
3. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
4. Simple Sequence Repeat (SSR)/Microsatellites

b. Penanda Spesifik
1. Sequence Characterized Amplification Region
(SCAR)
2. Expressed Sequence Tags (EST)
3. Single Nucleotide Polymorphism (SNP)
Marka molekuler
+/+ Tm-2/Tm-2
+/+ nv/nv

M GCR GCR GCR Pe- TMJ L.

26 236 267 rou 54-28 per.

1313 bp
1078 bp
872 bp

603 bp

310 bp
Pola pita marka DNA

Dapat untuk mendeteksi kekerabatan

KEGIATAN MARKA MOLEKULER
Pulse Field Gel
Electrophoresis
TOMATO RESEARCH ACTIVITIES

40 GENOTYPE COLLECTION, DNA ISOLATION AND MOLECULAR

OPTIMIZATION USING SSR AND SNP
3. TRANSFORMASI GENETIK
Perakitan tanaman transgenik
Perakitan tanaman transgenik
Penyediaan Gen

Introduksi

Seleksi

Reproduksi
TRANSFORMASI GENETIK
Pulsed-Field Gel
Electrophoresis
Perakitan tanaman transgenik
Pada dasarnya perakitan tanaman transgenik adalah
sebagai berikut:

1. Penyediaan gen target.

• Upaya mendapatkan gen target yang akan dipindahkan, yang disebut
dengan gene cloning.
• Selanjutnya gen tersebut dikemas ke dalam wadah berupa rantai DNA
yang disebut plasmid.
• Tahapan ini merupakan tahapan yang sering jadi penghambat, karena
gene cloning sering kali tidak berhasil dalam jangka waktu yang pendek
(Isolasi gen ketahanan terhadap ToMV dibutuhkan waktu 20 tahun).
 Penyediaan gen target
konstruksi transgene

ON/OFF Switch Pembentuk Protein stop sign

Promotor INTRON Coding Sequence poly A signal

Plant Selectable
Marker Gene

Plasmid DNA
Construct
bacterial genes
•antibiotic marker
•replication origin
4. BENIH SINTETIK
TAHAPAN PEMBUATAN BENIH SINTETIK
KEGIATAN BENIH SINTETIK
5. PENGUJIAN ELISA
Teknik ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay).
Tidak semua protein asing yang diekspresikan pada tanaman transgenik
merupakan enzim yang dapat dianalisis aktivitasnya secara enzimatik.
Untuk menguji ada atau tidaknya ekspresi protein-protein asing
semacam ini dapat dilakukan dengan metode immunokimia
menggunakan antibodi terhadap protein tersebut.