Spanyol meninggalkan Indonesia pada tahun 1529.

Akibat
perseteruan antara Spanyol dan Portugis di Kepulauan Maluku
berlangsung cukup lama. Hingga akhirnya, kedua belah pihak
menyepakati untuk berunding pada 22 April 1529, yakni
Perjanjian Zaragoza, masing-masing diwakili oleh rajanya.
Spanyol oleh Charles V, sedangkan Portugis oleh John III (H.
Delpar, The Discoverers: an Encyclopedia of Explorers and
Exploration, 1980: 329).
Secara garis besar, isi Perjanjian Zaragoza tetap membagi wilayah
dunia di luar Eropa untuk Spanyol dan Portugis. Dari Meksiko ke arah
barat hingga Kepulauan Filipina menjadi milik Spanyol. Sementara
Portugis mendapatkan wilayah dari Brasil ke timur sampai Kepulauan
Maluku.

Sebagai konsekuensi dari Perjanjian Zaragoza, maka Spanyol harus

segera meninggalkan Kepulauan Maluku dan kembali fokus di Filipina.
Sedangkan Portugis diperkenankan tetap melakukan aktivitasnya di
Kepulauan Maluku, termasuk memonopoli perdagangan rempah-rempah
(Joko Darmawan, Sejarah Nasional: Ketika Nusantara Berbicara,
2017:17).
Portugis sebenarnya tidak gratis untuk mendapatkan kembali Kepulauan
Maluku. Raja John III harus membayar sejumlah uang kepada Raja
Spanyol, Charles V, yakni sebesar 350.000 dukat, mata uang keluaran
Kekaisaran Romawi yang berlaku untuk transaksi internasional pada
masa itu.

Spanyol ternyata tidak sepenuhnya rela melepaskan Maluku kepada

Portugis. Adnan Amal dalam Kepulauan Rempah-rempah (2016)
mengungkapkan, armada laut Spanyol masih tetap datang ke Maluku
secara diam-diam, baik yang bertolak langsung dari negara asalnya
maupun kapal-kapal yang berangkat dari Meksiko dengan
menyeberangi Samudera Pasifik (hlm. 166).