Periode Tahun 1945

Pada masa ini Peradilan Militer di Indonesia masih mengadopsi ketentuan pemerintah zaman
penjajahan Belanda yaitu Kijgsraad (berdasarkan Bepalingen betreffendetie rechtsmacht van de
Militaire rechter in Nederland Indie S.I934 No.173) yang berfungsi sebagai hukum acara dalam
memeriksa dan mengadili perkara pidana pada tingkat pertama terhadap semua anggota militer
dan orang sipil yang bekerja di lingkungan kemiliteran.
.
Periode Tahun 1946-1948
Pada periode ini, pemerintah telah mengundangkan Undang-undang No.7 Tahun 1946 dalam
Pasal 22 menyatakan: Mengadakan peradilan tentara selain pengadilan biasa dan berdasarkan
ketentuan Pasal 5 Pengadilan Tentara diberi kewenangan juga mengadili perkara Koneksitas,
pada saat bersamaan diundangkan Undang-undang No.8 Tahun 1946 tentang Peraturan Hukum
Acara Pidana Pengadilan Tentara.
.
Periode Agresi Ke-2 Tahun 1948
Pada masa Agresi kedua setelah tanggal 19 Desember 1948, berdasarkan Peraturan Darurat
Tahun 1949 No.46/MBKD/49 Tanggal 7 Met 1949, maka untuk mewujudkan kebutuhkan pada
waktu itu pemerintah membebankan tugas kepada Peradilan Tentara menyelenggarakan
Peradilan Tentara dan Peradilan Sipil berlaku untuk seluruh Jawa dan Madura bagi anggota
Angkatan Perang dan bagi orang Sipil. Kewenangan yang diberikan pada Pengadilan Tentara
pada waktu itu meliputi Pengadilan Tentara Pemerintah Militer, Pengadilan Sipil Pemerintah
Militer, Mahkamah Tentara Luar Biasa, dan kewenangan menjalankan hukuman penjara.
.
Periode RIS Tahun 1949-1950
Pada masa pemerintah Republik Indonesia Serikat (RIS) berdasarkan Undang-undang No.6
Tahun 1950 yang mempertegas lagi Kompetensi Peradilan Militer yang antara lain menyatakan
masih berlakunya Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-undang No.36 Tahun 1949 tentang
Penghapusan Peraturan Darurat No.46/MBKD/49 dan menghidupkan kembali Pengadilan
Tentara yang ada sebelum tanggal 7 Met 1949, serta berlakunya kembali Peraturan Pemerintah
No.37 Tahun 1948 tentang Susunan dan Kekuasaan Pengadilan/Kejaksaan dalam lingkungan
Pengadilan Tentara. Dengan demikian, sejak berlakunya Undang-undang No.6 Tahun 1950
secara Konstitusional keberadaan Peradilan Militer dapat dikatakan telah memiliki dasar hukum
yang kuat.
Periode UUDS Tahun 1950-1959
Pada masa ini dikeluarkan Undang-Undang Darurat No. 1 Tahun 1951 tanggal 15 Maret 1951
tentang Tindakan-tindakan sementara untuk menyelenggarakan kesatuan susunan, kekuasaan dan
acara pengadilan sipil, sehingga kedudukan Hukum (wilayah hukum) Pengadilan Militer pada
umumnya sama dengan kedudukan (wilayah hukum) Peradilan Umum.
Pada periode ini terjadi integrasi pertama antara Pengadilan Militer dan Pengadilan Sipil, sebab
saat itu jabatan-jabatan pada Tata Usaha Militer dirangkap juga oleh pegawai dari Peradilan
Umum, disebabkan masih kurangnya tenaga ahli dari lingkungan Peradilan Militer.
.
Periode Tahun 1959 – 1966
Pada periode ini dikenal Dekrit Presiden tanggal 5 Juli 1959 yaitu kembali UUD 1945 secara
Mumi dan Konsekuen, sehingga untuk melaksanakan ketentuan Pasal 24 UUD 1945 yang
mengatur kekuasaan kehakiman telah diundangkan Undang-undang No. 19 Tahun 1964 tentang
Kekuasaan Kehakiman.
kekuasaan kehakiman dilaksanakan oleh pengadilan dalam lingkungan Peradilan Umum,
Peradilan Agama, Peradilan Militer dan Peradilan Tata Usaha Negara, dan semua pengadilan
berpuncak pada Mahkamah Agung yang merupakan Pengadilan Tertinggi semua lingkungan
peradilan.
Panglima Angkatan membentuk Peradilan sendiri, yaitu Peradilan Militer Angkatan Darat,
Peradilan Militer Angkatan Laut Peradilan Militer Angkatan Udara, sehingga Peradilan Militer
pada saat itu belum terintegrasi, dan berada dibawah langsung Panglima dari masing-masing
angkatan.
.
Periode 11 Maret 1966-1970
Berdasarkan Undang-undang No. 5 Tahun 1969 dibentuk Peradilan Khusus Mahkamah Militer
Luar Biasa (Mahmilub), pengadilan khusus ini dibentuk untuk menyidangkan perkara-perkara
yang dianggap membahayakan keamanan bangsa dan negara, dan memerlukan penyelesaian
dengan segera.
Hal ini disebabkan perkara tersebut sangat erat kaitannya dengan kebijakan pemerintah dibidang
pertahanan dan keamanan, pemerintah telah mengganti UU No. 19 Tahun 1964 dengan Undang-
undang No. 14 Tahun 1970 tentang Ketentuan-ketentuan. Pokok Kekuasaan Kehakiman yang
berpegang pada asas peradilan bebas dan menetapkan 4 (empat) lingkungan kekuasaan peradilan,
yaitu Peradilan Umum, Peradilan Agama, Peradilan Militer dan Peradilan Tata Usaha Negara.
Sedangkan Gedung Pengadilan Militer di Jayapura Di Resmikan padsa tanggal 2, Juli 1987 Oleh
Kepala Badan Pembinaan Hukum ABRI Mayor Jenderal TNI M. DJAELANI SH