Machine Translated by Google

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di: https://www.researchgate.net/publication/312418311

Pengaruh Pengayakan Tanah Kering dan Basah terhadap Identifikasi dan Interpretasi
Komposisi Komunitas Mikroba

Bab Kemajuan Agronomi · Desember 2016

DOI: 10.1016/bs.agron.2016.10.006

KUTIPAN BACA

53 5.553

5 penulis, termasuk:

Blaud Aimerik Tangan Menon

Universitas Edinburgh Napier Universitas Sheffield
40 PUBLIKASI 1.238 KUTIPAN 69 PUBLIKASI 2.016 KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Steven A Banwart

Universitas Leeds

280 PUBLIKASI 11.582 KUTIPAN

LIHAT PROFIL

Semua konten setelah halaman ini diunggah oleh Americ Blaud pada tanggal 09 Oktober 2017.

Pengguna telah meminta penyempurnaan file yang diunduh.

Machine Translated by Google

Pengaruh pengayakan tanah kering dan basah terhadap identifikasi dan interpretasi

komposisi komunitas mikroba

3
Aimeric Blauda, 1*, Manoj Menon, a, 2, Bas van der Zaanb, Georg J. Lairc , d, Steve Banwarta,

A
Departemen Teknik Sipil dan Struktural, Lembaga Penelitian Kroto, Universitas Sheffield, Broad
Lane, Sheffield S3 7HQ, Inggris Raya.

B
Deltares, Sistem Bawah Permukaan dan Air Tanah, Princetonlaan 6-8, 3508 Al Utrecht, Belanda.

C
Universitas Sumber Daya Alam dan Ilmu Hayati (BOKU), Institut Penelitian Tanah, Wina, Peter-Jordan-
Str. 82, 1190 Wina, Austria.

D
Universitas Innsbruck, Institut Ekologi, Sternwartestr. 15, 6020 Innsbruck, Austria.

*Penulis yang sesuai.

Alamat email: aimeric.blaud@gmail.com

1
Alamat saat ini: Departemen Agroekologi, Rothamsted Research, Harpenden, Hertfordshire AL5 2JQ, UK.

2
Alamat saat ini: Departemen Geografi, Universitas Sheffield, Sheffield, S10 2TN, Inggris.

3
Alamat saat ini: Sekolah Bumi dan Lingkungan, Universitas Leeds, Leeds, LS2 9JT, Inggris.

Ini adalah artikel versi pra-cetak. Silakan merujuk ke tautan berikut untuk

versi cetak: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065211316301122

Diterbitkan di /cara mengutip artikel/bab ini:

A. Blaud, M. Menon, B. van der Zaan, GJ Lair dan SA Banwart, Pengaruh Kering dan Basah

Pengayakan Tanah untuk Identifikasi dan Interpretasi Komposisi Komunitas Mikroba. Di dalam:

Steven A. Banwart dan Donald L. Sparks, editor, Kemajuan dalam Agronomi, Vol. 142,

Burlington: Academic Press, 2017, hlm.119-142.

1
Machine Translated by Google

Abstrak

Agregat tanah merupakan habitat mikro bagi mikroorganisme dan berpengaruh langsung

mikroorganisme yang hidup di dalamnya dan sebaliknya dipengaruhi oleh mikroorganisme. Dua

metode yang digunakan untuk mengisolasi agregat tanah berdasarkan ukurannya: kering- (mengayak tanah kering udara) atau basah-

pengayakan (mengayak tanah dalam air). Metode pengayakan basah umumnya dianggap mewakili

pemisahan kelas-kelas agregat yang stabil terhadap dis-agregasi fisik dalam air, a

kondisi yang dianggap menguntungkan untuk melindungi struktur tanah dari waktu ke waktu. Namun, hanya sedikit yang berhasil

diketahui tentang pengaruh metode penyaringan terhadap kelimpahan, keanekaragaman dan fungsi mikroba,

menghalangi pemahaman tentang hubungan antara struktur tanah dan agregat tanah sebagai

mikroorganisme habitat dan tanah. Dalam penelitian ini, pengaruh pengayakan kering dan pengayakan basah terhadap bakteri

keanekaragaman, dan kelimpahan mikroorganisme yang terlibat dalam fiksasi N ( gen nifH), nitrifikasi

( bakteri amoA dan archaea) dan denitrifikasi (gen narG, nirS dan nosZ ), adalah

ditentukan untuk 4 ukuran agregat tanah dari lahan pertanian dan padang rumput. Kuantitatif-PCR

(Q-PCR) menunjukkan sedikit perbedaan dalam kelimpahan gen relatif antara fraksi ukuran tanah

agregat, tetapi metode pengayakan basah secara signifikan meningkatkan kelimpahan gen untuk amoA

bakteri, gen nirS dan nosZ . Ketika gen fungsional N dinyatakan sebagai persentase

gen bakteri 16S rRNA, pengayakan basah menghasilkan gen yang jauh lebih tinggi

persentase untuk semua gen (kecuali gen narG ), dan perbedaan nyata antar tanah

fraksi ukuran agregat di lokasi padang rumput. Hasil dari metode penyaringan yang berbeda-beda

komposisi komunitas bakteri yang berbeda, namun hanya metode pengayakan basah yang mampu melakukannya

mengungkapkan perbedaan yang signifikan dalam komposisi komunitas bakteri antara fraksi tanah di

padang rumput. Hasilnya menunjukkan perbedaan yang signifikan secara kuantitatif dan kualitatif

interpretasi komunitas mikroba tanah tergantung pada apakah sampel agregat tersebut

diperoleh dari pengayakan basah atau kering, menyoroti pentingnya pemilihan pengayakan

metode.

Kata Kunci: PCR Kuantitatif, sekuensing Amplikon, fiksasi nitrogen, nitrifikasi,

denitrifikasi, agregat tanah, padang rumput, lahan pertanian

2
Machine Translated by Google

1. Perkenalan

Tanah merupakan lingkungan yang sangat kompleks dan heterogen, karena kompleksitasnya

strukturnya (yaitu arsitektur 3-D pori-pori dan partikel), spasial vertikal yang besar

heterogenitas di berbagai cakrawala profil tanah, dan hal yang sangat besar dan sebagian besar tidak diketahui

keragaman genetik mikroba. Agregat tanah, terdiri dari pecahan mineral tanah, membusuk

biomassa, gas, air dan zat terlarut, dan organisme hidup terikat bersama sebagai partikel berpori,

mewakili kompleksitas struktur tanah dan juga habitat mikro

mikroorganisme. Baik struktur tanah maupun mikroorganisme tanah merupakan ciri utama tanah

menentukan banyak fungsi utama seperti retensi dan transmisi air tanah, C, N, P, K

penyerapan, dan transformasi unsur hara yang pada akhirnya mempertahankan kesuburan tanah. Ukuran berbeda

agregat tanah terbukti menampung struktur komunitas bakteri yang berbeda, (Blaud et

al., 2012; Musim Gugur dkk., 2004; Helgason dkk., 2010; Kandeler dkk., 2000; Sessitsch dkk., 2001;

Vaisanen et al., 2005), keanekaragaman bakteri yang berbeda (Davinic et al., 2012; Kravchenko et al.,

2014; Sessitsch et al., 2001), kelimpahan bakteri dan biomassa (Helgason et al., 2010;

Mendes dkk., 1999; Sainju, 2006; Schutter dan Dick, 2002) dan aktivitas mikroba (Bach dan

Hofmockel, 2014; Lensi dkk., 1995; Sey dkk., 2008). Perbedaan-perbedaan ini terkait dengan

kondisi lingkungan tertentu yang memberikan tekanan seleksi biologis dan sangat tinggi

variabel dalam agregat.

Untuk mempelajari agregat tanah, metode pengayakan digunakan untuk mengisolasi kelas ukuran yang berbeda

agregat tanah. Pemisahan agregat tanah terutama dilakukan dengan pengayakan kering atau pengayakan basah

metode. Metode pengayakan basah, yang pertama kali dijelaskan oleh Yoder (1936), adalah metode yang paling umum

metode yang digunakan untuk mempelajari komunitas mikroba dalam agregat tanah dan melibatkan perendaman tanah

selama beberapa menit dalam air untuk memecah agregat. Hal ini terjadi dengan meningkatkan

tekanan air statis di sekitarnya pada udara yang terperangkap di dalam pori-pori partikel yang terendam, diikuti

dengan gerakan vertikal dalam air untuk menciptakan gaya geser untuk memisahkan partikel-partikel tanah yang awalnya

ditempatkan di atas sarang saringan yang kemudian direndam. Pengayakan kering melibatkan pengocokan

biasanya tanah yang dikeringkan dengan udara, di atas sarang saringan. Dengan demikian, energi yang diterapkan pada tanah berbeda-beda

antara pengayakan kering dan basah yang secara langsung mempengaruhi jumlah kestabilan tanah

agregat yang diperoleh. Lebih jauh lagi, pengayakan basah mempengaruhi gaya koloidal air pada

permukaan partikel yang dapat meningkatkan atau mengurangi gaya kohesif antar agregat

partikel. Dengan demikian, kedua metode ini diharapkan dapat memberikan efek langsung terhadap mikroba

komunitas karena perbedaan ukuran agregat tanah yang terisolasi, yaitu

3
Machine Translated by Google

efek “pencucian” selama pengayakan basah ditambah dengan potensi kontaminasi silang antar tanah

fraksi, pengaruh pengeringan tanah sebelum pengayakan kering, dan perbedaan mekanis dan

gaya fisika-kimia yang diterapkan pada agregat tanah.

Hanya sedikit penelitian yang menyelidiki dampak pengayakan kering dan basah terhadap pemisahan tanah

agregat. Sebagian besar penelitian ini berfokus pada efek metode pengayakan terhadap sifat fisik

karakteristik kimia agregat tanah. Pengayakan kering mempertahankan ukuran agregat tanah yang besar

(> 2 mm) namun biasanya terbatas pada ukuran fraksi > 250 µm. Sebaliknya, kaleng pengayak basah

memisahkan agregat tanah dari berbagai kelas ukuran dan khususnya ukuran yang lebih kecil (<250 µm).

Proporsi agregat tanah dengan ukuran < 2 mm terutama meningkat dengan pengayakan basah

agregat tanah > 2 mm berkurang karena terurainya makroagregat menjadi lebih kecil

agregat, dan sebaliknya untuk pengayakan kering (Beauchamp dan Seech, 1990; Sainju, 2006; Bach

dan Hofmockel, 2014). Pengayakan basah menyebabkan hilangnya total C atau N total, terutama untuk tanah

fraksi <250 µm, meskipun tidak ada perubahan atau kadang-kadang terjadi peningkatan kandungan C (untuk >

fraksi tanah 250 dan <250 µm) ditemukan untuk pengayakan basah dibandingkan dengan pengayakan kering

(Sainju, 2006). Seech dan Beauchamp (1988) menyimpulkan bahwa metode pengayakan basah menghasilkan

meremehkan kelompok C dan N.

Prosedur fraksinasi agregat tidak berdampak pada komunitas mikroba

dipelajari dengan baik. Sainju (2006) menunjukkan bahwa metode pengayakan basah menurunkan nitrogen

biomassa mikroba dibandingkan dengan pengayakan kering. Sebaliknya, biomassa mikroba karbon

dapat berkurang atau bertambah tergantung pada jenis tanah (Sainju, 2006). Namun C atau N

biomassa mikroba merupakan indikator kasar biomassa mikroba, dan belum ada penelitian yang menyelidikinya

pengaruh metode penyaringan terhadap kelimpahan mikroba, struktur komunitas atau keanekaragaman penggunaan

Pendekatan berbasis DNA (misalnya Q-PCR, pengurutan generasi berikutnya). Sebuah penelitian terbaru membandingkan

Pengaruh pengayakan kering dan pengayakan basah terhadap aktivitas enzimatik mikroba menunjukkan bahwa pengayakan basah

melebih-lebihkan potensi aktivitas enzimatik mikroba dibandingkan dengan pengayakan kering (Bach

dan Hofmockel, 2014). Namun, hanya aktivitas enzimatik yang berbeda antar ukuran tanah

agregat dengan pengayakan basah dan bukan dengan pengayakan kering. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa pengeringan

sampel pada suhu 4 °C untuk mencapai 10-20% kadar air gravimetri tanah tidak mempengaruhi

aktivitas enzimatik sebelum pengayakan kering.

Pengaruh metode pengayakan terhadap komunitas mikroba dan mikroba yang dihasilkan

data karakterisasi dan interpretasinya sebagian besar masih belum diketahui. Kesenjangan ini

Pemahaman mungkin merupakan faktor utama yang mempengaruhi hasil penyelidikan penelitian apa pun

komunitas mikroba dalam agregat tanah, dan membatasi pemahaman tentang

4
Machine Translated by Google

hubungan antara struktur tanah, fungsi tanah dan keanekaragaman mikroba. Jadi, tujuannya

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh pengayakan kering dan pengayakan basah terhadap komunitas mikroba

kelimpahan dan keanekaragaman dalam kelas ukuran agregat tanah yang berbeda. Empat ukuran tanah

agregat dari lahan pertanian dan padang rumput diperoleh dengan pengayakan kering dan basah. Lalu, itu

banyaknya bakteri, jamur dan komunitas mikroba yang terlibat dalam fiksasi N, nitrifikasi

dan denitrifikasi, dan keanekaragaman bakteri ditentukan oleh PCR kuantitatif dan

pengurutan amplikon masing-masing, untuk setiap kelas ukuran agregat tanah dan untuk tanah curah.

2. Bahan dan metode

2.1 Lokasi penelitian dan pengambilan sampel tanah

Lokasi penelitian, lahan pertanian dan padang rumput terletak di sebelah timur Wina, Austria, di

Taman Nasional ''Donau-Auen'' di dataran banjir Sungai Danube. Lokasi lahan pertanian adalah padang rumput sejak

tahun 1781 dan diubah menjadi lahan pertanian intensif pada paruh pertama abad ke-20.

abad. Situs padang rumput diubah dari hutan menjadi padang rumput (saat ini Onobrychido

viciifoliae-Brometum) antara tahun 1809 dan 1859 dan saat ini ditebang dua kali setahun. Tanah lapisan atas

(0-10 cm) usia kira-kira. 250-350 tahun sejak pengendapan sedimen fluvial sebagai induknya

material pembentuk teras di atas alur sungai yang memotong ke bawah (Lair et al., 2009). Tanah

diklasifikasikan sebagai Mollic Fluvisols (IUSS Working Group WRB, 2014). Karakteristik tanah untuk lahan pertanian

dan padang rumput ditunjukkan pada Tabel 1. Kedua lokasi tersebut diambil sampelnya pada tanggal 27

September 2013. Tiga sampel tanah yang berbeda (500 g) diambil sampelnya di setiap lokasi (padang rumput dan

lokasi lahan pertanian) dari kedalaman 5-10 cm dan simpan pada suhu 4 °C sampai tanah difraksinasi.

2.2 Fraksinasi tanah

Sampel tanah diayak dengan ukuran 2 mm sebelum pengayakan kering atau basah untuk menghomogenisasi

sampel dan untuk menghilangkan akar dan batu besar. Pengayakan kering dan basah dilakukan pada seluruh sampel

sampel replikasi untuk setiap situs. Dua puluh gram tanah digunakan untuk setiap fraksinasi tanah

berdasarkan ukuran, diambil dari saringan dengan ukuran layar tertentu. Selanjutnya istilah “tanah

fraksi” lebih disukai daripada “agregat tanah” karena penelitian ini tidak memisahkan agregat tanah

dari partikel mineral tunggal.

5
Machine Translated by Google

Tabel 1. Karakteristik tanah sampel tanah curah berdasarkan massa kering. Nilai rata-rata ± satu standar deviasi (n =
3) ditampilkan.
Lahan pertanian Padang rumput

48°09'LU, 48°11'LU,
Lokasi
16°41'BT 16°44'BT

Kadar air (%) 22,0 ± 2,9 15,8 ± 2,0

PH tanah (H2O) 7,7 ± 0,14 7,4 ± 0,09

C organik (%) 2,4 ± 0,36 5,0 ± 0,60

Jumlah N (%) 0,13 ± 0,01 0,33 ± 0,04

18,1 ± 1,83 15,0 ± 0,52

Korg/N
+
N-NH4 (mg kg-1 ) 1,59 ± 0,29 4,77 ± 0,98

N-NO3 - (mg kg-1 ) (g 20,3 ± 3,07 1,5 ± 0,66

3- 0,35 ± 0,10 0,59 ± 0,04

P-PO4 kg-1 )

CaCO3 (%) 19,0 ± 1,90 21,1 ± 1,41

Pasir, 63-2000 ÿm (%) 32,7 8.2

Lumpur, 2-63 ÿm (%) 43.8 63.0

Tanah Liat, <2 ÿm (%) 23.5 28.8

2.2.1 Pengayakan kering

Sebelum pengayakan kering, tanah yang diayak dengan ukuran 2 mm dikeringkan di udara pada suhu 4 °C

selama 7 hari hingga mencapai kadar air gravimetri ~80 g kg-1 (Sainju et al., 2003). Pengeringan udara adalah

diperlukan untuk mendapatkan fraksi tanah <53 ÿm dari tanah padang rumput dan fraksi tanah <250

ÿm dari tanah lahan pertanian. Protokol pengayakan kering terdiri dari pengocokan tanah dengan tangan

sampel ditempatkan di atas sarang saringan (1000, 250 dan 53 ÿm; 10 cm Ø) selama 3 menit pada ~200 rotasi min-1

(Sainju et al., 2003; Sainju, 2006). Tanah tertahan pada 1000, 250 dan 53 ÿm

saringan dianggap sebagai fraksi tanah 1000-2000 ÿm, 250-1000 ÿm dan 53-250 ÿm,

masing-masing. Tanah yang dikumpulkan dalam cawan dengan saringan 53 ÿm adalah tanah <53 ÿm

pecahan. Aliquot tanah diambil langsung dari setiap saringan untuk ekstraksi DNA dan disimpan di -

20 °C, dan sisa fraksi tanah dikeringkan pada suhu 55 °C dan digunakan untuk mengukur tanah

distribusi massa pecahan.

6
Machine Translated by Google

2.2.2 Pengayakan basah

Metode fraksinasi pengayakan basah diadaptasi dari Yoder (1936) dan Blaud et

al., (2012). Sampel tanah segar ditempatkan di atas sarang saringan (1000, 250 dan 53 ÿm; 10

cm Ø) dan direndam dalam tangki ~1,3 l air steril ultra-murni (4 °C) selama 5 menit. Lalu, saringannya

dinaikkan dan diturunkan selama 10 menit (panjang pukulan ~30 mm, frekuensi 30 siklus menit-1 ).

Tanah yang tertahan pada saringan 1000, 250 dan 53 ÿm dianggap sebagai 1000-2000 ÿm, 250-1000

fraksi tanah masing-masing µm dan 53-250 µm. Air dan tanah yang tersisa di tangki adalah

disentrifugasi pada 4500 G selama 10 menit. Sentrifugasi diulangi untuk mengurangi volume

air sebanyak mungkin dan kumpulkan partikel-partikel tanah, yang mewakili fraksi tanah <

53 mikron. Dua aliquot tanah diambil langsung di setiap saringan: satu untuk ekstraksi DNA ditempatkan di

-20 °C, dan satu lagi untuk pengukuran kadar air tanah dikeringkan pada suhu 55 °C. Sisa tanah

fraksi untuk setiap saringan dicuci dalam tabung dan dikeringkan pada suhu 55 °C dan digunakan untuk mengukur tanah

distribusi massa pecahan.

Cairan pori yang dikumpulkan setelah setiap putaran sentrifugasi disaring pada 0,22 ÿm

(47 mm Ø GTTP filter, Wathman) untuk mengumpulkan dan mengukur mikroorganisme

dicuci dari fraksi tanah selama metode pengayakan. Untuk setiap sampel, ada 5 filter

diperlukan untuk menyaring seluruh volume air (akibat tersumbatnya saringan), kecuali dua

replika lahan pertanian yang membutuhkan 6 dan 7 filter. Filter disimpan pada suhu -20 °C sebelumnya

Ekstraksi DNA.

2.3 Ekstraksi DNA

DNA diekstraksi dari 0,25 g tanah segar untuk setiap fraksi tanah dan tanah curah (yaitu 2

mm tanah yang diayak) menggunakan Kit Isolasi DNA PowerSoil® (laboratorium Mo-Bio, Carlsbad,

CA, USA) sesuai dengan instruksi pabrik, kecuali untuk langkah terakhir dimana nukleat

asam dielusi dalam 100 ÿl air steril bebas nuklease.

DNA diekstraksi dari air yang digunakan untuk pengayakan basah (setelah sentrifugasi untuk memperoleh

< 53 µm fraksi tanah) untuk menentukan kelimpahan relatif mikroorganisme yang hilang selama basah

pengayakan. Jumlah air yang sama tanpa tanah juga disaring dan digunakan sebagai kontrol

memastikan bahwa hasil yang diperoleh berasal dari pengayakan basah dan bukan dari kontaminasi

air atau filter. Air untuk setiap sampel disaring dan DNA diekstraksi dari filter

menggunakan kit isolasi DNA PowerWater® (laboratorium Mo-Bio, Carlsbad, CA, USA)

sesuai dengan instruksi pabrik, kecuali untuk tahap terakhir dimana asam nukleat berada

7
Machine Translated by Google

dielusi dalam 100 ÿl air steril bebas nuklease. DNA diekstraksi untuk setiap filter (yaitu 33

filter secara total) dan ekstrak DNA dikumpulkan untuk setiap sampel.

2.4 Kuantitatif-PCR

Variasi kelimpahan gen mikroba ditentukan oleh Quantitative-PCR (Q-

PCR) menargetkan gen atau wilayah genetik tertentu. Komunitas bakteri menjadi sasaran melalui

Gen 16S rRNA sementara kelimpahan komunitas jamur diselidiki dengan menargetkan

wilayah ITS. Komunitas-komunitas berbeda yang terlibat dalam sebagian besar langkah siklus N adalah:

diselidiki: mikroorganisme pengikat nitrogen diukur berdasarkan gen nifH ;

nitrifikasi diselidiki dengan menargetkan bakteri pengoksidasi amonia (AOB) dan archaea

(AOA) melalui gen amoA , dan denitrifier ditargetkan melalui gen narG yang mengkode untuk

nitrat reduktase, gen nirS yang mengkode nitrit reduktase, dan gen nosZ yang mengkode

oksida nitrat reduktase. Detail primer yang digunakan untuk memperkuat amplikon yang berbeda

diberikan pada Tabel S1.

Standar Q-PCR untuk setiap target molekuler diperoleh dengan menggunakan serial 10 kali lipat

pengenceran plasmid yang membawa gen target kloning tunggal, dibuat dengan mengkloning produk PCR

sampel lingkungan (vektor pCR2.1 TOPO), mengisolasi sisipan kloning (Qiagen Plasmid

mini Kit), dan memeriksa keberadaan gen yang diinginkan dengan analisis sekuens. Standar

kurva dan kontrol tanpa templat diperkuat rangkap tiga di pelat yang sama dengan

sampel lingkungan. Amplifikasi Q-PCR dilakukan dalam volume 25 ÿl yang mengandung

12,5 µl iQ™ SYBR® Green Supermix (Bio-Rad, Hemel Hempstead, UK), 8,5 µl

air bebas nuklease (Ambion, Warrington, UK), 1,25 ÿl setiap primer (10 ÿM) dan 1 ÿl dari

templat DNA menggunakan Sistem Real-Time CFX96™ (Bio-Rad, Hemel Hempstead, UK).

Amplifikasi standar digunakan untuk semua pengujian Q-PCR kecuali AOA, dimulai dengan inisial

denaturasi pada 95 °C selama 3 menit, diikuti oleh 40 siklus 30 detik pada 95 °C, 0,5 hingga 1 menit

anil (suhu dan waktu anil untuk setiap pasangan primer diberikan pada Tabel S1), dan

30 detik pada 72 °C (Tsiknia dkk., 2013). Fluoresensi diukur pada akhir masing-masing

langkah sintesis (yaitu pada 81 °C untuk AOA dan pada 72 °C untuk semua gen lainnya).

Nilai ambang batas siklus (Ct) dan nomor amplikon ditentukan secara otomatis

menggunakan perangkat lunak Bio-Rad CFX Manager™. Efisiensi pengujian Q-PCR bervariasi antara

70-98%. R2 > 0,99 untuk semua gen, kecuali gen nifH (0,984). Itu

Kehadiran inhibitor Q-PCR diuji untuk gen bakteri 16S rRNA, dengan menjalankan Q-PCR

8
Machine Translated by Google

dengan ekstrak DNA 10 kali diencerkan atau dicampur dengan standar yang diketahui jumlahnya. TIDAK

penghambatan terdeteksi.

Spesifisitas Q-PCR dinilai melalui analisis kurva leleh (peningkatan

suhu dari suhu anil hingga 95 °C sebesar 0,5 °C per langkah 0,05 detik) pada akhir

setiap amplifikasi Q-PCR (Ririe et al., 1997). Kurva leleh untuk bakteri 16S

gen rRNA, nifH, amoA, narG, nirS, dan nosZ Tes Q-PCR menunjukkan spesifisitas untuk

gen target yang diperkuat (yaitu puncak tunggal). Seperti yang diharapkan, kurva leleh Q-PCR untuk

jamur ITS menunjukkan amplifikasi produk dengan panjang yang berbeda, karena variabilitasnya

panjang wilayah ITS antara taksa jamur yang berbeda (Manter dan Vivanco, 2007).

2.5 Urutan amplikon

Keanekaragaman bakteri dari fraksi tanah yang berbeda diperoleh dengan pengayakan kering dan basah,

tanah curah dan suspensi mikroba dari air pengayakan basah, untuk lahan pertanian dan

padang rumput ditentukan menggunakan platform Ion Torrent®. Gen bakteri 16S rRNA V4

wilayah variabel diamplifikasi menggunakan primer 515F (5ÿ-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-

3ÿ) dan 806R (5ÿ-GGACTACHVG GGTWTCTAAT-3ÿ) (Caporaso et al., 2011) dalam satu-.

langkah 30 siklus PCR menggunakan HotStarTaq Plus Master Mix Kit (Qiagen, USA) dan

kondisi berikut: 94°C selama 3 menit, dilanjutkan dengan 28 siklus (5 siklus digunakan pada produk PCR)

94°C selama 30 detik, 53°C selama 40 detik, dan 72°C selama 1 menit, diikuti dengan langkah pemanjangan terakhir pada

72°C selama 5 menit. Urutan amplikon dilakukan di MR DNA (www.mrdnalab.com,

Shallowater, TX, USA) pada PGM Ion Torrent mengikuti pedoman pabrikan.

Data PGM dianalisis mengikuti alur yang dikembangkan oleh Pylro et al (2014)

yang menggunakan UPARSE (Edgar, 2013) dan QIIME (Caporaso et al., 2010). Secara singkat, hapus kode batang,

pemfilteran kualitas, dereplikasi, penyortiran kelimpahan, dan pembuangan singleton dilakukan dengan menggunakan

PENELITIAN 1.8. Pemfilteran chimera dilakukan menggunakan dataset rdp_gold.fa . Lalu, taksonomi

ditugaskan ke unit taksonomi operasional (OTU) menggunakan metode uclust pada QIIME 1.8 dan

Basis data Greengenes (13_8) sebagai referensi. Jumlah urutan bakteri per sampel

rata-rata 9183 ± 1443. Beberapa rangkaian archaeal ditemukan dengan rata-rata 174 ± 99

per sampel.

2.6 Analisis statistik

Untuk mengetahui perbedaan cara distribusi agregat, gen mikroba

kelimpahan atau kelimpahan relatif filum bakteri, tes ANOVA dilakukan dengan situs,

9
Machine Translated by Google

metode pengayakan dan fraksi tanah sebagai faktornya. Normalitas residu model dan

homoskedastisitas varian diperiksa sebelum analisis statistik. Catatan

transformasi data Q-PCR diterapkan untuk memenuhi kriteria ini, kecuali untuk gen narG

kelimpahan. Ketika perbedaan signifikan ditemukan dengan ANOVA, uji post-hoc

Newman-Keuls dilakukan untuk mengungkap perbedaan signifikansi antar pasangan kelas. Ke

menguji perbedaan antara lokasi hilangnya gen dalam air pengayakan basah, Student
tes digunakan.

Komposisi komunitas bakteri divisualisasikan oleh Koordinat Utama

Analisis (PCoA) berdasarkan kelimpahan relatif OTU dan dihasilkan menggunakan Bray-

Jarak Curtis. ANOSIM (Analisis SIMilaritas; 10.000 permutasi maksimum) digunakan

untuk menyelidiki perbedaan potensial antara komposisi komunitas bakteri karena pengayakan-

metode, lokasi atau fraksi tanah (Clarke dan Green, 1988). ANOSIM dua arah sudah biasa

membandingkan satu faktor dengan faktor lainnya dan ANOSIM satu arah untuk menyelidikinya

pengaruh faktor individu. Analisis ANOSIM menghasilkan nilai R, dimana ANOSIM

nilai yang mendekati R = 1 menunjukkan keterpisahan yang tinggi antar kelompok (misalnya antar fraksi tanah),

sedangkan nilai ANOSIM yang mendekati R = 0 menunjukkan pemisahan kelompok yang rendah.

ANOVA dan PCoA dilakukan menggunakan R v3.2.1 (R Development Core Team,

2015) dan paket Phyloseq untuk PCoA (McMurdie dan Holmes, 2013), sedangkan

Tes ANOSIM dilakukan menggunakan perangkat lunak PRIMER (v6, PRIMER-E Ltd, Plymouth,

Inggris).

3. Hasil

3.1 Distribusi agregat

Prosedur fraksinasi tanah menghasilkan pemulihan massa rata-rata ~100% dari

tanah asli yang tidak terfraksi. Distribusi massa agregat menunjukkan pola serupa di dalamnya

kedua situs. Fraksi tanah > 250 µm mewakili 35-50 % distribusi agregat,

sedangkan fraksi tanah <250 µm secara signifikan lebih rendah dan mewakili 2-20% (Gambar 1;

Tabel S2). Sebaliknya, distribusi agregat dari lahan pertanian diperoleh dengan pengayakan basah

menunjukkan sebaran yang berbanding terbalik dengan sebaran lainnya, yaitu mengalami peningkatan

massa fraksi tanah dengan berkurangnya ukuran fraksi tanah. Fraksi tanah 1000-2000 µm masuk

lahan pertanian secara signifikan lebih rendah dari fraksi <53 µm (~16% dan ~35% dari agregat

distribusi, masing-masing). Distribusi massa setiap fraksi tanah untuk lahan pertanian adalah

berbeda nyata antar metode pengayakan, kecuali pada fraksi tanah 250-1000. Itu
10
Machine Translated by Google

distribusi agregat untuk lahan pertanian yang diperoleh dengan pengayakan basah menunjukkan kesalahan standar yang besar

dibandingkan dengan distribusi agregat lainnya. Metode pengayakan juga mempunyai pengaruh

padang rumput, dengan peningkatan ~10% dari fraksi 250-1000 µm dengan pengayakan kering, dan a

peningkatan signifikan sebesar ~10% dari fraksi <53 µm dengan pengayakan basah.

Gambar 1. Distribusi berat fraksi tanah (g 100 g-1 tanah kering) yang diperoleh dengan metode pengayakan
kering atau basah pada tanah dari lahan pertanian dan padang rumput. Nilai rata-rata ± kesalahan standar (n =
3) ditampilkan. * menunjukkan perbedaan yang signifikan (P < 0,05) antara pengayakan kering dan pengayakan
basah untuk fraksi dan lokasi tanah tertentu. Huruf yang berbeda menunjukkan perbedaan yang signifikan (P
<0,05) antara fraksi tanah untuk metode dan lokasi pengayakan tertentu.

3.2 Kelimpahan gen mikroba

Kelimpahan gen mikroba menunjukkan perbedaan yang signifikan (P <0,01) antar lokasi

semua gen kecuali gen narG (Gbr. 2, Tabel S3). Kelimpahan gen lebih tinggi pada

situs padang rumput untuk gen bakteri 16S rRNA, amplikon ITS jamur, nifH, nirS dan nosZ

gen. Sebaliknya, gen bakteri amoA (AOB) menunjukkan kelimpahan yang lebih tinggi di lahan pertanian

amoA archaea (AOA) menunjukkan kelimpahan yang sedikit lebih tinggi di padang rumput. Hanya bakteri 16S

gen rRNA menunjukkan perbedaan yang signifikan (P = 0,027; Tabel S3) antara fraksi tanah, dan

uji Post-hoc menunjukkan perbedaan yang signifikan pada padang rumput dan pengayakan kering antara 1000-

2000 µm dan fraksi 250-1000 dan 53-250 µm (Gbr. 2). Pengaruh yang signifikan (P <0,001)

salah satu metode penyaringan ditemukan untuk kelimpahan relatif AOB, nirS dan nosZ, dengan

kelimpahan gen relatif lebih tinggi ditemukan dalam fraksi yang diperoleh dengan pengayakan basah di padang rumput (Gbr. 2).

2; Tabel S3). Namun, uji Post-hoc tidak menunjukkan perbedaan berpasangan yang signifikan.
11
Machine Translated by Google

Gambar 2. Variasi kelimpahan gen bakteri (gen 16S rRNA), fungi (amplikon ITS), pengikat N (gen nifH ),
bakteri pengoksidasi amonia dan archaea (gen amoA ), nitrat reduktase (gen narG ), nitrit reduktase
(nirS gen) dan dinitrogen oksida reduktase (gen nosZ ) antara empat fraksi tanah yang diperoleh dengan
metode pengayakan kering atau basah dari lahan pertanian dan padang rumput. Semua kelimpahan
dinyatakan berdasarkan 1 g massa kering fraksi tanah atau tanah curah. Nilai rata-rata ± kesalahan
standar (n = 3) ditampilkan. * menunjukkan perbedaan yang signifikan (P < 0,05) antara pengayakan
kering dan pengayakan basah untuk fraksi dan lokasi tanah tertentu. Huruf yang berbeda menunjukkan
perbedaan yang signifikan (P <0,05) antara fraksi tanah untuk metode dan lokasi pengayakan tertentu.

Proporsi gen mikroba, dinyatakan sebagai persentase bakteri 16S rRNA

salinan gen, berbeda secara signifikan (P <0,001) antar lokasi, dengan gen nifH yang lebih tinggi

12
Machine Translated by Google

proporsi ditemukan di padang rumput dibandingkan lahan pertanian, sedangkan proporsi yang lebih tinggi untuk AOB dan narG

gen ditemukan di lahan pertanian (Gbr. 3; Tabel S4). Perbedaan yang signifikan antara fraksi tanah

dan metode penyaringan ditemukan untuk semua gen kecuali gen narG .

Gambar 3. Variasi gen fungsional N/bakteri 16S rRNA (%), fiksasi N (gen nifH ), bakteri pengoksidasi amonia (gen amoA ),
nitrat reduktase (gen narG ), nitrit reduktase (gen nirS ) dan nitrous oksida reduktase ( gen nosZ) antara empat fraksi tanah
yang diperoleh dengan metode pengayakan kering atau basah dari lahan pertanian dan padang rumput. Nilai rata-rata ±
kesalahan standar (n = 3) ditampilkan. * menunjukkan perbedaan yang signifikan (P < 0,05) antara pengayakan kering dan
pengayakan basah untuk fraksi dan lokasi tanah tertentu. Huruf yang berbeda menunjukkan perbedaan yang signifikan (P
<0,05) antara fraksi tanah untuk metode dan lokasi pengayakan tertentu.

13
Machine Translated by Google

Tes Post-hoc mengungkapkan tren serupa antara fraksi tanah untuk padang rumput yang diperoleh

pengayakan kering, dengan fraksi 1000-2000 µm menunjukkan secara signifikan (P <0,05) lebih tinggi

proporsi gen mikroba dibandingkan dengan sebagian besar fraksi tanah dan tanah curah (Gbr. 3). Itu

fraksi tanah dari padang rumput yang diperoleh dengan pengayakan basah menunjukkan proporsi AOB yang lebih tinggi,

gen nirS dan nosZ dibandingkan tanah curah, namun tidak ada perbedaan nyata antar fraksi tanah

ditemukan. Pengaruh metode pengayakan menunjukkan proporsi gen yang lebih tinggi dengan metode pengayakan basah

~0,5%, kecuali fraksi 1000-2000 µm untuk padang rumput yang menunjukkan proporsi lebih tinggi

gen nifH, AOB, nirS dan nosZ dengan pengayakan kering sebesar 0,5% hingga 2%. Tes Post-hoc terungkap

perbedaan yang signifikan (P <0,05) dalam proporsi gen antara metode pengayakan untuk nifH, nirS

dan gen nosZ untuk padang rumput, dan gen nirS untuk lahan pertanian (Gbr. 3).

Kelimpahan gen mikroba yang hilang dalam air selama pengayakan basah dinyatakan sebagai

persentase gen yang sama terdapat dalam 1 g tanah curah. Proporsi gen mikroba

ditemukan dalam air saringan bervariasi antara 0,3 hingga 2,3% (Tabel 2). Hanya gen narG yang terlihat

~7% salinan gen hilang dalam penyaringan air untuk padang rumput, dan juga merupakan satu-satunya gen dengan a

perbedaan yang signifikan (P = 0,0075) antar lokasi. Kelimpahan gen mikroba di

pengayakan air secara konsisten lebih tinggi di padang rumput dibandingkan lahan pertanian dan signifikan (P <0,05)

untuk bakteri, jamur, nifH, narG dan nosZ, dan sedikit signifikan untuk AOA dan AOB (P =

masing-masing 0,06 dan 0,053; Gambar.S1).

Tabel 2. Proporsi gen (%) yang hilang dalam air selama fraksinasi tanah menggunakan pengayakan basah.
Hilangnya nomor gen dalam air dinyatakan sebagai persentase dari jumlah gen yang sama yang terdapat dalam 1 g
tanah curah. Nilai rata-rata ± satu kesalahan standar (n = 3) ditampilkan. Huruf yang berbeda menunjukkan perbedaan
yang signifikan (P <0,01) antara lahan pertanian dan padang rumput secara spesifik
gen.
Gen Lahan pertanian Padang rumput

bakteri 16s rRNA 1,55 ± 0,43 0,75 ± 0,30

Jamur ITS 0,48 ± 0,11 0,71 ± 0,52

nifH 2,31 ± 0,84 1,90 ± 0,85

bakteri amoA 0,33 ± 0,12 2,14 ± 0,63

amoA archaea 0,83 ± 0,09 1,83 ± 0,60

narG 1,16 ± 0,41 A 6,97 ± 0,80 B

nirS 0,85 ± 0,31 0,57 ± 0,17

baikZ 0,45 ± 0,14 0,60 ± 0,18

14
Machine Translated by Google

3.3 Keanekaragaman bakteri

PCoA menunjukkan bahwa komposisi komunitas bakteri dari air basah

pengayakan sangat berbeda dibandingkan dengan sampel lainnya (Gbr. 4). PCoA dan

ANOSIM juga menunjukkan bahwa komposisi bakteri berbeda nyata (R = 0,45, P =

0,0001) antara pengayakan kering dan basah meskipun beberapa sampel tercampur di dalamnya

kelompok. Kemudian, ditemukan perbedaan signifikan antara lahan pertanian dan padang rumput

nilai ANOSIM serupa dibandingkan dengan yang mencerminkan pengaruh metode pengayakan (R =

0,45, P = 0,0007). ANOSIM juga mengungkapkan perbedaan yang signifikan antara fraksi tanah,

fraksi tanah dan air curah tetapi dengan nilai R yang lebih rendah dibandingkan yang diperoleh untuk pengayakan

metode dan situs (R = 0,32, P = 0,0001).

Gambar 4 PCoA komunitas bakteri dari empat fraksi tanah yang diperoleh dengan metode pengayakan kering atau
basah dan tanah curah dari lahan pertanian dan padang rumput. PCoA didasarkan pada kelimpahan relatif OTU dan
dihasilkan menggunakan jarak Bray-Curtis. Enam sampel (berwarna hijau)
diisolasi dari sisa sampel sesuai dengan air dari pengayakan basah.

PCoA dan ANOSIM juga dilakukan pada fraksi tanah dan tanah curah untuk masing-masingnya

situs untuk mengungkapkan bagaimana metode penyaringan mempengaruhi komposisi komunitas bakteri di antaranya

fraksi tanah di setiap lokasi, yang tidak terlihat pada analisis global (Gbr. 5). Penting

perbedaan antara metode penyaringan dan antara fraksi tanah ditemukan untuk padang rumput

(pengayakan: R = 0,82, P = 0,0001; pecahan: R = 0,56, P = 0,0001) tetapi tidak untuk lahan pertanian (P >

15
Machine Translated by Google

0,2). Analisis ANOSIM yang dilakukan pada padang rumput untuk setiap metode pengayakan terungkap

perbedaan yang signifikan antara fraksi tanah atau tanah curah dengan kedua metode pengayakan (kering-

pengayakan : R = 0,57, P = 0,0001; pecahan: R = 0,58, P = 0,0001). Sebagian besar tanah tampak jernih

Gambar 5 PCoA komunitas bakteri dari empat fraksi tanah yang diperoleh dengan metode pengayakan
kering atau basah dan tanah curah dari lahan pertanian (atas) dan padang rumput (bawah). PCoA didasarkan
pada kelimpahan relatif OTU dan dihasilkan menggunakan jarak Bray-Curtis.

16
Machine Translated by Google

perbedaannya dengan fraksi tanah khususnya untuk pengayakan kering. Menariknya, sebagian besar tanah dari kekeringan

pengayakan dikelompokkan erat ke tanah curah dari pengayakan basah dan fraksi tanah. Namun, PCoA

mengungkapkan perbedaan fraksi tanah dengan metode pengayakan basah, dan variasi yang tinggi

antara ulangan dengan pengayakan kering (Gbr. 5). Hal ini ditegaskan ketika ANOSIM itu

dilakukan tanpa tanah curah, hanya menunjukkan perbedaan yang signifikan dan relatif kuat

antara fraksi tanah bila diperoleh dengan pengayakan basah (R = 0,44, P = 0,0001) dan tidak

perbedaan dengan pengayakan kering (R = 0,1, P = 0,108).

Gambar 6. Kelimpahan relatif (%) filum bakteri dari empat fraksi tanah yang diperoleh dengan metode pengayakan kering
atau basah, tanah curah dan air dari pengayakan basah dari lahan pertanian dan padang rumput.
Nilai rata-rata (n = 3) ditampilkan. Hanya filum dominan (~ > 0,2%) yang ditampilkan.

17
Machine Translated by Google

Kelimpahan relatif dari sebagian besar filum dominan sangat dipengaruhi oleh

metode pengayakan dengan penurunan dengan pengayakan basah untuk sebagian besar kecuali Actinobacteria,

Cyanobacteria dan Verrucomicrobia yang meningkat dengan pengayakan basah (Gbr. 6; Tabel S5). Itu

ukuran fraksi tanah yang berbeda juga mempengaruhi kelimpahan relatif sebagian besar filum. Itu

perbedaan antara metode pengayakan dan ukuran fraksi tanah lebih terlihat dan

signifikan secara statistik untuk padang rumput dibandingkan lahan pertanian. Perbedaan antara lahan pertanian dan

padang rumput hanya berkerabat dengan beberapa filum dominan, dengan Klorofleksi, dan

Planctomycetes lebih tinggi di lahan pertanian, sedangkan Nitrospirae, dan Proteobacteria lebih tinggi

lebih tinggi di padang rumput (Gbr. 6; Tabel S5). Air hasil pengayakan basah di padang rumput menunjukkan a

penurunan signifikan dalam Actinobacteria dan Planctomycetes dibandingkan dengan fraksi tanah,

sementara Proteobacteria meningkat.

PCoA juga dilakukan pada komposisi komunitas archaeal, menunjukkan kekuatan

perbedaan antara air hasil pengayakan basah dengan sisa sampel meskipun air

sampel dari padang rumput yang dikelompokkan dengan fraksi tanah (Gbr. S2, S3). Lalu perbedaan yang kuat

dalam komposisi komunitas archaeal juga ditemukan antara metode pengayakan tetapi tidak

antar fraksi tanah.

4. Diskusi

Studi tentang distribusi keanekaragaman komunitas mikroba, kelimpahan dan

kegiatan antara berbagai ukuran kelas ukuran agregat tanah dimulai lebih dari dua dekade

lalu (Chotte dkk., 1993; Gupta dan Germida, 1988; Jocteur Monrozier dkk., 1991; Kanazawa

dan Filip, 1986; Lensa dkk., 1995). Studi tentang distribusi mikroba dalam agregat tanah

dimulai dari premis bahwa variasi yang sangat besar dalam ukuran agregat, serta ukurannya

sifat fisiko-kimia, menyediakan beragam habitat bagi mikroorganisme

mempengaruhi dinamika karbon dan nutrisi di dalam tanah. Oleh karena itu, ini menyiratkan bahwa masing-masing

kelas ukuran agregat tanah dapat menampung komunitas dan aktivitas mikroba tertentu.

Namun, sedikit yang diketahui tentang pengaruh metode fraksinasi ukuran seperti pengayakan

isolasi dan interpretasi data komunitas mikroba dari agregat tanah. Itu

Penelitian saat ini dengan jelas menunjukkan bahwa metode pengayakan kering atau basah mempengaruhi perolehan dan

interpretasi data mikroba dari agregat tanah yang berbeda. Selain itu, dampak dari

Metode pengayakan berbeda-beda tergantung lokasi/tanah yang diteliti, dan juga komponen mikrobanya

komunitas dipelajari (yaitu keanekaragaman vs. kelimpahan).

18
Machine Translated by Google

Perbedaan komposisi komunitas bakteri antar ukuran agregat tanah

hanya terungkap di padang rumput dan hanya ketika menggunakan pengayakan basah. Metode pengayakan kering

menghasilkan variasi yang tinggi antar ulangan, sehingga menghambat potensi diferensiasi antar ulangan

ukuran. Semakin tinggi energi gangguan yang ditimbulkan oleh pergerakan air dan efek pencucian

yang disediakan selama pengayakan basah dibandingkan dengan pengayakan kering kemungkinan besar menjadi faktor utama

menjelaskan perbedaan hasil yang diperoleh dengan kedua metode pengayakan (Cambardella dan

Elliott, 1993; Chotte dkk., 1993). Hasil ini menyiratkan bahwa domain spasial berbeda

Keanekaragaman mikroba di dalam tanah dibedakan berdasarkan pola gaya rekat di dalam tanah

yang mengikat organisme, mineral dan cairan bersama-sama. Hal ini menunjukkan bahwa beberapa faktor yang ada

penting dalam variasi spasial dalam pengikatan partikel untuk membentuk agregat mungkin juga penting

sebagai tekanan selektif untuk membangun perbedaan keanekaragaman mikroba. Hasil serupa juga terjadi

ditemukan dengan potensi aktivitas enzim, hanya dengan metode pengayakan basah yang terungkap

perbedaan yang signifikan antara ukuran agregat tanah dibandingkan dengan dua pengayakan kering

metode (yaitu tanah kering udara atau kering hingga 10-15% kandungan air gravimetri tanah) (Bach dan

Hofmockel, 2014). Hasil ini menyoroti fakta bahwa pengayakan basah mungkin merupakan metode yang lebih baik

pengayakan kering untuk mengisolasi komunitas mikroba yang berbeda dalam setiap fraksi ukuran, dan

relevan untuk karakteristik mikroba yang berbeda: keanekaragaman dan aktivitas. Gen bakteri

kelimpahan secara keseluruhan menunjukkan variasi yang kurang jelas antara ukuran agregat tanah, apa pun jenisnya

metode pengayakan, meskipun hasil pengayakan basah menunjukkan lebih banyak variasi dalam kelimpahan gen

antar ukuran daripada pengayakan kering.

Pencucian agregat tanah pada saat pengayakan basah tidak menghasilkan persilangan yang berarti

kontaminasi antar ukuran agregat, setidaknya untuk padang rumput dimana terdapat perbedaan yang signifikan

ditemukan. Sebaliknya, pengayakan kering dan efek gesekannya pada bagian luar agregat dapat terjadi

mengakibatkan kontaminasi silang yang lebih kuat karena tidak adanya air yang membawa partikel tanah

ke dalam fraksi tanah <53 µm, yang mewakili tambal sulam fraksi tanah yang berbeda, dan

massanya dipengaruhi langsung oleh energi kekuatan gangguan (Chotte et al., 1993). Ini

didukung oleh tingginya variasi antar fraksi tanah yang direplikasi untuk lahan pertanian. Relatif rendah

persentase gen bakteri, seringkali di bawah 1%, hilang dalam air saringan basah

persentase ini mungkin diremehkan. Menariknya, persentase gen narG dan

kelimpahan relatif Proteobacteria di air dari padang rumput mungkin menunjukkan bahwa gen ini dan

filum mungkin terletak di bagian luar ruang agregat atau antar-agregat, di mana

efek pencuciannya tinggi. Sebaliknya, Actinobacteria dan Planctomycetes menurun

kelimpahan relatif, menunjukkan lokasi di dalam agregat atau daya rekat tinggi terhadap partikel tanah.

19
Machine Translated by Google

Oleh karena itu, air dari pengayakan basah mungkin memberikan indikasi lokasi beberapa bakteri

masyarakat.

Di lahan pertanian tidak ada perbedaan keanekaragaman bakteri antara fraksi ukuran agregat

ditemukan terlepas dari metode penyaringannya, menyoroti perbedaan antara agregat tanah

ukurannya tidak selalu diharapkan tetapi jelas bergantung pada jenis tanah dan penggunaan lahan. Sebelumnya

penelitian juga menunjukkan tidak ada perbedaan antara komunitas mikroba dalam fraksi ukuran yang berbeda

dari lahan pertanian, kemungkinan besar disebabkan oleh tingginya pergantian agregat tanah akibat antropogenik

kegiatan (misalnya pengolahan tanah, pemanenan tanaman) menyebabkan ketidakstabilan fisik yang tinggi

lingkungan mikro menghambat diferensiasi habitat mikro dan mikroba

komunitas (Blaud dkk., 2014). Dengan demikian, tidak adanya perbedaan keanekaragaman mikroba

antara ukuran agregat di suatu lokasi berpotensi digunakan sebagai indikator ketidakstabilan

sistem dan kesehatan tanah.

Pengayakan basah mengekstraksi kelimpahan gen lebih tinggi dibandingkan pengayakan kering. Membasahi tanah kering tadi

terbukti meningkatkan jumlah DNA yang diekstraksi dari tanah (Clark dan Hirsch, 2008), dan a

efek fisik dan bukan biologis mungkin menjelaskan perbedaan pengayakan basah di dalamnya

~30 menit hingga fraksinasi berlangsung. Tren yang sama juga ditemukan pada aktivitas enzim potensial,

dengan aktivitas empat kali lipat lebih besar ditemukan dengan pengayakan basah dibandingkan dengan pengayakan kering (Bach dan

Hofmockel, 2014). Hal ini dapat mencerminkan perkiraan yang berlebihan terhadap variabel yang diukur karena

efek pembasahan (yaitu biologis), atau mengakses komunitas mikroba tersembunyi yang terlindungi di dalamnya

pori-pori agregat. Sebaliknya, pengayakan kering dapat menyebabkan perkiraan yang terlalu rendah

kelimpahan gen mikroba. Bach dan Hofmockel (2014) mengemukakan bahwa membasahi tanah akan menyebabkan terjadinya timbal

untuk memperkirakan aktivitas enzim potensial secara berlebihan karena kontak antara mikroorganisme dan

senyawa C terlarut dan potensi perubahan metabolisme mikroba jangka pendek. Namun,

ada juga sejumlah besar mikroorganisme yang tumbuh lambat di dalam tanah. Kebanyakan penelitian menunjukkan a

respon cepat komunitas mikroba terhadap perubahan kelembaban (<30 menit), telah dilakukan

hanya pada beberapa strain mikroba pada kondisi laboratorium optimal jauh dari kondisi in situ

(Halverson dkk., 2000; Lamarre dkk., 2008). Meski demikian, efek biologis dari pembasahan

pada mikroorganisme tidak dapat dibuang.

Chotte dkk. (2002) menyarankan agar mempelajari komunitas mikroba di dalam tanah

agregat memberikan akses terhadap perubahan komunitas mikroba yang tidak akan terlihat di

tanah curah, dan keanekaragaman Azospirillum yang lebih besar. Kebanyakan penelitian menilai mikroba

komposisi komunitas dalam agregat tanah menemukan perbedaan yang signifikan dengan sebagian besar

tanah (Blaud dkk., 2012; Chotte dkk., 2002; Davinic dkk., 2012; Ranjard dkk., 2000).

20
Machine Translated by Google

Meskipun keanekaragaman bakteri ditemukan tidak lebih tinggi di setiap ukuran agregat tanah

perbandingan dengan tanah curah dalam penelitian menggunakan sequencing generasi berikutnya (Davinic et al.,

2012) dan dalam penelitian ini, secara keseluruhan, agregat tanah yang berbeda menyimpan a

keanekaragaman bakteri yang lebih besar dibandingkan tanah curah. Masih belum jelas apakah mengumpulkan jumlah yang sama

Ekstraksi DNA dari tanah curah sebagai jumlah dari fraksi tanah ditambah ulangan

(misalnya 12 ekstrak DNA dalam penelitian ini) akan menyebabkan peningkatan keanekaragaman bakteri

dipanen di tanah curah. Masalah ini mungkin sebagian merupakan kendala metodologis, seperti halnya DNA

ekstraksi biasanya menggunakan sedikit tanah; 0,25 g biasanya digunakan, yang mana

mengurangi representasi ukuran agregat tanah yang berbeda dalam ekstraksi. Itu

studi terbaru dari Penton et al. (2016) menunjukkan bahwa keanekaragaman bakteri yang lebih tinggi ditemukan ketika

10 g tanah digunakan, yang mungkin disebabkan oleh representasi yang lebih tinggi dari tanah yang berbeda

ukuran agregat dan secara umum struktur tanah yang heterogen. Masalah serupa bisa saja terjadi

juga relevan ketika mempelajari aktivitas mikroba yang seringkali hanya menggunakan 1 g tanah (Bach dan

Hofmockel, 2014)

Secara keseluruhan, tanah curah tidak dapat diharapkan memberikan ringkasan mengenai hal tersebut

fraksi tanah yang berbeda ketika mengerjakan sejumlah kecil tanah. Selanjutnya tanah diisolasi

pecahan cenderung berperilaku berbeda dengan pecahan di tempat karena paparannya

contohnya oksigen dan konsentrasi fraksi tanah yang tinggi dibandingkan dengan dispersinya

dalam horizon tanah. Karakteristik ini dapat menjadi batasan utama ketika mencoba menghubungkan

keanekaragaman mikroba, kelimpahan dan aktivitas antara sebagian besar tanah dan fraksi tanah, atau untuk membuat model

variabel-variabel ini dengan mempertimbangkan struktur tanah.

5. Kesimpulan

Metode pengayakan jelas mempengaruhi keanekaragaman bakteri yang dihasilkan dan diamati

berlimpah ditemukan dalam agregat tanah, dan terdapat kebutuhan untuk memilih metode yang digunakan secara hati-hati

sebelum studi mereka. Pengayakan basah berpotensi menjadi metode yang paling diadaptasi untuk mempelajari mikroba

keragaman komunitas dan kelimpahan agregat tanah dibandingkan dengan pengayakan kering

itu memakan waktu dan sulit untuk dilakukan. Lebih lanjut, penelitian diperlukan untuk menilai apakah basah

pengayakan adalah metode yang relevan pada sejumlah besar penggunaan lahan dan jenis tanah, dan juga untuk

menilai apakah relevan untuk mengukur variabel mikroba lainnya (misalnya RNA). Agregat

diisolasi dengan metode pengayakan adalah produk dari pengayakan dan mungkin sulit untuk menghubungkannya

hasil mikroba dengan kenyataan di situ . Namun, agregat adalah unit nyata dengan kohesi yang lebih besar

tanah yang terbentuk melalui proses biogeokimia. Secara keseluruhan, penelitian ini menimbulkan pertanyaan tentang bagaimana caranya

21
Machine Translated by Google

untuk mempertimbangkan struktur tanah dalam studi komunitas mikroba tanah, untuk mengatasi

pertanyaan penting seperti mekanisme biologis yang mengendalikan kesuburan tanah atau

stabilisasi atau bahan organik dalam tanah.

Ucapan Terima Kasih

Pekerjaan ini didukung oleh Program Kerangka Kerja ke-7 Komisi Eropa secara Besar

Proyek Integrasi, SoilTrEC (www.soiltrec.eu), Perjanjian Hibah No. 244118. Kami berterima kasih

Winfried EH Blum dan Jasmin Schiefer dari Universitas Sumber Daya Alam dan Kehidupan

Sciences Vienna (BOKU) atas bantuannya dalam pengambilan sampel tanah di CZO

Marchfeld/Fuchsenbigl.

Referensi

Bach, EM, Hofmockel, KS, 2014. Metode isolasi agregat tanah mempengaruhi ukuran

aktivitas enzim ekstraseluler intra-agregat. Biologi Tanah dan Biokimia 69, 54–

62. doi:10.1016/j.soilbio.2013.10.033

Beauchamp, EG, Seech, AG, 1990. Denitrifikasi dengan ukuran agregat tanah yang berbeda

diperoleh dari pengayakan kering dan pengayakan dengan air. Biologi dan Kesuburan Tanah

10, 188–193. doi:10.1007/BF00336134

Blaud, A., Chevallier, T., Virto, I., Paul, A.-L., Chenu, C., Brauman, A., 2014. Bakteri

struktur komunitas dalam mikroagregat tanah dan bahan organik partikulat

fraksi yang terletak di luar atau di dalam makroagregat tanah. Pedobiologi 57, 191–194.

doi:10.1016/j.pedobi.2014.03.005

Blaud, A., Lerch, TZ, Chevallier, T., Nunan, N., Chenu, C., Brauman, A., 2012. Dinamika

komunitas bakteri dalam kaitannya dengan pembentukan agregat tanah selama

dekomposisi jerami padi berlabel 13C. Ekologi Tanah Terapan 53, 1–9.

doi:10.1016/j.apsoil.2011.11.005

Cambardella, CA, Elliott, ET, 1993. Metode pemisahan dan karakterisasi fisik

fraksi bahan organik tanah. Geoderma 56, 449–457. doi:10.1016/0016-

7061(93)90126-6

Caporaso, JG, Kuczynski, J., Stombaugh, J., Bittinger, K., Bushman, FD, Costello, EK,

Fierer, N., Peña, AG, Goodrich, JK, Gordon, JI, Huttley, GA, Kelley, ST,

Ksatria, D., Koenig, JE, Ley, RE, Lozupone, CA, McDonald, D., Muegge, BD,

Pirrung, M., Reeder, J., Sevinsky, JR, Turnbaugh, PJ, Walters, WA, Widmann, J.,

22
Machine Translated by Google

Yatsunenko, T., Zaneveld, J., Knight, R., 2010. QIIME memungkinkan analisis tingkat tinggi

data pengurutan komunitas throughput. Metode Alam 7, 335–336.

doi:10.1038/nmeth.f.303

Caporaso, JG, Lauber, CL, Walters, WA, Berg-Lyons, D., Lozupone, CA, Turnbaugh,

PJ, Fierer, N., Knight, R., 2011. Pola global keanekaragaman 16S rRNA pada kedalaman

jutaan urutan per sampel. Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional

108, 4516–4522. doi:10.1073/pnas.1000080107

Chotte, J.-L., Joctor Monrozier, L., Villemin, G., Albrecht, A., Mulongoy, K., Merckx, R.,

1993. Habitat mikro tanah dan pentingnya metode fraksinasi, dalam: Tanah

Dinamika Bahan Organik dan Keberlanjutan Pertanian Tropis. IITA, Ibadan,

hlm.39–45.

Chotte, JL, Schwartzmann, A., Bally, R., Jocteur Monrozier, L., 2002. Perubahan bakteri

komunitas dan keanekaragaman Azospirillum di fraksi tanah tropis di bawah 3 atau

19 tahun lahan kosong alami. Biologi Tanah dan Biokimia 34, 1083–1092.

doi:10.1016/S0038-0717(02)00041-X

Clark, IM, Hirsch, PR, 2008. Kelangsungan hidup DNA bakteri dan bakteri yang dapat dibiakkan di arsip

tanah dari percobaan Rothamsted Broadbalk. Biologi dan Biokimia Tanah 40,

1090–1102. doi:10.1016/j.soilbio.2007.11.021

Clarke, KR, Green, RH, 1988. Desain dan analisis statistik untuk “efek biologis”

belajar. Seri Kemajuan Ekologi Laut 46, 213–226.

Davinic, M., Fultz, LM, Acosta-Martinez, V., Calderon, FJ, Cox, SB, Dowd, SE, Allen,

VG, Zak, JC, Moore-Kucera, J., 2012. Pyrosequencing dan mid-inframerah

spektroskopi mengungkapkan stratifikasi agregat yang berbeda dari komunitas bakteri tanah dan

komposisi bahan organik. Biologi Tanah dan Biokimia 46, 63–72.

doi:10.1016/j.soilbio.2011.11.012

Edgar, RC, 2013. UPARSE: urutan OTU yang sangat akurat dari amplikon mikroba

membaca. Metode Alam 10, 996–998. doi:10.1038/nmeth.2604

Fall, S., Nazaret, S., Chotte, JL, Brauman, A., 2004. Kepadatan bakteri dan komunitas

struktur yang terkait dengan fraksi ukuran agregat dari gundukan rayap pemakan tanah.

Ekologi Mikroba 48, 191–199. doi:10.1007/s00248-003-1047-2

Gupta, VVSR, Germida, JJ, 1988. Distribusi biomassa mikroba dan aktivitasnya di

kelas ukuran agregat tanah yang berbeda yang dipengaruhi oleh budidaya. Biologi Tanah dan

Biokimia 20, 777–786. doi:10.1016/0038-0717(88)90082-X

23
Machine Translated by Google

Halverson, LJ, Jones, TM, Firestone, MK, 2000. Pelepasan Zat Terlarut Intraseluler oleh Empat

Bakteri Tanah Terkena Stres Pengenceran. Jurnal Masyarakat Ilmu Tanah Amerika 64,

1630.doi:10.2136/sssaj2000.6451630x

Helgason, BL, Walley, FL, Germida, JJ, 2010. Pengelolaan tanah tanpa pengolahan meningkat

biomassa mikroba dan mengubah profil komunitas dalam agregat tanah. Tanah Terapan

Ekologi 46, 390–397. doi:10.1016/j.apsoil.2010.10.002

Kelompok Kerja IUSS WRB, 2006. Basis referensi dunia untuk sumber daya tanah 2006, Tanah dunia

perwakilan sumber daya 103. ed. FAO, Roma.

Jocteur Monrozier, L., Ladd, JN, Fitzpatrick, RW, Foster, RC, Rapauch, M., 1991.

Komponen dan kandungan biomassa mikroba fraksi ukuran pada tanah kontras

pengumpulan. Geoderma 50, 37–62. doi:10.1016/0016-7061(91)90025-O

Kanazawa, S., Filip, Z., 1986. Distribusi mikroorganisme, total biomassa, dan enzim

aktivitas di berbagai partikel tanah coklat. Ekologi Mikroba 12, 205–215.

doi:10.1007/BF02011205

Kandeler, E., Tscherko, D., Bruce, KD, Stemmer, M., Hobbs, PJ, Bardgett, RD,

Amelung, W., 2000. Struktur dan fungsi komunitas mikroba tanah di

mikrohabitat tanah yang tercemar logam berat. Biologi dan Kesuburan Tanah 32, 390–
400.doi:10.1007/s003740000268

Kravchenko, AN, Negassa, WC, Guber, AK, Hildebrandt, B., Marsh, TL, Rivers, ML,

2014. Struktur pori intra-agregat mempengaruhi komposisi filogenetik bakteri

komunitas dalam makroagregat. Jurnal Masyarakat Ilmu Tanah Amerika 78, 1924.

doi:10.2136/sssaj2014.07.0308

Lair, GJ, Zehetner, F., Hrachowitz, M., Franz, N., Maringer, F.-J., Gerzabek, MH, 2009.

Penanggalan lapisan tanah di dataran banjir muda menggunakan kristalinitas oksida besi. Kuarter

Geokronologi 4, 260–266. doi:10.1016/j.quageo.2008.11.003

Lamarre, C., Sokol, S., Debeaupuis, J.-P., Henry, C., Lacroix, C., Glaser, P., Coppée, J.-Y.,

François, J.-M., Latgé, J.-P., 2008. Analisis transkriptomik keluar dari dormansi

dari konidia Aspergillus fumigatus. Genomik BMC 9, 417. doi:10.1186/1471-2164-9-

417

Lensi, R., Clays-Josser, A., Jocteur Monrozier, L., 1995. Denitrifier dan aktivitas denitrifikasi

dalam ukuran fraksi mollisol di bawah padang rumput permanen dan budidaya berkelanjutan.

Biologi Tanah dan Biokimia 27, 61–69. doi:10.1016/0038-0717(94)00132-K

24
Machine Translated by Google

Manter, DK, Vivanco, JM, 2007. Penggunaan primer ITS, ITS1F dan ITS4, untuk mengkarakterisasi

kelimpahan dan keanekaragaman jamur dalam sampel template campuran berdasarkan qPCR dan panjangnya

analisis heterogenitas. Jurnal Metode Mikrobiologi 71, 7–14.

doi:10.1016/j.mimet.2007.06.016

McMurdie, PJ, Holmes, S., 2013. phyloseq: Paket R untuk Interaktif yang dapat direproduksi

analisis dan grafik data sensus mikrobioma. PLoS SATU 8, e61217.

doi:10.1371/journal.pone.0061217

Mendes, IC, Bandick, AK, Dick, RP, Bottomley, PJ, 1999. Biomassa mikroba dan

aktivitas dalam agregat tanah yang dipengaruhi oleh tanaman penutup musim dingin. Masyarakat Ilmu Tanah

Jurnal Amerika 63, 873. doi:10.2136/sssaj1999.634873x

Penton, CR, Vadakattu, VSRG, Yu, J., Tiedje, JM, 2016. Ukuran Penting: Menilai

Ukuran Sampel Tanah Optimal untuk Analisis Struktur Komunitas Jamur dan Bakteri

Menggunakan Urutan Throughput Tinggi Amplikon Gen rRNA. Perbatasan di

Mikrobiologi 7, 824. doi:10.3389/fmicb.2016.00824

Pylro, VS, Roesch, LFW, Morais, DK, Clark, IM, Hirsch, PR, Tótola, MR, 2014.

Analisis data untuk profil mikroba 16S dari sekuensing benchtop yang berbeda

platform. Jurnal dari Mikrobiologis Metode 107, 30–37.

doi:10.1016/j.mimet.2014.08.018

Tim Inti Pengembangan R, 2015. R: bahasa dan lingkungan untuk komputasi statistik.

Ranjard, L., Nazaret, S., Gourbiere, F., Thioulouse, J., Linet, P., Richaume, A., 2000. Tanah

studi skala mikro untuk mengungkap heterogenitas dampak Hg(II) pada bakteri asli

dengan kuantifikasi fenotipe yang diadaptasi dan analisis DNA komunitas

sidik jari. Ekologi Mikrobiologi FEMS 31, 107–115. doi:10.1111/j.1574-

6941.2000.tb00676.x

Ririe, KM, Rasmussen, RP, Wittwer, CT, 1997. Diferensiasi produk dengan analisis

Kurva peleburan DNA selama reaksi berantai polimerase. Biokimia Analitik

245, 154–160. doi:10.1006/abio.1996.9916

Sainju, UM, 2006. Kolam karbon dan nitrogen dalam agregat minyak dipisahkan oleh kering dan basah

metode pengayakan. Ilmu Tanah 171, 937–949. doi:10.1097/01.ss0000228062.30958.5a

Sainju, UM, Terrill, TH, Gelaye, S., Singh, BP, 2003. Agregasi tanah dan karbon dan

kolam nitrogen di bawah kacang Rhizoma dan gulma abadi. Masyarakat Ilmu Tanah

Jurnal Amerika 67, 146–155.

25
Machine Translated by Google

Schutter, ME, Dick, RP, 2002. Profil komunitas mikroba dan aktivitasnya

kumpulan tanah bera musim dingin dan tanah yang ditanami penutup tanah. Masyarakat Ilmu Tanah Amerika

Jurnal 66, 142–153.

Seech AG dan Beauchamp EG, Denitrifikasi pada agregat tanah dengan ukuran berbeda, Tanah

Sains. sosial. Saya. J.52, 1988, 1616–1621.

Sessitsch, A., Weilharter, A., Gerzabek, MH, Kirchmann, H., Kandeler, E., 2001. Mikroba

struktur populasi dalam fraksi ukuran partikel tanah dari lahan pupuk jangka panjang

percobaan. Mikrobiologi Terapan dan Lingkungan 67, 4215–4224.

doi:10.1128/AEM.67.9.4215-4224.2001

Sey, BK, Manceur, AM, Whalen, JK, Gregorich, EG, Rochette, P., 2008. Skala kecil

heterogenitas dalam produksi karbon dioksida, dinitrogen oksida dan metana dari

agregat dari tanah lempung berpasir yang dibudidayakan. Biologi Tanah dan Biokimia 40, 2468–

2473. doi:10.1016/j.soilbio.2008.05.012

Tsiknia, M., Tzanakakis, VA, Paranychianakis, NV, 2013. Wawasan tentang peran

vegetasi pada siklus nitrogen di lahan irigasi limbah. Ekologi Tanah Terapan 64,

104–111. doi:10.1016/j.apsoil.2012.10.010

Vaisanen, RK, Roberts, MS, Garl, JL, Frey, SD, Dawson, LA, 2005. Fisiologis dan
karakterisasi molekuler komunitas mikroba yang terkait dengan air yang berbeda

kelas ukuran agregat yang stabil. Biologi dan Biokimia Tanah 37, 2007–2016.

doi:10.1016/j.soilbio.2005.02.037

Yoder, RE, 1936. Metode langsung analisis agregat tanah dan studi fisik

sifat kerugian erosi. Jurnal Masyarakat Agronomi Amerika 28, 337–351.

26
Machine Translated by Google

Informasi tambahan

Tabel S1. Deskripsi primer yang digunakan untuk menargetkan setiap komunitas dan anil
suhu setiap tes Q-PCR.

anil
Target
Pertama Urutan 5'-3' suhu. (°C) Referensi
gen
dan waktu

Bakteri 519F GCCAGCAGCCGCGGTAAT jalur, 1991

58 (30 detik)
16SrRNA 907R CCGTCAATTCCTTTGAGTTT Stubner dan Meuser, 2000

kuno Lengkungan 0025F CTGGTTGATCCTGCCAG Vetriani dkk., 1999

58 (30 detik)
16SrRNA Lengkungan 364R ACGGGGCGCACGAGGCGCGA Vetriani dkk., 1999

jamur ITS1f TCCGTAGGTGAACCTGCGG Gardes dan Bruns, 1993

50 (45 detik)
DIA 5,8 detik CGCTGCGTTCTTCATCG Vilgalys dan Hester, 1990

nifH nifHF AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC Rösch dan Bothe, 2005

62,5 (60 detik)
nifHRb TGSGCYTTGTCYTCRCGGATBGGCAT Rösch dan Bothe, 2005

milik kita amoA_F GGHGACTGGGAYTTCTGG Holmes dkk., 1995

55,3 (30 detik)
Bakteri cintaA_R CCTCKGSAAGCCTTCTTC Okano dkk., 2004

milik kita amoAF STATEGGTCTGGCTTAGACG Fransiskus dkk., 2005

55 (35 detik)
Arkea amoAR GCGGCCATCCATCTGTATGT Fransiskus dkk., 2005

narG NARG F.Sejarah pertemuanNARG F TCGCCSATYCCGGCSATGTC López-Gutiérrez dkk., 2004

63 (30 detik)
NARG R GAGTTGTACCAGTCRGCSGAYTCSG López-Gutiérrez dkk., 2004

nirS NIRS4Q F GTSAACGYSAAGGARACSGG Braker dkk., 1998

63 (30 detik)

NIRS6Q R GASTTCGGRTGSGTCTTSAYGAA Braker dkk., 1998

baikZ nosZ1840_F CGCRACGGCAASAAGGTSMSSGT Henry dkk., 2006

67 (30 detik)

nosZ2090_R CAKRTGCAKSGCRTGGCAGAA Henry dkk., 2006

27
Machine Translated by Google

Tabel S2. Tabel ikhtisar ANOVA distribusi agregat berdasarkan lokasi, tanah
pecahan dan metode pengayakan sebagai faktornya. Nilai P yang signifikan (P <0,05) ditunjukkan dalam huruf tebal.

Faktor nilai F nilai P

Situs 0,04 0,84

Pecahan 31.93 9.64 10- 10

Pengayakan 0,07 0,79

Situs: pecahan 5.45 0,004

Situs: pengayakan 0,0043 0,95

Pecahan: pengayakan 26.12 9.83 10-9

Situs:pecahan:pengayakan 8.65 0,00024

28
Machine Translated by Google

Tabel S3. Tabel ikhtisar ANOVA tentang kelimpahan relatif gen mikroba, dengan lokasi, fraksi tanah, dan metode penyaringan sebagai faktornya.

Nilai P yang signifikan (P <0,05) ditunjukkan dalam huruf tebal.

Faktor Bakteri jamur nifH AOB AOA narG nirS baikZ

Situs nilai F 296.87 65.35 277.08 116.70 6.36 0,69 191.4 147.83

Nilai P <2 10-16 6,09 10-10 <2 10-16 1,99 10-13 0,016 0,41 <2 10-16 1.14 10-14

Pecahan nilai F 3.06 0,55 1.01 0,94 0,88 0,49 1.06 0,73

nilai P 0,027 0,70 0,41 0,45 0,49 0,75 0,39 0,57

Pengayakan nilai F 0,996 1.35 3.67 12.66 1.36 3.34 18.28 10.07

nilai P 0,324 0,25 0,06 0,00098 0,25 0,07 0,0001 0,003

Situs: pecahan nilai F 2.49 1.24 0,37 1.29 0,86 2.49 0,43 0,86

nilai P 0,059 0,31 0,82 0,29 0,50 0,06 0,78 0,50

Situs: pengayakan nilai F 0,52 1,90 0,38 0,03 0,24 0,07 0,0007 0,50

nilai P 0,47 0,17 0,54 0,86 0,62 0,79 0,98 0,48

Pecahan: pengayakan nilai F 1.45 0,53 0,16 0,19 0,60 0,062 0,18 0,079

nilai P 0,24 0,71 0,96 0,94 0,67 0,99 0,94 0,99

Situs:pecahan:pengayakan nilai F 0,41 1.26 1.37 0,87 1.60 0,58 0,56 0,59

nilai P 0,80 0,30 0,26 0,49 0,19 0,68 0,69 0,67

29
Machine Translated by Google

Tabel S4. Tabel ikhtisar ANOVA gen mikroba yang dinyatakan sebagai persentase salinan gen bakteri 16S rRNA, dengan situs, tanah

pecahan dan metode pengayakan sebagai faktornya. Nilai P yang signifikan (P <0,05) ditunjukkan dalam huruf tebal.

Faktor nifH/ 16S rRNA AOB/ 16S rRNA narG/ 16S rRNA nirS/ 16S rRNA nosZ/ 16S rRNA
Situs nilai F 33.47 1391.1 34.31 2.56 0,01

nilai P 9.50 10-7 <2.2 10-16 7.49 10-7 0,12 0,91

Pecahan nilai F 8.13 6.92 0,85 11.56 8.57

nilai P 6,80 10-5 0,00025 0,5 2.48 10-6 4,94 10-5

Pengayakan nilai F 4.44 19.63 0,14 47.6 26.84

nilai P 0,041 7.13 10-5 0,71 2.58 10-8 7.54 10-6

Situs: pecahan nilai F 2.33 4.86 1.61 2.59 8.36

nilai P 0,07 0,0027 0,19 0,051 6.12 10-5

Situs: pengayakan nilai F 4.95 0,32 2.8 1.026 0,27

nilai P 0,03 0,58 0,1 0,32 0,61

Pecahan: pengayakan nilai F 3.06 3.2 0,44 5.17 3.88

nilai P 0,027 0,02 0,78 0,0019 0,01

Situs:pecahan:pengayakan nilai F 3.71 1.4 0,15 2.51 3.64

nilai P 0,01 0,24 0,96 0,57 0,01

30
Machine Translated by Google

Tabel S5. Tabel ikhtisar ANOVA tentang kelimpahan relatif filum bakteri, dengan lokasi, fraksi tanah, dan metode penyaringan sebagai faktornya.

Nilai P yang signifikan (P <0,05) ditunjukkan: * P <0,05; **P <0,01; *** P < 0,001.

Faktor Situs Pengayakan Pecahan Situs: fraksi Situs: pengayakan Pecahan: pengayakan Situs: pecahan: pengayakan

bakteri asam * *** ** * ***

Aktinobakteri *** *** * ** **

kapal perang *** * ***

Bakteriodet * *** *

Klorobi *

Klorofleksi * *** *** *

*** ** *
Sianobakteri

Firmicute * *** ***

Gematimonadet *** *

*** *** **
Nitrospira
*** **
Planctomycetes
*** ***
Proteobakteri

Verrukomikrobia *** **

WS3 *

31
Machine Translated by Google

Gambar.S1. Variasi kelimpahan gen mikroba air dari metode pengayakan basah. Semua

kelimpahan dinyatakan berdasarkan 1 g massa kering tanah yang difraksinasi. Berarti nilai ±

kesalahan standar (n = 3) ditampilkan. * menunjukkan perbedaan yang signifikan (P <0,05) antara

lahan pertanian dan padang rumput untuk gen tertentu. AOB: bakteri amoA. AOA: amoA archaea.

32
Machine Translated by Google

Gambar.S2. PCoA komunitas archaeal dari empat fraksi tanah yang diperoleh dengan pengayakan kering atau basah

metode dan tanah curah dari lahan pertanian dan padang rumput. PCoA didasarkan pada relatif

kelimpahan OTU dan dihasilkan menggunakan jarak Bray-Curtis. Sampel diisolasi dari

sampel lainnya sesuai dengan air dari pengayakan basah.

33
Machine Translated by Google

Gambar.S3. PCoA komunitas archaeal dari empat fraksi tanah yang diperoleh dengan pengayakan kering atau basah

metode dan tanah curah dari lahan pertanian (atas) dan padang rumput (bawah). PCoA didasarkan pada

kelimpahan relatif OTU dan dihasilkan menggunakan jarak Bray-Curtis.

34

Lihat statistik publikasi