Jurnal Internasional

Ilmu Molekuler

Artikel
Gradien degenerasi pohon poplar berkontribusi pada keragaman
taksonomi, fungsional, dan resistom komunitas bakteri di
tanah rhizosfer
1,2 *
Juan Liu 1.†, Xiangwei He 1,2.†, Jingya Sun 1 dan Yuchao Ma ,

1
Departemen Mikrobiologi, Sekolah Tinggi Ilmu Biologi dan Bioteknologi, Universitas Kehutanan
Beijing, Beijing 100083 , Cina; cfb0405@163.com (JL); hexiangwei@bjfu.edu.cn (X.H.);
sunjingya0303@163.com (JS)
2
Pusat Inovasi Lanjutan Beijing untuk Pemuliaan Pohon dengan Desain Molekuler , Universitas
Kehutanan Beijing,
Beijing 100083, Tiongkok
* Korespondensi: mayuchao@bjfu.edu.cn; Telp.: +86-(10)-6233-8830
† J.L. dan X.H. berkontribusi sama untuk pekerjaan ini.

BY) (https:// creativecommons.org/licenses/by/ 4.0/).

Periksa ROR
Memperbarui

Kutipan: Liu, J.; Dia, X.; Matahari, J.;

Ma, Y. Gradien degenerasi pohon

poplar berkontribusi pada

keragaman taksonomi, fungsional,

resistomd dari komunitas bakteri

di tanah rhizosfer. Int. J. Mol.

Sci.
2021, 22, 3438. https://doi.org/
10.3390/ijms22073438

Editor Akademik:
Raffaella Maria Balestrini

Diterima: 1 Maret 2021

Diterima: 23 Maret 2021
Diterbitkan: 26 Maret 2021

Catatan Penerbit: MDPI tetap netral

sehubungan dengan klaim yurisdiksi

dalam peta yang diterbitkan dan affil -

iations institusional.

Hak Cipta: © 2021 oleh penulis.

Pemegang Lisensi MDPI , Basel,

Swiss. Artikel ini adalah artikel

akses terbuka yang didistribusikan di
bawah syarat dan ketentuan lisensi

Creative Commons Attribution (CC

Abstrak: Komunitas bakteri Mesorhizobium, Nocardioides, Variovorax, Gemmatimonadetes, Rhizobacter, Pedosphaera, Candidatus
yang terkait dengan akar
Solibacter, Acidobacterium , dan Phenylobacterium , sebagai kandidat untuk mencerminkan kesuburan
mempengaruhi kesehatan
tanah dan kesehatan plant. Kelimpahan gen resistensi multidrug tertinggi dan empat
dan nutrisi tanaman
mekanisme resistensi mikroba utama (efflux antibiotik, perlindungan target antibiotik,
inang. Namun, perbedaan
mikrobioma tidak dipahami
perubahan target antibiotik, dan penggantian target antibiotik) di rhizosphere poplar yang
sehat, cor- menguatkan hubungan antara kesuburan tanah dan aktivitas mikroba. Hasil ini
dengan baik dalam kondisi
sehat yang berbeda. Di sini,
menunjukkan bahwa tanah rhizosfer yang sehat menyimpan mikroba dengan kapasitas er
kami menguji hipotesis yang tinggi dan memiliki jaringan interaksi mikroba yang lebih kompleks untuk mendorong
bahwa keanekaragaman pertumbuhan tanaman dan mengurangi tingkat antibiotik intraseluler. Temuan kami
dan fungsi mikroba tanah menunjukkan korelasi antara gradien degenerasi tanaman dan komunitas bakteri, dan memberikan
rhizosfer bervariasi di gambaran tentang peran komunitas mikroba dengan pergantian tinggi serta PGPB potensial sebagai
sepanjang gradien indikator real-time kualitas tanah kehutanan, dan menunjukkan interaksi batin yang disumbangkan
degenerasi poplar, dengan oleh komunitas bakteri.
fokus pada bakteri
pendorong pertumbuhan Kata kunci: degenerasi poplar; analisis metagenomik; komunitas mikroba; jalur metabolisme;
tanaman (PGPB) dan gen Genom resistensi
resistensi antibiotik. Analisis
metagenomik komprehensif
termasuk penyelidikan
1. Perkenalan
taksonomi, deteksi
fungsional, dan anotasi ARG Tanah rhizosfer yang dipengaruhi oleh sekresi akar mengandung hingga seratus miliar
(gen resistensi antibiotik) sel mikroba per gram akar [1] dan sekitar tiga puluh ribu spesies prokariotik [2]. Sebagai
mengungkapkan bahwa genom kedua tanaman, komunitas mikroba terkait akar yang kompleks sangat penting
kalium (AK) yang tersedia untuk nutrisi dan kesehatan tanaman [3]. Berbagai senyawa organik termasuk karbohidrat,
berkorelasi dengan asam organik, fenol, dan zat lain yang dikeluarkan oleh akar tanaman di tanah sekitarnya,
keragaman dan fungsi yang merupakan sumber nutrisi dan vitamin untuk berbagai bakteri, merangsang
mikroba. Kami mengusulkan perkembangan komunitas mikroba tanah dan mengubah aktivitas dan distribusi
ekologis mereka [2,4]. Mikroba bersaing untuk nutrisi dan ruang dengan banyak mikroba
beberapa mikroba,
lain di rhizosfer untuk mempengaruhi mereka sampai batas tertentu melalui jaringan
Bradyrhizobium, interaksi yang kompleks. Mikrobioma bermanfaat yang terkait dengan akar, termasuk apa
Sphingomonas, yang disebut bakteri promosi pertumbuhan tanaman (PGP), dapat berkontribusi untuk
mengurangi stres tanaman oleh varietas

Int. Mol. Sci. 2021, 22, 3438. https://doi.org/10.3390/ijms22073438 https://www.mdpi.com/journal/ijms

Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 2 arab
3438

mekanisme [5]. Diantaranya, bakteri PGP dapat secara langsung meningkatkan penyerapan
mikronutrien dan mempengaruhi homeostasis fitohormon, atau secara tidak langsung
merangsang sistem kekebalan tanaman terhadap fitopatogen [6] dan memperbaiki
tekstur dan struktur tanah [5,7]. Bukti terbaru menunjukkan bahwa perbedaan di antara
spesies tanaman ketika ditanam di tanah yang sama atau antara genotipe tanaman
memiliki dampak signifikan pada mikrobioma rhizosfer [8,9]. Namun, kami tidak
dapat merumuskan bagaimana mikrobiota akar berubah di bawah fenotipe tanaman yang
berbeda, terutama vegetasi buatan di bawah conditio ns alami.
Sebagai organisme abadi berkayu, Populus telah menjadi model untuk wawasan
tentang hipotesis mekanistik yang terkait dengan interaksi tanaman-mikroba karena tingkat
pertumbuhannya yang cepat dan urutan genom penuh. Beberapa penelitian telah
menunjukkan bahwa mikroba isolates dari poplar dapat meningkatkan kesehatan,
pertumbuhan, perkembangan dan ketahanan terhadap tekanan biotik dan abiotik inang
tanaman mereka [10-12]. Mikrobioma inti dan bioma mikro tingkat ceruk poplar dibedah
dan keanekaragaman arkaeal/bakteri dari tanah rhizosfer lebih kaya daripada di daun,
batang dan akar terlepas dari genotipe tanaman [13]. Komposisi mikrobioma rhizosfer
poplar berbeda secara signifikan di seluruh gradien atau genotipe lingkungan [14,15].
Namun, sedikit yang diketahui bahwa perakitan dan pergeseran konsorsium mikroba di
dalam atau di antara fenotipe Populus.
Populus tidak hanya digunakan dalam industri kertas, sebagai bahan bakar turunan
selulosa alas tikar mentah, tetapi juga biasanya dalam penghijauan buatan untuk
melindungi erosi tanah. Pemulihan vegetasi tidak diragukan lagi merupakan langkah
penting untuk mengurangi polusi udara, mencegah angin dan memperbaiki pasir, dan
mengatasi penggurunan dan pemanasan global [16-18]. Banyak negara dan wilayah
telah melakukan program perlindungan hutan alam dan budidaya hutan buatan [19], di
antaranya Three North Shelterbelt yang dikenal sebagai "Green Wall of China" sebagai
salah satu contoh tipikal. Selama beberapa dekade pembangunan Three-North
Shelterbelt, banyak penelitian yangdilakukan evaluasi berdasarkan pencapaiannya, dan
manfaat ekologis yang luas yang diperoleh tidak diragukan lagi [20–22]. However, dalam
beberapa tahun terakhir, dengan dampak perubahan iklim dan aktivitas manusia,
degenerasi pohon Populus skala besar dengan gejala dieback dan tren yang
memperburuk sebagian telah diamati di beberapa daerah dari hutan buatan [23].
Terutama di Kabupaten Zhangbei di Provinsi Hebei, hampir sepertiga dari pohon
Populus, sebagai spesies utama di hutan buatan setempat, menunjukkan degenerasi luas
yang cepat [24].
Banyak penelitian telah dikemukakan untuk menjelaskan faktor-faktor alam
yang menyebabkan degra- dation dari aspek metode penghijauan, sifat fisik dan kimia
tanah , kondisi iklim dan lingkungan dan Fisiol Pohon- Ogy [19,25–27]. Perubahan
suhu dan curah hujan memperburuk frekuensi dan intensitas kekeringan, serta
ketidakcocokan waktu antara permintaan sumber daya dan pasokan sumber daya lokal
dan regional, meningkatkan stres dan kematian tanaman menurut survei hutan buatan [
25,26]. Penyakit busuk bakteri poplar dan nutrisi tanah yang tidak mencukupi juga
dikaitkan dengan degenerasi dan kematian [27-30]. Namun, beberapa penelitian telah
secara langsung menyelidiki profil genetik komunitas mikroba akar poplar , dan ada
kesenjangan pengetahuan dalam memahami keragaman taksonomi, fungsional, dan
resistom mikroorganisme rhizosfer poplar dalam kondisi kesehatan yang berbeda. Di
sini, kami berhipotesis bahwa keanekaragaman dan fungsi mikroba tanah rhizosfer
bervariasi sepanjang gradien degener- asi poplar. Dalam penelitian ini, berdasarkan
platform pengurutan metagenom Illumina PE150, struktur komunitas mikroba,
fungsional, dan gen resistensi tanah rhizosfer Populus dianalisis secara komparatif untuk
Populus yang tidak didegenerasi, merosot sedang, dan benar-benar merosot, masing-masing
(Gambar 1a). Hasil ini dalam analisis komparatif komposisi mikrobioma akan meletakkan
dasar untuk mengungkapkan lebih lanjut mekanisme interaksi antara Populus dan
mikroorganisme rhizosfernya, dan juga memberikan dasar teoretis untuk budidaya
Populus secara rasional sebagai spesies pohon ekologis.
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 3 arab
3438

C M H
**
**

b
800

15
300 600

*
**
AP (mg

MBC
AK

10
400
200

5
* 200
**
100

C M
H C M C M H
H
*
0,07 * * 125

**
100 *
2.2 0.06
MBN(mg

75
0.05
TK

TP

2.0

0.04

50
1.8
0.03

25
0.02
C M H C M C M H
H
*
7.25
0.30

7.00 60
0.25
OM(g

TN
P

6.75 0.20
40 *
*

6.50 0.15

20
* 0.10
6.25
**

C M H
C M C M H
H

Gambar 1. Kondisi pertumbuhan pohon poplar di lokasi pengambilan sampel dan perbandingan faktor fisik dan kimia
antar kelompok. (a) Diagram aktual dari berbagai keadaan pertumbuhan poplar. Poplar dalam kondisi tidak
terdegradasi (C); Poplar terdegradasi sedang dari puncak pohon (M); C poplar yang terdegradasi (H); (b) variasi sifat
tanah antara kelompok yang berbeda, dengan sampel paralel yang berbeda dalam kelompok ditetapkan sebagai titik
hitam. ** p < 0,01, * p < 0,05 (Setelah tes Shapiro-Wilk dan Levene, Anova dengan metode LSD atau tes Kruskal–
Wallis dan perbandingan ganda dengan metode Bonferroni dilakukan .).
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 4 arab
3438

2. Hasil dan Pembahasan

2.1. Karakterisasi Tanah Populus dan Rhizosphere
Tiga plot representatif (C, M dan H) didefinisikan berdasarkan degen- erasi Derajat
dan si pertumbuhan Karakterisasi arab Populus adalah Membawa keluar (Gambar 1a).
Si pohon Fitur arab H komplot adalah tidak Terdeteksi karena si mati Pohon adalah
Diakui ke telah ditebang dan dibersihkan oleh otoritas setempat, hanya menyisakan
tunggul. Rata-rata diameter pada tinggi payudara (DBH) dan trketinggian pohon poplar
adalah 15,46 cm dan 21,49 m di plot C, tetapi masing-masing hanya 11, 56 dan 18, 30 m
di plot M. Dalam plot M, lebih dari 92% arab si Pohon berpengalaman Treetop
Kekeringan ke Berbagai Derajat dan si tengah Tinggi arab si bagian kering adalah 6, 82
m. Kepadatan kanopi keseluruhan C adalah 0,83, yaitu M hanya 0,54 (Tabel S1) karena
×
matinya pohon. Selain itu, pengambilan sampel lima titik (1 m 1 m) dilakukan dengan
menggunakan prinsip diagonal pada plot C, M, dan H ke bawahberdiri kekayaan spesies
di setiap plot (Tabel S2). Cakupan spesies rata-rata C, M, dan H Adalah 17.2%, 71.8%,
dan 79.4%, masing-masing. Sebagai Treetops kering ke atas a turunkan Kanopi
Kepadatan di terdegradasi sedang komplot ke terima lebih Sinar matahari Dihasilkan di
Kaya rencanaNt jenis.
Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa karakteristik tanah tidak hanya dapat
mencerminkan produksi tanah, tetapi juga memainkan peran penting dalam membentuk
keanekaragaman dan struktur komunitas bakteri tanah di ekosistem terestrial [31]. Pohon
yang sehat memiliki efek signifikan yang kuat pada semua sifat fisik dan kimia tanah.
Sembilan karakteristik kimia tanah dipilihdan diukur untuk membandingkan perbedaan
antara kelompok C, M, dan H (Gambar 1b). Kandungan nitrogen total (TN), fosfor total (TP),
karbon biomassa mikroba (MBC), mikroba biomassa nitrogen (MBN), fosfor yang tersedia
(AP), kalium yang tersedia (AK), dan bahan organik (OM) tertinggi pada sampel C dengan
0,166%, 0,143%, 405,7 mg/kg, 77,2 mg/kg, 8,97 mg/kg, 282,94 mg/kg, 36,62 g/kg dan
secara nyata ( p < 0,05 atau p < 0,01) lebih tinggi daripada pada sampel H, yang serupa
antara tanah H dan M. Semua pH mendekati netral, tetapi menyajikan variasi yang
berbeda: sampel H > M > C (tren kasar) dengan masing-masing 6,72, 6,81, dan 7,06. Perlu
dicatat bahwa kandungan kalium total (TK) tertinggi dengan 2,21%, tetapi AK terendah
dengan masing-masing 119,7 mg/kg dalam H. Singkatnya, karakteristik tanah dengan co
ndition pertumbuhan Populus yang berbeda di daerah yang sama menunjukkan perbedaan
yang jelas, terutama antara C dan H ditambah M. Kesuburan tanah ditampilkan sepenuhnya
oleh karakteristik fisiologis dan biokimia, yang mungkin mengarah pada perbedaan
pertumbuhan Populus.

2.2. Hasil Sequencing

Si 18 tanah Sampel Dikenakan ke Metagenomik Sekuensing Dihasilkan lebih dari 101
Gb data mentah (rata-rata 5,6 Gb per sampel). Setelah kontrol kualitas dan penghapusan
poplarse- Kuensi (pembawa acara kontaminasi 0.663–0.06%), Disaring Sekuensing data
bagi contoh Berkurang menjadi 97,35% dari rata-rata data mentah. Perakitan bacaan
menggunakan megahit softwadalah menghasilkan rata-rata 636.794, 573.556 dan 504.433
scaftig masing-masing dalam C, M, dan H (Tabel S3). Panjang scaftigs N50 adalah antara
646 bp hingga 850 bp, dan orang-orang dari scaftigs N90 adalah≥ antara 520 Bp ke 539
Bp. Ini scaftigs ( 500 BP) adalah cberkilau Ke gen Katalog (Unigenes) sesudah ORF
(Buka Membaca Bingkai) Prediksi dan Penyaringan ( 100 nt). 9,660,445 tidak
≥
berlebihan ORF adalah Dihasilkan dari Metagenomik Perpustakaan di mana 0,21 juta
(15,1%) adalah ORF lengkap yang berisi awal dan akhir kodon. 49,89% dari unigenes dapat
ditugaskan untuk anotasi taksonomi, yang menunjukkan- Ing itu sana Adalah a besar
Sumber daya kolam bagi novel Fungsional gen di rhizosfer jadisi arab poplar shelterbelt.
Sekitar 99,86% dari total unigenes beranotasi adalah prokariotik (bakteri dan archaea).
Hanya 0,06% dan 0,01% dari unigenes yang diberi anotasi sebagai eukariotik (termasuk
jamur, protozoa, ganggang, dan tanaman) dan virus, masing-masing, dimendikte bahwa
Komunitas eukariotik dan virus telah diremehkan secara serius karena potensi- bias notasi.
Beberapa penelitian menemukan tingkat keragaman jamur yang umumnya tinggi dalam
asosiasi dengan akar poplar transgenik [32–34]. Namun, dalam penelitian ini, kelimpahan
eukariotik adalah hanya 0,03%, menunjukkan fitur unik komunitas mikroba di rhizosphere
poplar tameng hutan.
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 5 arab
3438

Persentase bakteri secara signifikan lebih tinggi pada sampel dari C daripada yang
dari M dan H (p = 0,0012, p = 0,00023), sedangkan proporsi archaea meningkat dari sampel
C ke sampel H (p = 0,012, p = 0,0011 ). Tiga jenis sampel berbagi 5.530.921 gen, dan
161.741 dan 108.437 gen ditemukan secara eksklusif dalam sampel H dan M, masing-
masing. Sebaliknya, sampel C mengandung sekitar enam kali lebih banyak gen aneh
daripada dua sampel lainnya (Gambar S1a), yang menunjukkan bahwa sampel C
dianotasi ke komunitas mikroba yang lebih kaya. Analisis korelasi antara sampel yang
berbeda mengungkapkan enam sampel paralel dalam setiap kelompok memiliki kesamaan
yang lebih tinggi, danperbedaan jenis (Gambar S1b).

2.3. Analisis Komparatif Komunitas Mikroba

Bray–Curtis jarak Matriks Adalah Digunakan bagi contoh Clustering analisis ke
membangun si seluruh prokariotik profil antara Sampel di beda Taksonomi tingkat dari
filum ke Genus. A seluruh arab 160 filum adalah sembuh dari semua Sampel. Si paling
melimpah bakteri filum adalah Proteobacteria ± (36.75% 6.85%), Acidobacteria ± (22.2%
5,7%), dan Actinobacteria
± (21.9% 2.9%) (Gambar 2a). Lima keluarga prokariotik paling
melimpah adalah Sphinogomonadaceae, Bradyrhizobiaceae, Phyllobacteriaceae,
Solirubrobacteraceae, dan Coba- Nomonadaceae, yang mana Terdiri di atas tengah 33.24%
arab si bakteri Masyarakat (Gambar 2b). Pada tingkat genus, Bradyrhizobium,
Sphingomonas, dan Solirubrobacter adalah yang paling banyak tiga melimpah lintang semua
Masyarakat (Gambar 2c).
Dengan membandingkan kelimpahan relatif prokariota di antara tiga lokasi
pengambilan sampel pada tingkat taksonomi yang disebutkan di atas, terungkap
perbedaan besar pada mikroba com- munities antara kelompok C dan H. Di antara
kelompok sampel thr ee, Proteobacteria adalah yang paling melimpah dari semua
filum yang menunjukkan perbedaan yang signifikan, dan kelimpahan dari C ke M
dan H menurun secara signifikan (q = 0,00018, q = 0,0042, Pengujian Hipotesis),
tetapi tidak ada perbedaan yang signifikan antara M dan H (Gambar 2 d). Keluarga
utama, termasuk Bradyrhizobiaceae, Sphingomonadaceae, Phyllobacteriaceae,
Nocardioidaceae, Coma- monadaceae, Caulobacteraceae, Gemmatimonadaceae,
Chitinophagaceae, Burkholderiaceae , dan Xanthomonadaceae , dan genera utama,
termasuk Bradyrhizobium, Sphingomonas, Mesorhi- zobium, Nocardioides, Variovorax,
Gemmatimonadetes, Rhizobacter, Pedosphaera, Candidatus Solibacter, Acidobacterium ,
dan Fenilabakterium, menunjukkan tren serupa (Gambar 2 e,f). Selain itu, Mesouhizobium,
Rhodoplanes, Luteitalea, dan Streptomyces juga merupakan mikroba dengankelimpahan
yang jelas y lebih tinggi pada kelompok C daripada pada kelompok H (q < 0,05), yang
serupa pada kelompok H dan M. Selain itu, kelimpahan Thermoleophilum pada tingkat
filum, Rubrobacter- aceae pada tingkat famili, Thermoleophilum dan Rubrobacter pada
tingkat genus menurun dari H ke C (q < 0,01).
Dalam hal prokariota, Proteobacteria, Actinobacteria dan Acidobacteria adalah filum
dominan, serta rhizosfer dari banyak inang lainnya [35,36]. Pada tingkat genus, Bradyrhi-
zobium dan Mesorhizobium mengandung spesies yang dikenal luas sebagai bakteri pengikat
nitrogen dengan kacang-kacangan, dan mereka memiliki kemampuan outstanding untuk
mempromosikan pertumbuhan non-legum melalui produksi indole-3-asam asetat (IAA)
dan siderophores, solubilisasi kalium dan fosfat [37]. Anggota genus Sphingomonas
meningkatkan tingkat pertumbuhan Arabidop- sis thaliana, mengubah struktur komunitas
mikroba rhizosfer tanaman di bawah tekanan kekeringan [38], dan mengurangi stres Cd
dalam pemerkosaan biji minyak thregulasi kasar siklus GSH- AsA dan enzim antioksidatif
[39]. Genus Variovorax memiliki potensi untuk mendorong pertumbuhan tanaman, karena
kemampuannya untuk menghidrolisis selulosa [40] dan untuk menghasilkan enzim dan zat
pertumbuhan tanaman seperti siderophores, IAA dan 1-aminocyclopropane-1-carboxylic
acid deaminase [41-43]. Kelimpahan relatif tinggi Verrucomicrobia ditemukan di tanah
padang rumput di hutan konifer [44], di rhizosfer Arabidopsis thaliana [45], poplar [46]
dan jagung [47,48], dan dalam padi akar [49–51]. Verrucomicrobia telah dibuktikan yang
memainkan peran penting dalam siklus karbon lingkungan dan degradasi sakarida (poli)
karena kepadatan pengkodean yang tinggi untuk gen hidrolase glikosida dalam genom
[52,53 ]. Memebers dari Verrucomicrobia dijajah di ruang antar sel dan di dalam sel akar
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 6 arab
3438
beras, dan menghasilkan IAA dan prekursornya IAM ( indole-acetamide) atau IPA (indole-
3-pyruvic
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 7 arab
3438

asam) untuk promosi pertumbuhan tanaman, menunjukkan aktivitas fosfatase asam

untuk sol- ubilisasi fosfat organik, dan memiliki juga gen untuk sitrat sintase [45].
Anggota genera Sphingomonas dan Variovorax dapat bertahan hidup dalam envi-
ronment nutrisi rendah, sering diisolasi dari tanah yang terkontaminasi minyak
karenaberbagai kemampuan xenobiotik-biodegradasi mereka [54,55]. Bakteri
Streptomyces, yang terkenal karena menghasilkan metabolit sekunder termasuk
antibiotik, dapat digunakan sebagai probiotik tanaman karena efek menguntungkan
pada tanaman dan tidak hanya ada di mana-mana di tanah, tetapi juga diisolasi dari
akar tanaman [56]. Singkatnya, beberapa anggota genera yang diperkaya dalam
rhizosphere poplar yang sehat dikenal sebagai mikroorganisme tanaman b, yang dapat
menjaga keseimbangan hormon, mempromosikan perolehan nutrisi dan pengembangan
sistem akar pada inang tanamannya, dan dengan demikian mencegah penyakit
tanaman.

a C
C4 Proteobacteria d CMH
MH C3 Actinobacteria 0.3
acidobacteria
C2 chloroflexi
C1 bacteroidetes
C5 verrucomicrobia
gemmatimonadetes
candidatus
C6 rokubacteria 0.2

Kelimpahan
M
cyanobacteria
planctomycetes
firmicutes

6
Nitrospirae
Thaumarchaeot
a

M
Euryarchaeota 0.1
Candidatus
Tectomicrobia

5
M 0.0
Jarak Bray-Curtis
2 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

0 0,1 0,2 0,3

M
1 e
b C

MH M CMH

4 Bradyrhizobiaceae

M3
H3
H1
H5
H2
H6
H4
0.
0

C4
Jarak
C3 C2
M5
Bray-
C1 C5

M2
Curtis
C6

0
M M1
60,3 M4
0,1
0,2
M3
M H3 H1 H5
5 H2 H6
M H4 0.0
2
0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
Jarak Bray-Curtis M
0 0,1 0,2 0,3 1
M4
M3
H3

c
C
H1 H5
M
H2
H
H6
H4
0.0

C4 C3
C2 C1

C5 C6

M
0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
6
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 8 arab
3438
M r
Sphingomonadaceae Nocardioidaceae s L ri t 0.06
V ut u i
a ei m m
Solirubrobacteraceae
y ri
o i ta
le
R
hi
o
n
f
Phyllobacteriaceae c
v
o
r u
a
C
o
z
o
b
a
s
CM
H

Comamonadaceae o
a
m
n
ex
ac
te 0
0.04

Kelimpahan
ib r c .
Mycobacteriaceae b
x ac P h 0
P
te e t
r d h 4
a R C os o 0.03

Kelimpahan
h
Pyrinomonadaceae Hyphomicrobiaceae u a p n
br

c
n h i
Caulobacteraceae e
o
b
ac
di
d
ae
ra
o
b

t at Kri a
Gemmatimonadaceae Acidobacteriaceae te bb
n
u c
Rubrobacteraceae Chitinophagaceae r s ell
t
0.02
a 0
e
Micromonosporaceae Streptomycetaceae R S T e
Burkholderiaceae Xanthomonadaceae h
y ol r .
Rhodospirillaceae o h
ib Say 0

r
Pseudonocardiaceae d e
ac an 2

l o r
te m qu
pl 0.01
i
r o ili
a S
o l nu
n p e s

u
es hi
St o

b
n p
re g
m pt h
o i 0.00
a
o p 0
m l
y u .
yc xi
c es m 0
s
P G A 0
e

t
yr ci
in m d
m g
o o e
at
Bradyrhizobium Sphingomonas Solirubrobacter

Mesorhizobium Nocardioides
m
o
na
e ir
os
a
b
ac
te
m
m
a

Gambar 2. Analisis komparatif komunitas bakteri pada tingkat taksonomi yang berbeda. (a–c) Metode kelompok pasangan
tanpa bobot dengan pengelompokan rata-rata aritmatika (UPGMA) berdasarkan jarak Bray–Curtis dan kelimpahan relatif
bakteri yang paling melimpah pada tingkat filum, famili, dan genus; (d–f) Bakteri indikator dengan perbedaan
signifikan antara kelompok C, M, dan H. "*" Remenyajikan nilai Adjust Q < 0,05, "**" mewakili nilai Adjust Q <
0,01.
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 9 arab
3438

Perlu dicatat bahwa hanya dua genera Thermoleophilum dan Rubrobacter yang
memiliki kandungan lebih tinggi dalam H daripada C. Thermoleophilum, Rubrobacter adalah
strain termofilik dan tahan radiasi [57], yang mungkin menjadi alasan mengapa mereka
dapat bertahan hidup di lingkungan rhizosfer yang relatif buruk. Penelitian telah
menunjukkan bahwa inang tanaman yang sama can merekrut mikroorgan- isme serupa
untuk membentuk lingkungan rhizosfer di tanah yang berbeda [58]. Dapat dilihat bahwa
ada sedikit perbedaan yang signifikan dalam keanekaragaman mikroba di antara semua
sampel, dan mikroba dominan banyak ditemukan di alam. Namun, dibandingkan dengan
sampel H dan M, gugus C memiliki mikrobioma yang lebih melimpah. Ini mungkin
menunjukkan pertukaran material yang lebih padat antara poplar rhizosfer dan inang
dalam kelompok C. Yang penting, bagaimana menghubungkan mereka dengan ketahanan
kekeringan dan ketahanan terhadap penyakit.

2.4. Analisis Korelasi Karakterisasi Tanah dan Komunitas Microbial

Dalam spesies inang, habitat dan jenis tanah, daripada latar belakang genetik inang,
memiliki efek yang lebih besar pada struktur keseluruhan mikrobioma , tetapi
keseimbangan efek faktor genetik dan tanah dalam habitat inang pada bakteri kurang jelas
[15,47,59, 60]. Menurut analisis komponen utama (PCA) dan analisis redundansi (RDA)
berdasarkan sifat fisikokimia tanah dan prokariota s yang paling melimpahdi antara
sampel, ketiga kelompok dipisahkan jelas pada tingkat filum, famili dan genus. Pada
tingkat filum, Bacteroidetes, Proteobacteria, Verrucomicrobia, Actinobacteria, dan
Gemmatinonadetes berkorelasi positif secara signifikan with OM dan AK, sedangkan
berkorelasi negatif dengan Candidatus Tectomicrobia dan Candidatus Rokubacteria (p <
0,05) ( Gambar 3a). Pada tingkat keluarga, Sphingomonadaceae, Comamonadaceae,
Nocardioidaceae, Hy- phomicrobiaceae, Caulobacteraceae, Bradyrhizobiaceae,
Phyllobacteriaceae , dan Mycobacteriaceae adalah korelasi positif yang signifikan
dengan AK dan OM (Gambar 3 b). Pada tingkat genus, Nocar- dioides, Variovorax,
Sphingomonas, Phenylobacterium, Rhodoplanes, Mesorhizobium, Bradyrhi- zobium,
Streptomyces, Mycobacterium , dan Luteitalea berkorelasi positif dengan AK dan TN
( Gambar 3c). Pyrinomonadaceae pada tingkat famili, dan Rubrobacter dan
Pyrinomonas pada tingkat genus adalah korelasi positif yang signifikan dengan pH
(Gambar 3 b,c). Hampir semua anggota yang berhubungan positif dengan AK, OM, dan
TN diperkaya dalam kelompok C, tetapi anggota yang secara positif
berasosiasidengan pH diperkaya dalam H, yang menunjukkan bahwa pH, AK, OM, dan
TN adalah indikator untuk mengidentifikasi kesuburan tanah rhizosfer poplar. Secara
khusus, AK adalah indikator terbaik untuk membedakan distribusi komunitas
kelompok C dari dua samp le sat lainnya tiga tingkat taksonomi (Gambar 3).

a b c
C5 C6 C6
1

CMH CMH CMH

1
.

M5 M5

KAWIN

M4 M3 M4 M3
H4 C4 C4
H1 Mycobacteriaceae H2 Mycobacterium
H2H5M1 H2 H1 M1 Streptomyces
M1 C3
H6 M3 H1 Phyllobacteriaceae C3 Bradyrhizobium Gemmatirosa
RD2(9,

RD2(2,

M4 M5 M2 C4 C6
RD2(1,

Bradyrhizobiaceae Caulobacteraceae
Hyphomicrobiaceae M6 H3 Mesorhizobium Rhodoplanes Fenilobacterium
KALAU M2 Sphingomonas
H3 Sphingomonadaceae C1
Bakteri Verrucomicrobia Proteobacteria M6 H3 M2
C3 Comamonadaceae Nocardioides
M6 Actinobacteria
Rubrobacter
Nocardioidaceae C1
KALAU H5 Variovorax AK TN
Acidobacteria H5 Pyrinomonas
Pyrinomonadaceae H6 H4 H6
KE H4
C1 Gemmatimonadetes
C2
Luteitalea
Candidatus Rokubacteria Candidatus Tektomikroba
Kloroflexi C2 C5

C5
Ph Ph C2
-
-
1
-

RD1(58,92% RD1(56,61%
-0.6 RD1(49,52% 1.0 -1.0 )
1.0 - )
1.0
)
1.0

Gambar 3. Analisis redundansi untuk mikroba di antara sampel pada (a) filum, (b) famili, dan (c) tingkat genus dengan faktor
fisikokimia edafik, masing-masing.

Kalium adalah faktor nutrisi penting ketiga dari tanaman, yang memainkan peran
kunci pertumbuhan, perkembangan, dan metabolisme tanaman. Jika pasokan kalium
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 10 arab
3438
tidak mencukupi, tanaman akan lebih rentan terhadap penyakit dan hama dengan biji kecil
yang tumbuh lambat, akar yang kurang berkembang, dan hasil yang lebih rendah [61-63].
Bakteri yang larut dalam kalium dalam tanah dapat mengubah
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 11 arab
3438

senyawa kalium yang tidak larut atau mineral menjadi bentuk larut untuk digunakan
oleh tanaman sebagai larutan tanah [64]. Berbagai asam organik yang diproduksi oleh
bakteri yang larut dalam kalium, seperti tartarat acid, laktat, asetat, propionik, sitrat,
oksalat, glikolat, asam suksinat, fumarat, malonat dan tartarat, memobilisasi dan larut
kalium yang tidak larut dan bentuk struktural senyawa kalium yang tidak tersedia [65 ].
Pemeliharaan kualitas tanah merupakan faktor kunci bagi kelestarian lingkungan,
sedangkan peningkatan keanekaragaman mikroba dengan berbagai fungsi, seperti
dekomposisi bahan organik, p otassium, dan solubilisasi fosfor, dan fiksasi nitrogen dll,
secara signifikan mempengaruhi kualitas dan kelestarian tanah [ 66]. Hasil penelitian
kami menunjukkan bahwa perubahan koposisi dan keragaman komunitas bakteri
mungkin terkait dengan AK yang dipengaruhi oleh pergeseran proses biogeokimia,
yang umumnya membatasi pertumbuhan dan kebugaran tanaman.

2.5. Perbandingan Jaringan Interaksi Mikroba

Untuk mengidentifikasi interaksi mikroba-mikroba potensial di rhizosfer poplar dalam
kondisi kesehatan yang berbeda, kami membangun tiga jaringan ko-kejadian bakteri
(Gambar 4). Metrik topolo gical jaringanmenunjukkan bahwa pola ko-kejadian mikroba
sangat berbeda antara C, M, dan H. Tingkat rata-rata (avgK) dan nilai kerapatan jaringan
(Tabel S4) adalah kesamaan dalam C dan H, tetapi lebih tinggi daripada pada M.
Dibandingkan dengan kelompok H, jaringan co-o ccurrence yang terbentuk dari sampel
C dan M lebih kompak dan kompleks, yang secara intuitif ditunjukkan pada Gambar 4.
Jaringan kelompok C lebih homogen, sedangkan hubungan positif pada kelompok M
meningkat secara signifikan, yang mungkin disebabkan oleh korelasi positif yang padat
dari genera milik Actinobacte- ria satu sama lain. Pengamatan ini menunjukkan bahwa
interaksi inang-mikroba dan mikroba-mikroba yang lebih intim terjadi di rhizosfer
poplar yang sehat daripada di rhizosfer poplar degra- dated.

Proteobacteria 52% Proteobacteria 38,75%

Actinobacteria 27% Proteobacteria 47,19% Actinobacteria 33,75%
Acidobacteria 7% Actinobacteria 33,71% Acidobacteria 8,75%
Bakteri 4% Acidobacteria 8,99% Kloroflexi 5%
Verrucomicrobia 4% Verrucomicrobia 2,25% Verrucomicrobia 3,75%
Gemmatimonadetes 2% Gemmatimonadetes Thaumarchaeota 2,5%
Planctomycetes 2% 2,25% Cyanobacteria 2,5%
Nitrospirae 1% Kloroflexi 2,25% Planctomycetes 2.5%
Candidatus Tectomicrobia Planctomycetes 2.25% Firmicutes 1,25%
1% Firmicutes 1,12% Tectomicrobia1,25
%

C M H

Gambar 4. Jaringan komunitas C, M dan H mengatur ko-kejadian berdasarkan 100 genera teratas masing-masing.
Setiap simpul mewakili genus, dan ukuran dan warna mewakili kelimpahannya dan warna anotasi filum yang
dimilikinya, masing-masing. Garis hijau—korelasi positive, garis biru—korelasi negatif.

Meskipun genera kelimpahan rendah dapat berkontribusi secara signifikan

terhadap fungsi seluruh komunitas, genera dengan kelimpahan tinggi dan lebih banyak
tautan konektivitas jelas memainkan peran penting dalam stabilitas struktural seluruh
jaringan mikroba, yang dianggap sebagai spesies kunci. Sphingomonas milik
Proteobacteria, Rubrobacter dan Solirubrob acter milik Actinobacteria, Pyrinomonas milik
Acidobacteria ditemukan sebagai genus kunci dari Grup C, M, dan H , masing-masing.
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 12 arab
3438

2.6. Analisis Potensi Fungsi Mikroba

Anotasi fungsional menunjukkan sekitar 43% dari ORF ditugaskan ke KOs dengan
peledakan terhadap database KEGG Orthology (KO). Pada tingkat pertama KEGG
menargetkan metabolisme sebagai jalur fungsional utama (54,24%), diikuti oleh
pemrosesan information genetik (15,36%), pemrosesan informasi lingkungan (11,78%),
proses seluler (9,41%), sistem organisme (5,65%), dan penyakit manusia (3,55%) (Gambar S2).
7108 KO terutama terlibat dalam 405 jalur KEGG di level 3 secara total dan 35 jalur
teratas menyumbang sekitar 56% dari semua jalur metabolisme.
Interaksi tumbuhan–mikroba dan mikroba–mikroba sangat mungkin menjadi fac- tor
penting yang akan mempengaruhi perakitan mikrobioma rhizosfer. Sampel C dan H
diperkaya dan dibandingkan dalam jalur metabolisme yang berbeda (Gambar 5a). KO
dalam- volved dalam interaksi tanaman-mikroba dan mikroba-mikroba yang dikenal,
seperti penginderaan kuorum dan sistem dua komponen, terlalu terwakili dalam C
(Gambar 5a). Pengamatan ini menunjukkan bahwa interaksi inang-mikroba dan mikroba-
mikroba yang lebih intim terjadi di rhizosfer poplar yang sehat daripada di rhizosfer yang
terdegradasi. Triptofan adalah prekursor penting auksin biosintesis. Metabolisme triptofan
diperkaya dalam C, menunjukkan bahwa bakteri di rhizosfer poplar yang sehat memiliki
kemampuan luar biasa untuk meningkatkan pertumbuhan tanaman. Nutrisi di rhizosfer
dan lingkungan sekitar tanaman inang memainkan peran kunci dalam konstruksi dan
stabilisasi mikrobioma. Senyawa yang berasal dari tumbuhan di tanah rhizosfer
kemungkinan akan menjadi sumber nutrisi bagi mikroba. Konsisten dengan ini,
transporter ABC yang bertanggung jawab untuk mengangkut nutrisi yang berasal dari
tanaman, seperti peptida, asam amino, vitamin B12, monosakarida, oligosakarida,
polisakarida, lipid, mineral, ion organik, dan besi-siderophore, ke dalam sel mikroba, terlalu
terwakili dalam kelompok C. Degradasi pohon poplar dapat menyebabkan berkurangnya
sekresi dan lebih sulit bagi mikroorganisme untuk mendapatkan nutrisi. Konsisten dengan
ini, KOs yang mencakup metabolisme karbon, sintesis koenzim, dan metabolisme asam
nukleat, seperti, fosfor oksidatifilasi, metabolisme glyoxy- late dan dicarboxylate, jalur
fiksasi karbon pada prokariota, metabolisme piruvat, siklus sitrat (siklus TCA),
glikolis/glukoneogenesis, metabolisme propanoat, biosintesis pantotenat dan CoA,
metabolisme butanoat, metabolisme purin, dan pyrim- metabolisme idine, terlalu
terwakili dalam H. Temuan tersebut konsisten dengan fakta bahwa mikroorganisme
rhizosfer poplar yang sehat dapat memperoleh berbagai sumber nitrogen dan karbon
sederhana dari eksudasi akar, dan oleh karena itu tidak perlu berinvestasi dalam
biosintesis mereka. Pengayaan jalur yang terlibat dalam sintesis dan metabolisme asam
amino, seperti valin, leusin, isoleusin, arginin, aminoasil-tRNA biosyn- tesis, dan
ribosom, alanin, aspartat, glutamat, glikine, serin, treonin, sistein, dan metabolisme
metionin, diamati pada H. Asam amino yang terkuras dalam C lebih lanjut
menunjukkan bahwa mikroba rhizosfer dapat langsung memperoleh asam amino dari
eksudat akar, dan bahwa asam amino mewakilinitrogen importa nt dan / atau sumber
karbon. Selain itu, KO yang terlibat dalam perbaikan variasi yang merugikan, seperti
degradasi RNA, perbaikan eksisi nu- kleotida, rekombinasi homolog dan perbaikan
ketidakcocokan, diperkaya dalam
H. Jalur perbaikan dan degradasi RNA ini adalah cara penting bagi sel untuk
merespons perubahan lingkungan.
Selanjutnya, koefisien korelasi Spearman dihitung untuk mengungkapkan kontri-
bution mikrobioma terhadap jalur metabolisme berdasarkan 17 genera dan profil jalur
yang paling melimpah dengan perbedaan signifikan antar kelompok (Gambar 5b). Hasilnya
menunjukkan beberapa genera penting berikut, Gemmatirosa, Variovorax,
Sphingomonas, Pheny- lobacterium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Candidatus Solibacter,
Rhizobacter , Rhodoplanes , Nocardioides, Mycobacterium, dan Streptomyces, adalah
faktor pendorong utama trans-porter ABC dan sistem dua komponen. Selain itu,
Acidobacterium dan Pedosphaera juga mendorong sistem komponen tw o. Sebagian besar
genera di atas, diperkaya dalam jumlah besar, dan transporter ABC dan sistem dua
komponen juga diperkaya dalam C, yang menunjukkan bahwa interaksi inang–mikroba
dan mikroba–mikroba lebih intim di rhizosfer poplar yang sehat daripada di rhizosfer
poplar degradasi. KOs terlibat dalam metabolisme karbon dan energi, siklus asam
amino, perbaikan asam nukleat , dan rekom homolog-
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 13 arab
3438

binasi didorong oleh Rubrobacter dan Thermoleophilum milik Actinobacteria. KO ini dan
kedua genera diperkaya dalam H, yang menunjukkan bahwa mikroba membutuhkan
metabolisme basal yang lebih kuat untuk bertahan hidup dengan lingkungan yang
kekurangan nutrisi di rhizosfer poplar degradasi.

sebuah
1.16

H 0.696

0.232

M -0.232

-0.696

C -1.16
oksidatif

komponen

dan Dikarboksilat Sistem dua

pasangan

Nukleotida eksisi r

Homolog r Ekombinasi

Biosintesis Pantotenat dan

Metabolisme

Biosintesis
Fosforilase

Metabolisme

Metabolisme

Adasi degr
Glutamat Biosintesis aminoasil-tRNA

Alanin metabolisme aspartat dan

Glukoneogenesis

dan Treon Treon Glikolisis /

metabolisme kuning telur nukleotida

Sistein dan metionin metabolisme

Fosfat

dan sukrosa Jalur pentosa

asam

pasangan

biosintesis Ketidakcocokan r

Valine, leusin dan Isoleusin

Kuning telur

Biosintesis
Siklus makan

Metabolisme

Metabolisme bintang ch

Arginin
glioksilat

Amino
glisin, sejuk
sitr
(siklus TCA)

dan

b
Glikolisis... Glukoneogenesis Tombak R
** ** ** * * * * * * ** ** sitrat.siklus.. TCA.siklus.
** ** * * * * Pentose.phosphate.pathw
* * ** * ** ** ** * * ay Fatty.acid.degradation
* ** **
* Oxidative.phosphorylatio
* ** n Arginine.biosynthesis
* * * * * * ** ** ** * 0.5
** ** * Purine.metabolism
* * * Pyrimidine.metabolism
* * * * * * Alanin..
** ** * * * * * * ** * ** aspartat.and.glutamat.metabolisme 0
** Glycine.. serine.and.threonine.metabolisme
** ** Sistein.and.metionin.metabolisme Valine..
* * leusin.and.isoleusin.biosintesis
* Arginin.and.proline.metabolisme
−0,5
* ** triptofan.metabolisme pati.dan.
** ** * * *
** * * ** ** * * ** ** sukrosa.metabolisme
**
** * * * * *
Amino.sugar.and.nucleotide.sugar.metabolis
** m Peptidoglikan.biosintesis
* * * * * * Piruvat.metabolisme
** **
** ** ** * * * * * * ** **
* Glyoxylate.and.dicarboxylate.metabolisme
* * * * * ** ** ** **
*************
**************** **
*
** **
Propanoate.met
*********************** ** *
abolisme
Butanoate.metabolisme
* * *
** ** * * * * ** ** * ** Metana.metabolisme
* Karbon.fiksasi.pathways.in.prokariota
** ** * * * * *
*
Pantothenate.and.CoA.biosynthesis
** ** * * * Aminoacyl.tRNA.biosynthesis
ABC.transporters
Two.component.system
Kuorum.penginderaan
Ribosom.biogenesis.in.eukariota
RNA.degradasi
Nukleotida.excision.repair
Ketidakcocokan.perbaikan
Homolog.rekombinasi
Rubrob

Termoleofilu

Lutei

Acidobacte

Pedosp

Gemmat

Vario

Sphingo

Fenilalobakt

Bradyrhizo

Mesorhizo

Candidatus.Soli

Rhizob

Rhodop

Nocardi

Mycobacte

Strepto

Gambar 5. (a) Analisis peta panas dari 35 jalur Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) paling melimpah di
setidaknya satu sampel tanah menggunakan kelimpahan yang dinormalisasi. Peta panas diberi kode warna
berdasarkan baris z-score. (b) Analisis korelasi spearman antar genus dengan perbedaan yang signifikan antara C
dan H dan jalur metabolik pada level 3. "*" mewakili nilai q < 0,05; "**" mewakili nilai q < 0,01.

2.7. Genom Resistensi

Untuk memahami apakah ARG di rhizosfer poplar mempengaruhi adap- tation
terhadap lingkungan dan pencegahan infeksi patogen, kami mengeksplorasi prevalensi
ARG di antara sampel yang berbeda. Dibandingkan dengan kelompok H dan M,
kelompok C mengandung jumlah gen resistensi yang lebih tinggi (Gambar S3a). Lebih
dari 90% gen dalam setiap sampel tidak diberi anotasi dalam ARO mana pun,
menunjukkan bahwa tanah poplar rhizo- sphere adalah kumpulan gen resistensi obat
yang sangat besar dengan nilai eksploitasi potensial yang besar. Dengan peledakan
terhadap database CARD, ada 576 ARG yang sama di antara total 633 ARG yang
dianotasi dalam semua sampel (Gambar S3b). 30 ARG berlimpah teratas menyumbang
sekitar 64,4% dari semua ARG beranotasi dan 10 gen resistensi berlimpah teratas yang
terdeteksi adalah macB, streptomyces_cinnamoneus_EF-Tu, tetA48, mfd, patA, dan sav1866,
Streptomyces_rishiriensis_parY, TaeA, arlR, dan evgs. ARG terkait makrolida (macB)
adalah yang paling melimpah dan umum dalam distribusi, dan proporsi dalam setiap
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 14 arab
3438
sampel dikurangi 7% (Gambar 6a). ARG yang terkait dengan fluoroquinolone, makrolida,
tetrasiklin,
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 15 arab
3438

aminocoumarin, elfamycin, dan pleuromutilin juga ditemukan dalam

kelimpahan tinggi (Gambar 6b,e). Menariknya , kelimpahan gen resistensi multi-
obat di semua ARGs ac- dihitung untuk proporsi tertinggi, melebihi 26% dalam
penelitian ini di antara semua sampel (Gambar 6 c,e). Selain itu, gen resistensi
multidrug, termasuk Evgs, adeL, dan emrB pada kelompok C meningkat secara
signifikan dibandingkan gen pada kelompok H dan M (Gambar 6b). Saat ini,
gen resistensi multidrug telah ditemukan di berbagai bakteri, seperti
Staphylococcus, Bacillus, dan Enterococcus. Mikroorganisme cenderung
mengembangkan resistensi multidrug, sebagai strategi generasi kuat eko-nomical,
untuk mengatasi tekanan lingkungan . Kami belajar dari daerah setempat bahwa
tidak ada antibiotik buatan pada sampel poplar . Sebagai reservoir ARGs, tanah
jelas tumpang tindih dengan genom yang resisten secara klinis, tetapi faktor-faktor
yang mempengaruhi komposisi ARG dalam tanah dan Pergerakan mereka antara
genom dan habitat sebagian besar tidak diketahui. Semua ARG yang terdeteksi
terutama memberikan resistensi mikroba melalui empat mekanisme resistensi :
Efflux antibiotik, perubahan target antibiotik, perlindungan target antibiotik , dan
target antibiotik penggantian (Gambar 6c). ARG ditugaskan ke tiga filum
dominan, Proteobacteria, Actinobacteria dan Acidobacteria, yang dari dua yang
terakhir memiliki proporsi yang sama pada ketiga kelompok tersebut , tetapi yang
dari yang pertama pada kelompok C (22%) memiliki proporsi yang lebih tinggi
daripada pada kelompok M ( 20%) dan H ( 19%) (Gambar S4). Selain itu,
banyaknya ARG dari Sphingomonas, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Phenylobac-
terium, Variovorax, Rhizobacter, dan Sphingopyxis milik Proteobacteria, Nocardioides dan
Kribbella milik Actinobacteria, dan Luteitalea milik Acidobacteria, signifi - cant lebih
tinggi di grup C daripada yang ada di dua kelompok lainnya. Namun, kelimpahan ARG
dari Rubrobacter milik Actinobacteria meningkat dari C, M ke H (Gambar 6d).
Sebelumnya dilaporkan bahwa Actinobacteria dan Proteobacteria adalah inang
potensial gen resistensi multi-obat yang paling melimpah [27], yang juga dikonfirmasi
oleh kami Hasil. Menurut statistik berdasarkan kelimpahan ARGs, efflux
antibiotik, perubahan target antibiotik dan perlindungan target antibiotik adalah
empat mekanisme utama yang memberikan resistensi mikroba inang [67]. Sampel
kelompok C mengandung gen resistensi yang lebih melimpah, terutama gen resistensi
multidrug yang lebih melimpah, memberikan resistensi terhadap kelas obat yang
lebih berbeda , yang berhubungan langsung dengan abundance yang lebih
tinggi dari
komunitas mikroba .
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 16 arab
3438

a c CMH
8000

6000

(p
4000

60%

70%
2000

0
Efflu
x Penggantian target perubahan target perlindungan target

d Sphingomonas
Bradyrhizobium
Mesorhizobium
Fenilalobakteri
Variovorax
250,000 Rhodoplanes
Rhizobacter
Sorangium
Lysobacter
M

Sphingopyxis
3

200,000 Solirubrobacter
Nocardioides
Rubrobacter
Mycobacterium
Streptomyces
150,000 Kribbella
Conexibacetr
Nova ARO Jenis Micromonospor
1 a Ilumatobacter
Pseudonocardia
Bifidobacteria_intrinsic_ileS aminocoumarin
0.5 100,000
elfamyci
Pyrinomonas

b
kaki
0 luteitalea
tcmA
oleC
−0,5 n 50,000 acidob
−1 fluoroquinolone
tetA4
8
fosfomycin
isoniazid
acteriu
bcrA macrolide
multidrug
0
C
m candidatus
solibacter
arlR mupirocin chloracidobacterium
thermoanaerobaculu
mdtC nitroimidazole MHCMM H C M
m bryobacter
granulicella
macB peptida Geothrix
Edaphobacte
evgS
antibioti
r

k phenicol
antibiotik
pleuromutilin H
tetracenomycin
tetrasiklin
Proteobacteria Actinobacteria Acidobacteria
emrB
MexK
MexF
dan
TaeA CMH
3500
Mycobacterium_tuberculosis_kat
G Sav1866
3000
msrB
adeL
2500
mexN
MuxB
(

2000
msbA
Mycobacterium_tuberculosis_intrins
1500
ic tetBP
mfd
1000
Staphylococcus_aureus_rpoB
Streptomyces_rishiriensis_par
500
Y MexW
Streptomyces_cinnamoneus_EF−Anda
0
Mycobacterium_tuberculosis_gyrA
C MH
Jenis

Gambar 6. (a) Lebar batang batang antara jenis ARG dan sampel berkorelasi dengan persentase ARG masing-masing dalam
sampel ini (dalam ppm). Warna yang berbeda dalam lingkaran mewakili sampel dan ARG yang berbeda. (b) Analisis
peta panas dari 30 ARG paling melimpah teratas dalam setidaknya satu sampel kelompok menggunakan kelimpahan yang
dinormalisasi dan kode warna berdasarkan baris z-score. (c) Histogram dari empat mekanisme resistensi ARG antar
kelompok. (d) Histogram analisis atribusi spesies ARGs. Ol c yang berbedamewakili genera yang sesuai di bawah tiga filum.
(e) Statistik kelimpahan dari 30 antibiotik terkait ARG yang melimpah .

3. Bahan dan Metode

3.1. Lokasi Pengambilan Sampel dan Pengumpulan Sampel
Tanah Sampel adalah Dikumpulkan di 2018 selama si dini Agustus dari si didominasi
poplar shelterbelts di Kabupaten Zhangbei, Provinsi Hebei, Cina, yang merupakan conti
sedang- nental Hujan iklim dengan tengah Suhu dan tahunan cuaca arab 12.6 ◦C dan
410 mm, masing-masing. Tiga perwakilan plot (20 m 20 m), yang tidak de- Dihasilkan (C,
×
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 17 arab
3438
114.871, 142.00 Dan 41.339, 331.99 N), tingkat menengah Merosot (M, 114.872, 047.84◦
◦ ◦

Dan 41.335, 539.52◦ N) dan tingkat tinggi Merosot komplot (H, 114.867, 196.47◦ Dan 41.334,
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 18 arab
3438

461.14◦ N), didefinisikan berdasarkan derajat degenerasi yang berbeda (Gambar 1).
Degradasi tingkat tinggi berarti pohon-pohon kehilangan vitalitas, daun-daun rontok
dan cabang-cabangnya mengering seluruhnya, sistem akar tidak bisa mendapatkan nutrisi
dari tanah (Gambar 1a-H). Degradasi tingkat menengah berarti pohon-pohon kehilangan
sebagian vitalitas, puncak pohon dikeringkan seluruhnya tetapi pangkal batang masih
hidup, ada cabang dan daun di pangkal batang (Gambar 1a-M). Undegradation berarti
pohon-pohon hidup sehat dan kurang kering dari cabang atau puncak pohon (Gambar 1
a-C). Enam pohon poplar dipilih secara acak dari setiap plot, dan tanah rhizosfer
dikumpulkan pada kedalaman 10-30 cm menggunakan metode pengambilan sampel
lima titik. Tanah dari pohon yang sama dicampur secara menyeluruh sebagai satu sampel,
disaring melalui jaring 425 μm, ditempatkan dalam kantong yang disterilkan, segera
ditempatkan di atas es, dan diangkut ke laboratorium, di mana ia disimpan pada −80 ◦C
sampai pengukuran parameter fisikokimia dan ekstraksi DNA.

3.2. Penentuan Data Degenerasi dan Karakterisasi Tanah

Untuk lebih menggambarkan pertumbuhan poplar, diameter pada tinggi payudara
(DBH), tinggi pohon, tinggi bagian yang merosot, dan kepadatan kanopi semua poplar
dalam kuadrat berdegenerasi sedang (M) dan undegenerated (C) diukur. Parameter
fisikokimia tanah diukur sebagai berikut. pH tanah ditentukan menggunakan meteran
elektroda kaca (Sartorius, Gö ttingen, Niedersachsen, Jerman) dalam suspensi 10 g tanah
dalam 25 mL air suling. Fosfor (AP) tanah yang tersedia diekstraksi menggunakan natrium
bikarbonat dan kemudian diukur dengan metode molibdenum biru. Tanah yang tersedia
kalium (AK) ditentukan oleh fotometri api [68,69]. Nitrogen yang tersedia (AN)
dihalangi oleh oksidasi kalium persulfat. Kandungan bahan organik (OM) ditentukan seperti
yang dijelaskan oleh Walkey dan Black [70,71]. Total kalium tanah (TK), fosfor total
(TP), nitrogen total (TN), nitrogen biomassa mikrobiologis (MBN), dan karbon biomassa
biologis mikro (MBC) ditentukan dianalisis seperti yang dijelaskan sebelumnya [72].

3.3. Ekstraksi DNA, Pengurutan Senapan, dan Perakitan Metagenome

DNA dari sampel tanah diekstraksi menggunakan kit Isolasi DNA PowerSoil
(Cellgeno, Beijing, Cina) mengikuti instruksi pabrik. Kualitas DNA dipantau pada gel
agarosa 1% dan konsentrasi diukur menggunakan Qubit dsDNA Assay Kit di Qubit®®
2.0 Flurometer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Pustaka pengurutan dihasilkan
menggunakan NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit untuk Illumina (NEB, Ipswich,
MA, USA) sesuai dengan rekomendasi pabrikan dan kode indeks ditambahkan ke urutan
atribut ke setiap sampel [73]. Persiapan perpustakaan kemudian diurutkan pada platform
IlluminaHiSeq PE150 di Novogene Company (Beijing, China) dengan pembacaan paired-
end yang dihasilkan. Data ekuiling mentah telah diproses sebelumnya untuk
menghilangkan kualitas rendah dan pembacaan yang berasal dari host untuk memperoleh
data bersih untuk analisis selanjutnya. Data bersih telah diunggah ke dalam Arsip Baca
Urutan NCBI di bawah BioProject PRJNA563959 dengan nomor aksesi SRP241077.
Data bersih dari 18 sampel dihimpun oleh MEGAHIT (EBI-metagenomic, https:
github.com/voutcn/megahit, diakses pada 20 Oktober 2018) dengan parameter"-preset
meta-large (—min-count 2—k-min 27—k-max 87—k-step 10)" [74] untuk menghasilkan
perancah. Perancah rakitan dipecah dari koneksi N dan memperoleh scaftigs yang
kemudian disaring fragmen lebih pendek dari 500 bp untuk analisis statistik [75].

3.4. Profil Taksonomi

Scaftigs ( 500
≥ bp) dari setiap sampel digunakan untuk open reading frame (ORF)
pra- diksi [76,77] melalui MetaGeneMark
(http://exon.gatech.edu/meta_gmhmmp.cgidan- ≤ Berhenti di atas 5 November 2018).
Bagi ORF ( 100 NT) Diperkirakan CD-HIT perangkat lunak (Situs web:
github.com/weizhongli/cdhit, diakses pada 10 November 2018) diadopsi untuk menghapus
redundansi dan dapatkan katalog gen awal yang unik. Bacaan bersih dari setiap sampsi
Berhasil Dipetakan ke si gen Katalog dan si Gen itu mengandung Membaca ≤ 2 di
semua 18 sampel tanah disaring untuk mendapatkan katalog gen non-redundan (unigenes)
untuk lebih lanjut
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 19 arab
3438

analisis. Berdasarkan jumlah pembacaan yang dipetakan dan panjang gen, informasi
kelimpahan gen dalam setiap sampel dihitung.
Ke menghasilkan si Taksonomi informasi arab si unigenes, INTAN perangkat lunak
(bawah- dimuat dari https://github.com/bbuchfink/diamond, diakses pada 15
Desember 2018) dibawa untuk meledakkan unigenes ke urutan bakteri, archaea, jamur
−5
dan virus diekstrak dari database microNR NCBI (blastp, e-value
≤ ×1 10 ) [78]. Berdasarkan
Terendah biasa leluhur (LCA) algoritma Dilaksanakan di MEGAN perangkat lunak
(diunduh
dari https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/
software/ megan6/, diakses pada 25 Desember 2018), anotasi taksonomi unigenes
ditetapkan dan kelimpahan relatif dari setiap taksa dihitung.

3.5. Pembangunan Jaringan

Jaringan dibangun untuk C, M, dan H berdasarkan kelimpahan relatif dari 100
genera teratas, masing-masing menyumbang sekitar 80% dari semua genera
beranotasi. Matriks adjacency (threshold filtering: Koefisien korelasi r > 0,7; signifikan p
< 0,05) dicapai dengan menggunakan fungsi rcorr (R: Hmisc) berdasarkan korelasi
Spearman [79] dan divisualisasikan dengan menggunakan GePHI (versi 0.9.2, diunduh
dari https://gephi.org/, diakses pada 10 Februari 2019).

3.6. Anotasi Fungsi

Fungsional Anotasi arab Unigenes adalah Dilakukan melalui melawan si Kyoto Ensiklo-
−5
database pedia of Genes and Genomes (KEGG) oleh DIAMOND (blastp, e-value ≤ 1 × 10 ).
Secara singkat, menurut set yang telah ditentukan sebelumnya dalam database KEGG,
gen KO yang diidentifikasi adalah Lebih lanjut Beranotasi Ke beda Jalur. Si sanak
limpah-ruah arab beda Func- hierarki tional dan tabel nomor gen dari setiap sampel
dalam setiap hierarki taksonomi adalah Diperoleh.

3.7. Anotasi Gen Resistensi

Si Unigenes adalah sejajar dengan Database KARTU
(https://card.mcmaster.ca/home, Diakses di atas 30 Januari 2019) oleh Resistansi Gen
Pengenal (RGI) Dibangun di KARTU dengan si Pengaturan parameter blastp, E-value 1
≤ ×
10−30 [80]. Berdasarkan hasil yang selaras, kelimpahan distribusi gen resistensi di setiap
sampel, analisis atribusi spesies dan si resistansi mekanisme arab resistansi Gen
analisis adalah juga Dilakukan.

3.8. Analisis Data

Enam sampel replikasi setiap kelompok dianalisis. Metode unweighted pair-group
dengan pengelompokan arithmetic mean (UPGMA) berdasarkan jarak Bray-Curtis
dilakukan untuk menyelidiki pola beta-diversity. Metode metastats [81] diterapkan
untuk melakukan pengujian hipotesis terhadap kelimpahan spesies dan p-value
disesuaikan dengan q-value dengan koreksi false discovery rate (FDR) terhadap
spesies layar dengan perbedaan yang signifikan. Canoco (versi 5.1, Wageningen
University & Research, Wageningen, Belanda) digunakan untuk menganalisis pengaruh
faktor fisikokimia tanah terhadap spesies dengan pearson correlation. Jalur
metabolisme dan peta panas gen resistensi dikonversi ke nilai Z berdasarkan
kelimpahan relatif, dan peta disajikan menggunakan Origin (versi 9.1, OriginLab,
Northampton, MA, USA).

4. Kesimpulan
Melalui analisis kami dalam makalah ini, komposisi mikrobioma dan fungsi dalam
rhizosfer poplar kemungkinan dipengaruhi oleh kondisi kesehatan poplar dan kalium (AK)
tanah yang tersedia. Kami mengidentifikasi beberapa mikroba, Bradyrhizobium,
Sphingomonas, Mesorhizobium, Nocardioides, Variovorax, Gemmatimonadetes, Rhizobacter,
Pedosphaera, Candi- datus Solibacter, Acidobacterium, dan Phenylobacterium , dapat
berfungsi sebagai berguna bio-indikator kesuburan tanah. Kelimpahan tertinggi gen resis
tance multidrugdan empat mekanisme resistensi mikroba utama (efflux antibiotik,
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 20 arab
3438
perlindungan target antibiotik , antibiotik
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 21 arab
3438

perubahan target dan penggantian target antibiotik) pada rhizosfer poplar yang sehat
menguatkan- menilai hubunganantara kesuburan tanah dan aktivitas mikroba. Tanah
rhizosfer yang sehat menyimpan mikroba dengan kapasitas yang lebih tinggi dan
memiliki jaringan interac- tion mikroba yang lebih kompleks untuk mendorong
pertumbuhan tanaman dan mengurangi tingkat antibiotik intraseluler. Hubungan
antara komunitas mikroba tanah rhizosfer, kesuburan tanah dan poplar tuan rumah yang
disajikan di sini mengatur panggung untuk basis data referensi yang berharga untuk
kebijakan perlindungan dan pengelolaan kehutanan. Oleh karena itu, kami berusaha
untuk mengambil sampel berkelanjutan dari ini serta situs tambahan di Three North
Shelterbelt untuk memberikan wawasan baru tentang interaksi antara komunitas
mikroba dan kondisi kesehatan poplar.

Bahan Tambahan: Materi Tambahan tersedia secara online di https://www.mdpi.

com/artikel/10.3390/ijms22073438/s1.
Kontribusi Penulis: Y.M. merancang dan merevisi naskah. J.L. dan X.H. melakukan analisis
bioinformatika dan menulis makalah, dengan bantuan dari Y.M. Pekerjaan pengambilan sampel
dilakukan oleh J.S. Semua penulis telah read dan menyetujui versi naskah yang diterbitkan .
Pendanaan: Penelitian ini didukung oleh Dana Penelitian Fundamental untuk Universitas
Pusat (2019ZY31); Dana Penelitian Fundamental untuk Universitas Pusat (2017ZY14) dan Dana
Khusus Penelitian Industri Kehutanan untuk Proyek Kesejahteraan Masyarakat (201304409);
Yayasan Ilmu Pengetahuan Alam Nasional Tiongkok (31770110).
Pernyataan Ketersediaan Data: Data pengurutan telah diunggah ke dalam Arsip Baca Urutan
NCBI di bawah BioProject PRJNA563959 dengan nomor aksesi SRP241077 (https:
www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRP241077, diakses pada 20 Februari 2021).

Pengakuan: Kami berterima kasih kepada Jianbo Xie atas bimbingan analisis urutan.
Konflik Kepentingan: Penulis menyatakan tidak ada konflik kepentingan.

Referensi
1. Egamberdieva, D.; Kamilova, F.; Validov, S.; Gafurova, L.; Kucharova, Z.; Lugtenberg, B. Tingginya insiden pertumbuhan
tanaman- merangsang bakteri yang terkait dengan rhizosfer gandum yang ditanam di tanah asin di Uzbekistan. Lingkungan.
Mikrobiol. 2008, 10, 1–9. [CrossRef]
2. Mendes, R.; Kruijt, M.; de Bruijn, I.; Dekkers, E.; van der Voort, M.; Schneider, J.H.M.; Piceno, Y.M.; DeSantis, T.Z.; Andersen, G.L.;
Bakker, P.A.H.M.; dkk. Menguraikan Mikrobioma Rhizosphere untuk Bakteri Penenus Penyakit. Sains 2011, 332, 1097–1100.
[CrossRef] [PubMed]
3. Edwards, J.A.; Santos-Medellin, C.M.; Liechty, Z.S.; Bao, N.; Lurie, E.; Eason, S.; Phillips, G.; Sundaresan, V. Pergeseran
komposisi dalam mikrobiota bakteri dan archaeal terkait akar melacak siklus hidup tanaman pada padi yang ditanam di
lapangan. PLoS Biol. 2018, 16, e2003862. [CrossRef] [PubMed]
4. Bakker, M.G.; Schlatter, DC; Otto-Hanson, L.; Kinkel, L.L. Simbiosis difus: Peran interaksi tanaman-tanaman, tanaman-mikroba dan
mikroba- mikroba dalam penataan mikrobioma tanah. Mol. Ecol. 2014, 23, 1571–1583. [CrossRef]
5. Rolli, E.; Marasco, R.; Vigani, G.; Ettoumi, B.; Mapelli, F.; Deangelis, M.L.; Gandolfi, C.; Casati, E.; Previtali, F.; Gerbino, R.; et al.
Peningkatan ketahanan tanamanterhadap kekeringan dipromosikan oleh mikrobioma terkait akar sebagai sifat yang bergantung
pada stres air. Lingkungan. Mikrobiol. 2015, 17, 316–331. [CrossRef]
6. Castrillo, G.; Teixeira, P.J.P.L.; Paredes, S.H.; Hukum, T.F.; de Lorenzo, L.; Feltcher, M.E.; Finkel, O.M.; Breakfield, NW;
Mieczkowski, P.; Jones, C.D.; dkk. Mikrobiota akar mendorong integrasi langsung stres dan kekebalan fosfat. Alam 2017, 543,
513–518. [CrossRef]
7. Toju, H.; Peay, K.G.; Yamamichi, M.; Narisawa, K.; Hiruma, K.; Naito, K.; Fukuda, S.; Ushio, M.; Nakaoka, S.; Onoda,
Y.; dkk. Mikrobioma inti untuk agroekosistem berkelanjutan. Nat. Tanaman 2018, 4, 733. [CrossRef]
8. Wei, Z.; Gu, Y.; Friman, V.-P.; Kowalchuk, G.A.; Xu, Y.; Shen, Q.; Jousset, A. Komposisi mikrobioma tanah awal dan
fungsinya telah menentukan kesehatan tanaman di masa depan. Sci. Adv. 2019, 5, EAAW0759. [CrossRef] [PubMed]
9. Chen, T.; Nomura, K.; Wang, X.; Sohrabi, R.; Xu, J. ; Yao, L.; Paasch, SM; Ma, L.; Kremer, J.; Cheng, Y.; dkk. Jaringan
genetik tanaman untuk mencegah dysbiosis di phyllosphere. Alam 2020, 580, 653–657. [CrossRef]
10. Timm, C.M.; Pelletier, D.A.; Jawdy, S.S.; Gunter, L.E.; Henning, J.A.; Engle, N.; Aufrecht, J.; Wah, E.; Nookaew, I.; Yang, Z.;
dkk. Dua isolat bakteri terkait poplar menginduksi respons aditif yang menguntungkan dalam sistem mikrobioma tanaman yang
dibangun. Depan. Tanaman Sci. 2016, 7, 497. [CrossRef] [PubMed]
11. Henning, J.A.; Weston, DJ; Pelletier, D.A.; Timm, C.M.; Jawdy, S.S.; Classen, A.T. Endofit bakteri akar mengubah fenotipe
tanaman, tetapi bukan fisiologi. Peerj 2016, 4, e2606. [CrossRef] [PubMed]
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 22 arab
3438

12. Taghavi, S.; Garafola, C.; Monchy, S.; Newman, L.; Hoffman, A.; Weyens, N.; Barac, T.; Vangronsveld, J.; van der Lelie, D.
Survei genom dan karakterisasi bakteri endofit menunjukkan efek menguntungkan pada pertumbuhan dan perkembangan
pohon poplar. Appl. Lingkungan. Mikrobiol. 2009, 75, 748–757. [CrossRef]
13. Cregger, M.A.; Veach, A.M.; Yang, ZK; Crouch, MJ; Vilgalys, R.; Tuskan, G.A.; Schadt, CW Populus holobiont: Membedah efek
relung tanaman dan genotipe pada mikrobioma. Mikrobioma 2018, 6, 31. [CrossRef] [PubMed]
14. Gottel, N.R.; Castro, H.F.; Kerley, M.; Yang, Z.M.; Pelletier, D.A.; Podar, M.; Karpinets, T.; Uberbacher, E.; Tuskan, G.A.; Vilgalys,
R.; dkk. Komunitas Mikroba yang Berbeda dalam Endosfer dan Rhizosfer Populus deltoides Akar di Seluruh Jenis Tanah yang
Kontras. Appl. Lingkungan. Mikrobiol. 2011, 77, 5934–5944. [CrossRef] [PubMed]
15. Shakya, M.; Gottel, N.; Castro, H.; Yang, ZK; Gunter, L.; Labbe, J.; Muchero, W.; Bonito, G.; Vilgalys, R.; Tuskan, G.; dkk.
Analisis Multifaktor Struktur Komunitas Jamur dan Bakteri dalam Mikrobioma Akar Pohon Populus deltoides Dewasa.
PLoS SATU 2013, 8, e76382. [CrossRef]
16. Wei, W.; Wang, B.; Niu, X. Pengurangan erosi tanah oleh biji-bijian untuk proyek hijau di daerah penggurunan Cina
Utara. Hutan
2020, 11, 473. [CrossRef]
17. Deng, L.; Kim, D.-G.; Li, M.; Huang, C.; Liu, Q.; Cheng, M.; Shangguan, Z.; Peng, C. Perubahan penggunaan lahan yang didorong
oleh program 'Grain for Green' mengurangi kehilangan karbon yang disebabkan oleh erosi tanah di Dataran Tinggi Loess,
Cina. Cekidot. Planet. Chang. 2019, 177, 101–115. [CrossRef]
18. Gong, G.; Liu, J.; Shao, Q.; Zhai, J.Amplas Fixing Funct ion di bawah Perubahan Cakupan Vegetasi di Daerah Erosi Angin di
Cina Utara. J. Resour. Ecol. 2014, 5, 105–114. [CrossRef]
19. Huang, L.; Wang, B.; Niu, X.; Gao, P.; Song, Q. Perubahan dalam jasa ekosistem dan analisis faktor pendorong untuk Program
Konservasi Hutan Alam China . Ecol. Evol. 2019, 9, 3700–3716. [CrossRef]
20. Cao, S.; Suo, X.; Xia, C. Hasil dari penghijauan di bawah Program Hutan Lindung Tiga-Utara . J. Bersih. Menjolok. 2020,
256.
[CrossRef]
21. Qiu, B.; Chen, G.; Tang, Z.; Lu, D.; Wang, Z.; Chen, C. Menilai Program Hutan Lindung Tiga Utara di Cina dengan kerangka
kerja baru untuk mengkarakterisasi perubahan vegetasi. ISPRS J. Fotogramme. 2017, 133, 75–88. [CrossRef]
22. Wang, C.; Chu, X.; Zhan, J.; Wang, P.; Zhang, F.; Xin, Z. Faktor-faktor yang berkontribusi terhadap produksi hutan yang
efisien di wilayah Program Hutan Lindung Tiga Utara, Cina. Keberlanjutan 2020, 12, 302. [CrossRef]
23. Chunya, Z.; Zhongqi, X.; Changming, M.; Shoujia, S.; Tengfei, Y. Faktor-faktor yang mempengaruhi degradasi poplar
shelterbelt di Dataran Tinggi Bashang di Provinsi Hebei Barat Laut. Bagi. Resour. Mengelola. 2018, 1, 9–16. (Tionghoa)
24. Huan, Z.; Jun, C.; Hua-bing, W.; Bo, S.; Guo-dong, J.; Zi-qiang, L.; Xin-xiao, Y.; Jia, Z. Karakteristik pemanfaatan air dari
tempat penampungan poplar yang terdegradasi di Zhangbei, Hebei, Cina. Dagu. J. Appl. Ecol. 2018, 29, 1381–1388.
(Tionghoa)
25. Loncat, A.S.; Ruiz-Benito, P.; Greenwood, S.; Allen, C.D.; Kitzberger, T.; Fensham, R.; Martinez-Vilalta, J.; Lloret, F. Overshoot
struktural pertumbuhan pohon dengan variabilitas iklim dan spektrum global dieback hutan yang disebabkan
kekeringan. Cekidot. Chang. Biol. 2017, 23, 3742–3757. [CrossRef]
26. Sanchez-Salguero, R.; Julio Camarero, J. Kepekaan yang lebih besar terhadap kekeringan yang lebih panas mendasari
kematian juniper dan kematian di semak belukar Mediterania. Sci. Total Lingkungan. 2020, 721, 137599. [CrossRef]
[PubMed]
27. Ji, Y.; Zhou, G.; Li, Z.; Wang, S.; Zhou, H.; Song, X. Pemicu meluasnya dieback dan kematian perkebunan poplar ( Populus spp.)
di seluruh Cina utara. J. Lingkungan Gersang. 2020, 174, 104076. [CrossRef]
28. Shimizu, H. Ikhtisar proyek Shelterbelt "Tiga-Utara" di Cina. J. Bagi. Stud. Tiongkok 2012, 14, 70–79. [CrossRef]
29. Zhang, F.; Xing, Z.; Rees, H.W.; Dong, Y.; Li, S.; Meng, F. Penilaian efek dari dua praktik rekayasa pengendalian limpasan pada
air tanah dan pertumbuhan tanaman untuk penghijauan di daerah semi-kering setelah 10 tahun. Ecol. Eng. 2014, 64, 430–442.
[CrossRef]
30. Zhang, Y.; Peng, C.; Li, W.; Tian, L.; Zhu, Q.; Chen, H.; Fang, X.; Zhang, G.; Liu, G.; Mu, X.; dkk. Berbagai program
penghijauan mempercepat kehijauan di wilayah 'Tiga Utara' Tiongkok dari tahun 1982 hingga 2013. Ecol. Indic. 2016,
61, 404–412. [CrossRef]
31. Liu, J.; Dang, P.; Gao, Y.; Zhu, H.; Zhu, H.; Zhao, F.; Zhao, Z. Pengaruh jenis pohon dan sifat tanah terhadap komposisi
dan keanekaragaman komunitas bakteri tanah setelah penghijauan. Bagi. Ecol. Mengelola. 2018, 427, 342–349.
[CrossRef]
32. Kaldorf, M.; Fladung, M.; Muhs, H.J.; Buscot, F. Kolonisasi mikoriza aspen transgenik dalam uji coba lapangan . Planta 2002,
214,
653–660. [CrossRef] [PubMed]
33. Stefani, F.O.P.; Moncalvo, J.-M.; Seguin, A.; Berube, J.A.; Hamelin, R.C. Dampak Perkebunan Poplar Transgenik Berusia 8
Tahun pada Komunitas Jamur Ektomikoriza. Appl. Lingkungan. Mikrobiol. 2009, 75, 7527–7536. [CrossRef]
34. Danielsen, L.; Thuermer, A.; Meinicke, P.; Buee, M.; Morin, E.; Martin, F.; Pilatus, G.; Daniel, R.; Serbuk Sari, A.; Reich, M.
Komunitas tanah jamur di perkebunan poplar transgenik muda membentuk reservoir yang kaya bagi komunitas akar jamur.
Evol. 2012, 2, 1935–1948. [CrossRef] [PubMed]
35. Hao, D.-C.; Lagu, S.-M.; Mu, J.; Hu, W.-L.; Xiao, P.-G. Menggali keragaman mikroba Taxus rhizosphere melalui pengurutan
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 23 arab
3438
amplikon throughput tinggi MiSeq dan karakterisasi isolasi. Sci. Rep. 2016, 6, 22006. [CrossRef]
36. Dai, Z.; Su, W.; Chen, H.; Barberan, A.; Zhao, H.; Yu, M.; Yu, L.; Brookes, P.C.; Schadt, C.W.; Chang, S.X.; dkk. Pemupukan nitrogen
jangka panjang menurunkan keanekaragaman bakteri dan mendukung pertumbuhan ctinobacteria dan Proteobacteria dalam
agroekosistem di seluruh dunia. Cekidot. Chang. Biol. 2018, 24, 3452–3461. [CrossRef] [PubMed]
37. Menendez, E.; Perez-Yepez, J.; Hernandez, M.; Rodriguez-Perez, A.; Velazquez, E.; Leon-Barrios, M. Pertumbuhan Tanaman
Promotion Kemampuan Filogenetik Beragam Mesorhizobium Strain: Efek dalam Kolonisasi Akar dan Pengembangan Bibit
Tomat. Mikroorganisme 2020, 8, 412. [CrossRef]
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 24 arab
3438

38. Luo, Y.; Wang, F.; Huang, Y.; Zhou, M.; Gao, J.; Yan, T.; Sheng, H.; An, L. Sphingomonas sp. Cra20 Meningkatkan Laju
Pertumbuhan Tanaman dan Mengubah Struktur Komunitas Mikroba Rhizosfer Arabidopsis thaliana Di Bawah Tekanan
Kekeringan. Depan. Mikrobiol. 2019, 10, 1221. [CrossRef] [PubMed]
39. Wang, Q.; Ge, C.; Xu, SA; Wu, Y.; Sahito, Z.A.; Ma, L.; Panci, F.; Zhou, Q.; Huang, L.; Feng, Y.; dkk. Bakteri endofit
Sphingomonas SaMR12 mengurangi stres Cd dalam pemerkosaan biji minyak melalui regulasi siklus GSH-AsA dan enzim
antioksidatif. BMC Tanaman Biol. 2020, 20, 63. [CrossRef]
40. Talia, P.; Sede, S.M.; Campos, E.; Rorig, M.; Principi, D.; Tosto, D.; Hopp, H.E.; Grasso, D.; Cataldi, A. Karakterisasi
keanekaragaman hayati bakteri selulolitik hadir di tanah Chaco asli dengan perbandingan gen RNA ribosom. Res. Mikrobiol.
2012, 163, 221–232. [CrossRef] [PubMed]
41. Natsagdorj, O.; Sakamoto, H.; Santiago, D.M.O.; Santiago, C.D.; Orikasa, Y.; Okazaki, K.; Ikeda, S.; Ohwada, T. variovorax sp.
memiliki kepadatan sel yang optimal untuk berfungsi penuh sebagai promotor pertumbuhan tanaman . Mikroorganisme
2019, 7, 82. [CrossRef]
42. Matahari, S.-L.; Yang, W.-L.; Fang, W.-W.; Zhao, Y.-X.; Guo, L.; Dai, Y.-J. Tanaman Growth-Promoting Rhizobacterium
Variovorax boronicumulans CGMCC 4969 Mengatur Tingkat Indole-3-Acetic Acid Disintesis dari Indole-3-Acetonitrile. Appl.
Lingkungan. Mikrobiol. 2018, 84, e00298-18. [CrossRef]
43. Buenger, W.; Jiang, X.; Mueller, J.; Hurek, T.; Reinhold-Hurek, B. Novel dibudidayakan endofit Verrucomicrobia mengungkapkan
sifat-sifat rooting mendalam dari bakteri untuk berhubungan dengan tanaman. Sci. Perwakilan 2020, 10, 8692. [CrossRef]
44. Bergmann, G.T.; Bates, S.T.; Eilers, K.G.; Lauber, C.L.; Caporaso, JG; Walters, W.A.; Ksatria, R.; Fierer, N. Dominasi
Verrucomicrobia yang kurang diakui dalam komunitas bakteri tanah. Biol Tanah. Biokimia. 2011, 43, 1450 –1455.
[CrossRef] [PubMed]
45. Lebeis, S.L.; Paredes, S.H.; Lundberg, D.S.; Breakfield, N.; Gehring, J.; McDonald, M.; Malfatti, S.; del Rio, T.G.; Jones, C.D.; Tringe,
S.G.; et al. Asam salisilat memodulasi kolonisasi mikrobioma akar oleh taksa bakteri tertentu. Sains 2015, 349, 860–864.
[CrossRef]
46. Utturkar, S.M.; Cude, W.N.; Robeson, M.S., Jr.; Yang, ZK; Klingeman, D.M.; Tanah, M.L.; Allman, S.L.; Lu, T.-Y.S.;
Coklat, S.D.; Schadt, C.W.; dkk. Pengayaan Bakteri Endofit Akar dari Populus deltoides dan Analisis Genomik Sel Tunggal.
Appl. Lingkungan. Mikrobiol. 2016, 82, 5698–5708. [CrossRef] [PubMed]
47. Peiffer, J.A.; Spor, A.; Koren, O.; Jin, Z.; Tringe, S.G.; Dangl, J.L.; Buckler, E.S.; Ley, R.E. Keragaman dan heritabilitas
mikrobioma rhizosfer jagung dalam kondisi lapangan. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat 2013, 110, 6548–6553.
[CrossRef] [PubMed]
48. Aguirre-von-Wobeser, E.; Rocha-Estrada, J.; Shapiro, L.R.; de la Torre, M. Pengayaan Verrucomicrobia, Actinobacteria dan
Burkholderiales mendorong pemilihan komunitas bakteri dari tanah oleh akar jagung dalam agroekosistem milpa tradisional.
PLoS SATU 2018, 13, e0208852. [CrossRef] [PubMed]
49. Sessitsch, A.; Hardoim, P.; Pelaku, J.; Weilharter, A.; Krause, A.; Woyke, T.; Mitter, B.; Hauberg-Lotte, L.; Friedrich, F.;
Rahalkar, M.; dkk. Karakteristik Fungsional Komunitas Endofit Menjajah Akar Padi sebagaimana Diungkapkan oleh Analisis
Metagenomik. Mol. Mikroba tanaman berinteraksi. 2012, 25, 28–36. [CrossRef] [PubMed]
50. Edwards, J.; Johnson, C.; Santos-Medellin, C.; Lurie, E.; Podishetty, N.K.; Bhatnagar, S.; Eisen, J.A.; Sundaresan, V. Struktur ,
variasi, dan perakitan mikrobioma terkait akar padi. Proc. Natl. Acad. Sci. Amerika Serikat 2015, 112, E911–E920.
[CrossRef]
51. Krings, M.; Hass, H.; Kerp, H.; Taylor, T.N.; Agerer, R.; Dotzler, N. Endophytic cyanobacteria dalam tanaman darat berusia 400 juta
tahun: Skenario untuk asal usul simbiosis? Pdt. Palaeobot. Palynol. 2009, 153, 62–69. [CrossRef]
52. Dia, S.; Stevens, S.L.R.; Chan, L.-K.; Bertilsson, S.; del Rio, T.G.; Tringe, S.G.; Malmstrom, R.R.; McMahon, K.D. Ekofisiologi
Verrucomicrobia Air Tawar Disimpulkan dari Genom Rait Metagenome . mSphere 2017, 2, e00277-17. [CrossRef]
53. Pold, G.; Conlon, E.M.; Huntemann, M.; Pillay, M.; Mikhailova, N.; Stamatis, D.; Reddy, T.B.K.; Daum, C.; Shapiro, N.;
Kyrpides, N.; dkk. Urutan Genom Verrucomicrobium sp. Strain GAS474, Bakteri Baru yang Diisolasi dari Tanah. Genom
Diumumkan. 2018, 6, e01451-17. [CrossRef] [PubMed]
54. Noraini, C.H.C.; Morad, N.; Norli, I.; Teng, T.T.; Ogugbue, C.J. Methylene Blue Degradation oleh Sphingomonas paucimobilis
dalam Kondisi Aerobik. Air Air Air Tanah Tercemar. 2012, 223, 5131–5142. [Ref Silang]
55. Ravintheran, S.K.; Sivaprakasam, S.; Loke, S.; Lee, S.Y.; Manickam, R.; Yahya, A.; Croft, L.; Millard, A.; Parimannan, S.;
Rajanda,
H. Urutan genom lengkap Sphingomonas paucimobilis AIMST S2, bakteri pendegradasi xenobiotik. Sci. Data 2019,
6.280. [CrossRef]
56. Worsley, S.F.; Newitt, J.; Rassbach, J.; Batey, S.F.D.; Holmes, NA; Murrell, JC; Wilkinson, B.; Hutchings, M.I. Streptomyces
Endophytes Meningkatkan Kesehatan Inang dan Meningkatkan Pertumbuhan di Seluruh Spesies Tanaman. Appl.
Lingkungan. Mikrobiol. 2020, 86, e01053-20. [CrossRef]
57. Ferreira, A.C.; Nobre, M.F.; Moore, E.; Rainey, F.A.; Battista, J.R.; da Costa, M.S. Karakterisasi dan ketahanan radiasi
isolat baru radiotoleran Rubrobacter dan Rubrobacter xylanophilus. Ekstrem. Kehidupan Extrem. Cond. 1999, 3,
235–238. [CrossRef] [PubMed]
58. Berendsen, R.L.; Pieterse, C.M.; Bakker, P.A. Mikrobioma rhizosfer dan kesehatan tanaman. Tren Tanaman Sci. 2012,
17, 478–486. [CrossRef]
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 25 arab
3438
59. Bulgarelli, D.; Rott, M.; Schlaeppi, K.; van Themaat, E.V.L.; Ahmadinejad, N.; Assenza, F.; Rauf, P.; Huettel, B.; Reinhardt, R.;
Schmelzer, E.; dkk. Mengungkap isyarat struktur dan perakitan untuk Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Alam
2012, 488, 91–95. [CrossRef]
60. Lundberg, D.S.; Lebeis, S.L.; Paredes, S.H.; Yourstone, S.; Gehring, J.; Malfatti, S.; Tremblay, J.; Engelbrektson, A.; Kunin, V.; del
Rio, T.G.; dkk. Mendefinisikan mikrobioma akar Arabidopsis thaliana inti . Alam 2012, 488, 86–94. [CrossRef]
Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 26 arab
3438

61. Putih, P.J.; George, TS; Dupuy, L.X.; Karley, AJ; Valentine, T.A.; Wiesel, L.; Wishart, J. Ciri-ciri akar untuk tanah yang
tidak subur. Depan. Tanaman Sci. 2013, 4, 193. [CrossRef]
62. Armengaud, P.; Breitling, R.; Amtmann, A. Coronatine-Insensitive 1 (COI1) Memediasi Respons Transkripsi Arabidopsis
thaliana terhadap Pasokan Kalium Eksternal. Mol. Pabrik 2010, 3, 309–405. [CrossRef]
63. Troufflard, S.; Mullen, W.; Larson, T.R.; Graham, I.A.; Crozier, A.; Amtmann, A.; Armengaud, P. Kekurangan kalium
menginduksi biosintesis oksilipin dan glukosinolat dalam Arabidopsis thaliana. BMC Tanaman Biol. 2010, 10, 172.
[CrossRef] [PubMed]
64. Meena, V.S.; Maurya, B.R.; Verma, JP Apakah mikroorganisme rhizosfer meningkatkan ketersediaan K+ di tanah pertanian?
Mikrobiol. Res. 2014, 169, 337–347. [CrossRef] [PubMed]
65. Dong, X.; Lv, L.; Wang, W.; Liu, Y.; Yin, C.; Xu, Q.; Yan, H.; Fu, J.; Liu, X. Perbedaan Distribusi Bakteri Kalium Solubilisasi
di Hutan dan Tanah Perkebunan di Myanmar. Int. J. Lingkungan. Res. Kesehatan Masyarakat 2019, 16, 700. [CrossRef]
66. Markus Ibekwe, A.; Ors, S.; Ferreira, J.F.S.; Liu, X.; Suarez, D.L. Perubahan musiman yang diinduksi dalam struktur
komunitas mikroba rhizosfer bayam dengan berbagai salinitas dan kekeringan. Sci. Seluruh. Lingkungan. 2017, 579,
1485–1495. [CrossRef]
67. Matahari, S.; Gao, H.; Liu, Y.; Jin, L.; Wang, R.; Wang, X.; Wang, Q.; Yin, Y.; Zhang, Y.; Wang, H. Ko-eksistensi pompa efflux yang
dimediasi plasmid baru dengan gen resistensi colistin mcr dalam satu plasmid memberikan resistensi multidrug yang
dapat ditransfer pada Klebsiella pneumoniae. Emerg. Mikroba Menginfeksi. 2020, 9, 1102–1113. [CrossRef] [PubMed]
68. Wu, L.; Wang, J.; Huang, W.; Wu, H.; Chen, J.; Yang, Y.; Zhang, Z.; Lin, W. Interaksi rhizosfer tanaman-mikroba yang dimediasi
oleh eksudat akar Rehmannia glutinosa di bawah monokultur berturut-turut . Sci. Rep. 2015, 5, 15871. [CrossRef]
69. Xia, Z.; Bai, E.; Wang, Q.; Gao, D.; Zhou, J.; Jiang, P.; Wu, J. Pola distribusi biogeografi bakteri di tanah hutan khas Cina.
Depan. Mikrobiol. 2016, 7, 1106. [CrossRef] [PubMed]
70. Delgado Restrepo, O.M.; Menjivar Flores, J.C.; Muñ oz Arboleda, F. Pengaruh sistem manajemen terhadap mineraliza nitrogen
dan pemupukan tebu. Pdt. Fac. Nac. Agron. Medellín 2016, 69, 7755–7762. [CrossRef]
71. Inclan, R.; De la Torre, D.; Benito, M.; Rubio, A. Efflux CO2 tanah di hutan pinus-ek campuran di Valsain (Spanyol tengah).
Sci. Dunia J.
2007, 7 (Suppl. 1), 166–174. [CrossRef] [PubMed]
72. Bao, S.D. Analisis Kimia Tanah dan Pertanian; Pers Pertanian: Beijing, Cina, 2000; Pp. 355–356.
73. Wang, J.-H.; Lu, J.; Zhang, Y.-X.; Wu, J.; Luo, Y.; Liu, H. Analisis metagenomik gen resistensi antibiotik dalam sistem
marikultur industri pesisir. Bioresour. Technol. 2018, 253, 235–243. [CrossRef]
74. Li, D.; Liu, C.-M.; Luo, R.; Sadakane, K.; Lam, T.-W. MEGAHIT: Solusi node tunggal ultra-cepat untuk perakitan metagenomik
besar dan kompleks melalui grafik de Bruijn yang ringkas. Bioinformatika 2015, 31, 1674 –1676. [CrossRef]
[PubMed]
75. Nielsen, HB; Almeida, M.; Juncker, A.S.; Rasmussen, S.; Li, J.; Sunagawa, S.; Plichta, D.R.; Gautier, L.; Pedersen, A.G.; Le
Chatelier, E.; et al. Identifikasi dan perakitan genom dan elemen genetik dalam sampel metagenomik kompleks tanpa
menggunakan genom referensi. Nat. Bioteknol. 2014, 32, 822–828. [CrossRef]
76. Oh, J.; Byrd, A.L.; Deming, C.; Conlan, S.; Kong, H.H.; Segre, J.A.; Progra, N.C.S. Biogeografi dan fungsi bentuk
individualitas dalam metagenom kulit manusia. Alam 2014, 514, 59–64. [CrossRef]
77. Zhu, W.; Lomsadze, A.; Borodovsky, M. Identifikasi gen Ab initio dalam urutan metagenomik. Asam Nukleat Res. 2010, 38,
e132.
[CrossRef] [PubMed]
78. Buchfink, B.; Xie, C.; Huson, D.H. Penyelarasan protein yang cepat dan sensitif menggunakan DIAMOND. Nat. Metode 2015, 12,
59–60. [CrossRef]
79. Shi, Y.; Kipas, K.K.; Li, Y.T.; Yang, T.; Dia, J.S.; Chu, H.Y. Archaea Meningkatkan Kekokohan Jaringan Ko-kejadian Mikroba di
Tanah Dataran Tinggi Tibet. Tanah Sci. Soc. Am. J. 2019, 83, 1093 –1099. [CrossRef]
80. Jia, B.; Raphenya, A.R.; Alcock, B.; Waglechner, N.; Guo, P.; Tsang, K.K.; Lago, B.A.; Dave, B.M.; Pereira, S.; Sharma, A.N.; et al.
CARD 2017: Ekspansi dan kurasi model-sentris dari database resistensi antibiotik komprehensif. Asam Nukleat Res. 2017, 45,
D566–D573. [CrossRef]
81. Putih, J.R.; Nagarajan, N.; Pop, M. Metode statistik untuk mendeteksi fitur yang melimpah secara diferensial dalam sampel
metagenomik klinis. PLoS Komputasi. Biol. 2009, 5, e1000352. [CrossRef] [PubMed]