P8

BIOSINTESIS PROTEIN

Prof. Dr. Mulyadi, Apt

• Pustaka :
• 1. Stryer, L., 1995, Biochemistry, 4th Ed.,
W.H.Freeman and C., New York.
• 2. Nelson, D.L., and Cox, M.M., 2002,
Lehninger Principles of Biochemistry,
3rd Ed., Worth Publishers, New York.
• 3. Murray, R.K., Granner, D.K., Mayes,
P.A. Rodwell, V.W., 2003, 26th Ed.,
a Lange Medical Book, New York.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 2

MULYADI
• Pendahuluan
• Terlebih dahulu diketahui aliran informasi
genetik dari DNA ke RNA dan ke protein,
akan lebih mudah dimengerti dan
dibicarakan mekanisme sintesis protein.
• Sintesis protein disebut juga translasi,
karena keempat huruf abjad asam nukleat
diterjemahkan menjadi abjad protein yang
sangat berbeda. Translasi jauh lebih
kompleks daripada duplikasi dan
transkripsi.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 3
MULYADI
• DNA-RNA-PROTEIN

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 4

MULYADI
• DNA-RNA-PROTEIN

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 5

MULYADI
• Duplikasi sama dengan replikasi yaitu
proses terjadinya DNA induk menjadi DNA
anak yang mempunyai sifat-sifat yang
sama persis.
• Transkripsi proses terjadinya RNA dengan
cetakan DNA.
• Translasi proses sintesis protein di
ribosom, urutan asam amino pada protein
ditentukan oleh kode-kode genetik (kodon)
pada mRNA. Melibatkan banyak
komponen lain (tRNA, mRNA, rRNA, dst)
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 6
MULYADI
• Translasi memerlukan kerjasama yang
terkoordinasi lebih dari seratus makromolekul.
• Disini akan dibahas sintesis protein pada
Escherchia coli, yang jelas telah diketahui.
• Protein disintesis dengan arah ujung amino ke
karboksil melalui penambahan secara berurutan
asam amino ke gugus karboksil rantai peptida
yang diperpanjang.
• Prekursor yang aktif adalah aminoasil-tRNA,
dimana gugus karboksil suatu asam amino
terikat pada gugus 3’-hidroksi suatu RNA
transfer (tRNA)

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 7

MULYADI
• Pengikatan molekul asam amino kepada tRNA
yang sesuai dikatalisis oleh aminoasil-tRNA
sintetase.
• Reaksi pengaktifan asam amino, sumber energi
dari ATP. Untuk setiap asam amino terdapat
paling sedikit satu jenis tRNA berikut enzim
untuk mengaktifannya.
• Tiga tahapan dalam sintesis protein (Stryer,
1995):
• 1. inisiasi
• 2. elongasi (perpanjangan)
• 3. terminasi
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 8
MULYADI
• Lima tahapan sintesis protein (Nelson
and Cox, 2002):
• 1. aktivasi asam amino
• 2. inisiasi
• 3. elongasi
• 4. terminasi dan pelepasan (release)
• 5. folding dan proses setelah translasi
(posttranslation)

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 9

MULYADI
• Reaksi inisiasi menghasilkan:
• Pengikatan tRNA inisiasi ke situs inisiasi
pada mRNA. tRNA ini mengisi situs P
(peptidil) pada ribosom.
• Reaksi elongasi dimulai dengan
pengikatan suatu aminoasil-tRNA pada
situs A (aminoasil), yaitu suatu tempat
pengikatan khusus tRNA pada ribosom.
• Suatu ikatan terbentuk antara gugus
amino pada aminoasil-tRNA yang baru
masuk dan gugus karboksil formilmetionin
yang dibawa oleh tRNA inisiasi.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 10
MULYADI
• Dipeptidil-tRNA yang dihasilkan akan
bergerak dari situs A ke situs P dan
molekul tRNA inisiasi bergerak ke situs E
(exit=keluar) sebelum meninggalkan
ribosom.
• Tenaga pengikatan aminoasil-tRNA,
pemindahan peptidil tRNA dan gerakan
yang berhubungan dengan pemindahan
ribosom menuju kodon yang berikutnya
didapatkan dari hidrolisis GTP.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 11

MULYADI
• Suatu aminoasil-tRNA kemudian mengikat
pada situs A yang sekarang kosong untuk
memulai proses elongasi
berikutnya.kemudian terjadi seperti yang
diuraikan di atas.
• Terminasi terjadi bila sinyal untuk berhenti
(sinyal terminasi) yang terdapat pada
mRNA dibaca oleh faktor pembebas
protein yang akan mengakibatkan
pembebasan rantai polipeptida yang
sudah selesai dari ribosom.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 12
MULYADI
• Ribosom terdiri atas ribonukleoprotein
yang besar terdiri atas subunit kecil (30 S)
dan subunit besar (50 S). Mengandung 55
macam protein yang berbeda-beda, 3 mol
RNA. Dua per tiga massa dari RNA. Mol
rRNA merupakan mol yang kaya dengan
informasi dan memegang peran sangat
penting pada proses translasi. Perannya
seperti memberikan petunjuk mengenai
kemungkinan cara kerja ribosom. rRNA
penting dalam proses sintesis protein.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 13

MULYADI
• Ribosom

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 14

MULYADI
• Transfer RNA (tRNA).
• Suatu adaptor, satu ujung mengenali
asam amino yang sesuai dengan
antikodon pada ujung lain dari tRNA.
Antikodon harus komplementer dengan
kodon pada mRNA.
• tRNA ragi pertama
dihasilkan(dipelajariselama 7 tahun) oleh
Robert Holley tahun 1965.
• Adaptor terdiri atas 76 ribonukleotida.
Ujung 5’ terfosforilasi ( pG). Ujung lain 3’
gugus hidroksi (-OH) bebas.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 15
MULYADI
• tRNA mempunyai sifat-sifat umum:
• 1. merupakan rantai tunggal terdiri atas 73
sampai 93 ribonukleotida (25 kd)
• 2. mengandung banyak basa-basa yang
tidak biasa sekitar 7 sampai 15 per mol.
Derivat metil atau dimetil A, U, C dan G.
• 3. Ujung 5’ tRNA mengalami fosforilasi,
biasanya ujungnya pG.
• 4. Urutan basa pada ujung 3’ CCA, asam
amino yang aktif dengan gugus 3’
adenosin terminal.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 16
MULYADI
• 5. Hampir separuh dari basa nukleotida
dari tRNA berpasangan membentuk heliks
ganda. Ada 5 kel tidak berpasangan:
daerah ujung 3’CCA; lengkung T C
ribotimin-pseudourasil-sitosin bagian
“lengan ekstra” jumlah residu bervariasi;
lengkung DHU beberapa residu
dehidrourasil; dan lengkung antikodon.
• 6. Lengkung antikodon, terdiri 7 basa
denganurutan sbb: -5’Pirimidin – Pirimidin
– X – Y – Z – Purin yang modifikasi – 3’
basa bervariasi.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 17

MULYADI
• tRNA

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 18

MULYADI
• 3D-tRNA Phe

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 19

MULYADI
• Asam amino diaktifasi, diikatkan pd
tRNA oleh enzim sintetase yang khas.
• Membentuk ester dengan OH pada C-2
dan C-3.
• aa + ATP  aminoasil-adenilat
(aminoasil-AMP) + PP
• Berikutnya pemindahan gugus aminoasil
dari aminoasil-AMP ke mol tRNA
membentuk aminoasi-tRNA.
• aminoasil-AMP + tRNA  aminoasil-
tRNA + AMP.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 20

MULYADI
• Reaksi total:
• aa + ATP + tRNA  aminoasil-tRNA + AMP +
PP
• Hidrolisis PP sebagai penggerak reaksi,
sehingga ketiga reaksi di atas sbb:
• aa + ATP + tRNA + H2O  aminoasil-tRNA +
AMP + 2Pi

• Aminoasil-tRNA dapat dogolongkan dalam 2

klas struktural:
• Klas I menghasilkan ester dgn hidroksil 2’ dan
klas II ester (mengasilasi) hidroksil 3’.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 21
MULYADI
• Kodon dikenali oleh antikodon pada tRNA
dan bukan oleh asam amino yang
teraktivasi.
• Beberapa macam tRNA mengenali lebih
dari satu kodon.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 22

MULYADI
• Aktifasi as.amino

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 23

MULYADI
• Klasifikasi aminoasil-tRNA sintetase:

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 24

MULYADI
• Components Required for the Five Major Stages of Protein
Synthesis in E. coli
• Stage Essential components
• 1. Activation of amino acids 20 amino acids
• 20 aminoacyl-tRNA synthetases
• 32 or more tRNAs
• ATP
• Mg2+
• 2. Initiation mRNA
• N-Formylmethionyl-tRNAfmet
• Initiation codon in mRNA (AUG)
• 30S ribosomal subunit
• 50S ribosomal subunit
• Initiation factors (IF-1, IF-2, IF-3)
• GTP
• Mg2+

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 25

MULYADI
• 3. Elongation Functional 70S ribosome (initiation
• complex)
• Aminoacyl-tRNAs specified by codons
• Elongation factors (EF-Tu, EF-Ts,
• EF-G)
• GTP
• Mg2
• 4.Termination
• and release Termination codon in mRNA
• Release factors (RF-1, RF-2, RF-3)
• 5. Folding and
• posttranslational Specific enzymes, cofactors, and other
• processing components for removal of initiating
• residues and signal sequences,
• additional proteolytic processing, modification
• of terminal residues, and attachment of
• phosphate, methyl, carboxyl, carbohydrate,
• or prosthetic groups

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 26

MULYADI
• 1. aktivasi asam amino:
Asam amino diikatkan pd tRNA oleh
enzim sintetase yang khas.
• Membentuk ester dengan OH pada C-2
dan C-3.
• aa + ATP  aminoasil-adenilat
(aminoasil-AMP) + PP
• Berikutnya pemindahan gugus aminoasil
dari aminoasil-AMP ke mol tRNA
membentuk aminoasi-tRNA.
• aminoasil-AMP + tRNA  aminoasil-
tRNA + AMP.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 27
MULYADI
• Reaksi total:
• aa + ATP + tRNA  aminoasil-tRNA + AMP +
PP
• Hidrolisis PP sebagai penggerak reaksi,
sehingga ketiga reaksi di atas sbb:
• aa + ATP + tRNA + H2O  aminoasil-tRNA +
AMP + 2Pi

• Aminoasil-tRNA dapat dogolongkan dalam 2

klas struktural:
• Klas I menghasilkan ester dgn hidroksil 2’ dan
klas II ester (mengasilasi) hidroksil 3’.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 28
MULYADI
• Aminoasil-tRNA

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 29

MULYADI
• Kodon pada mRNA

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 30

MULYADI
• 2. Inisiasi, hasilnya kompleks inisiasi

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 31

MULYADI
• Tahap inisiasi terdapat 3 tingkatan:
• 1st Masuknya mRNA pada subunit ribosom
30S karena adanya IF3 dan IF1
• 2nd bergabungnya met-tRNA
(komplementer kodon inisiasi dari mRNA
dengan antikodon dari tRNA) dengan
mRNA (IF3 + IF1) karena adanya !F2 dan
GTP. Disini terjadi gabungan antara
mRNA-tRNA-IF1-IF2-IF3-Ribosom subunit
30S (kecil).

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 32

MULYADI
• 3rd. Bergabungan ribosom subunit 50S
(subunit besar) dengan energi GTP
dengan melepaskan GDP + Pi dan
terlepasnya IF1; IF2; dan IF3. dan situs P
(peptidil) yang diisi.
• Hasil akhir dari tahap inisiasi adalah
kompeks inisiasi.
• Selanjutnya tahap sintesis protein
berikutnya tahap elongasi.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 33

MULYADI
• 3. Elongasi ke-1

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 34

MULYADI
• Elongasi ke-1
• Bergabungnya aminoasil-tRNA yang ke-2
pada situs A. Jadi situs P diisi oleh
aminoasil-tRNA (met).
• Hal ini terjadi dengan faktor Tu; Ts; GTP.
• Aminoasil-tRNA bergabung dgn Tu-GTP
 aminoasil-tRNA bergabung dgn inisiasi
kompleks dgn mengeluarkan Pi dan Tu-
GDP.  Tu-Ts dgn Ts-GDP untuk Tu-
GTP dgn Ts-GTP. Selanjutnya Tu-GTP
bergabung dgn aminoasil-tRNA sda awal.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 35
MULYADI
• 3. Elongasi ke-2

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 36

MULYADI
• Elongasi ke-2
• Hasil akhir tahap ini terbentuknya ikatan
peptida yang pertama dari aminoasil-tRNA
yang di P, metioninnya bergabung dengan
aminoasil-tRNA yang ke-2 di A.
terbentuklah dipeptida pertama .

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 37

MULYADI
• 3. Elongasi le-3

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 38

MULYADI
• Elongasi ke-3
• Dengan translokasi, pindah tempat, energi dari
EF-GTP menjadi EF-G +GDP+Pi; tRNA dari
situs P ke E (di luar) dan gabungan metionin dan
aa ke 2 yang masih terikat dengan tRNA dari
situs A ke situs P dan situs A diisi dengan
aminoasil-tRNA yang sesuai (maksudnya
komplementer antara kodon di mRNA dan
antikodon tRNA ke-3, tetapi ujung yang lain
mengikat asam amino yang aktif).
• Demikian elongasi terjadi sampai berjum pa
dengan kodon terminal (pd terminasi)

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 39

MULYADI
• 4. Terminasi

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 40

MULYADI
• 4. Terminasi.
• Setelah terjadi elongasi pada mRNA
kodon terminal yang menghentikan
elongasi sintesis protein.
• Dengan adanya faktor pelepasan
(Release factor) sampai pada kodon
terminal, protein primer ( met-aa-aa- …)
yang masih terikat pada tRNA yang di
situs P. dan terjadi hidrolisis yang
melepaskan polipeptida primer dgn ujung
–COOH. Kmd terjadilah pelepasan
bersama: tRNA; RF; mRNA; dan ribosom.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 41
MULYADI
Selanjutnya terjadilah proses pelipatan dan
proses setelah pasca terminasi. Di tahap
ini terjadilah pelipatan yang tadinya urutan
asam amino lurus dan panjang (struktur
primer) dan terjadinya modifikasi dari
asam amino, sampai terakhir terjadi
protein yang dengan konformasi tertentu
dan menjadi protein yang aktif.

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 42

MULYADI
• 5. Folding and posttranslation

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 43

MULYADI
• Folding dan processing:
• Pada tahap ini protein yang awal bentuk
primer akan mengalami pelipatan
sehingga terbentuk protein yang aktif
secara biologis. Konformasi terjadi dengan
adanya ikatan hidrogen, van der Waals,
ionik, interaksi hidrofob. Dari primer/linier
menjadi 3 D struktur. Dan terbentuklah
protein baru yang menjadi bentuk aktif
secara biologis. Proses ini disebut
modifikasi pascatranslasi.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 44
MULYADI
• Modifikasi terjadi seperti:
• Amino-Terminal and Carboxyl-Terminal
Modification . Awal yang terjadi ujungnya
metionin (eukariotik) dan N-formilmetionin
(prokariotik). Bisa dihilangkan residu
metionin secara enzimatik. 50% protein
ujungnya ter- N asilasi, terminal karboksi
juga sering terjadi.
• Modification of individual Amino Acids:
terjdinya fosfoserin, protein prothrombin
mengandung gamma-karboksiglutamat.
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 45
MULYADI
• Residu monometil dan dimetillisin terjadi
pada protein jaringan dan sitokrom c.
• Mengikat karbohidrat, terjadi O-linked
oligosaccharides pada glikoprotein.
• Tambahan gugus prostetik.
• Protein proteolitik.
• Terbentuknya ikatan disulfida ikatan silang

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 46

MULYADI
• Sintesis protein diinhibisi oleh beberapa
antibiotik dan toksin:
• Puromisin ( dihasilkan oleh Streptomces
alboniger).
• Tetrasiklin. Kloramfenikol
• Toksin diphtheri. Ricin.
• Ab yang kerjanya pd ribosom subunit 50S:
• Kloramfenikol, Eritromisin, Linkomisin
mengganggu Sintesis protein,bersifat
bakteriostatik
• Ab yang kerjanya pd ribosom subunit 30S:
• Aminoglikosid Sintesis prot. Bakterisidal
• Tetrasiklin Sintesis prot. Bakteriostatik
10/31/22 SINTESIS PROTEIN 47
MULYADI
• Metabolisme asam amino di liver

10/31/22 SINTESIS PROTEIN 48

MULYADI