PROTEIN

Pengertian Protein
• Protein adalah salah satu bio-makromolekul
yang penting peranannya dalam makhluk
hidup
• Fungsi protein :
– sebagai bahan struktural
– sebagai mesin yang bekerja pada tingkat
molekular.
• Protein dapat memerankan fungsi sebagai
bahan struktural karena seperti halnya
polimer lain, protein memiliki rantai yang
panjang dan dapat mengalami cross-linking
• Berfungsi sebagai pelindung, contoh : a dan b-
keratin pada kulit, rambut, dan kuku dan
berfungsi sebagai perekat contoh : kolagen
• Protein berperan sebagai biokatalis pada
reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup.
• Makromolekul ini mengendalikan jalur dan
waktu metabolisme yang kompleks untuk
menjaga kelangsungan hidup suatu organisma
 ENZIM
• Dlm system biologi  reaksi kimia selalu
memerlukan katalis. Tanpa katalis  sangat
lama shg diperlukan  Enzim yg berfungsi
sbg biokatalisator
• protein yang berfungsi untuk mempercepat
reaksi dengan jalan menurunkan tenaga
aktivasi dan tidak mengubah kesetimbangan
reaksi, serta bersifat sangat spesifik
• Untuk mempercepat reaksi kimia perlu kata-
lisator
• Untuk mempercepat reaksi kimia di laboratorium dapat dengan
cara :
* pemanasan ( suhu )
* menambah katalisator
• ORGANISME suhu tubuhnya relatif konstan

perlu katalisator yg efisien

ENZIM (BIOKATALISATOR)
 Karakteristik Enzim
• Enzim mempercepat reaksi kimia tetapi tidak mempengaruhi
keseimbangan akhir.
• Enzim hanya diperlukan dalam jumlah kecil untuk mengubah sejumlah
besar molekul.
• Enzim hanya akan berfungsi pada kondisi pH, temperatur, konsentrasi
substrat, kofaktor tertentu.
• Enzim bersifat spesifik (khusus) artinya enzim hanya mengkatalisis reaksi
dalam skala kecil atau dalam beberapa kasus hanya mengkatalis satu
reaksi.
• Enzim tidak berubah masuk ke dalam reaksi kimia dan bertindak hanya
sebagai katalisa.
• Enzim tidak mengubah keseimbangan yang konstan pada reaksi kimia
tersebut, enzim inI hanya meningkatkan kecepatan dimana reaksi
mendekati keseimbangan.
 Klas Tipe reaksi
Oksidoreduktase memisahkan dan menambahkan elektron atau
(nitrat reduktase) hidrogen
Transferase memindahkan gugus senyawa kimia
(Kinase)
Hidrolase memutuskan ikatan kimia dengan
(protease, lipase, penambahan air
amilase)

Liase membentuk ikatan rangkap dengan

(fumarase) melepaskan satu gugus kimia
Isomerase mengkatalisir perubahan isomer
(epimerase)
Ligase/sintetase menggabungkan dua molekul yang disertai
(tiokinase) dengan hidrolisis ATP
Polimerase menggabungkan monomer-monomer
(tiokinase) sehingga terbentuk polimer
ASAM NUKLEAT
 PENDAHULUAN
• Asam nukleat termasuk dalam kelompok
protein
• Merupakan polimer yang disusun monomer
nukleotida
• Berfungsi sebagai pembawa informasi genetik
bagi makhluk hidup
 NUKLEOTIDA
• Merupakan monomer dari asam nukleat
• Merupakan ester asam fosfat dari nukleosida (basa
nitrogen + D-ribosa)
• Asam fosfat terikat pada gugus hidroksil dari salah
satu atom karbon dalam cincin ribosa
• Pada DNA, ribosa terbentuk 2-deoksiribosa
sedangkan pada RNA berbentuk ribosa
• Terdapat bebas di dalam sel dan dapat terbentuk
dari hidrolisa bertahap asam nukleat dengan enzim
nuklease
 BASA NITROGEN PADA NUKLEOTIDA
• Basa nitrogen terdiri dari purin dan pirimidin.
Basa purin yaitu adenin dan guanin,
sedangkan basa pirimidin yaitu sitosin, timin
dan urasil.
• Selain basa di atas, ditemukan juga basa yang
tidak begitu penting : 2-metiladenin, 1-
metilguanin, 5-metilsitosin dan 5-
hidroksimetilsitosin
 Tahap 1: Transkripsi

• DNA dipisahkan dengan rantai pasangannya

dan messenger RNA mengkopi kode genetik
 Transkripsi Gen

transcribed DNA DNA to be

winds up again transcribed unwinds

mRNA
transcript
RNA polymerase
 Tahap 2- Pemotongan RNA
• RNA dipotong

• Introns (Non- coding sequences) dibuang

• Exons (Expressed sequences) tetap dibiarkan

 Messenger RNA (mRNA)
• Acuan (template) untuk sintesis protein
• Berfungsi meneruskan informasi genetik
dari gen (DNA).
• Berisi instruksi dlm penyusunan asam
amino
• mRNA eukariot :
– Ujung 5’ ada topi 7 mGTP
– Ujung 3’ ada ekor poli A (20 – 200 A),
kecuali mRNA histon
PEMATANGAN mRNA (Eukariot)
• m RNA (Eukariot)
 unit of transcription in a DNA strand

exon intron exon intron exon

3’ 5’

transcription into pre-mRNA

cap poly-A tail

5’ 3’

snipped out snipped out

5’ 3’
mature mRNA transcript

Fig. 13.5, p. 203

 Tahap 3 :
• Messenger RNA mengambil kode tersebut dan
menuju ke ribosom di sitoplasma

• Transfer RNA mengambil asam

amino tertentu dan menuju
ribosom
 Tahap 4 :Translation
• Di dalam ribosom, kode tersebut dibaca dan
ditranslasikan ke dalam bentuk suatu urutan asam amino

• Rantai asam amino akan melipat-lipat dan bergabung

menyatu membentuk protein akhir

• Perubahan bahasa dari urutan nukleotida dari

mRNA menjadi urutan asam amino polipeptida
• Lokasi : ribosom
• Cetakan / template : mRNA
• Pembawa asam amino ke ribosom : tRNA
Aktivasi dan pengikatan asam amino
pada tRNA
• Terjadi di sitosol
• E.aminoasil-tRNA sintetase
• 2 tahap :
– Pengaktifan asam amino
• Perlu ATP
– Pengikatan aminoasil AMP ke tRNA
• Terbentuk aminoasil tRNA (charge tRNA)
 TRANSLASI

Terdiri dari 3 tahap :

• Tahap inisiasi
• Tahap elongasi
• Tahap terminasi
TRANSLASI
 Tahap inisiasi translasi

• Pengikatan faktor inisiasi

(IF1,IF2,IF3) ke ribosom sub unit
kecil
• Pengikatan mol.charge tRNA dan
mRNA ke ribosom sub unit kecil
• Pembentukan kompleks inisiasi 70S
 Tahap elongasi translasi

• Pengikatan aminoasil tRNA

• Pembentukan ikatan
peptida
• Translokasi
PEMBENTUKAN IKATAN PEPTIDA
• .
TAHAP ELONGASI TRANSLASI
• .
 KODE GENETIK
• Terdapat di mRNA
• Mengkode spesifisitas asam amino
penyusun protein
• Terdiri dari 3 nukleotida (triplet) 
kodon
• Total ada 64 kodon
• 3 kodon (UAA, UAG, UGA) : kodon
terminasi
• Hampir universal
• Akan dikenal oleh antikodon pd tRNA
TAHAP TERMINASI TRANSLASI
• Situs A ditempati stop kodon
• Tak ada tRNA yang mengenali stop
kodon
• Situs A ditempati release factor
• Memicu pelepasan polipeptida dari
peptidil tRNA, pemecahan secara
hidrolitik
• Kompleks ribosom pecah menjadi
komponen semula
 PEMATANGAN PROTEIN
Dapat terjadi :
• Pelepasan ggs N-formil pada ujung
amino
• Pelepasan metionin
• Pemutusan rantai polipeptida
• Reaksi oksidasi
• Reaksi hidroksilasi
• Pembentukan ikatan disulfida
• Dan lain-lain
Sintesis Protein
Jenis-jenis Asam Amino sebagai Penyusun
Protein
INHIBITOR SINTESIS PROTEIN
PADA PROKARIOT DAN EUKARIOT

INHIBITOR CARA KERJA

Puromisin Analog aminoasil-tRNA, shg terjadi
terminasi dini

Actinomisin D Mengikat DNA dan menghambat

gerakan RNA polimerase, shg
mencegah transkripsi
Mitomisin Terjadi iktan kovalen antara 2 rantai
DNA, sehingga replikasi menurun
 Asam Amino
• Asam amino dibagi menjadi 3 jenis :
1. Asam amino essensial
2. Asam amino non essensial
3. Asam amino essensial bersyarat (semi
essensial)
Klasifikasi Asam Amino
BIOSINTESIS ASAM AMINO
• Materi :
1. Jenis asam amino
2. Biosintesis Glutamat dan Glutamin-> reaksi
biosintesis
3. Biosintesis Alanin dan Glucosa Alanin Cycle
4. Biosintesis Sistein
5. Biosintesis Serin-Glisin
6. Biosintesa heme (Porfirin)
• Protein adalah poliamida dan hidrolisis protein
menghasilkan asam-asam amino.
• Asam amino dibagi menjadi 3 jenis :
1. Asam amino essensial
2. Asam amino non essensial
3. Asam amino essensial bersyarat (semi
essensial)
 Asam amino essensial
Asam amino yang tidak bisa diproduksi sendiri oleh tubuh,
sehingga harus didapat dari konsumsi makanan
 Asam amino nonessensial
Asam amino yang bisa diproduksi sendiri oleh tubuh, sehingga
memiliki prioritas konsumsi yang lebih rendah dibandingkan
dengan asam amino essensial
 Asam amino essensial bersyarat
Kelompok asam amino non essensial, namun pada saat tertentu,
seperti setelah latihan beban yang keras, produksi dalam tubuh
tidak secepat dan tidak sebanyak yang diperlukan sehingga harus
didapat dari makanan maupun suplemen protein
 Biosintesis tidak seperti sintesis kimia, tetapi
terjadi di dalam organisme hidup dan biasanya
dibantu oleh enzim
Proses ini merupakan bagian penting dari
proses metabolisme
 Prasyarat untuk biosintesis adalah :
Bahan pelopor (Prekursor, asam amino,
koenzim)
Energi (biasanya dalam bentuk ATP)
 Semua asam amino berasal dari senyawa
intermediet. Glikolisis, siklus asam sitrat dan
jalur pentosa phosphat.
 Nitrogen masuk ke dalam metabolisme melalui
Glutamat dan Glutamin
 Berdasarkan prekursornya, biosintesis asam
amino dibagi menjadi 5 famili :
α-ketoglutarat
piruvat
3-phospogliserat
fosfoenolpiruvat dan eritrose-4P
Oksaloasetat
Ribosa 5-P
 α-ketoglutarat adalah prekursor asam amino non
assensial yang berasal dari senyawa antara siklus
asam sitrat
 Gugus aminonya dilengkapi dengan reaksi
transaminasi dari glutamat, dikatalisis oleh enzim
glutamat dehidrogenase dan selanjutnya oleh
aspartat aminotransferase, yang mengandung
piridoksal fosfat sebagai gugus prostetik.
 Reaksi Transaminasi menghasilkan Glutamat,
Glutamin, Aspartat, Asparagin dan Alanin
Ada 2 tahap pelepasan gugus amin dari asam
amino yaitu :
 Transaminasi
Α-ketoglutarat menghasilkan glutamat atau kepada
oksaloasetat menghasilkan aspartat 2
 Deaminasi oksidatif
Pelepasan amin dari glutamat menghasilkan ion
ammonium
 Pada aspartat diturunkan juga dari aspargin
dengan bantuan asparginase.
 Glutamat sendiri berperan penting sebagai
donor asam amino intraseluler utama untuk
reaksi transaminasi
 Aspartat sendiri adalah prekursor ornitin
untuk siklus urea
• Glutamat disintesis dengan animasi reduktif α-
ketoglutarat yang dikatalisis oleh glutamat
dehidrogenase.
• Glutamat juga dihasilkan oleh reaksi
aminotransferase, yang dalam hal ini nitrogen
amino diberikan oleh sejumlah asam amino
lain
 Gugus amino dalam biosintesis asam amino
yang lain melalui reaksi transaminasi
 L-glutamat dehidrogenase terletak di dalam
matriks mitokondria yang berperan dalam
pembentukan glutamat
 Energi pereduksinya yang diperlukan berasal
dari NADPH
 Glutamin dibentuk dari glutamat dengan
bantuan glutamin sintetase
Pembentukan Glutamat & Glutamin
 Glutamat + ATP -> glutamil 5-fospat + ADP
Glutamil 5-fospat + NH4+ -> glutamin + Pi + H+
Jumlah : Glutamat + ATP + NH4+ -> Glutamin + ADP +Pi + H+

 Reaksi pembentukan Glutamin sangat penting

dalam biosintesis asam amino karena reaksi ini
mengubah amonia bebas yang beracun
 Glutamin sintetase adalah enzim alosterik
 Dalam pembentukan prolin, glutamat
mengalami reduksi menjadi γ-semialdehid
yang kemudian mengalami penutupan dan
reduksi lanjutan menjadi prolin
 Pada sebagian besar organisme, asam amino
nonessensial alanin dan aspartat berasal dari
piruvat dan oksaloasetat oleh transaminasi
dari glutamat
 Pada sebagian besar bakteri, aspartat adalah
prekursor langsung asparagin dalam suatu
reaksi
 Reaksi ini dikatalisis oleh asparagin sintetase,
analog dengan glutamin sintetase
 Sintesis asparagin pada mamalia (manusia)
gugus amino dipindahkan dari gugus amida
glutamin menjadi gugus β-karboksil aspartat
oleh asparagin sintetase
 BIOSINTESIS ALANIN
 Alanin, aspartat dan asparagin juga berasal dari metabolit
sentral
 Pada kebanyakan organisme, asam amino nonessensial Alanin
dan Aspartat berturut-turut berasal dari piruvat dan
oksaloasetat oleh transaminasi dari glutamat
 Biosintesis Sistein
 Sistein dibuat dari metionin yang essensial pada
makanan dan serin yang tidak essensial
 Metionin memberikan atom sulfur dan serin
memberikan kerangka karbon pada sintesis sistein
 Pertama L-metionin diubah menjadi S-
adenosilmetionin dengan bantuan ATP
 Gugus metil pada metionin sangat reaktif dan dapat
dipindahkan secara enzimatik ke berbagai senyawa
penerima gugus metil meninggalkan S-
adenosilhomosistein sebagai produk demetilasi
 S-adenosilhomosistein bereaksi dengan air menjadi
adenosin dan homosistein
 Homosistein bereaksi dengan serin yang dikatalisis oleh
sistationin β-sintetase menghasilkan sistationin
 Sistationin diubah menjadi α-ketobutirat dan sistein
bebas dengan bantuan sistationin γ-liase yang juga
merupakan enzim piridoksal fosfat
 Hasil akhir dari reaksi yang kompleks ini adalah
penggantian gugus –OH pada serin dengan suatu gugus
–SH yang berasal dari metionin untuk membuat sistein
S-Adenosilmetionin
e
Pembentukan Sistein dari Serin/glisin
 Biosintesis Serin
• Senyawa awal dari biosintesis serin adalah
intermediet glikolitik 3-fosfogliserat
• NADH-linked dehidrogenase mengubah 3-
fosfogliserat menjadi sebuah asam keto yaitu
3-fosfopiruvat
• Aktivitas asam amino transferase dengan
glutamat sebagai donor menghasilkan 3-
fosfoserin, yang diubah menjadi serin oleh
fosfoserin fosfatase
• Dimulai dengan 3 fosfogliserat, suatu senyawa antara
hidroksilnya dioksidasi oleh NAD+
• Kemudian menghasilkan 3-fosfohidroksi piruvat
• Transaminasi dari glutamat menghasilkan 3-fosfoserin
mengalami hidrolisis oleh fosfoserin fosfatase,
menghasilkan serin bebas
 Asam amino serin dengan 3-karbon adalah
prekursor glisin berkarbon 2 atau 3
 Jalur utama untuk glisin adalah 1 tahap reaksi
yang dikatalisis oleh serin hidroksi metil
transferase
 Reaksi ini dilangsungkan oleh enzim yang
memerlukan koenzim tetrahidrofolat
 Reaksi ini melibatkan transfer gugus hidroksi
metil dari serin untuk kofaktor tetra hidrofolat
(THF), menghasilkan glisin dan N5H10-
metilen-THF
 Unit 1 karbon yang berasal dari serin dan
dibawa oleh THF dapat dipindahkan ke
berbagai molekul penerima
• Gambar 3-fosfogliserat-glisin