Bab 16

Dasar Molekular Pewarisan-Sifat

Power Point Bahan Ajar

Biologi
Edisi Kedelapan
Neil Campbell dan Jane Reece PENERBIT ERLANGGA
Gambaran Umum: Instruksi Kerja Kehidupan

• Pada tahun 1953, James Watson dan Francis

Crick menggemparkan dunia dengan suatu model
heliks-ganda elegan untuk struktur asam
deoksiribonukleat, atau DNA
Peraga 16.1 Bagaimanakah struktur DNA bisa diketahui?

Watson (kiri) dan Crick yang sedang mengagumi model

DNA, yang dibuat dari kaleng dan kawat
• DNA, zat pewarisan-sifat merupakan molekul
yang paling dielu-elukan di zaman kita
• Informasi herediter dikodekan dalam bahasa
kimiawi DNA dan direproduksi dalam semua
sel tubuh
• Program DNA mengarahkan perkembangan
berbagai sifat berbeda
Konsep 16.1: DNA adalah materi genetik

• Pada awal abad ke-20, identifikasi molekul-

molekul pewarisan-sifat merupakan tantangan
yang sangat besar bagi ahli biologi
Pencarian Materi Genetik: Penelitian Ilmiah

• Peran DNA dalam hereditas pertama kali

dipecahkan melalui penelitian terhadap bakteri
dan virus yang menginfeksi mikroorganisme
tersebut
Bukti DNA Dapat Mentransformasi Bakteri

• Frederick Griffith mempelajari Streptococcus

pneumoniae, suatu bakteri penyebab
pneumonia pada mamalia
• Ia mempelajari dua galur (varietas) bakteri,
galur patogenik dan galur nonpatogenik
• Griffith menemukan bahwa ketika ia membunuh
bakteri patogenik dengan panas dan kemudian
mencampurkan sisa-sisa sel tersebut dengan sel
hidup dari bakteri nonpatogenik, sebagian sel
yang masih hidup menjadi patogenik
• Griffith menyebut fenomena itu sebagai
transformasi (transformation)
• Kini didefinisikan sebagai perubahan genotipe dan
fenotipe akibat asimilasi DNA eksternal oleh suatu
sel
Peraga 16.2 Dapatkah sifat genetik ditransfer di antara galur-galur bakteri yang berbeda?

PERCOBAAN Sel-sel S Sel-sel R Sel-sel S yang Campuran sel S yang

yang hidup yang hidup dimatikan dengan mati karena panas dan sel
(kontrol) (kontrol) panas (kontrol) R yang hidup

HASIL
Mencit mati Mencit sehat Mencit sehat Mencit mati

Sel-sel S yang hidup

ditemukan dalam
sampel darah
Peraga 16.2 Dapatkah sifat genetik ditransfer di antara galur-galur bakteri yang berbeda?

KESIMPULAN

Griffith menyimpulkan bahwa bakteri R yang hidup telah

ditransformasi menjadi bakteri S patogenik oleh suatu zat
terwariskan yang belum diketahui dari sel-sel S yang mati
yang memungkinkan sel-sel R membuat kapsul
Bukti DNA Virus Dapat Memprogram Sel

• Bukti tambahan yang mendukung DNA

sebagai materi genetik berasal dari penelitian
tentang virus yang menginfeksi bakteri
• Virus-virus yang menginfeksi bakteri disebut
bakteriofag (bacteriophage) digunakan secara
luas sebagai alat oleh para peneliti genetika
molekular
Peraga 16.3 Virus menginfeksi sel bakteri

T2 dan fag-fag yang terkait melekat ke sel inang dan menyuntikkan materi genetiknya
melalui membran plasma, sedangkan kepala dan bagian ekor tetap berada di
permukaan luar bakteri

Kepala
fag

Selubung ekor

Serat ekor

DNA

100 nm
Sel bakteri
• Alfred Hershey dan Martha Chase melakukan
percobaan yang menunjukkan bahwa DNA
adalah materi genetik fag yang dikenal sebagai
T2
Peraga 16.4 Apakah protein atau DNA yang merupakan materi genetik fag T2?

PERCOBAAN

Alfred Hershey dan Martha Chase menggunakan sulfur dan fosfor radioaktif untuk melacak nasib protein dan
DNA fag T2 yang menginfeksi sel-sel bakteri.

1 Fag berlabel radioaktf 2 Campuran diblender agar 3 Campuran disentrifugasi 4 Radioaktivitas di dalam
dicampur dengan bakteri. bagian-bagian fag di luar sehingga bakteri pelet dan cairan diukur.
fag menginfeksi sel bakteri bakteri terlepas dari sel membentuk pelet di
bawah tabung reaksi.
Cangkang
Protein protein Radioaktivitas
Fag radioaktif (protein fag)
kosong
dalam cairan
Sel bakteri

DNA
Kelompok 1: Fag ditumbuhkan DNA
dalam sulfur radioaktif (35S), fag
yang diinkorporasikan
ke dalam protein fag Sentrifugasi
(merah muda)
DNA
radioaktif Pelet (sel dan
kandungan bakteri)

Kelompok 2: Fag ditumbuhkan

dalam fosfor radioaktif (32P),
yang diinkorporasikan
ke dalam DNA fag (biru) Sentrifugasi
Radioaktivitas (DNA
Pelet fag) dalam pelet.
Peraga 16.4 Apakah protein atau DNA yang merupakan materi genetik fag T2?

HASIL

Ketika protein dilabeli (kelompok 1), radioaktivitas tertinggal di luar

sel. Namun saat DNA dilabeli (kelompok 2), radioaktivitas
ditemukan di dalam sel. Sel-sel bakteri dengan DNA fag radioaktif
melepaskan fag-fag baru dengan sejumlah fosfor radioaktif.

KESIMPULAN

DNA fag memasuki sel-sel bakteri, namun protein-protein fag tidak.

Hershey and Chase menyimpulkan bahwa DNA, bukan protein,
berfungsi sebagai materi genetik bagi fag T2.
Bukti Tambahan Bahwa DNA Merupakan Materi Genetik

• Pada tahun 1950-an, telah diketahui bahwa DNA

merupakan polimer nukleotida, masing-masing
terdiri atas tiga komponen: basa bernitrogen, gula
pentosa, dan gugus fosfat
Peraga 16.5 Struktur dari Untai DNA

Tulang punggung
Basa bernitrogen
gula-fosfat

Ujung 5
CH3
O–
O P O
5
CH2 H O
Setiap monomer nukleotida
O– 4 H
O
H
1
N N terdiri atas satu basa
H
H
3
H
2
H
O bernitrogen (T, A, C, atau G),
Timin (T)
satu gula deoksiribosa (biru),
O

O P O CH2
H
N
H dan satu gugus fosfat
O
O– H H N
N
H (kuning). Fosfat dari suatu
H H
H
N
N
nukleotida melekat ke gula
H
Adenin (A) nukleotida di sampingnya
O
CH2 H
H H

N H
menghasilkan ‘tulang
O P O
O– H
O
H N N
punggung’ yang terdiri atas
H
H
H
O fosfat dan gula berselang-
Sitosin (C)
seling.
O
5
O P O CH2 H N
O 1 O
O– 4 H H N
Fosfat H
H N
3 2 H Nukleotida DNA
N
OH H
N H
Gula (deoksiribosa) H
Ujung 3
Guanin (G)
• Erwin Chargaff menganalisis komposisi dasar DNA dari
beberapa organisme yang berbeda
• Pada tahun 1947, Chargaff melaporkan bahwa komposisi
DNA bervariasi dari satu spesies ke spesies lain
• Bukti keanekaragaman molekular di antara spesies-
spesies menjadikan DNA sebagai kandidat yang lebih
sesuai untuk materi genetik
Membangun Model Struktur DNA: Penelitian Ilmiah

• Setelah sebagian besar ahli biologi yakin bahwa DNA

merupakan materi genetik, tantangan berikutnya adalah
menentukan bagaimana struktur DNA dapat menyebabkan
molekul tersebut berperan dalam pewarisan-sifat
• Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin
menggunakan teknik yang disebut kristalografi
sinar-X (X-ray crystallography) untuk mempelajari
struktur molekul
• Rosalind Franklin menghasilkan citra molekul DNA
menggunakan teknik tersebut
Peraga 16.6 Rosalind Franklin dan foto difraksi sinar-X DNA buatannya

(a) Rosalind Franklin (b) Foto difraksi sinar-X

buatan franklin

Franklin, seorang kristalografer sinar-X yang andal, melakukan beberapa

percobaan penting yang menghasilkan foto yang memungkinkan Watson
dan Crick menyimpulkan struktur heliks ganda DNA
• Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur
DNA berupa heliks ganda (double helix) melalui
percobaan dengan citra kristalografi sinar-X DNA
Peraga 16.7 Heliks ganda

G C

A T

T A

1 nm

G C
3,4 nm
C G

A T

C G

T A

T A

A T

A T

G C
0,34 nm
A T

(a) Ciri-ciri kunci struktur DNA (c) Model pengisian-ruang

• Franklin menyimpulkan bahwa DNA tersusun atas
dua tulang punggung gula-fosfat antiparalel,
dengan basa bernitrogen berpasangan
menghadap ke sebelah dalam
• Basa-basa bernitrogen berpasangan dalam
kombinasi spesifik: adenin dengan timin, dan
sitosin dengan guanin
Peraga 16.7 Heliks ganda

Ujung 5

O
OH
P Ikatan hidrogen
–
O Ujung 3
O
OH
O
T A

O O CH2
O
P
–
O O
O O–
P
H 2C O
O
G C O

O O CH2
O
P
–
O O
O–
O
P
H2 C O
O O
C G

O O CH2
O
P O
–
O O–
O
P
H2 C O
O O
A T

O CH2
OH
Ujung 3 O
O–
P
O
O
(b) Struktur kimia sebagian
Ujung 5
• Watson dan Crick menalar bahwa pastilah ada
kespesifikan tambahan dalam perpasangan yang
melandasi struktur basa
• Setiap pasangan basa membentuk sejumlah ikatan
hidrogen yang berbeda-beda
• Adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen,
sedangkan sitosin dan guanin membentuk tiga ikatan
hidrogen
Peraga 16.8 Perpasangan basa dalam DNA

N N H O CH3

N N H N
Gula N N
O Gula
Adenin (A) Timin (T)
H

N O H N

N N H N
Gula N N

N H O Gula
H
Guanin (G) Sitosin (C)
Konsep 16.2: Banyak protein bekerja sama dalam
replikasi dan perbaikan DNA
Hubungan antara struktur dan fungsi terwujud dalam heliks
ganda
Prinsip Dasar: Perpasangan Basa ke Untai Cetakan

• Karena kedua untai DNA bersifat komplementer, maka

setiap untai berperan sebagai cetakan untuk pembentukan
untai baru dalam proses replikasi DNA
• Dalam replikasi DNA, molekul induk membuka, dan dua
untai anakan baru terbentuk berdasarkan aturan
pemasangan basa
Peraga 16.9 Model replikasi DNA: konsep dasar

AT T A T
A T A T A
A T A T
C G C G
G
C G C G C
C G T ACC TG A

T A T A TT AA A TT AA T
T
G C G C
A T A T A
A TT A T
A
G C G C G
G CC G C
G

(a) Molekul induk memiliki dua
untai DNA komplementer.
Setiap basa berpasangan
melalui ikatan hidrogen dengan
pasangan spesifiknya,
A dengan T dan G dengan C.
(b) Langkah pertama dalam
replikasi adalah pemisahan kedua
untai DNA.
(c) Nukleotida-nukleotida
komplementer berjejer dan
dihubungkan untuk membentuk
tulang punggung gula-fosfat dari
untai baru.
• Replikasi DNA bersifat semikonservatif. Masing-
masing dari kedua molekul anakan baru
mengandung satu untai lama, yang berasal dari
molekul induk, dan satu untai yang baru dibuat
Peraga 16.10 Tiga model alternatif replikasi DNA

Replikasi Replikasi
Sel induk pertama kedua

Model
konservatif.
Kedua untai
induk menyatu lagi
setelah bertindak
sebagai cetakan
(a) untuk untai-untai
baru, sehingga
mengembalikan
heliks ganda
induk.

Model
(b) semikonservatif.
Kedua untai molekul
induk memisah, dan
masing-masing
berfungsi sebagai
cetakan untuk
sintesis untai baru
yang komplementer.

(c)

Model dispersif.
Setiap untai pada
kedua molekul
anakan
mengandung
campuran DNA
sintesis yang lama
dan baru.
• Percobaan yang dilakukan oleh Meselson dan
Stahl mendukung model semikonservatif replikasi
DNA
Peraga 16.11 Apakah replikasi DNA mengikuti model konservatif, semikonservatif, atau dispersif?

PERCOBAAN Matthew Meselson dan Franklin Stahl mengultur E. coli selama beberapa generasi dalam medium
yang mengandung prekursor nukleotida berlabel isotop berat nitrogen, 15N. Mereka lalu mentransfer bakteri ke medium
yang hanya mengandung 14N, isotop yang lebih ringan. Dua sampel DNA diambil dari labu ini, sekali pada menit ke-20
dan sekali pada menit ke-40, setelah replikasi pertama dan kedua. Meselson dan Stahl dapat membedakan DNA dari
densitas yang berbeda dengan cara menyentrifugasi DNA yang diekstraksi dari bakteri.

1 Bakteri dikultur dalam 2 Bakteri ditransfer ke medium

medium yang yang mengandung 14N
mengandung 15N

HASIL

Densitas kurang
3 Sampel DNA disentrifugasi 4 Sampel DNA
setelah 20 menit (setelah disentrifugasi
replikasi pertama) setelah 40 menit
(setelah replikasi
kedua) Densitas lebih
Peraga 16.11 Apakah replikasi DNA mengikuti model konservatif, semikonservatif, atau dispersif?

KESIMPULAN Meselson and Stahl menyimpulkan bahwa replikasi DNA mengikuti model semikonservatif
dengan membandingkan hasil yang diperoleh dengan hasil yang diprediksi oleh ketiga model pada Peraga
16.10. Replikasi pertama dalam medium 14N menghasilkan pita DNA hibrid (15N–14N). Hasil ini mengeliminasi
model konservatif. Replikasi kedua menghasilkan DNA ringan maupun hibrid, hasil yang membantah model
dispersif dan mendukung model semikonservatif.

Replikasi pertama Replikasi kedua

Model
konservatif

Model
semikonservatif

Model
dispersif
Replikasi DNA: Pengamatan Lebih Dekat

• Penyalinan DNA sangat luar biasa dalam hal

kecepatan dan akurasi
• Lebih dari selusin enzim dan protein lain
berpartisipasi dalam replikasi DNA
Memulai Replikasi
• Replikasi molekul DNA dimulai dari tempat
khusus yang disebut titik mula replikasi
(origin of replication), tempat dua untai
terpisah
• Kromosom eukariotik dapat memiliki ratusan
bahkan ribuan titik mula replikasi
• Pada setiap ujung gelembung replikasi
terdapat garpu replikasi (replication fork),
wilayah berbentuk-Y tempat untai induk
sedang dibuka
 Peraga 16.12 Titik mula replikasi pada eukariota

Titik mula replikasi Untai induk (cetakan)

0,25 µm
Untai anakan (baru)

1
Replikasi dimulai pada titik spesifik
tempat dua untai induk memisah
dan membentuk gelembung replikasi Gelembung Garpu replikasi

2
Gelembung mengembang saat
replikasi berlanjut ke kedua arah

3
Akhirnya gelembung-gelembung
menyatu dan sintesis untai-untai
anakan pun selesai. Dua molekul DNA anakan

(a) Pada eukariota, replikasi DNA dimulai di banyak tempat di sepanjang molekul DNA (b) Pada mikrograf ini, tiga gelembung
raksasa setiap kromosom. replikasi terlihat di sepanjang DNA
sel hamster cina hasil kultur.
• Helikase adalah enzim-enzim yang membuka uliran heliks
ganda di garpu replikasi, memisahkan dua untai induk dan
menjadikan keduanya tersedia sebagai untai cetakan
• Setelah pemisahan untai induk, protein pengikatan
beruntai-tunggal (single-strand binding protein)
berikatan dengan untai-untai DNA tak berpasangan dan
menstabilkan untai tersebut
• Topoisomerase membantu mengurangi tegangan akibat
pembukaan uliran heliks ganda dengan cara mematahkan,
memuntir, dan menggabungkan kembali untai-untai DNA
Peraga 16.13 Beberapa protein yang terlibat dalam inisiasi replikasi DNA
• DNA polimerase tidak dapat menginisiasi sintesis
polinukleotida. DNA polimerase hanya dapat
menambahkan nukleotida-nukleotida ke ujung 3
• Untai nukleotida awal adalah RNA atau DNA
primer
Sintesis Untai DNA Baru

• Sintesis DNA baru pada garpu replikasi dikatalisis

oleh enzim-enzim yang disebut DNA polimerase
(DNA polymerase), yang menambahkan
nukleotida-nukleotida ke ujung 3 dari untai yang
sedang tumbuh
Peraga 16.14 Inkorporasi suatu nukleotida ke dalam untai DNA

Untai baru Untai cetakan

Ujung 3 Ujung 5 Ujung 3
Ujung 5

Gula A T A T
Basa
Fosfat

C G C G

G C G C

A T A
T
P P P OH
P
P Pirofosfat Ujung 3
C C
OH

2 P
Nukleosida Ujung 5 Ujung 5
trifosfat
Perpanjangan Antipararel
• Bagaimana struktur antipararel heliks ganda memengaruhi
replikasi?
• DNA polimerase menambahkan nukleotida-nukleotida
hanya ke ujung 3bebasdari untai DNA yang sedang
tumbuh
• Di sepanjang salah satu untai cetakan DNA,

– DNA polimerase III dapat menyintesis suatu untai

komplementer secara terus-menerus, seiring bergerak
menuju garpu replikasi
– Untai DNA yang dibuat melalui mekanisme ini disebut
untai maju (leading strand)
• Untuk memperpanjang untai baru DNA yang satu lagi,

– DNA polimerase III harus bekerja ke arah yang

menjauhi garpu replikasi
– Untai DNA yang memanjang ke arah ini disebut untai
lamban (lagging strand)
• Untai lamban disintesis sebagai rangkaian dari segmen-
segmen yang disebut fragmen Okazaki, yang kemudian
digabungkan bersama oleh DNA ligase
Peraga 16.15 Sintesis untai maju saat replikasi DNA
• Hanya satu primer yang dibutuhkan untuk sintesis
untai maju
• Tetapi untuk sintesis untai lamban, setiap fragmen
Okazaki membutuhkan satu primer tersendiri
Kompleks Replikasi DNA
• Berbagai protein yang berpartisipasi dalam
replikasi DNA membentuk satu kompleks besar
tunggal, yaitu ‘mesin replikasi DNA’
• Mesin replikasi DNA mungkin diam (stasioner)
selama proses replikasi
• Helikase, topoisomerase, dan protein pengikatan
beruntai-tunggal (single-strand binding protein)
adalah protein-protein yang membantu replikasi
DNA
Peraga 16.16 Sintesis untai lamban
1 Primase menggabungkan nukleotida-
nukleotida RNA ke dalam primer.
3
5

5 3

Untai cetakan 2 DNA pol III menambahkan nukleotida DNA ke primer,

membentuk fragmen Okazaki 1.
3 Primer RNA 3 5
1
5

3 Setelah mencapai primer

RNA berikutnya di
sebelah kanan, DNA pol Fragmen
III terlepas 3
Okazaki
3
5
1
5
4 Setelah fragmen 2
mendapatkan primer, DNA pol
III menambahkan nukleotida
DNA hingga mencapai
primer fragmen 1 dan 5 3
3
melepaskan diri 2
1
5

5 DNA pol I menggantikan

RNA dengan DNA,
menambahkan ke ujung
3’ dari fragmen 2
5 3
3
2 5
1

7 Untai lamban di wilayah ini

6 DNA ligase membentuk ikatan di sekarang telah selesai
antara DNA terbaru dan DNA
fragmen 1. 5 3
3 2 5
1

Arah keseluruhan replikasi

Table 16.1
Peraga 16.17 Rangkuman replikasi DNA bakteri
Pengecekan dan Perbaikan DNA
• DNA polimerase mengecek DNA yang baru
dibentuk dan mengganti nukleotida-nukleotida
yang tidak benar
• Pada perbaikan kesalahan pasangan
(mismatch repair) DNA, enzim-enzim
perbaikan mengoreksi kesalahan dalam
pemasangan basa
• Dalam perbaikan dengan pemotongan
nukleotida, enzim memotong dan mengganti
wilayah DNA yang rusak
Peraga 16.18 Perbaikan terhadap kerusakan DNA dengan pemotongan nukleotida

1 Dimer timin menekuk

molekul DNA
2
Enzim nuklease memotong
untai DNA yang rusak di dua
titik, dan bagian yang rusak
kemudian dibuang

Nuklease

DNA 3 Sintesis perbaikan oleh

Polimerase
polimerase DNA mengisi
nukleotida-nukleotida
yang hilang

DNA
ligase 4
DNA ligase menyegel ujung
bebas DNA baru ke DNA lama,
membuat untai menjadi utuh
Replikasi Ujung-ujung Molekul DNA

• Ujung-ujung kromosom DNA eukariotik

semakin pendek untuk setiap satu putaran
replikasi
Peraga 16.19 Pemendekan ujung-ujung molekul DNA

5
Untai maju
Ujung untai DNA induk
Untai lamban
3

Fragmen terakhir Fragmen sebelumnya

Primer RNA
5
Untai lamban
3
Primer dibuang namun Pembuangan primer dan
tidak bisa digantikan penggantian dengan DNA
dengan DNA karena jika ujung 3’ tersedia
tidak ada ujung 3’ untuk
polimerase DNA
5
3
Putaran kedua dari
replikasi

5
Untai maju baru 3
Untai lamban baru

3
Putaran-putaran
replikasi berikutnya

Molekul anakan yang

semakin pendek
• Molekul DNA kromosom eukariot memiliki sekuens
nukleotida yang disebut telomer di bagian ujung, yang
menunda pengikisan gen-gen eukariot dekat ujung molekul
DNA
• Jika kromosom sel nutfah (yang menghasilkan gamet)
semakin pendek dalam setiap siklus sel, gen-gen yang
esensial akhirnya akan hilang dari gamet yang dihasilkan
• Enzim telomerase mengkatalisis pemanjangan telomer
dalam sel-sel nutfah eukariot
Peraga 16.20 Telomer

1 µm

Eukariota memiliki sekuens repetitif bukan pengode, disebut telomer, di

ujung-ujung DNA. Telomer diwarnai jingga dalam kromosom-kromosom
mencit ini.
Peraga 16.22 Apa peran fosforilasi histon dalam perilaku kromosom saat meiosis?
Konsep 16.3: Kromosom terdiri atas suatu molekul
DNA yang dikemas bersama-sama dengan protein

• Di dalam sel, DNA eukariot berpasangan secara

tepat dengan banyak protein. Kompleks DNA dan
protein ini, disebut kromatin (chromatin), bisa
muat di dalam nukleus berkat sistem multitingkat
pengemasan DNA yang rumit.
• Tipe kromatin interfase, terlihat sebagai
gumpalan-gumpalan tak teratur dengan mikroskop
cahaya, disebut heterokromatin
(heterochromatin), untuk membedakannya dari
eukromatin (euchromatin, ‘kromatin sejati’) yang
tidak begitu terpadatkan dan lebih tersebar.
RANGKUMAN KONSEP KUNCI

Membangun Model Struktur DNA: Penelitian Ilmiah

Replikasi DNA: Pengamatan Lebih Dekat
Kuis Mandiri
Jawaban Kuis Mandiri